Effective results for Amycolatopsis mediterranei U32 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 1891
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 148 eukaryotic-like domains, contained in 1891 proteins (106 high, 1785 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
749927.AMED_3962(PF13193) (PF00501) (PF00975) (PF13745)(mitochondrial)
749927.AMED_4388PF13364 (PF08305) (PF13363) (PF10435)ER
749927.AMED_7413(PF00150) (PF00553) (PF00041) (PF13472)ER
749927.AMED_6389(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)ER
749927.AMED_4420(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)(mitochondrial)
749927.AMED_8119(PF13191) (PF00196) (PF00486) (PF03704)(mitochondrial); mitochondrial
749927.AMED_2787(PF00041) (PF07995) (PF03422)ER
749927.AMED_1337(PF00041) (PF00754) (PF07995)ER
749927.AMED_4014(PF00486) (PF05729) (PF03704)(mitochondrial)
749927.AMED_8011(PF00931) (PF00486) (PF03704)(ER)
749927.AMED_7377(PF00703) (PF02836) PF14200mitochondrial; (mitochondrial)
749927.AMED_4348(PF00933) (PF01915) (PF03422)ER
749927.AMED_2029(PF00931) (PF00486) (PF03704) PF12862 (PF13424)
749927.AMED_5616(PF00703) (PF02836) PF14200mitochondrial; (mitochondrial)
749927.AMED_3995PF00652 (PF03664) (PF00331)ER
749927.AMED_5251(PF00933) (PF00754) (PF01915)ER
749927.AMED_5067(PF00703) (PF00041) (PF00553)(mitochondrial); plastid
749927.AMED_5153(PF16334) (PF16335) (PF17168) (PF08760) PF14200
749927.AMED_5903(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)(ER)
749927.AMED_3963(PF13193) (PF00501) (PF00975) (PF13745)
749927.AMED_5641(PF13191) (PF00196)(mitochondrial); (plastid)
749927.AMED_1552(PF02018) (PF00704)ER
749927.AMED_5192(PF00150) (PF00553)ER
749927.AMED_3297PF00652 PF09206ER
749927.AMED_3292PF00652 PF09206mitochondrial
749927.AMED_4800(PF13193) (PF00501) (PF00975) (PF13745)
749927.AMED_6529(PF04542) (PF08281)(mitochondrial); mitochondrial
749927.AMED_0277(PF00553) (PF00704)ER
749927.AMED_0278(PF00553) (PF00704)ER
749927.AMED_4034(PF13193) (PF00501) (PF00975) (PF13745)
749927.AMED_6775(PF00480) (PF12802)(ER)
749927.AMED_4555(PF00754) (PF02836)ER
749927.AMED_0029(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_1706PF09206 (PF05270)ER
749927.AMED_3622(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)
749927.AMED_3478(PF16483) (PF03422)mitochondrial
749927.AMED_5034(PF08241) (PF13193) (PF00501) (PF13745)
749927.AMED_4097(PF00150) (PF00553)(ER)
749927.AMED_9245(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_6479(PF02129) (PF08530)(mitochondrial)
749927.AMED_8171(PF06779) (PF00561)ER
749927.AMED_5278(PF00931) (PF00486) (PF03704)(ER)
749927.AMED_6457(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)
749927.AMED_6877(PF04542) (PF08281)(ER)
749927.AMED_0595(PF00298) (PF03946)(mitochondrial)
749927.AMED_6432PF00652 (PF00331)(ER)
749927.AMED_6431PF00652 PF02057ER
749927.AMED_7454(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_8139(PF00150) (PF00553)ER
749927.AMED_7410(PF00703) (PF02836)ER
749927.AMED_1295(PF00933) (PF01915)ER
749927.AMED_1878(PF00041) (PF00754)ER
749927.AMED_2474(PF13191) (PF00196)mitochondrial
749927.AMED_1486(PF00041) (PF13229)mitochondrial
749927.AMED_4440PF13364 (PF10435)ER
749927.AMED_5109PF13364 (PF05592)ER
749927.AMED_6647(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_3066PF09206 (PF05270)ER
749927.AMED_7818(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)
749927.AMED_1306(PF00703) (PF02836)mitochondrial; ER
749927.AMED_6048(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_1329PF00652 (PF00754)ER
749927.AMED_3290PF00652 (PF13472)ER
749927.AMED_3293PF00652 (PF13229)ER
749927.AMED_4002(PF00933) (PF01915)mitochondrial
749927.AMED_0853(PF08305) PF16499ER
749927.AMED_1527(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)
749927.AMED_3912(PF00041) (PF07995)ER
749927.AMED_3713PF00652 (PF07995)mitochondrial
749927.AMED_4807(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)
749927.AMED_0262(PF13191) (PF00196)mitochondrial
749927.AMED_4392(PF00553) (PF13229)mitochondrial; ER
749927.AMED_4021(PF00931) (PF03704) PF12862 (PF13424)
749927.AMED_1506(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_3287(PF00553) (PF00331)mitochondrial
749927.AMED_3288(PF00553) (PF13472)ER
749927.AMED_4817PF00652 (PF03664)ER
749927.AMED_6762(PF00486) (PF03704)(mitochondrial); (plastid)
749927.AMED_7386PF16499 PF00652ER
749927.AMED_7385(PF02018) (PF00041) (PF00553)(ER)
749927.AMED_1923PF16499 PF00652ER
749927.AMED_3405PF16499 PF00652ER
749927.AMED_1718(PF00933) (PF01915)ER
749927.AMED_4858(PF02018) (PF00704)ER
749927.AMED_4647(PF00754) (PF07971)ER
749927.AMED_3994PF00652 PF09206(ER); plastid
749927.AMED_3993PF00652 PF02057ER
749927.AMED_6004(PF02129) (PF08530)ER
749927.AMED_5049(PF00553) (PF00041) (PF00704)(mitochondrial)
749927.AMED_6804PF16499 (PF03422)ER; (ER)
749927.AMED_5880(PF10503) (PF00331)ER
749927.AMED_3150(PF00486) (PF03704)(mitochondrial); plastid
749927.AMED_0939(PF00933) (PF01915)ER; mitochondrial
749927.AMED_2907(PF03664) PF14200mitochondrial
749927.AMED_3748PF00652 (PF13472)ER
749927.AMED_7581(PF02018) (PF00704)ER
749927.AMED_2407(PF02129) (PF08530)ER
749927.AMED_7445(PF00041) (PF03662)(mitochondrial); (plastid)
749927.AMED_7447(PF04542) (PF08281)(ER)
749927.AMED_4959(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_3130(PF00703) (PF02836)(mitochondrial); (plastid)
749927.AMED_3394(PF02129) (PF08530)mitochondrial
749927.AMED_3093(PF16757) PF14200ER
749927.AMED_2930(PF08386) (PF00561)ER
749927.AMED_3519(PF04542) (PF08281)mitochondrial
749927.AMED_6355(PF02129) (PF08530)ER
749927.AMED_1104(PF05592) (PF00754)ER
749927.AMED_3531PF09206 (PF05270)mitochondrial
749927.AMED_6480(PF02129) (PF08530)ER
749927.AMED_7823PF16499 PF00652ER
749927.AMED_7822PF00652 (PF07995)mitochondrial; (ER)
749927.AMED_7825(PF00553) (PF00041)ER
749927.AMED_7824PF00652 (PF03664)ER
749927.AMED_1373(PF00931) (PF00486) (PF03704) (PF13424)
749927.AMED_7034(PF00754) (PF07971)ER
749927.AMED_8569(PF00723)ER
749927.AMED_3556(PF00440)(mitochondrial)
749927.AMED_3555(PF07287)(mitochondrial)
749927.AMED_4202(PF13564)ER
749927.AMED_3969(PF00561)(mitochondrial)
749927.AMED_4480(PF12802)(ER)
749927.AMED_0546(PF07335)ER
749927.AMED_6699(PF01243)(ER)
749927.AMED_9143(PF00150)ER
749927.AMED_3576(PF13539)ER
749927.AMED_3579PF14200mitochondrial; (mitochondrial)
749927.AMED_2998(PF00106)mitochondrial; (mitochondrial)
749927.AMED_4592(PF01513)(mitochondrial)
749927.AMED_4591(PF00723)ER
749927.AMED_8938(PF07995)ER
749927.AMED_7482PF14200ER
749927.AMED_7767(PF13460)(mitochondrial); plastid
749927.AMED_3645(PF08305) PF16499plastid
749927.AMED_5363(PF13229)ER
749927.AMED_1535(PF09286)ER
749927.AMED_1532(PF00754)mitochondrial
749927.AMED_5191(PF00553)(ER); (plastid)
749927.AMED_5193(PF00553)ER
749927.AMED_6710(PF01061)mitochondrial; (mitochondrial)
749927.AMED_8916(PF13276)(mitochondrial)
749927.AMED_3298PF14200ER
749927.AMED_1270(PF01494)mitochondrial; (mitochondrial)
749927.AMED_4381(PF08592)ER
749927.AMED_4035(PF01061)ER
749927.AMED_0648(PF00975)(mitochondrial)
749927.AMED_0212(PF00501)(mitochondrial)
749927.AMED_4554PF09362ER
749927.AMED_4552(PF03422)mitochondrial
749927.AMED_9043(PF01183)ER
749927.AMED_9042(PF01183)ER
749927.AMED_0026(PF01061)mitochondrial
749927.AMED_3412PF14200ER
749927.AMED_3413(PF03422)(ER)
749927.AMED_3411PF00652ER
749927.AMED_6178(PF05729)mitochondrial
749927.AMED_4821(PF12802)(mitochondrial)
749927.AMED_8254(PF01061)mitochondrial
749927.AMED_4057(PF13460)mitochondrial
749927.AMED_4051(PF10503)ER
749927.AMED_4618(PF13564)ER
749927.AMED_4615(PF00754)ER
749927.AMED_5228(PF16757)ER; (ER)
749927.AMED_7579(PF01494)(ER); ER
749927.AMED_4848(PF13229)ER
749927.AMED_5859(PF00196)(ER)
749927.AMED_4512(PF15979)ER
749927.AMED_9008(PF00486)ER
749927.AMED_7379(PF00933) (PF01915)(ER)
749927.AMED_7371(PF13472)ER
749927.AMED_7519(PF00704)ER
749927.AMED_3450(PF08240)(mitochondrial)
749927.AMED_3984PF14200(ER)
749927.AMED_3985PF14200ER
749927.AMED_3987PF14200(mitochondrial); mitochondrial
749927.AMED_3451(PF13460)(mitochondrial)
749927.AMED_0984(PF13460)(mitochondrial)
749927.AMED_4862(PF01494)(mitochondrial); (plastid)
749927.AMED_5445(PF00106)mitochondrial
749927.AMED_1747PF16499ER; (ER)
749927.AMED_7495(PF00296)(mitochondrial)
749927.AMED_3668(PF12680)ER
749927.AMED_3663(PF05592)ER
749927.AMED_8296(PF00975)mitochondrial
749927.AMED_6241(PF00975) (PF00501) (PF13193)
749927.AMED_6242(PF13193) (PF00501) (PF13745)
749927.AMED_1680(PF07995)ER
749927.AMED_7687(PF09056)(ER)
749927.AMED_6602(PF01061)mitochondrial
749927.AMED_7604(PF00561)mitochondrial
749927.AMED_3304(PF00106)ER
749927.AMED_5895(PF00723)ER
749927.AMED_1405PF14200mitochondrial; ER
749927.AMED_5249(PF00754)(mitochondrial)
749927.AMED_4112(PF05729)mitochondrial
749927.AMED_5649(PF00440)(mitochondrial)
749927.AMED_8342(PF07971)ER
749927.AMED_0434(PF13539)mitochondrial
749927.AMED_1336(PF00561)(mitochondrial)
749927.AMED_7475(PF00561)mitochondrial
749927.AMED_7477(PF07519)ER
749927.AMED_3801(PF05593)(mitochondrial)
749927.AMED_8436(PF00440)(mitochondrial)
749927.AMED_4093(PF00754)(ER)
749927.AMED_4092(PF00553)ER
749927.AMED_6203(PF13354)ER
749927.AMED_4698(PF08592)ER
749927.AMED_3333(PF10604)ER
749927.AMED_3444(PF13460)(mitochondrial)
749927.AMED_0592(PF00296)(ER)
749927.AMED_3165(PF13460)(mitochondrial)
749927.AMED_4177(PF04542) (PF12680) (PF08281)
749927.AMED_6195(PF10067)ER
749927.AMED_5427(PF08592)ER
749927.AMED_5421(PF00931) (PF00486) (PF03704)
749927.AMED_4772(PF05977)ER
749927.AMED_8455(PF01061)(mitochondrial)
749927.AMED_1620(PF10067)ER
749927.AMED_7930(PF01494)(ER)
749927.AMED_8138(PF13354)ER
749927.AMED_3105(PF13193) (PF00501) (PF13745)
749927.AMED_3106(PF05977)(mitochondrial)
749927.AMED_3100(PF00561)ER
749927.AMED_3102(PF13193) (PF00501) (PF13745)
749927.AMED_7412(PF13472)ER
749927.AMED_4710(PF01494)ER
749927.AMED_1296PF00652ER
749927.AMED_6417(PF04542) (PF08281)(mitochondrial)
749927.AMED_6410(PF13564)ER
749927.AMED_0475(PF04542) (PF08281)(mitochondrial)
749927.AMED_5147(PF12802)(ER)
749927.AMED_5149(PF14273)ER
749927.AMED_8479(PF05977)mitochondrial
749927.AMED_3738(PF10503)ER
749927.AMED_3734(PF01183)ER; (ER)
749927.AMED_5948(PF10503)ER
749927.AMED_2665(PF03795)(mitochondrial)
749927.AMED_1469PF00652(mitochondrial); plastid
749927.AMED_8113(PF00106)(mitochondrial); (plastid)
749927.AMED_0406(PF00561)(mitochondrial)
749927.AMED_6952(PF13472)ER
749927.AMED_8808(PF00933) (PF01915)(mitochondrial)
749927.AMED_3385(PF13193) (PF00501)(plastid)
749927.AMED_0081(PF13460)(mitochondrial)
749927.AMED_2387(PF05977)(mitochondrial)
749927.AMED_5492(PF00196)(ER)
749927.AMED_8377PF00652ER
749927.AMED_5124(PF13354)ER
749927.AMED_6590(PF02627)(mitochondrial)
749927.AMED_7089(PF03704)ER
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749927.AMED_5958(PF13193) (PF00501) (PF10604)
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749927.AMED_5309(PF01494)
749927.AMED_6908(PF00755)
749927.AMED_7236(PF00501)
749927.AMED_7234(PF00196)
749927.AMED_7235(PF00501)
749927.AMED_7230(PF13370)
749927.AMED_7231(PF08240)
749927.AMED_2704(PF13472)
749927.AMED_2707(PF00440)
749927.AMED_2625(PF00486)
749927.AMED_2706(PF00067)
749927.AMED_2876(PF01243)
749927.AMED_2488(PF00440)
749927.AMED_4418(PF13602)
749927.AMED_3685(PF00501)
749927.AMED_3684(PF13745)
749927.AMED_9343PF14021
749927.AMED_0889(PF00440)
749927.AMED_0884(PF00102)
749927.AMED_6332(PF00440)
749927.AMED_1595(PF13377)
749927.AMED_1596(PF07971)
749927.AMED_1599(PF12802)
749927.AMED_7826(PF00480)
749927.AMED_5687(PF03795)
749927.AMED_5681(PF06772)
749927.AMED_5680(PF00440)
749927.AMED_5688(PF04542)
749927.AMED_1374(PF00975)
749927.AMED_3644(PF00440)
749927.AMED_8237(PF13460)
749927.AMED_4223(PF00440)
749927.AMED_3949(PF00440)
749927.AMED_2541(PF04542)
749927.AMED_2013(PF13460)
749927.AMED_2012(PF03795)
749927.AMED_2549(PF00561)
749927.AMED_2018(PF03795)
749927.AMED_4410(PF00067)
749927.AMED_4419(PF00440)
749927.AMED_1625(PF12802)
749927.AMED_9340PF14021
749927.AMED_8967(PF01872)
749927.AMED_4238(PF00067)
749927.AMED_6674(PF12802)
749927.AMED_6670(PF08240)
749927.AMED_6678(PF01243)
749927.AMED_0788(PF00196)
749927.AMED_1782(PF00296)
749927.AMED_3256(PF00440)
749927.AMED_7039(PF00440)
749927.AMED_5325(PF12802)
749927.AMED_6925(PF00480)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================