Effective results for Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 1729
- Predicted by EffectiveT3: 317 (high confidence), 490 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 45 within, 18 before, 64 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 182
- Predicted by EffectiveELD: 81 eukaryotic-like domains, contained in 760 proteins (34 high, 726 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type IV, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
224911.bll6866	+	(>)	+	(PF00669)	mitochondrial; plastid
224911.blr2233	+		+	(PF08450)	(mitochondrial); (plastid)
224911.bll6068				(PF13380) (PF13607) (PF13549)	(mitochondrial)
224911.blr3159				(PF13380) (PF13607) (PF13549)	(mitochondrial)
224911.bll1056		(>)		(PF02653)	ER
224911.blr5947				(PF07719) (PF00656)	ER
224911.bll7271				(PF01315) (PF02738)	(mitochondrial)
224911.bll5725	+			(PF13358)	(mitochondrial); plastid
224911.blr2506		(>)	+		mitochondrial
224911.bll6856	+			(PF00669)	mitochondrial
224911.blr3354		(<)		(PF02653)	ER
224911.blr7869				(PF03088) (PF02653)	(mitochondrial)
224911.blr2219	+			(PF01315) (PF02738)	(plastid)
224911.blr1308	(+)		+	(PF07719)	ER
224911.bll4232				(PF13358) PF13565	(mitochondrial)
224911.bll5072			+	(PF00701)	(mitochondrial)
224911.bll6370		+		(PF02653)	ER
224911.bll3424				(PF12399) (PF02653)	ER
224911.blr3826		+		(PF02653)	ER
224911.bll6410				(PF12399) (PF02653)	ER
224911.blr8181				(PF13358) PF13565	(mitochondrial)
224911.bll6865	+			(PF00669)	mitochondrial; plastid
224911.blr2478				(PF13358) PF13565	(mitochondrial)
224911.blr0023				(PF13358) PF13565	(mitochondrial)
224911.blr6533			+	(PF07883)	mitochondrial
224911.blr3353			+	(PF13458)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.blr3695	+			(PF00669)	(mitochondrial); plastid
224911.blr6443		+		(PF02653)	ER
224911.blr7833				(PF12399) (PF02653)	ER
224911.blr6472			+		mitochondrial
224911.bll7042				(PF00656)	ER
224911.bll1058				(PF13458)	ER
224911.bll1057				(PF02653)	ER
224911.bll5198				(PF03330)	(mitochondrial)
224911.bll4011				(PF07883)	ER
224911.blr6316		(>)			ER
224911.bll0590		(>)			ER
224911.bll2508				(PF02798)	(mitochondrial)
224911.bll4769				(PF00211)	mitochondrial
224911.bll4220			+		ER
224911.blr8151				(PF00656)	(mitochondrial)
224911.bll2338				(PF00211)	ER
224911.blr3307				(PF00701)	ER; (ER)
224911.bll5952				(PF02653)	ER
224911.bll5953				(PF13458)	ER
224911.bll7923				(PF00211)	mitochondrial
224911.blr0483				(PF05239)	(mitochondrial); mitochondrial
224911.blr0372				(PF00565)	ER
224911.bll7146			+		ER
224911.blr3446				(PF13380) (PF13607) (PF13549)
224911.blr3447				(PF13458)	ER
224911.blr0743		(<)			ER
224911.blr1165				(PF14295)	ER
224911.blr4850			+		ER
224911.blr0352				(PF00656)	ER
224911.blr6986				(PF00211)	(mitochondrial)
224911.blr6188				(PF13458)	ER
224911.blr0917				(PF09084)	mitochondrial
224911.bll6481				(PF09084)	(ER)
224911.bsl2175		(<)			ER
224911.blr3465		(<)			ER
224911.blr0722				(PF12399)	mitochondrial
224911.bll6171		+			ER
224911.blr3704				(PF00669)	(mitochondrial); (plastid)
224911.blr5704				(PF07883)	ER
224911.blr2281			+		(mitochondrial)
224911.bll1585			+		(mitochondrial)
224911.bll4600				(PF02627)	ER
224911.blr5558				(PF04828)	(mitochondrial)
224911.blr5554				(PF00027)	(mitochondrial); (ER)
224911.blr1079	+				(ER)
224911.bsr1903				(PF03050)	(mitochondrial); plastid
224911.bll7644				(PF05239)	ER
224911.blr4635				(PF00118)	(mitochondrial)
224911.blr6482				(PF07883)	ER
224911.blr3814				(PF00027)	mitochondrial
224911.blr1052				(PF13458)	ER
224911.bll2853				(PF00211)	mitochondrial
224911.bll1826				(PF02371)	(mitochondrial); (plastid)
224911.blr1449				(PF02653)	ER
224911.blr1443			+		ER
224911.bll8014				(PF02735)	(mitochondrial); mitochondrial
224911.bll8013				(PF00697)	(mitochondrial)
224911.blr1050				(PF13458)	ER
224911.bll7663				(PF05023)	(ER)
224911.blr7060	+				(mitochondrial)
224911.bll0570				(PF00211)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.blr5966				(PF13458)	ER
224911.blr5964				(PF02653)	ER
224911.bll5701	+				(mitochondrial)
224911.blr4210				(PF09084)	mitochondrial
224911.bll1842	+				(mitochondrial); plastid
224911.bll0144				(PF13458)	ER
224911.bll4399			+		mitochondrial
224911.bll7605				(PF04828)	(mitochondrial); plastid
224911.bll6898				(PF02653)	ER
224911.blr5901				(PF00656)	(ER)
224911.bll5726				PF13565	(mitochondrial)
224911.bll3740			+		ER
224911.blr0998				(PF13458)	ER
224911.bll6404				(PF02653)	ER
224911.bll6403				(PF02653)	(mitochondrial); plastid
224911.bll7624				(PF00211)	(mitochondrial)
224911.blr3564	+				(mitochondrial); plastid
224911.blr5741				(PF07298)	ER
224911.blr2507			+		(mitochondrial)
224911.blr4039				(PF13458)	ER
224911.bll5749				(PF00027)	(mitochondrial); plastid
224911.bll6058			+		ER
224911.blr3278			+		mitochondrial
224911.bll6468				(PF03330)	mitochondrial
224911.bll8179		(>)			mitochondrial
224911.bll3816		(>)			ER
224911.blr1787			+		(mitochondrial)
224911.blr6444				(PF02653)	ER
224911.bll1642				(PF00665)	(mitochondrial)
224911.blr4051			+		ER
224911.blr8010				(PF07045)	(mitochondrial)
224911.blr0576			+		mitochondrial
224911.bll3120				(PF02735)	(mitochondrial); mitochondrial
224911.bll7266	+				mitochondrial; (mitochondrial)
224911.blr4489			+		mitochondrial
224911.blr3683				(PF00118)	(mitochondrial)
224911.bll1558				(PF01382)	ER
224911.bll1559			+		ER
224911.bll1929				PF11523	mitochondrial
224911.bll0141				(PF13380) (PF13607) (PF13549)
224911.bll6835			+		mitochondrial
224911.bll3663				(PF13458)	(mitochondrial); mitochondrial
224911.blr2826		+			(mitochondrial)
224911.bll5845	(+)			(PF00669)	(mitochondrial)
224911.blr4073			+		ER
224911.bll6015	+		+		plastid
224911.bll2253				(PF13458)	ER
224911.blr1247				(PF00027)	ER
224911.bll6529				(PF07883)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll4319		(>)			(ER)
224911.bll5046				(PF00211)	(ER)
224911.bll2067			+		ER
224911.bll2066				(PF00565)	mitochondrial
224911.blr6548				(PF13458)	ER
224911.bll4888				(PF01042)	(mitochondrial)
224911.blr4309			+		(mitochondrial)
224911.blr2277				(PF08450)	(mitochondrial)
224911.blr2271				(PF02653)	ER
224911.blr4053			+		ER
224911.bll4057				(PF13458)	ER
224911.bll5679	(+)		+		(mitochondrial); plastid
224911.blr1266				(PF00565)	ER
224911.bll0301		(>)			ER
224911.blr6157				(PF02653)	ER
224911.blr6150				(PF02653)	ER
224911.blr7828				(PF13458)	ER
224911.bll6411				(PF02653)	ER
224911.blr2102				PF02569	(mitochondrial)
224911.bll0979				(PF13458)	(mitochondrial)
224911.bll0975	(+)			(PF13380) (PF13607) (PF13549)
224911.blr0628			+		ER
224911.blr4965	+				(mitochondrial); plastid
224911.blr2931			+		ER
224911.blr2932			+		mitochondrial
224911.blr1912		+			ER
224911.bll5001				PF00036	mitochondrial
224911.bll4713	+				(mitochondrial); plastid
224911.bll6627			+		ER
224911.blr7848				(PF13458)	ER
224911.bll2718				(PF00565)	ER
224911.bll3976				(PF01042)	mitochondrial
224911.bll0954			+		ER
224911.bll1531				(PF01799)	(mitochondrial)
224911.blr7451				(PF07478)	ER
224911.blr5637				(PF00211)	ER
224911.blr5633				(PF00656)	ER
224911.blr3607			+		ER
224911.blr3608				(PF00656)	mitochondrial
224911.blr2912		(>)			(ER)
224911.blr1859			+		(mitochondrial)
224911.blr0325			+		(mitochondrial)
224911.blr6446				(PF13458)	ER
224911.blr7829				(PF13458)	ER
224911.bll2772				(PF07883)	ER
224911.blr6802				(PF03662)	(mitochondrial)
224911.bll7522			+		ER
224911.bll3910		(>)			ER
224911.blr5658				(PF01382)	ER
224911.blr4680				(PF00656)	mitochondrial; (plastid)
224911.blr1834				(PF00665)	(mitochondrial)
224911.bll4801				(PF07978)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll6987				(PF00190)	ER
224911.blr0944				(PF00656)	ER
224911.bll3242			+		mitochondrial
224911.bll0913				(PF13458)	ER
224911.bll1068			+		ER
224911.blr5675				(PF13458)	ER
224911.blr7418				(PF02798)	mitochondrial
224911.blr0145				(PF00565)	mitochondrial
224911.blr6665				(PF17171) (PF17172)	(mitochondrial)
224911.blr6661			+		(mitochondrial)
224911.blr4804				(PF00398)	(ER)
224911.bll7487			+		mitochondrial; (mitochondrial)
224911.blr0968				(PF02653)	(ER)
224911.blr0969				(PF02653)	ER
224911.blr3432				(PF13458)	(ER); (mitochondrial)
224911.bll5300	+		+		(plastid)
224911.bll2304				(PF13458)	ER
224911.bll2654		(>)			ER
224911.bll6536			+		ER
224911.blr4312				(PF13458)	ER
224911.bll0091				(PF09084)	ER
224911.blr1691				(PF00665)	(mitochondrial)
224911.blr6648				(PF13458)	ER
224911.bll7011				(PF09084)	(mitochondrial)
224911.blr2992				(PF03330)	ER
224911.bll3115	+				(mitochondrial); mitochondrial
224911.blr1064				(PF02653)	ER
224911.blr1065				(PF02653)	ER
224911.bll6166			+		ER
224911.bll4425		+			ER
224911.bll1101			+		(mitochondrial)
224911.bll6371				(PF13458)	(ER)
224911.bll6376				(PF13380) (PF13607) (PF13549)
224911.bll3426				(PF13458)	ER
224911.bll0197				(PF02653)	ER
224911.bll0196				(PF13458)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll0773				(PF02798)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll2638	+				ER
224911.bll2634				(PF09084)	ER; mitochondrial
224911.bll0561	+				(mitochondrial)
224911.bll0564			+		ER
224911.blr3825				(PF13458)	ER
224911.blr5286				(PF13458)	ER
224911.blr6952		(>)			(ER)
224911.blr1450				(PF02653)	(ER)
224911.bll6920		(>)			(mitochondrial)
224911.blr2837				(PF09084)	ER
224911.blr0080				(PF13458)	ER
224911.bll1440				(PF08666)	ER
224911.bll7267			+		ER
224911.blr3515	+				mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bsl1189		+			ER
224911.blr1615			+		(mitochondrial)
224911.bll3108			+		ER
224911.bll5501			+		ER
224911.blr6052				(PF00211)	ER
224911.bll3611				(PF00656)	ER
224911.blr6199				(PF09084)	ER
224911.blr5799				(PF04191)	ER
224911.blr7794		(>)			ER
224911.bll6479				(PF13458)	ER
224911.bll6476				(PF02653)	ER
224911.bll6475				(PF02653)	ER
224911.blr7138		+			mitochondrial
224911.blr8215				PF13565	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.blr6973			+		mitochondrial
224911.bll3637		+			(ER)
224911.bll4571	+				(mitochondrial)
224911.bll1898				(PF00665)	(mitochondrial)
224911.blr6246				(PF09084)	ER
224911.bll6450				(PF09084)	ER
224911.blr2548			+		ER
224911.bll0113				(PF09084)	ER
224911.blr3945				(PF06314)	ER
224911.blr0024			+		(mitochondrial); plastid
224911.bll4365				(PF07883)	ER
224911.blr044				(PF03330)	mitochondrial
224911.blr3202				(PF02653)	ER
224911.blr3203				(PF02653)	ER
224911.bll8068	+				mitochondrial; (mitochondrial)
224911.blr3355				(PF02653)	ER
224911.blr4264				(PF00211)	(mitochondrial)
224911.bll2223				(PF07883)	(mitochondrial)
224911.blr1233				(PF09084)	ER
224911.blr2525				(PF07719)	(ER)
224911.bll6234				(PF02653)	ER
224911.bll6235				(PF02653)	ER
224911.bll6237	(+)			(PF01315) (PF02738)	(plastid)
224911.bsl7612	+				(ER)
224911.bll5216	+			(PF05239)	plastid
224911.blr6161				(PF01799) (PF02738) (PF01315)
224911.bll8290				(PF00665)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll5852	+			(PF00669)	(plastid)
224911.bll3316				(PF09084)	ER
224911.blr2054				(PF13276)	(mitochondrial); mitochondrial
224911.blr3670				(PF13458)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll4321			+		mitochondrial; ER
224911.blr1888	+		+		(plastid)
224911.blr1627			+	PF02569	(plastid)
224911.bll6614		+			(mitochondrial); (plastid)
224911.blr7816			+		(mitochondrial)
224911.blr6447				(PF13458)	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll4862				(PF00656)	mitochondrial
224911.bll0667				(PF08666)	ER
224911.bll6779		(>)			ER
224911.blr7865				(PF13458)	ER
224911.blr7867				(PF02653)	ER
224911.bll6649				(PF05239)	ER
224911.blr2267	(+)			(PF00211)	(mitochondrial)
224911.blr2262				(PF13458)	mitochondrial
224911.blr4040				(PF02653)	ER
224911.blr4047				(PF07298)	ER
224911.bll5647				(PF00211)	(mitochondrial)
224911.bll2914				(PF01425)	(ER)
224911.blr6774				(PF02735)	(mitochondrial); mitochondrial
224911.blr6804				(PF13458)	ER
224911.blr6554				(PF00656)	ER
224911.blr2923				(PF02653)	(ER); (mitochondrial)
224911.blr4383				(PF07883)	mitochondrial
224911.blr1867				(PF03050)	mitochondrial
224911.blr5162				PF02569	mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll3751		(<)			(ER)
224911.bll5622				(PF07883)	(mitochondrial)
224911.blr4971	+				mitochondrial
224911.bll2937		(>)			(ER)
224911.bll3579	+				mitochondrial
224911.blr2134				(PF07883)	(ER)
224911.blr7856				(PF00027)	ER
224911.bll3381				(PF09370)	mitochondrial
224911.bll3387				(PF13458)	ER
224911.bll3385				(PF02653)	ER
224911.blr2221	+				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr5839	+				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr2035				(PF05830)	(mitochondrial)
224911.bll7295			+		ER
224911.bll4819	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
224911.blr7879			+	(PF00565)
224911.blr7256				(PF00211)	plastid
224911.bll1059				(PF08501)	(mitochondrial)
224911.blr1122				(PF02653)	plastid
224911.blr3894				(PF13276) (PF00665)
224911.blr1807				(PF13358) PF13565
224911.blr3302		(>)		(PF00701)
224911.bll0061	(+)				ER
224911.bll6326				(PF03088) (PF02653)
224911.blr0486	(+)				ER
224911.bll7148	+				plastid
224911.blr0970				(PF12399)	(ER)
224911.blr4465	(+)			(PF03069)	(mitochondrial)
224911.blr0744				(PF00697)	(plastid)
224911.blr1163			+		(mitochondrial)
224911.blr7005	(+)				ER; (ER)
224911.blr2632	+			(PF00211)
224911.bll0089	(+)				(ER); (plastid)
224911.blr7761				(PF01042)	(mitochondrial)
224911.bll2109				(PF00027)	(mitochondrial)
224911.blr2419	(+)				(mitochondrial)
224911.bll2664			+		(mitochondrial)
224911.bll8192				(PF05598)	(ER)
224911.bll5914				(PF01315) (PF02738)
224911.blr3700	+				(plastid)
224911.blr6965	(+)				(mitochondrial)
224911.bll7189				(PF01042)	(mitochondrial)
224911.bll3988	+				(ER)
224911.bsr4668	(+)				mitochondrial
224911.bsr1907	(+)				mitochondrial
224911.blr1671			+	(PF00211)
224911.blr4633	(+)				(mitochondrial); plastid
224911.blr3812	(+)				(mitochondrial)
224911.blr3723	+				(plastid)
224911.bll6820	+				(mitochondrial)
224911.blr1448	+				plastid
224911.bll2142	(+)		+		plastid
224911.blr0094	+				plastid
224911.bll2628			+		(mitochondrial)
224911.bll0575				(PF00565)	(ER)
224911.bll8227				(PF05598)	(plastid)
224911.blr5962				(PF12399)	(mitochondrial)
224911.bll1154	(+)				(mitochondrial)
224911.blr2124	(+)				ER
224911.blr7520	(+)				(mitochondrial)
224911.blr6219				(PF01315) (PF02738)
224911.blr2354	(+)				mitochondrial
224911.bll4642				(PF13358) PF13565
224911.blr0850	+				(plastid)
224911.bll6899				(PF13458)	(mitochondrial)
224911.bll6897				(PF12399)	(mitochondrial)
224911.bll3375				(PF01315) (PF02738)
224911.bll1605	+				(plastid)
224911.bll1608				(PF13276) (PF00665)
224911.bll1511	+	(>)
224911.blr8261				(PF13276) (PF00665)
224911.bll7590				(PF13276) (PF00665)
224911.blr1546	(+)				(mitochondrial)
224911.blr6047	+			(PF02738)
224911.blr2165				(PF13358) PF13565
224911.blr0260	(+)				ER
224911.blr0034				(PF01527)	(plastid)
224911.bll5085			+		(mitochondrial)
224911.blr5441	+				plastid
224911.bsr2980	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll8244	+			PF02902
224911.bll6857	(+)				(mitochondrial); (plastid)
224911.bll7811				(PF02627)	(ER)
224911.blr3933			+	(PF02627)
224911.blr0018				(PF13276) (PF00665)
224911.bll1431	+				(plastid)
224911.blr1768	(+)				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr5230				(PF00011)	(mitochondrial)
224911.blr7351	(+)				mitochondrial
224911.bll3661				(PF12399) (PF02653)
224911.bll5846				(PF00669)	(mitochondrial)
224911.bll5844				(PF00669)	(mitochondrial)
224911.bll5843				(PF00669)	(mitochondrial)
224911.blr5211				(PF01315) (PF02738)
224911.blr1248				(PF00027)	(mitochondrial)
224911.bll7991				(PF04191)	(ER)
224911.blr1740				(PF13358) PF13565
224911.blr3497				(PF04191)	(plastid)
224911.blr6769			+		(ER)
224911.bll8149	(+)				(mitochondrial); mitochondrial
224911.blr3390	(+)				(mitochondrial); plastid
224911.bll0307			+		(mitochondrial)
224911.blr6659	+		+
224911.blr7827	+			(PF13458)
224911.bll6746			+	(PF00211)
224911.bll5806	+			(PF01425)
224911.bll1741				(PF13276) (PF00665)
224911.blr4709	(+)				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr4966				(PF13380)	(mitochondrial)
224911.blr7616	+				(plastid)
224911.blr1543				(PF13276) (PF00665)
224911.blr2939	+			(PF02798)
224911.bll3891	+				(plastid)
224911.blr1911				(PF13358) PF13565
224911.blr1702				(PF13358) PF13565
224911.bll1940				(PF00665)	(mitochondrial)
224911.blr2238				(PF00536) (PF00211)
224911.blr4188	+	(>)
224911.blr0643			+		(plastid)
224911.bll1028	+				plastid
224911.bsl7109	+				(mitochondrial)
224911.blr7677				(PF07883)	(mitochondrial)
224911.blr1934				(PF13871) (PF13872)
224911.bll0031	(+)				mitochondrial
224911.bll2775	(+)				(mitochondrial)
224911.bll6707				(PF00536) (PF00211)
224911.bll6097		(>)			(plastid)
224911.blr4350				(PF00656)	(ER)
224911.bll0234	+			(PF02627)
224911.blr4686	(+)				mitochondrial
224911.bll0585		(>)		(PF02798)
224911.blr1301	+				(ER)
224911.blr7227	+				(mitochondrial)
224911.bll7059				(PF07045)	(plastid)
224911.bll3243	+				(mitochondrial)
224911.bll5363	+				(plastid)
224911.blr5671				(PF02653)	(ER)
224911.bll7932				(PF02653)	(ER)
224911.blr1814	+				plastid
224911.bll2512	+				plastid
224911.bll3489	(+)				(mitochondrial)
224911.blr4477		(<)			plastid
224911.bll6496	(+)				(mitochondrial)
224911.blr4868				(PF13358) PF13565
224911.blr5192				(PF07883)	(mitochondrial)
224911.bll7013	+			(PF04191)
224911.blr2854		+	+
224911.bll4091				(PF00656)	plastid
224911.blr4459	+	+
224911.bll2497	(+)		+		(plastid)
224911.bll6551	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
224911.bll5925		(>)			(mitochondrial)
224911.bll0254	+			(PF01042)
224911.bll1127	+			(PF01042)
224911.blr6196	+				(ER)
224911.bll5462	(+)				(mitochondrial)
224911.bll2116				(PF13276) (PF00665)
224911.bll3193				(PF00027)	mitochondrial
224911.blr8299				(PF13871) (PF13872)
224911.bll2473				(PF07883)	(mitochondrial)
224911.bll2618	(+)				(mitochondrial)
224911.blr3805			+		(ER)
224911.blr1657				(PF02371) (PF01527)
224911.blr7550				(PF13358) PF13565
224911.blr7557				(PF13358) PF13565
224911.blr1478	+				(plastid)
224911.blr7738	+		+
224911.bll6900	+			(PF02627)
224911.bll3425				(PF02653)	(ER)
224911.bll0199				(PF13458)	plastid
224911.bll0198				(PF01425)	(plastid)
224911.bll6129			+	(PF09361)
224911.blr3533				(PF01315) (PF02738)
224911.blr1670				(PF00211) (PF00027)
224911.blr4886		(>)		(PF02653)
224911.blr1451				(PF12399)	(ER)
224911.bll6923	+				(plastid)
224911.bll7849				(PF17171) (PF17172)
224911.blr5530				(PF07883)	(mitochondrial)
224911.blr5537	(+)				(mitochondrial)
224911.blr1616			+		(plastid)
224911.blr6208			+		(mitochondrial)
224911.bll2172				(PF08450)	(plastid)
224911.bll0370				(PF00656)	(ER)
224911.blr3183				(PF13458)	(mitochondrial)
224911.blr3184	(+)	+		(PF02653)
224911.blr2582	+	(>)
224911.blr8272	(+)				mitochondrial
224911.bll1530				(PF02738)	(mitochondrial)
224911.bll3752	+		+
224911.blr8218				(PF00665)	(ER)
224911.bll8251	(+)				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr3229		(>)		(PF01425)
224911.blr8022				(PF01068)	(mitochondrial)
224911.bll0246				(PF01425)	(mitochondrial)
224911.bll6455				(PF09084)	(ER)
224911.bll3794	+				plastid
224911.blr8236				(PF13276) (PF00665)
224911.blr8233				(PF13358) PF13565
224911.bll0008	(+)				mitochondrial
224911.blr5450	+				(plastid)
224911.blr5047	(+)				(ER)
224911.bll3301	(+)				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr3350				(PF01315) (PF02738)
224911.bll8293				(PF13358) PF13565
224911.blr6002	(+)				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr5227		(>)		(PF00118)
224911.bll5665		(<)		(PF01799)
224911.blr0281				(PF00190)	(mitochondrial)
224911.blr1732		+	+
224911.blr1734				(PF13276) (PF00665)
224911.bsr0539	+				(ER)
224911.blr2264				(PF00211)	(mitochondrial)
224911.bll7739	+				(plastid)
224911.blr6555	(+)				(ER)
224911.blr2076				(PF13358) PF13565
224911.blr2922	(+)			(PF13458)	(mitochondrial)
224911.blr1191	+		+
224911.blr1716				(PF13358) PF13565
224911.blr7832				(PF02653)	(ER)
224911.bll2704	+				(mitochondrial)
224911.bsr7757	(+)				(ER)
224911.bll6733				(PF01425)	(plastid)
224911.blr7274	+				(plastid)
224911.bll3968				(PF01315) (PF02738)
224911.blr3174	(+)				(mitochondrial); (plastid)
224911.blr0521	(+)				ER
224911.blr4993	(+)			(PF01068)	plastid
224911.blr2038	+	+
224911.blr3615		(<)		(PF02653)
224911.blr3614			+	(PF13458)
224911.blr2964	+				(ER)
224911.blr1923				(PF13276) (PF00665)
224911.blr1829				(PF13358) PF13565
224911.blr1825				PF13565	(mitochondrial)
224911.blr0336				(PF01315) (PF02738)
224911.blr2755	(+)			(PF05239)
224911.bll8308	+
224911.bll8309		(>)
224911.blr3405				(PF07478)
224911.bll4150	+
224911.bll0900	+
224911.bll0902		(>)
224911.bsr5794	+
224911.bll4154	+
224911.blr5802	(+)			(PF09084)
224911.blr5805				(PF00027)
224911.bll1055				(PF12399)
224911.bll1054		(<)
224911.bll5372				(PF07045)
224911.bll5376	+
224911.bll5377			+
224911.blr5668		(>)
224911.blr5669				(PF02627)
224911.blr3362	+
224911.bll3028			+
224911.bll6509	+
224911.blr2418				(PF00656)
224911.blr5428			+
224911.bll4831	(+)				plastid
224911.bll6697				(PF08450)
224911.blr7237				(PF12471)
224911.blr7238				(PF07958)
224911.bll8095		+
224911.bll8091				(PF09994)
224911.blr3133			+
224911.blr3427		(>)
224911.bll4598				(PF07883)
224911.blr1147				(PF13458)
224911.blr6331	(+)	+
224911.bll3006			+
224911.bsr0078	+				not used
224911.bll5958				(PF00211)
224911.bll5950				(PF12399)
224911.bll5951				(PF02653)
224911.blr4304	(+)			(PF07883)
224911.blr4657	+
224911.blr4655			+
224911.bll0208	+
224911.bll7927				(PF13458)
224911.blr8306				(PF02371)
224911.blr0152	+
224911.blr6651			+
224911.blr1689				(PF01527)
224911.bll5783				(PF02653)
224911.bll5782		(>)
224911.blr4870	(+)				(plastid)
224911.bll6321				(PF00180)
224911.bll6328				(PF02653)
224911.bll1337				(PF09994)
224911.blr6438				(PF07478)
224911.blr6437				(PF08450)
224911.blr1353	(+)	(>)
224911.blr7740				(PF00011)
224911.blr0972				(PF03069)
224911.bll4205				(PF00701)
224911.blr5840	+
224911.blr5841	+
224911.bll5155				(PF09361)
224911.blr4467				(PF01042)
224911.blr4466				(PF03069)
224911.blr0740	+
224911.blr8172	+
224911.bll5338	+
224911.bll5331				(PF00701)
224911.blr6357		(>)
224911.blr3329	+
224911.blr7000	+
224911.blr3584				(PF05598)
224911.blr3858				(PF08501)
224911.blr2988				(PF13458)
224911.bll0884				(PF02653)
224911.bll0887				(PF13458)
224911.bll0886				(PF12399)
224911.bll0883				(PF02653)
224911.blr0172				(PF09994)
224911.bll1134				(PF07883)
224911.blr0855				(PF00027)
224911.bll6301	(+)				(mitochondrial)
224911.blr0359				(PF00211)
224911.bll2814			+
224911.bll2817	(+)			(PF08450)
224911.blr5182				(PF01068)
224911.bll5452				(PF07978)
224911.bll5457				(PF01042)
224911.blr6636	+
224911.bll0641	+
224911.blr7582	(+)				(mitochondrial)
224911.blr5724	+
224911.blr5721	+
224911.blr6186	+
224911.blr0911				(PF07045)
224911.blr3464				(PF09361)
224911.bll7240	+
224911.bll5130				(PF01042)
224911.blr4116				(PF00027)
224911.blr4448	+
224911.bll4626				(PF02371)
224911.blr8112	+
224911.blr7972			+
224911.bll8199				(PF01695)
224911.blr7028				(PF06314)
224911.bll5917	+
224911.bll7969				(PF00701)
224911.blr3535				(PF01799)
224911.bsl1939				(PF01695)	not used
224911.bsl1937				(PF01695)
224911.blr5433	+
224911.blr0110				(PF07883)
224911.bll1113			+
224911.blr3703	+
224911.bll6368				(PF12399)
224911.bll6369				(PF02653)
224911.bll6366		+
224911.bll2874		(<)
224911.bll2875	+
224911.blr6967	+
224911.blr6611	+
224911.bll1802	+
224911.bll1803			+
224911.bll5471	+
224911.bll2128	+
224911.bll7186	+
224911.bll7188	(+)				plastid
224911.bll4941				(PF04828)
224911.blr2289	+
224911.blr2288				(PF00211)
224911.bll6976				(PF07883)
224911.bll6975				(PF02627)
224911.blr2864				(PF00211)
224911.bll3235	+
224911.bll1580			+
224911.blr8289				(PF01527)
224911.bll4605				(PF09130)
224911.bll4649				(PF05598)
224911.blr0258	+
224911.blr0257	(+)				(ER)
224911.blr5556				(PF07883)
224911.blr0253				(PF07883)
224911.blr1078	+
224911.blr1072				(PF05239)
224911.bll7641				(PF00190)
224911.blr4637	(+)			(PF00011)
224911.blr4891	+
224911.bll3249		+
224911.bll1397	+
224911.bll6821	(+)				(plastid)
224911.bll6826	+
224911.bll8011				(PF00211)
224911.bll6912	+
224911.bsr3674	+
224911.bll7395				(PF09361)
224911.bll4663	(+)				plastid
224911.bll5398			+
224911.blr6004		+
224911.bll2563	+
224911.bll7668			+
224911.bll7664				(PF00211)
224911.bll8229				(PF07478)
224911.blr3832		(>)
224911.blr3295	+
224911.bll3376				(PF01799)
224911.bll3374				(PF02738)
224911.bll0399	(+)		+
224911.bll7877				(PF00211)
224911.blr5965				(PF02653)
224911.bll5700				(PF02798)
224911.blr5039	+
224911.blr0518	+
224911.blr5747				(PF00180)
224911.bll1844	+
224911.bll3150	+
224911.bll4536		+
224911.blr7524	+
224911.blr6218				(PF01799)
224911.blr6216				(PF04828)
224911.bll2161				(PF01527)
224911.bll6422			+
224911.bll4395	(+)				(mitochondrial)
224911.bll4398	(+)			(PF02798)
224911.blr0074	(+)				(mitochondrial)
224911.bll2395			+
224911.bll7609	+
224911.blr0614				(PF04828)
224911.blr7084				(PF00027)
224911.bll0009	+
224911.blr2101	+
224911.bll8201			+
224911.bll8200				(PF00665)
224911.bll6896	+
224911.bll3359	+
224911.bll7859	(+)			(PF02798)
224911.blr3769	+
224911.blr3762	+
224911.bsl4812		+
224911.blr0685	+
224911.blr0684				(PF07045)
224911.blr0681				(PF00398)
224911.blr0680			+
224911.bll1862			+
224911.blr6571				(PF00011)
224911.bll6076		(>)
224911.bll6075	(+)			(PF01042)
224911.bll8057	(+)				(ER)
224911.bll6407				(PF13458)
224911.bll3297			+
224911.bll0129				(PF07883)
224911.blr2372		(>)
224911.bsr3760	+
224911.blr0056			+
224911.blr8260				(PF01527)
224911.bll1475	+
224911.blr8194				(PF03050)
224911.bll7591				(PF01527)
224911.blr6041			+
224911.blr6046				(PF01799)
224911.blr2168	+
224911.blr0835	+
224911.blr2781				(PF00180)
224911.bll7835	(+)				plastid
224911.blr5038	+
224911.bll0214	+
224911.blr2408		(>)
224911.bll7413	+
224911.bll7412				(PF08501)
224911.bll3256		(>)
224911.blr4037				(PF12399)
224911.blr4031				(PF02798)
224911.blr5257	+
224911.bll4564				(PF07883)
224911.bll4560	+
224911.blr8031				(PF01068)
224911.bll7452	+
224911.blr6784				(PF00701)
224911.bll6051		+
224911.blr1206			+
224911.bsr8214				(PF01527)
224911.bsl3422	+
224911.bll3817				(PF02627)
224911.bll1532		+
224911.bll6266	(+)				(plastid)
224911.bll5089				(PF01425)
224911.bll6263	+
224911.bll6262	(+)				(mitochondrial)
224911.bll6198			+
224911.blr1783				(PF03050)
224911.blr1781				(PF01527)
224911.bll5555				(PF09361)
224911.blr2140	+
224911.blr2148	+
224911.blr2149	(+)				(mitochondrial)
224911.bll6853	+
224911.blr3543				(PF08501)
224911.bll1641				(PF01695)
224911.bll4323	+
224911.bll4547			+
224911.bll6423				(PF07883)
224911.bll6031				(PF01457)
224911.blr7100	(+)				(plastid)
224911.bll0477		(>)
224911.blr2887				(PF09361)
224911.bll3874				(PF01425)
224911.bll3876		(>)
224911.bll0785		(>)
224911.blr0017				(PF01527)
224911.blr8220				(PF01695)
224911.bll1436		(>)
224911.bll7554				(PF02371)
224911.bll2003	(+)				(plastid)
224911.bll2000				(PF05598)
224911.blr5233				(PF00011)
224911.blr5231			+
224911.blr5234				(PF00011)
224911.bll1577				(PF03050)
224911.blr3210				(PF02653)
224911.bll3660				(PF08501)
224911.bll3662				(PF02653)
224911.bll5848	(+)	+
224911.bll5842	+
224911.bll4521				(PF03330)
224911.bll0729				(PF00011)
224911.blr5213				(PF01068)
224911.blr4923	+
224911.blr4926	(+)				(plastid)
224911.blr1241				(PF01042)
224911.bll7768			+
224911.bll7763				(PF06314)
224911.blr2539			+
224911.bll0414	(+)			(PF00180)
224911.bll8166			+
224911.blr3664	+
224911.bll4313	+
224911.blr3002	+
224911.bll6221	+
224911.blr0297				(PF13458)
224911.bsr4957				PF00036
224911.bll5043				(PF00211)
224911.blr5151	+
224911.bll1900				(PF00665)
224911.bll6619			+
224911.bll2060				(PF00166)
224911.bll7689			+
224911.bll2065	(+)				(mitochondrial)
224911.blr6174	+
224911.blr6173				(PF00011)
224911.blr2279				(PF09130)
224911.blr3494	(+)	(>)
224911.blr3492				(PF08666)
224911.blr4054	+
224911.bll1576				(PF03050)
224911.bll4503	(+)				(mitochondrial)
224911.blr8222				(PF00665)
224911.bll2905	(+)	(>)
224911.bsr4726	+
224911.bll7747	(+)			(PF02627)
224911.bll7742	+
224911.bll0438				(PF00211)
224911.blr1268			+
224911.blr7140	+
224911.blr2041	(+)			(PF04828)
224911.blr2043				(PF05598)
224911.blr2519	+
224911.bll1217				(PF07719)
224911.bll1742				(PF01527)
224911.bll3527				(PF00665)
224911.bll3526				(PF01695)
224911.blr1896				(PF09370)
224911.bll7519	+
224911.blr1090	+
224911.bll6599				(PF07478)
224911.blr6156				(PF02653)
224911.blr6153			+
224911.blr6151		(>)
224911.blr7823				(PF12399)
224911.blr7825				(PF02653)
224911.blr7826				(PF02653)
224911.bll2737	(+)			(PF01799)
224911.bll2736				(PF02738)
224911.bsr0520	+
224911.blr6253	+
224911.bll5807	(+)				(plastid)
224911.blr2259				(PF13458)
224911.blr2705	(+)				(mitochondrial)
224911.blr2702	+
224911.blr2255				(PF02627)
224911.blr2257				(PF08501)
224911.bll0357				(PF00027)
224911.blr0621	+
224911.blr5616				(PF02627)
224911.blr1280	(+)				plastid
224911.blr6836	+
224911.bll7272				(PF00701)
224911.bll0556				(PF00211)
224911.blr2933			+
224911.bll3896				(PF00665)
224911.bll3892			+
224911.bsr2032	(+)				(mitochondrial); not used
224911.blr1707				(PF01695)
224911.blr1706				(PF00665)
224911.blr1704	(+)		+
224911.bll5000				(PF00665)
224911.bll5006	(+)				plastid
224911.bll5007			+
224911.blr5113	+
224911.blr1894		(>)
224911.blr7845	+
224911.bll2712				(PF02627)
224911.bll7512	+
224911.blr7268	+
224911.bsl2183				PF11523
224911.blr2231	+
224911.blr2726	+
224911.bll3975		+
224911.blr6271	(+)				plastid
224911.blr4981	(+)			(PF03069)
224911.bll7709	+
224911.bll7704				(PF01068)
224911.bsl1442		+			not used
224911.bsl3118		+			not used
224911.blr3352				(PF01799)
224911.blr2916				(PF00180)
224911.bll3563	+
224911.blr1933				(PF13872)
224911.blr5350				(PF02798)
224911.blr1852				PF02569
224911.blr1588				(PF02735)
224911.bll6392				(PF08501)
224911.bll6391				(PF08501)
224911.bll2551				(PF00102)
224911.bll6701				(PF05598)
224911.blr2741				(PF00180)
224911.bll3911				(PF04828)
224911.bll4251	+
224911.bll4252	+
224911.bll0931		+
224911.bll6093				(PF09084)
224911.bll5344				(PF07978)
224911.blr5654				(PF04828)
224911.blr2025	+
224911.blr7651				(PF05239)
224911.blr2685	+
224911.bll3765	+
224911.blr2974				(PF08666)
224911.bsl5247	+				not used
224911.blr3884				(PF00701)
224911.blr3888	+
224911.blr1950	(+)		+
224911.blr4684	+
224911.blr1551	+
224911.blr1835				(PF01695)
224911.bll0053	+
224911.bll0057			+
224911.blr1307				(PF07719)
224911.blr1304			+
224911.bll4800	+
224911.blr5518	+
224911.bll2757	(+)			(PF00027)
224911.blr7222			+
224911.bll2821	(+)				plastid
224911.bsl6114		+			not used
224911.blr2767			+
224911.blr0943				(PF04828)
224911.blr3415			+
224911.blr3412				(PF07883)
224911.bll3935	(+)			(PF00027)
224911.bll0912				(PF13458)
224911.blr5673				(PF12399)
224911.blr5672				(PF02653)
224911.bsr1550		+			not used
224911.bsr1885	+
224911.blr3312				(PF00701)
224911.bll3749	+
224911.bll5961				(PF00027)
224911.blr4337	+
224911.bll7930				(PF12399)
224911.bll7931				(PF02653)
224911.blr2407				(PF07883)
224911.blr1812	(+)				plastid
224911.blr1865				(PF01527)
224911.blr5311			+
224911.blr6664	(+)			(PF02798)
224911.blr6667	(+)			(PF01042)
224911.blr1869	+
224911.bll2518	+
224911.blr1331	(+)				(plastid)
224911.blr0490				(PF07045)
224911.blr0497	+
224911.bll4102				(PF00398)
224911.blr0407	+
224911.bll7155		(>)
224911.bll7032				(PF00027)
224911.blr0967	+
224911.blr3438				(PF01042)
224911.blr3431	+
224911.blr5871	(+)			(PF00701)
224911.blr5874				(PF08666)
224911.bll5164	+
224911.blr1171	+
224911.blr5699				(PF00027)
224911.bll3109	(+)				(plastid)
224911.blr3334		(>)
224911.bll5940				(PF09361)
224911.blr3844				(PF09130)
224911.blr3843				(PF09084)
224911.bll7953				(PF00701)
224911.blr2421	+
224911.blr2429				PF10520
224911.blr5992				(PF08666)
224911.blr5991			+
224911.blr1693	(+)			PF02902
224911.blr1692				(PF01695)
224911.blr1698				(PF01527)
224911.bll6335	+
224911.blr5195				(PF02371)
224911.bll1322				(PF09084)
224911.bll4793	+
224911.bll4798	(+)			(PF00027)
224911.blr1289				(PF06100)
224911.blr7594	+
224911.blr7595				(PF02627)
224911.blr7593	+
224911.blr0540		(>)
224911.blr2987	(+)				(plastid)
224911.bll3466	(+)			(PF00027)
224911.bll6944	+
224911.blr3452				(PF02627)
224911.blr4451				(PF07719)
224911.blr8104	+
224911.bll7783	(+)				(mitochondrial)
224911.bsl7141		+
224911.bll2675				(PF02653)
224911.bll2676				(PF02653)
224911.bll8183				(PF02371)
224911.blr2196		+
224911.blr2191	(+)	+
224911.blr3865			+
224911.blr4591	+
224911.blr5985	(+)				(plastid)
224911.blr0107		(<)
224911.blr6990				(PF00027)
224911.blr6997	+
224911.blr6996	+
224911.blr7575	+
224911.blr5718	(+)				(plastid)
224911.blr5712	+
224911.blr7716				(PF00211)
224911.blr7715				(PF02371)
224911.bll2117				(PF01527)
224911.bll3440	+
224911.blr3473	+
224911.bll3993				(PF04191)
224911.bll7917				(PF01425)
224911.blr8298	(+)			(PF13872)
224911.blr8122	+
224911.bll4617				(PF01068)
224911.bll5696				(PF00656)
224911.bll5695				(PF00656)
224911.blr1066				(PF12399)
224911.bll6640	+
224911.bsl7120				(PF07883)
224911.blr7961				(PF00011)
224911.bll2619		(>)
224911.bll3055				(PF04828)
224911.blr7382				(PF00701)
224911.blr2603				(PF05239)
224911.blr4609			+
224911.bll0504				(PF00180)
224911.blr2466	+
224911.blr3433			+
224911.blr1700				(PF03050)
224911.blr1705	(+)			PF02902
224911.bll4423				(PF00701)
224911.blr0385	+
224911.blr6979				(PF00118)
224911.blr6978				(PF00166)
224911.bll5481			+
224911.bll2139				(PF01527)
224911.bsl8092				(PF09994)
224911.bll4996				(PF09361)
224911.bll4991				(PF00697)
224911.bll4999				(PF01695)
224911.blr7737				(PF00211)
224911.bll1668	+
224911.bll0195				(PF02653)
224911.bll0194				(PF12399)
224911.bll2599	+
224911.bll5103				(PF01425)
224911.blr4414				(PF04800)
224911.blr4145			+
224911.bll0779			+
224911.bll4678				(PF01042)
224911.bll6292	+
224911.bll6294	+
224911.blr0719		(>)
224911.blr1041				(PF01425)
224911.bll6121	+
224911.blr7940				(PF05598)
224911.bll7659				(PF05239)
224911.blr7055	+
224911.bll1609				(PF01527)
224911.bll8239				(PF01527)
224911.bll0821	+
224911.bll7711	+
224911.blr3288				(PF01425)
224911.blr3532			+
224911.blr4086	(+)		+
224911.bll0387	+
224911.blr5971				(PF08666)
224911.bll1162				(PF02798)
224911.bll4445	+
224911.bll1167	+
224911.bll2843				(PF00211)
224911.bll1385				(PF02627)
224911.blr4883	(+)				(plastid)
224911.blr5024	+
224911.bll1832				(PF05598)
224911.bll2159				(PF03050)
224911.blr7533				(PF00118)
224911.blr6225	+
224911.blr7282				(PF01425)
224911.bll5386	(+)	(<)
224911.bsl7691				(PF00211)
224911.blr5564	(+)			(PF07883)
224911.bll5528	+
224911.bsr1972				(PF01527)
224911.bll7671	+
224911.blr1578				(PF03050)
224911.blr2136	+
224911.bsr7532				(PF00166)
224911.blr6579	(+)	+
224911.bll3361			+
224911.bll0811				(PF00027)
224911.bll1144				(PF01068)
224911.blr3771	(+)				(ER)
224911.blr8065			+
224911.blr8063				(PF05239)
224911.bll5731		(>)
224911.bll1855				(PF00665)
224911.bll8029	+
224911.bll3171	+
224911.bll6412				(PF13458)
224911.bll6413				(PF01425)
224911.blr3186				(PF12399)
224911.blr3185				(PF02653)
224911.blr3189	+
224911.bll3281				(PF01425)
224911.blr2589		(>)
224911.bll0157			+
224911.bll0156			+
224911.blr2368	+
224911.bll3820				(PF02738)
224911.bll3821	(+)			(PF01799)
224911.bll1281	+
224911.blr0205	+
224911.bll1466		+
224911.bll5503	(+)			(PF04828)
224911.bll6574	+
224911.blr6054				(PF02371)
224911.blr1003	+
224911.blr7896				(PF01425)
224911.blr6418	+
224911.blr0841	(+)			(PF02738)
224911.blr0840				(PF01799)
224911.bll3417				(PF02627)
224911.bll3346				(PF03069)
224911.bll0836	+
224911.bsr2152				(PF00665)
224911.bll5635				(PF10908)
224911.blr1492	+
224911.bll6061				(PF00027)
224911.bll6060				(PF00027)
224911.bll4939	+
224911.blr7791				(PF00211)
224911.blr7797			+
224911.bll6478				(PF12399)
224911.blr7133		(>)
224911.bll0130		+
224911.bll3809	+
224911.bll6568		(>)
224911.blr8219				(PF00665)
224911.blr8216				(PF01527)
224911.blr8217				(PF13276)
224911.blr6559	+
224911.bll6278	+
224911.blr0220	+
224911.bll1406				(PF08450)
224911.bll6187		(>)
224911.blr6072	+
224911.blr1573				(PF01527)
224911.blr6078				(PF13458)
224911.blr6079	(+)			(PF07883)
224911.blr7301				(PF04828)
224911.blr7300			+
224911.blr2171	+
224911.blr2170	+
224911.bll8257	(+)		+
224911.bll8250	+
224911.bll3442				(PF08450)
224911.blr4029				(PF02627)
224911.bll4570	+
224911.bll5770				(PF02627)
224911.blr4241	(+)				(mitochondrial)
224911.blr4249			+
224911.bll1899				(PF01695)
224911.bsl8016	+
224911.blr5045	+
224911.blr6249		+
224911.blr1219				(PF04828)
224911.blr1218				(PF07298)
224911.blr2214	+
224911.bll6457	+
224911.blr7118				(PF07719)
224911.blr2543	(+)				plastid
224911.bll3369				(PF08450)
224911.bsl4987	(+)			(PF00701)
224911.blr0028	(+)			(PF06314)
224911.blr8234				(PF00665)
224911.blr8235				(PF01527)
224911.bsl1772	+
224911.blr3827				(PF12399)
224911.blr1771	(+)				(plastid)
224911.bll1938				(PF01695)
224911.bsl6587		(<)			not used
224911.bll2018	(+)			(PF13458)
224911.bll2017				(PF13458)
224911.bsr1628				PF02569	not used
224911.blr3207				(PF08450)
224911.bll3657				(PF07978)
224911.blr3356				(PF12399)
224911.bll1462				(PF01042)
224911.bsr5197	+
224911.blr5209				(PF01799)
224911.bll6027	+
224911.bll2220				(PF07883)
224911.bll7774	+
224911.blr7172	+
224911.blr7175				(PF02798)
224911.blr3699	+
224911.blr3696	+
224911.blr0001			+
224911.bll4303				(PF01425)
224911.bll6236				(PF13458)
224911.bll6233				(PF12399)
224911.bll6238				(PF01799)
224911.blr1756	+
224911.blr1759	+
224911.bll1917		+
224911.blr1534			+
224911.bll5219				(PF00011)
224911.bll6100		(<)
224911.blr3265		(>)
224911.blr1399	+
224911.bll5854	(+)				(plastid)
224911.bll5851	+
224911.blr4067				(PF04828)
224911.bll0634		(>)
224911.bll0445	(+)	(>)
224911.bll3648		+
224911.bll0116	+
224911.bll6517	+
224911.blr5226				(PF00166)
224911.blr5220				(PF00011)
224911.blr5221				(PF00011)
224911.blr5222	(+)			(PF04800)
224911.blr5887				(PF01442)
224911.bll2244				(PF00027)
224911.blr6570				(PF00180)
224911.blr7483			+
224911.bll7752	+
224911.bll7756	+
224911.blr7623				(PF13458)
224911.blr2056				(PF02371)
224911.blr2053				(PF01527)
224911.blr2503				(PF02798)
224911.blr3671				(PF07978)
224911.blr3679	+
224911.bll1202	+
224911.blr3010	+
224911.blr1733				(PF01527)
224911.blr1731	+
224911.bll1974				(PF05598)
224911.blr1081	+
224911.blr0328		(>)
224911.bll7696				(PF00027)
224911.blr6149				(PF02653)
224911.bll2059				(PF00118)
224911.bll1797	(+)		+
224911.bll6803	+
224911.bll6773				(PF01068)
224911.blr4041				(PF02653)
224911.bll0619				(PF00027)
224911.bsl4577				(PF02627)
224911.bll2917		+
224911.blr6771		(>)
224911.blr5603				(PF01425)
224911.blr5600		(<)
224911.bll7735				(PF04828)
224911.bsr1831	+
224911.bll0178	+
224911.bll3084	+
224911.blr2926				(PF12399)
224911.blr2924				(PF02653)
224911.blr2925				(PF12399)
224911.bll1776				(PF02627)
224911.blr0460	+
224911.blr4382				(PF02627)
224911.bll5077		+
224911.blr1719	(+)	(>)
224911.bsl6528				(PF01042)
224911.bll1957				(PF05598)
224911.bsl0041	(+)				(mitochondrial); not used
224911.bll5250		+
224911.bsl8268	+
224911.bll2703	+
224911.bll6755			+
224911.blr0122	+
224911.blr4420	+
224911.blr1221	+
224911.blr2217				(PF01799)
224911.bll1545				(PF02371)
224911.blr4973		(<)
224911.blr6718				(PF07883)
224911.blr6715				(PF07883)
224911.blr7998			+
224911.blr7445			+
224911.blr7997	+
224911.blr5623				(PF07719)
224911.blr5625				(PF00166)
224911.blr5626				(PF00118)
224911.bll3593			+
224911.bll8133				(PF02798)
224911.bll3714	+
224911.bll1710				(PF01695)
224911.bll1711				(PF00665)
224911.blr1904	+
224911.blr0164			+
224911.bsl7903	+
224911.blr0462	+
224911.blr4345			+
224911.bll7425	+
224911.bll2542	+
224911.blr6456				(PF09084)
224911.blr7855	+
224911.bll6732		(<)
224911.bll3383				(PF12399)
224911.bll3384				(PF02653)
224911.bll5837	+
224911.bll3962		(>)
224911.bll1044				(PF01425)
224911.bll7310		+
224911.blr4198				(PF10908)
224911.bll0924	+
224911.blr0671				(PF13458)
224911.bll4008				(PF07883)
224911.bll2959	+
224911.bll2956				(PF08450)
224911.blr4441	(+)				plastid
224911.bll5609	(+)				(plastid)
224911.bll5607				(PF02798)
224911.bll2379		(<)
224911.bll2373	+
224911.blr3617				(PF12399)
224911.blr3616				(PF02653)
224911.blr2963	+
224911.blr2960				(PF01425)
224911.blr1922				(PF01527)
224911.blr4344	+
224911.blr1686	+
224911.blr1827				(PF02371)
224911.bll5032	(+)		+
224911.bll5036	+
224911.bll0025				(PF06100)
224911.bll4741	+
224911.bll1996				(PF01695)
224911.bll1997				(PF00665)
224911.blr0335				(PF01799)
224911.blr5120	+
224911.bll6678	(+)
224911.blr7873	(+)
224911.blr1316	(+)
224911.bsr7796	(+)
224911.blr3152	(+)
224911.bsr5798	(+)
224911.bll2356	(+)
224911.blr3366	(+)
224911.blr3364	(+)
224911.bll5978	(+)
224911.bll1959	(+)
224911.bll0045	(+)
224911.blr5325	(+)
224911.bsr2111	(+)
224911.blr0951	(+)
224911.bll3250	(+)
224911.blr8150	(+)
224911.blr7421	(+)
224911.blr2430	(+)
224911.bll5781	(+)
224911.blr0485	(+)
224911.blr7743	(+)
224911.bll5893	(+)
224911.bll5154	(+)
224911.blr8176	(+)
224911.bll5336	(+)
224911.bll3066	(+)
224911.blr7002	(+)
224911.blr3924	(+)
224911.blr4677	(+)
224911.blr2456	(+)
224911.bll5458	(+)
224911.bll5409	(+)
224911.blr6637	(+)
224911.blr5720	(+)
224911.bsl6639	(+)
224911.bll6480	(+)
224911.bll5138	(+)
224911.bll6177	(+)
224911.blr7979	(+)
224911.blr2617	(+)
224911.bll6365	(+)
224911.blr1392	(+)
224911.bll6501	(+)
224911.blr0936	(+)
224911.bll3181	(+)
224911.bll3981	(+)
224911.blr8130	(+)
224911.blr5550	(+)
224911.bsl6842	(+)
224911.bll1928	(+)
224911.bll7438	(+)
224911.blr7722	(+)
224911.blr2807	(+)
224911.blr2806	(+)
224911.blr4155	(+)
224911.blr4157	(+)
224911.bsl1652	(+)
224911.bsl1871	(+)
224911.bll6134	(+)
224911.bll2624	(+)
224911.blr4217	(+)
224911.bll3408	(+)
224911.bll6931	(+)
224911.bll3141	(+)
224911.blr3997	(+)
224911.bll4390	(+)
224911.bll4393	(+)
224911.blr4025	(+)
224911.bsl1678	(+)
224911.bsr5316	(+)				not used
224911.bll2399	(+)
224911.blr7884	(+)
224911.blr3839	(+)
224911.bll0801	(+)
224911.bll7858	(+)
224911.blr1620	(+)
224911.blr0534	(+)
224911.blr1481	(+)
224911.blr1487	(+)
224911.bll4927	(+)
224911.bll4921	(+)
224911.bll7597	(+)
224911.bll6874	(+)
224911.bll6875	(+)
224911.bll6873	(+)
224911.bll0823	(+)
224911.bll0822	(+)
224911.bll4565	(+)
224911.blr4259	(+)
224911.blr2578	(+)
224911.bll0452	(+)
224911.bll0108	(+)
224911.blr2314	(+)
224911.bll4688	(+)
224911.blr5447	(+)
224911.blr2144	(+)
224911.bll6583	(+)
224911.bll6858	(+)
224911.blr3547	(+)
224911.blr4056	(+)
224911.bll6033	(+)
224911.bll6036	(+)
224911.bll4962	(+)
224911.blr2557	(+)
224911.blr2882	(+)
224911.blr2885	(+)
224911.bll0782	(+)
224911.bll0781	(+)
224911.blr3680	(+)
224911.blr0867	(+)
224911.blr0019	(+)
224911.blr1769	(+)
224911.bsl8210	(+)
224911.blr3212	(+)
224911.bll0649	(+)
224911.blr4922	(+)
224911.bll4942	(+)
224911.blr6297	(+)
224911.bll7375	(+)
224911.bsr7426	(+)
224911.bll7993	(+)
224911.bll1235	(+)
224911.blr0299	(+)
224911.blr1745	(+)
224911.bll2063	(+)
224911.bsl3811	(+)
224911.bll7921	(+)
224911.blr4728	(+)
224911.blr1263	(+)
224911.blr3397	(+)
224911.bll0290	(+)
224911.bll4197	(+)
224911.bll7518	(+)
224911.bll5244	(+)
224911.bll5242	(+)
224911.blr6654	(+)
224911.blr4704	(+)
224911.bll0557	(+)
224911.bll5008	(+)
224911.bll7536	(+)
224911.bll0377	(+)
224911.bll5639	(+)
224911.bll2948	(+)
224911.blr6728	(+)
224911.blr3604	(+)
224911.bsl5225	(+)
224911.blr1936	(+)
224911.blr1850	(+)
224911.bll5022	(+)
224911.blr4513	(+)
224911.bll4732	(+)
224911.bll4731	(+)
224911.blr1328	(+)
224911.blr7248	(+)
224911.bll4253	(+)
224911.bll1047	(+)
224911.bsr6783	(+)
224911.bll6095	(+)
224911.bll2967	(+)
224911.blr1130	(+)
224911.blr7471	(+)
224911.blr2687	(+)
224911.blr2973	(+)
224911.bll3586	(+)
224911.bll0236	(+)
224911.blr1838	(+)
224911.bll0052	(+)
224911.blr1309	(+)
224911.bll6663	(+)
224911.bll3086	(+)
224911.bll4943	(+)
224911.bsl3895	(+)
224911.bll4239	(+)
224911.bll3936	(+)
224911.bll0916	(+)
224911.blr8140	(+)
224911.blr1157	(+)
224911.bsl0201	(+)
224911.bll5796	(+)
224911.bll5886	(+)
224911.bll7034	(+)
224911.bll7010	(+)
224911.bll5161	(+)
224911.blr1175	(+)
224911.bll5301	(+)
224911.blr7431	(+)
224911.bll2653	(+)
224911.blr6343	(+)
224911.bll0275	(+)
224911.blr5999	(+)
224911.bll2791	(+)
224911.bsr7727	(+)
224911.bsl1006	(+)
224911.bll7938	(+)
224911.blr0750	(+)
224911.bsr4491	(+)
224911.bll5326	(+)
224911.bll8184	(+)
224911.bll6558	(+)
224911.bsl2245	(+)
224911.blr6561	(+)
224911.blr1015	(+)
224911.bll1342	(+)
224911.blr7573	(+)
224911.blr6191	(+)
224911.blr7717	(+)
224911.blr0927	(+)
224911.bll6964	(+)
224911.bll6471	(+)
224911.bll3994	(+)
224911.blr4439	(+)
224911.blr3803	(+)
224911.bll6379	(+)
224911.bll4062	(+)
224911.blr1656	(+)
224911.blr7556	(+)
224911.bll1810	(+)
224911.bsr1232	(+)
224911.blr2810	(+)
224911.bll0991	(+)
224911.blr1043	(+)
224911.bll4516	(+)
224911.bll2633	(+)
224911.blr7053	(+)
224911.blr2666	(+)
224911.blr2486	(+)
224911.bll7863	(+)
224911.bll6353	(+)
224911.bll6351	(+)
224911.bll1389	(+)
224911.bll7402	(+)
224911.blr6489	(+)
224911.bll4690	(+)
224911.bll0525	(+)
224911.blr7284	(+)
224911.bll3157	(+)
224911.bll7513	(+)
224911.bll7385	(+)
224911.bll0713	(+)
224911.bll7673	(+)
224911.blr6250	(+)
224911.blr4440	(+)
224911.blr3774	(+)
224911.blr0529	(+)
224911.bll8026	(+)
224911.bll8025	(+)
224911.blr0988	(+)
224911.bll3178	(+)
224911.bsl1845	(+)				not used
224911.bll6256	(+)
224911.blr7894	(+)
224911.blr2118	(+)
224911.blr3795	(+)
224911.blr3798	(+)
224911.blr6918	(+)
224911.blr4224	(+)
224911.bll7521	(+)
224911.bsl4014	(+)				not used
224911.bll0327	(+)
224911.bll4346	(+)
224911.bll6275	(+)
224911.blr0227	(+)
224911.blr6074	(+)
224911.bll1275	(+)
224911.blr4022	(+)
224911.bll8256	(+)
224911.bll4579	(+)
224911.bsr1599	(+)
224911.bll6043	(+)
224911.bll4916	(+)
224911.blr6244	(+)
224911.bll6451	(+)
224911.blr2090	(+)
224911.blr2099	(+)
224911.bll0111	(+)
224911.bll1798	(+)
224911.bll5096	(+)
224911.bll4144	(+)
224911.blr6417	(+)
224911.blr7325	(+)
224911.blr6539	(+)
224911.blr8007	(+)
224911.bll7773	(+)
224911.bll0792	(+)
224911.blr3078	(+)
224911.blr1752	(+)
224911.blr1755	(+)
224911.blr6969	(+)
224911.blr6160	(+)
224911.blr2095	(+)
224911.blr5828	(+)
224911.bll0632	(+)
224911.bll3318	(+)
224911.blr5881	(+)
224911.blr1253	(+)
224911.bsl7391	(+)
224911.blr7480	(+)
224911.blr6284	(+)
224911.blr5544	(+)
224911.bll8178	(+)
224911.blr3900	(+)
224911.bll7988	(+)
224911.bsr3718	(+)
224911.blr5147	(+)
224911.blr0422	(+)
224911.bll5274	(+)
224911.bll6809	(+)
224911.blr2265	(+)
224911.bll0342	(+)
224911.blr0637	(+)
224911.bll5645	(+)
224911.bll2919	(+)
224911.bll3987	(+)
224911.blr3654	(+)
224911.bll1779	(+)
224911.blr4385	(+)
224911.bll5075	(+)
224911.blr4563	(+)
224911.blr5169	(+)
224911.bll5259	(+)
224911.blr5599	(+)
224911.blr7443	(+)
224911.blr3632	(+)
224911.bll5015	(+)
224911.blr4504	(+)
224911.bll0005	(+)
224911.bsr5054	(+)
224911.bll4254	(+)
224911.bll0506	(+)
224911.blr6103	(+)
224911.bll4876	(+)
224911.bsr3540	(+)
224911.bll4269	(+)
224911.blr2334	(+)
224911.bll8116	(+)
224911.bsl2560	(+)
224911.bsl1061	(+)
224911.blr4839	(+)
224911.bll5033	(+)
224911.bll5290	(+)
224911.blr5122	(+)
224911.blr0337	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 1.4 (14/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 1.2 (12/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 1.5 (12/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================