Metamenu

Effective results for Roseobacter sp. AzwK-3b (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 166
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 29 eukaryotic-like domains, contained in 166 proteins (38 high, 128 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
351016.RAZWK3B_18463PF01527 (PF13276)mitochondrial
351016.RAZWK3B_05872(PF02371)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_05877(PF13276)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_11672(PF00589)(mitochondrial); mitochondrial
351016.RAZWK3B_03135(PF13704)mitochondrial
351016.RAZWK3B_09791(PF03050)ER
351016.RAZWK3B_03140(PF13704)mitochondrial
351016.RAZWK3B_06647(PF11977)ER
351016.RAZWK3B_17383(PF13276)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_15388(PF00589)mitochondrial
351016.RAZWK3B_07854(PF08547)ER
351016.RAZWK3B_08521(PF13683)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_11957(PF00589)(mitochondrial); mitochondrial
351016.RAZWK3B_03185(PF00589)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_19506(PF03209)ER
351016.RAZWK3B_02600(PF13276)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_19226(PF03050)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_09836(PF00589)(plastid)
351016.RAZWK3B_13654(PF02371)(plastid)
351016.RAZWK3B_05867(PF02371)(plastid)
351016.RAZWK3B_06577(PF00589)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_06207(PF09585)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_19556(PF03209)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_00305PF01527(plastid)
351016.RAZWK3B_11897(PF00589)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_09451PF05686(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_00330PF01527 (PF13276)
351016.RAZWK3B_10767PF05686(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_11757(PF00589)(mitochondrial)
351016.RAZWK3B_13454(PF13704)(plastid)
351016.RAZWK3B_17378(PF02371)(plastid)
351016.RAZWK3B_00005(PF00589)not used
351016.RAZWK3B_12654(PF00685)
351016.RAZWK3B_18683PF01527
351016.RAZWK3B_11657(PF00589)
351016.RAZWK3B_13659(PF13683)
351016.RAZWK3B_06412(PF02371)
351016.RAZWK3B_11822(PF00589)
351016.RAZWK3B_12569(PF00685)
351016.RAZWK3B_05862(PF13683)
351016.RAZWK3B_11912(PF03050)
351016.RAZWK3B_06347(PF00589)
351016.RAZWK3B_05837(PF03050)
351016.RAZWK3B_05832(PF04577)
351016.RAZWK3B_08646(PF03050)
351016.RAZWK3B_01345(PF03098)
351016.RAZWK3B_01340(PF03098)
351016.RAZWK3B_13649(PF13276)
351016.RAZWK3B_13644PF01527
351016.RAZWK3B_09776(PF00589)
351016.RAZWK3B_11812(PF13276)
351016.RAZWK3B_11817PF01527
351016.RAZWK3B_19246(PF00589)
351016.RAZWK3B_00930(PF00685)
351016.RAZWK3B_09161(PF01936)
351016.RAZWK3B_10071PF01527
351016.RAZWK3B_14708(PF03050)
351016.RAZWK3B_00515(PF00589)
351016.RAZWK3B_17888(PF08547)
351016.RAZWK3B_16860(PF00589)
351016.RAZWK3B_08696(PF03050)
351016.RAZWK3B_01980(PF01936)
351016.RAZWK3B_14564PF01527
351016.RAZWK3B_14569(PF13276)
351016.RAZWK3B_00165(PF00685)
351016.RAZWK3B_14698PF01527
351016.RAZWK3B_05882PF01527
351016.RAZWK3B_12594(PF00589)
351016.RAZWK3B_09971PF01527
351016.RAZWK3B_20086(PF03050)
351016.RAZWK3B_06202(PF09585)
351016.RAZWK3B_14828(PF03050)
351016.RAZWK3B_00915(PF04577)
351016.RAZWK3B_10056(PF03050)
351016.RAZWK3B_08561(PF13683)
351016.RAZWK3B_09966(PF13276)
351016.RAZWK3B_12584(PF00589)
351016.RAZWK3B_08306PF01527
351016.RAZWK3B_00360(PF03050)
351016.RAZWK3B_12564(PF00685)
351016.RAZWK3B_16245(PF00589)
351016.RAZWK3B_03325PF01527
351016.RAZWK3B_03145(PF02485)
351016.RAZWK3B_18893PF11781
351016.RAZWK3B_19946(PF00589)
351016.RAZWK3B_17618(PF00589)
351016.RAZWK3B_00375PF01527
351016.RAZWK3B_09956(PF03050)
351016.RAZWK3B_08311(PF13276)
351016.RAZWK3B_11852(PF00589)not used
351016.RAZWK3B_14883(PF00589)
351016.RAZWK3B_08291(PF01936)
351016.RAZWK3B_03310(PF03050)
351016.RAZWK3B_06002(PF05706)
351016.RAZWK3B_19131(PF00094)
351016.RAZWK3B_00150PF01527
351016.RAZWK3B_18398(PF04862)
351016.RAZWK3B_08094(PF10013)not used
351016.RAZWK3B_09946PF01527
351016.RAZWK3B_17388PF01527
351016.RAZWK3B_08556(PF02371)
351016.RAZWK3B_12629(PF13276)
351016.RAZWK3B_09686(PF00589)
351016.RAZWK3B_00405(PF03098)
351016.RAZWK3B_00400(PF03098)
351016.RAZWK3B_02000(PF12831)
351016.RAZWK3B_12037PF01527
351016.RAZWK3B_18118(PF12831)
351016.RAZWK3B_18113(PF12831)
351016.RAZWK3B_00325(PF03050)
351016.RAZWK3B_08636PF01527
351016.RAZWK3B_00505(PF00589)
351016.RAZWK3B_00500(PF00589)
351016.RAZWK3B_01475(PF00589)
351016.RAZWK3B_12047(PF03050)
351016.RAZWK3B_11772(PF00589)
351016.RAZWK3B_12634PF01527
351016.RAZWK3B_19216(PF02371)
351016.RAZWK3B_10356(PF09458)
351016.RAZWK3B_09861(PF00589)
351016.RAZWK3B_04430(PF02485)
351016.RAZWK3B_02605PF01527
351016.RAZWK3B_02595(PF02371)
351016.RAZWK3B_02590(PF13683)
351016.RAZWK3B_06337(PF00589)
351016.RAZWK3B_18133(PF12831)
351016.RAZWK3B_08611PF02932
351016.RAZWK3B_18138(PF12831)
351016.RAZWK3B_00450(PF03050)
351016.RAZWK3B_12614(PF00589)
351016.RAZWK3B_09706(PF00589)
351016.RAZWK3B_01495PF01527
351016.RAZWK3B_11997PF01527
351016.RAZWK3B_14589(PF00589)
351016.RAZWK3B_00070(PF03050)
351016.RAZWK3B_00075(PF02371)
351016.RAZWK3B_07724(PF03092)
351016.RAZWK3B_08516(PF02371)
351016.RAZWK3B_18123(PF12831)not used
351016.RAZWK3B_18128(PF12831)
351016.RAZWK3B_08601PF01527
351016.RAZWK3B_00440PF01527
351016.RAZWK3B_08266PF13961
351016.RAZWK3B_08261PF14223
351016.RAZWK3B_09806PF01527
351016.RAZWK3B_05017(PF01936)
351016.RAZWK3B_00660(PF13704)
351016.RAZWK3B_04560(PF01936)
351016.RAZWK3B_10812(PF00589)
351016.RAZWK3B_05762(PF04577)
351016.RAZWK3B_00060PF01527
351016.RAZWK3B_01015(PF10162)
351016.RAZWK3B_09811(PF00589)
351016.RAZWK3B_00385(PF03050)
351016.RAZWK3B_20101PF01527
351016.RAZWK3B_00655(PF13704)
351016.RAZWK3B_00650(PF13704)
351016.RAZWK3B_10792(PF03050)
351016.RAZWK3B_03255(PF13683)
351016.RAZWK3B_14818PF01527
351016.RAZWK3B_18473(PF02371)
351016.RAZWK3B_12649(PF00685)
351016.RAZWK3B_06427PF01527
351016.RAZWK3B_05857PF01527
351016.RAZWK3B_10782PF01527
351016.RAZWK3B_17373(PF13683)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================