Effective results for Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 975
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 60 eukaryotic-like domains, contained in 975 proteins (54 high, 921 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
246196.MSMEG_2081(PF02770) (PF00441) (PF02771)ER; (ER)
246196.MSMEG_4297(PF06974) (PF03007)(ER)
246196.MSMEG_2650(PF02770) (PF08028) (PF02771)(plastid)
246196.MSMEG_2190(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4844(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2856(PF02470)ER
246196.MSMEG_2857(PF02470)ER
246196.MSMEG_2854(PF02405)mitochondrial
246196.MSMEG_2855(PF02470)ER
246196.MSMEG_2858(PF02470)ER
246196.MSMEG_2859(PF02470)ER
246196.MSMEG_5586(PF01113)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_0136(PF02470)ER
246196.MSMEG_2879(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_6562(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5267(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0348(PF02470)(ER)
246196.MSMEG_0349(PF02470)ER
246196.MSMEG_0346(PF02470)ER
246196.MSMEG_4082(PF00296)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4886(PF00083)ER; (ER)
246196.MSMEG_2070(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1821(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_6012(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0714(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_3584(PF03176)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_4715(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2013(PF00106)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_0527(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_5897(PF02470)ER
246196.MSMEG_5896(PF02470)(ER)
246196.MSMEG_5895(PF02470)ER
246196.MSMEG_5899(PF02470)ER
246196.MSMEG_5898(PF02470)(ER)
246196.MSMEG_4592(PF02770) (PF08028) (PF02771)
246196.MSMEG_5569(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_0102(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0108(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2191(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4741(PF03176)ER; (ER)
246196.MSMEG_4020(PF00378)ER
246196.MSMEG_1991(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2311(PF12680)(mitochondrial)
246196.MSMEG_1528(PF01083)ER
246196.MSMEG_1432(PF00135)ER
246196.MSMEG_3783(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2899(PF00106)mitochondrial
246196.MSMEG_1157(PF13561)(ER)
246196.MSMEG_6686(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_6354(PF01083)ER
246196.MSMEG_5818(PF02470)ER
246196.MSMEG_5813(PF13561)(mitochondrial); mitochondrial
246196.MSMEG_5810(PF00296)(mitochondrial)
246196.MSMEG_2453(PF07729)(mitochondrial); (plastid)
246196.MSMEG_4474(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2130(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1529(PF01083)(ER); plastid
246196.MSMEG_1526(PF01083)ER
246196.MSMEG_5878(PF01083)ER
246196.MSMEG_2474(PF01083)(ER)
246196.MSMEG_0185(PF03176)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_3987(PF12831)ER
246196.MSMEG_3982(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4451(PF13738)(ER)
246196.MSMEG_6584(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1497(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_3609(PF00296)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_6394(PF01083)ER
246196.MSMEG_0392(PF03033)mitochondrial
246196.MSMEG_0391(PF05711)(mitochondrial)
246196.MSMEG_3668(PF02770) (PF08028) (PF02771)
246196.MSMEG_2536(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_5622(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0667(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0250(PF03176)ER
246196.MSMEG_3511(PF12831)(ER); ER
246196.MSMEG_3472(PF07958)(mitochondrial); (plastid)
246196.MSMEG_0410(PF03176)ER
246196.MSMEG_3392(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0603(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1894(PF00106)mitochondrial
246196.MSMEG_1071(PF13561)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_4163(PF13561)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_4166(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4832(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4836(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2992(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1403(PF01083)ER; (ER)
246196.MSMEG_0338(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1031(PF12680)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4064(PF08240)mitochondrial
246196.MSMEG_4785(PF02470)ER
246196.MSMEG_4786(PF02470)mitochondrial
246196.MSMEG_4787(PF02470)ER
246196.MSMEG_4877(PF02515)(ER)
246196.MSMEG_4874(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2205(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2208(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0763(PF03176)ER
246196.MSMEG_0578(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2860(PF02470)ER; (ER)
246196.MSMEG_4111(PF02515)(ER)
246196.MSMEG_5901(PF02405)(mitochondrial)
246196.MSMEG_5900(PF02470)ER
246196.MSMEG_5906(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4118(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0351(PF02470)ER
246196.MSMEG_0350(PF02470)ER
246196.MSMEG_6512(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_6511(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5596(PF13561)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_6014(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2808(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4330(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_0831(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4095(PF00296)ER
246196.MSMEG_4547(PF02770) (PF08028) (PF02771)
246196.MSMEG_2001(PF00083)ER
246196.MSMEG_0531(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_3847(PF02727) (PF02728) (PF01179)
246196.MSMEG_1623(PF00106) (PF07993)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4398(PF00296)(mitochondrial)
246196.MSMEG_6709(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_0137(PF02470)mitochondrial
246196.MSMEG_0135(PF02470)ER
246196.MSMEG_0133(PF02405)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_0139(PF02470)ER
246196.MSMEG_0138(PF02470)mitochondrial
246196.MSMEG_2885(PF00106)(mitochondrial); mitochondrial
246196.MSMEG_1142(PF02405)(ER)
246196.MSMEG_1145(PF02470)(ER)
246196.MSMEG_1144(PF02470)ER
246196.MSMEG_1147(PF02470)mitochondrial; ER
246196.MSMEG_1146(PF02470)ER
246196.MSMEG_5491(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5494(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4076(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5802(PF13561)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_2466(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0194(PF01083)ER; (ER)
246196.MSMEG_3009(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_5619(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5862(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_5869(PF13561)(mitochondrial); (ER)
246196.MSMEG_1904(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2107(PF13810)ER
246196.MSMEG_2103(PF00296)(mitochondrial); plastid
246196.MSMEG_0241(PF03176)ER
246196.MSMEG_0407(PF01113)mitochondrial
246196.MSMEG_6833(PF08240)ER
246196.MSMEG_0382(PF03176)(ER)
246196.MSMEG_2526(PF02727) (PF02728) (PF01179)
246196.MSMEG_0671(PF08240)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4360(PF13810)mitochondrial
246196.MSMEG_4365(PF13810)ER
246196.MSMEG_0463(PF03176)(ER)
246196.MSMEG_5178(PF03176)mitochondrial
246196.MSMEG_6041(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_4826(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_0614(PF04072)(ER)
246196.MSMEG_1882(PF03007) (PF06974)(plastid)
246196.MSMEG_6255(PF13810)ER
246196.MSMEG_5993(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5197(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1475(PF00296)mitochondrial; (mitochondrial)
246196.MSMEG_4805(PF02770) (PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_6405(PF01744)mitochondrial
246196.MSMEG_1184(PF01083)(ER)
246196.MSMEG_2564(PF08240)(ER)
246196.MSMEG_3515(PF13561)mitochondrial
246196.MSMEG_4004(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4793(PF02470)ER
246196.MSMEG_4792(PF02470)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4798(PF02515)(ER)
246196.MSMEG_1213(PF00067)mitochondrial
246196.MSMEG_2095(PF01083)ER
246196.MSMEG_3301(PF00296)(ER)
246196.MSMEG_6916(PF00106)plastid
246196.MSMEG_0547(PF13551)(plastid)
246196.MSMEG_2212(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_1009(PF00067)(mitochondrial)
246196.MSMEG_5242(PF06974) (PF03007)
246196.MSMEG_3321(PF02515)plastid
246196.MSMEG_0737(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_0344(PF02405)(ER)
246196.MSMEG_0347(PF02470)(ER)
246196.MSMEG_4084(PF08028) (PF02770)
246196.MSMEG_2077(PF08028) (PF02771)
246196.MSMEG_6795(PF00378)(mitochondrial)
246196.MSMEG_6015(PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5891(PF13551)(plastid)
246196.MSMEG_5544(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_1387(PF00441) (PF02770)
246196.MSMEG_6038(PF08028) (PF02771)
246196.MSMEG_0290(PF03007) (PF06974)
246196.MSMEG_1992(PF02515)(ER)
246196.MSMEG_2317(PF08240)(plastid)
246196.MSMEG_3823(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4685(PF03171) (PF14226)
246196.MSMEG_5584(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4008(PF03171) (PF14226)
246196.MSMEG_4007(PF03171) (PF14226)
246196.MSMEG_0219(PF12680)(mitochondrial)
246196.MSMEG_2477(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4188(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_6589(PF13551)(plastid)
246196.MSMEG_6585(PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_6581(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_1410(PF13561)(mitochondrial)
246196.MSMEG_6848(PF00106)(plastid)
246196.MSMEG_0414(PF03171) (PF14226)
246196.MSMEG_4013(PF00296)(plastid)
246196.MSMEG_6454(PF00296)(ER)
246196.MSMEG_4834(PF02515)(ER)
246196.MSMEG_6478(PF00067)(ER)
246196.MSMEG_2993(PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_6662(PF00106) (PF13561)
246196.MSMEG_6881(PF07729)(plastid)
246196.MSMEG_6322(PF03007) (PF06974)
246196.MSMEG_4164(PF00378)(mitochondrial)
246196.MSMEG_2080(PF00441) (PF02770)
246196.MSMEG_1037(PF08240)(plastid)
246196.MSMEG_3948(PF03007) (PF06974)
246196.MSMEG_0681(PF00067)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4094(PF08028) (PF02770)
246196.MSMEG_4727(PF08240)(ER)
246196.MSMEG_4113(PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5907(PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_5732(PF00296)(mitochondrial)
246196.MSMEG_5731(PF07729)(mitochondrial)
246196.MSMEG_1607(PF14832)(mitochondrial)
246196.MSMEG_6016(PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_2805(PF13551)(plastid)
246196.MSMEG_4097(PF08028) (PF02771)
246196.MSMEG_1628(PF00106)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4391(PF08028) (PF02770)
246196.MSMEG_4705(PF03007) (PF06974)
246196.MSMEG_2026(PF00106)(plastid)
246196.MSMEG_2289(PF00067)(mitochondrial)
246196.MSMEG_3259(PF08028) (PF02770)
246196.MSMEG_1148(PF02470)(mitochondrial)
246196.MSMEG_0198(PF08028) (PF02771)
246196.MSMEG_5618(PF00441) (PF02771)
246196.MSMEG_1906(PF00106) (PF07729)
246196.MSMEG_1299(PF03171) (PF14226)
246196.MSMEG_1120(PF00795)(mitochondrial)
246196.MSMEG_0406(PF00441) (PF02770)
246196.MSMEG_4121(PF07729)(mitochondrial)
246196.MSMEG_4363(PF12680)(plastid)
246196.MSMEG_4619(PF00067)(plastid)
246196.MSMEG_0443(PF00795)plastid
246196.MSMEG_1905(PF00441) (PF02771)
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246196.MSMEG_4822(PF13459)
246196.MSMEG_4824PF05241
246196.MSMEG_4829(PF00067)
246196.MSMEG_4828(PF08240)
246196.MSMEG_6284(PF02353)
246196.MSMEG_1258PF01610
246196.MSMEG_1257PF07929
246196.MSMEG_6463PF07929
246196.MSMEG_6462PF01610
246196.MSMEG_0611(PF00135)
246196.MSMEG_1888(PF04072)
246196.MSMEG_4340(PF08240)
246196.MSMEG_4617(PF00795)
246196.MSMEG_4347(PF03492)
246196.MSMEG_6616(PF08240)
246196.MSMEG_0822(PF00067)
246196.MSMEG_4423(PF08240)
246196.MSMEG_5995(PF00067)
246196.MSMEG_5999(PF00106)
246196.MSMEG_5198(PF00378)
246196.MSMEG_4119(PF00378)
246196.MSMEG_3151(PF13561)
246196.MSMEG_4807(PF04909)
246196.MSMEG_4803(PF00067)
246196.MSMEG_4802(PF13459)
246196.MSMEG_4801(PF13561)
246196.MSMEG_4800(PF13561)
246196.MSMEG_4808(PF04909)
246196.MSMEG_3345(PF07729)
246196.MSMEG_3347(PF00795)
246196.MSMEG_3166PF01610
246196.MSMEG_3693(PF00067)
246196.MSMEG_2566(PF13561)
246196.MSMEG_2567(PF13738)
246196.MSMEG_2563(PF00067)
246196.MSMEG_2560(PF13622)
246196.MSMEG_0585(PF02515)
246196.MSMEG_0580(PF13622)
246196.MSMEG_5038(PF00067)
246196.MSMEG_2988(PF00795)
246196.MSMEG_4329(PF01039)
246196.MSMEG_4637(PF11927)
246196.MSMEG_0802PF01610
246196.MSMEG_0801PF07929
246196.MSMEG_5201(PF07729)
246196.MSMEG_5204(PF13561)
246196.MSMEG_1048(PF00378)
246196.MSMEG_3912(PF13561)
246196.MSMEG_3915(PF08240)
246196.MSMEG_4794(PF02470)
246196.MSMEG_4791PF07929
246196.MSMEG_4790PF01610
246196.MSMEG_0325(PF12680)
246196.MSMEG_4863(PF00296)
246196.MSMEG_2232(PF04909)
246196.MSMEG_2230(PF04909)
246196.MSMEG_2235(PF04909)
246196.MSMEG_2548(PF13561)
246196.MSMEG_1027(PF00296)
246196.MSMEG_4141(PF00296)
246196.MSMEG_1782(PF13561)
246196.MSMEG_3559(PF00106)
246196.MSMEG_3551(PF00067)
246196.MSMEG_3554(PF00296)
246196.MSMEG_3555(PF00795)
246196.MSMEG_3556(PF02133)
246196.MSMEG_4027(PF08240)
246196.MSMEG_3977(PF00296)
246196.MSMEG_6505(PF00881)
246196.MSMEG_0771(PF00106)
246196.MSMEG_0777(PF00296)
246196.MSMEG_0300(PF04909)
246196.MSMEG_0303(PF08240)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================