Effective results for Shewanella oneidensis MR-1 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 859
- Predicted by EffectiveT3: 222 (high confidence), 334 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 28 within, 24 before, 48 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 123
- Predicted by EffectiveELD: 15 eukaryotic-like domains, contained in 185 proteins (133 high, 52 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
| Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
|---|---|---|---|---|---|
| 211586.SO_3142 | (>) | + | ER | ||
| 211586.SO_2420 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_4551 | + | ER | |||
| 211586.SO_0736 | + | ER | |||
| 211586.SO_0737 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_3387 | + | (mitochondrial); plastid | |||
| 211586.SO_1137 | + | ER | |||
| 211586.SO_0033 | + | ER | |||
| 211586.SO_4053 | + | ER | |||
| 211586.SO_4616 | + | ER | |||
| 211586.SO_1067 | (<) | (ER) | |||
| 211586.SO_1060 | + | ER | |||
| 211586.SO_0280 | + | ER | |||
| 211586.SO_3094 | + | ER | |||
| 211586.SO_4269 | (PF00665) | mitochondrial | |||
| 211586.SO_2806 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_2801 | + | mitochondrial | |||
| 211586.SO_3880 | + | (PF00665) (PF13551) | |||
| 211586.SO_3642 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_3085 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_2601 | + | ER | |||
| 211586.SO_0994 | + | ER | |||
| 211586.SO_3514 | + | ER; (ER) | |||
| 211586.SO_3510 | + | (mitochondrial); (ER) | |||
| 211586.SO_2337 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_1880 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_1001 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_1222 | + | mitochondrial | |||
| 211586.SO_1821 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_2854 | (PF04970) | ER | |||
| 211586.SO_2920 | + | ER | |||
| 211586.SO_3457 | + | ER | |||
| 211586.SO_3690 | (<) | mitochondrial | |||
| 211586.SO_3926 | (>) | mitochondrial | |||
| 211586.SO_1109 | (PF02424) | mitochondrial | |||
| 211586.SO_4649 | + | ER | |||
| 211586.SO_1037 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3336 | + | (mitochondrial); plastid | |||
| 211586.SO_3842 | + | ER | |||
| 211586.SO_3063 | (<) | (ER) | |||
| 211586.SO_3997 | (>) | ER; (ER) | |||
| 211586.SO_2622 | + | ER | |||
| 211586.SO_3686 | + | ER | |||
| 211586.SO_3665 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_2553 | + | ER | |||
| 211586.SO_4654 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_1027 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_0409 | (>) | ER; (ER) | |||
| 211586.SO_4316 | + | ER | |||
| 211586.SO_3052 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_3238 | + | (>) | plastid | ||
| 211586.SO_4139 | + | ER | |||
| 211586.SO_2942 | + | ER | |||
| 211586.SO_0965 | (PF00665) | mitochondrial | |||
| 211586.SO_3543 | + | (PF00665) (PF13551) | |||
| 211586.SO_3547 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 211586.SO_3513 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_0362 | + | mitochondrial | |||
| 211586.SO_0786 | + | ER | |||
| 211586.SO_0789 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1418 | (PF02424) | ER | |||
| 211586.SO_3952 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_2803 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_4570 | + | ER | |||
| 211586.SO_2972 | + | ER | |||
| 211586.SO_4203 | + | ER | |||
| 211586.SO_3781 | + | ER | |||
| 211586.SO_3493 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3974 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_3565 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_3560 | + | ER | |||
| 211586.SO_3761 | + | ER | |||
| 211586.SO_4682 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3243 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_1090 | (PF02424) | (ER) | |||
| 211586.SO_4434 | + | ER | |||
| 211586.SO_1724 | + | ER | |||
| 211586.SO_3361 | + | ER | |||
| 211586.SO_3132 | + | (mitochondrial); plastid | |||
| 211586.SO_3571 | + | ER | |||
| 211586.SO_2728 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_2160 | (PF00665) | mitochondrial | |||
| 211586.SO_3585 | + | (>) | (mitochondrial) | ||
| 211586.SO_3582 | + | ER | |||
| 211586.SO_1188 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_4588 | + | ER | |||
| 211586.SO_3174 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_2537 | + | ER | |||
| 211586.SO_2240 | + | ER | |||
| 211586.SO_1531 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1844 | + | ER; (ER) | |||
| 211586.SO_1044 | + | ER | |||
| 211586.SO_3101 | + | ER | |||
| 211586.SO_0712 | + | plastid | |||
| 211586.SO_0710 | + | (>) | + | ||
| 211586.SO_4150 | (PF16983) | mitochondrial | |||
| 211586.SO_2751 | (>) | ER | |||
| 211586.SO_4715 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_4561 | + | ER | |||
| 211586.SO_2748 | + | ER | |||
| 211586.SO_4385 | + | ER | |||
| 211586.SO_0672 | (<) | ER | |||
| 211586.SO_3890 | + | ER | |||
| 211586.SO_3731 | + | ER | |||
| 211586.SO_4425 | + | mitochondrial; plastid | |||
| 211586.SO_0987 | + | ER | |||
| 211586.SO_4701 | + | ER; (ER) | |||
| 211586.SO_3877 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1465 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1464 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_0396 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3254 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_3252 | (>) | + | |||
| 211586.SO_2172 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2277 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2275 | (PF13551) | (plastid) | |||
| 211586.SO_1079 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_4365 | + | (>) | |||
| 211586.SO_0657 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0656 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_3239 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3398 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_3397 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_3395 | (+) | (ER) | |||
| 211586.SO_3391 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_4506 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_4723 | (+) | ER; (ER) | |||
| 211586.SO_4533 | (PF13551) | (plastid) | |||
| 211586.SO_4283 | (PF02424) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_4442 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_4441 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4198 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_0834 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2057 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2056 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1129 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_4184 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4183 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1904 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1905 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2842 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_4278 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4277 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2026 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2025 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_1134 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1130 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_1279.2 | + | PF00872 | |||
| 211586.SO_0774 | + | plastid | |||
| 211586.SO_1238 | + | (>) | |||
| 211586.SO_4247 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3219 | + | plastid | |||
| 211586.SO_4293 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_0983 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0982 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4294 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2031 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2032 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_3293 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_3297 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 211586.SO_1102 | (+) | ER | |||
| 211586.SO_2955 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_0345 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2827 | + | + | |||
| 211586.SO_2130 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2131 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2134 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2135 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2314 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2315 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1025 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_1024 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0374 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0375 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_1205 | (>) | + | |||
| 211586.SO_3237 | + | plastid | |||
| 211586.SO_0891 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_0892 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_4147 | (+) | (ER) | |||
| 211586.SO_1763 | + | (>) | |||
| 211586.SO_1563 | + | + | |||
| 211586.SO_1561 | + | (PF09127) | |||
| 211586.SO_1301 | + | + | |||
| 211586.SO_4412 | (+) | ER | |||
| 211586.SO_4301 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4300 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1781 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_3223 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_2156 | + | plastid | |||
| 211586.SO_2376 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2375 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_3960 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3569 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2369 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2368 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4686 | (<) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2218 | (+) | (>) | plastid | ||
| 211586.SO_3337 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_4439 | (+) | ER | |||
| 211586.SO_1133 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_3972 | PF01527 | (plastid) | |||
| 211586.SO_3794 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_4103 | + | + | |||
| 211586.SO_4101 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_2171 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2511 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_3570 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0844 | + | ER; not used | |||
| 211586.SO_2221 | (+) | (>) | (mitochondrial) | ||
| 211586.SO_1224 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1080 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_1083 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_1082 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_0684 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0685 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4594 | (+) | (ER) | |||
| 211586.SO_4593 | (+) | ER | |||
| 211586.SO_2169 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2168 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_1980 | + | (>) | |||
| 211586.SO_4581 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_4580 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0211 | (PF13551) | (plastid) | |||
| 211586.SO_3359 | (+) | (ER) | |||
| 211586.SO_2244 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1236 | + | + | |||
| 211586.SO_1192 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_0005 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3100 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2743 | + | (plastid) | |||
| 211586.SO_3615 | + | (ER) | |||
| 211586.SO_3610 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_3929 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 211586.SO_0873 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1514 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_0495 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_0494 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_3696 | (+) | ER | |||
| 211586.SO_2733 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2734 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_3607 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_3606 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_3609 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_2462 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2463 | PF01527 | (ER) | |||
| 211586.SO_0660 | + | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1515 | (+) | (PF00665) PF13276 | |||
| 211586.SO_2874 | (PF13551) | (plastid) | |||
| 211586.SO_0643 | (+) | (PF00665) | |||
| 211586.SO_1269 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_4141 | (>) | ||||
| 211586.SO_1863 | + | ||||
| 211586.SO_1861 | + | ||||
| 211586.SO_0393 | + | ||||
| 211586.SO_3125 | (+) | (ER) | |||
| 211586.SO_0648 | + | ||||
| 211586.SO_0731 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_3451.2 | PF13276 | ||||
| 211586.SO_2092 | (<) | ||||
| 211586.SO_3699.1 | + | ||||
| 211586.SO_2389 | + | ||||
| 211586.SO_2384 | + | ||||
| 211586.SO_2471 | + | ||||
| 211586.SO_3410 | + | ||||
| 211586.SO_2272 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3272 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_2078 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2072 | + | ||||
| 211586.SO_1070 | + | ||||
| 211586.SO_1072 | (+) | plastid | |||
| 211586.SO_4739 | + | ||||
| 211586.SO_4737 | + | ||||
| 211586.SO_0411 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_1678 | + | ||||
| 211586.SO_0658 | + | ||||
| 211586.SO_4549 | + | not used | |||
| 211586.SO_4545 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1385 | + | ||||
| 211586.SO_1817 | + | ||||
| 211586.SO_2439.2 | + | ||||
| 211586.SO_3625 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_4054 | + | ||||
| 211586.SO_2660 | + | ||||
| 211586.SO_3712 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3399 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3392 | + | (<) | |||
| 211586.SO_2447 | + | ||||
| 211586.SO_2911 | + | ||||
| 211586.SO_2284 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_2283 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_2280 | (+) | (ER) | |||
| 211586.SO_2042 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2045 | + | ||||
| 211586.SO_2974.1 | (<) | ||||
| 211586.SO_1483 | + | ||||
| 211586.SO_1393 | + | ||||
| 211586.SO_1394 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_1396 | + | ||||
| 211586.SO_0686 | + | ||||
| 211586.SO_4284 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_0287 | + | ||||
| 211586.SO_2050 | + | ||||
| 211586.SO_0752 | + | ||||
| 211586.SO_3878 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3096 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3092 | + | ||||
| 211586.SO_0683 | + | ||||
| 211586.SO_4066 | (<) | ||||
| 211586.SO_4268 | PF01527 | ||||
| 211586.SO_4260 | + | ||||
| 211586.SO_2459 | + | ||||
| 211586.SO_2458 | + | ||||
| 211586.SO_2909 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_2452 | + | ||||
| 211586.SO_3477 | + | ||||
| 211586.SO_3478 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_0766.1 | + | ||||
| 211586.SO_2292 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3504 | + | ||||
| 211586.SO_3501 | + | ||||
| 211586.SO_0819 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_1122 | + | ||||
| 211586.SO_1652 | + | ||||
| 211586.SO_1121 | (>) | ||||
| 211586.SO_3705 | + | ||||
| 211586.SO_1018 | + | ||||
| 211586.SO_0638 | (<) | ||||
| 211586.SO_4520 | + | ||||
| 211586.SO_0527 | + | ||||
| 211586.SO_1833 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_4452 | (<) | ||||
| 211586.SO_3886 | (>) | ||||
| 211586.SO_3884 | + | ||||
| 211586.SO_3649 | + | ||||
| 211586.SO_3261 | + | ||||
| 211586.SO_2116 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2113 | + | ||||
| 211586.SO_2119 | (<) | ||||
| 211586.SO_2020 | + | ||||
| 211586.SO_3518 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2525 | + | ||||
| 211586.SO_2339 | + | ||||
| 211586.SO_2333 | + | ||||
| 211586.SO_4672 | + | ||||
| 211586.SO_0605 | + | ||||
| 211586.SO_0196 | + | ||||
| 211586.SO_0776 | + | ||||
| 211586.SO_0773 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_4098 | (>) | ||||
| 211586.SO_3858 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3075 | + | ||||
| 211586.SO_4088 | + | ||||
| 211586.SO_2613 | (>) | ||||
| 211586.SO_3215 | (>) | ||||
| 211586.SO_3180 | + | ||||
| 211586.SO_2853 | + | ||||
| 211586.SO_2927 | + | ||||
| 211586.SO_2107 | + | ||||
| 211586.SO_2103 | (PF02424) | ||||
| 211586.SO_2102 | + | ||||
| 211586.SO_3455 | + | ||||
| 211586.SO_3456 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_3451 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3321 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_0984 | + | ||||
| 211586.SO_0526 | + | ||||
| 211586.SO_2585 | + | ||||
| 211586.SO_2584 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_1346 | (>) | ||||
| 211586.SO_2034 | + | ||||
| 211586.SO_2037 | (PF13495) | ||||
| 211586.SO_2036 | (PF13495) | ||||
| 211586.SO_3522 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2328 | + | ||||
| 211586.SO_2324 | + | ||||
| 211586.SO_2321 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3923 | + | ||||
| 211586.SO_4565 | (+) | (ER) | |||
| 211586.SO_1035 | + | ||||
| 211586.SO_0619 | + | ||||
| 211586.SO_1244 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_0502 | + | ||||
| 211586.SO_1699 | (+) | + | |||
| 211586.SO_1694 | + | ||||
| 211586.SO_3848 | (+) | + | |||
| 211586.SO_3067 | + | ||||
| 211586.SO_4257 | + | ||||
| 211586.SO_4256 | + | ||||
| 211586.SO_4259 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2624 | + | ||||
| 211586.SO_3882 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3206 | (<) | ||||
| 211586.SO_3191 | + | ||||
| 211586.SO_3198 | + | ||||
| 211586.SO_2829 | + | ||||
| 211586.SO_0616 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_4275.4 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_3443 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_0976 | + | ||||
| 211586.SO_3683 | (+) | + | |||
| 211586.SO_2559 | + | ||||
| 211586.SO_2552 | + | ||||
| 211586.SO_3530 | + | ||||
| 211586.SO_0885 | + | ||||
| 211586.SO_2840 | + | ||||
| 211586.SO_3861 | + | ||||
| 211586.SO_1361 | + | ||||
| 211586.SO_1026 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1599 | + | ||||
| 211586.SO_1597 | + | ||||
| 211586.SO_4405 | + | ||||
| 211586.SO_0387 | + | ||||
| 211586.SO_0152 | + | ||||
| 211586.SO_0154 | + | ||||
| 211586.SO_4315 | + | ||||
| 211586.SO_1974 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_4318 | + | ||||
| 211586.SO_3944 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_4135 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_2129 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_0966 | PF01527 | ||||
| 211586.SO_2012 | (<) | ||||
| 211586.SO_2014 | + | ||||
| 211586.SO_3542 | + | ||||
| 211586.SO_3544 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_2490 | + | ||||
| 211586.SO_2686 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_1505 | + | ||||
| 211586.SO_1767 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1562 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_1162 | + | ||||
| 211586.SO_1305 | + | ||||
| 211586.SO_0366 | + | ||||
| 211586.SO_0788 | + | ||||
| 211586.SO_0146 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_0145 | + | ||||
| 211586.SO_1787 | (>) | ||||
| 211586.SO_0095 | + | ||||
| 211586.SO_3824 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3049 | + | ||||
| 211586.SO_3044 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1254 | + | ||||
| 211586.SO_4233 | + | ||||
| 211586.SO_4239 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_2691 | + | ||||
| 211586.SO_2694 | + | ||||
| 211586.SO_4275.1 | + | ||||
| 211586.SO_2150 | + | ||||
| 211586.SO_2157 | + | ||||
| 211586.SO_3317 | + | ||||
| 211586.SO_0958 | + | ||||
| 211586.SO_0378 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1755 | + | ||||
| 211586.SO_2571 | + | ||||
| 211586.SO_2590 | (>) | ||||
| 211586.SO_3550 | + | ||||
| 211586.SO_2970 | + | ||||
| 211586.SO_2971 | + | ||||
| 211586.SO_2201 | + | ||||
| 211586.SO_1575 | + | ||||
| 211586.SO_4151 | + | ||||
| 211586.SO_2952 | + | ||||
| 211586.SO_0131 | + | ||||
| 211586.SO_1409 | + | ||||
| 211586.SO_1950 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_1402 | + | ||||
| 211586.SO_4330 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_4332 | + | ||||
| 211586.SO_4339 | + | ||||
| 211586.SO_0048 | + | ||||
| 211586.SO_3783 | + | ||||
| 211586.SO_3789 | + | ||||
| 211586.SO_3966 | + | ||||
| 211586.SO_2811 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2817 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2819 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_3499 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_2563 | + | ||||
| 211586.SO_3567 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_3764 | + | ||||
| 211586.SO_2967 | + | ||||
| 211586.SO_3360 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3248 | + | ||||
| 211586.SO_2211 | (PF13495) | ||||
| 211586.SO_2210 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_1093 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_4753 | + | ||||
| 211586.SO_1145 | + | ||||
| 211586.SO_1148 | + | ||||
| 211586.SO_4432 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_4437 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_4436 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_1971 | + | ||||
| 211586.SO_1438 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1436 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_0828 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_3029 | + | ||||
| 211586.SO_3024 | + | ||||
| 211586.SO_0055 | PF06552 | ||||
| 211586.SO_2445 | + | ||||
| 211586.SO_3152 | + | ||||
| 211586.SO_2443 | + | ||||
| 211586.SO_1552.2 | + | ||||
| 211586.SO_3244 | + | ||||
| 211586.SO_2516 | + | ||||
| 211586.SO_2517 | + | ||||
| 211586.SO_3575 | + | ||||
| 211586.SO_0840 | + | ||||
| 211586.SO_2688 | + | ||||
| 211586.SO_0356 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2359 | + | ||||
| 211586.SO_2226 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_4748 | (<) | ||||
| 211586.SO_0688 | + | ||||
| 211586.SO_3236 | + | ||||
| 211586.SO_3017 | + | ||||
| 211586.SO_3019 | + | ||||
| 211586.SO_0596 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3902 | + | ||||
| 211586.SO_3164 | + | ||||
| 211586.SO_3168 | + | ||||
| 211586.SO_2161 | PF01527 | ||||
| 211586.SO_2164 | (PF13495) | ||||
| 211586.SO_2763 | (>) | ||||
| 211586.SO_4000 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_1455 | + | ||||
| 211586.SO_2985 | + | ||||
| 211586.SO_2984 | + | ||||
| 211586.SO_1353 | + | ||||
| 211586.SO_2989 | + | ||||
| 211586.SO_2439 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_2344 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2187 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_3495 | (>) | ||||
| 211586.SO_2946 | (+) | + | |||
| 211586.SO_2239 | + | ||||
| 211586.SO_3496 | + | ||||
| 211586.SO_1635 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_1633 | + | ||||
| 211586.SO_1630 | + | ||||
| 211586.SO_1183 | + | ||||
| 211586.SO_0102 | + | ||||
| 211586.SO_1456 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_1986 | + | ||||
| 211586.SO_1989 | (>) | ||||
| 211586.SO_4345 | + | ||||
| 211586.SO_4344 | + | ||||
| 211586.SO_4583 | + | ||||
| 211586.SO_4582 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3000 | + | ||||
| 211586.SO_0074 | + | ||||
| 211586.SO_0071 | (+) | + | |||
| 211586.SO_0586 | + | ||||
| 211586.SO_1857 | + | ||||
| 211586.SO_1853 | + | ||||
| 211586.SO_1541 | (+) | (PF01609) | |||
| 211586.SO_4163 | + | ||||
| 211586.SO_4165 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_0687 | + | ||||
| 211586.SO_4011 | + | ||||
| 211586.SO_0644 | (<) | ||||
| 211586.SO_3755 | + | not used | |||
| 211586.SO_3752 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_0645 | + | ||||
| 211586.SO_0410 | (<) | ||||
| 211586.SO_2464 | + | ||||
| 211586.SO_2407 | (>) | ||||
| 211586.SO_3916 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_2245 | + | ||||
| 211586.SO_1898 | + | ||||
| 211586.SO_2342 | + | ||||
| 211586.SO_1893 | + | ||||
| 211586.SO_1895 | + | ||||
| 211586.SO_1629 | (+) | (plastid) | |||
| 211586.SO_1242 | + | ||||
| 211586.SO_1997 | (PF09127) | ||||
| 211586.SO_4374 | + | ||||
| 211586.SO_1447 | (PF04970) | ||||
| 211586.SO_1449 | + | not used | |||
| 211586.SO_4574 | + | ||||
| 211586.SO_1841 | + | ||||
| 211586.SO_4483 | + | ||||
| 211586.SO_2213.1 | + | ||||
| 211586.SO_3618 | (>) | ||||
| 211586.SO_3925 | + | ||||
| 211586.SO_4024 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2528 | (PF13495) | ||||
| 211586.SO_0878 | + | ||||
| 211586.SO_3723 | + | ||||
| 211586.SO_3728 | + | ||||
| 211586.SO_0676 | (+) | + | |||
| 211586.SO_0433 | + | ||||
| 211586.SO_2418 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3232 | + | ||||
| 211586.SO_1512 | + | ||||
| 211586.SO_2255 | + | ||||
| 211586.SO_1501 | + | ||||
| 211586.SO_0944 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_4443 | + | ||||
| 211586.SO_1616 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_0372 | + | ||||
| 211586.SO_1470 | + | ||||
| 211586.SO_4366 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 211586.SO_1277 | + | ||||
| 211586.SO_0015 | (+) | + | |||
| 211586.SO_3733.1 | (PF13661) | ||||
| 211586.SO_1871 | PF01536 | ||||
| 211586.SO_1875 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1877 | + | ||||
| 211586.SO_4497 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_4498 | + | ||||
| 211586.SO_3117 | + | ||||
| 211586.SO_0708 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_0700 | + | not used | |||
| 211586.SO_4386 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_4597 | + | ||||
| 211586.SO_2738 | + | ||||
| 211586.SO_2732 | (PF01609) | ||||
| 211586.SO_3608 | (>) | ||||
| 211586.SO_3935 | + | ||||
| 211586.SO_2647 | (+) | (>) | |||
| 211586.SO_1935 | + | ||||
| 211586.SO_2392 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_2467 | + | ||||
| 211586.SO_2264 | (>) | ||||
| 211586.SO_2871 | + | ||||
| 211586.SO_4707 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_3876 | PF00872 | ||||
| 211586.SO_1282 | PF12762 | ||||
| 211586.SO_1468 | (+) | ||||
| 211586.SO_1264 | (+) | ||||
| 211586.SO_0245 | (+) | ||||
| 211586.SO_3127 | (+) | ||||
| 211586.SO_3380 | (+) | ||||
| 211586.SO_3635 | (+) | ||||
| 211586.SO_3639 | (+) | ||||
| 211586.SO_2093 | (+) | ||||
| 211586.SO_2380 | (+) | ||||
| 211586.SO_2473 | (+) | ||||
| 211586.SO_4730 | (+) | ||||
| 211586.SO_4731 | (+) | ||||
| 211586.SO_4733 | (+) | ||||
| 211586.SO_4600 | (+) | ||||
| 211586.SO_4607 | (+) | ||||
| 211586.SO_1496 | (+) | ||||
| 211586.SO_1702 | (+) | ||||
| 211586.SO_0384 | (+) | ||||
| 211586.SO_0697 | (+) | ||||
| 211586.SO_0729 | (+) | not used | |||
| 211586.SO_0694 | (+) | ||||
| 211586.SO_2715 | (+) | ||||
| 211586.SO_2661 | (+) | ||||
| 211586.SO_3247 | (+) | ||||
| 211586.SO_0346 | (+) | ||||
| 211586.SO_3409 | (+) | ||||
| 211586.SO_3368 | (+) | ||||
| 211586.SO_1745 | (+) | ||||
| 211586.SO_2049 | (+) | ||||
| 211586.SO_2046 | (+) | ||||
| 211586.SO_0689 | (+) | ||||
| 211586.SO_4614 | (+) | ||||
| 211586.SO_1484 | (+) | ||||
| 211586.SO_2896 | (+) | ||||
| 211586.SO_1930 | (+) | ||||
| 211586.SO_3656 | (+) | ||||
| 211586.SO_4060 | (+) | ||||
| 211586.SO_4265 | (+) | ||||
| 211586.SO_4262 | (+) | ||||
| 211586.SO_2903 | (+) | ||||
| 211586.SO_2297 | (+) | ||||
| 211586.SO_2055 | (+) | ||||
| 211586.SO_2229 | (+) | ||||
| 211586.SO_3296 | (+) | ||||
| 211586.SO_1017 | (+) | ||||
| 211586.SO_0742 | (+) | ||||
| 211586.SO_4187 | (+) | ||||
| 211586.SO_4180 | (+) | ||||
| 211586.SO_3643 | (+) | not used | |||
| 211586.SO_3083 | (+) | ||||
| 211586.SO_4072 | (+) | ||||
| 211586.SO_2609 | (+) | ||||
| 211586.SO_3660.1 | (+) | ||||
| 211586.SO_2022 | (+) | ||||
| 211586.SO_2024 | (+) | ||||
| 211586.SO_3516 | (+) | ||||
| 211586.SO_2027.3 | (+) | ||||
| 211586.SO_4677 | (+) | ||||
| 211586.SO_1006 | (+) | ||||
| 211586.SO_0179 | (+) | ||||
| 211586.SO_3676 | (+) | ||||
| 211586.SO_3672 | (+) | ||||
| 211586.SO_3854 | (+) | ||||
| 211586.SO_3987 | (+) | ||||
| 211586.SO_3183 | (+) | ||||
| 211586.SO_2929 | (+) | ||||
| 211586.SO_2582 | (+) | ||||
| 211586.SO_2035 | (+) | ||||
| 211586.SO_0299 | (+) | ||||
| 211586.SO_2329 | (+) | ||||
| 211586.SO_2039 | (+) | ||||
| 211586.SO_4643 | (+) | ||||
| 211586.SO_4504 | (+) | ||||
| 211586.SO_2947 | (+) | ||||
| 211586.SO_4479 | (+) | ||||
| 211586.SO_4475 | (+) | ||||
| 211586.SO_1363 | (+) | ||||
| 211586.SO_1690 | (+) | ||||
| 211586.SO_3684 | (+) | ||||
| 211586.SO_3841 | (+) | ||||
| 211586.SO_3668 | (+) | ||||
| 211586.SO_0977 | (+) | ||||
| 211586.SO_0971 | (+) | ||||
| 211586.SO_2551 | + | ||||
| 211586.SO_0887 | (+) | ||||
| 211586.SO_2781 | (+) | ||||
| 211586.SO_2844 | (+) | ||||
| 211586.SO_4655 | (+) | ||||
| 211586.SO_1209 | (+) | ||||
| 211586.SO_1115 | (+) | ||||
| 211586.SO_0579 | (+) | ||||
| 211586.SO_0573 | (+) | ||||
| 211586.SO_1681 | (+) | ||||
| 211586.SO_0382 | (+) | ||||
| 211586.SO_0403 | (+) | ||||
| 211586.SO_0388 | (+) | ||||
| 211586.SO_0089 | (+) | not used | |||
| 211586.SO_3231 | (+) | ||||
| 211586.SO_0967 | (+) | ||||
| 211586.SO_2769 | (+) | ||||
| 211586.SO_2753.2 | (+) | ||||
| 211586.SO_1167 | (+) | ||||
| 211586.SO_0367 | (+) | ||||
| 211586.SO_0781 | (+) | ||||
| 211586.SO_4306 | (+) | ||||
| 211586.SO_1784 | (+) | ||||
| 211586.SO_0092 | (+) | ||||
| 211586.SO_4234 | (+) | ||||
| 211586.SO_2158 | (+) | ||||
| 211586.SO_2790 | (+) | ||||
| 211586.SO_2792 | (+) | ||||
| 211586.SO_2573 | (+) | ||||
| 211586.SO_3557 | (+) | ||||
| 211586.SO_3797 | (+) | ||||
| 211586.SO_0948 | (+) | ||||
| 211586.SO_1178 | (+) | ||||
| 211586.SO_2704 | (+) | ||||
| 211586.SO_2953 | (+) | ||||
| 211586.SO_1403 | (+) | ||||
| 211586.SO_1792 | (+) | ||||
| 211586.SO_4110 | + | ||||
| 211586.SO_0040 | (+) | ||||
| 211586.SO_1123 | (+) | ||||
| 211586.SO_2957 | (+) | ||||
| 211586.SO_2562 | (+) | ||||
| 211586.SO_1680 | (+) | ||||
| 211586.SO_3767 | (+) | ||||
| 211586.SO_2964 | (+) | ||||
| 211586.SO_0164 | (+) | ||||
| 211586.SO_3078.2 | (+) | ||||
| 211586.SO_2364 | (+) | ||||
| 211586.SO_2212 | (+) | ||||
| 211586.SO_1430 | (+) | ||||
| 211586.SO_3022 | (+) | ||||
| 211586.SO_0052 | (+) | ||||
| 211586.SO_4212 | (+) | ||||
| 211586.SO_4217 | (+) | ||||
| 211586.SO_2444 | (+) | ||||
| 211586.SO_2915 | (+) | ||||
| 211586.SO_3140.3 | (+) | ||||
| 211586.SO_4108 | (+) | ||||
| 211586.SO_2177 | (+) | ||||
| 211586.SO_2778 | (+) | ||||
| 211586.SO_0847 | (+) | ||||
| 211586.SO_0849 | (+) | ||||
| 211586.SO_1733 | (+) | ||||
| 211586.SO_1223 | (+) | ||||
| 211586.SO_1226 | (+) | ||||
| 211586.SO_1087 | (+) | ||||
| 211586.SO_4742 | (+) | ||||
| 211586.SO_2555.1 | (+) | not used | |||
| 211586.SO_4381 | (+) | ||||
| 211586.SO_4380 | (+) | ||||
| 211586.SO_0337 | (+) | ||||
| 211586.SO_0110 | (+) | ||||
| 211586.SO_3015 | (+) | ||||
| 211586.SO_0060 | (+) | ||||
| 211586.SO_0062 | (+) | ||||
| 211586.SO_3941 | (+) | ||||
| 211586.SO_2165 | (+) | ||||
| 211586.SO_2760 | (+) | ||||
| 211586.SO_2503 | (+) | ||||
| 211586.SO_0856 | (+) | ||||
| 211586.SO_2986 | (+) | ||||
| 211586.SO_2726 | (+) | ||||
| 211586.SO_2435 | (+) | ||||
| 211586.SO_2436 | (+) | ||||
| 211586.SO_2433 | (+) | ||||
| 211586.SO_1523 | (+) | ||||
| 211586.SO_1525 | + | ||||
| 211586.SO_3497 | (+) | ||||
| 211586.SO_0107 | (+) | ||||
| 211586.SO_3005 | (+) | ||||
| 211586.SO_0075 | (+) | ||||
| 211586.SO_1959 | (+) | ||||
| 211586.SO_0519 | (+) | ||||
| 211586.SO_0583 | (+) | ||||
| 211586.SO_4160 | + | ||||
| 211586.SO_4169 | (+) | ||||
| 211586.SO_4168 | (+) | ||||
| 211586.SO_0919 | (+) | ||||
| 211586.SO_1099 | (+) | ||||
| 211586.SO_4019 | (+) | ||||
| 211586.SO_3598 | (+) | ||||
| 211586.SO_3756 | (+) | ||||
| 211586.SO_2540 | (+) | ||||
| 211586.SO_3850 | (+) | not used | |||
| 211586.SO_1246 | (+) | ||||
| 211586.SO_1993 | (+) | ||||
| 211586.SO_4378 | (+) | ||||
| 211586.SO_0682 | (+) | ||||
| 211586.SO_0002 | (+) | ||||
| 211586.SO_0008 | (+) | ||||
| 211586.SO_1845 | (+) | ||||
| 211586.SO_4481 | (+) | ||||
| 211586.SO_4489 | (+) | ||||
| 211586.SO_3109 | (+) | ||||
| 211586.SO_0903 | (+) | ||||
| 211586.SO_2527 | (+) | ||||
| 211586.SO_2291 | (+) | ||||
| 211586.SO_2744 | (+) | ||||
| 211586.SO_2416 | (+) | ||||
| 211586.SO_2413 | (+) | ||||
| 211586.SO_3438 | (+) | ||||
| 211586.SO_2497 | (+) | ||||
| 211586.SO_1941 | (+) | ||||
| 211586.SO_0670 | (+) | ||||
| 211586.SO_1618 | (+) | ||||
| 211586.SO_4629 | (+) | ||||
| 211586.SO_4627 | (+) | ||||
| 211586.SO_4624 | (+) | ||||
| 211586.SO_4361 | (+) | ||||
| 211586.SO_0017 | (+) | ||||
| 211586.SO_1870 | (+) | ||||
| 211586.SO_1302 | (+) | ||||
| 211586.SO_2763.1 | (+) | ||||
| 211586.SO_0709 | (+) | ||||
| 211586.SO_4371 | (+) | ||||
| 211586.SO_2730 | (+) | ||||
| 211586.SO_3735 | (+) | ||||
| 211586.SO_0237 | (+) | ||||
| 211586.SO_3736 | (+) | ||||
| 211586.SO_2465 | (+) | ||||
| 211586.SO_3226 | (+) | ||||
| 211586.SO_0468.1 | (+) | ||||
| 211586.SO_2067 | (+) | ||||
| 211586.SO_2668 | (+) | ||||
| 211586.SO_1511 | (+) | ||||
| 211586.SO_4706 | (+) | ||||
| 211586.SO_1603 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 0.75 (6/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.75 (6/8 KEGG proteins)
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