Metamenu

Effective results for Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 536
- Predicted by EffectiveT3: 166 (high confidence), 210 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 21 within, 20 before, 35 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 17 eukaryotic-like domains, contained in 101 proteins (31 high, 70 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
382245.ASA_2512PF13384 (PF13358) PF13592(mitochondrial)
382245.ASA_1678(PF13276) (PF00665) (PF01527)(mitochondrial)
382245.ASA_3034PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_3037PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1400PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_4327PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1872PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1182PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1470PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_3543PF13384 (PF13358) PF13592(mitochondrial)
382245.ASA_2237PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1023PF13384 (PF13358) PF13592(mitochondrial)
382245.ASA_2935(PF13276) (PF00665) (PF01527)(mitochondrial)
382245.ASA_1304PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1780PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_0160PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_2141PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_2852PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_3080PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1109PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1616PF13384 (PF13358) PF13592(mitochondrial)
382245.ASA_2478PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_3518PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_3458PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_3677PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_2252PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_0534(PF13276) (PF00665) (PF01527)(mitochondrial)
382245.ASA_1758PF13384 (PF13358) PF13592(mitochondrial)
382245.ASA_0524PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1925PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1386PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_3873PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1653PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_1421PF13384 (PF13358) PF13592mitochondrial
382245.ASA_2286(>)ER
382245.ASA_0474+(mitochondrial); (plastid)
382245.ASA_4330(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_0105+(ER)
382245.ASA_3102(>)(mitochondrial)
382245.ASA_2504(<)ER
382245.ASA_3800(>)ER
382245.ASA_2379(PF07745)ER
382245.ASA_2768(<)ER
382245.ASA_3906(PF01117)ER
382245.ASA_3348+ER
382245.ASA_0122+(mitochondrial)
382245.ASA_1463(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_1047(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_3226+(mitochondrial); plastid
382245.ASA_3775(>)ER
382245.ASA_2220+ER; (ER)
382245.ASA_2894(>)(ER); ER
382245.ASA_2548(PF13276) (PF00665) (PF01527)
382245.ASA_0794+(mitochondrial)
382245.ASA_1154(>)ER
382245.ASA_2840(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_1234+ER
382245.ASA_1309(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_1432+ER
382245.ASA_4228+(mitochondrial)
382245.ASA_4183+(mitochondrial)
382245.ASA_4053(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_3951(>)ER
382245.ASA_2662+(mitochondrial); (plastid)
382245.ASA_2387(PF07745)ER
382245.ASA_0238+ER
382245.ASA_3321(+)(PF10462)(mitochondrial); plastid
382245.ASA_3612(>)ER
382245.ASA_2149+ER; plastid
382245.ASA_1605(PF13455)ER
382245.ASA_2482(PF13276) (PF00665) (PF01527)
382245.ASA_1058+ER
382245.ASA_0217(>)ER
382245.ASA_0232+ER
382245.ASA_0742(>)ER
382245.ASA_2497(<)ER
382245.ASA_2493+ER; (ER)
382245.ASA_0087(>)(ER)
382245.ASA_3629+ER
382245.ASA_1351(>)(ER); (mitochondrial)
382245.ASA_4357(>)ER
382245.ASA_0546(>)ER
382245.ASA_2873(>)ER
382245.ASA_0541(>)mitochondrial; (mitochondrial)
382245.ASA_2386(PF07745)ER
382245.ASA_2017(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_3726(+)(>)(mitochondrial)
382245.ASA_1736+ER
382245.ASA_0060(PF00665)mitochondrial
382245.ASA_3467+ER
382245.ASA_2026(+)mitochondrial; plastid
382245.ASA_4337(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_3925(+)(PF01902)(mitochondrial)
382245.ASA_0626+(plastid)
382245.ASA_2751+plastid
382245.ASA_2575(>)(ER)
382245.ASA_1272+(ER)
382245.ASA_0452(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_1472(+)ER
382245.ASA_4267(+)(ER)
382245.ASA_2565+(plastid)
382245.ASA_2569+(PF00665)
382245.ASA_1461(+)(ER)
382245.ASA_1042(+)(mitochondrial)
382245.ASA_1043(PF00665)(mitochondrial)
382245.ASA_4275+(PF00665)
382245.ASA_4270(+)(mitochondrial)
382245.ASA_3698+(mitochondrial)
382245.ASA_1792(<)(ER)
382245.ASA_2774+
382245.ASA_2223(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_2796(+)(mitochondrial)
382245.ASA_4024+(mitochondrial)
382245.ASA_1455(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_2897(+)(ER)
382245.ASA_1840+(plastid)
382245.ASA_2203(+)(mitochondrial)
382245.ASA_1165(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_2926(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_0377(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_3314+(>)
382245.ASA_2046+(plastid)
382245.ASA_2661+plastid
382245.ASA_1564+(PF00665)
382245.ASA_0367+(mitochondrial)
382245.ASA_2128(+)(<)(PF01338)
382245.ASA_2129(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_2124(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_2584(>)(plastid)
382245.ASA_0357(+)(mitochondrial)
382245.ASA_2115(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_0712(+)(ER)
382245.ASA_1342+(plastid)
382245.ASA_3079+(PF05929)
382245.ASA_1848(+)(ER); (plastid)
382245.ASA_3016+(mitochondrial)
382245.ASA_3388+(ER)
382245.ASA_2832(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_2012(+)mitochondrial; plastid
382245.ASA_0066(PF13276) (PF00665)
382245.ASA_0287(+)(ER); (plastid)
382245.ASA_3006(+)(mitochondrial)
382245.ASA_1782(+)(mitochondrial)
382245.ASA_2731+
382245.ASA_3137+
382245.ASA_3488(>)
382245.ASA_1521+
382245.ASA_3733+
382245.ASA_2288(+)(ER)
382245.ASA_2519+
382245.ASA_4366+
382245.ASA_0478+
382245.ASA_1410(+)(<)
382245.ASA_4332(PF00665)
382245.ASA_4338(PF01527)
382245.ASA_0272(>)
382245.ASA_3254+
382245.ASA_3920+
382245.ASA_0103+
382245.ASA_0086+
382245.ASA_2619+
382245.ASA_2347+
382245.ASA_3744+
382245.ASA_2295+
382245.ASA_2291+
382245.ASA_2728+
382245.ASA_2509+
382245.ASA_0451(PF01527)
382245.ASA_3850+
382245.ASA_3218(+)(mitochondrial)
382245.ASA_0444+
382245.ASA_0447+
382245.ASA_4329(PF01695)
382245.ASA_3835+
382245.ASA_3834+
382245.ASA_0135+
382245.ASA_3024+
382245.ASA_0059(PF00665)
382245.ASA_2406+
382245.ASA_3838(<)
382245.ASA_0053(>)
382245.ASA_1055+not used
382245.ASA_4266+
382245.ASA_3905+
382245.ASA_0630+
382245.ASA_0120+
382245.ASA_0121+
382245.ASA_1700(>)
382245.ASA_3587+
382245.ASA_2742(>)
382245.ASA_4181+
382245.ASA_2414(<)
382245.ASA_1568+
382245.ASA_1863+
382245.ASA_4124+
382245.ASA_1464(PF01695)
382245.ASA_3992(+)plastid
382245.ASA_1040+
382245.ASA_1518+
382245.ASA_1519+
382245.ASA_1048(PF01695)
382245.ASA_2063+
382245.ASA_4278+
382245.ASA_3910+
382245.ASA_3696(+)(PF05706)
382245.ASA_0485+
382245.ASA_3350+
382245.ASA_3351(>)
382245.ASA_3517+
382245.ASA_3514(>)
382245.ASA_2175+
382245.ASA_2883(PF01902)
382245.ASA_2881(>)
382245.ASA_2884+
382245.ASA_3577+
382245.ASA_3572(+)(mitochondrial)
382245.ASA_2772+
382245.ASA_2222(PF01527)
382245.ASA_2798+
382245.ASA_3208(+)(plastid)
382245.ASA_3428+
382245.ASA_1210(<)
382245.ASA_1454(PF01527)
382245.ASA_1457(+)plastid
382245.ASA_0675(>)
382245.ASA_4069(+)(mitochondrial); not used
382245.ASA_4249+
382245.ASA_4205+
382245.ASA_3263+
382245.ASA_3367+
382245.ASA_0814(PF01695)
382245.ASA_0815(+)(plastid)
382245.ASA_2944+
382245.ASA_2787+
382245.ASA_1208+
382245.ASA_1204+
382245.ASA_0132+
382245.ASA_1334+
382245.ASA_0798+
382245.ASA_0005+
382245.ASA_0550+
382245.ASA_3793+
382245.ASA_0758+
382245.ASA_2937+
382245.ASA_2848+
382245.ASA_2331(PF10013)not used
382245.ASA_3831+
382245.ASA_1307(PF00665)
382245.ASA_1491+
382245.ASA_1492+
382245.ASA_1494+
382245.ASA_0782+
382245.ASA_4040+
382245.ASA_1017(<)
382245.ASA_2612(>)
382245.ASA_1164(PF01527)
382245.ASA_3654(<)
382245.ASA_3895(>)
382245.ASA_4223(+)+
382245.ASA_3308(<)
382245.ASA_3522+
382245.ASA_3520+
382245.ASA_2925(PF01527)
382245.ASA_2217+
382245.ASA_4047+
382245.ASA_1316+
382245.ASA_1310(PF01695)
382245.ASA_1950+not used
382245.ASA_1009(<)
382245.ASA_4054(PF01695)
382245.ASA_4055+
382245.ASA_0378(PF01527)
382245.ASA_3822+
382245.ASA_3826+
382245.ASA_4235+
382245.ASA_0996+
382245.ASA_3081(PF00665)
382245.ASA_2045+
382245.ASA_2130(PF01527)
382245.ASA_4015+
382245.ASA_3623+
382245.ASA_2660+
382245.ASA_3832+
382245.ASA_4158+
382245.ASA_1969+
382245.ASA_1569+
382245.ASA_2930+
382245.ASA_1760+
382245.ASA_1589(PF05929)
382245.ASA_0695+
382245.ASA_0361+
382245.ASA_4300+
382245.ASA_2056+
382245.ASA_3720+
382245.ASA_2125(PF01527)
382245.ASA_2878+
382245.ASA_2587+
382245.ASA_1572+
382245.ASA_1571+
382245.ASA_1575(<)
382245.ASA_1777+
382245.ASA_4096+
382245.ASA_0350(+)(ER)
382245.ASA_1600+
382245.ASA_3998+
382245.ASA_2116(PF01527)
382245.ASA_1486(+)+
382245.ASA_1487(>)
382245.ASA_1485+
382245.ASA_2243+
382245.ASA_0212(+)(mitochondrial)
382245.ASA_0500+
382245.ASA_0503+
382245.ASA_3852(PF05929)
382245.ASA_0231(PF12588)
382245.ASA_0629+
382245.ASA_2102+
382245.ASA_2551+
382245.ASA_3673+
382245.ASA_0969+
382245.ASA_2263(<)
382245.ASA_0596(+)(ER)
382245.ASA_0827(>)
382245.ASA_1944+
382245.ASA_1358(<)
382245.ASA_4199(+)(ER)
382245.ASA_3846+
382245.ASA_0660+
382245.ASA_0888+not used
382245.ASA_2059(<)
382245.ASA_3665+
382245.ASA_2825+
382245.ASA_3715+
382245.ASA_0239+
382245.ASA_3708+
382245.ASA_1721(<)
382245.ASA_2394+
382245.ASA_0573+
382245.ASA_0413+
382245.ASA_4351(<)
382245.ASA_3877+
382245.ASA_0283+
382245.ASA_0893(+)(>)
382245.ASA_0898(+)(plastid)
382245.ASA_0679+
382245.ASA_3018+
382245.ASA_2839(PF01695)
382245.ASA_2831(PF01527)
382245.ASA_2016(PF01695)
382245.ASA_1587+
382245.ASA_3724+
382245.ASA_2529+
382245.ASA_1583+
382245.ASA_2578(+)(plastid)
382245.ASA_4233+
382245.ASA_1733+
382245.ASA_1426+
382245.ASA_4346+
382245.ASA_4340(PF00665)
382245.ASA_3867+
382245.ASA_0065(PF01527)
382245.ASA_0061(PF01695)
382245.ASA_0285+
382245.ASA_3268(+)+
382245.ASA_1506+
382245.ASA_0407(<)
382245.ASA_2734(+)
382245.ASA_2020(+)
382245.ASA_2353(+)
382245.ASA_2513(+)
382245.ASA_1095(+)
382245.ASA_1094(+)
382245.ASA_2929(+)
382245.ASA_1675(+)
382245.ASA_1676(+)
382245.ASA_0328(+)
382245.ASA_0855(+)
382245.ASA_3104(+)
382245.ASA_2037(+)
382245.ASA_3743(+)
382245.ASA_3742(+)
382245.ASA_2722(+)
382245.ASA_1888(+)
382245.ASA_1882(+)
382245.ASA_4257(+)
382245.ASA_0138(+)
382245.ASA_2193(+)
382245.ASA_3021(+)
382245.ASA_3026(+)
382245.ASA_0354(+)
382245.ASA_3786(+)
382245.ASA_1276(+)
382245.ASA_0453(+)
382245.ASA_1475(+)
382245.ASA_2392(+)
382245.ASA_1985(+)
382245.ASA_3839(+)
382245.ASA_1694(+)
382245.ASA_0636(+)
382245.ASA_3342(+)
382245.ASA_2982(+)
382245.ASA_3585(+)
382245.ASA_2366(+)
382245.ASA_3716(+)
382245.ASA_2740(+)
382245.ASA_2744(+)
382245.ASA_2062(+)
382245.ASA_1990(+)
382245.ASA_4272(+)
382245.ASA_1556(+)
382245.ASA_3917(+)
382245.ASA_0807(+)
382245.ASA_2760(+)
382245.ASA_3773(+)
382245.ASA_3768(+)
382245.ASA_0019(+)
382245.ASA_0032(+)
382245.ASA_4248(+)
382245.ASA_0036(+)
382245.ASA_3962(+)
382245.ASA_0351(+)
382245.ASA_3643(+)
382245.ASA_0899(+)
382245.ASA_3211(+)
382245.ASA_0148(+)
382245.ASA_3647(+)
382245.ASA_3788(+)
382245.ASA_2094(+)
382245.ASA_2765(+)
382245.ASA_2236(+)
382245.ASA_2789(+)
382245.ASA_1447(+)
382245.ASA_0757(+)
382245.ASA_0756(+)
382245.ASA_0225(+)
382245.ASA_0797(+)
382245.ASA_0791(+)
382245.ASA_0001(+)
382245.ASA_3200(+)
382245.ASA_3791(+)
382245.ASA_2936(+)
382245.ASA_2844(+)
382245.ASA_2449(+)
382245.ASA_1945(+)
382245.ASA_1838(+)
382245.ASA_3948(+)
382245.ASA_1163(+)
382245.ASA_0164(+)
382245.ASA_3891(+)
382245.ASA_3303(+)
382245.ASA_1142(+)
382245.ASA_1405(+)
382245.ASA_2922(+)
382245.ASA_2457(+)
382245.ASA_0896(+)
382245.ASA_4129(+)
382245.ASA_1311(+)
382245.ASA_3333(+)
382245.ASA_0575(+)
382245.ASA_1826(+)
382245.ASA_3953(+)
382245.ASA_0371(+)
382245.ASA_2940(+)
382245.ASA_3407(+)
382245.ASA_3531(+)
382245.ASA_1522(+)
382245.ASA_2133(+)
382245.ASA_2465(+)
382245.ASA_2006(+)
382245.ASA_1966(+)
382245.ASA_0568(+)
382245.ASA_4081(+)
382245.ASA_0368(+)
382245.ASA_1610(+)not used
382245.ASA_3433(+)
382245.ASA_1630(+)
382245.ASA_4301(+)
382245.ASA_3983(+)
382245.ASA_3056(+)
382245.ASA_3616(+)
382245.ASA_2697(+)
382245.ASA_2870(+)
382245.ASA_0513(+)
382245.ASA_1576(+)
382245.ASA_2525(+)
382245.ASA_3197(+)
382245.ASA_2966(+)
382245.ASA_0599(+)
382245.ASA_4153(+)
382245.ASA_1904(+)not used
382245.ASA_4379(+)
382245.ASA_2958(+)
382245.ASA_3172(+)
382245.ASA_3455(+)
382245.ASA_3675(+)
382245.ASA_1100(+)
382245.ASA_2817(+)
382245.ASA_2077(+)
382245.ASA_0204(+)
382245.ASA_1759(+)
382245.ASA_0781(+)
382245.ASA_1287(+)
382245.ASA_1910(+)
382245.ASA_1911(+)
382245.ASA_1913(+)
382245.ASA_4044(+)
382245.ASA_0247(+)
382245.ASA_1014(+)
382245.ASA_1628(+)
382245.ASA_0887(+)
382245.ASA_3667(+)
382245.ASA_3668(+)
382245.ASA_2002(+)
382245.ASA_2627(+)
382245.ASA_2628(+)
382245.ASA_0521(+)
382245.ASA_0525(+)
382245.ASA_1723(+)
382245.ASA_0092(+)
382245.ASA_0572(+)
382245.ASA_3017(+)
382245.ASA_2704(+)
382245.ASA_3126(+)
382245.ASA_3496(+)
382245.ASA_0948(+)
382245.ASA_0763(+)
382245.ASA_2671(+)
382245.ASA_1732(+)
382245.ASA_1734(+)
382245.ASA_2800(+)
382245.ASA_4298(+)
382245.ASA_3262(+)
382245.ASA_4356(+)
382245.ASA_0608(+)
382245.ASA_3000(+)
382245.ASA_0406(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.9 (9/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.0 (8/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================