Effective results for Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 448
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 67 eukaryotic-like domains, contained in 448 proteins (21 high, 427 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
290402.Cbei_2787(PF00015) (PF12729)ER; (ER)
290402.Cbei_0665(PF00015) (PF12729)(mitochondrial)
290402.Cbei_3045(PF00015) (PF12729)(ER); (mitochondrial)
290402.Cbei_4086(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_4435(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_4438(PF00015) (PF12729)mitochondrial; (mitochondrial)
290402.Cbei_3524(PF13407) (PF00015)ER
290402.Cbei_4466(PF00015) (PF12729)(mitochondrial)
290402.Cbei_3953(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_0804(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_1723(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_4061(PF01228) (PF02901)(mitochondrial)
290402.Cbei_2975(PF00015) (PF12729)(ER)
290402.Cbei_3119(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_4017(PF00015) (PF12729)(mitochondrial)
290402.Cbei_2186(PF00015) (PF12729)mitochondrial; (mitochondrial)
290402.Cbei_3356(PF00015) (PF12729)mitochondrial
290402.Cbei_4821(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_4828(PF00015) (PF12729)(ER)
290402.Cbei_4965(PF00015) (PF12729)(ER)
290402.Cbei_0307(PF00015) (PF12729)ER
290402.Cbei_3790(PF00015) (PF12729)(ER); (mitochondrial)
290402.Cbei_4161(PF00015) (PF12729)(mitochondrial)
290402.Cbei_3920(PF13407)ER
290402.Cbei_4745PF12733ER
290402.Cbei_3073(PF13407)ER
290402.Cbei_3070(PF13407)ER
290402.Cbei_0524(PF00359)ER
290402.Cbei_0667(PF00015)ER
290402.Cbei_0664(PF16760)ER
290402.Cbei_1428(PF00015)ER
290402.Cbei_2334(PF00881)(mitochondrial)
290402.Cbei_0287(PF00015)(mitochondrial)
290402.Cbei_0885(PF10544)ER
290402.Cbei_4434(PF13407)ER
290402.Cbei_5059(PF00015)(mitochondrial)
290402.Cbei_2494(PF13407)ER
290402.Cbei_1217(PF01966)ER
290402.Cbei_3298(PF13407)ER
290402.Cbei_3055(PF02424)ER
290402.Cbei_2912(PF00015)(mitochondrial)
290402.Cbei_2914(PF13407)ER
290402.Cbei_3422(PF13407)ER
290402.Cbei_4429(PF13407)ER
290402.Cbei_4427(PF13407)ER
290402.Cbei_4426(PF13407)ER
290402.Cbei_2481(PF01183)ER
290402.Cbei_0350(PF00015)ER
290402.Cbei_3993(PF13407)ER
290402.Cbei_4795(PF06541)ER
290402.Cbei_2850(PF12729)ER
290402.Cbei_4182(PF00015)(mitochondrial)
290402.Cbei_4450(PF13407)ER
290402.Cbei_0294(PF00015)ER
290402.Cbei_2454(PF13187)ER
290402.Cbei_4532(PF00367)ER
290402.Cbei_3961(PF00015)ER
290402.Cbei_0288(PF02915)(mitochondrial)
290402.Cbei_2661(PF16472)ER
290402.Cbei_0371(PF06541)ER
290402.Cbei_4849(PF13407)ER
290402.Cbei_1026(PF06541)ER
290402.Cbei_3520(PF01418)(mitochondrial)
290402.Cbei_3701(PF02424)ER
290402.Cbei_2056(PF03358)(mitochondrial)
290402.Cbei_1380(PF13407)ER
290402.Cbei_3142(PF13407)ER
290402.Cbei_2957(PF16916)ER
290402.Cbei_2953(PF00015)ER
290402.Cbei_4463(PF13407)ER
290402.Cbei_4462(PF13407)ER
290402.Cbei_2735(PF03358)(mitochondrial)
290402.Cbei_4078(PF13407)ER
290402.Cbei_4079(PF00398)(mitochondrial)
290402.Cbei_4077(PF00015)mitochondrial
290402.Cbei_4705(PF00367)ER
290402.Cbei_4494(PF02424)ER
290402.Cbei_0011(PF07892)(mitochondrial)
290402.Cbei_2380(PF13407)ER
290402.Cbei_2414(PF03851)mitochondrial
290402.Cbei_3578(PF13787)ER
290402.Cbei_3935(PF13407)ER
290402.Cbei_4665(PF01183)ER
290402.Cbei_2970(PF01790)ER
290402.Cbei_4486(PF13407)(mitochondrial)
290402.Cbei_3625(PF00015)ER
290402.Cbei_4012(PF00015)(mitochondrial)
290402.Cbei_1668(PF13407)ER
290402.Cbei_4726PF12733ER
290402.Cbei_4724(PF00015)(ER)
290402.Cbei_4725PF12733ER; (ER)
290402.Cbei_4832(PF00015)ER
290402.Cbei_0108(PF16472)ER
290402.Cbei_1455PF12733ER
290402.Cbei_2505(PF13407)ER
290402.Cbei_2377(PF13407)ER
290402.Cbei_2374(PF13787)ER
290402.Cbei_4918(PF00015)ER
290402.Cbei_1085(PF13407)ER
290402.Cbei_0939(PF13407)ER
290402.Cbei_3135(PF13407)ER
290402.Cbei_3003(PF13187)ER
290402.Cbei_3343(PF13407)ER
290402.Cbei_3347(PF13407)ER
290402.Cbei_4585(PF03358)(mitochondrial)
290402.Cbei_2839(PF00015)ER
290402.Cbei_4696PF12733ER
290402.Cbei_0273(PF03358)(mitochondrial); mitochondrial
290402.Cbei_4969(PF00881)(mitochondrial)
290402.Cbei_4966(PF13407)ER
290402.Cbei_2233(PF00015)ER
290402.Cbei_0872(PF00015)ER
290402.Cbei_0875(PF00015)ER
290402.Cbei_3484(PF03358)(mitochondrial); mitochondrial
290402.Cbei_3804(PF00015)ER
290402.Cbei_3939(PF13407)ER
290402.Cbei_3320(PF00015)ER
290402.Cbei_4762PF12733ER
290402.Cbei_4763PF12733ER
290402.Cbei_4761PF12733ER
290402.Cbei_4764PF12733ER
290402.Cbei_4765PF12733ER
290402.Cbei_3671(PF00015)ER
290402.Cbei_3672(PF14566)ER
290402.Cbei_1920(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_0245(PF08125) (PF01232)
290402.Cbei_3279(PF16916)(ER)
290402.Cbei_0531(PF08125) (PF01232)
290402.Cbei_4083(PF08125) (PF01232)
290402.Cbei_1598(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_1009(PF01228) (PF02901)
290402.Cbei_4524(PF03358)(mitochondrial)
290402.Cbei_1773(PF02906) (PF02256)
290402.Cbei_1771(PF03460) (PF01077)
290402.Cbei_0749(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_4985(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_1011(PF01228) (PF02901)
290402.Cbei_3526(PF13187) (PF00881)
290402.Cbei_0763(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_1552(PF08495) (PF10442)
290402.Cbei_5020(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_2738(PF00359)(mitochondrial)
290402.Cbei_0973(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_0705(PF01228) (PF02901)
290402.Cbei_4702(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_4703(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_3619(PF03358)(mitochondrial)
290402.Cbei_3948(PF00881)plastid
290402.Cbei_0832(PF03460) (PF01077)
290402.Cbei_1833(PF08125) (PF01232)
290402.Cbei_1838(PF08125) (PF01232)
290402.Cbei_0715(PF13187) (PF00881)
290402.Cbei_4807(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_1443(PF13802) (PF16338)
290402.Cbei_3024(PF03460) (PF01077)
290402.Cbei_4658(PF08125) (PF01232)
290402.Cbei_4653(PF13802) (PF16338)
290402.Cbei_4655(PF13802) (PF16338)
290402.Cbei_4642(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_4000(PF02906) (PF02256)
290402.Cbei_3643(PF13187) (PF00881)
290402.Cbei_2776(PF03460) (PF01077)
290402.Cbei_2770(PF08495) (PF10442)
290402.Cbei_3910(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_2191(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_3001(PF03460) (PF01077)
290402.Cbei_0698(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_1479(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_2523(PF03460) (PF01077)
290402.Cbei_2527(PF08495) (PF10442)
290402.Cbei_1892(PF08495) (PF10442)
290402.Cbei_1890(PF01418) (PF01380)
290402.Cbei_4110(PF02906) (PF02256)
290402.Cbei_3796(PF02906) (PF02256)
290402.Cbei_4977(PF00367)(mitochondrial)
290402.Cbei_0315(PF01228) (PF02901)
290402.Cbei_3470(PF08495) (PF10442)
290402.Cbei_0785(PF03460) (PF01077)
290402.Cbei_0327(PF02906)
290402.Cbei_3531(PF13187)not used
290402.Cbei_0525(PF00359)
290402.Cbei_3267(PF01183)
290402.Cbei_0062(PF01790)
290402.Cbei_4777(PF16916)
290402.Cbei_4772(PF00015)
290402.Cbei_0662(PF14691)
290402.Cbei_4319(PF00258)
290402.Cbei_4318(PF10371)
290402.Cbei_1423(PF01790)
290402.Cbei_0244(PF00359)
290402.Cbei_4791(PF00015)
290402.Cbei_0246(PF01380)
290402.Cbei_4799(PF01380)
290402.Cbei_0249(PF00881)
290402.Cbei_0338(PF00923)
290402.Cbei_0334(PF00359)
290402.Cbei_2248(PF00398)
290402.Cbei_3862(PF01326)
290402.Cbei_3046(PF03358)
290402.Cbei_1932(PF00465)
290402.Cbei_3302(PF03984)
290402.Cbei_3273(PF00367)
290402.Cbei_0530(PF01380)
290402.Cbei_1434PF03063
290402.Cbei_2904(PF01380)
290402.Cbei_3453(PF14526)
290402.Cbei_4439(PF06968)
290402.Cbei_2301(PF10544)
290402.Cbei_2498(PF00359)
290402.Cbei_2492(PF13187)
290402.Cbei_0346(PF00881)
290402.Cbei_2497(PF00359)
290402.Cbei_2276PF03063
290402.Cbei_3057(PF00881)
290402.Cbei_0433(PF02810)
290402.Cbei_1520(PF06968)
290402.Cbei_0301(PF06968)
290402.Cbei_0502(PF00882)
290402.Cbei_4883(PF06777)
290402.Cbei_4552(PF00465)
290402.Cbei_4556(PF01380)
290402.Cbei_4158(PF00367)
290402.Cbei_3516(PF01326)
290402.Cbei_4428(PF13407)
290402.Cbei_3737(PF03358)
290402.Cbei_5060(PF02810)
290402.Cbei_2003(PF00148)
290402.Cbei_2002(PF00148)
290402.Cbei_2005(PF00148)
290402.Cbei_2004(PF00148)
290402.Cbei_2487(PF02810)
290402.Cbei_3990(PF14526)
290402.Cbei_3843(PF12464)
290402.Cbei_3847(PF14526)
290402.Cbei_1918(PF00367)
290402.Cbei_1914(PF06968)
290402.Cbei_3217(PF00302)
290402.Cbei_3215(PF00881)
290402.Cbei_3213(PF01966)
290402.Cbei_0514(PF01966)
290402.Cbei_0631(PF00148)
290402.Cbei_0632(PF00148)
290402.Cbei_3083(PF00881)
290402.Cbei_4523(PF00881)
290402.Cbei_4185(PF01966)
290402.Cbei_4188(PF13187)
290402.Cbei_3438(PF12464)
290402.Cbei_4454(PF00923)
290402.Cbei_4983(PF00367)
290402.Cbei_0529(PF00834)
290402.Cbei_3728(PF01183)
290402.Cbei_2295(PF00302)
290402.Cbei_3859(PF01326)
290402.Cbei_1901(PF02906)
290402.Cbei_0569(PF02915)
290402.Cbei_0621(PF00148)
290402.Cbei_0620(PF00148)
290402.Cbei_2849(PF00015)
290402.Cbei_0751(PF00367)
290402.Cbei_3719(PF12464)
290402.Cbei_2066(PF01326)
290402.Cbei_2063(PF01326)
290402.Cbei_1488(PF13599)
290402.Cbei_4846(PF00367)
290402.Cbei_4848(PF01418)
290402.Cbei_2116(PF01966)
290402.Cbei_2283(PF00258)
290402.Cbei_2280PF03063
290402.Cbei_2284PF03063
290402.Cbei_1390(PF00015)
290402.Cbei_1391(PF00015)
290402.Cbei_1396(PF08840)
290402.Cbei_1153(PF00834)
290402.Cbei_1021(PF00881)
290402.Cbei_1973(PF14691)
290402.Cbei_1666(PF01183)
290402.Cbei_3233(PF12681)
290402.Cbei_0612(PF00148)
290402.Cbei_0613(PF00148)
290402.Cbei_4053(PF00465)
290402.Cbei_4506(PF07892)
290402.Cbei_3418(PF00881)
290402.Cbei_0243(PF00359)
290402.Cbei_4472(PF01966)
290402.Cbei_4473(PF01966)
290402.Cbei_4474(PF13246)
290402.Cbei_5019(PF00367)
290402.Cbei_5012(PF00367)
290402.Cbei_2059(PF02810)
290402.Cbei_2053(PF02424)
290402.Cbei_2055(PF03358)
290402.Cbei_0383(PF01633)
290402.Cbei_0385(PF01633)
290402.Cbei_0387(PF01633)
290402.Cbei_2436(PF01966)
290402.Cbei_2430(PF12513)
290402.Cbei_3895(PF03358)
290402.Cbei_0967(PF01380)
290402.Cbei_0540(PF00359)
290402.Cbei_0541(PF00359)
290402.Cbei_0547(PF00834)
290402.Cbei_0818(PF13246)
290402.Cbei_0772(PF13802)
290402.Cbei_0774(PF13187)
290402.Cbei_4604(PF00015)
290402.Cbei_3772(PF00367)
290402.Cbei_5024(PF06500)
290402.Cbei_3600(PF00881)
290402.Cbei_2421(PF00465)
290402.Cbei_2550(PF13599)
290402.Cbei_1956(PF02915)
290402.Cbei_1823(PF02810)
290402.Cbei_3544(PF13187)
290402.Cbei_5032(PF01966)
290402.Cbei_2638(PF13599)
290402.Cbei_3615(PF02810)
290402.Cbei_2386(PF00923)
290402.Cbei_2410(PF00258)
290402.Cbei_1943(PF14691)
290402.Cbei_3165(PF14526)
290402.Cbei_1830(PF14691)
290402.Cbei_2881(PF13187)
290402.Cbei_1722(PF00465)
290402.Cbei_3572(PF02424)
290402.Cbei_2888(PF00881)
290402.Cbei_3305(PF00398)
290402.Cbei_1937(PF00465)
290402.Cbei_3288(PF01966)
290402.Cbei_1611(PF13599)
290402.Cbei_1612(PF02810)
290402.Cbei_4715PF00688
290402.Cbei_4483(PF00258)
290402.Cbei_4482(PF03851)
290402.Cbei_4481(PF00258)
290402.Cbei_3590(PF00881)
290402.Cbei_0008(PF01966)
290402.Cbei_2626(PF04493)
290402.Cbei_4808(PF01966)
290402.Cbei_4806(PF00367)
290402.Cbei_4357(PF00881)
290402.Cbei_2711(PF00359)
290402.Cbei_0220(PF00359)
290402.Cbei_4933(PF00465)
290402.Cbei_0959(PF01380)
290402.Cbei_1844(PF00359)
290402.Cbei_3020PF03063
290402.Cbei_3022(PF00015)
290402.Cbei_3025(PF00881)
290402.Cbei_0725(PF00881)
290402.Cbei_4650(PF13407)
290402.Cbei_4124(PF00015)
290402.Cbei_3295(PF13407)
290402.Cbei_3580(PF03358)
290402.Cbei_3587(PF13187)
290402.Cbei_0034(PF12646)
290402.Cbei_0031(PF01966)
290402.Cbei_4838(PF00367)
290402.Cbei_3635(PF16916)
290402.Cbei_1458(PF10371)
290402.Cbei_2761(PF14336)
290402.Cbei_0219(PF00359)
290402.Cbei_1276(PF01966)
290402.Cbei_2211(PF03358)
290402.Cbei_2181(PF00465)
290402.Cbei_2183(PF14691)
290402.Cbei_2189(PF00881)
290402.Cbei_3109(PF03358)
290402.Cbei_0851(PF01966)
290402.Cbei_1857(PF13599)
290402.Cbei_1853(PF10371)
290402.Cbei_0455(PF00465)
290402.Cbei_3354(PF03358)
290402.Cbei_0739(PF03358)
290402.Cbei_4139(PF01966)
290402.Cbei_4645(PF00923)
290402.Cbei_4646(PF01380)
290402.Cbei_4823(PF00015)
290402.Cbei_4354(PF00465)
290402.Cbei_1468(PF16916)
290402.Cbei_1466(PF14691)
290402.Cbei_1467(PF01966)
290402.Cbei_2771(PF00015)
290402.Cbei_0205(PF01966)
290402.Cbei_2778(PF00881)
290402.Cbei_4919(PF00881)
290402.Cbei_3751(PF12681)
290402.Cbei_2514(PF01966)
290402.Cbei_3823(PF00015)
290402.Cbei_3913(PF13599)
290402.Cbei_0931(PF01183)
290402.Cbei_2194(PF00465)
290402.Cbei_0849(PF01326)
290402.Cbei_0842(PF01966)
290402.Cbei_0591(PF01183)
290402.Cbei_3004(PF01790)
290402.Cbei_0059(PF00398)
290402.Cbei_2833(PF00367)
290402.Cbei_2836(PF13187)
290402.Cbei_0699(PF00367)
290402.Cbei_4366(PF01966)
290402.Cbei_1472(PF00881)
290402.Cbei_5055(PF00258)
290402.Cbei_3656(PF03358)
290402.Cbei_5054PF03063
290402.Cbei_4695(PF01633)
290402.Cbei_4693(PF03358)
290402.Cbei_0279(PF00015)
290402.Cbei_2742(PF00923)
290402.Cbei_2741(PF00359)
290402.Cbei_0272(PF06500)
290402.Cbei_0305(PF00465)
290402.Cbei_3909(PF12464)
290402.Cbei_0226(PF00834)
290402.Cbei_2490(PF02915)
290402.Cbei_3018(PF00258)
290402.Cbei_3015(PF00258)
290402.Cbei_3014PF03063
290402.Cbei_3017(PF00258)
290402.Cbei_3486(PF00015)
290402.Cbei_1893(PF00015)
290402.Cbei_4203(PF14691)
290402.Cbei_4379(PF13599)
290402.Cbei_4370(PF04493)
290402.Cbei_4682(PF00015)
290402.Cbei_2753(PF00465)
290402.Cbei_4976(PF01418)
290402.Cbei_4970(PF03358)
290402.Cbei_0317(PF00923)
290402.Cbei_0319(PF00882)
290402.Cbei_1223PF04184
290402.Cbei_0867(PF00834)
290402.Cbei_3069(PF02915)
290402.Cbei_3257(PF02915)
290402.Cbei_3781(PF14691)
290402.Cbei_3783(PF00015)
290402.Cbei_0074(PF01966)
290402.Cbei_4766PF12733
290402.Cbei_2816(PF14526)
290402.Cbei_4165(PF01966)
290402.Cbei_4163(PF01966)
290402.Cbei_1416(PF02915)
290402.Cbei_0786PF03063
290402.Cbei_3906(PF00881)
290402.Cbei_4416(PF01966)
290402.Cbei_2325(PF02915)
290402.Cbei_2320(PF00367)
290402.Cbei_2322(PF01966)
290402.Cbei_0255(PF08840)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================