Metamenu

Effective results for Mycobacterium tuberculosis H37Rv (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 178
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 29 eukaryotic-like domains, contained in 178 proteins (43 high, 135 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
83332.Rv1760(PF06974) (PF03007)(mitochondrial)
83332.Rv3087(PF03007) (PF06974)(ER)
83332.Rv3810(PF01744)ER
83332.Rv1664(PF00698)(ER)
83332.Rv2932(PF00698)mitochondrial
83332.Rv3435c(PF14494)ER
83332.Rv1984c(PF01083)ER
83332.Rv2751(PF04072)ER
83332.Rv3724A(PF01083)(mitochondrial)
83332.Rv2301(PF01083)ER
83332.Rv3802c(PF01083)ER
83332.Rv3452(PF01083)mitochondrial
83332.Rv3451(PF01083)(mitochondrial)
83332.Rv0281(PF04072)(ER)
83332.Rv2285(PF03007) (PF06974)(mitochondrial)
83332.Rv3399(PF04072)(mitochondrial)
83332.Rv3740c(PF06974) (PF03007)
83332.Rv1660(PF00195) (PF02797)
83332.Rv1665(PF00195) (PF02797)
83332.Rv2807(PF00665)(mitochondrial)
83332.Rv2934(PF00698)(mitochondrial)
83332.Rv2484c(PF03007) (PF06974)
83332.Rv0895(PF03007) (PF06974)
83332.Rv3524(PF01436)plastid
83332.Rv2648(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv2167c(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv1425(PF03007) (PF06974)
83332.Rv0978c(PF01436)(mitochondrial)
83332.Rv2649(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv1370c(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv2355(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv2354(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv2524c(PF00698) (PF08354)
83332.Rv2106(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv2105(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv3185(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv3184(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv3187(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv3186(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv3130c(PF03007) (PF06974)
83332.Rv3480c(PF06974) (PF03007)
83332.Rv3371(PF03007) (PF06974)
83332.Rv3088(PF06974) (PF03007)
83332.Rv3381c(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv1372(PF00195) (PF02797)
83332.Rv0221(PF03007) (PF06974)
83332.Rv3380c(PF13276) (PF00665)
83332.Rv1369c(PF13276) (PF00665)
83332.Rv2814c(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv0980c(PF01436)(mitochondrial)
83332.Rv0795(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv0796(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv2815c(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv1756c(PF13276) (PF00665)
83332.Rv1757c(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv1764(PF13276) (PF00665)
83332.Rv1763(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv2479c(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv2529(PF02732)(plastid)
83332.Rv3325(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv3326(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv2168c(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv2480c(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv3475(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv3474(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv3233c(PF06974)(mitochondrial)
83332.Rv2946c(PF00698)(mitochondrial)
83332.Rv2278(PF01527)(mitochondrial)
83332.Rv2279(PF13276) (PF00665)not used
83332.Rv0287PF06013(plastid)
83332.Rv3734c(PF06974) (PF03007)
83332.Rv3430c(PF00665)
83332.Rv0893c(PF04072)
83332.Rv3019cPF06013
83332.Rv2812(PF00665)
83332.Rv3347cPF01469
83332.Rv1662(PF00698)
83332.Rv1661(PF00698)
83332.Rv0713(PF14494)
83332.Rv1729c(PF04072)
83332.Rv2381c(PF00698)
83332.Rv3350cPF01469
83332.Rv0405(PF00698)
83332.Rv0355cPF01469
83332.Rv0725c(PF04072)
83332.Rv1753cPF01469
83332.Rv2935(PF00698)
83332.Rv2933(PF00698)
83332.Rv2931(PF00698)
83332.Rv0726c(PF04072)
83332.Rv2353cPF01469
83332.Rv3191c(PF00665)
83332.Rv0731c(PF04072)
83332.Rv0931c(PF01436)
83332.Rv2243(PF00698)
83332.Rv3159cPF01469
83332.Rv3620cPF06013
83332.Rv0878cPF01469
83332.Rv1888A(PF04072)not used
83332.Rv2042c(PF02136)
83332.Rv0864(PF01967)
83332.Rv1038cPF06013
83332.Rv1618PF02551
83332.Rv2347cPF06013
83332.Rv1889c(PF04072)
83332.Rv3197A(PF02178)
83332.Rv0442cPF01469
83332.Rv0469(PF02353)
83332.Rv1037cPF06013
83332.Rv0305cPF01469
83332.Rv3020cPF06013
83332.Rv0500BPF08213not used
83332.Rv3323c(PF02391)
83332.Rv0645c(PF02353)
83332.Rv3619cPF06013
83332.Rv3533cPF01469
83332.Rv1765A(PF00665)
83332.Rv0923c(PF13772)
83332.Rv3891cPF06013
83332.Rv3767c(PF04072)
83332.Rv1444cPF03670
83332.Rv1896c(PF04072)
83332.Rv1125(PF06974)
83332.Rv0644c(PF02353)
83332.Rv3800c(PF00698)
83332.Rv2949c(PF01947)
83332.Rv3890cPF06013
83332.Rv3724B(PF01083)
83332.Rv0830(PF04072)
83332.Rv0866(PF02391)
83332.Rv1917cPF01469
83332.Rv2943(PF00665)
83332.Rv3445cPF06013
83332.Rv0643c(PF02353)
83332.Rv3905cPF06013
83332.Rv1793PF06013
83332.Rv2356cPF01469
83332.Rv3787c(PF04072)
83332.Rv3558PF01469
83332.Rv0145(PF04072)
83332.Rv0146(PF04072)
83332.Rv1918cPF01469
83332.Rv0503c(PF02353)
83332.Rv0642c(PF02353)
83332.Rv3904cPF06013
83332.Rv0755cPF01469
83332.Rv3720(PF02353)
83332.Rv1153c(PF04072)
83332.Rv0760c(PF02136)
83332.Rv1135cPF01469
83332.Rv3234c(PF03007)
83332.Rv3304(PF13772)
83332.Rv3825c(PF00698)
83332.Rv1198PF06013
83332.Rv1197PF06013
83332.Rv3444cPF06013
83332.Rv0470c(PF02353)
83332.Rv2086(PF13276)
83332.Rv1181(PF00698)
83332.Rv3119(PF02391)
83332.Rv3111(PF01967)
83332.Rv3392c(PF02353)
83332.Rv3343cPF01469
83332.Rv1758(PF01083)
83332.Rv0304cPF01469
83332.Rv3428c(PF00665)
83332.Rv2048c(PF00698)
83332.Rv2346cPF06013
83332.Rv2940c(PF00698)
83332.Rv3875PF06013
83332.Rv3874PF06013
83332.Rv0669c(PF17048)
83332.Rv2275(PF16715)
83332.Rv1527c(PF00698)
83332.Rv0288PF06013
83332.Rv0447c(PF02353)
83332.Rv3324c(PF01967)
83332.Rv1548cPF01469

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================