Metamenu

Effective results for Edwardsiella ictaluri 93-146 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 533
- Predicted by EffectiveT3: 144 (high confidence), 222 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 20 within, 22 before, 22 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 19 eukaryotic-like domains, contained in 114 proteins (62 high, 52 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
634503.NT01EI_1443(PF00328)ER
634503.NT01EI_2532PF00872(ER); ER
634503.NT01EI_2888(>)ER
634503.NT01EI_2884(PF02112)ER
634503.NT01EI_1205(<)ER
634503.NT01EI_1518(PF08332)ER
634503.NT01EI_0644+(mitochondrial); (plastid)
634503.NT01EI_3774PF03400(mitochondrial)
634503.NT01EI_0664(<)(ER)
634503.NT01EI_2167(PF08332)ER
634503.NT01EI_0587(>)ER
634503.NT01EI_0295+(ER); (mitochondrial)
634503.NT01EI_2534(PF13384)(mitochondrial)
634503.NT01EI_0056+(mitochondrial)
634503.NT01EI_0227+ER
634503.NT01EI_2548(PF13384)(mitochondrial); (plastid)
634503.NT01EI_1355+(mitochondrial); (plastid)
634503.NT01EI_1552+ER
634503.NT01EI_1779(PF00030)ER
634503.NT01EI_2773(>)ER
634503.NT01EI_2779(PF13683)(ER)
634503.NT01EI_1618+ER
634503.NT01EI_1946(PF00328)ER; (ER)
634503.NT01EI_3308(>)(mitochondrial); (plastid)
634503.NT01EI_3513(>)mitochondrial
634503.NT01EI_1378(PF13436)ER
634503.NT01EI_1574+(ER)
634503.NT01EI_1117(PF06315)ER
634503.NT01EI_1972+ER
634503.NT01EI_2216PF03400ER; (ER)
634503.NT01EI_3295(PF02884)ER
634503.NT01EI_3294(PF02884)ER
634503.NT01EI_2208(>)mitochondrial
634503.NT01EI_1829+ER
634503.NT01EI_1332+(mitochondrial)
634503.NT01EI_2047(PF00030)ER
634503.NT01EI_2415(+)+(ER)
634503.NT01EI_3123+(ER)
634503.NT01EI_0746(<)(plastid)
634503.NT01EI_2665(+)ER; (ER)
634503.NT01EI_0792(+)(ER)
634503.NT01EI_1696(+)ER
634503.NT01EI_2349+(plastid)
634503.NT01EI_2503(>)(plastid)
634503.NT01EI_3107PF03400(ER)
634503.NT01EI_0311(PF01276) (PF03711)
634503.NT01EI_1511PF00872(plastid)
634503.NT01EI_2359PF03400(ER)
634503.NT01EI_0924+(PF13683)
634503.NT01EI_0859(PF01276) (PF03711)
634503.NT01EI_0291(PF01276) (PF03711)
634503.NT01EI_2403+(plastid)
634503.NT01EI_1539(PF02371)(mitochondrial)
634503.NT01EI_1535PF03400(ER)
634503.NT01EI_2457(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_2611(+)(ER)
634503.NT01EI_1522PF03400(plastid)
634503.NT01EI_1701+(plastid)
634503.NT01EI_0614(+)mitochondrial; plastid
634503.NT01EI_2547(>)(PF01755)
634503.NT01EI_2407+plastid
634503.NT01EI_3377+(plastid)
634503.NT01EI_1770PF03400(ER)
634503.NT01EI_1171(+)ER
634503.NT01EI_2552PF03400(ER)
634503.NT01EI_3602+(mitochondrial)
634503.NT01EI_0420(+)ER
634503.NT01EI_2947(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_0708(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_2231(PF02371)(mitochondrial)
634503.NT01EI_1947PF03400(ER)
634503.NT01EI_3057(PF13332)(mitochondrial)
634503.NT01EI_3261(<)(ER)
634503.NT01EI_1295+(ER)
634503.NT01EI_0983PF03400ER; not used
634503.NT01EI_3849(+)ER
634503.NT01EI_3079(<)(mitochondrial); not used
634503.NT01EI_2733(PF02371)(mitochondrial)
634503.NT01EI_1006+(mitochondrial)
634503.NT01EI_2021+(>)
634503.NT01EI_3516(PF02371)(plastid)
634503.NT01EI_0744(+)(ER); (plastid)
634503.NT01EI_3097(+)(ER)
634503.NT01EI_1334+plastid
634503.NT01EI_2469(+)ER
634503.NT01EI_3312(PF02371)(mitochondrial)
634503.NT01EI_1921+(mitochondrial); not used
634503.NT01EI_3309+(PF13332)
634503.NT01EI_2405+(plastid)
634503.NT01EI_2410+plastid
634503.NT01EI_3411(PF01276) (PF03711)
634503.NT01EI_3413(PF01276) (PF03711)
634503.NT01EI_0255(<)
634503.NT01EI_0250+
634503.NT01EI_0808+
634503.NT01EI_1440PF00872
634503.NT01EI_2067PF00872
634503.NT01EI_2063+
634503.NT01EI_1689+
634503.NT01EI_2408PF00872
634503.NT01EI_2247+
634503.NT01EI_2240+
634503.NT01EI_3336(>)
634503.NT01EI_3114PF00872
634503.NT01EI_3110PF00872
634503.NT01EI_3119(PF05929)
634503.NT01EI_0246(>)
634503.NT01EI_1900+not used
634503.NT01EI_0308PF00872
634503.NT01EI_0301(>)
634503.NT01EI_1306(PF01755)
634503.NT01EI_1302PF03400
634503.NT01EI_1279+not used
634503.NT01EI_0902PF00872
634503.NT01EI_0901(PF02371)
634503.NT01EI_2656(<)
634503.NT01EI_0656+not used
634503.NT01EI_0654(PF13683)not used
634503.NT01EI_2343(+)(plastid)
634503.NT01EI_2505(>)
634503.NT01EI_3323(<)
634503.NT01EI_3326(PF13332)
634503.NT01EI_3109(+)PF00872not used
634503.NT01EI_3155+
634503.NT01EI_0006+
634503.NT01EI_0008+not used
634503.NT01EI_1207(+)(plastid)
634503.NT01EI_1204+
634503.NT01EI_0915(+)(>)
634503.NT01EI_1423+not used
634503.NT01EI_1510PF00872
634503.NT01EI_2640(<)
634503.NT01EI_0762+not used
634503.NT01EI_2426+
634503.NT01EI_2421+
634503.NT01EI_2420(+)mitochondrial; not used
634503.NT01EI_3917(<)
634503.NT01EI_3911(<)
634503.NT01EI_0640PF00872
634503.NT01EI_2358(PF02371)
634503.NT01EI_1849+not used
634503.NT01EI_3176+
634503.NT01EI_3357+
634503.NT01EI_0267+
634503.NT01EI_3004PF00872
634503.NT01EI_0466(<)
634503.NT01EI_1991PF00872
634503.NT01EI_1187(<)
634503.NT01EI_1216+
634503.NT01EI_0926PF00872
634503.NT01EI_0922PF00872
634503.NT01EI_0923PF00872
634503.NT01EI_1433+
634503.NT01EI_1508PF03400
634503.NT01EI_1507+
634503.NT01EI_2981PF03400
634503.NT01EI_2746+
634503.NT01EI_2163+
634503.NT01EI_2166+not used
634503.NT01EI_2293PF00872
634503.NT01EI_3349+
634503.NT01EI_3763+
634503.NT01EI_3017+
634503.NT01EI_1989PF00872
634503.NT01EI_1984(>)
634503.NT01EI_1980+
634503.NT01EI_0067(+)(plastid)
634503.NT01EI_0110+
634503.NT01EI_0939+
634503.NT01EI_0933+
634503.NT01EI_0935+
634503.NT01EI_1538PF00872
634503.NT01EI_2622+
634503.NT01EI_1717+
634503.NT01EI_1710+not used
634503.NT01EI_1711PF00872
634503.NT01EI_1405(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_1158PF00872
634503.NT01EI_2756(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_2176(<)not used
634503.NT01EI_3806+
634503.NT01EI_3715+
634503.NT01EI_3712+
634503.NT01EI_2537(PF13384)
634503.NT01EI_2536+
634503.NT01EI_0411+
634503.NT01EI_2619(<)not used
634503.NT01EI_0127+
634503.NT01EI_0949+
634503.NT01EI_0946(PF07720)
634503.NT01EI_1520+not used
634503.NT01EI_1142+
634503.NT01EI_1411+not used
634503.NT01EI_1410+
634503.NT01EI_2141(<)
634503.NT01EI_2541+
634503.NT01EI_2545+
634503.NT01EI_1414(+)(<)
634503.NT01EI_2388(PF02371)
634503.NT01EI_3035(>)
634503.NT01EI_3142+
634503.NT01EI_0436+
634503.NT01EI_0046PF00872
634503.NT01EI_0951(PF07720)
634503.NT01EI_0950+
634503.NT01EI_0952+
634503.NT01EI_2978(<)
634503.NT01EI_1553PF03400
634503.NT01EI_1550PF03400
634503.NT01EI_1551PF09728
634503.NT01EI_1774+not used
634503.NT01EI_1771+not used
634503.NT01EI_2778PF00872
634503.NT01EI_2156PF00872
634503.NT01EI_3554(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_2556(PF13384)
634503.NT01EI_2555(PF01755)
634503.NT01EI_2396(<)not used
634503.NT01EI_3735+
634503.NT01EI_3738(+)plastid
634503.NT01EI_3607+not used
634503.NT01EI_0899+
634503.NT01EI_1547+not used
634503.NT01EI_1549+
634503.NT01EI_2494(+)(plastid)
634503.NT01EI_1765PF00872
634503.NT01EI_1767(PF02371)
634503.NT01EI_1161+not used
634503.NT01EI_3837PF00872
634503.NT01EI_2126(>)
634503.NT01EI_0703+
634503.NT01EI_2230PF00872
634503.NT01EI_0416(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_0417+
634503.NT01EI_3054PF00872
634503.NT01EI_3052(PF13683)
634503.NT01EI_0565+
634503.NT01EI_0561+
634503.NT01EI_0390(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_0080+
634503.NT01EI_1373+
634503.NT01EI_0976PF00872
634503.NT01EI_0975+
634503.NT01EI_1118(PF06315)
634503.NT01EI_1115(+)(mitochondrial); not used
634503.NT01EI_0979PF03400
634503.NT01EI_1111PF00872
634503.NT01EI_2717+
634503.NT01EI_2710(<)
634503.NT01EI_2718+
634503.NT01EI_2139PF00872
634503.NT01EI_2132+
634503.NT01EI_1757PF00872
634503.NT01EI_2006(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_3534(>)
634503.NT01EI_3459+
634503.NT01EI_3443+
634503.NT01EI_3288+
634503.NT01EI_1978(PF13384)
634503.NT01EI_3198PF00872
634503.NT01EI_3062+
634503.NT01EI_0577+
634503.NT01EI_1916+
634503.NT01EI_1361+
634503.NT01EI_0989(PF13332)
634503.NT01EI_2728+
634503.NT01EI_1631+
634503.NT01EI_1740+
634503.NT01EI_3521+
634503.NT01EI_0769+
634503.NT01EI_2452+
634503.NT01EI_3183(>)
634503.NT01EI_3072+not used
634503.NT01EI_1623+
634503.NT01EI_0210+
634503.NT01EI_0217+not used
634503.NT01EI_0179+
634503.NT01EI_0458+
634503.NT01EI_2932+
634503.NT01EI_1356+
634503.NT01EI_2735PF00872
634503.NT01EI_1642+
634503.NT01EI_2225+
634503.NT01EI_2029(>)
634503.NT01EI_2110(+)(>)
634503.NT01EI_3244PF00872
634503.NT01EI_3648+not used
634503.NT01EI_1822+
634503.NT01EI_3087+
634503.NT01EI_0349PF00872
634503.NT01EI_0341(+)(<)
634503.NT01EI_2849PF00872
634503.NT01EI_2902PF00872
634503.NT01EI_1879+
634503.NT01EI_1878+
634503.NT01EI_2788+
634503.NT01EI_2696(PF13683)
634503.NT01EI_2698(PF02371)
634503.NT01EI_2054PF00872
634503.NT01EI_3506+
634503.NT01EI_2271+
634503.NT01EI_3472(+)(ER)
634503.NT01EI_3890+
634503.NT01EI_0233+
634503.NT01EI_0350PF00872
634503.NT01EI_0358+
634503.NT01EI_3067+
634503.NT01EI_1331PF00872
634503.NT01EI_1338+
634503.NT01EI_0985(+)(mitochondrial); not used
634503.NT01EI_3553+
634503.NT01EI_1246+
634503.NT01EI_1247+
634503.NT01EI_1488+not used
634503.NT01EI_1485(PF02371)
634503.NT01EI_1793+
634503.NT01EI_2046+not used
634503.NT01EI_2262+
634503.NT01EI_2310PF00872
634503.NT01EI_2313+
634503.NT01EI_3220+
634503.NT01EI_1348+
634503.NT01EI_1798+
634503.NT01EI_3314PF00872
634503.NT01EI_3134+
634503.NT01EI_3301+
634503.NT01EI_3650(+)(mitochondrial)
634503.NT01EI_0323+
634503.NT01EI_2438+
634503.NT01EI_2868+
634503.NT01EI_0843+
634503.NT01EI_2996+
634503.NT01EI_1089+not used
634503.NT01EI_1120+
634503.NT01EI_3122+
634503.NT01EI_2784+not used
634503.NT01EI_2074+
634503.NT01EI_3782(+)(PF13683)
634503.NT01EI_3788+
634503.NT01EI_1675(<)
634503.NT01EI_2412+
634503.NT01EI_1678(PF13683)not used
634503.NT01EI_3234(PF13683)not used
634503.NT01EI_1925+
634503.NT01EI_2526+
634503.NT01EI_2256(PF05929)
634503.NT01EI_1012(>)
634503.NT01EI_3303PF00872
634503.NT01EI_0028(+)
634503.NT01EI_2171(+)
634503.NT01EI_0776(+)
634503.NT01EI_3484(+)
634503.NT01EI_2798(+)
634503.NT01EI_2796(+)
634503.NT01EI_1043(+)
634503.NT01EI_2249(+)
634503.NT01EI_3116(+)not used
634503.NT01EI_1904(+)
634503.NT01EI_3251(+)
634503.NT01EI_1273(+)
634503.NT01EI_1107(+)
634503.NT01EI_3922(+)
634503.NT01EI_0650(+)
634503.NT01EI_2500(+)
634503.NT01EI_3320(+)
634503.NT01EI_1872(+)
634503.NT01EI_0007(+)
634503.NT01EI_2589(+)
634503.NT01EI_2079(+)
634503.NT01EI_1208(+)
634503.NT01EI_0911(+)
634503.NT01EI_1515(+)
634503.NT01EI_2644(+)
634503.NT01EI_3351(+)
634503.NT01EI_1998(+)
634503.NT01EI_1840(+)
634503.NT01EI_1842(+)not used
634503.NT01EI_0108(+)
634503.NT01EI_1211(+)
634503.NT01EI_0921(+)not used
634503.NT01EI_2986(+)
634503.NT01EI_2560(+)
634503.NT01EI_3169(+)
634503.NT01EI_2363(+)
634503.NT01EI_3018(+)
634503.NT01EI_1617(+)
634503.NT01EI_3374(+)
634503.NT01EI_1221(+)
634503.NT01EI_1227(+)not used
634503.NT01EI_1536(+)
634503.NT01EI_2620(+)
634503.NT01EI_0667(+)not used
634503.NT01EI_2575(+)
634503.NT01EI_3393(+)
634503.NT01EI_3391(+)
634503.NT01EI_3398(+)
634503.NT01EI_0599(+)
634503.NT01EI_2377(+)
634503.NT01EI_0058(+)
634503.NT01EI_0945(+)
634503.NT01EI_0978(+)not used
634503.NT01EI_3381(+)
634503.NT01EI_3709(+)
634503.NT01EI_3639(+)
634503.NT01EI_0430(+)
634503.NT01EI_1891(+)
634503.NT01EI_0047(+)
634503.NT01EI_2145(+)
634503.NT01EI_0613(+)
634503.NT01EI_0754(+)
634503.NT01EI_2815(+)
634503.NT01EI_0959(+)
634503.NT01EI_0955(+)
634503.NT01EI_0953(+)
634503.NT01EI_1393(+)
634503.NT01EI_2605(+)
634503.NT01EI_1776(+)
634503.NT01EI_2775(+)not used
634503.NT01EI_2151(+)
634503.NT01EI_3820(+)
634503.NT01EI_2392(+)
634503.NT01EI_1956(+)not used
634503.NT01EI_3605(+)
634503.NT01EI_0424(+)not used
634503.NT01EI_0553(+)
634503.NT01EI_0559(+)
634503.NT01EI_0920(+)
634503.NT01EI_2133(+)
634503.NT01EI_1430(+)not used
634503.NT01EI_0097(+)
634503.NT01EI_2803(+)
634503.NT01EI_1119(+)
634503.NT01EI_1610(+)
634503.NT01EI_1614(+)
634503.NT01EI_2128(+)
634503.NT01EI_2010(+)
634503.NT01EI_3542(+)
634503.NT01EI_3541(+)
634503.NT01EI_2598(+)
634503.NT01EI_2233(+)
634503.NT01EI_3725(+)
634503.NT01EI_1948(+)
634503.NT01EI_1944(+)not used
634503.NT01EI_3616(+)
634503.NT01EI_3163(+)
634503.NT01EI_0151(+)
634503.NT01EI_0153(+)
634503.NT01EI_0398(+)
634503.NT01EI_0081(+)
634503.NT01EI_2831(+)
634503.NT01EI_1577(+)
634503.NT01EI_1594(+)
634503.NT01EI_1899(+)
634503.NT01EI_3848(+)not used
634503.NT01EI_0625(+)
634503.NT01EI_1022(+)
634503.NT01EI_2295(+)
634503.NT01EI_3538(+)
634503.NT01EI_3441(+)
634503.NT01EI_0404(+)
634503.NT01EI_1975(+)
634503.NT01EI_3171(+)
634503.NT01EI_1855(+)
634503.NT01EI_0368(+)
634503.NT01EI_1293(+)
634503.NT01EI_0982(+)
634503.NT01EI_2720(+)
634503.NT01EI_3857(+)
634503.NT01EI_3851(+)
634503.NT01EI_2039(+)
634503.NT01EI_2211(+)not used
634503.NT01EI_3458(+)
634503.NT01EI_3297(+)not used
634503.NT01EI_3275(+)
634503.NT01EI_3671(+)
634503.NT01EI_3187(+)
634503.NT01EI_0215(+)
634503.NT01EI_1026(+)
634503.NT01EI_1755(+)
634503.NT01EI_1025(+)
634503.NT01EI_0199(+)
634503.NT01EI_1136(+)not used
634503.NT01EI_2736(+)
634503.NT01EI_2732(+)
634503.NT01EI_1640(+)
634503.NT01EI_3249(+)
634503.NT01EI_3640(+)
634503.NT01EI_0512(+)
634503.NT01EI_0228(+)
634503.NT01EI_2739(+)
634503.NT01EI_0340+
634503.NT01EI_2842(+)
634503.NT01EI_1344(+)
634503.NT01EI_3740(+)
634503.NT01EI_0833(+)
634503.NT01EI_3214(+)
634503.NT01EI_3871(+)
634503.NT01EI_2692(+)
634503.NT01EI_2470(+)
634503.NT01EI_3476(+)
634503.NT01EI_2302(+)
634503.NT01EI_1908(+)
634503.NT01EI_3894(+)
634503.NT01EI_3657(+)
634503.NT01EI_0695(+)
634503.NT01EI_0523(+)
634503.NT01EI_1837(+)
634503.NT01EI_3094(+)
634503.NT01EI_3588(+)
634503.NT01EI_0827(+)
634503.NT01EI_3792(+)
634503.NT01EI_2260(+)
634503.NT01EI_1937(+)not used
634503.NT01EI_0537(+)
634503.NT01EI_3133(+)
634503.NT01EI_3131(+)
634503.NT01EI_3889(+)
634503.NT01EI_3801(+)
634503.NT01EI_2524(+)
634503.NT01EI_0490(+)
634503.NT01EI_2865(+)
634503.NT01EI_0623(+)
634503.NT01EI_0037(+)
634503.NT01EI_2997(+)not used
634503.NT01EI_0811(+)
634503.NT01EI_1077(+)
634503.NT01EI_3784(+)not used
634503.NT01EI_3781(+)
634503.NT01EI_2419(+)
634503.NT01EI_3417(+)
634503.NT01EI_0783(+)not used
634503.NT01EI_3125(+)
634503.NT01EI_0789(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.1 (11/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.625 (5/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================