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Effective results for Desulfovibrio fructosivorans JJ (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 524
- Predicted by EffectiveT3: 80 (high confidence), 130 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 24 within, 8 before, 30 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 37 eukaryotic-like domains, contained in 280 proteins (5 high, 275 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
596151.DesfrDRAFT_0431(>)(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_3235(PF13188) (PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_3104(PF01627) (PF08448)mitochondrial
596151.DesfrDRAFT_1984(PF01627) (PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_0123(PF13188) (PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_2499(PF13188) (PF08448)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2846(PF00037) (PF13187)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1013(PF01627) (PF08448)(ER); ER
596151.DesfrDRAFT_1924(PF02754)ER
596151.DesfrDRAFT_1677(PF04055)ER
596151.DesfrDRAFT_2899(PF00037)mitochondrial
596151.DesfrDRAFT_3306+mitochondrial; plastid
596151.DesfrDRAFT_3302(>)ER
596151.DesfrDRAFT_3239(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3758(PF07885)mitochondrial
596151.DesfrDRAFT_2338(PF13524)mitochondrial; (mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3115(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_0491(PF00391)(ER)
596151.DesfrDRAFT_0493(PF08448)mitochondrial
596151.DesfrDRAFT_1305(PF08448)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2657(PF14559)ER
596151.DesfrDRAFT_2508(>)ER
596151.DesfrDRAFT_3214(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_2344(PF13632)ER; (ER)
596151.DesfrDRAFT_0692(PF14559)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0691(PF13632)ER
596151.DesfrDRAFT_3742(PF13524)ER
596151.DesfrDRAFT_0466(>)ER
596151.DesfrDRAFT_1203(>)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0260(PF14559)ER
596151.DesfrDRAFT_1517(PF07885)ER
596151.DesfrDRAFT_0861(<)ER
596151.DesfrDRAFT_0860(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_2510(PF01373)ER
596151.DesfrDRAFT_3176(PF07885)ER
596151.DesfrDRAFT_3175PF01591ER
596151.DesfrDRAFT_1889(PF08448)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1502(PF01627)ER
596151.DesfrDRAFT_2992+(PF01875)plastid
596151.DesfrDRAFT_1887+(PF02754) (PF13534)
596151.DesfrDRAFT_0930(PF01627)ER
596151.DesfrDRAFT_2575(PF00037)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2280(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_3806(PF02256)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_4140+ER
596151.DesfrDRAFT_3021(PF00391)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_2818(PF13188)ER
596151.DesfrDRAFT_3634(PF00391)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3637(PF00391)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0428(PF00543)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0387+ER
596151.DesfrDRAFT_3821(+)(PF04055)ER; (ER)
596151.DesfrDRAFT_3824(PF13231)ER
596151.DesfrDRAFT_3953(>)(ER); (mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3607PF10343(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3608+ER
596151.DesfrDRAFT_0106+mitochondrial
596151.DesfrDRAFT_0706(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_0096(PF04055)mitochondrial
596151.DesfrDRAFT_0414(PF13231)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2940(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_0964(PF13231)ER
596151.DesfrDRAFT_0962(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_2707(PF13231)ER
596151.DesfrDRAFT_0891(<)ER
596151.DesfrDRAFT_2496+(ER)
596151.DesfrDRAFT_3943(PF07885)ER
596151.DesfrDRAFT_1618(PF08448)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3617(PF13524)ER
596151.DesfrDRAFT_2233(>)ER
596151.DesfrDRAFT_0973(PF13231)ER
596151.DesfrDRAFT_0971(PF01627) (PF13188) (PF08448)
596151.DesfrDRAFT_2950+(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1026(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3531(PF14559)ER
596151.DesfrDRAFT_3440(PF13231)ER
596151.DesfrDRAFT_3197(+)(PF01627) (PF13188) (PF08448)
596151.DesfrDRAFT_0736+(ER)
596151.DesfrDRAFT_0982(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_2585(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1584(PF13524)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3298(PF13231)(ER); ER
596151.DesfrDRAFT_3674+ER
596151.DesfrDRAFT_3078(>)ER
596151.DesfrDRAFT_3279(PF08448)ER
596151.DesfrDRAFT_1103+ER
596151.DesfrDRAFT_2689(+)(PF08448)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2449(PF04055)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2208(PF13231)ER
596151.DesfrDRAFT_0349+ER
596151.DesfrDRAFT_0693(PF14559)ER
596151.DesfrDRAFT_0747(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0234+(ER)
596151.DesfrDRAFT_1340(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1839(>)ER
596151.DesfrDRAFT_1838(PF13188)(ER)
596151.DesfrDRAFT_1121(PF00543)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1014(PF01627)(ER)
596151.DesfrDRAFT_3474(PF13632)ER
596151.DesfrDRAFT_3870+ER
596151.DesfrDRAFT_2277+(PF13188) (PF08448)
596151.DesfrDRAFT_0753(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3494(>)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2919(PF13231)ER
596151.DesfrDRAFT_2058+ER
596151.DesfrDRAFT_3792(PF14559)ER
596151.DesfrDRAFT_2319(>)ER
596151.DesfrDRAFT_2565(PF04055)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_2326+(PF13188)
596151.DesfrDRAFT_1043(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3934(PF04432) (PF13534)
596151.DesfrDRAFT_2889(PF13188) (PF08448)
596151.DesfrDRAFT_3339(+)(ER)
596151.DesfrDRAFT_0277+(PF10609)
596151.DesfrDRAFT_2342+(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3106(PF13188) (PF08448)
596151.DesfrDRAFT_0004+(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_2643(PF04055)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2642(PF04055)(ER)
596151.DesfrDRAFT_2648(+)(PF04055)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_0868+plastid
596151.DesfrDRAFT_3590(PF13188) (PF00037)
596151.DesfrDRAFT_2514(+)(PF08448)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_2744+(PF10609)
596151.DesfrDRAFT_2561(PF02754) (PF13534)
596151.DesfrDRAFT_0663(+)+(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1086(PF02754) (PF13534)
596151.DesfrDRAFT_2190(+)(mitochondrial); plastid
596151.DesfrDRAFT_0163+(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0618+(PF13231)
596151.DesfrDRAFT_0429(PF01627) (PF13188)
596151.DesfrDRAFT_0553(+)(>)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_4106(PF13534)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_1173(PF00391)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3823+(PF13231)
596151.DesfrDRAFT_3826(PF04055)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0384(PF08448)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0704(PF02754) (PF13534)
596151.DesfrDRAFT_1945(PF01627) (PF08448)
596151.DesfrDRAFT_3543+(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_2838+plastid
596151.DesfrDRAFT_0570+(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_0401(+)(PF00037) (PF02256)
596151.DesfrDRAFT_0881(PF04055)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_1281(+)(PF07885)(ER)
596151.DesfrDRAFT_3283(PF13188) (PF08448)
596151.DesfrDRAFT_2556+(plastid)
596151.DesfrDRAFT_0985(PF00037) (PF02256)
596151.DesfrDRAFT_2970(+)(mitochondrial); (plastid)
596151.DesfrDRAFT_0991(>)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_2872(>)(PF13524)
596151.DesfrDRAFT_2275(PF08448)(ER)
596151.DesfrDRAFT_0680++
596151.DesfrDRAFT_1064(PF02873)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_2041(+)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3408+(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_0400(PF00037)
596151.DesfrDRAFT_0406(PF13524)
596151.DesfrDRAFT_2445(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_4121(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_4066(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_4060(PF00037)
596151.DesfrDRAFT_1329(+)(ER)
596151.DesfrDRAFT_1328(PF01895)
596151.DesfrDRAFT_1812+
596151.DesfrDRAFT_1494(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_1079(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_2670(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_1784(PF00543)
596151.DesfrDRAFT_1472(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_2254(PF00037)
596151.DesfrDRAFT_3308(PF01258)
596151.DesfrDRAFT_3236+
596151.DesfrDRAFT_2368+not used
596151.DesfrDRAFT_0796+
596151.DesfrDRAFT_0792(+)(>)
596151.DesfrDRAFT_0336(>)
596151.DesfrDRAFT_1316(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_1311(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_1262(PF14559)
596151.DesfrDRAFT_2667(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_2666(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_3930(PF13534)
596151.DesfrDRAFT_3931(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_1444(PF10143)
596151.DesfrDRAFT_2240+
596151.DesfrDRAFT_3755(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_3439+
596151.DesfrDRAFT_2337(PF16561)
596151.DesfrDRAFT_2333(+)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_3111(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_0011+not used
596151.DesfrDRAFT_4047(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_1879+
596151.DesfrDRAFT_1272(PF01980)
596151.DesfrDRAFT_1279(PF10143)
596151.DesfrDRAFT_0877+
596151.DesfrDRAFT_2435(+)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_2436(<)
596151.DesfrDRAFT_3438(PF01258)
596151.DesfrDRAFT_2433+
596151.DesfrDRAFT_3322(+)(mitochondrial)
596151.DesfrDRAFT_3695(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_2971+
596151.DesfrDRAFT_2345(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_3213(PF02943)
596151.DesfrDRAFT_3743+
596151.DesfrDRAFT_0318(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_0647(PF14559)
596151.DesfrDRAFT_0315(+)(ER)
596151.DesfrDRAFT_0483(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_1993(PF16983)
596151.DesfrDRAFT_1991(>)
596151.DesfrDRAFT_1511+
596151.DesfrDRAFT_0918(PF16864)
596151.DesfrDRAFT_3351+
596151.DesfrDRAFT_1736+
596151.DesfrDRAFT_3770(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_3775(PF01875)
596151.DesfrDRAFT_3179(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_1988(PF01895)
596151.DesfrDRAFT_1983(<)
596151.DesfrDRAFT_0075+
596151.DesfrDRAFT_1884(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_1885(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_0295+
596151.DesfrDRAFT_2183(PF00037)
596151.DesfrDRAFT_3584(PF00037)
596151.DesfrDRAFT_3902(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_1727(PF14559)
596151.DesfrDRAFT_1722(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_3762(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_3760+
596151.DesfrDRAFT_1537+
596151.DesfrDRAFT_3161(+)(ER)
596151.DesfrDRAFT_3163+
596151.DesfrDRAFT_3166(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_2995+
596151.DesfrDRAFT_4125(PF13188)
596151.DesfrDRAFT_0119(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_0114(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_0062+
596151.DesfrDRAFT_1880(PF00037)
596151.DesfrDRAFT_1882(PF04432)
596151.DesfrDRAFT_1883(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_0289(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_0286(PF01258)
596151.DesfrDRAFT_0316(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_2997(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_1156+
596151.DesfrDRAFT_2759PF04677
596151.DesfrDRAFT_0046+
596151.DesfrDRAFT_2191(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_3807(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_3376+
596151.DesfrDRAFT_1089(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_2174(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_3156(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_4145(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_3020(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_0439+
596151.DesfrDRAFT_0433(PF01980)
596151.DesfrDRAFT_0437(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_0126+
596151.DesfrDRAFT_0728(PF00391)
596151.DesfrDRAFT_0729+
596151.DesfrDRAFT_1896(PF13187)
596151.DesfrDRAFT_1892(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_1147(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_1090(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_0948(+)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_0947+
596151.DesfrDRAFT_3811(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_3810(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_3709+
596151.DesfrDRAFT_2758(>)
596151.DesfrDRAFT_1539(>)
596151.DesfrDRAFT_3497(PF16864)
596151.DesfrDRAFT_3636(+)(PF00391)
596151.DesfrDRAFT_3388(>)
596151.DesfrDRAFT_0426(PF16864)
596151.DesfrDRAFT_0733PF01166
596151.DesfrDRAFT_0556+
596151.DesfrDRAFT_0552+
596151.DesfrDRAFT_1952(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_1393(PF02754)
596151.DesfrDRAFT_3624(PF14559)
596151.DesfrDRAFT_1171(<)
596151.DesfrDRAFT_1174(+)(plastid)
596151.DesfrDRAFT_2779(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_3550(<)not used
596151.DesfrDRAFT_2803+
596151.DesfrDRAFT_1772(>)
596151.DesfrDRAFT_4126+
596151.DesfrDRAFT_2155(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_3600(PF01980)
596151.DesfrDRAFT_3605+
596151.DesfrDRAFT_2857+
596151.DesfrDRAFT_3049+
596151.DesfrDRAFT_0916+
596151.DesfrDRAFT_0637(PF00391)
596151.DesfrDRAFT_0146+
596151.DesfrDRAFT_0563(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_0418(PF01627)
596151.DesfrDRAFT_3452+
596151.DesfrDRAFT_2944(PF02873)
596151.DesfrDRAFT_3547(>)
596151.DesfrDRAFT_3542+not used
596151.DesfrDRAFT_0036(<)
596151.DesfrDRAFT_2498+
596151.DesfrDRAFT_3728+
596151.DesfrDRAFT_3837(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_3610+
596151.DesfrDRAFT_3053(PF08448)
596151.DesfrDRAFT_0150(PF01258)
596151.DesfrDRAFT_4129PF13513
596151.DesfrDRAFT_0405(>)
596151.DesfrDRAFT_0404(PF04055)
596151.DesfrDRAFT_1377+
596151.DesfrDRAFT_1373(PF02732)
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596151.DesfrDRAFT_3843+
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596151.DesfrDRAFT_2909(+)+
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596151.DesfrDRAFT_0835+
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596151.DesfrDRAFT_1339(PF04055)
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596151.DesfrDRAFT_1068(PF04055)
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596151.DesfrDRAFT_1792(PF01895)
596151.DesfrDRAFT_1668(+)mitochondrial; not used
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596151.DesfrDRAFT_1460(PF04055)
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596151.DesfrDRAFT_3795+
596151.DesfrDRAFT_0084(>)
596151.DesfrDRAFT_3228(PF16864)
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596151.DesfrDRAFT_0206(+)
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596151.DesfrDRAFT_1017(+)
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596151.DesfrDRAFT_1790(+)
596151.DesfrDRAFT_0825(+)
596151.DesfrDRAFT_0086(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.3 (3/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================