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Effective results for Alkaliphilus metalliredigens QYMF (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 188
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 49 eukaryotic-like domains, contained in 188 proteins (11 high, 177 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
293826.Amet_4657(PF01558) (PF01855) (PF17147)(mitochondrial)
293826.Amet_4305(PF01855) (PF17147)(mitochondrial)
293826.Amet_2667(PF00013) (PF01138) PF03726 (PF03725)
293826.Amet_1006(PF00013) (PF01138) PF03726 (PF03725)
293826.Amet_1001(PF00013) (PF01138) PF03726 (PF03725)
293826.Amet_1737(PF00013) (PF01138) PF03726 (PF03725)
293826.Amet_1773(PF00139)ER
293826.Amet_3856(PF01169)ER
293826.Amet_0953(PF01520)ER
293826.Amet_1213(PF01558) (PF01855) (PF17147)
293826.Amet_4793(PF01169)ER
293826.Amet_0948PF03059ER
293826.Amet_1205(PF02308)ER
293826.Amet_4329(PF01169)ER
293826.Amet_4135(PF09992)ER
293826.Amet_3013(PF00163)(mitochondrial)
293826.Amet_1886(PF01520)ER
293826.Amet_2211(PF01228) (PF02901)(mitochondrial)
293826.Amet_1059(PF08367)ER
293826.Amet_0278(PF06695)(ER)
293826.Amet_3833(PF10662)mitochondrial
293826.Amet_1982(PF01520)ER
293826.Amet_1199(PF01558) (PF01855) (PF17147)
293826.Amet_1676(PF01558) (PF01855) (PF17147)
293826.Amet_1707(PF00163)(mitochondrial); mitochondrial
293826.Amet_0251(PF10662)mitochondrial
293826.Amet_4764(PF01695)(mitochondrial)
293826.Amet_0715(PF06695)ER
293826.Amet_4440(PF01520)ER
293826.Amet_4450(PF00163)mitochondrial; (mitochondrial)
293826.Amet_3714(PF09992)ER
293826.Amet_1243(PF02308)ER
293826.Amet_1047(PF05598)(mitochondrial)
293826.Amet_0976(PF02308)(ER)
293826.Amet_2634(PF01855) (PF17147)
293826.Amet_4073(PF07837) (PF02971)
293826.Amet_4097(PF02915)(mitochondrial)
293826.Amet_0956(PF01138) (PF03725)
293826.Amet_0099(PF09683)ER
293826.Amet_0584(PF01228) (PF02901)
293826.Amet_3836(PF01228) (PF02901)
293826.Amet_1986(PF01228) (PF02901)
293826.Amet_4586(PF07837) (PF02971)
293826.Amet_4108(PF01257) (PF01512)
293826.Amet_0640(PF01257) (PF01512)
293826.Amet_3130(PF01609)(plastid)
293826.Amet_4639PF14512(mitochondrial)
293826.Amet_4429(PF01855) (PF17147)
293826.Amet_3414(PF05034) (PF07476)
293826.Amet_0506(PF01228) (PF02901)
293826.Amet_0414(PF02357)
293826.Amet_2632(PF01558)
293826.Amet_3516(PF01257)
293826.Amet_2332(PF01416)
293826.Amet_1405(PF13495)
293826.Amet_1357(PF02347)
293826.Amet_1356(PF02347)
293826.Amet_4047(PF13392)
293826.Amet_1177(PF03063)
293826.Amet_4303(PF01558)
293826.Amet_3040(PF01609)
293826.Amet_1910(PF05598)
293826.Amet_3095(PF01512)
293826.Amet_3459(PF14249)
293826.Amet_3854(PF01695)
293826.Amet_0308(PF09359)
293826.Amet_0304(PF01609)
293826.Amet_0549(PF00882)
293826.Amet_1372(PF01609)
293826.Amet_4259(PF02915)
293826.Amet_0945(PF02915)
293826.Amet_2954(PF07478)
293826.Amet_3333(PF01855)
293826.Amet_3332(PF01558)
293826.Amet_0449(PF01609)
293826.Amet_0441(PF13495)
293826.Amet_1978(PF13495)
293826.Amet_2171(PF13393)
293826.Amet_2775(PF01609)
293826.Amet_2019(PF04961)
293826.Amet_2016(PF03063)
293826.Amet_4220(PF06777)
293826.Amet_4437(PF02915)
293826.Amet_4685(PF01695)
293826.Amet_3010(PF01609)
293826.Amet_1944(PF09992)
293826.Amet_1945(PF01520)
293826.Amet_3828(PF01512)
293826.Amet_4234(PF06968)
293826.Amet_1312(PF01609)
293826.Amet_4340(PF13495)
293826.Amet_0664(PF01512)
293826.Amet_0266(PF01512)
293826.Amet_1951(PF02357)
293826.Amet_0466(PF05598)
293826.Amet_3178(PF05598)
293826.Amet_1888(PF01609)
293826.Amet_3560(PF01695)
293826.Amet_3819(PF01609)
293826.Amet_3764(PF03063)
293826.Amet_0911(PF13495)
293826.Amet_1701(PF08367)
293826.Amet_4591(PF07478)
293826.Amet_4110(PF01257)
293826.Amet_4374(PF01520)
293826.Amet_4375(PF09992)
293826.Amet_0693PF07260
293826.Amet_2188(PF05598)
293826.Amet_3776(PF01795)
293826.Amet_2358(PF13393)
293826.Amet_3971(PF01695)
293826.Amet_4589(PF04961)
293826.Amet_4100(PF01512)
293826.Amet_0118(PF01609)
293826.Amet_4102(PF01257)
293826.Amet_4105(PF06968)
293826.Amet_4104(PF06968)
293826.Amet_4560(PF03063)
293826.Amet_1045(PF01695)
293826.Amet_4367(PF02357)
293826.Amet_1753(PF05598)
293826.Amet_2731(PF05598)
293826.Amet_3746(PF09861)
293826.Amet_3744(PF07478)
293826.Amet_1996(PF09359)
293826.Amet_2237(PF13495)
293826.Amet_2438(PF01520)
293826.Amet_1307(PF01609)
293826.Amet_2651(PF01609)
293826.Amet_2657(PF00013)
293826.Amet_3914(PF05598)
293826.Amet_3911(PF01695)
293826.Amet_3919(PF01609)
293826.Amet_2887(PF01795)
293826.Amet_4491(PF02357)
293826.Amet_1446(PF03063)
293826.Amet_1661(PF01855)
293826.Amet_1660(PF01558)
293826.Amet_1719(PF00882)
293826.Amet_2536(PF05598)
293826.Amet_0623(PF01609)
293826.Amet_0538(PF09861)
293826.Amet_2253(PF05598)
293826.Amet_1472(PF01695)
293826.Amet_1499(PF05598)
293826.Amet_0016(PF02347)
293826.Amet_0015(PF02347)
293826.Amet_0639(PF01257)
293826.Amet_0638(PF01257)
293826.Amet_4444(PF01416)
293826.Amet_3735PF14512
293826.Amet_4702(PF14336)
293826.Amet_2845(PF01695)
293826.Amet_2280(PF01512)
293826.Amet_4634(PF01416)
293826.Amet_1486(PF01520)
293826.Amet_4010(PF13392)
293826.Amet_4427(PF01558)
293826.Amet_3641PF14512
293826.Amet_2601(PF01695)
293826.Amet_2113(PF01695)
293826.Amet_2119(PF01695)
293826.Amet_3891(PF09861)
293826.Amet_3094(PF01257)
293826.Amet_1109(PF01609)
293826.Amet_3710(PF07478)
293826.Amet_4611(PF01520)
293826.Amet_2826PF14512
293826.Amet_1246(PF01609)
293826.Amet_4180(PF02915)
293826.Amet_3241(PF06968)
293826.Amet_1757(PF01695)
293826.Amet_3081(PF02308)
293826.Amet_0750(PF02915)
293826.Amet_0570(PF13393)
293826.Amet_0407(PF09992)
293826.Amet_0408(PF01520)
293826.Amet_2599(PF13392)
293826.Amet_2051PF03059
293826.Amet_2053(PF13393)
293826.Amet_0563(PF02308)
293826.Amet_1232(PF01609)
293826.Amet_4065(PF01257)
293826.Amet_4080(PF01695)
293826.Amet_4401(PF01609)
293826.Amet_1163(PF05598)
293826.Amet_0564(PF09861)
293826.Amet_1766(PF01695)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================