Metamenu

Effective results for Chloracidobacterium thermophilum B (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 207
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 38 eukaryotic-like domains, contained in 207 proteins (7 high, 200 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
981222.Cabther_A1866(PF13432) (PF13428) (PF14559)ER
981222.Cabther_B0018(PF13432) (PF07721)(mitochondrial)
981222.Cabther_A0177(PF13432) (PF14559)ER
981222.Cabther_B0310(PF13432) (PF14559)ER
981222.Cabther_A2084(PF13432) (PF14559)ER
981222.Cabther_A1455(PF13432) (PF14559)ER
981222.Cabther_A0020(PF13428) (PF14559)ER
981222.Cabther_A1220(PF00498)ER
981222.Cabther_B0745(PF13432)ER
981222.Cabther_A0868(PF13620)ER
981222.Cabther_A2033(PF01010)ER
981222.Cabther_A0784(PF13620)ER
981222.Cabther_A0675PF10173(mitochondrial)
981222.Cabther_A0323(PF15902)ER
981222.Cabther_B0399(PF13620)ER
981222.Cabther_B0397(PF14559)ER
981222.Cabther_A1932(PF07282)(mitochondrial)
981222.Cabther_A0534(PF13620)ER
981222.Cabther_A0531(PF03109)(mitochondrial); mitochondrial
981222.Cabther_A1333(PF13180)ER
981222.Cabther_A1334(PF00092)ER
981222.Cabther_A1114(PF00092)mitochondrial
981222.Cabther_B0833(PF03109)mitochondrial
981222.Cabther_A0880(PF13432)ER
981222.Cabther_B0029(PF13620)(ER)
981222.Cabther_A1926(PF13180)mitochondrial
981222.Cabther_A1584(PF13180)ER
981222.Cabther_A2273(PF00092)ER
981222.Cabther_A1354(PF13620)mitochondrial
981222.Cabther_A1356(PF01010)ER
981222.Cabther_A2262(PF13432)ER
981222.Cabther_A2077(PF03109)ER
981222.Cabther_B0022(PF03781)(ER)
981222.Cabther_B0455(PF13620)ER
981222.Cabther_B0045(PF13620)mitochondrial; ER
981222.Cabther_A1163(PF03781)ER
981222.Cabther_A0283(PF13906)mitochondrial
981222.Cabther_A1027(PF03781)ER
981222.Cabther_B0723(PF00092)ER
981222.Cabther_B0725(PF15902)ER
981222.Cabther_B0618(PF13620)ER
981222.Cabther_A0616(PF13432)(mitochondrial)
981222.Cabther_B0260(PF13620)ER
981222.Cabther_A1385(PF15902)ER
981222.Cabther_A0383(PF13620)(mitochondrial)
981222.Cabther_A1141(PF00092)ER
981222.Cabther_A1144(PF13432)mitochondrial
981222.Cabther_A1149(PF13432) (PF07721) (PF14559)
981222.Cabther_A2041(PF13180)ER
981222.Cabther_A0814(PF13432)ER
981222.Cabther_B0317(PF13620)(mitochondrial)
981222.Cabther_A0601(PF09752)mitochondrial
981222.Cabther_A1958(PF13180)ER
981222.Cabther_B0096(PF13180)mitochondrial
981222.Cabther_B0094(PF13620)ER
981222.Cabther_A0806(PF00092)mitochondrial
981222.Cabther_A0946(PF13620)mitochondrial; ER
981222.Cabther_A1943(PF01909)mitochondrial
981222.Cabther_A1722(PF13180)ER
981222.Cabther_A1053(PF13180)ER
981222.Cabther_A1434(PF13180)(ER); plastid
981222.Cabther_B0259(PF13180)ER
981222.Cabther_A0715(PF13180)ER
981222.Cabther_A1848(PF13620)ER; (ER)
981222.Cabther_A1849(PF13620)ER
981222.Cabther_A1442(PF13432)mitochondrial
981222.Cabther_A1283(PF04253)mitochondrial
981222.Cabther_A1065(PF00498)(mitochondrial)
981222.Cabther_B0786(PF13620)ER
981222.Cabther_B0228(PF13620)ER
981222.Cabther_A1458(PF14559)ER
981222.Cabther_A1674(PF13432)ER
981222.Cabther_A2219(PF13620)ER
981222.Cabther_A2195(PF00498)(mitochondrial)
981222.Cabther_A1862(PF14559)(mitochondrial)
981222.Cabther_A0113(PF00092)(ER)
981222.Cabther_A1647(PF07282)mitochondrial; (mitochondrial)
981222.Cabther_A1089(PF13620)ER
981222.Cabther_A1085(PF00092)ER
981222.Cabther_A0849(PF13620)ER
981222.Cabther_A0907(PF13620)ER
981222.Cabther_B0110(PF07282)(ER)
981222.Cabther_A0274(PF00092)mitochondrial
981222.Cabther_A1896(PF00092)(mitochondrial)
981222.Cabther_B0597(PF13620)ER
981222.Cabther_B0373(PF03781)(mitochondrial); plastid
981222.Cabther_A0263(PF13432) (PF14559)
981222.Cabther_B0007(PF07678)plastid
981222.Cabther_B0003(PF13620)(ER)
981222.Cabther_A1424(PF00498)(mitochondrial)
981222.Cabther_A0535(PF13432) (PF14559)
981222.Cabther_B0762(PF00498)plastid
981222.Cabther_A0887(PF00498)plastid
981222.Cabther_B0154(PF13620)plastid
981222.Cabther_A1910(PF02971) (PF07837)
981222.Cabther_A1777(PF13432) PF08409
981222.Cabther_A0965(PF01555)(plastid)
981222.Cabther_A1382(PF13432) (PF07721)
981222.Cabther_A2047(PF02223)(plastid)
981222.Cabther_A1559(PF03109)(mitochondrial)
981222.Cabther_A0945(PF03109)(plastid)
981222.Cabther_A0702(PF13432)(mitochondrial)
981222.Cabther_A1446(PF12159) (PF10693)
981222.Cabther_A1671(PF13432) (PF14559)
981222.Cabther_A1242(PF13620)plastid
981222.Cabther_A1935(PF01909)(mitochondrial)
981222.Cabther_A0306(PF02516)(mitochondrial)
981222.Cabther_A1258(PF13180)(mitochondrial)
981222.Cabther_A1891(PF13432) (PF14559)
981222.Cabther_A1404(PF00498)
981222.Cabther_A1318(PF03781)
981222.Cabther_A1319(PF13432)
981222.Cabther_A1137(PF00092)
981222.Cabther_B0819(PF00498)
981222.Cabther_A0869(PF02485)
981222.Cabther_B0563(PF07282)
981222.Cabther_A0788(PF13432)
981222.Cabther_A0781(PF00025)
981222.Cabther_A0672(PF13432)
981222.Cabther_A0078(PF00498)
981222.Cabther_A0415(PF01555)
981222.Cabther_A1413(PF01909)
981222.Cabther_A0325(PF00498)
981222.Cabther_A0256(PF01555)
981222.Cabther_B0827(PF13432)
981222.Cabther_A0897(PF00498)
981222.Cabther_A1937(PF13020)
981222.Cabther_A1205(PF13620)
981222.Cabther_B0765(PF07282)
981222.Cabther_A0881(PF03781)
981222.Cabther_B0493(PF01909)
981222.Cabther_A1200(PF13020)
981222.Cabther_A0481(PF07282)
981222.Cabther_B0530(PF01555)
981222.Cabther_B0445(PF13620)
981222.Cabther_B0449(PF01555)
981222.Cabther_A1917(PF13432)
981222.Cabther_A0351(PF13180)
981222.Cabther_A0514PF00179
981222.Cabther_A1178(PF16114)
981222.Cabther_A1174(PF00498)
981222.Cabther_B0707(PF01909)
981222.Cabther_B0708(PF01909)
981222.Cabther_A2074(PF01916)
981222.Cabther_B0631(PF03109)
981222.Cabther_B0023(PF13432)
981222.Cabther_A2101(PF03781)
981222.Cabther_B0459(PF07282)
981222.Cabther_B0049(PF01555)
981222.Cabther_A0189PF10601
981222.Cabther_A0186(PF13620)
981222.Cabther_B0289(PF01909)
981222.Cabther_A1769(PF01555)
981222.Cabther_B0515(PF01555)
981222.Cabther_B0510(PF07282)
981222.Cabther_B0016(PF07282)
981222.Cabther_B0050(PF07282)
981222.Cabther_B0056(PF01555)
981222.Cabther_B0299(PF01909)
981222.Cabther_A0287(PF07282)
981222.Cabther_A1026(PF05185)
981222.Cabther_B0505(PF01555)
981222.Cabther_A1962(PF03781)
981222.Cabther_A1968(PF01909)
981222.Cabther_A0547(PF13432)
981222.Cabther_B0086(PF07282)
981222.Cabther_A1146(PF00498)
981222.Cabther_A2048(PF02223)
981222.Cabther_A2045(PF03781)
981222.Cabther_A2046(PF03781)
981222.Cabther_B0406(PF07282)
981222.Cabther_A0972(PF13180)
981222.Cabther_B0278(PF07282)
981222.Cabther_A1042(PF13620)
981222.Cabther_B0419(PF01909)
981222.Cabther_B0305(PF14559)
981222.Cabther_A1941(PF01909)
981222.Cabther_A0701(PF03781)
981222.Cabther_A1572(PF01916)
981222.Cabther_A1616PF03214
981222.Cabther_B0795(PF07282)
981222.Cabther_A0712(PF03109)
981222.Cabther_A0711(PF07282)
981222.Cabther_A0134PF11976
981222.Cabther_A1281(PF13620)
981222.Cabther_B0659(PF07282)
981222.Cabther_B0784(PF00498)
981222.Cabther_B0321(PF07282)
981222.Cabther_A0729(PF03781)
981222.Cabther_A0727(PF07282)
981222.Cabther_A0212(PF13432)
981222.Cabther_A1078(PF01909)
981222.Cabther_A2179(PF13432)
981222.Cabther_A2197(PF00498)
981222.Cabther_A2196(PF00498)
981222.Cabther_B0350(PF07282)
981222.Cabther_B0352(PF07282)
981222.Cabther_A1469(PF03781)
981222.Cabther_A1086(PF13428)
981222.Cabther_A0905(PF02485)
981222.Cabther_A0278(PF00498)
981222.Cabther_A0474(PF00498)
981222.Cabther_A0302(PF07282)
981222.Cabther_A0308PF10345
981222.Cabther_A1098(PF07282)
981222.Cabther_A1095(PF02223)
981222.Cabther_B0599(PF01909)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================