Effective results for Achromobacter xylosoxidans A8 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 799
- Predicted by T4SEpre: 77
- Predicted by EffectiveELD: 42 eukaryotic-like domains, contained in 729 proteins (11 high, 718 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
762376.AXYL_01695(PF13380) (PF13607) (PF13549)(mitochondrial)
762376.AXYL_01150(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_05868(PF00126) (PF03466)ER; (ER)
762376.AXYL_00951(PF12399) (PF02653)ER
762376.AXYL_04355(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05679(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_02370(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_02633(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_04197(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_00410(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_04565(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_02676(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_02925(PF00126) (PF03466)(mitochondrial); (ER)
762376.AXYL_01328(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_01503(PF12399) (PF02653)ER
762376.AXYL_05083(PF00126) (PF03466)(ER); (mitochondrial)
762376.AXYL_03071(PF00126) (PF03466)ER; (ER)
762376.AXYL_04866(PF12399) (PF02653)ER
762376.AXYL_05532(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_00030(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_01817(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_00829(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_05398(PF00126) (PF03466)(ER); ER
762376.AXYL_05725(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_00513(PF01614) (PF09339)mitochondrial
762376.AXYL_06321PF07364 PF07171(mitochondrial)
762376.AXYL_01448(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_03748(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_00097(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_03532(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05401(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_02455(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_04434(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_03478(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_06174(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_00693(PF00126) (PF03466)(mitochondrial); (ER)
762376.AXYL_05199(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_05053(PF01614) (PF09339)(ER)
762376.AXYL_05440(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_03660(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_03661(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_06411(PF12399) (PF02653)ER
762376.AXYL_03955(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_05825(PF01614) (PF09339)(ER); ER
762376.AXYL_03410(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05666(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05487(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_02972(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_02023(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_01735(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_03833(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_04180(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_02320(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (plastid)
762376.AXYL_05890(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_06184(PF12399) (PF02653)ER
762376.AXYL_03583(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_03285(PF01614) (PF09339)mitochondrial
762376.AXYL_00027(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_00563(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_02555(PF00126) (PF03466)(ER); (mitochondrial)
762376.AXYL_03107(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_03508(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_03199(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_00643(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_04613(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_03697(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_03344(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_03524(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_04155(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_04091(PF00126) (PF03466)mitochondrial
762376.AXYL_00685(PF00126) (PF03466)ER
762376.AXYL_05435(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_02423(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05985(PF12399) (PF02653)ER
762376.AXYL_01292(PF00126) (PF03466)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_00161(PF00126) (PF03466)(ER); (mitochondrial)
762376.AXYL_05848(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05470(PF13380) (PF13607) (PF13549)
762376.AXYL_01154(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_05863(PF02653)ER
762376.AXYL_05866(PF13458)ER
762376.AXYL_03429(PF01575)(mitochondrial)
762376.AXYL_03130(PF13441)ER
762376.AXYL_03133(PF12399)(mitochondrial)
762376.AXYL_03134(PF02653)ER
762376.AXYL_03135(PF02653)ER
762376.AXYL_03136(PF13458)ER
762376.AXYL_00953(PF13458)ER
762376.AXYL_03637(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_04729+ER; mitochondrial
762376.AXYL_02943(PF13441)ER
762376.AXYL_06442(PF13458)ER
762376.AXYL_06446(PF02653)(ER); ER
762376.AXYL_00720(PF02653)ER
762376.AXYL_00721(PF13458)ER
762376.AXYL_02821+(mitochondrial)
762376.AXYL_01726(PF01614) (PF09339)(ER)
762376.AXYL_03984(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_02586(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_02585(PF13458)ER
762376.AXYL_04522(PF01614) (PF09339)(ER)
762376.AXYL_00453(PF01557)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_00456(PF02653)ER
762376.AXYL_00454(PF13458)ER
762376.AXYL_00455(PF02653)(ER); ER
762376.AXYL_00248(PF13458)(ER); (mitochondrial)
762376.AXYL_01342PF07364 PF07171(mitochondrial)
762376.AXYL_04769(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_06011(PF00330) (PF00694)(mitochondrial)
762376.AXYL_04784+ER
762376.AXYL_03783(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_06225(PF01614) (PF09339)(ER)
762376.AXYL_01501(PF13458)ER
762376.AXYL_03806+ER
762376.AXYL_01509(PF02653)ER
762376.AXYL_00208+(mitochondrial)
762376.AXYL_05885(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05140(PF13458)ER
762376.AXYL_02690(PF02653)ER
762376.AXYL_01343+(ER)
762376.AXYL_03271+ER
762376.AXYL_04840+mitochondrial
762376.AXYL_06191(PF02653)ER
762376.AXYL_06193(PF13458)ER
762376.AXYL_02733+ER
762376.AXYL_00592(PF13458)ER
762376.AXYL_03678+ER
762376.AXYL_01367(PF02653)ER
762376.AXYL_01368(PF02653)ER; (ER)
762376.AXYL_03297(PF13458)ER
762376.AXYL_04865(PF02653)ER
762376.AXYL_04864(PF13458)ER
762376.AXYL_03841+ER
762376.AXYL_02710(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_00575(PF02653)ER
762376.AXYL_00574(PF13458)ER
762376.AXYL_00576(PF02653)ER
762376.AXYL_02528(PF13458)ER
762376.AXYL_02529(PF02653)ER
762376.AXYL_04278(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_04807(PF13458)ER; (ER)
762376.AXYL_04808(PF02653)ER
762376.AXYL_01510(PF02653)ER
762376.AXYL_01511(PF13458)ER
762376.AXYL_05510(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_00636+(mitochondrial)
762376.AXYL_06447+ER
762376.AXYL_03558(PF00126) (PF03466)plastid
762376.AXYL_03854(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_06095(PF13458)mitochondrial
762376.AXYL_00824(PF10994)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_03888(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05936(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_02568(PF02653)ER
762376.AXYL_02569(PF13458)ER; (ER)
762376.AXYL_02567(PF02653)ER
762376.AXYL_05235(PF02653)ER
762376.AXYL_05726(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_03181(PF13380) (PF13607) (PF13549)
762376.AXYL_03186(PF13458)ER
762376.AXYL_03370(PF03417)mitochondrial
762376.AXYL_05215(PF13458)mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_05218(PF02653)(ER)
762376.AXYL_00656(PF13458)ER
762376.AXYL_00658(PF02653)ER
762376.AXYL_05023(PF00126) (PF03466)(plastid)
762376.AXYL_05763(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_04412(PF13380) (PF13607) (PF13549)
762376.AXYL_04146+mitochondrial; (mitochondrial)
762376.AXYL_02818+ER
762376.AXYL_06154+ER
762376.AXYL_01893(PF02653)ER
762376.AXYL_04940(PF13380) (PF13607) (PF13549)
762376.AXYL_04125(PF13458)ER
762376.AXYL_04122(PF12399)(mitochondrial)
762376.AXYL_04123(PF02653)(ER)
762376.AXYL_06372+(ER)
762376.AXYL_03649(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_04591+(ER); ER
762376.AXYL_02191(PF00126) (PF03466)(plastid)
762376.AXYL_04109(PF13458)ER
762376.AXYL_03103(PF07729)ER
762376.AXYL_01572(PF13458)ER
762376.AXYL_01571(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_01758(PF14330)(mitochondrial)
762376.AXYL_05990(PF00126) (PF03466)plastid
762376.AXYL_00486(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_04715(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_03598+ER
762376.AXYL_04904(PF13380) (PF13607) (PF13549)
762376.AXYL_04902(PF01614) (PF09339)(ER)
762376.AXYL_01998+ER
762376.AXYL_06412(PF02653)ER
762376.AXYL_00719(PF02653)ER
762376.AXYL_02416(PF02653)ER
762376.AXYL_02417(PF13458)ER
762376.AXYL_02412(PF04115)mitochondrial; (plastid)
762376.AXYL_06061(PF13518)(mitochondrial)
762376.AXYL_06386+ER
762376.AXYL_02627(PF13518)(mitochondrial)
762376.AXYL_00442(PF00126) (PF03466)(plastid)
762376.AXYL_02022+ER
762376.AXYL_05838(PF13380) (PF13607) (PF13549)
762376.AXYL_03166(PF02515)mitochondrial
762376.AXYL_04518(PF01144)(ER)
762376.AXYL_00258(PF13380) (PF13607) (PF13549)
762376.AXYL_06002(PF02653)ER
762376.AXYL_06001(PF02653)ER
762376.AXYL_04579(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_04894(PF13458)ER
762376.AXYL_04892(PF02653)ER
762376.AXYL_04893(PF02653)ER
762376.AXYL_04554(PF13518)(mitochondrial)
762376.AXYL_03878+ER
762376.AXYL_05899(PF02653)(ER); ER
762376.AXYL_05898(PF13458)ER
762376.AXYL_00213+ER
762376.AXYL_03314(PF13458)ER
762376.AXYL_03312(PF02653)ER; (ER)
762376.AXYL_05156(PF13518)(mitochondrial)
762376.AXYL_02513(PF13458)mitochondrial
762376.AXYL_06182(PF13458)ER
762376.AXYL_06183(PF02653)ER
762376.AXYL_06181(PF00126) (PF03466)(ER)
762376.AXYL_02534+(mitochondrial)
762376.AXYL_02530(PF02653)ER
762376.AXYL_05505(PF03466)ER
762376.AXYL_02702(PF13458)ER
762376.AXYL_02703(PF02653)ER
762376.AXYL_00562(PF13458)ER
762376.AXYL_00560(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_00566(PF12399)(mitochondrial)
762376.AXYL_00565(PF02653)ER
762376.AXYL_00044(PF02653)mitochondrial; ER
762376.AXYL_00043(PF02653)ER
762376.AXYL_04658(PF02515)(mitochondrial)
762376.AXYL_03382(PF13458)ER
762376.AXYL_03381(PF02653)ER
762376.AXYL_03380(PF02653)ER; (ER)
762376.AXYL_05927(PF02653)ER
762376.AXYL_05926(PF13458)ER
762376.AXYL_05928(PF02653)ER
762376.AXYL_04101(PF00126) (PF03466)(mitochondrial)
762376.AXYL_05710(PF13539)ER
762376.AXYL_00526(PF02653)ER
762376.AXYL_00527(PF02653)ER
762376.AXYL_00528(PF13458)ER
762376.AXYL_05900(PF02653)ER
762376.AXYL_04999(PF02515)ER; (ER)
762376.AXYL_00858(PF13441)(ER)
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762376.AXYL_05034(PF16155)
762376.AXYL_04619(PF02515)
762376.AXYL_05693+
762376.AXYL_02128+
762376.AXYL_05754(PF00596)
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762376.AXYL_02257(PF07729)
762376.AXYL_04093(PF01425)
762376.AXYL_01254(PF02515)
762376.AXYL_01258(PF13875)
762376.AXYL_04959(PF01575)
762376.AXYL_04957(PF02515)
762376.AXYL_04426(PF12399)
762376.AXYL_04132(PF07678)
762376.AXYL_00484+
762376.AXYL_06141(PF12399)
762376.AXYL_00933(PF02515)
762376.AXYL_00934(PF02515)
762376.AXYL_05237(PF12399)
762376.AXYL_03900(PF13452)
762376.AXYL_00107(PF02515)
762376.AXYL_06356+
762376.AXYL_00354(PF02653)
762376.AXYL_00356(PF12399)
762376.AXYL_02841(PF07729)
762376.AXYL_02845(PF02515)
762376.AXYL_06161(PF02615)
762376.AXYL_00918(PF02515)
762376.AXYL_05631(PF01425)
762376.AXYL_04329(PF09339)
762376.AXYL_05983(PF02515)
762376.AXYL_03679(PF01425)
762376.AXYL_02234(PF00330)
762376.AXYL_01298(PF02515)
762376.AXYL_04587(PF01557)
762376.AXYL_02985(PF07729)
762376.AXYL_04911(PF01575)
762376.AXYL_04914+
762376.AXYL_00376+
762376.AXYL_03119(PF07729)
762376.AXYL_03110+
762376.AXYL_01433(PF01614)
762376.AXYL_02235(PF00694)
762376.AXYL_03948(PF02653)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.625 (13/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================