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Effective results for Roseburia intestinalis XB6B4 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 174
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 37 eukaryotic-like domains, contained in 174 proteins (6 high, 168 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
718255.RO1_35980(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_32520(PF02368)ER
718255.RO1_11800(PF16116)ER
718255.RO1_25590(PF01554)ER
718255.RO1_24610(PF06541)(ER); ER
718255.RO1_07100(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_22860(PF02368)ER
718255.RO1_10980(PF02368)ER
718255.RO1_03390(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_41110(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_13170(PF01554)(ER)
718255.RO1_31550(PF01554)ER; (ER)
718255.RO1_05730(PF02368)ER
718255.RO1_41100(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_30560(PF01554)(ER)
718255.RO1_04630(PF01554)ER
718255.RO1_17540(PF00137)ER
718255.RO1_07030(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_02940(PF01554)ER
718255.RO1_35910(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_03610(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_36000(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_08620(PF06964)(ER)
718255.RO1_19090(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_36010(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_32870(PF00882)(ER)
718255.RO1_37990(PF02368)(mitochondrial)
718255.RO1_41000(PF00137)(ER)
718255.RO1_41310(PF03644)mitochondrial
718255.RO1_24560(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_25960(PF02368)ER
718255.RO1_10350(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_21250(PF01554)ER; (ER)
718255.RO1_13100(PF12051)(mitochondrial)
718255.RO1_41680(PF01554)(ER)
718255.RO1_13930(PF00625)mitochondrial
718255.RO1_11280(PF01554)ER
718255.RO1_25230(PF01554)ER; (ER)
718255.RO1_07090(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_15270(PF00625)ER; (ER)
718255.RO1_26300(PF14310) (PF00933) (PF01915)
718255.RO1_30900(PF02368)ER
718255.RO1_36460(PF02368)(mitochondrial); not used
718255.RO1_07060(PF17167) (PF06165)
718255.RO1_08790(PF06165) (PF17167)
718255.RO1_18030(PF16874) (PF16875)
718255.RO1_41410(PF00933) (PF01915)
718255.RO1_08800(PF17167) (PF06165)
718255.RO1_02960(PF17167) (PF06165)
718255.RO1_10650(PF16874) (PF16875)
718255.RO1_42110(PF01554)(ER)
718255.RO1_31280(PF16874) (PF16875)
718255.RO1_39800(PF01554)(ER)
718255.RO1_39350(PF06541)(ER)
718255.RO1_11770(PF16116)
718255.RO1_33120(PF00239)
718255.RO1_29160(PF13155)
718255.RO1_38870(PF00239)
718255.RO1_12950(PF13524)
718255.RO1_30110(PF06964)
718255.RO1_41640(PF01554)
718255.RO1_33690(PF00239)
718255.RO1_18020(PF16875)
718255.RO1_38840(PF00239)
718255.RO1_19950PF04991
718255.RO1_29970(PF01554)
718255.RO1_02640(PF00239)
718255.RO1_07330(PF00239)
718255.RO1_31180(PF02368)
718255.RO1_28760(PF03432)
718255.RO1_24320(PF00145)
718255.RO1_39250(PF13155)
718255.RO1_34340(PF13347)
718255.RO1_15740(PF00239)
718255.RO1_33740(PF12681)
718255.RO1_05980(PF01554)
718255.RO1_16900(PF03432)
718255.RO1_07320(PF00239)
718255.RO1_31190(PF02368)
718255.RO1_01720(PF00145)
718255.RO1_07070(PF13347)
718255.RO1_23890(PF00145)
718255.RO1_24330(PF00145)
718255.RO1_21940(PF13347)
718255.RO1_19820(PF13524)
718255.RO1_20000PF04991
718255.RO1_28120(PF13347)
718255.RO1_01010(PF01554)
718255.RO1_15730(PF00239)
718255.RO1_38050(PF06964)
718255.RO1_18720(PF13347)
718255.RO1_25650(PF16338)
718255.RO1_19830(PF13524)
718255.RO1_25250(PF01554)
718255.RO1_35810(PF05063)
718255.RO1_22630(PF13524)
718255.RO1_29830(PF07892)
718255.RO1_12130(PF12646)
718255.RO1_16100(PF00145)
718255.RO1_30790(PF00625)
718255.RO1_20140(PF13524)
718255.RO1_10640(PF13347)
718255.RO1_19800(PF13524)
718255.RO1_35800(PF05063)
718255.RO1_01140(PF01554)
718255.RO1_18310(PF04253)
718255.RO1_18880(PF16387)
718255.RO1_29840(PF01554)
718255.RO1_40080(PF01554)
718255.RO1_23910(PF00145)
718255.RO1_20150(PF13524)
718255.RO1_15750(PF00239)
718255.RO1_18090(PF04041)
718255.RO1_16830(PF06541)
718255.RO1_31480(PF00137)
718255.RO1_23900(PF00145)
718255.RO1_30190PF12931
718255.RO1_04240(PF00239)
718255.RO1_43180(PF00239)
718255.RO1_19840PF04991
718255.RO1_16790(PF00239)
718255.RO1_40190(PF00239)
718255.RO1_28690(PF00239)
718255.RO1_42910(PF13155)
718255.RO1_30340(PF06964)
718255.RO1_12260(PF01487)
718255.RO1_39780(PF04041)
718255.RO1_19780(PF13524)
718255.RO1_35920(PF13347)
718255.RO1_38940(PF02368)
718255.RO1_13790(PF02368)
718255.RO1_19860PF04991
718255.RO1_17480(PF00933)
718255.RO1_11430(PF00882)
718255.RO1_04210(PF00239)
718255.RO1_24760(PF00239)
718255.RO1_06010(PF16338)
718255.RO1_21420(PF00079)
718255.RO1_25560(PF00239)
718255.RO1_06030(PF13151)
718255.RO1_03500(PF00933)
718255.RO1_23870(PF03432)
718255.RO1_07760(PF13151)
718255.RO1_30060(PF06964)
718255.RO1_08960(PF03959)
718255.RO1_37600(PF03432)
718255.RO1_21430(PF00079)
718255.RO1_19530(PF01554)
718255.RO1_25550(PF00239)
718255.RO1_33460(PF00239)
718255.RO1_04530(PF00239)
718255.RO1_36040(PF00933)
718255.RO1_30090(PF01554)
718255.RO1_42950(PF03432)
718255.RO1_03310(PF00239)
718255.RO1_38340(PF06964)
718255.RO1_33670(PF13155)
718255.RO1_25540(PF00239)
718255.RO1_18100(PF04041)
718255.RO1_38470(PF01487)
718255.RO1_01490(PF01554)
718255.RO1_26840(PF13347)
718255.RO1_00810(PF07892)
718255.RO1_07360(PF01554)
718255.RO1_41360(PF04041)
718255.RO1_04220(PF00239)
718255.RO1_42050(PF00145)
718255.RO1_19990PF04991
718255.RO1_35970(PF13347)
718255.RO1_36610(PF16338)
718255.RO1_13120(PF12051)
718255.RO1_28510(PF12681)
718255.RO1_07310(PF00239)
718255.RO1_19810(PF13524)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================