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Effective results for Methylobacter tundripaludum SV96 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 179
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 33 eukaryotic-like domains, contained in 179 proteins (58 high, 121 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
697282.Mettu_0470(PF00689) (PF00690)ER
697282.Mettu_3852(PF13426)ER
697282.Mettu_4024PF13436ER
697282.Mettu_4204(PF07732)ER
697282.Mettu_2433(PF13426)ER
697282.Mettu_1651(PF13426)ER
697282.Mettu_2216(PF04367)ER
697282.Mettu_0055(PF07732)(mitochondrial)
697282.Mettu_2351PF13436ER; (ER)
697282.Mettu_3422PF13436ER
697282.Mettu_3748PF13436ER
697282.Mettu_2010(PF07732)ER
697282.Mettu_2017(PF13426)ER
697282.Mettu_1939(PF13426)(ER)
697282.Mettu_0525(PF05532)ER
697282.Mettu_3616(PF04367)ER
697282.Mettu_2964(PF07732)ER
697282.Mettu_2965(PF13426)ER
697282.Mettu_2817(PF13426)ER
697282.Mettu_2814(PF07732)ER
697282.Mettu_0553(PF04367)ER
697282.Mettu_2043(PF07732)mitochondrial
697282.Mettu_2042(PF07732)(ER)
697282.Mettu_0545(PF00343)(ER)
697282.Mettu_1700(PF13426)ER
697282.Mettu_0616(PF14721)(ER)
697282.Mettu_3835(PF13426)ER
697282.Mettu_2614(PF04367)ER
697282.Mettu_0591(PF05532)ER
697282.Mettu_0588(PF00689) (PF00690)
697282.Mettu_3102(PF13358) PF13565
697282.Mettu_2985(PF00689) (PF00690)
697282.Mettu_2083(PF13358) PF13565
697282.Mettu_0833(PF13358) PF13565
697282.Mettu_2136(PF00689) (PF00690)
697282.Mettu_3460(PF13358) PF13565
697282.Mettu_0471(PF13358) PF13565
697282.Mettu_2300(PF13426)(ER)
697282.Mettu_2214(PF00689) (PF00690)
697282.Mettu_1473(PF13358) PF13565
697282.Mettu_4175(PF13358) PF13565
697282.Mettu_3434(PF00689) (PF00690)
697282.Mettu_3181(PF13358) PF13565
697282.Mettu_0854(PF13358) PF13565
697282.Mettu_0224(PF00689) (PF00690)
697282.Mettu_3566(PF13358) PF13565
697282.Mettu_1119(PF13358) PF13565
697282.Mettu_3995(PF13358) PF13565
697282.Mettu_3148(PF13358) PF13565
697282.Mettu_2041(PF07732)(ER)
697282.Mettu_4093(PF13358) PF13565
697282.Mettu_0386PF16575(ER)
697282.Mettu_1144(PF13358) PF13565
697282.Mettu_1411(PF13358) PF13565
697282.Mettu_2720(PF13358) PF13565
697282.Mettu_1974(PF13358) PF13565
697282.Mettu_4298(PF06080)
697282.Mettu_0021(PF13426)
697282.Mettu_0563(PF13426)
697282.Mettu_2669(PF13495)
697282.Mettu_2660(PF13426)
697282.Mettu_0584(PF05532)
697282.Mettu_3101PF05598
697282.Mettu_3104(PF13495)
697282.Mettu_1506(PF13426)
697282.Mettu_2074(PF13426)
697282.Mettu_2077(PF00343)
697282.Mettu_2856(PF13358)
697282.Mettu_2855PF13565
697282.Mettu_2852(PF04324)
697282.Mettu_2858(PF01498)
697282.Mettu_2987(PF01927)
697282.Mettu_2678PF05598
697282.Mettu_3021PF05598
697282.Mettu_1179(PF04324)
697282.Mettu_1779(PF13384)
697282.Mettu_1196(PF04930)
697282.Mettu_1197(PF13426)
697282.Mettu_1982PF05598
697282.Mettu_2868PF05598
697282.Mettu_0344(PF13426)
697282.Mettu_0909(PF13426)
697282.Mettu_3691(PF13426)
697282.Mettu_1699(PF13426)
697282.Mettu_3278(PF13426)
697282.Mettu_0013PF05598
697282.Mettu_0017(PF08695)
697282.Mettu_4311(PF13426)
697282.Mettu_4310(PF13426)
697282.Mettu_0245(PF03400)
697282.Mettu_3045PF05598
697282.Mettu_3688(PF13426)
697282.Mettu_2404(PF00343)
697282.Mettu_0660(PF13426)
697282.Mettu_3268(PF04324)
697282.Mettu_2311(PF13495)
697282.Mettu_2220(PF01880)
697282.Mettu_1223(PF13426)
697282.Mettu_0068PF05598
697282.Mettu_2793(PF02655)
697282.Mettu_2799(PF02655)
697282.Mettu_0786PF07798
697282.Mettu_3077PF05598
697282.Mettu_2415(PF13495)
697282.Mettu_2301(PF13426)
697282.Mettu_0198(PF03400)
697282.Mettu_0316(PF13384)
697282.Mettu_4371PF05598
697282.Mettu_4373(PF13495)
697282.Mettu_0261PF05598
697282.Mettu_3086(PF02655)
697282.Mettu_1025PF05598
697282.Mettu_3881PF07798
697282.Mettu_3408(PF13426)
697282.Mettu_3400(PF04324)
697282.Mettu_0272(PF13495)
697282.Mettu_0450PF05598
697282.Mettu_3346PF05598
697282.Mettu_2217(PF05189)
697282.Mettu_2218PF04457
697282.Mettu_4170(PF00343)
697282.Mettu_4225(PF13426)
697282.Mettu_3502(PF13426)
697282.Mettu_3641(PF09537)
697282.Mettu_3643PF05598
697282.Mettu_1860(PF01880)
697282.Mettu_2742PF05598
697282.Mettu_0515(PF05532)not used
697282.Mettu_2593(PF13495)
697282.Mettu_1469PF05598
697282.Mettu_0840PF07798
697282.Mettu_0191(PF13384)
697282.Mettu_4164(PF13426)
697282.Mettu_4161(PF13426)
697282.Mettu_4163(PF04324)
697282.Mettu_3423PF05598
697282.Mettu_3631(PF05532)not used
697282.Mettu_0506PF05598
697282.Mettu_0439(PF13426)
697282.Mettu_0434(PF03400)
697282.Mettu_0726(PF13426)
697282.Mettu_0727(PF13426)
697282.Mettu_1073PF05598
697282.Mettu_3162(PF13426)
697282.Mettu_4406(PF13384)
697282.Mettu_0409PF03370
697282.Mettu_1064(PF05532)
697282.Mettu_3992PF05598
697282.Mettu_0087PF06552
697282.Mettu_0522(PF09537)
697282.Mettu_0526(PF05532)not used
697282.Mettu_1721(PF04324)
697282.Mettu_1727(PF13426)
697282.Mettu_3606(PF00343)
697282.Mettu_0629(PF13426)
697282.Mettu_3773PF05598
697282.Mettu_3159(PF13426)
697282.Mettu_3391(PF04324)
697282.Mettu_4094PF05598
697282.Mettu_4381(PF09537)
697282.Mettu_4076(PF01927)
697282.Mettu_3702(PF05185)
697282.Mettu_1966(PF13426)
697282.Mettu_1964(PF13495)
697282.Mettu_1638PF05598
697282.Mettu_0943PF01057
697282.Mettu_1567(PF13426)
697282.Mettu_1564(PF13426)
697282.Mettu_3492(PF06080)
697282.Mettu_3836(PF13426)
697282.Mettu_2721PF05598
697282.Mettu_0577(PF13426)
697282.Mettu_0372PF05598
697282.Mettu_1972(PF13384)
697282.Mettu_0590(PF05532)
697282.Mettu_2282(PF13426)
697282.Mettu_1629PF10230
697282.Mettu_0620(PF00343)
697282.Mettu_1151(PF04324)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================