Metamenu

Effective results for Dickeya zeae Ech1591 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 596
- Predicted by EffectiveT3: 209 (high confidence), 284 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 30 within, 18 before, 37 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 18 eukaryotic-like domains, contained in 45 proteins (7 high, 38 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
561229.Dd1591_3231PF14686 (PF14683)ER
561229.Dd1591_0045(PF02682) (PF02626)(mitochondrial)
561229.Dd1591_2152+PF14686 (PF14683) PF06045
561229.Dd1591_0311+(mitochondrial)
561229.Dd1591_0913(<)(ER)
561229.Dd1591_1549(>)ER
561229.Dd1591_1947(>)ER
561229.Dd1591_1558+mitochondrial
561229.Dd1591_2207+ER
561229.Dd1591_0814+(mitochondrial)
561229.Dd1591_0783(>)ER
561229.Dd1591_1969(>)ER
561229.Dd1591_2927(>)ER
561229.Dd1591_2921(PF02626)mitochondrial
561229.Dd1591_0683(<)(mitochondrial)
561229.Dd1591_2100+mitochondrial
561229.Dd1591_0033(>)ER
561229.Dd1591_0986+ER
561229.Dd1591_3984+(mitochondrial); (plastid)
561229.Dd1591_3985+(mitochondrial); plastid
561229.Dd1591_3986+(mitochondrial); plastid
561229.Dd1591_2272(>)mitochondrial
561229.Dd1591_1976+(mitochondrial)
561229.Dd1591_2015+(mitochondrial)
561229.Dd1591_2014+(mitochondrial); (plastid)
561229.Dd1591_0436+(ER)
561229.Dd1591_1912(>)(ER)
561229.Dd1591_3303+(mitochondrial)
561229.Dd1591_1610+mitochondrial; (mitochondrial)
561229.Dd1591_2654+ER
561229.Dd1591_0083+ER
561229.Dd1591_3246(>)mitochondrial
561229.Dd1591_1414(<)(ER)
561229.Dd1591_0273(PF02931)ER
561229.Dd1591_0271(PF00544)ER
561229.Dd1591_0270(PF00544)ER
561229.Dd1591_2748(PF02682) (PF02626)(mitochondrial)
561229.Dd1591_1135+(<)(plastid)
561229.Dd1591_1090+(PF00544)(plastid)
561229.Dd1591_1091(PF00544)mitochondrial; (mitochondrial)
561229.Dd1591_1276(>)ER
561229.Dd1591_1273(PF03211)ER
561229.Dd1591_1089(PF00544)(ER)
561229.Dd1591_0394(>)ER
561229.Dd1591_3793+(mitochondrial)
561229.Dd1591_3306(PF00544)mitochondrial; (mitochondrial)
561229.Dd1591_1491(>)(ER)
561229.Dd1591_3959+(mitochondrial)
561229.Dd1591_4073+(>)
561229.Dd1591_0955+ER
561229.Dd1591_3572(PF08975)ER
561229.Dd1591_2314+(ER)
561229.Dd1591_4037+(mitochondrial)
561229.Dd1591_3054(+)ER; (ER)
561229.Dd1591_1238(+)ER
561229.Dd1591_3214+(mitochondrial); not used
561229.Dd1591_2675(+)ER
561229.Dd1591_0313(+)(mitochondrial); (plastid)
561229.Dd1591_2436(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_0803+(plastid)
561229.Dd1591_0804+(plastid)
561229.Dd1591_0790+(mitochondrial)
561229.Dd1591_4052+(plastid)
561229.Dd1591_0154+plastid
561229.Dd1591_0378(+)ER
561229.Dd1591_1212(+)(ER)
561229.Dd1591_4004+mitochondrial; not used
561229.Dd1591_3553+(mitochondrial)
561229.Dd1591_0862(+)ER
561229.Dd1591_1766+(plastid)
561229.Dd1591_0966+(PF12588)
561229.Dd1591_0361+plastid
561229.Dd1591_3632+PF01338
561229.Dd1591_3631+PF01338
561229.Dd1591_1020(+)(ER)
561229.Dd1591_1573(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_0195(+)ER
561229.Dd1591_2506(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_3848+plastid
561229.Dd1591_2482(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_0232+(plastid)
561229.Dd1591_1320+(plastid)
561229.Dd1591_0775(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_1351(+)(mitochondrial); plastid
561229.Dd1591_0748(+)(ER)
561229.Dd1591_0523(+)(>)(ER)
561229.Dd1591_3896+(plastid)
561229.Dd1591_3677(+)ER
561229.Dd1591_0725(+)ER
561229.Dd1591_2515(>)(plastid)
561229.Dd1591_1581+plastid
561229.Dd1591_2752(+)mitochondrial; (mitochondrial)
561229.Dd1591_1126+(plastid)
561229.Dd1591_3781+(ER)
561229.Dd1591_1136(<)(plastid)
561229.Dd1591_1715(+)(>)(mitochondrial)
561229.Dd1591_1562+(plastid)
561229.Dd1591_3735(>)(mitochondrial)
561229.Dd1591_1275+(mitochondrial)
561229.Dd1591_1473+plastid
561229.Dd1591_4134(+)mitochondrial; (plastid)
561229.Dd1591_0295+(>)
561229.Dd1591_0452(+)ER
561229.Dd1591_3580+(plastid)
561229.Dd1591_1892+(plastid)
561229.Dd1591_2615(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_2509(+)ER
561229.Dd1591_0907(+)ER; (ER)
561229.Dd1591_2111+(PF00413)
561229.Dd1591_2112+(PF00413)
561229.Dd1591_3591+(plastid)
561229.Dd1591_2685+(>)
561229.Dd1591_0928+(plastid)
561229.Dd1591_0914+(mitochondrial)
561229.Dd1591_2147+PF06422
561229.Dd1591_1992+(>)
561229.Dd1591_2785+(ER)
561229.Dd1591_2317(+)(ER)
561229.Dd1591_1837+
561229.Dd1591_1235(+)(<)
561229.Dd1591_1546+
561229.Dd1591_1543+
561229.Dd1591_0017+
561229.Dd1591_0943+
561229.Dd1591_0494+
561229.Dd1591_0309+
561229.Dd1591_2828+
561229.Dd1591_2671(PF02371)
561229.Dd1591_3141+
561229.Dd1591_2300+
561229.Dd1591_1242+
561229.Dd1591_3435+
561229.Dd1591_3894+
561229.Dd1591_2053(+)(plastid)
561229.Dd1591_1360+
561229.Dd1591_0737(+)(ER)
561229.Dd1591_1824+
561229.Dd1591_1826+
561229.Dd1591_0809+
561229.Dd1591_0805+
561229.Dd1591_0806+
561229.Dd1591_0807+
561229.Dd1591_3859+
561229.Dd1591_1555+
561229.Dd1591_2478(PF02682)
561229.Dd1591_2477(PF02626)
561229.Dd1591_1428+
561229.Dd1591_0460+
561229.Dd1591_2933+
561229.Dd1591_3420(PF02371)
561229.Dd1591_3427+
561229.Dd1591_3880+not used
561229.Dd1591_3331(PF02371)
561229.Dd1591_2594(PF02682)
561229.Dd1591_2593(PF02626)
561229.Dd1591_4001+
561229.Dd1591_0464+
561229.Dd1591_1141+
561229.Dd1591_1811+
561229.Dd1591_1815+
561229.Dd1591_1816+
561229.Dd1591_3139+
561229.Dd1591_3131(PF05141)
561229.Dd1591_3133(PF05141)
561229.Dd1591_3135+
561229.Dd1591_1567+
561229.Dd1591_0141+
561229.Dd1591_0366+
561229.Dd1591_2922(PF02682)
561229.Dd1591_0751(+)(ER)
561229.Dd1591_3633PF01338
561229.Dd1591_3634(+)PF01338
561229.Dd1591_2321+
561229.Dd1591_2694+
561229.Dd1591_2699+
561229.Dd1591_2141+
561229.Dd1591_2583(PF02371)
561229.Dd1591_2854(<)
561229.Dd1591_2075+
561229.Dd1591_1808(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_4214(+)(ER)
561229.Dd1591_4218(>)
561229.Dd1591_1797+
561229.Dd1591_1574+
561229.Dd1591_4188+
561229.Dd1591_0177+
561229.Dd1591_0994+
561229.Dd1591_3094(>)
561229.Dd1591_3534+
561229.Dd1591_3539+
561229.Dd1591_3847+
561229.Dd1591_2713+
561229.Dd1591_1011+
561229.Dd1591_4089+not used
561229.Dd1591_0235(+)(plastid)
561229.Dd1591_1509+
561229.Dd1591_3870+
561229.Dd1591_2944+
561229.Dd1591_2878+
561229.Dd1591_3472+
561229.Dd1591_2494(>)
561229.Dd1591_2705(>)
561229.Dd1591_1008+
561229.Dd1591_2230+
561229.Dd1591_1047+
561229.Dd1591_1358+
561229.Dd1591_4140+
561229.Dd1591_0400(+)(<)
561229.Dd1591_4096+
561229.Dd1591_0536+
561229.Dd1591_1579(+)+
561229.Dd1591_0240+
561229.Dd1591_3286(+)plastid
561229.Dd1591_4005+
561229.Dd1591_3600+
561229.Dd1591_3606+
561229.Dd1591_3860+
561229.Dd1591_2802+
561229.Dd1591_0426+
561229.Dd1591_2020(PF03211)
561229.Dd1591_2022+
561229.Dd1591_0900(>)
561229.Dd1591_1104(>)
561229.Dd1591_1433(+)(plastid)
561229.Dd1591_1430(PF02371)
561229.Dd1591_1048+
561229.Dd1591_3075+
561229.Dd1591_3254(PF02371)
561229.Dd1591_3383(+)(>)
561229.Dd1591_2653(PF13661)
561229.Dd1591_3924+
561229.Dd1591_1603+
561229.Dd1591_3466(<)
561229.Dd1591_1736+
561229.Dd1591_0649+
561229.Dd1591_0642+
561229.Dd1591_0888+
561229.Dd1591_3127+
561229.Dd1591_1421(PF02371)
561229.Dd1591_1424+
561229.Dd1591_1426+
561229.Dd1591_4163+
561229.Dd1591_4160+not used
561229.Dd1591_2518+
561229.Dd1591_0399(PF02371)
561229.Dd1591_0087+
561229.Dd1591_0638+
561229.Dd1591_1586(>)
561229.Dd1591_3712+
561229.Dd1591_2285+
561229.Dd1591_2626+
561229.Dd1591_3583+
561229.Dd1591_1630(<)
561229.Dd1591_1125(+)(PF16485)
561229.Dd1591_0651(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_0728+not used
561229.Dd1591_0898+
561229.Dd1591_3256(+)+
561229.Dd1591_0079(+)+
561229.Dd1591_0388+
561229.Dd1591_1571+
561229.Dd1591_3728(PF05277)
561229.Dd1591_2341+
561229.Dd1591_0719+
561229.Dd1591_2635+
561229.Dd1591_1887+
561229.Dd1591_2526+
561229.Dd1591_1970+
561229.Dd1591_2744(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_1440+
561229.Dd1591_1138(PF02371)
561229.Dd1591_1133+
561229.Dd1591_1248+
561229.Dd1591_0868(+)(<)
561229.Dd1591_0864+
561229.Dd1591_2282+
561229.Dd1591_0442+
561229.Dd1591_3999(+)(plastid)
561229.Dd1591_0784(>)
561229.Dd1591_3227(>)
561229.Dd1591_1450(+)(plastid)
561229.Dd1591_2517(PF02371)
561229.Dd1591_2601+
561229.Dd1591_2717(<)
561229.Dd1591_2996+
561229.Dd1591_3126+
561229.Dd1591_1099+
561229.Dd1591_1278+
561229.Dd1591_1896+
561229.Dd1591_0673+
561229.Dd1591_0676+
561229.Dd1591_0679+
561229.Dd1591_2661+
561229.Dd1591_3120+
561229.Dd1591_2666(+)+
561229.Dd1591_3124+
561229.Dd1591_0297+
561229.Dd1591_0455+
561229.Dd1591_2664+
561229.Dd1591_0761+
561229.Dd1591_0760+
561229.Dd1591_0764+
561229.Dd1591_3691+
561229.Dd1591_3693+
561229.Dd1591_3363+
561229.Dd1591_3368+
561229.Dd1591_3966+
561229.Dd1591_3727+
561229.Dd1591_2766(+)(plastid)
561229.Dd1591_2763+
561229.Dd1591_1266+
561229.Dd1591_1265+
561229.Dd1591_0849+
561229.Dd1591_0112+
561229.Dd1591_1580+
561229.Dd1591_0590(PF02371)
561229.Dd1591_2688+
561229.Dd1591_0933+
561229.Dd1591_0609(>)
561229.Dd1591_2110+(PF00413)
561229.Dd1591_1881(+)ER; not used
561229.Dd1591_3118+
561229.Dd1591_3689+
561229.Dd1591_3687(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_3685+
561229.Dd1591_3200(<)
561229.Dd1591_2372+
561229.Dd1591_3973+
561229.Dd1591_2402+
561229.Dd1591_1076(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_1074+
561229.Dd1591_1188(>)
561229.Dd1591_1210+
561229.Dd1591_1854(<)
561229.Dd1591_1850+
561229.Dd1591_0854+
561229.Dd1591_1697(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_1322+
561229.Dd1591_0585+
561229.Dd1591_0580+
561229.Dd1591_4063+
561229.Dd1591_4061+not used
561229.Dd1591_2689+
561229.Dd1591_3381(>)
561229.Dd1591_3562(>)
561229.Dd1591_3167+
561229.Dd1591_2961(+)(ER)
561229.Dd1591_1997+
561229.Dd1591_3951+
561229.Dd1591_0714+
561229.Dd1591_1066(>)
561229.Dd1591_2135+
561229.Dd1591_2782+
561229.Dd1591_1196(+)(ER)
561229.Dd1591_1193+
561229.Dd1591_1205+
561229.Dd1591_1842+
561229.Dd1591_0827+
561229.Dd1591_4253(<)
561229.Dd1591_0620(<)
561229.Dd1591_4107+
561229.Dd1591_3431(+)(plastid)
561229.Dd1591_3925+
561229.Dd1591_3351+
561229.Dd1591_4193(<)
561229.Dd1591_0875(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_3571+
561229.Dd1591_3798(+)(mitochondrial)
561229.Dd1591_3402(>)
561229.Dd1591_2835(>)
561229.Dd1591_1371+
561229.Dd1591_1057+
561229.Dd1591_1836(+)
561229.Dd1591_1834(+)
561229.Dd1591_1942(+)
561229.Dd1591_0126(+)
561229.Dd1591_1284(+)
561229.Dd1591_2676(+)
561229.Dd1591_1283(+)
561229.Dd1591_3206(+)
561229.Dd1591_3142(+)
561229.Dd1591_3147(+)
561229.Dd1591_2309(+)
561229.Dd1591_1730(+)
561229.Dd1591_3323(+)
561229.Dd1591_1501(+)
561229.Dd1591_1319(+)
561229.Dd1591_1318(+)
561229.Dd1591_1956(+)
561229.Dd1591_1554(+)
561229.Dd1591_1557(+)
561229.Dd1591_1556(+)
561229.Dd1591_1551(+)
561229.Dd1591_0372(+)
561229.Dd1591_0373(+)
561229.Dd1591_0202(+)
561229.Dd1591_2490(+)
561229.Dd1591_2138(+)
561229.Dd1591_0465(+)
561229.Dd1591_3317(+)
561229.Dd1591_2938(+)
561229.Dd1591_2447(+)
561229.Dd1591_1148(+)
561229.Dd1591_1146(+)
561229.Dd1591_1813(+)
561229.Dd1591_4209(+)
561229.Dd1591_1768(+)
561229.Dd1591_3134(+)
561229.Dd1591_0562(+)
561229.Dd1591_0965(+)
561229.Dd1591_0216(+)
561229.Dd1591_0665(+)
561229.Dd1591_1858(+)
561229.Dd1591_2696(+)
561229.Dd1591_3983(+)
561229.Dd1591_0040(+)
561229.Dd1591_2216(+)
561229.Dd1591_2214(+)
561229.Dd1591_3850(+)
561229.Dd1591_1158(+)
561229.Dd1591_1021(+)
561229.Dd1591_4211(+)
561229.Dd1591_4212(+)
561229.Dd1591_1978(+)
561229.Dd1591_0680(+)
561229.Dd1591_1577(+)
561229.Dd1591_1572(+)
561229.Dd1591_2935(+)
561229.Dd1591_0227(+)
561229.Dd1591_3624(+)
561229.Dd1591_2914(+)
561229.Dd1591_2262(+)
561229.Dd1591_2461(+)
561229.Dd1591_2715(+)
561229.Dd1591_1164(+)not used
561229.Dd1591_1163(+)
561229.Dd1591_1906(+)
561229.Dd1591_1905(+)
561229.Dd1591_1900(+)
561229.Dd1591_4150(+)
561229.Dd1591_0348(+)
561229.Dd1591_3988(+)
561229.Dd1591_1655(+)
561229.Dd1591_3611(+)
561229.Dd1591_3506(+)
561229.Dd1591_3875(+)
561229.Dd1591_2495(+)
561229.Dd1591_1002(+)
561229.Dd1591_1000(+)
561229.Dd1591_0687(+)
561229.Dd1591_1759(+)
561229.Dd1591_1598(+)
561229.Dd1591_1592(+)
561229.Dd1591_1356(+)
561229.Dd1591_1888(+)
561229.Dd1591_0405(+)
561229.Dd1591_3040(+)
561229.Dd1591_3288(+)
561229.Dd1591_3260(+)
561229.Dd1591_3262(+)
561229.Dd1591_3868(+)
561229.Dd1591_0421(+)
561229.Dd1591_0427(+)
561229.Dd1591_0424(+)
561229.Dd1591_1297(+)
561229.Dd1591_0746(+)
561229.Dd1591_0417(+)
561229.Dd1591_2525(+)
561229.Dd1591_2540(+)
561229.Dd1591_3076(+)
561229.Dd1591_3240(+)
561229.Dd1591_3255(+)
561229.Dd1591_3674(+)
561229.Dd1591_2813(+)
561229.Dd1591_2818(+)
561229.Dd1591_2651(+)not used
561229.Dd1591_3496(+)
561229.Dd1591_1117(+)
561229.Dd1591_1113(+)
561229.Dd1591_1935(+)not used
561229.Dd1591_1933(+)
561229.Dd1591_0646(+)
561229.Dd1591_3957(+)
561229.Dd1591_4051(+)
561229.Dd1591_3899(+)
561229.Dd1591_1659(+)
561229.Dd1591_2419(+)
561229.Dd1591_3069(+)
561229.Dd1591_2557(+)
561229.Dd1591_3666(+)
561229.Dd1591_3661(+)
561229.Dd1591_2280(+)
561229.Dd1591_2820(+)
561229.Dd1591_2826(+)
561229.Dd1591_3936(+)
561229.Dd1591_2756(+)
561229.Dd1591_2644(+)
561229.Dd1591_1386(+)
561229.Dd1591_0475(+)
561229.Dd1591_0278(+)not used
561229.Dd1591_0100(+)
561229.Dd1591_2222(+)
561229.Dd1591_1663(+)
561229.Dd1591_2911(+)
561229.Dd1591_3010(+)
561229.Dd1591_2297(+)
561229.Dd1591_2639(+)
561229.Dd1591_3905(+)
561229.Dd1591_3900(+)
561229.Dd1591_1714(+)
561229.Dd1591_0869(+)
561229.Dd1591_0866(+)
561229.Dd1591_1409(+)
561229.Dd1591_4109(+)
561229.Dd1591_0713(+)
561229.Dd1591_0288(+)
561229.Dd1591_0285(+)
561229.Dd1591_0919(+)
561229.Dd1591_1713(+)
561229.Dd1591_4173(+)
561229.Dd1591_3007(+)
561229.Dd1591_3829(+)
561229.Dd1591_2999(+)
561229.Dd1591_2170(+)
561229.Dd1591_1098(+)
561229.Dd1591_0028(+)
561229.Dd1591_1876(+)
561229.Dd1591_0871(+)
561229.Dd1591_1471(+)
561229.Dd1591_0670(+)
561229.Dd1591_0675(+)
561229.Dd1591_4000(+)
561229.Dd1591_0057(+)
561229.Dd1591_0457(+)
561229.Dd1591_0895(+)
561229.Dd1591_3588(+)
561229.Dd1591_3692(+)
561229.Dd1591_1649(+)
561229.Dd1591_2345(+)
561229.Dd1591_2611(+)
561229.Dd1591_2988(+)
561229.Dd1591_2165(+)
561229.Dd1591_3333(+)
561229.Dd1591_1046(+)
561229.Dd1591_1268(+)
561229.Dd1591_1261(+)
561229.Dd1591_0508(+)
561229.Dd1591_4080(+)
561229.Dd1591_0595(+)
561229.Dd1591_4018(+)
561229.Dd1591_1517(+)
561229.Dd1591_1516(+)
561229.Dd1591_3020(+)
561229.Dd1591_2376(+)
561229.Dd1591_2371(+)
561229.Dd1591_1989(+)
561229.Dd1591_1077(+)
561229.Dd1591_2888(+)
561229.Dd1591_2889(+)
561229.Dd1591_4120(+)
561229.Dd1591_0858(+)
561229.Dd1591_4242(+)
561229.Dd1591_1452(+)
561229.Dd1591_4068(+)
561229.Dd1591_2381(+)
561229.Dd1591_0910(+)
561229.Dd1591_0329(+)
561229.Dd1591_0780(+)
561229.Dd1591_1460(+)
561229.Dd1591_0787(+)
561229.Dd1591_3561(+)
561229.Dd1591_3564(+)
561229.Dd1591_1710(+)
561229.Dd1591_2368(+)
561229.Dd1591_3780(+)
561229.Dd1591_2558(+)
561229.Dd1591_3498(+)
561229.Dd1591_0826(+)
561229.Dd1591_1683(+)
561229.Dd1591_4257(+)
561229.Dd1591_4076(+)
561229.Dd1591_4072(+)
561229.Dd1591_0009(+)
561229.Dd1591_4192(+)
561229.Dd1591_1058(+)
561229.Dd1591_3491(+)
561229.Dd1591_0021(+)
561229.Dd1591_3577(+)
561229.Dd1591_1508(+)
561229.Dd1591_3172(+)
561229.Dd1591_2319(+)
561229.Dd1591_0487(+)
561229.Dd1591_2954(+)
561229.Dd1591_2428(+)
561229.Dd1591_2229(+)
561229.Dd1591_1370(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.3 (13/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================