Effective results for Escherichia albertii TW07627 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 763
- Predicted by EffectiveT3: 170 (high confidence), 231 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 27 within, 26 before, 36 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 113
- Predicted by EffectiveELD: 20 eukaryotic-like domains, contained in 207 proteins (122 high, 85 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
502347.ESCAB7627_1656		(>)			mitochondrial
502347.ESCAB7627_3470				(PF03222)	ER
502347.ESCAB7627_3390		(>)			ER
502347.ESCAB7627_4774				(PF03222)	(ER)
502347.ESCAB7627_0682				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_0359				(PF00665)	mitochondrial
502347.ESCAB7627_3731			+		ER
502347.ESCAB7627_1256				(PF00959)	ER
502347.ESCAB7627_4548			+		mitochondrial; (mitochondrial)
502347.ESCAB7627_1386			+		ER
502347.ESCAB7627_0208		(>)			ER
502347.ESCAB7627_2920		(>)			(ER)
502347.ESCAB7627_4554		(>)			ER
502347.ESCAB7627_3645	+	+	+
502347.ESCAB7627_2680			+		(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_2123				(PF00665)	mitochondrial
502347.ESCAB7627_2905			+		ER
502347.ESCAB7627_4758	+				mitochondrial; (mitochondrial)
502347.ESCAB7627_3501	+				ER; (ER)
502347.ESCAB7627_2974			+		ER; (ER)
502347.ESCAB7627_4692				(PF00665)	mitochondrial
502347.ESCAB7627_2759	(+)		+		ER
502347.ESCAB7627_0532			+		ER
502347.ESCAB7627_3627			+		mitochondrial
502347.ESCAB7627_0459				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_3753		(>)			(ER)
502347.ESCAB7627_2829			+		ER
502347.ESCAB7627_0834		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
502347.ESCAB7627_1269			+		ER
502347.ESCAB7627_2291		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
502347.ESCAB7627_2580				(PF01343)	ER; (ER)
502347.ESCAB7627_4610		+
502347.ESCAB7627_2368		(>)			mitochondrial
502347.ESCAB7627_4650	+				(ER)
502347.ESCAB7627_0089				(PF00939)	ER
502347.ESCAB7627_0550			+		ER
502347.ESCAB7627_2489				(PF01204)	(ER)
502347.ESCAB7627_3161		(<)			mitochondrial
502347.ESCAB7627_1440		+			ER
502347.ESCAB7627_4715				(PF01501)	(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_0716				(PF00939)	ER
502347.ESCAB7627_3375				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_1430			+		ER
502347.ESCAB7627_4525		(>)			(ER)
502347.ESCAB7627_4707	+				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_0416				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_3004				(PF01343)	ER
502347.ESCAB7627_3144			+		(ER); ER
502347.ESCAB7627_2916		(>)			(ER)
502347.ESCAB7627_4612			+		ER
502347.ESCAB7627_4261			+		ER
502347.ESCAB7627_4469				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_0564				(PF03222)	(ER); ER
502347.ESCAB7627_1374				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_0365				(PF00665)	(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_1177				(PF00665)	(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4118				(PF00328)	ER
502347.ESCAB7627_0773		(<)			(ER)
502347.ESCAB7627_3037				(PF00959)	ER
502347.ESCAB7627_2452				(PF13436)	ER
502347.ESCAB7627_2042		(<)			(ER)
502347.ESCAB7627_2046	+				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_1907			+		ER
502347.ESCAB7627_0170			+		ER
502347.ESCAB7627_4075				(PF01228)	(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_0357				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_4106	+				(mitochondrial); plastid
502347.ESCAB7627_3023			+		ER
502347.ESCAB7627_1404			+		ER
502347.ESCAB7627_4495		+			ER
502347.ESCAB7627_2261		(>)			ER
502347.ESCAB7627_0291		(>)			ER
502347.ESCAB7627_1974		+			ER; (ER)
502347.ESCAB7627_0806				(PF00939)	ER
502347.ESCAB7627_1506		(>)			(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4050			+		ER
502347.ESCAB7627_1329			+		mitochondrial
502347.ESCAB7627_1037		(<)			ER; (ER)
502347.ESCAB7627_0748			+		ER
502347.ESCAB7627_3214			+		ER
502347.ESCAB7627_1514				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_3695				(PF00939)	ER
502347.ESCAB7627_4153				(PF00665)	mitochondrial
502347.ESCAB7627_3206		(<)			ER
502347.ESCAB7627_0983		(<)			(ER)
502347.ESCAB7627_0008		(>)			ER
502347.ESCAB7627_2933				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_3685				(PF00665) (PF02796)	(plastid)
502347.ESCAB7627_4147				(PF00665)	(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4145				(PF00328)	ER
502347.ESCAB7627_3060	+				mitochondrial
502347.ESCAB7627_3061		+			ER
502347.ESCAB7627_0654				(PF01204)	ER
502347.ESCAB7627_0496		(>)			ER
502347.ESCAB7627_2330	+				mitochondrial; (mitochondrial)
502347.ESCAB7627_2508			+		ER
502347.ESCAB7627_3894	+	(>)
502347.ESCAB7627_1228	+				(plastid)
502347.ESCAB7627_0680				(PF00665)	(ER)
502347.ESCAB7627_1494				(PF05524)	(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_3466	(+)				ER
502347.ESCAB7627_4318	+		+
502347.ESCAB7627_0072	+		+
502347.ESCAB7627_0619		(>)			(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_2590	+				(plastid)
502347.ESCAB7627_2372		(>)	+
502347.ESCAB7627_4514		(>)	+
502347.ESCAB7627_0429		+			(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_1675	+	+
502347.ESCAB7627_3762	+				(plastid)
502347.ESCAB7627_2171			+	(PF05929)
502347.ESCAB7627_1730		(<)			(mitochondrial); not used
502347.ESCAB7627_4571			+		(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4438	+				(plastid)
502347.ESCAB7627_4434	(+)				(ER)
502347.ESCAB7627_2017			+	(PF00665)
502347.ESCAB7627_1154			+		(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4313			+		(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4870	+		+
502347.ESCAB7627_0571	+				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_3229		+			(ER)
502347.ESCAB7627_0144	(+)				ER
502347.ESCAB7627_1551	+				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_3491	(+)				(mitochondrial); plastid
502347.ESCAB7627_4604	+				(ER)
502347.ESCAB7627_0606	+			(PF03222)
502347.ESCAB7627_0913	(+)				ER
502347.ESCAB7627_3939			+		(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_2284		(<)			(ER); not used
502347.ESCAB7627_2730		(>)			(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4284		+			(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4041	+				ER
502347.ESCAB7627_0298	(+)				(mitochondrial); mitochondrial
502347.ESCAB7627_1199	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4137	(+)				(ER)
502347.ESCAB7627_2505	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_3454			+		(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_2885	+				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4262	+		+
502347.ESCAB7627_1695	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_1699	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4806		(<)	+
502347.ESCAB7627_1020	+			(PF03222)
502347.ESCAB7627_1028	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_1309	(+)				ER
502347.ESCAB7627_3666				(PF00959)	(ER)
502347.ESCAB7627_3555		+
502347.ESCAB7627_0128	+
502347.ESCAB7627_0129				PF03400
502347.ESCAB7627_1226	+
502347.ESCAB7627_2925				PF03400
502347.ESCAB7627_4006				PF03400
502347.ESCAB7627_0308		(<)
502347.ESCAB7627_4312	+
502347.ESCAB7627_3393			+
502347.ESCAB7627_1310	+
502347.ESCAB7627_1311		(>)
502347.ESCAB7627_1318				PF03400
502347.ESCAB7627_4772				PF03400
502347.ESCAB7627_1004	+
502347.ESCAB7627_4205	+
502347.ESCAB7627_3096			+
502347.ESCAB7627_3093	+
502347.ESCAB7627_1716	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_2027	+
502347.ESCAB7627_3657	+
502347.ESCAB7627_0465	+				not used
502347.ESCAB7627_0460				(PF01695)
502347.ESCAB7627_0462	+
502347.ESCAB7627_3871			+
502347.ESCAB7627_4688	+
502347.ESCAB7627_2228				PF03400
502347.ESCAB7627_0681				(PF01695)
502347.ESCAB7627_0847		+
502347.ESCAB7627_0845				PF03400
502347.ESCAB7627_3319	+
502347.ESCAB7627_3314				(PF01695)
502347.ESCAB7627_1392	+
502347.ESCAB7627_3881				PF03400
502347.ESCAB7627_1645				(PF02415)
502347.ESCAB7627_2136	+
502347.ESCAB7627_1257			+
502347.ESCAB7627_1258	+
502347.ESCAB7627_4542				PF03400
502347.ESCAB7627_1491				PF03400
502347.ESCAB7627_3460				PF03400
502347.ESCAB7627_4308	+
502347.ESCAB7627_4309		+
502347.ESCAB7627_4780	+
502347.ESCAB7627_1071	+
502347.ESCAB7627_1070	+
502347.ESCAB7627_1075		(>)
502347.ESCAB7627_3639			+
502347.ESCAB7627_3516	+
502347.ESCAB7627_3642	+
502347.ESCAB7627_0678				(PF01695)
502347.ESCAB7627_2689				PF03400
502347.ESCAB7627_1810	+
502347.ESCAB7627_0766				PF03400
502347.ESCAB7627_2352			+
502347.ESCAB7627_2355				PF03400
502347.ESCAB7627_4325		+
502347.ESCAB7627_0697			+
502347.ESCAB7627_0690			+
502347.ESCAB7627_0855				PF03400
502347.ESCAB7627_0857		+			not used
502347.ESCAB7627_3321			+
502347.ESCAB7627_3327		(>)
502347.ESCAB7627_1670				PF03400
502347.ESCAB7627_2124	+
502347.ESCAB7627_2122				(PF01695)
502347.ESCAB7627_4310			+
502347.ESCAB7627_1247				(PF01343)
502347.ESCAB7627_0079				PF03400
502347.ESCAB7627_2901				PF03400
502347.ESCAB7627_3747	+
502347.ESCAB7627_1486		(<)			not used
502347.ESCAB7627_4750				PF03400
502347.ESCAB7627_0506	+
502347.ESCAB7627_3633		(<)
502347.ESCAB7627_3632	+
502347.ESCAB7627_2344				PF03400
502347.ESCAB7627_3330	+
502347.ESCAB7627_3338				PF03400
502347.ESCAB7627_2650	+
502347.ESCAB7627_3461	+
502347.ESCAB7627_1516	+
502347.ESCAB7627_3826	+
502347.ESCAB7627_2119				(PF05929)
502347.ESCAB7627_1164	+
502347.ESCAB7627_1476				PF03400
502347.ESCAB7627_2806				PF03400
502347.ESCAB7627_2800	+
502347.ESCAB7627_2803	(+)		+
502347.ESCAB7627_1588	+
502347.ESCAB7627_0191	+
502347.ESCAB7627_3339	(+)		+
502347.ESCAB7627_4748				(PF00165)	not used
502347.ESCAB7627_4218	+
502347.ESCAB7627_4184				PF03400
502347.ESCAB7627_4185			+
502347.ESCAB7627_1299				(PF01228)
502347.ESCAB7627_1056				(PF00665)
502347.ESCAB7627_2758		+
502347.ESCAB7627_2756		(>)
502347.ESCAB7627_2750				PF03400
502347.ESCAB7627_2596				PF03400
502347.ESCAB7627_3624				PF03400
502347.ESCAB7627_0452			+
502347.ESCAB7627_0986				(PF05524)
502347.ESCAB7627_4435				PF03400
502347.ESCAB7627_2572	+
502347.ESCAB7627_3345				PF03400
502347.ESCAB7627_3344				PF03400
502347.ESCAB7627_3346	(+)	(>)
502347.ESCAB7627_1900	+
502347.ESCAB7627_3658				(PF01343)
502347.ESCAB7627_2107			+
502347.ESCAB7627_3290	+
502347.ESCAB7627_3965				(PF01343)
502347.ESCAB7627_1722	(+)		+
502347.ESCAB7627_2899	+
502347.ESCAB7627_0055				PF03400
502347.ESCAB7627_2965				PF03400
502347.ESCAB7627_1462			+
502347.ESCAB7627_1460				PF03400
502347.ESCAB7627_2113				(PF00959)
502347.ESCAB7627_4517				(PF01204)
502347.ESCAB7627_0182			+
502347.ESCAB7627_1663			+
502347.ESCAB7627_0234	+
502347.ESCAB7627_0235	+
502347.ESCAB7627_0237				PF03400
502347.ESCAB7627_4226				PF03400
502347.ESCAB7627_1040				PF03400
502347.ESCAB7627_1048		+
502347.ESCAB7627_4646				PF03400
502347.ESCAB7627_2585	+
502347.ESCAB7627_0521	+
502347.ESCAB7627_0420	+
502347.ESCAB7627_0425			+
502347.ESCAB7627_0428			+
502347.ESCAB7627_1828		+
502347.ESCAB7627_1860	(+)				(ER)
502347.ESCAB7627_0735				PF03400
502347.ESCAB7627_3352				(PF05524)
502347.ESCAB7627_3350				PF03400
502347.ESCAB7627_3355	+
502347.ESCAB7627_3603	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_0889	+
502347.ESCAB7627_2177	+
502347.ESCAB7627_3285		+
502347.ESCAB7627_3999				PF03400
502347.ESCAB7627_3991			+
502347.ESCAB7627_2449	+
502347.ESCAB7627_1450				(PF05524)
502347.ESCAB7627_1456	+
502347.ESCAB7627_2824		+
502347.ESCAB7627_2828				PF03400
502347.ESCAB7627_4344				PF03400
502347.ESCAB7627_3426	(+)				(plastid)
502347.ESCAB7627_2953	+
502347.ESCAB7627_2952				PF03400
502347.ESCAB7627_4729				PF03400
502347.ESCAB7627_4319	(+)				(plastid)
502347.ESCAB7627_3515				PF03400
502347.ESCAB7627_1834			+
502347.ESCAB7627_0556		(<)
502347.ESCAB7627_2488		+
502347.ESCAB7627_3777	+
502347.ESCAB7627_2391			+
502347.ESCAB7627_4320			+
502347.ESCAB7627_2557		+
502347.ESCAB7627_1929				(PF01695)
502347.ESCAB7627_3367	+
502347.ESCAB7627_3365	+
502347.ESCAB7627_0898				PF03400
502347.ESCAB7627_3402	+
502347.ESCAB7627_3160	+
502347.ESCAB7627_3404	+				not used
502347.ESCAB7627_0945				PF03400
502347.ESCAB7627_4379	+
502347.ESCAB7627_2015				PF03400
502347.ESCAB7627_2013				PF03400
502347.ESCAB7627_2010				(PF00665)
502347.ESCAB7627_4409				PF03400
502347.ESCAB7627_2838	(+)	(<)
502347.ESCAB7627_4400				(PF05189)
502347.ESCAB7627_4533				PF03400
502347.ESCAB7627_4717				(PF01501)
502347.ESCAB7627_4719				(PF06176)
502347.ESCAB7627_4718				(PF01501)
502347.ESCAB7627_0097				PF03400
502347.ESCAB7627_4663				PF03400
502347.ESCAB7627_4669	+
502347.ESCAB7627_2762	+
502347.ESCAB7627_4392	+
502347.ESCAB7627_0542			+
502347.ESCAB7627_0546	+
502347.ESCAB7627_0405				(PF01695)
502347.ESCAB7627_4620			+
502347.ESCAB7627_2386	+
502347.ESCAB7627_2385	+
502347.ESCAB7627_2380	+
502347.ESCAB7627_1849	+				not used
502347.ESCAB7627_4691				(PF01695)
502347.ESCAB7627_1842		(>)
502347.ESCAB7627_3011				PF03400
502347.ESCAB7627_3374				(PF01695)
502347.ESCAB7627_3490	(+)				(mitochondrial); not used
502347.ESCAB7627_1623				PF03400
502347.ESCAB7627_2151			+
502347.ESCAB7627_0971				PF03400
502347.ESCAB7627_0341		(>)
502347.ESCAB7627_0342		(>)
502347.ESCAB7627_3396	+
502347.ESCAB7627_4875	+
502347.ESCAB7627_1435				PF03400
502347.ESCAB7627_1438		(>)
502347.ESCAB7627_0157	(+)	(<)
502347.ESCAB7627_1382				PF03400
502347.ESCAB7627_4521	+
502347.ESCAB7627_4522		(<)
502347.ESCAB7627_1544	+
502347.ESCAB7627_4091		(>)
502347.ESCAB7627_4254	+
502347.ESCAB7627_2912	+
502347.ESCAB7627_4419	+
502347.ESCAB7627_1091				PF03400
502347.ESCAB7627_1097	+
502347.ESCAB7627_0576	+
502347.ESCAB7627_0578	+
502347.ESCAB7627_2715				PF03400
502347.ESCAB7627_0419	+				not used
502347.ESCAB7627_0417				(PF01695)
502347.ESCAB7627_3715				PF03400
502347.ESCAB7627_0702	+
502347.ESCAB7627_0709	+
502347.ESCAB7627_3005				PF03400
502347.ESCAB7627_2530				PF03400
502347.ESCAB7627_2447				PF03400
502347.ESCAB7627_3353	+
502347.ESCAB7627_0965				PF03400
502347.ESCAB7627_4840				PF03400
502347.ESCAB7627_3815	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_4306				PF03400
502347.ESCAB7627_1766	+
502347.ESCAB7627_1423	+
502347.ESCAB7627_1424				PF03400
502347.ESCAB7627_1393				PF03400
502347.ESCAB7627_0141				PF03400
502347.ESCAB7627_0388	+
502347.ESCAB7627_0382	+
502347.ESCAB7627_0385				PF03400
502347.ESCAB7627_1603	+				not used
502347.ESCAB7627_4067	+
502347.ESCAB7627_4468			+
502347.ESCAB7627_2370	+
502347.ESCAB7627_4601				PF03400
502347.ESCAB7627_1377			+
502347.ESCAB7627_1375	+
502347.ESCAB7627_1373				(PF01695)
502347.ESCAB7627_1174				PF03400
502347.ESCAB7627_1970	+
502347.ESCAB7627_4600	+				not used
502347.ESCAB7627_4289				PF03400
502347.ESCAB7627_1704	(+)				(ER)
502347.ESCAB7627_1709	+
502347.ESCAB7627_3036			+
502347.ESCAB7627_3035	+
502347.ESCAB7627_3156	+
502347.ESCAB7627_3153			+
502347.ESCAB7627_1956	+
502347.ESCAB7627_1955				PF03400
502347.ESCAB7627_1958	+				not used
502347.ESCAB7627_2456	+
502347.ESCAB7627_2455				PF03400
502347.ESCAB7627_2470		(<)
502347.ESCAB7627_1887				PF03400
502347.ESCAB7627_1880			+
502347.ESCAB7627_0823				PF03400
502347.ESCAB7627_4850				PF03400
502347.ESCAB7627_2289	+
502347.ESCAB7627_1178	+
502347.ESCAB7627_4114	+
502347.ESCAB7627_4111	+
502347.ESCAB7627_4072				(PF05524)
502347.ESCAB7627_2633	+
502347.ESCAB7627_0281		(<)
502347.ESCAB7627_4470				(PF01695)
502347.ESCAB7627_0598			+
502347.ESCAB7627_0590	+
502347.ESCAB7627_2738	+
502347.ESCAB7627_2737				PF03400
502347.ESCAB7627_1345				PF03400
502347.ESCAB7627_0352		+
502347.ESCAB7627_0351				PF03400
502347.ESCAB7627_3487				PF03400
502347.ESCAB7627_4107				PF03400
502347.ESCAB7627_2608	+
502347.ESCAB7627_3125	+
502347.ESCAB7627_3124				PF03400
502347.ESCAB7627_1964	+
502347.ESCAB7627_1963	+
502347.ESCAB7627_2465				PF03400
502347.ESCAB7627_0614	(+)		+
502347.ESCAB7627_0610				(PF01228)
502347.ESCAB7627_3238	+
502347.ESCAB7627_3230				PF03400
502347.ESCAB7627_1744	+
502347.ESCAB7627_2055			+
502347.ESCAB7627_3838		+
502347.ESCAB7627_2299		(<)
502347.ESCAB7627_0313	+
502347.ESCAB7627_2187	+
502347.ESCAB7627_2181	+
502347.ESCAB7627_1570	(+)		+
502347.ESCAB7627_0165	+
502347.ESCAB7627_2985	(+)				plastid
502347.ESCAB7627_2983				PF03400
502347.ESCAB7627_4598	(+)				(plastid)
502347.ESCAB7627_2273			+
502347.ESCAB7627_4249	+
502347.ESCAB7627_0296		+
502347.ESCAB7627_0294	+
502347.ESCAB7627_0295				PF03400
502347.ESCAB7627_2873				PF03400
502347.ESCAB7627_4441				PF03400
502347.ESCAB7627_0478			+
502347.ESCAB7627_4311	+
502347.ESCAB7627_2521		(<)
502347.ESCAB7627_1359				PF03400
502347.ESCAB7627_1350		(>)
502347.ESCAB7627_0348	+
502347.ESCAB7627_1198				PF03400
502347.ESCAB7627_0345				PF03400
502347.ESCAB7627_1194	(+)	+
502347.ESCAB7627_1192			+
502347.ESCAB7627_4133		(>)
502347.ESCAB7627_1173	+
502347.ESCAB7627_2618				PF03400
502347.ESCAB7627_3586				PF03400
502347.ESCAB7627_1302	(+)				ER; not used
502347.ESCAB7627_2506				PF03400
502347.ESCAB7627_0755	(+)				(mitochondrial)
502347.ESCAB7627_0091			+
502347.ESCAB7627_0620	+				not used
502347.ESCAB7627_2471				(PF00665)
502347.ESCAB7627_0936	+
502347.ESCAB7627_3226			+
502347.ESCAB7627_1754	+
502347.ESCAB7627_0807				PF03400
502347.ESCAB7627_0808				(PF00939)
502347.ESCAB7627_3820	(+)			(PF00939)
502347.ESCAB7627_2264		(<)
502347.ESCAB7627_0608				PF03400
502347.ESCAB7627_1010			+
502347.ESCAB7627_0110	+
502347.ESCAB7627_0114	+
502347.ESCAB7627_2081	(+)	+
502347.ESCAB7627_0054			+
502347.ESCAB7627_0056			+
502347.ESCAB7627_4052	+
502347.ESCAB7627_4458	+
502347.ESCAB7627_2884			+
502347.ESCAB7627_2882				PF03400
502347.ESCAB7627_1211	+
502347.ESCAB7627_4636				PF03400
502347.ESCAB7627_0330	(+)				(mitochondrial); not used
502347.ESCAB7627_0332				PF03400
502347.ESCAB7627_2660	+
502347.ESCAB7627_2667		(<)
502347.ESCAB7627_1034	+
502347.ESCAB7627_3591				(PF01228)
502347.ESCAB7627_0740				PF03400
502347.ESCAB7627_3108				PF03400
502347.ESCAB7627_0638				PF03400
502347.ESCAB7627_4585	+
502347.ESCAB7627_2817	+
502347.ESCAB7627_1691	(+)				(ER)
502347.ESCAB7627_1694	+				not used
502347.ESCAB7627_0390	+
502347.ESCAB7627_4422				(PF03222)
502347.ESCAB7627_3853				PF03400
502347.ESCAB7627_4740	+
502347.ESCAB7627_4358			+
502347.ESCAB7627_1515				(PF01695)
502347.ESCAB7627_0101	+
502347.ESCAB7627_2092				(PF01228)
502347.ESCAB7627_2099	+
502347.ESCAB7627_4022				PF03400
502347.ESCAB7627_4025			+
502347.ESCAB7627_1203			+
502347.ESCAB7627_4330				(PF07720)
502347.ESCAB7627_3691				PF03400
502347.ESCAB7627_0325		(<)			not used
502347.ESCAB7627_4152				PF03400
502347.ESCAB7627_4154				(PF01695)
502347.ESCAB7627_0258		(>)
502347.ESCAB7627_3698	+
502347.ESCAB7627_2411			+
502347.ESCAB7627_0792				PF03400
502347.ESCAB7627_0799		(>)
502347.ESCAB7627_2304		(<)
502347.ESCAB7627_2309				PF03400
502347.ESCAB7627_3616			+
502347.ESCAB7627_0866	+
502347.ESCAB7627_1529	+
502347.ESCAB7627_1528				PF03400
502347.ESCAB7627_1525				PF03400
502347.ESCAB7627_2280	(+)				(ER)
502347.ESCAB7627_4339			+
502347.ESCAB7627_2932				(PF01695)
502347.ESCAB7627_0314				PF03400
502347.ESCAB7627_4494	+				not used
502347.ESCAB7627_4322			+
502347.ESCAB7627_0318			+
502347.ESCAB7627_3686				(PF01695)
502347.ESCAB7627_4575			+
502347.ESCAB7627_1301				PF03400
502347.ESCAB7627_4143	+				not used
502347.ESCAB7627_1014	+
502347.ESCAB7627_3063	+
502347.ESCAB7627_3662		(<)
502347.ESCAB7627_2425				PF03400
502347.ESCAB7627_4248	+				not used
502347.ESCAB7627_0499	+
502347.ESCAB7627_1836				PF03400
502347.ESCAB7627_0784				PF03400
502347.ESCAB7627_2333	(+)		+
502347.ESCAB7627_2337	(+)				(ER)
502347.ESCAB7627_1789				PF03400
502347.ESCAB7627_3878				PF03400
502347.ESCAB7627_3307				PF03400
502347.ESCAB7627_3872				PF03400
502347.ESCAB7627_3896	(+)
502347.ESCAB7627_1534	(+)
502347.ESCAB7627_0304	(+)
502347.ESCAB7627_4314	(+)
502347.ESCAB7627_0278	(+)
502347.ESCAB7627_2329	(+)				not used
502347.ESCAB7627_2221	(+)
502347.ESCAB7627_3318	(+)
502347.ESCAB7627_2135	(+)
502347.ESCAB7627_2133	(+)
502347.ESCAB7627_1492	(+)
502347.ESCAB7627_4783	(+)
502347.ESCAB7627_0014	(+)
502347.ESCAB7627_0016	(+)
502347.ESCAB7627_0018	(+)
502347.ESCAB7627_0517	(+)
502347.ESCAB7627_2353	(+)
502347.ESCAB7627_0698	(+)
502347.ESCAB7627_0483	(+)
502347.ESCAB7627_4805	(+)
502347.ESCAB7627_4801	(+)
502347.ESCAB7627_0639	(+)
502347.ESCAB7627_4701	(+)
502347.ESCAB7627_2900	(+)				not used
502347.ESCAB7627_4193	(+)
502347.ESCAB7627_1069	(+)
502347.ESCAB7627_0219	(+)
502347.ESCAB7627_2274	(+)
502347.ESCAB7627_0560	(+)
502347.ESCAB7627_3744	(+)
502347.ESCAB7627_0448	(+)
502347.ESCAB7627_1801	(+)
502347.ESCAB7627_3333	(+)
502347.ESCAB7627_3873	(+)
502347.ESCAB7627_3478	(+)
502347.ESCAB7627_1166	(+)				not used
502347.ESCAB7627_1160	(+)
502347.ESCAB7627_4188	(+)
502347.ESCAB7627_1298	(+)
502347.ESCAB7627_0981	(+)
502347.ESCAB7627_1510	(+)
502347.ESCAB7627_4431	(+)
502347.ESCAB7627_4139	(+)
502347.ESCAB7627_2106	(+)
502347.ESCAB7627_3986	(+)
502347.ESCAB7627_1725	(+)				not used
502347.ESCAB7627_1267	(+)
502347.ESCAB7627_2294	(+)
502347.ESCAB7627_0227	(+)
502347.ESCAB7627_4421	(+)
502347.ESCAB7627_4229	(+)
502347.ESCAB7627_1287	(+)
502347.ESCAB7627_0522	(+)
502347.ESCAB7627_1866	(+)
502347.ESCAB7627_2188	(+)
502347.ESCAB7627_2561	(+)
502347.ESCAB7627_3357	(+)
502347.ESCAB7627_1912	(+)
502347.ESCAB7627_3191	(+)
502347.ESCAB7627_2172	(+)
502347.ESCAB7627_3281	(+)
502347.ESCAB7627_1608	(+)
502347.ESCAB7627_3990	(+)
502347.ESCAB7627_3993	(+)
502347.ESCAB7627_1454	(+)
502347.ESCAB7627_2563	(+)
502347.ESCAB7627_3514	(+)
502347.ESCAB7627_0086	(+)
502347.ESCAB7627_3606	(+)
502347.ESCAB7627_2773	(+)
502347.ESCAB7627_3609	(+)
502347.ESCAB7627_0433	(+)
502347.ESCAB7627_0438	(+)
502347.ESCAB7627_0727	(+)
502347.ESCAB7627_4045	(+)
502347.ESCAB7627_3167	(+)
502347.ESCAB7627_0943	(+)
502347.ESCAB7627_0940	(+)
502347.ESCAB7627_3941	(+)
502347.ESCAB7627_1700	(+)
502347.ESCAB7627_1443	(+)
502347.ESCAB7627_0050	(+)
502347.ESCAB7627_3707	(+)
502347.ESCAB7627_4697	(+)
502347.ESCAB7627_1432	(+)
502347.ESCAB7627_1389	+				not used
502347.ESCAB7627_4520	(+)
502347.ESCAB7627_4253	(+)
502347.ESCAB7627_1096	(+)
502347.ESCAB7627_2711	(+)
502347.ESCAB7627_1634	(+)
502347.ESCAB7627_4388	(+)
502347.ESCAB7627_4387	(+)				not used
502347.ESCAB7627_2955	(+)
502347.ESCAB7627_0706	(+)
502347.ESCAB7627_3002	(+)
502347.ESCAB7627_3000	(+)
502347.ESCAB7627_0603	(+)
502347.ESCAB7627_3220	(+)
502347.ESCAB7627_0964	(+)
502347.ESCAB7627_4812	(+)
502347.ESCAB7627_2914	(+)
502347.ESCAB7627_3922	(+)
502347.ESCAB7627_1420	(+)
502347.ESCAB7627_0384	(+)
502347.ESCAB7627_2024	(+)				not used
502347.ESCAB7627_1552	(+)
502347.ESCAB7627_4066	(+)
502347.ESCAB7627_4269	(+)
502347.ESCAB7627_2707	(+)
502347.ESCAB7627_1378	(+)
502347.ESCAB7627_3492	(+)
502347.ESCAB7627_3494	(+)
502347.ESCAB7627_3723	(+)
502347.ESCAB7627_3721	(+)
502347.ESCAB7627_2459	(+)
502347.ESCAB7627_0849	(+)				not used
502347.ESCAB7627_0367	(+)
502347.ESCAB7627_0360	(+)
502347.ESCAB7627_2191	(+)
502347.ESCAB7627_4112	(+)
502347.ESCAB7627_1562	(+)
502347.ESCAB7627_2609	(+)
502347.ESCAB7627_2605	(+)
502347.ESCAB7627_2511	(+)
502347.ESCAB7627_0909	(+)
502347.ESCAB7627_4735	(+)
502347.ESCAB7627_4734	(+)
502347.ESCAB7627_1987	(+)
502347.ESCAB7627_4831	(+)
502347.ESCAB7627_3905	(+)
502347.ESCAB7627_4491	(+)				not used
502347.ESCAB7627_0297	(+)
502347.ESCAB7627_2139	(+)
502347.ESCAB7627_0584	(+)
502347.ESCAB7627_0582	(+)
502347.ESCAB7627_2611	(+)
502347.ESCAB7627_3258	(+)
502347.ESCAB7627_3585	(+)
502347.ESCAB7627_3058	(+)				not used
502347.ESCAB7627_0937	(+)
502347.ESCAB7627_0930	(+)
502347.ESCAB7627_3222	(+)				not used
502347.ESCAB7627_2062	(+)
502347.ESCAB7627_4741	(+)
502347.ESCAB7627_3025	(+)
502347.ESCAB7627_1503	(+)				not used
502347.ESCAB7627_0057	(+)
502347.ESCAB7627_2086	(+)
502347.ESCAB7627_1210	(+)
502347.ESCAB7627_2088	(+)				not used
502347.ESCAB7627_4635	(+)
502347.ESCAB7627_0335	(+)
502347.ESCAB7627_0246	(+)
502347.ESCAB7627_3593	(+)
502347.ESCAB7627_1777	(+)
502347.ESCAB7627_1696	(+)
502347.ESCAB7627_0814	(+)
502347.ESCAB7627_2887	(+)
502347.ESCAB7627_0102	(+)
502347.ESCAB7627_4486	(+)
502347.ESCAB7627_2895	(+)
502347.ESCAB7627_1204	(+)
502347.ESCAB7627_4333	(+)
502347.ESCAB7627_1338	(+)
502347.ESCAB7627_1335	(+)
502347.ESCAB7627_2671	(+)
502347.ESCAB7627_4017	(+)
502347.ESCAB7627_0643	(+)
502347.ESCAB7627_3279	(+)
502347.ESCAB7627_0984	(+)
502347.ESCAB7627_0134	(+)
502347.ESCAB7627_2549	(+)
502347.ESCAB7627_0006	(+)
502347.ESCAB7627_2935	(+)
502347.ESCAB7627_2930	(+)
502347.ESCAB7627_2938	(+)
502347.ESCAB7627_4323	(+)
502347.ESCAB7627_4573	(+)
502347.ESCAB7627_3681	(+)
502347.ESCAB7627_3682	(+)
502347.ESCAB7627_2640	(+)
502347.ESCAB7627_2796	(+)
502347.ESCAB7627_3568	(+)
502347.ESCAB7627_3273	(+)
502347.ESCAB7627_2339	(+)
502347.ESCAB7627_3435	(+)
502347.ESCAB7627_3412	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 1.3 (13/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 0.375 (3/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================