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Effective results for Leptospira biflexa serovar Patoc strain Patoc 1 (Paris) (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 179
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 31 eukaryotic-like domains, contained in 179 proteins (15 high, 164 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
456481.LEPBI_I2485(PF04734) (PF17048)ER; (ER)
456481.LEPBI_I2689(PF04536)ER
456481.LEPBI_I0177PF03062ER
456481.LEPBI_I2525(PF00211)(mitochondrial)
456481.LEPBI_I0954(PF07228)ER
456481.LEPBI_I0631(PF00211)ER
456481.LEPBI_I0632(PF00211)ER
456481.LEPBI_I0888(PF04536)ER
456481.LEPBI_I0310PF03062ER
456481.LEPBI_I1360(PF15071)ER
456481.LEPBI_I0097(PF12796)ER
456481.LEPBI_I2412(PF00211)ER
456481.LEPBI_I3031(PF04536)ER
456481.LEPBI_I0546(PF00211)(mitochondrial); mitochondrial
456481.LEPBI_I0541PF03062ER
456481.LEPBI_I1206(PF12796)(ER)
456481.LEPBI_I1105(PF04536)ER
456481.LEPBI_I0305(PF07228)ER
456481.LEPBI_I1378(PF00211)(ER)
456481.LEPBI_I2008PF03062ER
456481.LEPBI_I0448(PF07228)ER
456481.LEPBI_I3193(PF00112)ER
456481.LEPBI_I1305(PF06455)ER
456481.LEPBI_I3011(PF07228)ER
456481.LEPBI_I2944(PF00211)ER
456481.LEPBI_II0135(PF07947)ER
456481.LEPBI_I2979(PF00211)ER
456481.LEPBI_I2972PF03062ER
456481.LEPBI_I2572(PF12895)ER
456481.LEPBI_I0594(PF07228)(ER)
456481.LEPBI_I0591(PF00211)ER
456481.LEPBI_I0593(PF07228)mitochondrial; (mitochondrial)
456481.LEPBI_I1508(PF00211)ER
456481.LEPBI_I2690(PF07228)ER
456481.LEPBI_I3230(PF07228)ER
456481.LEPBI_I0110(PF10974)ER
456481.LEPBI_I2646(PF07228)(mitochondrial); mitochondrial
456481.LEPBI_II0097(PF07947)ER
456481.LEPBI_II0257PF03062ER
456481.LEPBI_I1042(PF07228)ER
456481.LEPBI_I0240PF16073(mitochondrial)
456481.LEPBI_I2815(PF12796)(ER); (mitochondrial)
456481.LEPBI_I1458(PF07228)ER
456481.LEPBI_I3347(PF07228)ER
456481.LEPBI_I3124(PF07228)ER
456481.LEPBI_I2508(PF00211)ER; (ER)
456481.LEPBI_I0495(PF07228)ER
456481.LEPBI_II0082(PF00112)ER
456481.LEPBI_I0812PF03062ER
456481.LEPBI_II0069(PF04536)ER
456481.LEPBI_I3359(PF12796)ER
456481.LEPBI_I0626(PF12796)ER
456481.LEPBI_II0277PF03062ER
456481.LEPBI_II0261(PF13415)ER
456481.LEPBI_I2383PF03062ER
456481.LEPBI_I1013PF03062ER
456481.LEPBI_I1489(PF12796)ER
456481.LEPBI_I1737(PF02493)(ER)
456481.LEPBI_II0145(PF00211)mitochondrial; (ER)
456481.LEPBI_I1136(PF00211)(mitochondrial)
456481.LEPBI_I2459(PF07228)ER
456481.LEPBI_I1743(PF07228)(ER)
456481.LEPBI_I3096PF03062ER
456481.LEPBI_I3070(PF02493)(mitochondrial)
456481.LEPBI_I1818PF03062ER
456481.LEPBI_I3065(PF02493)ER
456481.LEPBI_I3069(PF12796)(ER)
456481.LEPBI_I1233(PF12796)ER
456481.LEPBI_I2450(PF07228)ER; (ER)
456481.LEPBI_I0414(PF07947)ER
456481.LEPBI_I1552(PF07228)(mitochondrial)
456481.LEPBI_I0324(PF12895) (PF07228)
456481.LEPBI_I0664(PF11074)(mitochondrial)
456481.LEPBI_I2752(PF04734) (PF17048)
456481.LEPBI_I2736(PF12796)plastid
456481.LEPBI_I0227(PF07479) (PF01210)
456481.LEPBI_I1855(PF07228)(ER)
456481.LEPBI_I1062(PF07228)(ER)
456481.LEPBI_I2890(PF00211)(ER)
456481.LEPBI_I0738(PF00211)(ER)
456481.LEPBI_II0035(PF01740)(mitochondrial)
456481.LEPBI_I0345(PF07479) (PF01210)
456481.LEPBI_I3243(PF07228) PF14853
456481.LEPBI_I1936(PF07479) (PF01210)
456481.LEPBI_I1768(PF12895) (PF07228)
456481.LEPBI_I2053PF00090 PF08434
456481.LEPBI_I2639(PF07228) (PF00027)
456481.LEPBI_II0171(PF07228)(ER)
456481.LEPBI_I1575(PF07228)
456481.LEPBI_I3043(PF00027)
456481.LEPBI_I3046(PF00211)
456481.LEPBI_I3045(PF07228)
456481.LEPBI_I3044(PF07228)
456481.LEPBI_I2338(PF00027)
456481.LEPBI_I1828(PF00211)
456481.LEPBI_I1820(PF07228)
456481.LEPBI_I1576(PF01740)
456481.LEPBI_I0767(PF07228)
456481.LEPBI_I0168(PF00027)
456481.LEPBI_I0167(PF01740)
456481.LEPBI_I2416(PF00211)
456481.LEPBI_I2328(PF01740)
456481.LEPBI_I1149(PF00027)
456481.LEPBI_I2950(PF00027)
456481.LEPBI_I0234(PF01195)
456481.LEPBI_I0156(PF00027)
456481.LEPBI_I1793(PF04768)
456481.LEPBI_I1150(PF00027)
456481.LEPBI_I3306(PF00211)
456481.LEPBI_I2301(PF00027)
456481.LEPBI_I2763(PF16983)
456481.LEPBI_I2945(PF00211)
456481.LEPBI_I0926(PF07228)
456481.LEPBI_I1310(PF04519)
456481.LEPBI_I1405(PF01740)
456481.LEPBI_I1629(PF00027)
456481.LEPBI_I3175(PF00027)
456481.LEPBI_I2193(PF13910)
456481.LEPBI_I2680(PF07228)
456481.LEPBI_I1080(PF00211)
456481.LEPBI_I1321(PF01740)
456481.LEPBI_I2985(PF04536)
456481.LEPBI_I1438(PF00027)
456481.LEPBI_I1437(PF00027)
456481.LEPBI_I1431(PF04519)
456481.LEPBI_I1502(PF00027)
456481.LEPBI_I3361(PF12796)
456481.LEPBI_I2187(PF00211)
456481.LEPBI_I2692(PF01740)
456481.LEPBI_I0905(PF01740)
456481.LEPBI_I0871(PF00027)
456481.LEPBI_I1420(PF07228)
456481.LEPBI_I0063(PF01740)
456481.LEPBI_I2643(PF04519)
456481.LEPBI_I1197(PF01740)
456481.LEPBI_I1047(PF04519)
456481.LEPBI_I1292(PF01195)
456481.LEPBI_I0072(PF01740)
456481.LEPBI_I3294(PF07228)
456481.LEPBI_I0496(PF01740)
456481.LEPBI_Ia1510(PF11969)
456481.LEPBI_I1448(PF10504)
456481.LEPBI_I0713(PF07228)
456481.LEPBI_I1713(PF01740)
456481.LEPBI_I0624(PF00027)
456481.LEPBI_I0625(PF00027)
456481.LEPBI_I0536(PF07228)
456481.LEPBI_I2668(PF01740)
456481.LEPBI_I0825(PF00027)
456481.LEPBI_I3438(PF01740)
456481.LEPBI_I2520(PF00027)
456481.LEPBI_I1875(PF00027)
456481.LEPBI_I0521(PF01740)
456481.LEPBI_I2466(PF00027)
456481.LEPBI_I2606(PF00211)
456481.LEPBI_I2282(PF01740)
456481.LEPBI_II0030(PF00027)
456481.LEPBI_I0285(PF10974)
456481.LEPBI_I0287(PF12796)
456481.LEPBI_I0357(PF00027)
456481.LEPBI_I0359(PF00027)
456481.LEPBI_I1741(PF01740)
456481.LEPBI_I1926(PF07228)
456481.LEPBI_I2292(PF01740)
456481.LEPBI_I1036(PF01740)
456481.LEPBI_II0151(PF07228)
456481.LEPBI_I0756(PF01740)
456481.LEPBI_I3080(PF01740)
456481.LEPBI_I2599(PF00027)
456481.LEPBI_I1805(PF07228)
456481.LEPBI_I0997(PF00211)
456481.LEPBI_I3276(PF02493)
456481.LEPBI_I3270(PF01740)
456481.LEPBI_I3470(PF04519)
456481.LEPBI_I3051(PF12796)
456481.LEPBI_I2050(PF07228)
456481.LEPBI_I0565(PF07228)
456481.LEPBI_II0221(PF12796)
456481.LEPBI_I2128(PF00211)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================