Effective results for Bradyrhizobium sp. BTAi1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 1331
- Predicted by EffectiveT3: 270 (high confidence), 408 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 33 within, 18 before, 40 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 161
- Predicted by EffectiveELD: 68 eukaryotic-like domains, contained in 524 proteins (8 high, 516 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type IV

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
288000.BBta_2905	+		+	(PF00015)	(mitochondrial); plastid
288000.BBta_2907			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_2906			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_2904			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_2902			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_2901			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_7508			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_0330			+	(PF00015)	mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_4453			+	(PF13458)	ER
288000.BBta_2048				(PF01799) (PF02738) (PF01315) (PF00111)
288000.BBta_1388			+	(PF00015)	(ER)
288000.BBta_0821			+	(PF14295)	ER
288000.BBta_0865			+	(PF00015)	mitochondrial
288000.BBta_1408	+		+		(mitochondrial)
288000.BBta_7837			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_4844			+	(PF09084)	ER
288000.BBta_0969			+	(PF00015)	(ER); ER
288000.BBta_1976		(<)		(PF08352)	mitochondrial
288000.BBta_0885			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_6483			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_7334			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_5616			+	(PF06764)	ER
288000.BBta_6400	+	(>)			(mitochondrial)
288000.BBta_2367			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_2368			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_1810			+	(PF00656)	ER
288000.BBta_6635			+	(PF00015)	ER
288000.BBta_0575			+	(PF00015)	(mitochondrial)
288000.BBta_0548			+	(PF00656)	mitochondrial; ER
288000.BBta_6717			+	(PF00015)	mitochondrial
288000.BBta_5044				(PF00015)	mitochondrial
288000.BBta_6042		(>)			ER
288000.BBta_2903				(PF00015)	ER
288000.BBta_5245				(PF13458)	(mitochondrial)
288000.BBta_1906	+				ER
288000.BBta_5026				(PF01738)	ER
288000.BBta_3976				(PF00656)	ER
288000.BBta_7089				(PF13458)	ER
288000.BBta_7086				(PF12399)	ER
288000.BBta_7081				(PF13458)	mitochondrial
288000.BBta_7080				(PF13458)	ER; (ER)
288000.BBta_7082				(PF13458)	ER; (ER)
288000.BBta_2759	+				(ER)
288000.BBta_7504				(PF09084)	ER
288000.BBta_7505				(PF01738)	mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_7506				(PF00015)	ER
288000.BBta_4975			+		mitochondrial
288000.BBta_1694				(PF01738)	ER
288000.BBta_5224			+		ER
288000.BBta_4174				(PF01757)	ER
288000.BBta_3334				(PF13872) (PF13871)	(ER)
288000.BBta_4785			+		ER
288000.BBta_1460			+		(mitochondrial); mitochondrial
288000.BBta_6149	+	+			(plastid)
288000.BBta_4153				(PF00496)	ER
288000.BBta_4151				(PF08755)	mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_6794				(PF04143)	ER
288000.BBta_7151				(PF00496)	ER
288000.BBta_7150				(PF00496)	mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_4931				(PF00015)	ER
288000.BBta_2686				(PF13458)	ER
288000.BBta_1880	+				(mitochondrial); plastid
288000.BBta_0682				(PF13458)	ER
288000.BBta_3665				(PF04143)	(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_7174				(PF00496)	ER
288000.BBta_7177	+				(mitochondrial)
288000.BBta_6218			+		ER
288000.BBta_0801				(PF13458)	(mitochondrial)
288000.BBta_5981				(PF09084)	ER
288000.BBta_2989		+			ER
288000.BBta_0581			+		ER
288000.BBta_5604				(PF13458)	ER
288000.BBta_3449		+			(ER); ER
288000.BBta_1413			+		mitochondrial
288000.BBta_6255			+		ER
288000.BBta_6874				(PF06480)	ER
288000.BBta_6412				(PF03209)	mitochondrial
288000.BBta_5830			+		(mitochondrial)
288000.BBta_2419			+		(mitochondrial)
288000.BBta_1170				(PF09084)	mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_6271				(PF13458)	ER
288000.BBta_2603				(PF14347)	ER
288000.BBta_0868				(PF00015)	ER
288000.BBta_0869				(PF00015)	ER
288000.BBta_0155			+		mitochondrial
288000.BBta_1122			+		ER
288000.BBta_5110				(PF00015)	ER
288000.BBta_2629			+		mitochondrial
288000.BBta_2330	+			(PF08446) (PF00360)
288000.BBta_0666				(PF13458)	ER
288000.BBta_6455				(PF09084)	ER
288000.BBta_7054				(PF00496)	ER; (ER)
288000.BBta_5598	+				(mitochondrial)
288000.BBta_0279				(PF00839)	(ER); plastid
288000.BBta_3683				(PF04143)	ER
288000.BBta_7193			+		mitochondrial
288000.BBta_4550				(PF06455)	ER
288000.BBta_1218	+	+			(ER)
288000.BBta_2319			+		ER
288000.BBta_0644				(PF00015)	ER
288000.BBta_1840				(PF00015)	ER
288000.BBta_2129		+			ER
288000.BBta_1475				(PF13872) (PF13871)	plastid
288000.BBta_2872				(PF04143)	ER
288000.BBta_5154				(PF13458)	ER
288000.BBta_7836				(PF00015)	ER
288000.BBta_3257				(PF13458)	ER
288000.BBta_3250				(PF13458)	ER
288000.BBta_5944		(>)			ER
288000.BBta_5945				(PF13458)	ER
288000.BBta_6993				(PF00015)	(mitochondrial)
288000.BBta_2857				(PF00496)	ER
288000.BBta_0905				(PF00015)	(mitochondrial)
288000.BBta_4269				(PF00015)	ER
288000.BBta_5644				(PF05711)	(ER)
288000.BBta_6358				(PF09084)	(mitochondrial); mitochondrial
288000.BBta_4670				(PF13458)	ER
288000.BBta_6351				(PF13458)	ER
288000.BBta_1294			+		ER
288000.BBta_0963				(PF13458)	ER; plastid
288000.BBta_0962				(PF13458)	ER
288000.BBta_0961				(PF13458)	(mitochondrial)
288000.BBta_4246				(PF00015)	ER
288000.BBta_3732	(+)			(PF01315) (PF02738)	(plastid)
288000.BBta_7746			+		(mitochondrial)
288000.BBta_4809			+	(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_5294				(PF10908)	(mitochondrial)
288000.BBta_7412				(PF14216)	mitochondrial
288000.BBta_7413	+			(PF13872) (PF13871)
288000.BBta_0849			+		ER
288000.BBta_1842	+				(ER)
288000.BBta_7801	+				(ER)
288000.BBta_3713				(PF00496)	ER
288000.BBta_4821				(PF13458)	ER
288000.BBta_4827				(PF03088)	(mitochondrial)
288000.BBta_1372			+		ER
288000.BBta_7539				(PF13458)	(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_0534				(PF00015)	mitochondrial
288000.BBta_6472				(PF00496)	ER
288000.BBta_5464				(PF00656)	ER
288000.BBta_5489				PF06482	ER
288000.BBta_1039		(>)			ER
288000.BBta_3775			+		ER
288000.BBta_3083				(PF03209)	ER; (ER)
288000.BBta_3085		+			ER
288000.BBta_7647				(PF09084)	ER
288000.BBta_5131				(PF01757)	(ER)
288000.BBta_6116		(>)			ER
288000.BBta_6118				(PF13458)	ER
288000.BBta_6950				(PF00015)	ER
288000.BBta_5254				(PF00496)	mitochondrial
288000.BBta_5253				(PF00496)	ER
288000.BBta_5251				(PF00496)	(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_7098			+		ER
288000.BBta_2583				(PF00496)	ER
288000.BBta_6915			+		(ER)
288000.BBta_3757				(PF13458)	ER
288000.BBta_2884				(PF13458)	(mitochondrial)
288000.BBta_1353				(PF03824)	ER
288000.BBta_3322			+		ER; (ER)
288000.BBta_1217				(PF01738)	ER
288000.BBta_1072			+		(mitochondrial)
288000.BBta_1075			+		(ER)
288000.BBta_0554				(PF00656)	ER
288000.BBta_0307				(PF00656)	ER
288000.BBta_7682				(PF13458)	ER
288000.BBta_6030				(PF09084)	ER
288000.BBta_5707				(PF13458)	ER
288000.BBta_4169			+		(ER)
288000.BBta_4160				(PF09130)	mitochondrial
288000.BBta_3302				(PF09084)	ER; (ER)
288000.BBta_3309				(PF09084)	ER
288000.BBta_6956				(PF00496)	ER; (ER)
288000.BBta_3533				(PF13844)	(mitochondrial)
288000.BBta_5111	+		+		(plastid)
288000.BBta_2208		(<)			ER
288000.BBta_5091				(PF13458)	ER
288000.BBta_7161				(PF14347)	ER
288000.BBta_7558				(PF00496)	ER
288000.BBta_2993				(PF13458)	ER
288000.BBta_2056				(PF00496)	ER
288000.BBta_3869				(PF13458)	ER
288000.BBta_7375				(PF00015)	ER
288000.BBta_6423				(PF03209)	ER
288000.BBta_5718				(PF13458)	ER
288000.BBta_5995				(PF13458)	mitochondrial
288000.BBta_5994		+			ER
288000.BBta_2424	+			(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_2428				(PF13458)	ER
288000.BBta_2429		+			ER
288000.BBta_3454				(PF02705)	ER
288000.BBta_7482				(PF09084)	ER
288000.BBta_6864			+		(ER); (plastid)
288000.BBta_5561				(PF00656)	(ER)
288000.BBta_0383				(PF06764)	ER
288000.BBta_3159	+				mitochondrial; plastid
288000.BBta_1712			+		mitochondrial
288000.BBta_4521				(PF00656)	ER
288000.BBta_3389			+		ER
288000.BBta_6670		(>)			(ER); ER
288000.BBta_6677				(PF00111)	mitochondrial; (plastid)
288000.BBta_6268				(PF00015)	(mitochondrial)
288000.BBta_0128			+		ER
288000.BBta_0122				(PF12399)	(mitochondrial)
288000.BBta_0850	+				mitochondrial
288000.BBta_6464				(PF00496)	mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_6465				(PF08352)	(mitochondrial)
288000.BBta_5645				(PF01757)	ER
288000.BBta_1732			+		(mitochondrial); mitochondrial
288000.BBta_4503				(PF01738)	ER
288000.BBta_1839				(PF06480)	ER
288000.BBta_1105			+		(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_2113				(PF00496)	ER
288000.BBta_7189				(PF10013)	(mitochondrial)
288000.BBta_6583		(>)			mitochondrial; plastid
288000.BBta_5357				(PF06480)	ER
288000.BBta_4980			+		mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_2447			+		ER
288000.BBta_5171			+		ER
288000.BBta_3202			+		ER; (ER)
288000.BBta_7043	+				ER
288000.BBta_5916				(PF08755)	(mitochondrial)
288000.BBta_2992		(<)			ER
288000.BBta_6215				(PF13458)	ER
288000.BBta_7215		(<)			ER
288000.BBta_7213				(PF01738)	ER
288000.BBta_4090		+			ER
288000.BBta_4547		+			(mitochondrial)
288000.BBta_2654	+				(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_1301				(PF14347)	ER
288000.BBta_0009			+		ER
288000.BBta_3075				(PF00015)	ER
288000.BBta_2673				(PF09084)	ER
288000.BBta_4859				(PF00496)	mitochondrial
288000.BBta_4858				(PF00496)	ER
288000.BBta_3248				(PF12399)	ER
288000.BBta_5955				(PF09084)	ER
288000.BBta_5954			+		ER
288000.BBta_7583				(PF13458)	mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_2537				(PF09084)	ER
288000.BBta_5327				(PF13458)	ER
288000.BBta_0977			+		ER
288000.BBta_3580			+		(mitochondrial)
288000.BBta_4879		(>)			mitochondrial
288000.BBta_4877				(PF00496)	(mitochondrial)
288000.BBta_1618		+			(ER)
288000.BBta_3918	+				(ER); plastid
288000.BBta_1506	+				mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_6734				(PF00015)	ER
288000.BBta_6735				(PF00015)	ER
288000.BBta_2737		(>)			ER
288000.BBta_2558	+				(ER)
288000.BBta_2559				(PF12399)	(mitochondrial)
288000.BBta_2556				(PF13458)	ER
288000.BBta_0953			+		ER
288000.BBta_0955				(PF09084)	ER
288000.BBta_4626				(PF06100)	(ER)
288000.BBta_6712		+			ER
288000.BBta_0716				(PF00496)	(mitochondrial)
288000.BBta_5495	+		+		plastid
288000.BBta_6527			+		ER
288000.BBta_6977		(>)			ER
288000.BBta_4831				(PF00496)	ER
288000.BBta_4832				(PF00496)	mitochondrial
288000.BBta_6066				(PF09084)	ER
288000.BBta_2961				(PF00015)	ER
288000.BBta_2965				(PF00839)	ER
288000.BBta_5035			+		ER
288000.BBta_4352				(PF00656)	ER
288000.BBta_4354				(PF00656)	ER
288000.BBta_2779	+				mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_0738			+		ER
288000.BBta_0739				(PF09084)	ER
288000.BBta_0732				(PF13458)	ER
288000.BBta_0731				(PF13458)	ER
288000.BBta_2592	+				(mitochondrial); plastid
288000.BBta_6290	+				(mitochondrial)
288000.BBta_1029		(>)			ER
288000.BBta_4295				(PF13458)	ER; (mitochondrial)
288000.BBta_0996				(PF01757)	ER
288000.BBta_7677	+				(plastid)
288000.BBta_7717	(+)			(PF13872) (PF13871)
288000.BBta_6106	+		+
288000.BBta_5122				(PF00496)	(mitochondrial)
288000.BBta_2908			+	(PF00015)
288000.BBta_5240				(PF01425)	(plastid)
288000.BBta_1909				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_2021				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_7690	(+)				mitochondrial
288000.BBta_5221				(PF01738)	(plastid)
288000.BBta_1065	(+)				ER
288000.BBta_4786	+				(mitochondrial)
288000.BBta_0337	+				plastid
288000.BBta_5202	(+)				ER; (ER)
288000.BBta_6793				(PF04143)	(ER)
288000.BBta_0357	+				(plastid)
288000.BBta_1861	(+)				(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_5300	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_6165	+				(ER)
288000.BBta_2434	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_1747				(PF00941)	(ER)
288000.BBta_1748				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_1749				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_5627	+				(mitochondrial)
288000.BBta_7170				(PF08352)	(plastid)
288000.BBta_2028		(>)			(mitochondrial)
288000.BBta_2453	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_5609	(+)				(ER); (plastid)
288000.BBta_5607				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_5661	+				(plastid)
288000.BBta_7130	(+)			(PF01425)	(plastid)
288000.BBta_1577			+		(mitochondrial)
288000.BBta_1399	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_2400	(+)			(PF01425)	(plastid)
288000.BBta_3160	+				plastid
288000.BBta_3164	+				plastid
288000.BBta_3165	+				(plastid)
288000.BBta_1148	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_5394	+				(plastid)
288000.BBta_2756	+				(ER)
288000.BBta_5139	+			(PF08028)
288000.BBta_2755	+	+
288000.BBta_2359		+			ER; not used
288000.BBta_0602			+		(mitochondrial)
288000.BBta_5922	+	(<)
288000.BBta_7241	+				mitochondrial
288000.BBta_0446	+	(>)
288000.BBta_0882				(PF00496)	(ER)
288000.BBta_7055				(PF00496)	(plastid)
288000.BBta_1409	+		+
288000.BBta_2819	+				plastid
288000.BBta_2641				(PF02788) (PF00016)
288000.BBta_6810	+				(plastid)
288000.BBta_7037		+			(mitochondrial)
288000.BBta_0789				(PF13565)	(mitochondrial)
288000.BBta_6556	+				(plastid)
288000.BBta_1494			+		(ER)
288000.BBta_4840	+				plastid
288000.BBta_4841		(>)			(ER)
288000.BBta_7015				(PF12399)	(ER)
288000.BBta_6997		+
288000.BBta_2854		(<)		(PF08352)
288000.BBta_5318	(+)			(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_3061	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_0451				(PF00016) (PF02788)
288000.BBta_4864	(+)			(PF08352)	(plastid)
288000.BBta_4863				(PF08352)	plastid
288000.BBta_0573				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_3595				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_3733				(PF13458)	(mitochondrial)
288000.BBta_3731				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_3736				(PF12399)	(ER)
288000.BBta_4659	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_3920		(>)			(ER)
288000.BBta_7416		(>)			(mitochondrial)
288000.BBta_6278	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_6097	+		+
288000.BBta_1374	+				(plastid)
288000.BBta_0709	+				(plastid)
288000.BBta_6397				(PF00016) (PF02788)
288000.BBta_2561	+			(PF01425)
288000.BBta_3885	(+)				ER
288000.BBta_3779				(PF13458)	(ER)
288000.BBta_3080				(PF08446) (PF00360)
288000.BBta_1275	(+)				ER; mitochondrial
288000.BBta_6079	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_2913	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_5258		(<)		(PF08352)
288000.BBta_3964			+		(mitochondrial)
288000.BBta_2767				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_2585				(PF00496)	plastid
288000.BBta_6911				(PF00015)	(mitochondrial)
288000.BBta_0183	+			(PF13458)
288000.BBta_5809				(PF01566)	(plastid)
288000.BBta_5791	(+)				(mitochondrial); plastid
288000.BBta_0324	(+)				mitochondrial
288000.BBta_2887	+			(PF12399)
288000.BBta_1350	(+)				(ER)
288000.BBta_1910				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_1912				(PF01425)	(plastid)
288000.BBta_6938	(+)	(>)			(plastid)
288000.BBta_4792			+		plastid
288000.BBta_3512	+			(PF02705)
288000.BBta_5821	+				plastid
288000.BBta_6506	(+)			(PF03069)	(mitochondrial)
288000.BBta_2063	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_4163		(<)			(ER)
288000.BBta_3300	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_1273			+		(ER)
288000.BBta_3796				(PF01425)	(mitochondrial)
288000.BBta_2209	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_5097	+				(plastid)
288000.BBta_6204				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_3803	(+)				(ER); (plastid)
288000.BBta_4464				(PF00015)	(ER)
288000.BBta_5617				(PF13844)	(mitochondrial)
288000.BBta_3474		(<)			(ER)
288000.BBta_0541	+			(PF00015)
288000.BBta_4106	+		+
288000.BBta_3636				(PF00118)	(mitochondrial)
288000.BBta_6861		(<)			(mitochondrial)
288000.BBta_6206	(+)			(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_2740	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_0443	(+)				(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_5400				(PF01757)	plastid
288000.BBta_3178				(PF09084)	(plastid)
288000.BBta_2287				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_1736	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_0533				(PF00015)	(plastid)
288000.BBta_0870	(+)			(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_0872				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_2041	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
288000.BBta_6308	+				(plastid)
288000.BBta_7868	(+)			(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_2634				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_3093			+		(mitochondrial)
288000.BBta_0574				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_1536	(+)		+	(PF00015)
288000.BBta_7219				(PF13565)	(mitochondrial)
288000.BBta_7844	(+)				ER; (ER)
288000.BBta_5973				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_5972				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_1798	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_2843	+			(PF00015)
288000.BBta_2516				(PF09084)	(mitochondrial)
288000.BBta_6543	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_4854		(>)		(PF00496)
288000.BBta_5537	+				(plastid)
288000.BBta_6201	(+)		+		(plastid)
288000.BBta_6751	+	+
288000.BBta_2051				(PF08352)	(mitochondrial)
288000.BBta_2053	+				(plastid)
288000.BBta_2052				(PF08352)	(plastid)
288000.BBta_6981	+				(plastid)
288000.BBta_2538	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_6562	+				(mitochondrial)
288000.BBta_6697				(PF01315) (PF02738)
288000.BBta_3261				(PF02738)	(ER)
288000.BBta_3260				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_2081				(PF01425)	(mitochondrial)
288000.BBta_7754	+			(PF03050)
288000.BBta_4811				(PF00941)	(plastid)
288000.BBta_4810				(PF01799) (PF00111)
288000.BBta_1367				(PF09084)	(mitochondrial)
288000.BBta_5281				(PF01757)	(ER)
288000.BBta_3934		+			(plastid)
288000.BBta_3937	(+)				(ER)
288000.BBta_4628		+		(PF01757)
288000.BBta_6718	(+)				ER
288000.BBta_2711	(+)				(ER); (plastid)
288000.BBta_6428				(PF08446) (PF00360)
288000.BBta_3895			+		(plastid)
288000.BBta_7383	(+)				(ER)
288000.BBta_3766	(+)				(mitochondrial); (plastid)
288000.BBta_7650	+			(PF13458)
288000.BBta_7651				(PF13458)	(mitochondrial)
288000.BBta_4834	(+)				mitochondrial; plastid
288000.BBta_5030	+				(plastid)
288000.BBta_3951		(>)		(PF00015)
288000.BBta_2593				(PF08352)	(plastid)
288000.BBta_6296				(PF01425)	(plastid)
288000.BBta_4343		(>)			(mitochondrial)
288000.BBta_4342	+		+
288000.BBta_4298				(PF12399)	(ER)
288000.BBta_0998	(+)				(ER)
288000.BBta_1878	+				(plastid)
288000.BBta_1875	+
288000.BBta_7710				PF07929
288000.BBta_2900				(PF00015)
288000.BBta_0055		(>)
288000.BBta_0059	+
288000.BBta_3358				(PF03824)
288000.BBta_2023				(PF02738)
288000.BBta_4978				(PF03050)
288000.BBta_1599				(PF00111)
288000.BBta_1591				(PF00111)
288000.BBta_1222				PF07929
288000.BBta_1593				(PF00111)
288000.BBta_0928	(+)				(plastid)
288000.BBta_0318		(>)
288000.BBta_3504	+
288000.BBta_1993				(PF03824)
288000.BBta_0174	+
288000.BBta_6021				(PF01988)
288000.BBta_2923				(PF13565)
288000.BBta_5220	+
288000.BBta_0832			+
288000.BBta_3332				PF07929
288000.BBta_6926				(PF00162)
288000.BBta_7321	+
288000.BBta_4781	+
288000.BBta_5781	(+)				(plastid)
288000.BBta_0339	+
288000.BBta_3527	+
288000.BBta_4438	+
288000.BBta_3784	+
288000.BBta_6495			+
288000.BBta_6148	+
288000.BBta_6146	+
288000.BBta_4891	+
288000.BBta_2497	(+)				(mitochondrial)
288000.BBta_5204	+
288000.BBta_4332				(PF13468)
288000.BBta_4333				(PF00111)
288000.BBta_4330				(PF08352)
288000.BBta_4331	+
288000.BBta_4338	+
288000.BBta_6795	(+)		+
288000.BBta_3645				(PF03824)
288000.BBta_7154				PF11765
288000.BBta_2688	(+)	(>)
288000.BBta_1265				(PF09084)
288000.BBta_1080				(PF01757)
288000.BBta_7309	(+)				(plastid)
288000.BBta_0358				(PF07045)
288000.BBta_1865				(PF09084)
288000.BBta_1866	+
288000.BBta_5800	+
288000.BBta_6168			+
288000.BBta_3109	+
288000.BBta_7483	+
288000.BBta_2149	(+)			(PF00015)
288000.BBta_2213	+
288000.BBta_1745	+
288000.BBta_4131	+
288000.BBta_4683	+
288000.BBta_3487	(+)	(<)
288000.BBta_3480	(+)		+
288000.BBta_3661	+
288000.BBta_2145				(PF00015)
288000.BBta_7171				(PF08352)
288000.BBta_7175				(PF01738)
288000.BBta_3555	+
288000.BBta_2049				(PF00941)
288000.BBta_4919			+
288000.BBta_0805	(+)				(plastid)
288000.BBta_0808	+
288000.BBta_3294	+
288000.BBta_3296	(+)			(PF08028)
288000.BBta_3297				(PF09084)
288000.BBta_3959	+
288000.BBta_2186				(PF00111)
288000.BBta_2455		(>)
288000.BBta_1183	+
288000.BBta_1982				(PF00496)
288000.BBta_1606		(>)
288000.BBta_7119			+
288000.BBta_3447			+
288000.BBta_6903			+
288000.BBta_3856			+
288000.BBta_7795	+
288000.BBta_7790			+
288000.BBta_2430				(PF12399)
288000.BBta_0062			+
288000.BBta_5663	+
288000.BBta_7138	+
288000.BBta_7459			+
288000.BBta_6669	+
288000.BBta_1572	+				not used
288000.BBta_6250	(+)				(ER)
288000.BBta_1396				(PF03050)
288000.BBta_2506	+
288000.BBta_5317				(PF00941)
288000.BBta_6414	+
288000.BBta_6418	+
288000.BBta_3169	+
288000.BBta_7436			+
288000.BBta_2405				(PF06426)
288000.BBta_0452	(+)			(PF00101)
288000.BBta_5647				(PF01757)
288000.BBta_3424			+
288000.BBta_3421				(PF03824)
288000.BBta_0609				(PF03050)
288000.BBta_2243	(+)				(plastid)
288000.BBta_4590	+
288000.BBta_0540	+
288000.BBta_4728	+
288000.BBta_6475	(+)				plastid
288000.BBta_7076				(PF12399)
288000.BBta_5925	+
288000.BBta_7401				(PF02705)
288000.BBta_7403	(+)				(plastid)
288000.BBta_2166				(PF13409)
288000.BBta_7408				PF07929
288000.BBta_2834		+
288000.BBta_0296	+
288000.BBta_7249	+
288000.BBta_7240	(+)				plastid
288000.BBta_7244	+
288000.BBta_5119				(PF08352)
288000.BBta_5118				(PF08352)
288000.BBta_3405	(+)		+
288000.BBta_0449				(PF00162)
288000.BBta_7870				(PF01738)
288000.BBta_2921			+
288000.BBta_0567	+
288000.BBta_1820				(PF13409)
288000.BBta_1828				(PF13458)
288000.BBta_5560			+
288000.BBta_5569		+
288000.BBta_0888				(PF13468)
288000.BBta_6361				(PF03050)
288000.BBta_7051				(PF08352)
288000.BBta_2104	(+)			(PF12471)
288000.BBta_2103				(PF07958)
288000.BBta_0071	+
288000.BBta_1454	(+)				(ER)
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288000.BBta_2791	+
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288000.BBta_5431	(+)				(mitochondrial)
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288000.BBta_5552				(PF00111)
288000.BBta_5554				(PF01442)
288000.BBta_5975	(+)			(PF03069)
288000.BBta_6771	(+)				(ER)
288000.BBta_2840				(PF13468)
288000.BBta_2846			+
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288000.BBta_7239	(+)				(mitochondrial)
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288000.BBta_4092				(PF12399)
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288000.BBta_1964				(PF01774)
288000.BBta_1968				(PF00111)
288000.BBta_5042				(PF07045)
288000.BBta_5519	+
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288000.BBta_4645		(>)
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288000.BBta_4649	+
288000.BBta_2230			+
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288000.BBta_2888				(PF12399)
288000.BBta_2555				(PF08028)
288000.BBta_2550				(PF08028)
288000.BBta_2552				(PF07045)
288000.BBta_0777		(>)
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288000.BBta_4071	+
288000.BBta_4542		(>)
288000.BBta_3703	+
288000.BBta_7630				(PF09084)
288000.BBta_7638		+
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288000.BBta_4817				(PF12399)
288000.BBta_5285				(PF00118)
288000.BBta_1946	+
288000.BBta_4625				(PF06100)
288000.BBta_4627		(>)
288000.BBta_7449	+
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288000.BBta_2716	+
288000.BBta_0719				(PF08352)
288000.BBta_2572				(PF08028)
288000.BBta_2570	(+)			(PF08352)
288000.BBta_2571	(+)			(PF08028)
288000.BBta_6447	+
288000.BBta_1007	+
288000.BBta_6522				(PF13844)
288000.BBta_0818				(PF13409)
288000.BBta_5874				(PF06426)
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288000.BBta_6972	+
288000.BBta_3768	+
288000.BBta_3098	+
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288000.BBta_2966	+
288000.BBta_5269	(+)				(plastid)
288000.BBta_5261				(PF01425)
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288000.BBta_1920			+
288000.BBta_1922				(PF00496)
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288000.BBta_3953	+
288000.BBta_4356				(PF06745)
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288000.BBta_3077	(+)
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288000.BBta_6072	(+)
288000.BBta_1944	(+)
288000.BBta_0542	(+)
288000.BBta_0014	(+)
288000.BBta_2578	(+)
288000.BBta_4013	(+)
288000.BBta_5878	(+)
288000.BBta_5879	(+)
288000.BBta_2384	(+)
288000.BBta_4836	(+)
288000.BBta_2967	(+)
288000.BBta_1928	(+)
288000.BBta_0521	(+)
288000.BBta_2301	(+)
288000.BBta_3957	(+)
288000.BBta_5477	(+)
288000.BBta_6298	(+)
288000.BBta_4034	(+)
288000.BBta_4296	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 2.5 (25/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================