Effective results for Ralstonia solanacearum GMI1000 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 492
- Predicted by EffectiveT3: 141 (high confidence), 224 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 15 within, 8 before, 30 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 68
- Predicted by EffectiveELD: 11 eukaryotic-like domains, contained in 35 proteins (3 high, 32 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type IV, (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
267608.RSc0337PF12143 PF12142mitochondrial
267608.RSc2440+(ER)
267608.RSc1259+ER
267608.RSc1492(PF13276)(mitochondrial)
267608.RSc0805+(mitochondrial); plastid
267608.RSc2405(PF13276)(mitochondrial)
267608.RSc2408(PF13276)mitochondrial
267608.RSc2530+mitochondrial
267608.RSc1910+(mitochondrial)
267608.RSc0495+(mitochondrial)
267608.RSc2511+ER
267608.RSc3350+ER
267608.RSc0586+ER
267608.RSc1436(PF13276)mitochondrial
267608.RSc0664+ER
267608.RSc1085(>)(mitochondrial)
267608.RSc3376(>)(mitochondrial)
267608.RSc3390+ER
267608.RSc0610+ER
267608.RSc0949(>)ER; (ER)
267608.RSc1702(<)ER
267608.RSc2143+(mitochondrial); plastid
267608.RSc3382(>)ER
267608.RSc3034(>)(mitochondrial)
267608.RSc0423(PF13276)mitochondrial
267608.RSc1555+(mitochondrial)
267608.RSc1778+mitochondrial; (mitochondrial)
267608.RSc2391(>)(mitochondrial); mitochondrial
267608.RSc0638+mitochondrial
267608.RSc2958+ER
267608.RSc2135+mitochondrial
267608.RSc1624+mitochondrial
267608.RSc3264+ER
267608.RSc2328+ER; (ER)
267608.RSc0106+ER
267608.RSc2926+(mitochondrial)
267608.RSc0147+ER
267608.RSc2819(>)mitochondrial
267608.RSc0516(>)(mitochondrial); (plastid)
267608.RSc2936+ER
267608.RSc1647+ER
267608.RSc2029+(mitochondrial)
267608.RSc3083+ER
267608.RSc3089(PF13276)mitochondrial
267608.RSc3249+ER
267608.RSc1830+(PF13276)(mitochondrial)
267608.RSc1655+mitochondrial; (mitochondrial)
267608.RSc2305(>)(ER)
267608.RSc1031(>)ER; (ER)
267608.RSc0736+ER
267608.RSc0828(PF13276)(mitochondrial)
267608.RSc2265(PF13276)mitochondrial; (mitochondrial)
267608.RSc2484(+)+mitochondrial; plastid
267608.RSc1475+(>)
267608.RSc1260+plastid
267608.RSc2882(<)
267608.RSc2331+(PF13276)
267608.RSc0232+
267608.RSc2358+(mitochondrial)
267608.RSc2995+(mitochondrial)
267608.RSc3355+(plastid)
267608.RSc2741(>)(mitochondrial)
267608.RSc1439(PF13276)(ER)
267608.RSc1721++
267608.RSc2182(+)mitochondrial
267608.RSc2161+plastid
267608.RSc3013(+)mitochondrial; (mitochondrial)
267608.RSc0666+(plastid)
267608.RSc0060+(ER)
267608.RSc0119(+)(mitochondrial); plastid
267608.RSc0547+(plastid)
267608.RSc0942+(plastid)
267608.RSc1175+(plastid)
267608.RSc0958(+)ER
267608.RSc0723+(ER)
267608.RSc1779(>)(ER)
267608.RSc2390+(plastid)
267608.RSc2555(+)+(plastid)
267608.RSc0898(+)mitochondrial
267608.RSc1385PF01607(ER)
267608.RSc2014(+)(mitochondrial); (plastid)
267608.RSc2011+(plastid)
267608.RSc2706(PF13276)(ER)
267608.RSc0889+(>)
267608.RSc1599+(mitochondrial)
267608.RSc2826(+)(mitochondrial)
267608.RSc1293++
267608.RSc1297(+)mitochondrial
267608.RSc1749(>)(plastid)
267608.RSc2107+PF07938
267608.RSc2102+(mitochondrial)
267608.RSc2583(+)(mitochondrial)
267608.RSc3077++
267608.RSc2445(+)(mitochondrial); (plastid)
267608.RSc1641+(plastid)
267608.RSc2200+(plastid)
267608.RSc0409+(plastid)
267608.RSc0732(>)(ER)
267608.RSc0230(+)(mitochondrial)
267608.RSc2055(+)ER
267608.RSc1936(+)(mitochondrial)
267608.RSc0688+(>)
267608.RSc0227++
267608.RSc0826(+)mitochondrial
267608.RSc3318(<)+
267608.RSc0321+mitochondrial
267608.RSc1251+
267608.RSc1250+
267608.RSc1621+
267608.RSc0257+
267608.RSc1495(+)(mitochondrial)
267608.RSc1473+
267608.RSc2073(>)
267608.RSc1786(+)(plastid)
267608.RSc1798(>)
267608.RSc3232(PF13392)
267608.RSc3236(PF13392)
267608.RSc3129+
267608.RSc1860+
267608.RSc1861(+)(ER)
267608.RSc0249+
267608.RSc2661+
267608.RSc2407(+)(mitochondrial)
267608.RSc1442+
267608.RSc2888(PF10908)
267608.RSc1040+
267608.RSc2085(+)(mitochondrial)
267608.RSc2080+
267608.RSc1477+
267608.RSc1870+
267608.RSc2657+
267608.RSc0876+
267608.RSc1691(+)(plastid)
267608.RSc1690+
267608.RSc1698+
267608.RSc2856+
267608.RSc3219+
267608.RSc3210+
267608.RSc3216+
267608.RSc3324+
267608.RSc0480+
267608.RSc1844+
267608.RSc1842(PF13565)
267608.RSc0005+
267608.RSc0260+
267608.RSc0266+
267608.RSc0464+
267608.RSc1512+
267608.RSc0860(+)(<)
267608.RSc1192+
267608.RSc2357+
267608.RSc0071+
267608.RSc0103(PF13565)
267608.RSc0456+
267608.RSc0850+
267608.RSc1187+
267608.RSc2744+
267608.RSc1435+
267608.RSc2639+
267608.RSc2567+
267608.RSc1998+
267608.RSc0466+
267608.RSc2187+
267608.RSc1451+
267608.RSc0066+
267608.RSc2241+
267608.RSc0110(PF13565)
267608.RSc2246+
267608.RSc2756+
267608.RSc2570+
267608.RSc1719(+)plastid
267608.RSc2194+
267608.RSc2199+
267608.RSc2198+
267608.RSc2176(PF13565)
267608.RSc2282+
267608.RSc3159+
267608.RSc3151+
267608.RSc3395(+)(ER)
267608.RSc3393(PF13565)
267608.RSc2059(>)
267608.RSc1894(>)
267608.RSc2767+
267608.RSc2852+
267608.RSc2962+
267608.RSc2613(<)
267608.RSc2388(PF10908)
267608.RSc0240(+)(ER)
267608.RSc3362(+)(mitochondrial)
267608.RSc2549+
267608.RSc2356+
267608.RSc3039+
267608.RSc0602+
267608.RSc0042+
267608.RSc1959(+)+
267608.RSc0428+
267608.RSc1394+
267608.RSc1395+
267608.RSc1392(+)(ER)
267608.RSc1687+
267608.RSc1770+
267608.RSc2775+
267608.RSc2772+
267608.RSc2155+
267608.RSc2158+
267608.RSc2805+
267608.RSc2804+
267608.RSc0637(PF13565)
267608.RSc0631+
267608.RSc0639+
267608.RSc1943+
267608.RSc1942(PF05990)
267608.RSc2535+
267608.RSc0389+
267608.RSc0387(+)(ER)
267608.RSc0896+
267608.RSc1382+
267608.RSc1384(<)
267608.RSc0960(PF05990)
267608.RSc1549(PF13276)
267608.RSc1542+
267608.RSc2831+
267608.RSc2232+
267608.RSc0548+
267608.RSc0625+
267608.RSc1790(+)(plastid)
267608.RSc1797+
267608.RSc1060(>)
267608.RSc1379+
267608.RSc0575+
267608.RSc0571(>)
267608.RSc0578(PF13276)
267608.RSc1281+
267608.RSc1598+
267608.RSc2481+
267608.RSc2480(<)not used
267608.RSc2485+
267608.RSc2965+
267608.RSc3440+
267608.RSc1629+
267608.RSc2139+
267608.RSc1627+
267608.RSc3193(PF13392)
267608.RSc2225+
267608.RSc1997+
267608.RSc2223+
267608.RSc1551+
267608.RSc3284+
267608.RSc3069+
267608.RSc0760+
267608.RSc0367+
267608.RSc0365(>)
267608.RSc1298+
267608.RSc2928+
267608.RSc2104+
267608.RSc2101+
267608.RSc1631+
267608.RSc1639+
267608.RSc2938(+)(mitochondrial)
267608.RSc2540+
267608.RSc1916(+)plastid
267608.RSc0374+
267608.RSc0372+
267608.RSc1353+
267608.RSc1356+
267608.RSc1357(PF00646)
267608.RSc0193(>)
267608.RSc1822+
267608.RSc0200+
267608.RSc1008(+)(mitochondrial)
267608.RSc1003+
267608.RSc2735+
267608.RSc2448+
267608.RSc1640(+)(plastid)
267608.RSc0155+
267608.RSc0742+
267608.RSc1907(+)(>)
267608.RSc2909+
267608.RSc1019(+)(>)
267608.RSc1129+
267608.RSc1304+
267608.RSc3095+
267608.RSc0758+
267608.RSc1935+
267608.RSc0356+
267608.RSc0687+
267608.RSc1242+
267608.RSc2914+
267608.RSc0226(PF05189)
267608.RSc0220(+)+
267608.RSc0827(PF05990)
267608.RSc0821+
267608.RSc1487+
267608.RSc1027+
267608.RSc1662+
267608.RSc2267(PF13276)
267608.RSc2319+
267608.RSc2317+
267608.RSc2313(PF13276)not used
267608.RSc1919+
267608.RSc3139(>)
267608.RSc3135+
267608.RSc0225+
267608.RSc1920+
267608.RSc0322+
267608.RSc0031+
267608.RSc2545(+)
267608.RSc1322(+)
267608.RSc1079(+)
267608.RSc2412(+)
267608.RSc2413(+)
267608.RSc1676(+)
267608.RSc2897(+)
267608.RSc2077(+)
267608.RSc3234(+)
267608.RSc2323(+)
267608.RSc2324(+)
267608.RSc3126(+)
267608.RSc2224(+)
267608.RSc0333(+)
267608.RSc1866(+)
267608.RSc0029(+)
267608.RSc0028(+)
267608.RSc1311(+)
267608.RSc0248(+)
267608.RSc2662(+)
267608.RSc2402(+)
267608.RSc2081(+)
267608.RSc2334(+)
267608.RSc2332(+)
267608.RSc3111(+)
267608.RSc3114(+)
267608.RSc0235(+)
267608.RSc0474(+)
267608.RSc2650(+)
267608.RSc2656(+)
267608.RSc2658(+)
267608.RSc1276(+)
267608.RSc1692(+)
267608.RSc1457(+)
267608.RSc1456(+)
267608.RSc1533(+)
267608.RSc1453(+)
267608.RSc2502(+)
267608.RSc3213(+)
267608.RSc3326(+)
267608.RSc0482(+)
267608.RSc0484(+)
267608.RSc0317(+)
267608.RSc0434(+)
267608.RSc1991(+)
267608.RSc0868(+)
267608.RSc1199(+)
267608.RSc1202(+)
267608.RSc1207(+)
267608.RSc2421(+)
267608.RSc2352(+)
267608.RSc3174(+)
267608.RSc0588(+)
267608.RSc0079(+)
267608.RSc0457(+)
267608.RSc1505(+)
267608.RSc1433(+)
267608.RSc2638(+)
267608.RSc2630(+)
267608.RSc1728(+)
267608.RSc2188(+)
267608.RSc1106(+)
267608.RSc3349(+)
267608.RSc3163(+)
267608.RSc0665(+)
267608.RSc0597(+)
267608.RSc0064(+)
267608.RSc1536(+)
267608.RSc1538(+)
267608.RSc0841(+)
267608.RSc1748(+)
267608.RSc1226(+)
267608.RSc1221(+)
267608.RSc1883(+)
267608.RSc1228(+)
267608.RSc2759(+)
267608.RSc2623(+)
267608.RSc2577(+)
267608.RSc1718(+)
267608.RSc3371(+)
267608.RSc2286(+)
267608.RSc3399(+)
267608.RSc0619(+)
267608.RSc0791(+)
267608.RSc0053(+)
267608.RSc0439(+)
267608.RSc0540(+)
267608.RSc1419(+)
267608.RSc2763(+)
267608.RSc1099(+)
267608.RSc1705(+)
267608.RSc1388(+)
267608.RSc2386(+)
267608.RSc0242(+)
267608.RSc2544(+)
267608.RSc3148+
267608.RSc3367(+)
267608.RSc0043(+)
267608.RSc0041(+)
267608.RSc0048(+)
267608.RSc0135(+)
267608.RSc0134(+)
267608.RSc0425(+)
267608.RSc1393(+)
267608.RSc0555(+)
267608.RSc0950(+)
267608.RSc0952(+)
267608.RSc2600(+)
267608.RSc2609(+)
267608.RSc1772(+)
267608.RSc2153(+)
267608.RSc2556(+)
267608.RSc1441(+)
267608.RSc0635(+)
267608.RSc2069(+)
267608.RSc0703(+)
267608.RSc1945(+)not used
267608.RSc1941(+)
267608.RSc0143(+)
267608.RSc0412(+)
267608.RSc0890(+)
267608.RSc0895(+)
267608.RSc0566(+)
267608.RSc0964(+)
267608.RSc1543(+)
267608.RSc1544(+)
267608.RSc2702(+)not used
267608.RSc2700(+)
267608.RSc2705(+)
267608.RSc2122(+)not used
267608.RSc2120(+)
267608.RSc3059(+)
267608.RSc1238(+)
267608.RSc0082(+)
267608.RSc0089(+)
267608.RSc1975(+)
267608.RSc1372(+)
267608.RSc0824(+)
267608.RSc0572(+)
267608.RSc1028(+)
267608.RSc1595(+)
267608.RSc1858(+)
267608.RSc2615(+)
267608.RSc3442(+)
267608.RSc2226(+)
267608.RSc2220(+)
267608.RSc0224(+)
267608.RSc0364(+)not used
267608.RSc0363(+)
267608.RSc0985(+)
267608.RSc2037(+)
267608.RSc2584(+)
267608.RSc2211(+)
267608.RSc3278(+)
267608.RSc0779(+)
267608.RSc0770(+)
267608.RSc0172(+)
267608.RSc1359(+)
267608.RSc0190(+)
267608.RSc0998(+)
267608.RSc1004(+)
267608.RSc1007(+)
267608.RSc2117(+)
267608.RSc1836(+)
267608.RSc2905(+)
267608.RSc1349(+)
267608.RSc2876(+)
267608.RSc1037(+)
267608.RSc0753(+)
267608.RSc0751(+)
267608.RSc1145(+)
267608.RSc0686(+)
267608.RSc1801(+)
267608.RSc1759(+)
267608.RSc2009(+)
267608.RSc2868(+)
267608.RSc3407(+)
267608.RSc3405(+)
267608.RSc3136(+)
267608.RSc1922(+)
267608.RSc1924(+)
267608.RSc0326(+)
267608.RSc1819(+)
267608.RSc1815(+)
267608.RSc1812(+)
267608.RSc0784(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.1 (1/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.6 (6/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.5 (4/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================