Effective results for Burkholderia sp. YI23 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 888
- Predicted by EffectiveT3: 254 (high confidence), 393 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 34 within, 15 before, 35 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 114
- Predicted by EffectiveELD: 17 eukaryotic-like domains, contained in 108 proteins (6 high, 102 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
1097668.BYI23_B005610				(PF08546) (PF02558)	(ER)
1097668.BYI23_C005200		+			(ER)
1097668.BYI23_B012110				(PF08546) (PF02558)	(mitochondrial)
1097668.BYI23_A005580		+			(ER)
1097668.BYI23_A016890		(<)			ER
1097668.BYI23_C013360		+			ER
1097668.BYI23_A021860		+			ER
1097668.BYI23_B001190				(PF00083)	(mitochondrial)
1097668.BYI23_A000990		+			ER
1097668.BYI23_C012090	(+)	(>)			(mitochondrial)
1097668.BYI23_B006560			+		ER
1097668.BYI23_B011230		(>)			mitochondrial
1097668.BYI23_A010780		(<)			ER
1097668.BYI23_A018690			+		ER
1097668.BYI23_A002030			+		ER
1097668.BYI23_A027020			+		ER
1097668.BYI23_C007970				(PF01012)	(mitochondrial); mitochondrial
1097668.BYI23_A009150		+			(ER)
1097668.BYI23_C006750				(PF01012)	(mitochondrial)
1097668.BYI23_A000280				PF11790	ER
1097668.BYI23_A004070		(>)			ER
1097668.BYI23_C007330				(PF01012)	(mitochondrial); mitochondrial
1097668.BYI23_B008890			+		ER
1097668.BYI23_C003320		+			ER
1097668.BYI23_A003050		+			mitochondrial
1097668.BYI23_B005330				(PF14347)	ER
1097668.BYI23_A017610			+		ER
1097668.BYI23_B000940			+		ER
1097668.BYI23_A005530	+				(mitochondrial); (plastid)
1097668.BYI23_A013860				(PF08546) (PF02558)	(plastid)
1097668.BYI23_C005160				(PF01012)	(mitochondrial); mitochondrial
1097668.BYI23_B007770	+				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C007440		+			ER
1097668.BYI23_B012450		+			(mitochondrial)
1097668.BYI23_C009340			+		mitochondrial
1097668.BYI23_A022050			+		(ER)
1097668.BYI23_C009640		(<)			(ER); (plastid)
1097668.BYI23_B007710				(PF05544)	mitochondrial
1097668.BYI23_B008720				(PF08546) (PF02558)	(ER)
1097668.BYI23_B006010			+		ER
1097668.BYI23_A013750				(PF00083)	(ER)
1097668.BYI23_A009710		(>)			ER
1097668.BYI23_C007210		+			ER
1097668.BYI23_B002060			+		mitochondrial
1097668.BYI23_A018080	+				mitochondrial
1097668.BYI23_B006440			+		(mitochondrial); (plastid)
1097668.BYI23_A014190		(>)			(mitochondrial); (plastid)
1097668.BYI23_C011100			+		mitochondrial
1097668.BYI23_C002990		+			(mitochondrial)
1097668.BYI23_A019390			+		ER
1097668.BYI23_C012760				PF11790	ER; (ER)
1097668.BYI23_A019700				(PF01012)	(mitochondrial); mitochondrial
1097668.BYI23_C005430			+		ER
1097668.BYI23_A006460			+		ER
1097668.BYI23_A008890		(>)			ER
1097668.BYI23_B006280	+			PF05637	(plastid)
1097668.BYI23_A012050			+		ER
1097668.BYI23_B013990		+			ER
1097668.BYI23_B011590				PF11790	ER
1097668.BYI23_C004260				(PF00083)	(ER); ER
1097668.BYI23_A022490			+		(mitochondrial)
1097668.BYI23_A017450			+		(mitochondrial)
1097668.BYI23_C012450		(>)			(ER)
1097668.BYI23_C002150			+		(ER)
1097668.BYI23_C005370		+			ER
1097668.BYI23_C000300			+		ER
1097668.BYI23_B009600		+			ER; plastid
1097668.BYI23_A025970	+				(mitochondrial); plastid
1097668.BYI23_A026970		(>)			ER
1097668.BYI23_C002190		(>)			ER
1097668.BYI23_B008840		+			ER
1097668.BYI23_B005300			+		ER
1097668.BYI23_C012540				(PF01012)	mitochondrial
1097668.BYI23_C005990		+			(ER); ER
1097668.BYI23_C013460			+		mitochondrial
1097668.BYI23_B008790			+		(mitochondrial)
1097668.BYI23_B006350			+		ER
1097668.BYI23_A021740		(>)			ER
1097668.BYI23_A027560			+		ER
1097668.BYI23_B003580			+		(mitochondrial)
1097668.BYI23_A001550			+		ER
1097668.BYI23_A022000			+		ER
1097668.BYI23_A017840			+		ER
1097668.BYI23_B012540				(PF01012)	(mitochondrial)
1097668.BYI23_A023540			+		(mitochondrial)
1097668.BYI23_B007060			+		ER
1097668.BYI23_A020680		(<)			ER
1097668.BYI23_A014370	+				mitochondrial; (mitochondrial)
1097668.BYI23_A007740				(PF14347)	ER
1097668.BYI23_B010450				(PF08546) (PF02558)
1097668.BYI23_C006510				(PF08546) (PF02558)
1097668.BYI23_C004910	+				(plastid)
1097668.BYI23_C001450				(PF08546) (PF02558)
1097668.BYI23_C005320		+			(mitochondrial)
1097668.BYI23_C001320	(+)				ER
1097668.BYI23_C005960			+		(plastid)
1097668.BYI23_A011990	(+)				(mitochondrial); (plastid)
1097668.BYI23_A004350	+				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C002520				(PF00083)	(plastid)
1097668.BYI23_C003380	(+)				ER
1097668.BYI23_A017440	+		+
1097668.BYI23_B009390			+		(ER)
1097668.BYI23_A026510		(<)	+
1097668.BYI23_A001880	+		+
1097668.BYI23_B008420	+				(plastid)
1097668.BYI23_B007670	+				(ER)
1097668.BYI23_C007780	+	(<)
1097668.BYI23_B002350	+				(plastid)
1097668.BYI23_B008140	+				(plastid)
1097668.BYI23_A017110			+		(ER)
1097668.BYI23_C009290	(+)				mitochondrial
1097668.BYI23_A001020	+				plastid
1097668.BYI23_A006940	+				(plastid)
1097668.BYI23_A017350	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C004820	(+)				mitochondrial
1097668.BYI23_A025590	+				(plastid)
1097668.BYI23_B008100	+				plastid
1097668.BYI23_C011540	+				(ER)
1097668.BYI23_C012530				(PF00766) (PF01012)
1097668.BYI23_B003270	(+)				ER
1097668.BYI23_C003890		+	+
1097668.BYI23_B002040	+		+
1097668.BYI23_B012550				(PF00766) (PF01012)
1097668.BYI23_C013250	+			(PF01977)
1097668.BYI23_B004080	(+)				(ER); plastid
1097668.BYI23_A024110	(+)				(ER); (mitochondrial)
1097668.BYI23_A027490	+				(plastid)
1097668.BYI23_A009340			+		(mitochondrial)
1097668.BYI23_C002550	+				(plastid)
1097668.BYI23_B009580	+			(PF04952)
1097668.BYI23_A012720	(+)				(mitochondrial); plastid
1097668.BYI23_B004740	+		+
1097668.BYI23_A001750	(+)		+		(plastid)
1097668.BYI23_C005640	+				plastid
1097668.BYI23_B010070	(+)	+			(mitochondrial)
1097668.BYI23_A004130	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_B004000	+				(ER)
1097668.BYI23_A013600	+				(mitochondrial)
1097668.BYI23_A024410	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
1097668.BYI23_C001270	(+)				mitochondrial
1097668.BYI23_A010560	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_A022120	+				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C007960				(PF00766) (PF01012)
1097668.BYI23_C005050	+			(PF00083)
1097668.BYI23_A019570	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C007320				(PF00766) (PF01012)
1097668.BYI23_C006740				(PF00766) (PF01012)
1097668.BYI23_C011410		+			(ER)
1097668.BYI23_A014280	(+)				(ER)
1097668.BYI23_A018050	(+)				mitochondrial; plastid
1097668.BYI23_A001030	+				(plastid)
1097668.BYI23_B005320				(PF14347)	(mitochondrial)
1097668.BYI23_C010460				(PF00083)	(ER)
1097668.BYI23_C007470	+			(PF00083)
1097668.BYI23_A000440	+	(>)
1097668.BYI23_B000760	+				plastid
1097668.BYI23_B006080	(+)				mitochondrial
1097668.BYI23_A009010	(+)				(mitochondrial); (plastid)
1097668.BYI23_C010850	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C006130	+				(plastid)
1097668.BYI23_A013700				(PF01968) (PF02538)
1097668.BYI23_C002840	(+)				(ER); (mitochondrial)
1097668.BYI23_C005150				(PF00766) (PF01012)
1097668.BYI23_A014880	+				(mitochondrial)
1097668.BYI23_B012950	+	(>)
1097668.BYI23_A009700		+		(PF04952)
1097668.BYI23_B002380	(+)				(ER)
1097668.BYI23_A027640	+				(plastid)
1097668.BYI23_A009540	(+)				(ER)
1097668.BYI23_A019690				(PF00766) (PF01012)
1097668.BYI23_B007880	+				(plastid)
1097668.BYI23_A010280	+
1097668.BYI23_C001970	+
1097668.BYI23_C005460			+
1097668.BYI23_B007500	+
1097668.BYI23_A027460	+
1097668.BYI23_C012420		(>)
1097668.BYI23_A009350	+
1097668.BYI23_B000320	+
1097668.BYI23_B011620	+
1097668.BYI23_A008750	(+)			(PF00083)
1097668.BYI23_A022230	+
1097668.BYI23_A002220	+
1097668.BYI23_C008660	+
1097668.BYI23_C008910	+
1097668.BYI23_B000830	+
1097668.BYI23_C008000		+
1097668.BYI23_B015190	+
1097668.BYI23_A023910			+
1097668.BYI23_B005250	+
1097668.BYI23_B012520	+
1097668.BYI23_B011600	+
1097668.BYI23_A026280	(+)				plastid
1097668.BYI23_B005440	+
1097668.BYI23_C001020	+
1097668.BYI23_C009510	+
1097668.BYI23_A006430	+
1097668.BYI23_A015290	+
1097668.BYI23_C008020	+
1097668.BYI23_C011150			+
1097668.BYI23_B010390	+
1097668.BYI23_A011190			+
1097668.BYI23_C002730	+
1097668.BYI23_A021390			+
1097668.BYI23_A012500	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_C006550				(PF08501)
1097668.BYI23_B002430	(+)				plastid
1097668.BYI23_A027420	+
1097668.BYI23_A027390	+
1097668.BYI23_A005760	+
1097668.BYI23_A004140				(PF00083)
1097668.BYI23_B003680		+
1097668.BYI23_A023090	+
1097668.BYI23_C001850			+
1097668.BYI23_A023890	+
1097668.BYI23_A011500	+
1097668.BYI23_C003910	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_A026110	+
1097668.BYI23_C009060	(+)			(PF04952)
1097668.BYI23_A005150				(PF09298)
1097668.BYI23_C004010	(+)			(PF09298)
1097668.BYI23_C011010	(+)	(>)
1097668.BYI23_A011970	+
1097668.BYI23_C013140		+
1097668.BYI23_C013320				(PF09298)
1097668.BYI23_B002180	+
1097668.BYI23_A001660	+
1097668.BYI23_B012020	+
1097668.BYI23_A002570	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_A000660	+
1097668.BYI23_B001740	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_A016780	+
1097668.BYI23_C006380	+
1097668.BYI23_A024790			+
1097668.BYI23_A013000				(PF00083)
1097668.BYI23_A014520	+
1097668.BYI23_B004440				(PF04952)
1097668.BYI23_B003490	+
1097668.BYI23_A023460	+
1097668.BYI23_A026150	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_A011040		(>)
1097668.BYI23_A022480	+
1097668.BYI23_A008980	+
1097668.BYI23_A024650				(PF00083)
1097668.BYI23_C005220				(PF02538)
1097668.BYI23_C009210	+
1097668.BYI23_C005020				(PF04444)
1097668.BYI23_A002550		+
1097668.BYI23_B009530	+
1097668.BYI23_C009680		(>)
1097668.BYI23_A024910				(PF00083)
1097668.BYI23_A004460				(PF00083)
1097668.BYI23_A003010			+
1097668.BYI23_A011930	+
1097668.BYI23_C007350		(>)
1097668.BYI23_A016480	+
1097668.BYI23_B011560			+
1097668.BYI23_B002490				(PF00083)
1097668.BYI23_A006750	(+)	(>)
1097668.BYI23_A021150	+
1097668.BYI23_C005590				(PF08501)
1097668.BYI23_C008410				(PF05544)
1097668.BYI23_B003720				(PF04952)
1097668.BYI23_A005250	+
1097668.BYI23_C007500	+
1097668.BYI23_C000410	+
1097668.BYI23_A018300	+
1097668.BYI23_B008640	+
1097668.BYI23_C002120	+
1097668.BYI23_C000310	(+)			(PF00083)
1097668.BYI23_A019270		(>)
1097668.BYI23_B005580		+
1097668.BYI23_A022190	+
1097668.BYI23_C012120		+
1097668.BYI23_B005960	+
1097668.BYI23_C008120	+
1097668.BYI23_A020590	+
1097668.BYI23_C005060				(PF08501)
1097668.BYI23_A027060	(+)				(ER)
1097668.BYI23_A003200	+
1097668.BYI23_A012910	+
1097668.BYI23_B007860	+
1097668.BYI23_A019870	+
1097668.BYI23_A009180	+
1097668.BYI23_A004500	+
1097668.BYI23_A019640	+
1097668.BYI23_A017390			+
1097668.BYI23_B001530				(PF08501)
1097668.BYI23_B009830	+
1097668.BYI23_A010250	+
1097668.BYI23_B014340	(+)	(>)
1097668.BYI23_A023180	+
1097668.BYI23_A019070	+
1097668.BYI23_A008330			+
1097668.BYI23_A012420		(>)
1097668.BYI23_A019810	+
1097668.BYI23_B002160				(PF00083)
1097668.BYI23_A006550	(+)			(PF00083)
1097668.BYI23_A005050	+
1097668.BYI23_A009680	(+)		+
1097668.BYI23_B001900	+
1097668.BYI23_A012840				(PF01968)
1097668.BYI23_A003240	+
1097668.BYI23_A007540		(<)
1097668.BYI23_B004800	+
1097668.BYI23_A013710				(PF04444)
1097668.BYI23_A016980		(>)
1097668.BYI23_C006230	(+)		+
1097668.BYI23_C010040	+
1097668.BYI23_B007750	+
1097668.BYI23_C000110			+
1097668.BYI23_B010730	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_A008780	+
1097668.BYI23_C010210	+
1097668.BYI23_C002230				(PF14588)
1097668.BYI23_C013230	+
1097668.BYI23_A010740	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_A007640	(+)			(PF08501)
1097668.BYI23_B009190	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_A015470	+
1097668.BYI23_A015650			+
1097668.BYI23_C003130	(+)			(PF01977)
1097668.BYI23_A010970	+
1097668.BYI23_B010630				(PF00083)
1097668.BYI23_C012300			+
1097668.BYI23_A017480	+
1097668.BYI23_B003290	+
1097668.BYI23_A006480	+
1097668.BYI23_C012890			+
1097668.BYI23_A000080	+
1097668.BYI23_A019520			+
1097668.BYI23_A023190	+
1097668.BYI23_A011410		(>)
1097668.BYI23_C005140	+
1097668.BYI23_B003000			+
1097668.BYI23_A009270	+
1097668.BYI23_B003470	(+)				plastid
1097668.BYI23_A027320			+
1097668.BYI23_A005590	+
1097668.BYI23_C001640				(PF01968)
1097668.BYI23_C000510	(+)			(PF04444)
1097668.BYI23_B004120		(>)
1097668.BYI23_B010610				(PF00083)
1097668.BYI23_A012830	(+)			(PF02538)
1097668.BYI23_A007040				(PF01977)
1097668.BYI23_A026060	+
1097668.BYI23_B001380	(+)			(PF00083)
1097668.BYI23_A007380	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_C008790			+
1097668.BYI23_B005540				(PF08501)
1097668.BYI23_B010890	+
1097668.BYI23_A017190	+
1097668.BYI23_B002250	+
1097668.BYI23_B004700	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_A014420			+
1097668.BYI23_B007050				(PF08501)
1097668.BYI23_A015770	+
1097668.BYI23_A004090	+
1097668.BYI23_B014230	+
1097668.BYI23_A002660		(<)
1097668.BYI23_A016450	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_B009460		(<)
1097668.BYI23_B006480	+
1097668.BYI23_C005210				(PF01968)
1097668.BYI23_A007900	+
1097668.BYI23_C003260	+
1097668.BYI23_A024800			+
1097668.BYI23_A026180	+
1097668.BYI23_B005560	(+)		+
1097668.BYI23_A022750		+
1097668.BYI23_C005660				(PF14588)
1097668.BYI23_C001540		(<)
1097668.BYI23_C000760			+
1097668.BYI23_A010290	+
1097668.BYI23_C013350			+
1097668.BYI23_C004780	+
1097668.BYI23_C000200			+
1097668.BYI23_B000060	+
1097668.BYI23_B004650	+
1097668.BYI23_B012980	+
1097668.BYI23_C013030				(PF05544)
1097668.BYI23_A007750			+
1097668.BYI23_A006150	+
1097668.BYI23_A015550	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_B009400	+
1097668.BYI23_C008070	(+)			(PF00083)
1097668.BYI23_A023630		+
1097668.BYI23_C010080	+
1097668.BYI23_C004230	+
1097668.BYI23_A026140	+
1097668.BYI23_C010690				(PF04444)
1097668.BYI23_C001050	+
1097668.BYI23_C007270				(PF02538)
1097668.BYI23_A022520	+
1097668.BYI23_C003590	+
1097668.BYI23_B013700	+
1097668.BYI23_A003650	+
1097668.BYI23_B014040	(+)	(>)
1097668.BYI23_B005450	+
1097668.BYI23_C006950	+
1097668.BYI23_A020730	+
1097668.BYI23_C005600				(PF05544)
1097668.BYI23_A010580		(>)
1097668.BYI23_A011980	+
1097668.BYI23_A023410	(+)			(PF00083)
1097668.BYI23_A008460	+
1097668.BYI23_B009970	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_A006320	+
1097668.BYI23_A024660	+
1097668.BYI23_A001670			+
1097668.BYI23_B006510	+
1097668.BYI23_A024080	+
1097668.BYI23_A020500	+
1097668.BYI23_A011570	+
1097668.BYI23_C011940	+
1097668.BYI23_B009560	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_B008610	+
1097668.BYI23_B005430	+
1097668.BYI23_A025450	+
1097668.BYI23_C000820	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C002880		(>)
1097668.BYI23_C004020	+
1097668.BYI23_B013510	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_A010300	+
1097668.BYI23_A011960	+
1097668.BYI23_A019740	+
1097668.BYI23_A008220			+
1097668.BYI23_B002500	+
1097668.BYI23_C002280	+
1097668.BYI23_C003390	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_B001080	(+)			(PF04952)
1097668.BYI23_A015110			+
1097668.BYI23_A010320			+
1097668.BYI23_A002950	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_A019760	+
1097668.BYI23_B009240	+
1097668.BYI23_A018960		(>)
1097668.BYI23_A020090	+
1097668.BYI23_C005580				(PF05544)
1097668.BYI23_C004080				(PF00083)
1097668.BYI23_C004180				(PF00083)
1097668.BYI23_A011200			+
1097668.BYI23_B014310	+
1097668.BYI23_A002720	+
1097668.BYI23_B009520	+
1097668.BYI23_C004060	+
1097668.BYI23_B013550	+
1097668.BYI23_B011570	+
1097668.BYI23_B004620	+
1097668.BYI23_A025330		+
1097668.BYI23_C000960	+
1097668.BYI23_C010280			+
1097668.BYI23_A006740	+
1097668.BYI23_B015060	+
1097668.BYI23_A000030	+
1097668.BYI23_B001670			+
1097668.BYI23_C012470			+
1097668.BYI23_C000880				(PF08501)
1097668.BYI23_C005680				(PF01968)
1097668.BYI23_A007820				(PF14588)
1097668.BYI23_A000780	+
1097668.BYI23_B001330	+
1097668.BYI23_C001210				(PF14588)
1097668.BYI23_B002730	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_B013570	+
1097668.BYI23_A024960	+
1097668.BYI23_B012190	+
1097668.BYI23_A010050	+
1097668.BYI23_C010420	+
1097668.BYI23_A023360	+
1097668.BYI23_B012220	+
1097668.BYI23_B011880	+
1097668.BYI23_B004990		(>)
1097668.BYI23_A020050				(PF00083)
1097668.BYI23_C012710	+
1097668.BYI23_B003610	(+)		+
1097668.BYI23_C008440	+
1097668.BYI23_C011270				(PF00083)
1097668.BYI23_C003490			+
1097668.BYI23_A013520			+
1097668.BYI23_A014550	+
1097668.BYI23_A024940			+
1097668.BYI23_A027260	+
1097668.BYI23_A015600	+
1097668.BYI23_B008860	+
1097668.BYI23_A022340				(PF08501)
1097668.BYI23_A016560	(+)	(>)
1097668.BYI23_B012740				(PF00083)
1097668.BYI23_A003520	+
1097668.BYI23_C005530	+
1097668.BYI23_A022660	+
1097668.BYI23_A015440	+
1097668.BYI23_A017620			+
1097668.BYI23_B014490	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_B011510		(>)
1097668.BYI23_C007610	+
1097668.BYI23_C003100				(PF01977)
1097668.BYI23_A002330	+
1097668.BYI23_C003570			+
1097668.BYI23_B002170	+
1097668.BYI23_C010260	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_B012460				PF05637
1097668.BYI23_A020010	+
1097668.BYI23_C009860		(>)
1097668.BYI23_A027090	+
1097668.BYI23_A001270	+
1097668.BYI23_C004360	+
1097668.BYI23_C007280				(PF01968)
1097668.BYI23_A023730	+
1097668.BYI23_B006650	+
1097668.BYI23_B002090	+
1097668.BYI23_A015460	+
1097668.BYI23_A020350			+
1097668.BYI23_A016340			+
1097668.BYI23_B014610	+
1097668.BYI23_C012370	+
1097668.BYI23_B011930		(<)
1097668.BYI23_A019460	+
1097668.BYI23_C003350				(PF05544)
1097668.BYI23_C004380	+
1097668.BYI23_C010780	+
1097668.BYI23_A015250	+
1097668.BYI23_A011150		(>)
1097668.BYI23_B014260	(+)			(PF01968)
1097668.BYI23_B004760	+
1097668.BYI23_B013270	+
1097668.BYI23_A015400			+
1097668.BYI23_C001650				(PF02538)
1097668.BYI23_A018230	+
1097668.BYI23_B010600		+
1097668.BYI23_A019180	+
1097668.BYI23_C002670	(+)				(plastid)
1097668.BYI23_B009640			+
1097668.BYI23_C004630	+
1097668.BYI23_A000890	+
1097668.BYI23_A006390	+
1097668.BYI23_A000170			+
1097668.BYI23_A026460	(+)				plastid
1097668.BYI23_A003150	+
1097668.BYI23_A008080			+
1097668.BYI23_A019410	+
1097668.BYI23_A008880	(+)				(mitochondrial)
1097668.BYI23_C005830				(PF00083)
1097668.BYI23_B006850	(+)			PF05637
1097668.BYI23_A026070	+
1097668.BYI23_B013230	+
1097668.BYI23_A007390		(<)
1097668.BYI23_A024690	+
1097668.BYI23_B003030				(PF04952)
1097668.BYI23_C009780	(+)	+
1097668.BYI23_B015090	+
1097668.BYI23_A004270		(>)
1097668.BYI23_A007510	+
1097668.BYI23_A012800	+
1097668.BYI23_C009570	+
1097668.BYI23_B004710	+
1097668.BYI23_C005670				(PF02538)
1097668.BYI23_C010720	(+)		+
1097668.BYI23_A023950	+
1097668.BYI23_A018400	+
1097668.BYI23_A011460			+
1097668.BYI23_A026050	+
1097668.BYI23_A027480			+
1097668.BYI23_A007150			+
1097668.BYI23_B011140	+
1097668.BYI23_B010230				(PF00083)
1097668.BYI23_A000130	+
1097668.BYI23_B002820		+
1097668.BYI23_C004930	(+)	(<)
1097668.BYI23_A008770	+
1097668.BYI23_B010840		(>)
1097668.BYI23_C009550	+
1097668.BYI23_C001150	+
1097668.BYI23_C005870			+
1097668.BYI23_C010640	+
1097668.BYI23_A020470	+
1097668.BYI23_A008900	(+)
1097668.BYI23_A007680	(+)
1097668.BYI23_B003340	(+)
1097668.BYI23_A019480	(+)
1097668.BYI23_A006080	(+)
1097668.BYI23_C003230	(+)
1097668.BYI23_A010490	(+)
1097668.BYI23_B000050	(+)
1097668.BYI23_B008990	(+)
1097668.BYI23_B004750	(+)
1097668.BYI23_B004600	(+)
1097668.BYI23_A000810	(+)
1097668.BYI23_B004030	(+)
1097668.BYI23_C012230	(+)
1097668.BYI23_B010470	(+)
1097668.BYI23_A012120	(+)
1097668.BYI23_A024140	(+)
1097668.BYI23_A024630	(+)
1097668.BYI23_A013380	(+)
1097668.BYI23_B014960	(+)
1097668.BYI23_A012960	(+)
1097668.BYI23_C004970	(+)
1097668.BYI23_B014380	(+)
1097668.BYI23_B009000	(+)
1097668.BYI23_A007200	(+)
1097668.BYI23_C012820	(+)
1097668.BYI23_C008390	(+)
1097668.BYI23_C004560	(+)
1097668.BYI23_B006500	(+)
1097668.BYI23_A015880	(+)
1097668.BYI23_A008060	(+)
1097668.BYI23_B001410	(+)
1097668.BYI23_A001450	(+)
1097668.BYI23_A019750	(+)
1097668.BYI23_B000590	(+)
1097668.BYI23_C009720	(+)
1097668.BYI23_B002530	(+)
1097668.BYI23_A027400	(+)
1097668.BYI23_A003990	(+)
1097668.BYI23_A001820	(+)
1097668.BYI23_B007800	(+)
1097668.BYI23_B009720	(+)
1097668.BYI23_B006760	(+)
1097668.BYI23_A013940	(+)
1097668.BYI23_C002370	(+)
1097668.BYI23_B001090	(+)
1097668.BYI23_C008080	(+)
1097668.BYI23_C000370	(+)
1097668.BYI23_A023440	(+)
1097668.BYI23_B012830	(+)
1097668.BYI23_B006700	(+)
1097668.BYI23_A015350	(+)
1097668.BYI23_C011240	(+)
1097668.BYI23_C003690	(+)
1097668.BYI23_A023780	(+)
1097668.BYI23_A003220	(+)
1097668.BYI23_B011790	(+)
1097668.BYI23_A016290	(+)
1097668.BYI23_A007830	(+)
1097668.BYI23_A014290	(+)
1097668.BYI23_B000640	(+)
1097668.BYI23_B012810	(+)
1097668.BYI23_A011000	(+)
1097668.BYI23_C011380	(+)
1097668.BYI23_A006770	(+)
1097668.BYI23_B012770	(+)
1097668.BYI23_A000670	(+)
1097668.BYI23_A026880	(+)
1097668.BYI23_A024770	(+)
1097668.BYI23_B010330	(+)
1097668.BYI23_A027270	(+)
1097668.BYI23_C000330	(+)
1097668.BYI23_B000210	(+)
1097668.BYI23_B014170	(+)
1097668.BYI23_B010920	(+)
1097668.BYI23_A021330	(+)
1097668.BYI23_A026710	(+)
1097668.BYI23_A002130	(+)
1097668.BYI23_B001300	(+)
1097668.BYI23_C001080	(+)
1097668.BYI23_B011190	(+)
1097668.BYI23_A008100	(+)
1097668.BYI23_A000470	(+)
1097668.BYI23_B014620	(+)
1097668.BYI23_B014150	(+)
1097668.BYI23_C002210	(+)
1097668.BYI23_B011290	(+)
1097668.BYI23_C008470	(+)
1097668.BYI23_B009420	(+)
1097668.BYI23_A015260	(+)
1097668.BYI23_A003530	(+)
1097668.BYI23_B001260	(+)
1097668.BYI23_A018720	(+)
1097668.BYI23_A012400	(+)
1097668.BYI23_A025020	(+)
1097668.BYI23_C007600	(+)
1097668.BYI23_B003230	(+)
1097668.BYI23_A017130	(+)
1097668.BYI23_B003840	(+)
1097668.BYI23_C008820	(+)
1097668.BYI23_B000900	(+)
1097668.BYI23_C003280	(+)
1097668.BYI23_A022440	(+)
1097668.BYI23_B014190	(+)
1097668.BYI23_A011880	(+)
1097668.BYI23_A026920	(+)
1097668.BYI23_B000750	(+)
1097668.BYI23_A008500	(+)
1097668.BYI23_A016820	(+)
1097668.BYI23_A021750	(+)
1097668.BYI23_B007010	(+)
1097668.BYI23_A004530	(+)
1097668.BYI23_C004840	(+)
1097668.BYI23_B003860	(+)
1097668.BYI23_B013880	(+)
1097668.BYI23_A017810	(+)
1097668.BYI23_C006140	(+)
1097668.BYI23_A021230	(+)
1097668.BYI23_A020180	(+)
1097668.BYI23_C005490	(+)
1097668.BYI23_A014890	(+)
1097668.BYI23_A000410	(+)
1097668.BYI23_A004240	(+)
1097668.BYI23_A023510	(+)
1097668.BYI23_B012920	(+)
1097668.BYI23_A020420	(+)
1097668.BYI23_A003770	(+)
1097668.BYI23_A017870	(+)
1097668.BYI23_C006290	(+)
1097668.BYI23_A024130	(+)
1097668.BYI23_A006650	(+)
1097668.BYI23_C006830	(+)
1097668.BYI23_B000710	(+)
1097668.BYI23_A004720	(+)
1097668.BYI23_A002190	(+)
1097668.BYI23_A016100	(+)
1097668.BYI23_A019450	(+)
1097668.BYI23_A017500	(+)
1097668.BYI23_A025600	(+)
1097668.BYI23_A021630	(+)
1097668.BYI23_C008220	(+)
1097668.BYI23_B014930	(+)
1097668.BYI23_A016590	(+)
1097668.BYI23_A008700	(+)
1097668.BYI23_C012490	(+)
1097668.BYI23_B007070	(+)
1097668.BYI23_A009880	(+)
1097668.BYI23_B009940	(+)
1097668.BYI23_A003840	(+)
1097668.BYI23_C001960	(+)
1097668.BYI23_A011470	(+)
1097668.BYI23_B010440	(+)
1097668.BYI23_A001690	(+)
1097668.BYI23_A027470	(+)
1097668.BYI23_A011800	(+)
1097668.BYI23_A018600	(+)
1097668.BYI23_C013290	(+)
1097668.BYI23_B001220	(+)
1097668.BYI23_B010580	(+)
1097668.BYI23_B010850	(+)
1097668.BYI23_B000840	(+)
1097668.BYI23_B006870	(+)
1097668.BYI23_A023900	(+)
1097668.BYI23_A003310	(+)
1097668.BYI23_C008480	(+)
1097668.BYI23_A019530	(+)
1097668.BYI23_A006130	(+)
1097668.BYI23_A006420	(+)
1097668.BYI23_A021440	(+)
1097668.BYI23_A017750	(+)
1097668.BYI23_A002420	(+)
1097668.BYI23_B004020	(+)
1097668.BYI23_A023920	(+)
1097668.BYI23_B008530	(+)
1097668.BYI23_A003330	(+)
1097668.BYI23_A024600	(+)
1097668.BYI23_A001650	(+)
1097668.BYI23_B002400	(+)
1097668.BYI23_B002540	(+)
1097668.BYI23_A015070	(+)
1097668.BYI23_B015390	(+)
1097668.BYI23_A005140	(+)
1097668.BYI23_B011380	(+)
1097668.BYI23_A014200	(+)
1097668.BYI23_B000610	(+)
1097668.BYI23_A022100	(+)
1097668.BYI23_B011240	(+)
1097668.BYI23_A008070	(+)
1097668.BYI23_A016220	(+)
1097668.BYI23_B009690	(+)
1097668.BYI23_C009010	(+)
1097668.BYI23_B011010	(+)
1097668.BYI23_B009410	(+)
1097668.BYI23_C001010	(+)
1097668.BYI23_A021830	(+)
1097668.BYI23_B005220	(+)
1097668.BYI23_B011820	(+)
1097668.BYI23_A025840	(+)
1097668.BYI23_A017470	(+)
1097668.BYI23_A001850	(+)
1097668.BYI23_A002560	(+)
1097668.BYI23_B001730	(+)
1097668.BYI23_C010360	(+)
1097668.BYI23_B005410	(+)
1097668.BYI23_A020950	(+)
1097668.BYI23_C005930	+
1097668.BYI23_A001130	(+)
1097668.BYI23_B010340	(+)
1097668.BYI23_C003090	(+)
1097668.BYI23_A023450	(+)
1097668.BYI23_A022320	(+)
1097668.BYI23_A025860	(+)
1097668.BYI23_A013970	(+)				not used
1097668.BYI23_A001090	(+)
1097668.BYI23_C001750	(+)
1097668.BYI23_B010560	(+)
1097668.BYI23_B008650	(+)
1097668.BYI23_A017200	(+)
1097668.BYI23_A016260	(+)
1097668.BYI23_C006240	(+)
1097668.BYI23_C001230	(+)
1097668.BYI23_A000570	(+)
1097668.BYI23_B015250	(+)
1097668.BYI23_C011390	(+)
1097668.BYI23_B002480	(+)
1097668.BYI23_B003280	(+)
1097668.BYI23_A020210	(+)
1097668.BYI23_B003750	(+)
1097668.BYI23_B004360	(+)
1097668.BYI23_A003210	(+)
1097668.BYI23_A019590	(+)
1097668.BYI23_C006480	(+)
1097668.BYI23_A021530	(+)
1097668.BYI23_B010930	(+)
1097668.BYI23_C011960	(+)
1097668.BYI23_C000940	(+)
1097668.BYI23_A003900	(+)
1097668.BYI23_A009110	(+)
1097668.BYI23_B011180	(+)
1097668.BYI23_B002110	(+)
1097668.BYI23_B010910	(+)
1097668.BYI23_A006780	(+)
1097668.BYI23_A024520	(+)
1097668.BYI23_C007110	(+)
1097668.BYI23_A019000	(+)
1097668.BYI23_A018710	(+)
1097668.BYI23_B009140	(+)
1097668.BYI23_A026560	(+)
1097668.BYI23_A012410	(+)
1097668.BYI23_A007140	(+)
1097668.BYI23_A025660	(+)
1097668.BYI23_C012170	(+)
1097668.BYI23_A013280	(+)
1097668.BYI23_B001680	(+)
1097668.BYI23_A000040	(+)
1097668.BYI23_C005190	(+)
1097668.BYI23_C005770	(+)
1097668.BYI23_C003290	(+)
1097668.BYI23_B012280	(+)
1097668.BYI23_B003200	(+)
1097668.BYI23_C002860	(+)
1097668.BYI23_B014840	(+)
1097668.BYI23_B001980	(+)
1097668.BYI23_C000710	(+)
1097668.BYI23_A023710	(+)
1097668.BYI23_B000170	(+)
1097668.BYI23_B008360	(+)
1097668.BYI23_A012450	(+)
1097668.BYI23_A025070	(+)
1097668.BYI23_C009120	(+)
1097668.BYI23_C008740	(+)
1097668.BYI23_B009790	(+)
1097668.BYI23_A027350	(+)
1097668.BYI23_A004230	(+)
1097668.BYI23_B008770	(+)
1097668.BYI23_B008110	(+)
1097668.BYI23_A022900	(+)
1097668.BYI23_A013130	(+)
1097668.BYI23_B006370	(+)
1097668.BYI23_A005000	(+)
1097668.BYI23_A020410	(+)
1097668.BYI23_C004850	(+)
1097668.BYI23_B012320	(+)
1097668.BYI23_A011130	(+)
1097668.BYI23_B005550	(+)
1097668.BYI23_A006250	(+)
1097668.BYI23_A005930	(+)
1097668.BYI23_A015210	(+)
1097668.BYI23_B003810	(+)
1097668.BYI23_C007990	(+)
1097668.BYI23_C011720	(+)
1097668.BYI23_A014350	(+)
1097668.BYI23_B004150	(+)
1097668.BYI23_A010980	(+)
1097668.BYI23_A022940	(+)
1097668.BYI23_A003720	(+)
1097668.BYI23_B003520	(+)
1097668.BYI23_C011090	(+)
1097668.BYI23_B009470	(+)
1097668.BYI23_A006600	(+)
1097668.BYI23_A009950	(+)
1097668.BYI23_C003210	(+)
1097668.BYI23_C000230	(+)
1097668.BYI23_A015020	(+)
1097668.BYI23_A010470	(+)
1097668.BYI23_B009590	(+)
1097668.BYI23_A022210	(+)
1097668.BYI23_C006650	(+)
1097668.BYI23_B013160	(+)
1097668.BYI23_A001740	(+)
1097668.BYI23_C012860	(+)
1097668.BYI23_C009330	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 2.75 (22/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================