Metamenu

Effective results for Aeromonas veronii B565 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 449
- Predicted by EffectiveT3: 142 (high confidence), 216 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 20 within, 21 before, 39 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 14 eukaryotic-like domains, contained in 21 proteins (3 high, 18 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
998088.B565_0850PF02010 (PF08329)ER
998088.B565_0852PF02010 (PF08329)ER
998088.B565_1812+mitochondrial
998088.B565_2714(>)ER
998088.B565_0529(>)ER
998088.B565_2507+(mitochondrial)
998088.B565_2890(>)ER
998088.B565_3904+(mitochondrial)
998088.B565_2083(>)(ER)
998088.B565_2465+ER
998088.B565_0643+mitochondrial
998088.B565_3610(>)ER
998088.B565_2693(>)ER
998088.B565_3626(PF01117)ER
998088.B565_3482(>)ER
998088.B565_0115(>)ER
998088.B565_0371(>)(mitochondrial)
998088.B565_1549(<)ER
998088.B565_0893+ER
998088.B565_0145(>)ER
998088.B565_1057(>)(ER); ER
998088.B565_1056+(mitochondrial); (plastid)
998088.B565_2013(PF03222)(ER)
998088.B565_1925+ER
998088.B565_0853+(PF10462)(plastid)
998088.B565_3297+ER
998088.B565_1911(>)ER
998088.B565_1009+ER
998088.B565_2963+ER
998088.B565_2118+ER
998088.B565_0058(>)(ER)
998088.B565_0269(<)ER
998088.B565_0517+(ER); ER
998088.B565_0604(>)ER
998088.B565_0994(>)ER
998088.B565_1047(>)mitochondrial
998088.B565_2519+(ER)
998088.B565_2135(+)(ER); (plastid)
998088.B565_2717(+)(ER)
998088.B565_3288(>)(mitochondrial)
998088.B565_0066(+)(mitochondrial); (plastid)
998088.B565_0392(+)ER
998088.B565_2472(>)(ER)
998088.B565_0836(+)(mitochondrial); (plastid)
998088.B565_1758(+)(mitochondrial)
998088.B565_0909+(mitochondrial)
998088.B565_2082+(plastid)
998088.B565_0051(+)(mitochondrial)
998088.B565_0821+(>)
998088.B565_0222(>)(ER)
998088.B565_2068(<)(mitochondrial)
998088.B565_3136(+)(mitochondrial)
998088.B565_0217+(mitochondrial)
998088.B565_3823(+)mitochondrial; (mitochondrial)
998088.B565_2200+(plastid)
998088.B565_1373(>)(mitochondrial)
998088.B565_1892+(plastid)
998088.B565_2609(+)ER
998088.B565_2030+(PF03222)
998088.B565_3148(>)(plastid)
998088.B565_1313+(ER)
998088.B565_3360(+)ER
998088.B565_1947(+)ER
998088.B565_3565+(PF03222)
998088.B565_2153+(mitochondrial)
998088.B565_3174(+)ER
998088.B565_0552+(mitochondrial)
998088.B565_3692(>)(ER)
998088.B565_2176+(ER)
998088.B565_1461+(plastid)
998088.B565_1467+(plastid)
998088.B565_1324(+)mitochondrial; (mitochondrial)
998088.B565_2638(+)ER; (ER)
998088.B565_1468(>)(ER)
998088.B565_0431(+)ER
998088.B565_2104+
998088.B565_0968(+)ER; (ER)
998088.B565_1870+(plastid)
998088.B565_0474(+)ER
998088.B565_2608(>)(plastid)
998088.B565_3723(+)(ER); (plastid)
998088.B565_0891+(mitochondrial)
998088.B565_2297(+)(mitochondrial)
998088.B565_2387+
998088.B565_2380(>)
998088.B565_1654(+)(plastid)
998088.B565_2958+
998088.B565_3899+
998088.B565_1816+
998088.B565_2130+
998088.B565_3478+
998088.B565_3471+
998088.B565_2165+
998088.B565_0071+
998088.B565_1251+
998088.B565_0493+
998088.B565_4011+
998088.B565_0254+
998088.B565_0250+
998088.B565_0661+
998088.B565_1626(<)
998088.B565_3862+
998088.B565_2247(<)
998088.B565_1530(<)
998088.B565_0268+
998088.B565_2094(PF10013)not used
998088.B565_2474+
998088.B565_2471(+)(mitochondrial)
998088.B565_4006(<)
998088.B565_1756(<)
998088.B565_2640+
998088.B565_0471+
998088.B565_3606+
998088.B565_2462+
998088.B565_2460+
998088.B565_3021+
998088.B565_0640+
998088.B565_3840+
998088.B565_3953+
998088.B565_3591+
998088.B565_0825(+)(plastid)
998088.B565_0824+
998088.B565_3932+
998088.B565_1996+
998088.B565_1403+
998088.B565_2698+
998088.B565_3101+
998088.B565_2525+
998088.B565_0353(<)
998088.B565_0359+
998088.B565_1777+
998088.B565_1177(+)(mitochondrial)
998088.B565_2859+
998088.B565_2988(<)
998088.B565_0587+
998088.B565_3583+
998088.B565_3589(+)(plastid)
998088.B565_0691+
998088.B565_3923+
998088.B565_2667+
998088.B565_2060+
998088.B565_3625+
998088.B565_1343+
998088.B565_1185+
998088.B565_2536+
998088.B565_3311+
998088.B565_1762+
998088.B565_1161(+)(mitochondrial)
998088.B565_3820+
998088.B565_0057+
998088.B565_1576(+)(plastid)
998088.B565_1579(>)
998088.B565_0680+
998088.B565_1880+
998088.B565_2059+
998088.B565_3643+
998088.B565_1518+
998088.B565_0116+
998088.B565_0201(+)(mitochondrial); not used
998088.B565_3011(PF03222)
998088.B565_1084PF05203
998088.B565_3300(>)
998088.B565_2836+
998088.B565_2830(PF09825)
998088.B565_3839+
998088.B565_3838(<)
998088.B565_1568(PF14824)
998088.B565_3941+
998088.B565_0780(>)
998088.B565_0789+
998088.B565_1960(>)
998088.B565_2301+
998088.B565_2041+
998088.B565_1367+
998088.B565_0276+
998088.B565_0414+
998088.B565_1140(+)(PF01490)
998088.B565_2823+
998088.B565_2820(+)(<)
998088.B565_0576+
998088.B565_3975+
998088.B565_2143(<)
998088.B565_0175+
998088.B565_3787+
998088.B565_2810+
998088.B565_0894+
998088.B565_1547+
998088.B565_1439(>)
998088.B565_3562(+)(ER)
998088.B565_2790+
998088.B565_2154+
998088.B565_3179(+)+
998088.B565_0141(+)(ER)
998088.B565_3773(+)+
998088.B565_2773+
998088.B565_3685+
998088.B565_2576+
998088.B565_2578+
998088.B565_1120(<)
998088.B565_2803+
998088.B565_1930+
998088.B565_1595+
998088.B565_1844+
998088.B565_0941+
998088.B565_0151(PF03222)
998088.B565_3762(PF10063)
998088.B565_0089(PF14824)
998088.B565_0335+
998088.B565_0333+
998088.B565_1204(<)
998088.B565_3189(<)
998088.B565_3344+
998088.B565_1113(>)
998088.B565_0420+
998088.B565_1231(>)
998088.B565_2903+
998088.B565_0633(PF14824)
998088.B565_0635+
998088.B565_1455(+)(plastid)
998088.B565_1452+
998088.B565_2348+
998088.B565_1681(+)(plastid)
998088.B565_1927+
998088.B565_2508+
998088.B565_3508+
998088.B565_1321+
998088.B565_2596+
998088.B565_1213+
998088.B565_2633+
998088.B565_1104+
998088.B565_0452(PF05706)
998088.B565_0533+
998088.B565_1662+
998088.B565_0629(+)(ER)
998088.B565_3539+
998088.B565_1862+
998088.B565_1480+
998088.B565_2610+
998088.B565_2616+
998088.B565_2304(+)+
998088.B565_2724(+)(ER)
998088.B565_1267+
998088.B565_2438(PF13910)
998088.B565_0446+
998088.B565_1241(+)(mitochondrial)
998088.B565_1630(+)(mitochondrial)
998088.B565_3876(+)(ER)
998088.B565_2921(>)
998088.B565_2929(+)(plastid)
998088.B565_1905+
998088.B565_1874+
998088.B565_3742+
998088.B565_3736(>)
998088.B565_2857+
998088.B565_2603+
998088.B565_2601+
998088.B565_2604+
998088.B565_3642(PF01902)
998088.B565_2969+
998088.B565_1391(>)
998088.B565_0515(<)
998088.B565_2939(+)(plastid)
998088.B565_0858(>)
998088.B565_1649+
998088.B565_3452(<)
998088.B565_2128+
998088.B565_3725+
998088.B565_1848(>)
998088.B565_3094(<)
998088.B565_2704(PF01902)
998088.B565_1246(<)
998088.B565_0463+
998088.B565_0468+
998088.B565_1563+
998088.B565_1024(<)
998088.B565_0671+
998088.B565_2000+
998088.B565_2627(+)
998088.B565_0074(+)not used
998088.B565_3662(+)
998088.B565_3284(+)
998088.B565_3860(+)
998088.B565_2395(+)
998088.B565_2396(+)
998088.B565_2398(+)
998088.B565_2241(+)
998088.B565_2244(+)
998088.B565_0936(+)
998088.B565_0939(+)
998088.B565_0063(+)
998088.B565_0062(+)
998088.B565_1436(+)
998088.B565_0395(+)
998088.B565_0482(+)
998088.B565_0243(+)
998088.B565_0244(+)
998088.B565_1280(+)
998088.B565_2898(+)
998088.B565_1757(+)
998088.B565_0729(+)
998088.B565_2517(+)
998088.B565_3184(+)
998088.B565_3909(+)
998088.B565_2642(+)
998088.B565_3028(+)
998088.B565_1671(+)
998088.B565_2885(+)
998088.B565_1602(+)
998088.B565_1605(+)
998088.B565_1519(+)
998088.B565_1992(+)
998088.B565_2077(+)
998088.B565_0001(+)
998088.B565_0056(+)
998088.B565_0130(+)
998088.B565_3108(+)
998088.B565_1190(+)
998088.B565_0229(+)
998088.B565_2863(+)
998088.B565_2860(+)
998088.B565_2856(+)
998088.B565_3854(+)
998088.B565_0586(+)
998088.B565_3584(+)
998088.B565_2219(+)
998088.B565_2213(+)
998088.B565_2061(+)
998088.B565_1454(+)
998088.B565_0032(+)
998088.B565_1385(+)
998088.B565_1760(+)
998088.B565_0750(+)
998088.B565_3828(+)
998088.B565_3829(+)
998088.B565_2990(+)
998088.B565_2998(+)
998088.B565_2206(+)
998088.B565_2006(+)
998088.B565_3637(+)
998088.B565_0029(+)
998088.B565_0025(+)
998088.B565_0110(+)
998088.B565_0117(+)not used
998088.B565_2549(+)
998088.B565_3015(+)
998088.B565_1086(+)
998088.B565_1082(+)
998088.B565_1154(+)
998088.B565_1159(+)
998088.B565_0763(+)
998088.B565_2833(+)
998088.B565_3832(+)
998088.B565_3831(+)
998088.B565_1898(+)
998088.B565_1891(+)
998088.B565_1412(+)
998088.B565_1416(+)
998088.B565_3792(+)
998088.B565_2551(+)
998088.B565_3373(+)
998088.B565_2825(+)
998088.B565_2225(+)
998088.B565_1553(+)
998088.B565_2243(+)
998088.B565_2242(+)
998088.B565_3974(+)
998088.B565_1532(+)
998088.B565_1956(+)
998088.B565_1951(+)
998088.B565_2318(+)
998088.B565_3445(+)
998088.B565_3784(+)
998088.B565_1319(+)
998088.B565_3362(+)
998088.B565_0318(+)
998088.B565_0316(+)
998088.B565_3213(+)
998088.B565_0401(+)
998088.B565_2812(+)
998088.B565_1546(+)
998088.B565_2659(+)
998088.B565_2367(+)
998088.B565_2028(+)
998088.B565_3567(+)
998088.B565_3173(+)
998088.B565_3778(+)
998088.B565_3777(+)
998088.B565_2482(+)
998088.B565_2575(+)
998088.B565_2579(+)
998088.B565_3353(+)
998088.B565_0553(+)
998088.B565_0889(+)
998088.B565_3997(+)
998088.B565_2370(+)
998088.B565_3510(+)
998088.B565_3511(+)
998088.B565_3161(+)
998088.B565_3765(+)
998088.B565_2589(+)
998088.B565_1206(+)
998088.B565_2908(+)
998088.B565_1453(+)
998088.B565_2349(+)
998088.B565_0987(+)
998088.B565_3504(+)
998088.B565_2175(+)
998088.B565_2319(+)
998088.B565_3292(+)
998088.B565_0189(+)
998088.B565_1100(+)
998088.B565_1664(+)
998088.B565_1072(+)
998088.B565_1074(+)
998088.B565_0623(+)
998088.B565_0762(+)
998088.B565_3536(+)
998088.B565_3534(+)
998088.B565_2103(+)
998088.B565_3406(+)
998088.B565_1249(+)
998088.B565_0440(+)
998088.B565_0509(+)
998088.B565_2922(+)
998088.B565_1715(+)
998088.B565_1540(+)
998088.B565_0879(+)
998088.B565_1871(+)
998088.B565_2119(+)
998088.B565_0290(+)
998088.B565_3276(+)
998088.B565_0264(+)
998088.B565_1272(+)
998088.B565_1279(+)
998088.B565_3066(+)
998088.B565_2289(+)
998088.B565_1550(+)
998088.B565_1648(+)
998088.B565_1802(+)
998088.B565_0774(+)
998088.B565_2634(+)
998088.B565_2635(+)
998088.B565_2824(+)
998088.B565_2442(+)
998088.B565_2707(+)
998088.B565_2416(+)
998088.B565_2412(+)
998088.B565_3072(+)
998088.B565_1731(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.5 (4/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================