Effective results for Pseudomonas putida GB-1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 721
- Predicted by EffectiveT3: 209 (high confidence), 316 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 19 within, 20 before, 39 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 111
- Predicted by EffectiveELD: 13 eukaryotic-like domains, contained in 55 proteins (0 high, 55 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
76869.PputGB1_1415		(<)			ER
76869.PputGB1_2851				(PF06039)	ER
76869.PputGB1_0343		+			(ER); (mitochondrial)
76869.PputGB1_2115		(>)			ER
76869.PputGB1_4443		+			ER
76869.PputGB1_3781	+				(ER)
76869.PputGB1_2048				(PF11162)	ER
76869.PputGB1_2046			+		ER
76869.PputGB1_4141				(PF06039)	ER
76869.PputGB1_4146				(PF13488)	ER
76869.PputGB1_0375				(PF06293)	(ER)
76869.PputGB1_3257	+				(ER)
76869.PputGB1_2456			+		(ER); (mitochondrial)
76869.PputGB1_5402			+		ER
76869.PputGB1_5081				(PF00324)	(mitochondrial)
76869.PputGB1_0812				(PF13488)	ER
76869.PputGB1_3873		(>)			ER
76869.PputGB1_0551		+			mitochondrial
76869.PputGB1_4122			+		ER
76869.PputGB1_0481		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
76869.PputGB1_2507			+		ER
76869.PputGB1_1562	+				ER
76869.PputGB1_1387			+		ER
76869.PputGB1_4116			+		ER
76869.PputGB1_0126		(<)			ER
76869.PputGB1_3349			+		ER
76869.PputGB1_3049		(>)			ER
76869.PputGB1_1446		(>)			ER
76869.PputGB1_1943			+		ER
76869.PputGB1_2395				(PF01852)	ER
76869.PputGB1_2375			+		mitochondrial
76869.PputGB1_0024			+		ER
76869.PputGB1_0629			+		ER
76869.PputGB1_0371		+			ER
76869.PputGB1_4499		(<)			ER
76869.PputGB1_0841		(>)			ER; (ER)
76869.PputGB1_3147			+		ER
76869.PputGB1_1274		(>)			(ER)
76869.PputGB1_0704	+				(ER)
76869.PputGB1_2340	+				(mitochondrial); plastid
76869.PputGB1_2089		(>)			mitochondrial; (ER)
76869.PputGB1_2285			+		(ER)
76869.PputGB1_0280				(PF13488)	ER
76869.PputGB1_2924		(>)			ER
76869.PputGB1_0047			+		ER
76869.PputGB1_0042	+				ER
76869.PputGB1_3942	+				(mitochondrial); plastid
76869.PputGB1_3766				(PF01852)	ER
76869.PputGB1_0434		+			(ER); ER
76869.PputGB1_2587				(PF00324)	ER
76869.PputGB1_1616			+		ER; (ER)
76869.PputGB1_0615				(PF07678)	ER
76869.PputGB1_0059			+		mitochondrial; (mitochondrial)
76869.PputGB1_2240			+		ER
76869.PputGB1_2925			+		ER
76869.PputGB1_1133			+		(ER); (plastid)
76869.PputGB1_0263		(>)			ER
76869.PputGB1_0668			+		ER
76869.PputGB1_1911	+				(mitochondrial)
76869.PputGB1_3564				(PF13488)	ER
76869.PputGB1_3733		(>)			ER
76869.PputGB1_0955		(>)			(mitochondrial)
76869.PputGB1_4570			+		ER
76869.PputGB1_2257				(PF13582)	ER
76869.PputGB1_2920			+		ER
76869.PputGB1_2929			+		ER
76869.PputGB1_3905		(>)			ER
76869.PputGB1_4195			+		ER
76869.PputGB1_1378		+			ER
76869.PputGB1_3997	(+)	(>)			(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_2139			+		mitochondrial
76869.PputGB1_4732			+		ER
76869.PputGB1_1661				(PF06039)	ER
76869.PputGB1_5167	+				(mitochondrial)
76869.PputGB1_5163			+		(mitochondrial)
76869.PputGB1_0330			+		ER
76869.PputGB1_4064		+			ER
76869.PputGB1_5354	+				(ER)
76869.PputGB1_1093			+		ER
76869.PputGB1_4221			+		ER
76869.PputGB1_3686			+		ER
76869.PputGB1_3025			+		ER
76869.PputGB1_0060			+		ER
76869.PputGB1_2464			+		ER
76869.PputGB1_0355	+				mitochondrial
76869.PputGB1_2510		+			ER
76869.PputGB1_4891				(PF11162)	ER
76869.PputGB1_1880			+		ER
76869.PputGB1_1885	+				(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_3529	(+)				mitochondrial
76869.PputGB1_2121	+				plastid
76869.PputGB1_3520	+	(<)
76869.PputGB1_1665	(+)				(ER)
76869.PputGB1_1414	+				(plastid)
76869.PputGB1_0169	+				(plastid)
76869.PputGB1_1838	+				plastid
76869.PputGB1_3816	+				(ER)
76869.PputGB1_3679	+			(PF00324)
76869.PputGB1_3252	+			(PF00324)
76869.PputGB1_3070	(+)				(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_5089	(+)				(ER)
76869.PputGB1_3488		+			(ER)
76869.PputGB1_1963	(+)				ER
76869.PputGB1_0392	+		+
76869.PputGB1_3875	+			(PF02133)
76869.PputGB1_3056	(+)				ER; (ER)
76869.PputGB1_3126	(+)				ER
76869.PputGB1_4080	(+)				ER; (ER)
76869.PputGB1_1369		(<)			(mitochondrial)
76869.PputGB1_0944		(<)	+
76869.PputGB1_2977	(+)				mitochondrial; (plastid)
76869.PputGB1_2575		+
76869.PputGB1_1272	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_3315	+				(plastid)
76869.PputGB1_4001				(PF00324)	(ER)
76869.PputGB1_0039		(<)			(mitochondrial)
76869.PputGB1_1005	(+)				(ER)
76869.PputGB1_3939	+				plastid
76869.PputGB1_3621	+				(plastid)
76869.PputGB1_4594	+				(plastid)
76869.PputGB1_1558	(+)		+		(plastid)
76869.PputGB1_1553	(+)				ER; (mitochondrial)
76869.PputGB1_0198	(+)				mitochondrial
76869.PputGB1_2298		(>)			(plastid)
76869.PputGB1_5261	+				(ER)
76869.PputGB1_4287	(+)				ER; (ER)
76869.PputGB1_3951	+				plastid
76869.PputGB1_0377	(+)				ER
76869.PputGB1_3084	+				(mitochondrial)
76869.PputGB1_0405	+				(ER)
76869.PputGB1_2109			+		ER
76869.PputGB1_2038	+			(PF00324)
76869.PputGB1_2252	+			(PF02133)
76869.PputGB1_1854	(+)				(ER)
76869.PputGB1_5003	(+)				mitochondrial
76869.PputGB1_4197	(+)				(ER)
76869.PputGB1_0416	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_5027	+				(ER)
76869.PputGB1_4974	+			(PF02133)
76869.PputGB1_3407			+		(mitochondrial)
76869.PputGB1_0313	+				plastid
76869.PputGB1_2267	+			(PF02133)
76869.PputGB1_0792				(PF06039)	(ER)
76869.PputGB1_1063	+				(plastid)
76869.PputGB1_4816		(>)	+
76869.PputGB1_2877	(+)				mitochondrial
76869.PputGB1_5229	+				(plastid)
76869.PputGB1_1892	+				(plastid)
76869.PputGB1_0957		(>)			(mitochondrial)
76869.PputGB1_2665			+		(mitochondrial)
76869.PputGB1_1465	(+)				ER; mitochondrial
76869.PputGB1_4896	+			(PF00324)
76869.PputGB1_4392	(+)				(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_4301	+				(mitochondrial)
76869.PputGB1_1112		(>)
76869.PputGB1_3236	+
76869.PputGB1_3237	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_3838		(>)
76869.PputGB1_3524	+
76869.PputGB1_4438	+
76869.PputGB1_3302	+
76869.PputGB1_3659	+
76869.PputGB1_0918	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_3018	+
76869.PputGB1_4541	+
76869.PputGB1_3682	+
76869.PputGB1_3232	+
76869.PputGB1_4969	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_2727	+
76869.PputGB1_2475	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_0244	+
76869.PputGB1_5347	+
76869.PputGB1_2070			+
76869.PputGB1_2073	+
76869.PputGB1_2072	+
76869.PputGB1_1326	+
76869.PputGB1_1253	+
76869.PputGB1_4384	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_3510	+
76869.PputGB1_1741		(<)
76869.PputGB1_1747		(<)
76869.PputGB1_5375	+
76869.PputGB1_5379	+
76869.PputGB1_5378	+
76869.PputGB1_4936			+
76869.PputGB1_3225	+
76869.PputGB1_3224	+
76869.PputGB1_3228		+
76869.PputGB1_0901	+
76869.PputGB1_0907	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_4823		(>)
76869.PputGB1_2629	+
76869.PputGB1_4115	+
76869.PputGB1_1628			+
76869.PputGB1_2533	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_1624			+
76869.PputGB1_4766	+
76869.PputGB1_0113	+
76869.PputGB1_5090	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_2588		(<)
76869.PputGB1_4744			+
76869.PputGB1_4924		(>)
76869.PputGB1_0374				(PF06293)
76869.PputGB1_3676	+
76869.PputGB1_2233	+
76869.PputGB1_0804		+
76869.PputGB1_3102			+
76869.PputGB1_3100				(PF02133)
76869.PputGB1_2186		(>)
76869.PputGB1_2180	+
76869.PputGB1_4885	+
76869.PputGB1_2586	+
76869.PputGB1_1439	+
76869.PputGB1_5405	(+)		+
76869.PputGB1_0743	(+)			(PF02133)
76869.PputGB1_0581		(<)
76869.PputGB1_0742	+
76869.PputGB1_0566	+
76869.PputGB1_0109	+
76869.PputGB1_4913			+
76869.PputGB1_1834	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_1968	+
76869.PputGB1_3660	+				not used
76869.PputGB1_1789			+
76869.PputGB1_0810	+
76869.PputGB1_0817	(+)	(<)
76869.PputGB1_0816		(<)
76869.PputGB1_0818			+
76869.PputGB1_3110	+
76869.PputGB1_3688	+
76869.PputGB1_4183	+
76869.PputGB1_5039	+
76869.PputGB1_4975	+
76869.PputGB1_1518	+
76869.PputGB1_1778				(PF02133)
76869.PputGB1_5325	+
76869.PputGB1_4872	+
76869.PputGB1_4874	+
76869.PputGB1_3581	+
76869.PputGB1_3296	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_3299	+
76869.PputGB1_3725	+
76869.PputGB1_1869			+
76869.PputGB1_0282	+
76869.PputGB1_2549	+
76869.PputGB1_2543	+
76869.PputGB1_1567		(<)
76869.PputGB1_1565	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_2946	+
76869.PputGB1_5333	+
76869.PputGB1_5330			+
76869.PputGB1_1386	+
76869.PputGB1_1389	+
76869.PputGB1_4110		(>)
76869.PputGB1_4111	+
76869.PputGB1_4114	(+)			(PF00324)
76869.PputGB1_4803	+
76869.PputGB1_4483				(PF06293)
76869.PputGB1_3285	+
76869.PputGB1_0831			+
76869.PputGB1_3138		(>)
76869.PputGB1_2692		+
76869.PputGB1_2713	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_2405	+
76869.PputGB1_2394				(PF00324)
76869.PputGB1_2396	+
76869.PputGB1_0111	+
76869.PputGB1_2979	+
76869.PputGB1_1717	+
76869.PputGB1_0158	+
76869.PputGB1_0623			+
76869.PputGB1_2950	+
76869.PputGB1_0442	(+)	(>)
76869.PputGB1_4814	+
76869.PputGB1_4811	+
76869.PputGB1_3637				(PF02133)
76869.PputGB1_0847		(>)
76869.PputGB1_3140	+
76869.PputGB1_1719			+
76869.PputGB1_3347	(+)		+
76869.PputGB1_4746			+
76869.PputGB1_2380	(+)		+
76869.PputGB1_2706	+
76869.PputGB1_2968	+
76869.PputGB1_5285	+
76869.PputGB1_2565	+
76869.PputGB1_2564		(>)
76869.PputGB1_0705	+
76869.PputGB1_1725	+
76869.PputGB1_0631	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_0450		(<)
76869.PputGB1_4326		+
76869.PputGB1_4624	+
76869.PputGB1_3440	+
76869.PputGB1_0533	+
76869.PputGB1_3933	+
76869.PputGB1_3790	+
76869.PputGB1_3936	+
76869.PputGB1_4538	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_3152	+
76869.PputGB1_2179				(PF00324)
76869.PputGB1_2779	+
76869.PputGB1_5272	+
76869.PputGB1_3824			+
76869.PputGB1_0735	+
76869.PputGB1_2826	+
76869.PputGB1_0281	+
76869.PputGB1_0286		(>)
76869.PputGB1_1737	+
76869.PputGB1_1735		(<)
76869.PputGB1_0045			+
76869.PputGB1_0992	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_3941	+
76869.PputGB1_1441	+
76869.PputGB1_3098				(PF00324)
76869.PputGB1_3763	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_3384	+
76869.PputGB1_3363	+
76869.PputGB1_3901	+
76869.PputGB1_0230	+
76869.PputGB1_1726	+
76869.PputGB1_0506			+
76869.PputGB1_1670		(>)
76869.PputGB1_2166		(<)
76869.PputGB1_3922	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_2764			+
76869.PputGB1_2762				(PF01129)
76869.PputGB1_2299	+
76869.PputGB1_0727			+
76869.PputGB1_2837	+
76869.PputGB1_2836	+
76869.PputGB1_0372				(PF06293)
76869.PputGB1_0619			+
76869.PputGB1_4021		(>)
76869.PputGB1_5176	+
76869.PputGB1_4353				(PF00324)
76869.PputGB1_4604	+
76869.PputGB1_3550			+
76869.PputGB1_3954		(>)
76869.PputGB1_3950	+
76869.PputGB1_5053	+
76869.PputGB1_3395	+
76869.PputGB1_2241	+
76869.PputGB1_3372				(PF00324)
76869.PputGB1_4199	(+)	(>)
76869.PputGB1_5058			+
76869.PputGB1_3178				(PF11162)
76869.PputGB1_3081	+
76869.PputGB1_4055	+
76869.PputGB1_1658	+				not used
76869.PputGB1_5057			+
76869.PputGB1_1071		(>)
76869.PputGB1_1587		(>)
76869.PputGB1_2349	+
76869.PputGB1_1077	+
76869.PputGB1_0426	+
76869.PputGB1_3400	+
76869.PputGB1_5059	(+)				plastid
76869.PputGB1_0266	+
76869.PputGB1_0669		(>)
76869.PputGB1_1917			+
76869.PputGB1_1916	+
76869.PputGB1_1910	+
76869.PputGB1_4373			+
76869.PputGB1_0062	(+)	+
76869.PputGB1_4270	+
76869.PputGB1_3963	+
76869.PputGB1_5263	+
76869.PputGB1_1976			+
76869.PputGB1_3182	+
76869.PputGB1_2883	+
76869.PputGB1_2227			+
76869.PputGB1_0951			+
76869.PputGB1_2034		+
76869.PputGB1_3908			+
76869.PputGB1_2637	+
76869.PputGB1_1456	+
76869.PputGB1_4589	+
76869.PputGB1_0291	+
76869.PputGB1_0116	+
76869.PputGB1_5242	+
76869.PputGB1_5249	+
76869.PputGB1_4196			+
76869.PputGB1_0201			+
76869.PputGB1_0307	(+)			(PF00324)
76869.PputGB1_4757				(PF05277)
76869.PputGB1_4751			+
76869.PputGB1_3405		(<)
76869.PputGB1_3973				(PF00324)
76869.PputGB1_3971	+
76869.PputGB1_3571				(PF07653)
76869.PputGB1_0689	+
76869.PputGB1_0188	+
76869.PputGB1_4597	+
76869.PputGB1_0779			+
76869.PputGB1_2655	+
76869.PputGB1_2136	+
76869.PputGB1_2642	+
76869.PputGB1_1117	+
76869.PputGB1_2866	+
76869.PputGB1_5344	+
76869.PputGB1_5239			+
76869.PputGB1_0645	+
76869.PputGB1_5166	+
76869.PputGB1_4189				(PF00324)
76869.PputGB1_0339	+
76869.PputGB1_4564	(+)				(mitochondrial)
76869.PputGB1_3983	+
76869.PputGB1_4853	+
76869.PputGB1_0373				(PF06293)
76869.PputGB1_0933				(PF00324)
76869.PputGB1_4928			+
76869.PputGB1_3034	+
76869.PputGB1_3039	+
76869.PputGB1_2518	+
76869.PputGB1_5406		+
76869.PputGB1_1367	+
76869.PputGB1_4164			+
76869.PputGB1_3898	+
76869.PputGB1_2125		(<)
76869.PputGB1_1322		(>)
76869.PputGB1_2786	+
76869.PputGB1_2273	+
76869.PputGB1_2654	(+)			(PF02133)
76869.PputGB1_2305			+
76869.PputGB1_2872				(PF00324)
76869.PputGB1_1652	+
76869.PputGB1_1653	+
76869.PputGB1_1276	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_5224	+
76869.PputGB1_1787	+
76869.PputGB1_4884		(>)
76869.PputGB1_5178		+
76869.PputGB1_4175	+
76869.PputGB1_0252	+
76869.PputGB1_0522			+
76869.PputGB1_0323	+
76869.PputGB1_0320		+
76869.PputGB1_4792			+
76869.PputGB1_3681	+
76869.PputGB1_1100			+
76869.PputGB1_1086			+
76869.PputGB1_0923	+
76869.PputGB1_3409		(>)
76869.PputGB1_0218			+
76869.PputGB1_1482	+
76869.PputGB1_5393	+
76869.PputGB1_2468	+
76869.PputGB1_2466	(+)			(PF13151)
76869.PputGB1_0213	+
76869.PputGB1_2200				(PF00324)
76869.PputGB1_2662	+
76869.PputGB1_1867	(+)			(PF02133)
76869.PputGB1_1792	+
76869.PputGB1_4893				(PF11162)
76869.PputGB1_0681			+
76869.PputGB1_1212	(+)				(plastid)
76869.PputGB1_5346	(+)				plastid
76869.PputGB1_1165		(<)
76869.PputGB1_4099	+
76869.PputGB1_4308	+
76869.PputGB1_4765				(PF00324)
76869.PputGB1_2887			+
76869.PputGB1_4052	+
76869.PputGB1_4236	(+)
76869.PputGB1_3235	(+)
76869.PputGB1_4436	(+)
76869.PputGB1_4233	(+)
76869.PputGB1_0913	(+)
76869.PputGB1_2930	(+)
76869.PputGB1_2219	(+)
76869.PputGB1_3455	(+)
76869.PputGB1_1416	(+)
76869.PputGB1_1411	(+)
76869.PputGB1_1418	(+)
76869.PputGB1_2857	(+)
76869.PputGB1_2854	(+)
76869.PputGB1_1637	(+)
76869.PputGB1_1256	(+)
76869.PputGB1_3307	(+)
76869.PputGB1_0349	(+)
76869.PputGB1_5159	(+)
76869.PputGB1_4207	(+)
76869.PputGB1_4843	(+)
76869.PputGB1_4449	(+)
76869.PputGB1_0909	(+)
76869.PputGB1_3797	(+)
76869.PputGB1_3001	(+)
76869.PputGB1_3000	(+)
76869.PputGB1_1457	(+)
76869.PputGB1_1408	(+)
76869.PputGB1_0651	(+)
76869.PputGB1_2537	(+)
76869.PputGB1_0591	(+)
76869.PputGB1_4741	(+)
76869.PputGB1_4806	(+)
76869.PputGB1_3495	(+)
76869.PputGB1_4216	(+)
76869.PputGB1_3811	(+)
76869.PputGB1_3250	(+)
76869.PputGB1_3258	(+)
76869.PputGB1_0134	(+)
76869.PputGB1_2059	(+)
76869.PputGB1_1278	(+)
76869.PputGB1_0516	(+)
76869.PputGB1_1434	(+)
76869.PputGB1_1187	(+)
76869.PputGB1_1508	(+)
76869.PputGB1_1988	(+)
76869.PputGB1_0745	(+)
76869.PputGB1_1348	(+)
76869.PputGB1_0587	(+)
76869.PputGB1_4044	(+)
76869.PputGB1_1710	(+)
76869.PputGB1_4917	(+)
76869.PputGB1_0589	(+)
76869.PputGB1_1964	(+)
76869.PputGB1_4665	(+)
76869.PputGB1_3661	(+)
76869.PputGB1_3068	(+)
76869.PputGB1_4297	(+)
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76869.PputGB1_4768	(+)
76869.PputGB1_4970	(+)
76869.PputGB1_5381	(+)
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76869.PputGB1_1738	(+)				not used
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76869.PputGB1_0540	(+)
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76869.PputGB1_2347	(+)
76869.PputGB1_2344	(+)
76869.PputGB1_2628	(+)
76869.PputGB1_2939	(+)
76869.PputGB1_1130	(+)
76869.PputGB1_1823	(+)
76869.PputGB1_4372	(+)
76869.PputGB1_5104	(+)
76869.PputGB1_0406	(+)
76869.PputGB1_4720	(+)
76869.PputGB1_3417	(+)
76869.PputGB1_4614	(+)
76869.PputGB1_3346	(+)
76869.PputGB1_1802	(+)
76869.PputGB1_4834	(+)
76869.PputGB1_0959	(+)
76869.PputGB1_3498	(+)
76869.PputGB1_2107	(+)
76869.PputGB1_3999	(+)
76869.PputGB1_2327	(+)
76869.PputGB1_2036	(+)
76869.PputGB1_4354	(+)
76869.PputGB1_1837	(+)
76869.PputGB1_2258	(+)
76869.PputGB1_2631	(+)
76869.PputGB1_2817	(+)
76869.PputGB1_1858	(+)
76869.PputGB1_5245	(+)
76869.PputGB1_0302	(+)
76869.PputGB1_3577	+
76869.PputGB1_3575	(+)
76869.PputGB1_4405	(+)
76869.PputGB1_3756	(+)
76869.PputGB1_5433	(+)
76869.PputGB1_2752	(+)
76869.PputGB1_2132	(+)
76869.PputGB1_4315	(+)
76869.PputGB1_3969	(+)
76869.PputGB1_0508	(+)
76869.PputGB1_1114	(+)
76869.PputGB1_0248	(+)
76869.PputGB1_1206	(+)
76869.PputGB1_4358	(+)
76869.PputGB1_5164	(+)
76869.PputGB1_5165	(+)
76869.PputGB1_1240	(+)
76869.PputGB1_2243	(+)
76869.PputGB1_4606	(+)
76869.PputGB1_4560	(+)
76869.PputGB1_3501	(+)
76869.PputGB1_3695	(+)
76869.PputGB1_3324	(+)
76869.PputGB1_3325	(+)
76869.PputGB1_2965	(+)
76869.PputGB1_4105	(+)
76869.PputGB1_0937	(+)
76869.PputGB1_5252	(+)
76869.PputGB1_2017	(+)
76869.PputGB1_1770	(+)
76869.PputGB1_2788	(+)
76869.PputGB1_0278	(+)
76869.PputGB1_1304	(+)
76869.PputGB1_1786	(+)
76869.PputGB1_1783	(+)
76869.PputGB1_1781	(+)
76869.PputGB1_4887	(+)
76869.PputGB1_4881	(+)
76869.PputGB1_5372	(+)
76869.PputGB1_4313	(+)
76869.PputGB1_0130	(+)
76869.PputGB1_3518	(+)
76869.PputGB1_0635	(+)
76869.PputGB1_0608	(+)
76869.PputGB1_0920	(+)
76869.PputGB1_2318	(+)
76869.PputGB1_3021	(+)
76869.PputGB1_1146	(+)
76869.PputGB1_0958	(+)
76869.PputGB1_4058	(+)
76869.PputGB1_1314	(+)
76869.PputGB1_4964	(+)
76869.PputGB1_3090	(+)
76869.PputGB1_1466	(+)
76869.PputGB1_1793	(+)
76869.PputGB1_4930	(+)
76869.PputGB1_1798	(+)
76869.PputGB1_2263	(+)
76869.PputGB1_1163	(+)
76869.PputGB1_1085	(+)
76869.PputGB1_1928	(+)
76869.PputGB1_0279	(+)
76869.PputGB1_4092	(+)
76869.PputGB1_4300	(+)
76869.PputGB1_4944	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 2.375 (19/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

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EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
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