Effective results for Mesorhizobium ciceri biovar biserrulae WSM1271 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 767
- Predicted by EffectiveT3: 155 (high confidence), 252 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 27 within, 13 before, 43 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 86
- Predicted by EffectiveELD: 36 eukaryotic-like domains, contained in 243 proteins (0 high, 243 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type IV
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
| Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
|---|---|---|---|---|---|
| 765698.Mesci_0159 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3329 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_3401 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3179 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | ER | |||
| 765698.Mesci_5294 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3080 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | ER | |||
| 765698.Mesci_0276 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | ER | |||
| 765698.Mesci_5747 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3392 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2909 | + | (PF13407) | (mitochondrial) | ||
| 765698.Mesci_2657 | (<) | (PF02653) | mitochondrial | ||
| 765698.Mesci_2183 | (PF00050) (PF07648) | ER | |||
| 765698.Mesci_2616 | + | (PF13407) | ER | ||
| 765698.Mesci_1067 | + | (PF13407) | ER | ||
| 765698.Mesci_0279 | (PF08669) (PF01571) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_5336 | + | (PF02653) | ER | ||
| 765698.Mesci_0575 | + | (PF02653) | ER | ||
| 765698.Mesci_1937 | + | (>) | (mitochondrial); plastid | ||
| 765698.Mesci_0304 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_2271 | (>) | ER | |||
| 765698.Mesci_5959 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_4946 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_0493 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_0492 | (PF13407) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_5976 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_4315 | (PF04828) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_3570 | + | (PF04828) | (plastid) | ||
| 765698.Mesci_0286 | (PF02653) | ER; (ER) | |||
| 765698.Mesci_0287 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_4591 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_1422 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_4298 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_4295 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_4296 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_4335 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_3553 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_6031 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_5409 | (PF02653) | ER; (ER) | |||
| 765698.Mesci_1098 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_2011 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_5171 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5170 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_3955 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_5235 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_0967 | (PF06764) | ER | |||
| 765698.Mesci_4439 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 765698.Mesci_4438 | (PF16387) | ER | |||
| 765698.Mesci_0193 | (PF07978) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_2051 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_2050 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_1794 | (PF02608) | ER | |||
| 765698.Mesci_2689 | (PF13407) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_4532 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_5245 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5244 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_2567 | (PF05990) | ER | |||
| 765698.Mesci_0827 | (PF06764) | ER | |||
| 765698.Mesci_3349 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | ||||
| 765698.Mesci_3340 | (>) | ER | |||
| 765698.Mesci_2379 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_0588 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_0587 | (PF13407) | (ER); ER | |||
| 765698.Mesci_0056 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_2757 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_2759 | (PF02653) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_1052 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_1946 | + | mitochondrial; plastid | |||
| 765698.Mesci_1947 | + | (mitochondrial); plastid | |||
| 765698.Mesci_3016 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_1070 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5389 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_5381 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_5268 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_1360 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_3054 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_4084 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_4470 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_4695 | + | mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_5451 | (>) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_5263 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_5323 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_5116 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_1490 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_5030 | + | (mitochondrial); plastid | |||
| 765698.Mesci_2655 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_2658 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_5945 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5943 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_1682 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_1684 | (PF13407) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_2880 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5301 | (PF02653) | (mitochondrial); plastid | |||
| 765698.Mesci_5303 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_2465 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_2466 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5307 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_2468 | (PF02608) | ER | |||
| 765698.Mesci_2433 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_2245 | (PF04191) | ER | |||
| 765698.Mesci_4360 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_2613 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_0293 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_0292 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_5732 | (<) | ER | |||
| 765698.Mesci_5276 | (>) | ER | |||
| 765698.Mesci_2615 | (PF02653) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3174 | (PF06736) | ER; (ER) | |||
| 765698.Mesci_5344 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5343 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_0707 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3540 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_4743 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_0890 | (PF04191) | mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_4730 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_5600 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_3524 | (PF05990) | ER | |||
| 765698.Mesci_3523 | (PF05990) | ER | |||
| 765698.Mesci_4071 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_4070 | (PF02653) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_3867 | (PF02653) | mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_3866 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_3865 | (PF02608) | ER | |||
| 765698.Mesci_5478 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_2029 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_2026 | (PF02608) | ER | |||
| 765698.Mesci_1830 | (>) | ER | |||
| 765698.Mesci_3296 | (PF06455) | ER | |||
| 765698.Mesci_1297 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_1625 | (PF13407) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2049 | (+) | (PF02653) | mitochondrial; (ER) | ||
| 765698.Mesci_2047 | (PF02608) | ER | |||
| 765698.Mesci_1062 | + | + | (plastid) | ||
| 765698.Mesci_3310 | (PF04191) | ER | |||
| 765698.Mesci_4196 | (PF04191) | ER | |||
| 765698.Mesci_4190 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_1649 | + | (mitochondrial); plastid | |||
| 765698.Mesci_1789 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_3332 | (PF08669) (PF01571) (PF16350) | ||||
| 765698.Mesci_5905 | (+) | + | (mitochondrial); (plastid) | ||
| 765698.Mesci_1099 | (PF02653) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_0646 | (PF06736) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_4921 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_0661 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_0590 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 765698.Mesci_4609 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_0045 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_5234 | (PF02653) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_1124 | (>) | ER | |||
| 765698.Mesci_1726 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_5390 | (PF03088) (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_3029 | (PF03088) (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_3028 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_0558 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_3046 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_5271 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5272 | (PF02653) | mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_0340 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_3185 | (PF13407) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_0576 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_4404 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_4405 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_5137 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_5139 | + | ER | |||
| 765698.Mesci_5450 | + | ER; (ER) | |||
| 765698.Mesci_5745 | + | mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_0513 | (PF13407) | ER | |||
| 765698.Mesci_0511 | (PF02653) | ER | |||
| 765698.Mesci_2473 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_5310 | (PF02653) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_2789 | + | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_5853 | (PF13407) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_4103 | + | (PF01442) | |||
| 765698.Mesci_3835 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_0154 | (>) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_1541 | (PF04752) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_1401 | (>) | + | |||
| 765698.Mesci_2013 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_0718 | (PF00834) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_0433 | (+) | ER | |||
| 765698.Mesci_3149 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2034 | (+) | ER | |||
| 765698.Mesci_2038 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_0779 | + | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_4862 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_3898 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_4840 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_5779 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_1204 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_4551 | (+) | ER | |||
| 765698.Mesci_3691 | + | + | |||
| 765698.Mesci_2378 | + | (PF02653) | |||
| 765698.Mesci_5690 | (PF05034) (PF07476) | ||||
| 765698.Mesci_4805 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_1941 | + | plastid | |||
| 765698.Mesci_2949 | + | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_5382 | (PF02653) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_1361 | (+) | mitochondrial | |||
| 765698.Mesci_2513 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 765698.Mesci_3400 | (<) | (PF08695) | |||
| 765698.Mesci_0695 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_1920 | (+) | mitochondrial; (plastid) | |||
| 765698.Mesci_2676 | (+) | (PF04248) | plastid | ||
| 765698.Mesci_4327 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_5146 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_5145 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_2881 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_3137 | + | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_4306 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_5161 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_4178 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_4366 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_1082 | + | (PF05899) | |||
| 765698.Mesci_4280 | + | (>) | |||
| 765698.Mesci_5410 | (PF02653) | plastid | |||
| 765698.Mesci_4734 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_2421 | + | plastid | |||
| 765698.Mesci_5605 | + | (PF02902) | |||
| 765698.Mesci_2028 | + | (PF02653) | |||
| 765698.Mesci_1627 | (PF02653) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2107 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_1816 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_5022 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3337 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_3924 | (+) | ER | |||
| 765698.Mesci_0818 | + | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_1234 | (>) | (PF02653) | |||
| 765698.Mesci_1891 | + | (PF11927) | |||
| 765698.Mesci_2703 | + | (PF04752) | |||
| 765698.Mesci_5254 | + | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_2573 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_2934 | + | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3671 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_0349 | (+) | ER | |||
| 765698.Mesci_1936 | + | plastid | |||
| 765698.Mesci_5928 | (+) | ER | |||
| 765698.Mesci_5335 | (+) | (PF02653) | (plastid) | ||
| 765698.Mesci_5159 | (PF08669) (PF01571) | ||||
| 765698.Mesci_3641 | + | ||||
| 765698.Mesci_0537 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2474 | + | ||||
| 765698.Mesci_2471 | (PF07045) | ||||
| 765698.Mesci_2788 | + | ||||
| 765698.Mesci_5320 | + | ||||
| 765698.Mesci_1463 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_4945 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_1467 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_0494 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_4574 | + | ||||
| 765698.Mesci_1055 | (PF07978) | ||||
| 765698.Mesci_2646 | (PF05899) | ||||
| 765698.Mesci_2647 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_5978 | (+) | (PF02653) | |||
| 765698.Mesci_1696 | (+) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_3128 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_2414 | (+) | + | |||
| 765698.Mesci_0599 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_5192 | (PF00834) | ||||
| 765698.Mesci_0113 | (+) | plastid | |||
| 765698.Mesci_1235 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_5731 | (PF10994) | ||||
| 765698.Mesci_5954 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_0479 | (PF07045) | ||||
| 765698.Mesci_0472 | + | ||||
| 765698.Mesci_0901 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_3812 | + | ||||
| 765698.Mesci_5425 | + | ||||
| 765698.Mesci_0283 | (+) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_0289 | + | ||||
| 765698.Mesci_4595 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_1523 | + | ||||
| 765698.Mesci_1423 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_2195 | + | ||||
| 765698.Mesci_2198 | + | ||||
| 765698.Mesci_2998 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_3528 | + | ||||
| 765698.Mesci_4455 | + | ||||
| 765698.Mesci_4748 | + | ||||
| 765698.Mesci_0458 | + | ||||
| 765698.Mesci_0452 | + | ||||
| 765698.Mesci_4125 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_4129 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2604 | + | ||||
| 765698.Mesci_2605 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_2608 | + | ||||
| 765698.Mesci_3164 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_3165 | (PF06325) | ||||
| 765698.Mesci_4353 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_3833 | + | ||||
| 765698.Mesci_1090 | + | ||||
| 765698.Mesci_1091 | + | ||||
| 765698.Mesci_1096 | (PF02608) | ||||
| 765698.Mesci_3768 | (PF04248) | ||||
| 765698.Mesci_0158 | (PF01633) | ||||
| 765698.Mesci_1407 | (+) | + | |||
| 765698.Mesci_2171 | + | ||||
| 765698.Mesci_2176 | + | ||||
| 765698.Mesci_0438 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_5847 | (+) | plastid | |||
| 765698.Mesci_3956 | + | ||||
| 765698.Mesci_1565 | + | ||||
| 765698.Mesci_5823 | + | ||||
| 765698.Mesci_2514 | + | ||||
| 765698.Mesci_0889 | + | ||||
| 765698.Mesci_5946 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_2265 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_4704 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_1616 | + | ||||
| 765698.Mesci_5047 | + | ||||
| 765698.Mesci_5041 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_5446 | + | ||||
| 765698.Mesci_4437 | (+) | (>) | |||
| 765698.Mesci_2054 | (PF02608) | ||||
| 765698.Mesci_2053 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_2052 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_5583 | + | ||||
| 765698.Mesci_6024 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_1039 | + | ||||
| 765698.Mesci_0207 | (+) | plastid | |||
| 765698.Mesci_2070 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_2112 | (+) | + | |||
| 765698.Mesci_1869 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_1865 | + | ||||
| 765698.Mesci_2794 | + | ||||
| 765698.Mesci_2688 | (+) | (PF02653) | |||
| 765698.Mesci_2680 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_1261 | + | ||||
| 765698.Mesci_1657 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_1655 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_2308 | + | ||||
| 765698.Mesci_4024 | (+) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_4022 | + | ||||
| 765698.Mesci_5777 | (PF14226) | ||||
| 765698.Mesci_2097 | + | ||||
| 765698.Mesci_0821 | + | ||||
| 765698.Mesci_4235 | + | ||||
| 765698.Mesci_4498 | + | not used | |||
| 765698.Mesci_0806 | + | ||||
| 765698.Mesci_3202 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_5566 | (+) | + | |||
| 765698.Mesci_5569 | + | ||||
| 765698.Mesci_0057 | + | ||||
| 765698.Mesci_2964 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_0263 | + | ||||
| 765698.Mesci_2415 | + | ||||
| 765698.Mesci_0778 | + | ||||
| 765698.Mesci_4632 | + | ||||
| 765698.Mesci_4639 | (PF07978) | ||||
| 765698.Mesci_2772 | + | ||||
| 765698.Mesci_1151 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2941 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_3017 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_5712 | + | ||||
| 765698.Mesci_5718 | (+) | (PF01321) | |||
| 765698.Mesci_2575 | (PF01968) | ||||
| 765698.Mesci_5259 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_0847 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_0840 | + | ||||
| 765698.Mesci_4383 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_5525 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_5388 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_2432 | + | ||||
| 765698.Mesci_3444 | + | ||||
| 765698.Mesci_1964 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_2925 | (PF07045) | ||||
| 765698.Mesci_2434 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_0370 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_3192 | + | ||||
| 765698.Mesci_1289 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_2489 | (PF16952) | ||||
| 765698.Mesci_2485 | (PF14226) | ||||
| 765698.Mesci_2480 | + | ||||
| 765698.Mesci_2734 | + | ||||
| 765698.Mesci_3460 | + | ||||
| 765698.Mesci_1906 | + | ||||
| 765698.Mesci_3056 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_3057 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_3052 | (+) | (ER) | |||
| 765698.Mesci_3051 | (+) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_5360 | (+) | plastid | |||
| 765698.Mesci_2220 | + | ||||
| 765698.Mesci_2225 | + | ||||
| 765698.Mesci_1113 | + | ||||
| 765698.Mesci_4426 | (PF05899) | ||||
| 765698.Mesci_0692 | + | ||||
| 765698.Mesci_0699 | + | ||||
| 765698.Mesci_0698 | (PF01968) | ||||
| 765698.Mesci_1921 | + | ||||
| 765698.Mesci_1928 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_1322 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_2672 | + | ||||
| 765698.Mesci_2205 | + | ||||
| 765698.Mesci_5324 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_5143 | (PF11927) | ||||
| 765698.Mesci_5140 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_1496 | (PF05899) | ||||
| 765698.Mesci_1491 | + | ||||
| 765698.Mesci_1492 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_1305 | + | ||||
| 765698.Mesci_1303 | + | ||||
| 765698.Mesci_2650 | + | ||||
| 765698.Mesci_2883 | (PF02608) | ||||
| 765698.Mesci_2885 | (PF14226) | ||||
| 765698.Mesci_2889 | + | ||||
| 765698.Mesci_3135 | (PF01968) | ||||
| 765698.Mesci_5166 | + | ||||
| 765698.Mesci_4954 | + | ||||
| 765698.Mesci_4794 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_4795 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_3819 | + | ||||
| 765698.Mesci_4172 | (+) | (>) | |||
| 765698.Mesci_5362 | + | ||||
| 765698.Mesci_5183 | + | ||||
| 765698.Mesci_5180 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_5187 | + | ||||
| 765698.Mesci_0294 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_4589 | + | ||||
| 765698.Mesci_3751 | + | ||||
| 765698.Mesci_3752 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_0126 | + | ||||
| 765698.Mesci_0123 | (PF06325) | ||||
| 765698.Mesci_4419 | + | ||||
| 765698.Mesci_1533 | (PF07045) | ||||
| 765698.Mesci_0786 | (PF07978) | ||||
| 765698.Mesci_4903 | + | ||||
| 765698.Mesci_2980 | + | ||||
| 765698.Mesci_0721 | + | ||||
| 765698.Mesci_0726 | (PF07045) | ||||
| 765698.Mesci_0729 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_4672 | + | ||||
| 765698.Mesci_2612 | + | ||||
| 765698.Mesci_2618 | + | ||||
| 765698.Mesci_3568 | (PF04828) | ||||
| 765698.Mesci_3176 | + | ||||
| 765698.Mesci_1083 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_1081 | (+) | (PF05899) | |||
| 765698.Mesci_1080 | (PF05899) | ||||
| 765698.Mesci_4616 | + | ||||
| 765698.Mesci_0144 | + | ||||
| 765698.Mesci_0142 | + | ||||
| 765698.Mesci_1435 | + | ||||
| 765698.Mesci_1433 | + | ||||
| 765698.Mesci_2165 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_0442 | (PF04191) | ||||
| 765698.Mesci_4286 | (PF00834) | ||||
| 765698.Mesci_4284 | + | ||||
| 765698.Mesci_4281 | + | ||||
| 765698.Mesci_4136 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_4137 | + | ||||
| 765698.Mesci_5002 | + | ||||
| 765698.Mesci_5001 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_3549 | + | ||||
| 765698.Mesci_2399 | + | ||||
| 765698.Mesci_3841 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_3842 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_4292 | + | ||||
| 765698.Mesci_5419 | (PF01968) | ||||
| 765698.Mesci_3717 | + | ||||
| 765698.Mesci_0161 | (PF01633) | ||||
| 765698.Mesci_0165 | + | ||||
| 765698.Mesci_2008 | + | ||||
| 765698.Mesci_5604 | + | ||||
| 765698.Mesci_3735 | + | not used | |||
| 765698.Mesci_0183 | + | ||||
| 765698.Mesci_0186 | + | ||||
| 765698.Mesci_5290 | + | ||||
| 765698.Mesci_2023 | + | ||||
| 765698.Mesci_0740 | (PF01968) | ||||
| 765698.Mesci_1837 | + | ||||
| 765698.Mesci_3291 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_0401 | + | ||||
| 765698.Mesci_4247 | + | ||||
| 765698.Mesci_2315 | + | ||||
| 765698.Mesci_5623 | + | ||||
| 765698.Mesci_5625 | + | ||||
| 765698.Mesci_5624 | (+) | (PF06325) | |||
| 765698.Mesci_1629 | + | ||||
| 765698.Mesci_1621 | + | ||||
| 765698.Mesci_1620 | (PF06736) | ||||
| 765698.Mesci_5836 | (+) | + | |||
| 765698.Mesci_2820 | + | ||||
| 765698.Mesci_3084 | (PF04752) | ||||
| 765698.Mesci_4057 | + | ||||
| 765698.Mesci_1025 | + | ||||
| 765698.Mesci_4504 | + | ||||
| 765698.Mesci_2595 | (+) | (PF10994) | |||
| 765698.Mesci_2596 | (+) | + | |||
| 765698.Mesci_2160 | + | ||||
| 765698.Mesci_3313 | + | not used | |||
| 765698.Mesci_3278 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_4265 | (PF01968) | ||||
| 765698.Mesci_1646 | (PF06792) | ||||
| 765698.Mesci_1643 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_2383 | + | ||||
| 765698.Mesci_5869 | + | ||||
| 765698.Mesci_5813 | + | ||||
| 765698.Mesci_4529 | + | ||||
| 765698.Mesci_2061 | + | ||||
| 765698.Mesci_0838 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_1788 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_1786 | + | ||||
| 765698.Mesci_1877 | + | ||||
| 765698.Mesci_5401 | (+) | (>) | |||
| 765698.Mesci_4208 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_1668 | + | ||||
| 765698.Mesci_2868 | + | ||||
| 765698.Mesci_0640 | + | ||||
| 765698.Mesci_0255 | (PF01968) | ||||
| 765698.Mesci_1069 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_5765 | (PF14226) | ||||
| 765698.Mesci_1114 | + | ||||
| 765698.Mesci_2082 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_2086 | + | not used | |||
| 765698.Mesci_3239 | + | ||||
| 765698.Mesci_4922 | (+) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_1857 | + | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_1851 | + | ||||
| 765698.Mesci_5993 | + | ||||
| 765698.Mesci_4811 | (+) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_2749 | + | ||||
| 765698.Mesci_2331 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_0660 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_0277 | + | ||||
| 765698.Mesci_1044 | (PF06325) | ||||
| 765698.Mesci_5748 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_2539 | (PF14226) | ||||
| 765698.Mesci_2532 | + | ||||
| 765698.Mesci_4005 | + | ||||
| 765698.Mesci_3374 | + | ||||
| 765698.Mesci_2290 | + | ||||
| 765698.Mesci_1187 | + | ||||
| 765698.Mesci_1181 | + | ||||
| 765698.Mesci_1230 | + | ||||
| 765698.Mesci_0044 | + | ||||
| 765698.Mesci_3587 | + | ||||
| 765698.Mesci_3582 | + | ||||
| 765698.Mesci_5872 | + | ||||
| 765698.Mesci_2525 | + | ||||
| 765698.Mesci_2970 | + | ||||
| 765698.Mesci_3008 | (PF13407) | ||||
| 765698.Mesci_3391 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_3395 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_3394 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_3396 | + | ||||
| 765698.Mesci_2701 | + | ||||
| 765698.Mesci_0627 | (+) | (plastid) | |||
| 765698.Mesci_0628 | + | ||||
| 765698.Mesci_3027 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_1101 | + | not used | |||
| 765698.Mesci_4391 | + | ||||
| 765698.Mesci_0559 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_0550 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 765698.Mesci_0556 | + | ||||
| 765698.Mesci_4647 | + | ||||
| 765698.Mesci_2722 | + | ||||
| 765698.Mesci_5117 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_5119 | (PF13407) | ||||
| 765698.Mesci_3453 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_3044 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_1358 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_3608 | (+) | plastid | |||
| 765698.Mesci_1767 | + | ||||
| 765698.Mesci_5917 | + | ||||
| 765698.Mesci_3187 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_4400 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_4403 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_5135 | (PF04248) | ||||
| 765698.Mesci_5131 | + | ||||
| 765698.Mesci_5138 | + | ||||
| 765698.Mesci_2507 | (PF01321) | ||||
| 765698.Mesci_5848 | (<) | ||||
| 765698.Mesci_4985 | (>) | ||||
| 765698.Mesci_4987 | (PF04248) | ||||
| 765698.Mesci_1933 | + | ||||
| 765698.Mesci_2911 | (PF02653) | ||||
| 765698.Mesci_2204 | + | ||||
| 765698.Mesci_0328 | + | ||||
| 765698.Mesci_0325 | + | ||||
| 765698.Mesci_1489 | (+) | (PF02653) | |||
| 765698.Mesci_0686 | (PF06792) | ||||
| 765698.Mesci_2661 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5955 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4326 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0539 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3786 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3787 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3433 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4783 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1697 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3122 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4310 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5378 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1998 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4762 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0908 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0139 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0134 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4456 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0735 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5659 | (+) | not used | |||
| 765698.Mesci_5864 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2019 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4729 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_6013 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5845 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5840 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2814 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5506 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5465 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3709 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0179 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4947 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1829 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0414 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4709 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4251 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3511 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4889 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1618 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1617 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5212 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4065 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1580 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3728 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3722 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4435 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4270 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5585 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4186 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4863 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1638 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3893 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3895 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2467 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3249 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3242 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4212 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0011 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4846 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3224 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4495 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0070 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1670 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1671 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1024 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5456 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3690 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3346 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3205 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2751 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2755 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0266 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1054 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4570 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2410 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5739 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5223 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0863 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2282 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5242 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0849 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1710 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4655 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5384 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1969 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3036 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5267 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4413 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3990 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2484 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3467 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3033 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0358 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1116 | (+) | not used | |||
| 765698.Mesci_4699 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0691 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3077 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0339 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2674 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5920 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5113 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3425 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1494 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5906 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2659 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5944 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1510 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5962 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4362 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1176 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1175 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4974 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4909 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0913 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2161 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2162 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4538 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5667 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3846 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0168 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4739 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1386 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3527 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2802 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5851 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2606 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5474 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0184 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5298 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5591 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5040 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4053 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3887 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2597 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1818 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3271 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5021 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1647 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5817 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1004 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0238 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0830 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3330 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3252 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5403 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4204 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4836 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0257 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4014 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3688 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4928 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3356 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2747 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0666 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0875 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5514 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0591 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3580 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2767 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0063 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5725 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3398 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1728 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1720 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1727 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4617 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2707 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2702 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5891 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1977 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_2578 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0363 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4645 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5114 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1917 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3533 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4095 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0345 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1765 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3182 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_0589 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5742 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4731 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_3669 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_1746 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_5935 | + | ||||
| 765698.Mesci_0512 | (+) | ||||
| 765698.Mesci_4463 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 0.3 (3/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 1.5 (15/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.3 (3/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 1.5 (15/10 KEGG proteins)
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