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Effective results for Vibrio sp. N418 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 570
- Predicted by EffectiveT3: 195 (high confidence), 272 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 26 within, 26 before, 46 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 11 eukaryotic-like domains, contained in 15 proteins (2 high, 13 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
701176.VIBRN418_20039+(PF01773) (PF07662)ER
701176.VIBRN418_12275(PF01773) (PF07662)ER
701176.VIBRN418_09753(PF01773) (PF07662)ER
701176.VIBRN418_10993(PF01773) (PF07662)ER
701176.VIBRN418_10138(PF01773) (PF07662)ER
701176.VIBRN418_12841+(mitochondrial)
701176.VIBRN418_18163(<)ER
701176.VIBRN418_15558(<)mitochondrial
701176.VIBRN418_10348(<)ER
701176.VIBRN418_16838(<)ER
701176.VIBRN418_19789+ER
701176.VIBRN418_01882+(ER)
701176.VIBRN418_08637(>)ER
701176.VIBRN418_19408(>)ER
701176.VIBRN418_14276+(ER); ER
701176.VIBRN418_11913+ER; (ER)
701176.VIBRN418_06171(PF02112)ER
701176.VIBRN418_15448+ER
701176.VIBRN418_04897+mitochondrial
701176.VIBRN418_18433(>)ER
701176.VIBRN418_00891(>)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_10938(>)(ER)
701176.VIBRN418_14356(>)mitochondrial
701176.VIBRN418_17493+ER; (ER)
701176.VIBRN418_10923(<)ER
701176.VIBRN418_11085+ER
701176.VIBRN418_00060+(ER)
701176.VIBRN418_14611+ER
701176.VIBRN418_06041+ER
701176.VIBRN418_07586(>)ER
701176.VIBRN418_02591(>)ER
701176.VIBRN418_16188+ER; (ER)
701176.VIBRN418_13978(<)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_19188+ER; (ER)
701176.VIBRN418_04563(>)ER
701176.VIBRN418_06116(<)ER
701176.VIBRN418_03641+ER
701176.VIBRN418_12285(>)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_00936+(ER)
701176.VIBRN418_01001+(mitochondrial)
701176.VIBRN418_08822(>)ER
701176.VIBRN418_15163(>)ER
701176.VIBRN418_14381+ER
701176.VIBRN418_01286(>)mitochondrial
701176.VIBRN418_08020(>)ER
701176.VIBRN418_00826(>)ER
701176.VIBRN418_02082(PF10462)ER
701176.VIBRN418_07908(>)ER
701176.VIBRN418_15773+(mitochondrial); plastid
701176.VIBRN418_00235+ER
701176.VIBRN418_10358(PF00031)ER
701176.VIBRN418_20124(<)mitochondrial; (mitochondrial)
701176.VIBRN418_13416(>)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_16286(+)ER; (ER)
701176.VIBRN418_04613(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_18613+(plastid)
701176.VIBRN418_00976PF05686(ER)
701176.VIBRN418_00596+(plastid)
701176.VIBRN418_13481+plastid
701176.VIBRN418_15838(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_07171(+)(mitochondrial); plastid
701176.VIBRN418_01438+(ER)
701176.VIBRN418_01867(+)ER
701176.VIBRN418_02447+(>)
701176.VIBRN418_12120(+)(ER)
701176.VIBRN418_03621+plastid
701176.VIBRN418_09658+(plastid)
701176.VIBRN418_07156+(mitochondrial)
701176.VIBRN418_10268(+)ER
701176.VIBRN418_15653(+)(ER)
701176.VIBRN418_10288+(>)
701176.VIBRN418_16466(+)(ER)
701176.VIBRN418_17433+(plastid)
701176.VIBRN418_08817(+)mitochondrial; (mitochondrial)
701176.VIBRN418_00671(+)ER
701176.VIBRN418_09113(+)ER; (ER)
701176.VIBRN418_11943+(plastid)
701176.VIBRN418_07055(+)ER
701176.VIBRN418_13486+(plastid)
701176.VIBRN418_09723(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_09583+(plastid)
701176.VIBRN418_02851+(plastid)
701176.VIBRN418_15243+(mitochondrial)
701176.VIBRN418_01126+plastid
701176.VIBRN418_06101(+)(mitochondrial); (plastid)
701176.VIBRN418_17123(+)ER
701176.VIBRN418_10218(+)(ER)
701176.VIBRN418_10903++
701176.VIBRN418_01383(+)ER
701176.VIBRN418_19638(<)
701176.VIBRN418_00521(+)ER; (ER)
701176.VIBRN418_06681+(plastid)
701176.VIBRN418_01328(+)ER
701176.VIBRN418_17043(+)ER
701176.VIBRN418_01812(<)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_07781+(mitochondrial)
701176.VIBRN418_19383+(ER)
701176.VIBRN418_04308(+)ER
701176.VIBRN418_14178(+)ER
701176.VIBRN418_19068(+)ER
701176.VIBRN418_14836(+)ER
701176.VIBRN418_00491+(ER)
701176.VIBRN418_06790+(mitochondrial)
701176.VIBRN418_13476+(plastid)
701176.VIBRN418_12527(+)ER
701176.VIBRN418_18748(+)ER
701176.VIBRN418_11655(+)(ER)
701176.VIBRN418_17388+(plastid)
701176.VIBRN418_17383+plastid
701176.VIBRN418_11878(+)ER
701176.VIBRN418_06326(PF03199) (PF03917)
701176.VIBRN418_00381(+)(ER)
701176.VIBRN418_03928(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_19889(+)ER; (ER)
701176.VIBRN418_04248++
701176.VIBRN418_04113+ER; not used
701176.VIBRN418_17953(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_16241+not used
701176.VIBRN418_07376+
701176.VIBRN418_07371+
701176.VIBRN418_04473(+)(ER)
701176.VIBRN418_08757+
701176.VIBRN418_08752(>)
701176.VIBRN418_08352(>)
701176.VIBRN418_09503(+)(ER)
701176.VIBRN418_11135+not used
701176.VIBRN418_09243+
701176.VIBRN418_04148+
701176.VIBRN418_02981+
701176.VIBRN418_09458+
701176.VIBRN418_00806+
701176.VIBRN418_06436+
701176.VIBRN418_13671(<)
701176.VIBRN418_17183(<)
701176.VIBRN418_06611(>)
701176.VIBRN418_13406+
701176.VIBRN418_02501(+)(ER)
701176.VIBRN418_00371+
701176.VIBRN418_19028+
701176.VIBRN418_10853+
701176.VIBRN418_15123+
701176.VIBRN418_04912+
701176.VIBRN418_15583+
701176.VIBRN418_18973+
701176.VIBRN418_07876+
701176.VIBRN418_06426+
701176.VIBRN418_10573+
701176.VIBRN418_12597(>)
701176.VIBRN418_11933+
701176.VIBRN418_19398+
701176.VIBRN418_08287(>)
701176.VIBRN418_16803(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_19308+
701176.VIBRN418_18348+
701176.VIBRN418_10023+
701176.VIBRN418_08582+
701176.VIBRN418_11695+
701176.VIBRN418_20029(<)
701176.VIBRN418_13181+
701176.VIBRN418_06566+
701176.VIBRN418_17328(>)
701176.VIBRN418_01628+
701176.VIBRN418_06945+
701176.VIBRN418_06016+
701176.VIBRN418_07381+
701176.VIBRN418_08125+
701176.VIBRN418_09653+
701176.VIBRN418_11225+
701176.VIBRN418_18133+
701176.VIBRN418_12310(+)plastid
701176.VIBRN418_15078+
701176.VIBRN418_10088+
701176.VIBRN418_20209(+)(ER)
701176.VIBRN418_01096(>)
701176.VIBRN418_05971+
701176.VIBRN418_09613(+)(plastid)
701176.VIBRN418_01892+
701176.VIBRN418_02387+
701176.VIBRN418_20304+
701176.VIBRN418_12155+
701176.VIBRN418_03386+
701176.VIBRN418_02491+
701176.VIBRN418_02012(>)
701176.VIBRN418_16003+
701176.VIBRN418_10508PF05686
701176.VIBRN418_16486+
701176.VIBRN418_08135(>)
701176.VIBRN418_19148+
701176.VIBRN418_15443(>)
701176.VIBRN418_14646(>)
701176.VIBRN418_04892+
701176.VIBRN418_18933+
701176.VIBRN418_09863+
701176.VIBRN418_08402(+)(ER)
701176.VIBRN418_12811+
701176.VIBRN418_09288(+)(ER)
701176.VIBRN418_15658+
701176.VIBRN418_07541+
701176.VIBRN418_11963+
701176.VIBRN418_05966+
701176.VIBRN418_05361+
701176.VIBRN418_03581+
701176.VIBRN418_02866(<)
701176.VIBRN418_19884+
701176.VIBRN418_14781+
701176.VIBRN418_11370+
701176.VIBRN418_04083+
701176.VIBRN418_15898+
701176.VIBRN418_09298+
701176.VIBRN418_08867+
701176.VIBRN418_14671+
701176.VIBRN418_07736+
701176.VIBRN418_05821(<)
701176.VIBRN418_13836(<)
701176.VIBRN418_02107+
701176.VIBRN418_05554+
701176.VIBRN418_19528+
701176.VIBRN418_09118(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_01713(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_15318(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_04743+
701176.VIBRN418_19854+
701176.VIBRN418_19859+
701176.VIBRN418_13231(<)
701176.VIBRN418_11635(>)
701176.VIBRN418_01106+
701176.VIBRN418_09158+
701176.VIBRN418_06126+
701176.VIBRN418_01498+
701176.VIBRN418_16073(>)
701176.VIBRN418_16078+
701176.VIBRN418_07181+
701176.VIBRN418_08987+
701176.VIBRN418_17443(+)plastid
701176.VIBRN418_11570+
701176.VIBRN418_18723+
701176.VIBRN418_09108+
701176.VIBRN418_15323(<)
701176.VIBRN418_07411+
701176.VIBRN418_13316(+)(mitochondrial)
701176.VIBRN418_13311+
701176.VIBRN418_10688(+)(ER)
701176.VIBRN418_10683+
701176.VIBRN418_12682+
701176.VIBRN418_05801+
701176.VIBRN418_17113+
701176.VIBRN418_02232(<)
701176.VIBRN418_15408+
701176.VIBRN418_07401(PF10063)
701176.VIBRN418_07406(>)
701176.VIBRN418_19508+
701176.VIBRN418_19503+
701176.VIBRN418_09823+
701176.VIBRN418_12911+
701176.VIBRN418_12986+
701176.VIBRN418_06571(>)
701176.VIBRN418_02836+
701176.VIBRN418_14756+
701176.VIBRN418_10128+
701176.VIBRN418_18708+
701176.VIBRN418_14571+
701176.VIBRN418_14376+
701176.VIBRN418_00511+
701176.VIBRN418_06691+
701176.VIBRN418_17203+
701176.VIBRN418_05256+
701176.VIBRN418_05921+
701176.VIBRN418_14113+
701176.VIBRN418_11983+
701176.VIBRN418_10908+
701176.VIBRN418_03081(>)
701176.VIBRN418_03466+
701176.VIBRN418_08055+
701176.VIBRN418_02172+
701176.VIBRN418_00190+
701176.VIBRN418_19268(>)
701176.VIBRN418_19603+
701176.VIBRN418_19608(+)(ER)
701176.VIBRN418_18248(<)
701176.VIBRN418_01483+
701176.VIBRN418_11425+
701176.VIBRN418_10068+
701176.VIBRN418_06686+
701176.VIBRN418_10483+
701176.VIBRN418_11998+
701176.VIBRN418_12345+
701176.VIBRN418_03761+
701176.VIBRN418_07935+
701176.VIBRN418_00035(<)
701176.VIBRN418_15993+
701176.VIBRN418_11450+
701176.VIBRN418_14223(<)
701176.VIBRN418_17458(>)
701176.VIBRN418_18523+
701176.VIBRN418_06476+
701176.VIBRN418_10328+
701176.VIBRN418_02377+
701176.VIBRN418_03151+not used
701176.VIBRN418_09813+
701176.VIBRN418_01558(PF08732)
701176.VIBRN418_08782(+)(plastid)
701176.VIBRN418_00401+
701176.VIBRN418_11060+
701176.VIBRN418_17938+
701176.VIBRN418_10718+
701176.VIBRN418_00836+
701176.VIBRN418_13471+
701176.VIBRN418_08717(<)
701176.VIBRN418_08517+
701176.VIBRN418_02521(<)
701176.VIBRN418_00305+
701176.VIBRN418_18308+
701176.VIBRN418_19018(>)
701176.VIBRN418_04533+
701176.VIBRN418_19724+
701176.VIBRN418_19128(>)
701176.VIBRN418_19658(PF12344)
701176.VIBRN418_12387+
701176.VIBRN418_19834+
701176.VIBRN418_14158(>)
701176.VIBRN418_14153+
701176.VIBRN418_04108(+)(PF12344)
701176.VIBRN418_09358+
701176.VIBRN418_00556+
701176.VIBRN418_03411+
701176.VIBRN418_15668+
701176.VIBRN418_03406+
701176.VIBRN418_13731+not used
701176.VIBRN418_10393+
701176.VIBRN418_10318+
701176.VIBRN418_03136+
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701176.VIBRN418_16968(>)
701176.VIBRN418_09913(<)
701176.VIBRN418_11390+
701176.VIBRN418_14631+
701176.VIBRN418_06411+
701176.VIBRN418_09348+
701176.VIBRN418_13541+not used
701176.VIBRN418_17958+
701176.VIBRN418_08932+
701176.VIBRN418_17423+
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701176.VIBRN418_00766(<)
701176.VIBRN418_01368+
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701176.VIBRN418_17398+
701176.VIBRN418_17373+not used
701176.VIBRN418_00581(+)(>)
701176.VIBRN418_02432(+)
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701176.VIBRN418_19694(+)
701176.VIBRN418_01693(+)
701176.VIBRN418_01698(+)
701176.VIBRN418_18618(+)
701176.VIBRN418_15933(+)
701176.VIBRN418_05181(+)
701176.VIBRN418_00971(+)
701176.VIBRN418_17348(+)
701176.VIBRN418_05236(+)
701176.VIBRN418_06181(+)
701176.VIBRN418_03056(+)
701176.VIBRN418_16763(+)
701176.VIBRN418_17393(+)
701176.VIBRN418_18088(+)
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701176.VIBRN418_13086(+)
701176.VIBRN418_02996(+)
701176.VIBRN418_19533(+)
701176.VIBRN418_14983(+)
701176.VIBRN418_17998(+)
701176.VIBRN418_11938(+)
701176.VIBRN418_03101(+)
701176.VIBRN418_02671(+)
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701176.VIBRN418_15043(+)
701176.VIBRN418_13276(+)
701176.VIBRN418_11160(+)
701176.VIBRN418_11165(+)
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701176.VIBRN418_10048(+)
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701176.VIBRN418_03356(+)
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701176.VIBRN418_08397(+)
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701176.VIBRN418_02941(+)
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701176.VIBRN418_10168(+)
701176.VIBRN418_10383(+)
701176.VIBRN418_06491(+)
701176.VIBRN418_06141(+)
701176.VIBRN418_13141(+)
701176.VIBRN418_12497(+)
701176.VIBRN418_01847(+)
701176.VIBRN418_02481(+)
701176.VIBRN418_10948(+)
701176.VIBRN418_01463(+)
701176.VIBRN418_01468(+)
701176.VIBRN418_18938(+)
701176.VIBRN418_15308(+)
701176.VIBRN418_08507(+)
701176.VIBRN418_13206(+)
701176.VIBRN418_05356(+)
701176.VIBRN418_08227(+)
701176.VIBRN418_12300(+)
701176.VIBRN418_13491(+)
701176.VIBRN418_15793(+)
701176.VIBRN418_08862(+)
701176.VIBRN418_10848(+)
701176.VIBRN418_11090(+)
701176.VIBRN418_04348(+)
701176.VIBRN418_19984(+)
701176.VIBRN418_09593(+)
701176.VIBRN418_01618(+)
701176.VIBRN418_10148(+)
701176.VIBRN418_09678(+)
701176.VIBRN418_17223(+)
701176.VIBRN418_12542(+)
701176.VIBRN418_13161(+)
701176.VIBRN418_17108(+)
701176.VIBRN418_01917(+)
701176.VIBRN418_11595(+)
701176.VIBRN418_06056(+)
701176.VIBRN418_00446(+)
701176.VIBRN418_17643(+)
701176.VIBRN418_03196(+)
701176.VIBRN418_02112(+)
701176.VIBRN418_10928(+)
701176.VIBRN418_03376(+)
701176.VIBRN418_08322(+)
701176.VIBRN418_00065(+)
701176.VIBRN418_03998(+)
701176.VIBRN418_05012(+)
701176.VIBRN418_05751(+)
701176.VIBRN418_05624(+)
701176.VIBRN418_03973(+)
701176.VIBRN418_05246(+)
701176.VIBRN418_02237(+)
701176.VIBRN418_13566(+)
701176.VIBRN418_06825(+)
701176.VIBRN418_15403(+)
701176.VIBRN418_15833(+)
701176.VIBRN418_02566(+)
701176.VIBRN418_00180(+)
701176.VIBRN418_03361(+)
701176.VIBRN418_19298(+)
701176.VIBRN418_08442(+)
701176.VIBRN418_08447(+)
701176.VIBRN418_11325(+)
701176.VIBRN418_04033(+)
701176.VIBRN418_18478(+)
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701176.VIBRN418_12746(+)not used
701176.VIBRN418_01807(+)
701176.VIBRN418_02352(+)
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701176.VIBRN418_13973(+)
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701176.VIBRN418_04333(+)
701176.VIBRN418_16526(+)
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701176.VIBRN418_15968(+)
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701176.VIBRN418_17468(+)not used
701176.VIBRN418_03346(+)
701176.VIBRN418_17603(+)not used
701176.VIBRN418_13111(+)
701176.VIBRN418_13116(+)
701176.VIBRN418_03591(+)
701176.VIBRN418_17803(+)
701176.VIBRN418_07241(+)not used
701176.VIBRN418_10673(+)
701176.VIBRN418_00215(+)
701176.VIBRN418_16426(+)
701176.VIBRN418_13906(+)
701176.VIBRN418_00320(+)
701176.VIBRN418_18923(+)
701176.VIBRN418_09803(+)
701176.VIBRN418_19253(+)
701176.VIBRN418_11265(+)
701176.VIBRN418_01006(+)
701176.VIBRN418_14953(+)
701176.VIBRN418_17923(+)
701176.VIBRN418_10498(+)
701176.VIBRN418_01151(+)
701176.VIBRN418_00716(+)
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701176.VIBRN418_05716(+)
701176.VIBRN418_02207(+)
701176.VIBRN418_13751(+)
701176.VIBRN418_06306(+)not used
701176.VIBRN418_06096(+)
701176.VIBRN418_12080(+)
701176.VIBRN418_01553(+)
701176.VIBRN418_16098(+)
701176.VIBRN418_08967(+)
701176.VIBRN418_15363(+)
701176.VIBRN418_19063(+)
701176.VIBRN418_09338(+)
701176.VIBRN418_15113(+)
701176.VIBRN418_09508(+)
701176.VIBRN418_12776(+)
701176.VIBRN418_09718(+)
701176.VIBRN418_16158(+)
701176.VIBRN418_13431(+)
701176.VIBRN418_01121(+)
701176.VIBRN418_02631(+)
701176.VIBRN418_16718(+)
701176.VIBRN418_07356(+)
701176.VIBRN418_19238(+)
701176.VIBRN418_15808(+)
701176.VIBRN418_09173(+)
701176.VIBRN418_09993(+)
701176.VIBRN418_14013(+)
701176.VIBRN418_15198(+)
701176.VIBRN418_00796(+)
701176.VIBRN418_12417(+)
701176.VIBRN418_05696(+)not used
701176.VIBRN418_17368(+)
701176.VIBRN418_17848(+)
701176.VIBRN418_13501(+)
701176.VIBRN418_16148(+)
701176.VIBRN418_16143(+)
701176.VIBRN418_03041(+)
701176.VIBRN418_19003(+)
701176.VIBRN418_01528(+)
701176.VIBRN418_00811(+)
701176.VIBRN418_03711(+)
701176.VIBRN418_09218(+)
701176.VIBRN418_17558(+)
701176.VIBRN418_14531(+)
701176.VIBRN418_03861(+)
701176.VIBRN418_10308(+)
701176.VIBRN418_08302(+)
701176.VIBRN418_05674(+)
701176.VIBRN418_07206(+)
701176.VIBRN418_19263(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.25 (10/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================