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Effective results for Serratia plymuthica 4Rx13 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 543
- Predicted by EffectiveT3: 152 (high confidence), 303 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 24 within, 15 before, 45 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 7 eukaryotic-like domains, contained in 22 proteins (1 high, 21 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
682634.SOD_c02850(>)(ER)
682634.SOD_a08600+(ER)
682634.SOD_k01430+ER
682634.SOD_e01410(>)ER
682634.SOD_i00680+ER
682634.SOD_k01300+(mitochondrial)
682634.SOD_j01050+(ER)
682634.SOD_a06350+ER
682634.SOD_d03240(>)mitochondrial
682634.SOD_n00170(<)ER
682634.SOD_b02190+(ER)
682634.SOD_a04440(>)(ER)
682634.SOD_d02910+ER
682634.SOD_b04130+mitochondrial
682634.SOD_c00220(>)ER
682634.SOD_b04480(>)mitochondrial
682634.SOD_b01770+ER
682634.SOD_l00790(PF04127)(mitochondrial)
682634.SOD_a05540(>)ER
682634.SOD_a02470(>)mitochondrial; (mitochondrial)
682634.SOD_e03830(>)ER
682634.SOD_h01900+(mitochondrial)
682634.SOD_a09640(>)ER
682634.SOD_c01510+(ER)
682634.SOD_d01340(PF13332)(mitochondrial)
682634.SOD_e02130(>)ER
682634.SOD_e00860(>)ER
682634.SOD_a00940(>)ER
682634.SOD_l01020(>)mitochondrial
682634.SOD_l00770+(mitochondrial)
682634.SOD_d03660+ER
682634.SOD_e02960PF01731ER
682634.SOD_b00140(>)ER
682634.SOD_e03880(PF02112)ER
682634.SOD_j00020+mitochondrial
682634.SOD_k00580(>)ER
682634.SOD_b02900+ER
682634.SOD_b04280+(mitochondrial)
682634.SOD_a09660(>)ER
682634.SOD_b02620(>)ER
682634.SOD_a01000(>)ER
682634.SOD_i01380(PF16485)mitochondrial; (mitochondrial)
682634.SOD_b00400(>)ER
682634.SOD_a07670(>)ER
682634.SOD_f01500+(mitochondrial)
682634.SOD_j01490(>)ER
682634.SOD_c03980+(ER)
682634.SOD_e00340(+)(ER)
682634.SOD_c03500(+)(mitochondrial); (ER)
682634.SOD_b05830++
682634.SOD_c01630(+)(ER); (mitochondrial)
682634.SOD_j00980(+)(mitochondrial); plastid
682634.SOD_h01710(+)(ER)
682634.SOD_e01330(+)ER
682634.SOD_k01400+(<)
682634.SOD_a08440(+)(>)(mitochondrial)
682634.SOD_c01380(+)(mitochondrial)
682634.SOD_c04460+(plastid)
682634.SOD_b05810+plastid
682634.SOD_k00670+(mitochondrial)
682634.SOD_b02670+(>)
682634.SOD_j00870(+)(ER)
682634.SOD_d02320+(ER)
682634.SOD_h00660+(>)
682634.SOD_b01240+(>)
682634.SOD_a08950(+)(mitochondrial)
682634.SOD_h02130+(plastid)
682634.SOD_b05300(<)(ER)
682634.SOD_e02700(+)mitochondrial; (mitochondrial)
682634.SOD_e00810(+)(>)(mitochondrial)
682634.SOD_f01830(<)(mitochondrial)
682634.SOD_f02050+(mitochondrial)
682634.SOD_e02800(+)ER; (ER)
682634.SOD_m00440+plastid
682634.SOD_a07400(+)(mitochondrial); (plastid)
682634.SOD_k01230(>)plastid
682634.SOD_f00240+(plastid)
682634.SOD_g01530(+)ER
682634.SOD_a01300(>)(ER)
682634.SOD_b02880(+)(mitochondrial)
682634.SOD_d03840(+)ER
682634.SOD_a07300(+)(mitochondrial)
682634.SOD_l01010(<)(mitochondrial)
682634.SOD_e03370(PF02525)(mitochondrial)
682634.SOD_c02320+(>)
682634.SOD_j01170+mitochondrial; not used
682634.SOD_a07860+(>)
682634.SOD_g02650(+)mitochondrial
682634.SOD_c03760(+)(mitochondrial); mitochondrial
682634.SOD_a02980(>)(ER)
682634.SOD_c04630+(mitochondrial)
682634.SOD_f00700+(mitochondrial)
682634.SOD_a00950+(ER)
682634.SOD_c03850(+)(ER)
682634.SOD_d02960(PF13332)
682634.SOD_a06860+
682634.SOD_c01760(+)(plastid)
682634.SOD_c04620+
682634.SOD_l00280+
682634.SOD_a03820+
682634.SOD_e02850(+)(ER)
682634.SOD_a10220(+)(ER)
682634.SOD_f00820+
682634.SOD_a07410+
682634.SOD_a00890+
682634.SOD_a06670+
682634.SOD_c00190+
682634.SOD_f01270(PF02525)
682634.SOD_b05590(>)
682634.SOD_b05680+
682634.SOD_j00290+
682634.SOD_a01370(+)+
682634.SOD_c02400+
682634.SOD_d00140+
682634.SOD_a03440+
682634.SOD_c03410(<)
682634.SOD_a01810+
682634.SOD_d03350+
682634.SOD_b00680+
682634.SOD_f00210+
682634.SOD_c01340(+)(mitochondrial)
682634.SOD_i01220+
682634.SOD_j00150+
682634.SOD_c00970(+)+
682634.SOD_f00450+
682634.SOD_h02470+
682634.SOD_b01410+
682634.SOD_g00910+
682634.SOD_k01440+
682634.SOD_j01470(>)
682634.SOD_h00960(+)(mitochondrial)
682634.SOD_a04430(+)(plastid)
682634.SOD_d03770(PF13332)
682634.SOD_k00440+
682634.SOD_i00630+
682634.SOD_n00260+
682634.SOD_i01960+
682634.SOD_k01790+
682634.SOD_n00190+
682634.SOD_k01330+
682634.SOD_j01680+
682634.SOD_d01220+
682634.SOD_f00390+
682634.SOD_a04920(+)(>)
682634.SOD_a08170+
682634.SOD_h01220+
682634.SOD_a06030(<)
682634.SOD_c05000+
682634.SOD_e00390+
682634.SOD_e01860+
682634.SOD_b02050(+)plastid
682634.SOD_c05440+
682634.SOD_a00340(<)
682634.SOD_d00960+
682634.SOD_a06960+
682634.SOD_c03020+
682634.SOD_b01500+
682634.SOD_a04200+
682634.SOD_k00880+
682634.SOD_b02770+
682634.SOD_d03180+
682634.SOD_b04910+
682634.SOD_j01320+
682634.SOD_d02670+
682634.SOD_a04530+
682634.SOD_e01910+
682634.SOD_g01860+
682634.SOD_i00250+
682634.SOD_c00010+
682634.SOD_a09710+
682634.SOD_c02520(>)
682634.SOD_d01850(+)(plastid)
682634.SOD_b00770+
682634.SOD_j01530+
682634.SOD_f01590+
682634.SOD_d00420+
682634.SOD_f00310+
682634.SOD_e02830+
682634.SOD_l00800(PF04127)
682634.SOD_c05590(+)+
682634.SOD_i01740+
682634.SOD_a09080+
682634.SOD_k01470(+)(plastid)
682634.SOD_c00730+
682634.SOD_i00060+
682634.SOD_k00330(PF01715)
682634.SOD_b01560+
682634.SOD_b01220+
682634.SOD_g00840(+)plastid
682634.SOD_j01430+
682634.SOD_d02070+
682634.SOD_c00200+
682634.SOD_f02520+
682634.SOD_c04100+
682634.SOD_c05300+
682634.SOD_a01070+
682634.SOD_i01620(>)
682634.SOD_b03260(>)
682634.SOD_b00990+
682634.SOD_e03170(+)mitochondrial; not used
682634.SOD_a06770(>)
682634.SOD_a04620+
682634.SOD_g01020(<)
682634.SOD_k00340(+)(PF01715)
682634.SOD_h01480+
682634.SOD_k00290+
682634.SOD_b02570(PF02525)
682634.SOD_f02770(+)(plastid)
682634.SOD_c04020+
682634.SOD_d03710+
682634.SOD_c01200+
682634.SOD_k00960(<)
682634.SOD_m00960+
682634.SOD_a10040+
682634.SOD_e03760+
682634.SOD_d01620+(PF02525)
682634.SOD_c05260(>)
682634.SOD_c03240+
682634.SOD_b02360+
682634.SOD_b01140(PF02525)
682634.SOD_f01940+
682634.SOD_d03270+
682634.SOD_f02760+
682634.SOD_f01300+
682634.SOD_d03780(PF13332)
682634.SOD_m00570(PF02525)
682634.SOD_c05780+
682634.SOD_c02910+
682634.SOD_c03920+
682634.SOD_k01390+
682634.SOD_a06060+
682634.SOD_b01150(PF02525)
682634.SOD_c00780+
682634.SOD_d03650+
682634.SOD_c01020+
682634.SOD_b05120(+)(mitochondrial)
682634.SOD_j00710(<)
682634.SOD_m00340(>)
682634.SOD_d01950(+)(ER)
682634.SOD_g00700+
682634.SOD_a09060+
682634.SOD_i00620(>)
682634.SOD_a09990+
682634.SOD_i00710(+)(<)
682634.SOD_k01380(PF02525)
682634.SOD_a07100+
682634.SOD_c03110+
682634.SOD_a03580+
682634.SOD_a02290(+)(ER)
682634.SOD_l01100+
682634.SOD_k00370+
682634.SOD_c03040(PF02525)
682634.SOD_e01200+
682634.SOD_h02380+
682634.SOD_k01660(+)(mitochondrial)
682634.SOD_g00240(<)
682634.SOD_c02430(PF02525)
682634.SOD_a04590+
682634.SOD_d01090+
682634.SOD_b00980(+)(>)
682634.SOD_e00950+
682634.SOD_a02560(+)(>)
682634.SOD_d01710+
682634.SOD_m00130+
682634.SOD_a01710+
682634.SOD_b04080+
682634.SOD_c00650+
682634.SOD_e00560+
682634.SOD_c02870+
682634.SOD_i01490+
682634.SOD_c03000(+)(mitochondrial)
682634.SOD_d01080+
682634.SOD_b04650(+)(plastid)
682634.SOD_h01490+
682634.SOD_c03610(+)plastid
682634.SOD_a00240+
682634.SOD_d00620+
682634.SOD_c05840+
682634.SOD_d03930+
682634.SOD_c00120+
682634.SOD_i00390(<)
682634.SOD_b05240(<)
682634.SOD_c00230+
682634.SOD_j00610+
682634.SOD_e01680(>)
682634.SOD_c05770+
682634.SOD_f00050+
682634.SOD_g00040+
682634.SOD_h00570(PF02525)
682634.SOD_i00740(+)
682634.SOD_a01770(+)
682634.SOD_a07390(+)
682634.SOD_g02670(+)
682634.SOD_b02000(+)
682634.SOD_d03370(+)
682634.SOD_h02280(+)
682634.SOD_c03430(+)
682634.SOD_m00850(+)
682634.SOD_a08910(+)
682634.SOD_a08260(+)
682634.SOD_f02240(+)
682634.SOD_e03320(+)
682634.SOD_c00160(+)
682634.SOD_d02310(+)
682634.SOD_g00940(+)
682634.SOD_d00150(+)
682634.SOD_i00990(+)
682634.SOD_a05510(+)
682634.SOD_a00140(+)
682634.SOD_a02230(+)
682634.SOD_h02270(+)
682634.SOD_k01260(+)
682634.SOD_c00170(+)
682634.SOD_a02490(+)
682634.SOD_h01170(+)
682634.SOD_a03830(+)
682634.SOD_e02840(+)
682634.SOD_a05190(+)
682634.SOD_b01490(+)
682634.SOD_g01500(+)
682634.SOD_f02400(+)
682634.SOD_a07280(+)
682634.SOD_a07530(+)
682634.SOD_a02130(+)
682634.SOD_d00310(+)
682634.SOD_f00020(+)
682634.SOD_c02460(+)
682634.SOD_f02060(+)
682634.SOD_c01700(+)
682634.SOD_h00150(+)
682634.SOD_c04860(+)
682634.SOD_d03150(+)
682634.SOD_b04760(+)
682634.SOD_b04230(+)
682634.SOD_d01150(+)
682634.SOD_m00180(+)
682634.SOD_e04050(+)
682634.SOD_e00280(+)
682634.SOD_d01690(+)
682634.SOD_h00340(+)
682634.SOD_d01540(+)
682634.SOD_n00070(+)
682634.SOD_f00110(+)
682634.SOD_e01260(+)
682634.SOD_b01520(+)
682634.SOD_f02070(+)
682634.SOD_c01830(+)
682634.SOD_a00210(+)
682634.SOD_o00010(+)
682634.SOD_j01270(+)
682634.SOD_d03940(+)
682634.SOD_g00330(+)
682634.SOD_a09580(+)
682634.SOD_n00210(+)
682634.SOD_d01480(+)
682634.SOD_a06080(+)
682634.SOD_g00560(+)
682634.SOD_i01210(+)
682634.SOD_k01250(+)
682634.SOD_i00760(+)
682634.SOD_c01540(+)
682634.SOD_a01820(+)
682634.SOD_h02220(+)
682634.SOD_a08420(+)
682634.SOD_d03400(+)
682634.SOD_b05090(+)
682634.SOD_a07980(+)
682634.SOD_f00190(+)
682634.SOD_a04350(+)
682634.SOD_c03620(+)
682634.SOD_c05820(+)
682634.SOD_m00520(+)
682634.SOD_g00020+
682634.SOD_b00800(+)
682634.SOD_e01930(+)
682634.SOD_f02450(+)
682634.SOD_e01440(+)
682634.SOD_b01610(+)
682634.SOD_b00210(+)
682634.SOD_f02830(+)
682634.SOD_j00300(+)
682634.SOD_j00410(+)
682634.SOD_e02710(+)
682634.SOD_g00190(+)
682634.SOD_f01450(+)
682634.SOD_a09320(+)
682634.SOD_h01800(+)
682634.SOD_c02160(+)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.375 (3/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================