Metamenu

Effective results for Vibrio orientalis CIP 102891 = ATCC 33934 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 562
- Predicted by EffectiveT3: 189 (high confidence), 260 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 25 within, 23 before, 57 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 13 eukaryotic-like domains, contained in 23 proteins (0 high, 23 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
675816.VIA_001849(PF02839) (PF10462)ER
675816.VIA_001971+mitochondrial; (mitochondrial)
675816.VIA_000553+(mitochondrial)
675816.VIA_000004(>)(ER)
675816.VIA_003144(<)ER
675816.VIA_001564(>)ER
675816.VIA_001247(PF02839)(ER)
675816.VIA_003847+ER
675816.VIA_001015(+)(PF00031)ER
675816.VIA_000547(PF05686)(mitochondrial)
675816.VIA_000941(>)(mitochondrial); mitochondrial
675816.VIA_003448+ER
675816.VIA_001578(PF02839)ER; (ER)
675816.VIA_002973(PF08180)ER
675816.VIA_001374+ER
675816.VIA_001719(PF14863)ER
675816.VIA_001722(PF14863)ER
675816.VIA_003774+ER
675816.VIA_003173(PF02839)ER; (ER)
675816.VIA_001553(<)ER
675816.VIA_000636+mitochondrial; (mitochondrial)
675816.VIA_002596+(mitochondrial); (plastid)
675816.VIA_001026(<)ER
675816.VIA_000520(>)mitochondrial; (mitochondrial)
675816.VIA_003577(>)ER
675816.VIA_002187+(mitochondrial); (plastid)
675816.VIA_000403(>)ER
675816.VIA_001459(>)ER
675816.VIA_000671+(mitochondrial)
675816.VIA_001071(>)ER
675816.VIA_003526+(mitochondrial)
675816.VIA_001684(PF02839)ER
675816.VIA_001201+ER; (ER)
675816.VIA_001848(PF02839)ER
675816.VIA_000934(>)ER
675816.VIA_002301(PF02839)ER
675816.VIA_002591(>)ER
675816.VIA_000250(>)ER
675816.VIA_001893(PF14863)ER
675816.VIA_000323(<)mitochondrial
675816.VIA_003646+(mitochondrial); (plastid)
675816.VIA_003318(>)ER
675816.VIA_001261+(ER); ER
675816.VIA_001418(>)(mitochondrial)
675816.VIA_002212(PF02839)ER
675816.VIA_003489+ER
675816.VIA_001406+(mitochondrial)
675816.VIA_002536+mitochondrial
675816.VIA_000205(>)ER
675816.VIA_001751+(mitochondrial)
675816.VIA_004054+mitochondrial
675816.VIA_004114(<)(mitochondrial)
675816.VIA_003827(<)mitochondrial
675816.VIA_003602+ER
675816.VIA_000808+ER
675816.VIA_004075+(plastid)
675816.VIA_003631+plastid
675816.VIA_003630+plastid
675816.VIA_002945+(>)
675816.VIA_003154(+)(mitochondrial); (plastid)
675816.VIA_001182(+)+
675816.VIA_001392(<)(mitochondrial)
675816.VIA_003382+(ER)
675816.VIA_003098(+)(mitochondrial)
675816.VIA_002963+(ER)
675816.VIA_002562(>)(ER)
675816.VIA_000143(+)(ER)
675816.VIA_000031+(plastid)
675816.VIA_000850(+)mitochondrial; (mitochondrial)
675816.VIA_003888(+)ER
675816.VIA_003080(+)ER
675816.VIA_003277(+)ER
675816.VIA_000604(+)ER
675816.VIA_000460(>)(ER)
675816.VIA_002582+(mitochondrial)
675816.VIA_003403+plastid
675816.VIA_001910+(plastid)
675816.VIA_000881+plastid
675816.VIA_002334+plastid
675816.VIA_002333+plastid
675816.VIA_002037(>)
675816.VIA_002328(+)ER
675816.VIA_002810(+)ER; (ER)
675816.VIA_000075+ER
675816.VIA_001440(+)ER
675816.VIA_001112(+)ER
675816.VIA_000642+(mitochondrial)
675816.VIA_000937(+)ER
675816.VIA_003019(+)ER; (ER)
675816.VIA_001475(+)ER
675816.VIA_002665+(plastid)
675816.VIA_002685(+)ER; (ER)
675816.VIA_001889(+)(mitochondrial)
675816.VIA_000513(>)(ER)
675816.VIA_003103+(>)
675816.VIA_002075(+)(mitochondrial)
675816.VIA_002078+plastid
675816.VIA_001256+(<)
675816.VIA_000349+(ER)
675816.VIA_004040+ER
675816.VIA_003246(+)mitochondrial
675816.VIA_002042+(plastid)
675816.VIA_000574+(plastid)
675816.VIA_000373(+)(mitochondrial)
675816.VIA_001507+(plastid)
675816.VIA_000582+(plastid)
675816.VIA_001212(+)(mitochondrial)
675816.VIA_002990+(ER)
675816.VIA_001979+
675816.VIA_000950+
675816.VIA_003929(>)
675816.VIA_000829(+)+
675816.VIA_003637+
675816.VIA_003639(+)(plastid)
675816.VIA_003703(+)(ER)
675816.VIA_001289+
675816.VIA_004070(>)
675816.VIA_001509+
675816.VIA_004079+
675816.VIA_002435+
675816.VIA_002347(>)
675816.VIA_002098(>)
675816.VIA_001168+
675816.VIA_001361+
675816.VIA_001705(+)(mitochondrial)
675816.VIA_001702+
675816.VIA_000019(>)
675816.VIA_000010+
675816.VIA_003938+
675816.VIA_000948+
675816.VIA_003445+
675816.VIA_003449(+)plastid
675816.VIA_003718+
675816.VIA_003712+
675816.VIA_002401(<)
675816.VIA_002417(+)(mitochondrial)
675816.VIA_000716+
675816.VIA_000713+
675816.VIA_002975+
675816.VIA_002370+
675816.VIA_002377+
675816.VIA_001174(<)
675816.VIA_001376(+)(ER)
675816.VIA_001950+
675816.VIA_000023+
675816.VIA_003548+
675816.VIA_003547+
675816.VIA_002547(+)(mitochondrial); not used
675816.VIA_002386+
675816.VIA_002387(<)
675816.VIA_004053+
675816.VIA_002969+
675816.VIA_002366+
675816.VIA_002566(>)
675816.VIA_001814(PF10014)
675816.VIA_001724(+)(ER)
675816.VIA_001929+
675816.VIA_001346+
675816.VIA_001036+
675816.VIA_001035+
675816.VIA_001033+
675816.VIA_000526(>)
675816.VIA_004020+
675816.VIA_000690+
675816.VIA_000453+
675816.VIA_000450(+)(>)
675816.VIA_000456+
675816.VIA_000459(<)
675816.VIA_003421(>)
675816.VIA_003582+
675816.VIA_000857(+)(mitochondrial)
675816.VIA_003557(>)
675816.VIA_003374(>)
675816.VIA_003088(+)(mitochondrial)
675816.VIA_003271+
675816.VIA_003176(+)(ER); not used
675816.VIA_001311+
675816.VIA_000145+
675816.VIA_002776+
675816.VIA_000746(+)(ER)
675816.VIA_000735(>)
675816.VIA_001154+
675816.VIA_001157+
675816.VIA_002594(>)
675816.VIA_001736(>)
675816.VIA_000195+
675816.VIA_001021+
675816.VIA_000288+
675816.VIA_000516+
675816.VIA_000042+
675816.VIA_004034+
675816.VIA_000138+
675816.VIA_002724(>)
675816.VIA_002335(+)(plastid)
675816.VIA_003054(>)
675816.VIA_002296+
675816.VIA_002761+not used
675816.VIA_000728(+)(mitochondrial)
675816.VIA_002902+
675816.VIA_000612+
675816.VIA_000614+
675816.VIA_000350(+)(ER)
675816.VIA_001836+
675816.VIA_001585+
675816.VIA_000184+
675816.VIA_001053+
675816.VIA_003977+
675816.VIA_003971+not used
675816.VIA_001368+
675816.VIA_000872+
675816.VIA_000879+
675816.VIA_003575+
675816.VIA_003579+
675816.VIA_003998+
675816.VIA_002341+
675816.VIA_002757(PF07653)
675816.VIA_000796+
675816.VIA_002190(+)(plastid)
675816.VIA_002336+
675816.VIA_001132(>)
675816.VIA_001042+
675816.VIA_001043+
675816.VIA_000266(<)
675816.VIA_000068(+)(plastid)
675816.VIA_003843+
675816.VIA_000406+not used
675816.VIA_000402+
675816.VIA_001010+
675816.VIA_000389+
675816.VIA_002107+
675816.VIA_002030(+)(plastid)
675816.VIA_001694+
675816.VIA_002632(+)(PF08357)
675816.VIA_001453+
675816.VIA_001454+
675816.VIA_001456(+)(mitochondrial)
675816.VIA_000677+
675816.VIA_002819+not used
675816.VIA_000097(>)
675816.VIA_004082+
675816.VIA_004173(>)
675816.VIA_003683+
675816.VIA_001593(<)
675816.VIA_003025+
675816.VIA_002137+
675816.VIA_001726+
675816.VIA_001497(+)(>)
675816.VIA_002004+
675816.VIA_002003+
675816.VIA_001689+
675816.VIA_002796(PF04664)
675816.VIA_002794+
675816.VIA_001446+
675816.VIA_002867(PF08732)
675816.VIA_001041+not used
675816.VIA_002437+
675816.VIA_004166+
675816.VIA_003300+
675816.VIA_003789(+)(>)
675816.VIA_003782+
675816.VIA_003013+
675816.VIA_003309(>)
675816.VIA_001353+
675816.VIA_002127+
675816.VIA_000569(>)
675816.VIA_002497+
675816.VIA_001785+
675816.VIA_002878+
675816.VIA_002873+
675816.VIA_001276+
675816.VIA_001652(PF02839)
675816.VIA_001098+
675816.VIA_000256+
675816.VIA_000257+
675816.VIA_004153+
675816.VIA_000920+
675816.VIA_000921+
675816.VIA_003794(>)
675816.VIA_000925+
675816.VIA_001802+
675816.VIA_003222+
675816.VIA_003226+
675816.VIA_002506(>)
675816.VIA_003644(>)
675816.VIA_000209(>)
675816.VIA_001462+
675816.VIA_001467(<)
675816.VIA_001798+
675816.VIA_002680(>)
675816.VIA_002208+
675816.VIA_001860+
675816.VIA_001087(>)
675816.VIA_001886+
675816.VIA_000046+
675816.VIA_003811(<)
675816.VIA_000518(+)(>)
675816.VIA_003254+
675816.VIA_003257(<)
675816.VIA_003250(+)(PF10014)
675816.VIA_003671+not used
675816.VIA_002071+
675816.VIA_003641(+)plastid
675816.VIA_000347(+)(ER)
675816.VIA_002671+
675816.VIA_002699(PF08695)
675816.VIA_002218+
675816.VIA_001520(+)(<)
675816.VIA_001523+
675816.VIA_001525+
675816.VIA_002855+
675816.VIA_000232(>)
675816.VIA_000080+
675816.VIA_000692+
675816.VIA_000697+
675816.VIA_000909(<)
675816.VIA_000903(+)(mitochondrial)
675816.VIA_002587(+)(mitochondrial)
675816.VIA_003110+
675816.VIA_001009(>)
675816.VIA_001659(+)(plastid)
675816.VIA_000226(+)(>)
675816.VIA_002853+
675816.VIA_001249+
675816.VIA_001149+
675816.VIA_001756+
675816.VIA_000119+
675816.VIA_002036(>)
675816.VIA_003878(<)
675816.VIA_000571+
675816.VIA_004057+
675816.VIA_000375+
675816.VIA_000975+
675816.VIA_000970+
675816.VIA_000972(>)
675816.VIA_003295(+)(mitochondrial)
675816.VIA_002631(>)
675816.VIA_002456+
675816.VIA_000581+
675816.VIA_001640+
675816.VIA_001616+
675816.VIA_001342+
675816.VIA_001768+
675816.VIA_004113+
675816.VIA_000967(>)
675816.VIA_000926+
675816.VIA_000814+
675816.VIA_003287+not used
675816.VIA_000774+
675816.VIA_001425+
675816.VIA_001857+
675816.VIA_002734+
675816.VIA_002952(<)
675816.VIA_002958+
675816.VIA_001993+
675816.VIA_002554+
675816.VIA_002556(<)
675816.VIA_001607+
675816.VIA_000487+
675816.VIA_000486(+)(plastid)
675816.VIA_001992+
675816.VIA_001777(PF07646)
675816.VIA_001975(+)
675816.VIA_000953(+)
675816.VIA_003633(+)
675816.VIA_003632(+)
675816.VIA_003700(+)
675816.VIA_002096(+)
675816.VIA_000763(+)
675816.VIA_002947(+)
675816.VIA_001165(+)
675816.VIA_002896(+)
675816.VIA_004005(+)
675816.VIA_000384(+)
675816.VIA_003446(+)
675816.VIA_003622(+)
675816.VIA_003159(+)
675816.VIA_000208(+)
675816.VIA_001538(+)not used
675816.VIA_001339(+)
675816.VIA_000756(+)
675816.VIA_002404(+)
675816.VIA_001570(+)
675816.VIA_001375(+)not used
675816.VIA_000056(+)
675816.VIA_001000+
675816.VIA_000843(+)
675816.VIA_003543(+)
675816.VIA_003386(+)
675816.VIA_002149(+)
675816.VIA_002140(+)
675816.VIA_000702(+)
675816.VIA_001147(+)
675816.VIA_001922(+)
675816.VIA_001034(+)
675816.VIA_004025(+)
675816.VIA_003959(+)
675816.VIA_003423(+)
675816.VIA_003429(+)
675816.VIA_000853(+)
675816.VIA_003770(+)
675816.VIA_003170(+)
675816.VIA_003275(+)
675816.VIA_002178(+)
675816.VIA_001729(+)
675816.VIA_000732(+)
675816.VIA_000731(+)
675816.VIA_000736(+)
675816.VIA_002918(+)
675816.VIA_002915(+)
675816.VIA_002354(+)
675816.VIA_001486(+)
675816.VIA_001153(+)
675816.VIA_001158(+)
675816.VIA_001737(+)
675816.VIA_000606(+)
675816.VIA_000196(+)
675816.VIA_000283(+)
675816.VIA_003418(+)
675816.VIA_003412(+)
675816.VIA_003414(+)
675816.VIA_003744(+)
675816.VIA_002317(+)
675816.VIA_002349(+)
675816.VIA_000613(+)
675816.VIA_000619(+)
675816.VIA_001839(+)
675816.VIA_001906(+)
675816.VIA_000297(+)
675816.VIA_000290(+)not used
675816.VIA_000506(+)
675816.VIA_003406(+)
675816.VIA_000874(+)
675816.VIA_000981(+)not used
675816.VIA_003576(+)
675816.VIA_003357(+)
675816.VIA_001845(+)
675816.VIA_002029(+)
675816.VIA_000411(+)
675816.VIA_000663(+)
675816.VIA_000668(+)
675816.VIA_002803(+)not used
675816.VIA_002247(+)
675816.VIA_001186(+)
675816.VIA_001044(+)
675816.VIA_000065(+)
675816.VIA_000405(+)
675816.VIA_003695(+)
675816.VIA_000312(+)
675816.VIA_003327(+)
675816.VIA_003219(+)
675816.VIA_000542(+)
675816.VIA_000543(+)
675816.VIA_002035(+)
675816.VIA_001697(+)
675816.VIA_001696(+)
675816.VIA_002637(+)
675816.VIA_001451(+)
675816.VIA_002923(+)
675816.VIA_002082(+)
675816.VIA_000419(+)
675816.VIA_004177(+)
675816.VIA_002988(+)
675816.VIA_003688(+)not used
675816.VIA_003835(+)
675816.VIA_000839(+)
675816.VIA_001595(+)
675816.VIA_003202(+)
675816.VIA_001828(+)
675816.VIA_002134(+)
675816.VIA_002006(+)
675816.VIA_002484(+)
675816.VIA_001066(+)
675816.VIA_003797(+)
675816.VIA_004161(+)
675816.VIA_000422(+)
675816.VIA_003862(+)
675816.VIA_000339(+)not used
675816.VIA_003839(+)
675816.VIA_003239(+)
675816.VIA_002128(+)
675816.VIA_002121(+)
675816.VIA_001535(+)
675816.VIA_002608(+)
675816.VIA_002490(+)
675816.VIA_002498(+)
675816.VIA_002879(+)
675816.VIA_001279(+)
675816.VIA_001878(+)
675816.VIA_002985(+)
675816.VIA_002013(+)
675816.VIA_003225(+)
675816.VIA_003000(+)
675816.VIA_003640(+)
675816.VIA_000055(+)
675816.VIA_001460(+)
675816.VIA_000154(+)
675816.VIA_002464(+)
675816.VIA_002663(+)
675816.VIA_001799(+)
675816.VIA_002688(+)
675816.VIA_002205(+)
675816.VIA_001267(+)
675816.VIA_001085(+)
675816.VIA_001887(+)
675816.VIA_000129(+)
675816.VIA_004146(+)
675816.VIA_003819(+)
675816.VIA_000911(+)
675816.VIA_000910(+)
675816.VIA_000819(+)
675816.VIA_003259(+)not used
675816.VIA_001871(+)
675816.VIA_003073(+)
675816.VIA_003674(+)
675816.VIA_003044(+)
675816.VIA_002471(+)
675816.VIA_002474(+)
675816.VIA_002677(+)
675816.VIA_002694(+)
675816.VIA_002217(+)
675816.VIA_001637(+)
675816.VIA_000901(+)
675816.VIA_000902(+)
675816.VIA_003483(+)
675816.VIA_003069(+)
675816.VIA_003118(+)
675816.VIA_001651(+)
675816.VIA_000785(+)
675816.VIA_002852(+)
675816.VIA_001243(+)
675816.VIA_000591(+)
675816.VIA_001532(+)
675816.VIA_002743(+)
675816.VIA_000376(+)
675816.VIA_000803(+)
675816.VIA_003721(+)
675816.VIA_001437(+)
675816.VIA_002458(+)
675816.VIA_003184(+)
675816.VIA_002232(+)
675816.VIA_001982(+)
675816.VIA_001980(+)
675816.VIA_000104(+)
675816.VIA_001960(+)
675816.VIA_001968(+)
675816.VIA_000968(+)
675816.VIA_000249(+)
675816.VIA_001210(+)
675816.VIA_003269(+)
675816.VIA_003281(+)
675816.VIA_001325(+)
675816.VIA_001307(+)not used
675816.VIA_001428(+)
675816.VIA_002427(+)
675816.VIA_002426(+)
675816.VIA_002421(+)
675816.VIA_002735(+)
675816.VIA_001859(+)
675816.VIA_001858(+)
675816.VIA_002557(+)
675816.VIA_000175(+)
675816.VIA_004102(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.625 (13/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================