Metamenu

Effective results for Vibrio sp. RC586 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 477
- Predicted by EffectiveT3: 139 (high confidence), 240 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 25 within, 20 before, 52 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 7 eukaryotic-like domains, contained in 10 proteins (4 high, 6 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
675815.VOA_000060+(mitochondrial); mitochondrial
675815.VOA_002445+ER
675815.VOA_002826(>)ER
675815.VOA_000462(>)ER
675815.VOA_000863(>)ER
675815.VOA_000268(>)(mitochondrial)
675815.VOA_002037(<)ER
675815.VOA_003494+(ER)
675815.VOA_000416(>)mitochondrial
675815.VOA_002331+ER
675815.VOA_002803+ER
675815.VOA_000665+ER
675815.VOA_001110(>)mitochondrial; (mitochondrial)
675815.VOA_002013(>)mitochondrial
675815.VOA_002011(>)ER
675815.VOA_002673+ER
675815.VOA_002072(PF01129)mitochondrial
675815.VOA_001167+(mitochondrial)
675815.VOA_002068+(ER); plastid
675815.VOA_000140(PF08180)ER
675815.VOA_000811(>)ER
675815.VOA_000962+(mitochondrial); mitochondrial
675815.VOA_003397+mitochondrial
675815.VOA_000978(>)ER
675815.VOA_001958(<)ER
675815.VOA_000556PF13455ER
675815.VOA_003022(>)(mitochondrial); mitochondrial
675815.VOA_002707(<)mitochondrial; (mitochondrial)
675815.VOA_003405(>)ER
675815.VOA_000496(>)ER
675815.VOA_003288(>)ER
675815.VOA_000228+(ER)
675815.VOA_001280(PF13582)ER
675815.VOA_002505+ER
675815.VOA_000217(>)ER
675815.VOA_000215+ER
675815.VOA_001075(>)(ER)
675815.VOA_001458(>)ER
675815.VOA_002193(>)ER
675815.VOA_002313(+)+ER
675815.VOA_002034(>)(mitochondrial)
675815.VOA_000325+(mitochondrial)
675815.VOA_002108(+)(ER)
675815.VOA_002022+(mitochondrial)
675815.VOA_002249(+)ER
675815.VOA_002650(+)mitochondrial
675815.VOA_002484+plastid
675815.VOA_002483+(plastid)
675815.VOA_002917+(>)
675815.VOA_001770(+)ER; (ER)
675815.VOA_000491+(mitochondrial)
675815.VOA_000173(+)(ER)
675815.VOA_003559+(plastid)
675815.VOA_002543+plastid
675815.VOA_001383(+)ER
675815.VOA_002536+(plastid)
675815.VOA_002040(+)ER
675815.VOA_000524(<)(ER)
675815.VOA_002953(+)(mitochondrial)
675815.VOA_003175+(ER)
675815.VOA_003163+(ER)
675815.VOA_000706(+)ER
675815.VOA_002188+(mitochondrial)
675815.VOA_000006(>)(plastid)
675815.VOA_000715(>)(plastid)
675815.VOA_001847+(plastid)
675815.VOA_000282+ER
675815.VOA_001268(+)mitochondrial; (mitochondrial)
675815.VOA_002361(+)ER
675815.VOA_002217(+)ER
675815.VOA_000727(+)(ER)
675815.VOA_001298+(ER)
675815.VOA_001270(+)ER
675815.VOA_002511(+)ER
675815.VOA_001089(+)(ER); plastid
675815.VOA_002527+plastid
675815.VOA_002528+(plastid)
675815.VOA_002538+plastid
675815.VOA_000919+
675815.VOA_000914+
675815.VOA_002825+
675815.VOA_003488+
675815.VOA_000831+
675815.VOA_003481+
675815.VOA_001423(>)
675815.VOA_003460(<)
675815.VOA_003462+
675815.VOA_000862+
675815.VOA_001407+
675815.VOA_001400+
675815.VOA_001409+
675815.VOA_001135+
675815.VOA_001757+not used
675815.VOA_002328+
675815.VOA_003522(>)
675815.VOA_002256+
675815.VOA_000415+
675815.VOA_000892+
675815.VOA_000895+
675815.VOA_000252+
675815.VOA_002026+
675815.VOA_002025+
675815.VOA_000660+
675815.VOA_000066+
675815.VOA_000541+
675815.VOA_000244(>)
675815.VOA_000545+
675815.VOA_001933+
675815.VOA_001813+
675815.VOA_001680(+)(plastid)
675815.VOA_001633+
675815.VOA_002010+
675815.VOA_003450PF09496
675815.VOA_002470(>)
675815.VOA_000657+not used
675815.VOA_003454+
675815.VOA_003457+
675815.VOA_000986(+)(plastid)
675815.VOA_000433+
675815.VOA_000430+
675815.VOA_000438(<)
675815.VOA_001326(<)not used
675815.VOA_001108+
675815.VOA_000443+
675815.VOA_002481+
675815.VOA_002482(+)(plastid)
675815.VOA_000564(>)
675815.VOA_000849(>)
675815.VOA_002001+
675815.VOA_002009+
675815.VOA_000842+
675815.VOA_002868(>)
675815.VOA_002867+
675815.VOA_003208(>)
675815.VOA_003194+
675815.VOA_003199(+)(plastid)
675815.VOA_001779+
675815.VOA_001358(<)
675815.VOA_001174+
675815.VOA_002676+
675815.VOA_002671(<)
675815.VOA_002453(+)(mitochondrial)
675815.VOA_002293+not used
675815.VOA_002853+
675815.VOA_003210(<)
675815.VOA_003181+not used
675815.VOA_002925+not used
675815.VOA_000742+
675815.VOA_000638+
675815.VOA_001901+
675815.VOA_000160(+)(mitochondrial)
675815.VOA_000162+
675815.VOA_000367+
675815.VOA_001162+
675815.VOA_003226+
675815.VOA_001920(>)
675815.VOA_002931+
675815.VOA_000996+
675815.VOA_000199+
675815.VOA_000172+
675815.VOA_001484PF13455
675815.VOA_001712+
675815.VOA_001379(+)(plastid)
675815.VOA_001807+not used
675815.VOA_001027(>)
675815.VOA_001193(>)
675815.VOA_002541(>)
675815.VOA_000765+
675815.VOA_001569+
675815.VOA_000145+
675815.VOA_000144+
675815.VOA_001497PF13455
675815.VOA_001381+
675815.VOA_001637+
675815.VOA_000547+
675815.VOA_002447(>)
675815.VOA_002422(+)(<)
675815.VOA_003174+
675815.VOA_000609(<)
675815.VOA_000977+
675815.VOA_001558(+)(>)
675815.VOA_000153+
675815.VOA_000805+
675815.VOA_001821+
675815.VOA_001738(>)
675815.VOA_001046+
675815.VOA_000550+
675815.VOA_002637+
675815.VOA_002095+
675815.VOA_002316+
675815.VOA_002384(<)
675815.VOA_002419(>)
675815.VOA_002567+
675815.VOA_003083+
675815.VOA_001942+
675815.VOA_001943+
675815.VOA_001541(+)(<)
675815.VOA_001831+
675815.VOA_001835+
675815.VOA_000234+
675815.VOA_001617(<)
675815.VOA_001721(+)+
675815.VOA_002621(>)
675815.VOA_002407(+)(mitochondrial)
675815.VOA_002408(<)
675815.VOA_003372+
675815.VOA_003282+
675815.VOA_002974+
675815.VOA_002883+
675815.VOA_000955(>)
675815.VOA_000179(>)
675815.VOA_000003+
675815.VOA_000138+
675815.VOA_001445(PF14022)
675815.VOA_001539+
675815.VOA_000221+
675815.VOA_001288+
675815.VOA_000798+
675815.VOA_000786(>)
675815.VOA_003564(>)
675815.VOA_002163(<)
675815.VOA_002167+
675815.VOA_002165+
675815.VOA_003299+
675815.VOA_002225+
675815.VOA_003108+
675815.VOA_003105+
675815.VOA_002210+
675815.VOA_003583(>)
675815.VOA_003580+
675815.VOA_003589+
675815.VOA_000031(+)(<)
675815.VOA_000030+
675815.VOA_000722+
675815.VOA_001451(PF14022)
675815.VOA_001675+
675815.VOA_001295+
675815.VOA_002775(>)
675815.VOA_002770(+)(plastid)
675815.VOA_001982+
675815.VOA_001520(+)mitochondrial; not used
675815.VOA_003135(+)(ER)
675815.VOA_000733+
675815.VOA_003310+
675815.VOA_000204(>)
675815.VOA_000207+
675815.VOA_001240+
675815.VOA_001640+
675815.VOA_001646+not used
675815.VOA_002744+
675815.VOA_002349+
675815.VOA_002348+not used
675815.VOA_000940+
675815.VOA_000386+
675815.VOA_002523(+)(ER)
675815.VOA_001450+
675815.VOA_003340(>)
675815.VOA_003345+
675815.VOA_002836+
675815.VOA_003015+
675815.VOA_000474+
675815.VOA_002052(<)
675815.VOA_001503(PF07653)
675815.VOA_001874(>)
675815.VOA_001876(>)
675815.VOA_001478(<)
675815.VOA_001655+
675815.VOA_001469+
675815.VOA_000751+
675815.VOA_002685+
675815.VOA_002352(>)
675815.VOA_002534+
675815.VOA_002226(+)not used
675815.VOA_000681(+)
675815.VOA_003065(+)
675815.VOA_000689(+)
675815.VOA_000466(+)
675815.VOA_000861(+)
675815.VOA_000868(+)
675815.VOA_000262(+)
675815.VOA_001316(+)
675815.VOA_001403(+)
675815.VOA_001795(+)
675815.VOA_000313(+)
675815.VOA_000314(+)
675815.VOA_001132(+)
675815.VOA_001134(+)
675815.VOA_001138(+)
675815.VOA_001753(+)
675815.VOA_003069(+)
675815.VOA_003413(+)
675815.VOA_002783(+)
675815.VOA_003251(+)
675815.VOA_002810(+)
675815.VOA_000670(+)
675815.VOA_003492(+)
675815.VOA_000414(+)
675815.VOA_001785(+)
675815.VOA_001239(+)
675815.VOA_001121(+)
675815.VOA_001141(+)
675815.VOA_003265(+)
675815.VOA_003318(+)
675815.VOA_003040(+)
675815.VOA_000061(+)
675815.VOA_000883(+)
675815.VOA_000880(+)
675815.VOA_000884(+)
675815.VOA_000249(+)
675815.VOA_001429(+)
675815.VOA_001424(+)
675815.VOA_000819(+)not used
675815.VOA_001758(+)
675815.VOA_001116(+)
675815.VOA_002493(+)
675815.VOA_002496(+)
675815.VOA_001630(+)
675815.VOA_002659(+)
675815.VOA_002655(+)
675815.VOA_002473(+)
675815.VOA_003303(+)
675815.VOA_000650(+)
675815.VOA_003458(+)
675815.VOA_002906(+)not used
675815.VOA_003057(+)
675815.VOA_001431(+)
675815.VOA_000345(+)
675815.VOA_001691(+)
675815.VOA_002157(+)
675815.VOA_002154(+)
675815.VOA_000449(+)
675815.VOA_002318(+)
675815.VOA_002003(+)
675815.VOA_002004(+)
675815.VOA_002468(+)
675815.VOA_002866(+)
675815.VOA_002911(+)
675815.VOA_003424(+)
675815.VOA_003421(+)
675815.VOA_000515(+)
675815.VOA_001910(+)
675815.VOA_000358(+)
675815.VOA_001004(+)
675815.VOA_002589(+)not used
675815.VOA_002075(+)
675815.VOA_002104(+)
675815.VOA_001259(+)
675815.VOA_002855(+)
675815.VOA_003214(+)
675815.VOA_000639(+)
675815.VOA_000165(+)
675815.VOA_000166(+)not used
675815.VOA_001344(+)
675815.VOA_001161(+)
675815.VOA_000148(+)
675815.VOA_002593(+)
675815.VOA_001448(+)not used
675815.VOA_002062(+)
675815.VOA_002060(+)
675815.VOA_002846(+)
675815.VOA_001434(+)
675815.VOA_003151(+)
675815.VOA_003409(+)
675815.VOA_000997(+)
675815.VOA_000990(+)
675815.VOA_003085(+)
675815.VOA_003592(+)
675815.VOA_001578(+)
675815.VOA_000195(+)
675815.VOA_001395(+)
675815.VOA_003074(+)
675815.VOA_003073(+)
675815.VOA_002127(+)
675815.VOA_000452(+)
675815.VOA_000760(+)not used
675815.VOA_000619(+)
675815.VOA_003526(+)
675815.VOA_000617(+)
675815.VOA_000967(+)
675815.VOA_001967(+)
675815.VOA_001964(+)
675815.VOA_001496(+)not used
675815.VOA_001494(+)
675815.VOA_001491(+)
675815.VOA_001363(+)
675815.VOA_001140(+)
675815.VOA_000540(+)
675815.VOA_001036(+)
675815.VOA_002606(+)
675815.VOA_002609(+)
675815.VOA_002136(+)
675815.VOA_002138(+)
675815.VOA_002554(+)
675815.VOA_002957(+)
675815.VOA_000529(+)
675815.VOA_003553(+)
675815.VOA_003552(+)
675815.VOA_000607(+)
675815.VOA_001824(+)
675815.VOA_000150(+)
675815.VOA_000398(+)
675815.VOA_000804(+)
675815.VOA_001045(+)
675815.VOA_002708(+)
675815.VOA_003387(+)
675815.VOA_002565(+)
675815.VOA_003549(+)
675815.VOA_001944(+)
675815.VOA_001547(+)
675815.VOA_001548(+)
675815.VOA_000839(+)
675815.VOA_000444(+)
675815.VOA_002364(+)
675815.VOA_001055(+)
675815.VOA_002162(+)
675815.VOA_001576(+)
675815.VOA_002080(+)
675815.VOA_001872(+)
675815.VOA_003577(+)
675815.VOA_003576(+)
675815.VOA_000951(+)
675815.VOA_000953(+)
675815.VOA_000954(+)
675815.VOA_000959(+)
675815.VOA_003590(+)
675815.VOA_003021(+)
675815.VOA_000008(+)
675815.VOA_003026(+)
675815.VOA_000481(+)
675815.VOA_000820(+)
675815.VOA_001198(+)
675815.VOA_001264(+)
675815.VOA_001066(+)
675815.VOA_001744(+)
675815.VOA_001151(+)
675815.VOA_002169(+)
675815.VOA_001154(+)
675815.VOA_002500(+)
675815.VOA_002981(+)
675815.VOA_003567(+)
675815.VOA_003560(+)
675815.VOA_000721(+)
675815.VOA_001980(+)
675815.VOA_000210(+)
675815.VOA_001297(+)
675815.VOA_001291(+)
675815.VOA_002417(+)
675815.VOA_002197(+)
675815.VOA_002519(+)
675815.VOA_002203(+)
675815.VOA_000730(+)
675815.VOA_001460(+)not used
675815.VOA_000029(+)
675815.VOA_001511(+)not used
675815.VOA_000598(+)
675815.VOA_000032(+)
675815.VOA_002851(+)
675815.VOA_001245(+)
675815.VOA_001248(+)
675815.VOA_001641(+)
675815.VOA_002962(+)
675815.VOA_002347(+)
675815.VOA_000571(+)
675815.VOA_002529(+)
675815.VOA_003348(+)
675815.VOA_002832(+)
675815.VOA_000473(+)
675815.VOA_000478(+)
675815.VOA_000052(+)
675815.VOA_001502(+)not used
675815.VOA_000872(+)
675815.VOA_001897(+)
675815.VOA_001098(+)
675815.VOA_000065(+)
675815.VOA_002756(+)
675815.VOA_002354(+)
675815.VOA_001467(+)not used

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.375 (11/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================