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Effective results for Clostridium saccharolyticum WM1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 99
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 30 eukaryotic-like domains, contained in 99 proteins (5 high, 94 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
610130.Closa_1916(PF01554)(ER)
610130.Closa_2486(PF00381)(mitochondrial)
610130.Closa_2499(PF01554)(ER)
610130.Closa_2543(PF01391)ER
610130.Closa_3222(PF06541)ER
610130.Closa_2210(PF02608)(mitochondrial)
610130.Closa_0447(PF06541)(mitochondrial); mitochondrial
610130.Closa_1630(PF02608)ER
610130.Closa_4169(PF00137)(ER)
610130.Closa_4015(PF10662)mitochondrial
610130.Closa_0913(PF02608)ER
610130.Closa_0464(PF01554)(mitochondrial)
610130.Closa_0486(PF02608)ER
610130.Closa_3280(PF02608)ER
610130.Closa_0392(PF06541)ER
610130.Closa_2471(PF02608)ER
610130.Closa_0259(PF01554)ER; (ER)
610130.Closa_1676(PF02608)ER
610130.Closa_1250(PF00381)mitochondrial; (mitochondrial)
610130.Closa_1491(PF10662)mitochondrial; (mitochondrial)
610130.Closa_0914(PF01554)(ER); ER
610130.Closa_4195(PF00137)ER
610130.Closa_2197(PF00381)(ER)
610130.Closa_1088(PF00381)(mitochondrial)
610130.Closa_4177(PF01554)(mitochondrial)
610130.Closa_2392(PF01554)(ER)
610130.Closa_1238(PF00381)
610130.Closa_1342(PF00381)
610130.Closa_3269(PF04961)
610130.Closa_1137(PF04961)
610130.Closa_1227(PF01554)
610130.Closa_0608PF04587
610130.Closa_3692(PF13151)
610130.Closa_0181PF02407
610130.Closa_2139(PF03266)
610130.Closa_0163(PF06100)
610130.Closa_3666(PF02906)
610130.Closa_2317(PF13597)
610130.Closa_0085(PF07085)
610130.Closa_2305(PF01554)
610130.Closa_3942(PF06100)
610130.Closa_1943(PF03437)
610130.Closa_1507(PF06249)
610130.Closa_2803(PF13155)
610130.Closa_2791(PF08357)
610130.Closa_1770(PF01554)
610130.Closa_0224(PF00381)
610130.Closa_2813(PF12224)
610130.Closa_3140(PF13155)
610130.Closa_3569(PF13155)
610130.Closa_1141(PF07085)
610130.Closa_0326(PF01554)
610130.Closa_2956(PF01869)
610130.Closa_0124(PF12646)
610130.Closa_3488(PF01391)
610130.Closa_2170(PF00381)
610130.Closa_2191(PF13155)
610130.Closa_3578(PF01391)
610130.Closa_1153(PF01554)
610130.Closa_3012(PF01869)
610130.Closa_2504(PF13597)
610130.Closa_4001(PF00137)
610130.Closa_4009(PF06249)
610130.Closa_0305(PF01391)
610130.Closa_0104(PF16332)
610130.Closa_0771PF02407
610130.Closa_2932(PF01554)
610130.Closa_3357(PF01554)
610130.Closa_4160(PF01554)
610130.Closa_1533(PF01554)
610130.Closa_0667(PF01869)
610130.Closa_2525(PF01880)
610130.Closa_1508(PF00381)
610130.Closa_0478(PF01869)
610130.Closa_0012(PF00381)
610130.Closa_3603(PF01869)
610130.Closa_2880(PF13597)
610130.Closa_2466(PF01795)
610130.Closa_1049(PF14249)
610130.Closa_1265(PF01554)
610130.Closa_1462(PF03437)
610130.Closa_3128(PF12224)
610130.Closa_3389(PF07085)
610130.Closa_3387(PF02906)
610130.Closa_3386(PF07085)
610130.Closa_1387PF12873
610130.Closa_4046PF02407
610130.Closa_1672(PF01869)
610130.Closa_3394(PF02906)
610130.Closa_3399(PF02906)
610130.Closa_2863(PF00302)
610130.Closa_3401(PF02906)
610130.Closa_4054(PF01880)
610130.Closa_1710(PF01391)
610130.Closa_2701(PF00302)
610130.Closa_2672(PF01795)
610130.Closa_2675(PF06100)
610130.Closa_1013(PF01554)
610130.Closa_4288(PF03630)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================