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Effective results for Dickeya dadantii Ech586 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 582
- Predicted by EffectiveT3: 210 (high confidence), 298 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 23 within, 17 before, 33 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 15 eukaryotic-like domains, contained in 25 proteins (3 high, 22 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
590409.Dd586_2097(PF14686) PF06045 (PF14683)ER
590409.Dd586_3748+mitochondrial
590409.Dd586_0151+(mitochondrial)
590409.Dd586_0792(>)(ER); ER
590409.Dd586_1174(>)ER
590409.Dd586_1358+mitochondrial; (mitochondrial)
590409.Dd586_1872+(mitochondrial); (plastid)
590409.Dd586_1998+mitochondrial; plastid
590409.Dd586_3218+ER
590409.Dd586_3459(+)(<)(mitochondrial)
590409.Dd586_2212(>)mitochondrial
590409.Dd586_2996+(ER)
590409.Dd586_0612+(ER)
590409.Dd586_1520+mitochondrial
590409.Dd586_4052+(>)
590409.Dd586_0425(>)(mitochondrial)
590409.Dd586_2048+(mitochondrial)
590409.Dd586_2175+ER
590409.Dd586_0125+(mitochondrial); (plastid)
590409.Dd586_0124+(mitochondrial); (plastid)
590409.Dd586_2254+(ER)
590409.Dd586_3818(>)(ER); ER
590409.Dd586_2937(PF03211)ER
590409.Dd586_2934(>)ER
590409.Dd586_3533(>)(mitochondrial)
590409.Dd586_1911(PF13332)ER
590409.Dd586_0094+(ER)
590409.Dd586_0506(PF08975)ER
590409.Dd586_2729(<)(ER)
590409.Dd586_2903+(ER)
590409.Dd586_4167+(ER); (plastid)
590409.Dd586_1844(>)ER
590409.Dd586_1710+(mitochondrial); mitochondrial
590409.Dd586_1937(>)ER
590409.Dd586_3982(PF13332)(mitochondrial)
590409.Dd586_0840(>)mitochondrial
590409.Dd586_3085(PF00544)ER; (ER)
590409.Dd586_3084+(PF00544)(mitochondrial)
590409.Dd586_3083+(PF00544)(ER)
590409.Dd586_2888+(mitochondrial); (plastid)
590409.Dd586_2168(>)ER
590409.Dd586_3364(>)ER
590409.Dd586_3788(PF00544)ER
590409.Dd586_3789(PF00544)ER
590409.Dd586_3786(PF02931)ER
590409.Dd586_1542++(mitochondrial)
590409.Dd586_1910(>)ER
590409.Dd586_0036(>)(ER); ER
590409.Dd586_0788+(ER)
590409.Dd586_3522(<)(mitochondrial)
590409.Dd586_1961(>)ER
590409.Dd586_4017+(ER)
590409.Dd586_3377(+)mitochondrial; (mitochondrial)
590409.Dd586_0374(>)(mitochondrial)
590409.Dd586_0484+(plastid)
590409.Dd586_1517+(plastid)
590409.Dd586_2154(+)ER
590409.Dd586_2788(+)(mitochondrial); (plastid)
590409.Dd586_3339+(plastid)
590409.Dd586_0975+(plastid)
590409.Dd586_4109+(mitochondrial)
590409.Dd586_1536+(mitochondrial)
590409.Dd586_1535(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_2531+(plastid)
590409.Dd586_3860(+)ER
590409.Dd586_3463+(ER)
590409.Dd586_3555+(mitochondrial)
590409.Dd586_3340+plastid
590409.Dd586_1524+(plastid)
590409.Dd586_3764+(>)
590409.Dd586_2059+(PF00413)
590409.Dd586_2058+(PF00413)
590409.Dd586_2277(+)(ER)
590409.Dd586_1889+(plastid)
590409.Dd586_3200+(PF12588)
590409.Dd586_2463(+)(>)plastid
590409.Dd586_0416(+)mitochondrial; (mitochondrial)
590409.Dd586_2810(+)ER
590409.Dd586_4097(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_0241+(ER)
590409.Dd586_1667(+)(>)(mitochondrial)
590409.Dd586_1046(+)ER; (ER)
590409.Dd586_4089+(plastid)
590409.Dd586_2834(+)ER; (ER)
590409.Dd586_3746(+)(ER); (plastid)
590409.Dd586_2002(PF03211)(plastid)
590409.Dd586_2976(+)ER
590409.Dd586_3999(+)ER
590409.Dd586_0520+(mitochondrial)
590409.Dd586_2582(+)ER
590409.Dd586_3613(+)(>)(ER)
590409.Dd586_0205(<)plastid
590409.Dd586_3357+(mitochondrial)
590409.Dd586_2683+(plastid)
590409.Dd586_3977+(PF13332)
590409.Dd586_0959(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_2949(+)ER
590409.Dd586_3681(+)ER
590409.Dd586_0839(+)ER
590409.Dd586_0830++
590409.Dd586_3964(+)(ER)
590409.Dd586_1543+(plastid)
590409.Dd586_1544+plastid
590409.Dd586_0319+(ER)
590409.Dd586_1573(+)ER
590409.Dd586_3048+(plastid)
590409.Dd586_0784(+)ER
590409.Dd586_2092+PF06422
590409.Dd586_2566+
590409.Dd586_0159+
590409.Dd586_1779+
590409.Dd586_3828(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_1224+
590409.Dd586_2783+
590409.Dd586_3338+
590409.Dd586_3334+
590409.Dd586_2082+
590409.Dd586_2550(<)
590409.Dd586_2557+
590409.Dd586_2574+
590409.Dd586_3391+
590409.Dd586_3390+
590409.Dd586_0972+
590409.Dd586_0973+
590409.Dd586_0977+
590409.Dd586_3560+
590409.Dd586_1687+
590409.Dd586_1771+
590409.Dd586_1772(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_1775+
590409.Dd586_0749+
590409.Dd586_1166+
590409.Dd586_1508+
590409.Dd586_1344+
590409.Dd586_3329(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_1780+
590409.Dd586_1988+
590409.Dd586_2854+
590409.Dd586_3108(>)
590409.Dd586_3070(>)
590409.Dd586_3075+
590409.Dd586_0007(+)(plastid)
590409.Dd586_4079+
590409.Dd586_4106+
590409.Dd586_2624(<)
590409.Dd586_0599(<)
590409.Dd586_0593+
590409.Dd586_1533+
590409.Dd586_1248(<)
590409.Dd586_1426+
590409.Dd586_2620+
590409.Dd586_1897+
590409.Dd586_3469+
590409.Dd586_4068+
590409.Dd586_2998+
590409.Dd586_4118+
590409.Dd586_1741+
590409.Dd586_0431(+)(plastid)
590409.Dd586_1529+
590409.Dd586_2052(PF00413)
590409.Dd586_2057(+)(PF00413)
590409.Dd586_3275(<)
590409.Dd586_2611(>)
590409.Dd586_2473(<)
590409.Dd586_3490(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_3878+
590409.Dd586_0111+
590409.Dd586_1886+
590409.Dd586_1884+
590409.Dd586_0420+
590409.Dd586_1645+
590409.Dd586_2231+
590409.Dd586_1266+
590409.Dd586_0979+
590409.Dd586_1168+
590409.Dd586_2511+
590409.Dd586_3243(>)
590409.Dd586_3245(+)(PF06500)
590409.Dd586_2261+
590409.Dd586_3641+
590409.Dd586_2465+
590409.Dd586_3026+
590409.Dd586_4041+
590409.Dd586_1790+
590409.Dd586_0636+
590409.Dd586_3117+
590409.Dd586_0411+
590409.Dd586_0251+
590409.Dd586_1477+
590409.Dd586_1470(+)ER; not used
590409.Dd586_1388+
590409.Dd586_1270+
590409.Dd586_2075+
590409.Dd586_3255+
590409.Dd586_2813+
590409.Dd586_3039+
590409.Dd586_3915+
590409.Dd586_0139+
590409.Dd586_0136+
590409.Dd586_0397+
590409.Dd586_1006(>)
590409.Dd586_0253+
590409.Dd586_2770+
590409.Dd586_0629+
590409.Dd586_1866+
590409.Dd586_1666+
590409.Dd586_2392+
590409.Dd586_2393+
590409.Dd586_2808+
590409.Dd586_2932+
590409.Dd586_2935+
590409.Dd586_3281+
590409.Dd586_3825(+)(plastid)
590409.Dd586_4081+
590409.Dd586_4084+
590409.Dd586_0495(+)(plastid)
590409.Dd586_4153+
590409.Dd586_4158(<)
590409.Dd586_2926+
590409.Dd586_0090(+)+
590409.Dd586_0095+
590409.Dd586_0098(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_0475(+)PF01644
590409.Dd586_0474+
590409.Dd586_0507+
590409.Dd586_2950+
590409.Dd586_4132+
590409.Dd586_1295+
590409.Dd586_2011(+)(ER)
590409.Dd586_0895(<)
590409.Dd586_1724+
590409.Dd586_2657+
590409.Dd586_1505+
590409.Dd586_3290+
590409.Dd586_4003+
590409.Dd586_2593+
590409.Dd586_0645+
590409.Dd586_1593(<)
590409.Dd586_0263+
590409.Dd586_0512+
590409.Dd586_0511(>)
590409.Dd586_1025+
590409.Dd586_1112+
590409.Dd586_1337(+)(plastid)
590409.Dd586_2004+
590409.Dd586_2944+
590409.Dd586_2979(<)
590409.Dd586_2972+
590409.Dd586_3941+
590409.Dd586_2648(+)(plastid)
590409.Dd586_3354(PF01409)
590409.Dd586_2915+
590409.Dd586_2353(PF06500)
590409.Dd586_2837+
590409.Dd586_3173+
590409.Dd586_0678+
590409.Dd586_0676(+)(>)
590409.Dd586_0240+
590409.Dd586_0244+
590409.Dd586_4179+
590409.Dd586_0452+
590409.Dd586_1104+
590409.Dd586_0470+
590409.Dd586_1916+
590409.Dd586_2547+
590409.Dd586_1950+
590409.Dd586_2587+
590409.Dd586_2966+
590409.Dd586_0689+
590409.Dd586_0207+
590409.Dd586_0927+
590409.Dd586_0531+
590409.Dd586_1313+
590409.Dd586_2024+
590409.Dd586_3600+
590409.Dd586_2594+
590409.Dd586_2755(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_3851+
590409.Dd586_2376+
590409.Dd586_3691+
590409.Dd586_3151+
590409.Dd586_3400(+)(ER)
590409.Dd586_1837+
590409.Dd586_2337+
590409.Dd586_0056+
590409.Dd586_0050+
590409.Dd586_3100+
590409.Dd586_3698(+)(plastid)
590409.Dd586_3373+
590409.Dd586_0541(+)(mitochondrial)
590409.Dd586_3413+
590409.Dd586_1549+
590409.Dd586_2163+
590409.Dd586_3363(>)
590409.Dd586_2569+
590409.Dd586_2563+
590409.Dd586_3097+
590409.Dd586_2781+
590409.Dd586_3149+
590409.Dd586_3415(>)
590409.Dd586_1947(PF01409)
590409.Dd586_1395(<)
590409.Dd586_4128+not used
590409.Dd586_1797+
590409.Dd586_1157+
590409.Dd586_1379(+)(>)
590409.Dd586_1375+
590409.Dd586_1371+
590409.Dd586_2240+
590409.Dd586_2177+
590409.Dd586_2717+
590409.Dd586_2310+
590409.Dd586_0955+
590409.Dd586_3226(<)
590409.Dd586_1819(<)
590409.Dd586_1815+
590409.Dd586_2704+
590409.Dd586_3044+
590409.Dd586_3049(+)(PF16485)
590409.Dd586_4026+
590409.Dd586_3284+
590409.Dd586_0143+
590409.Dd586_3820+
590409.Dd586_0762+
590409.Dd586_1140+
590409.Dd586_1365+
590409.Dd586_1569(+)(>)
590409.Dd586_1564+
590409.Dd586_2453+
590409.Dd586_3309+
590409.Dd586_1788+
590409.Dd586_1962+
590409.Dd586_3121+
590409.Dd586_3430+
590409.Dd586_1914+
590409.Dd586_0379(+)
590409.Dd586_0487(+)
590409.Dd586_1190(+)
590409.Dd586_0574(+)
590409.Dd586_1519(+)
590409.Dd586_1518(+)
590409.Dd586_1516(+)
590409.Dd586_1513(+)
590409.Dd586_1421(+)
590409.Dd586_3335(+)
590409.Dd586_3649(+)
590409.Dd586_2085(+)
590409.Dd586_2553(+)
590409.Dd586_3566(+)
590409.Dd586_3849(+)
590409.Dd586_3936(+)
590409.Dd586_3930(+)
590409.Dd586_3063(+)
590409.Dd586_3061(+)
590409.Dd586_1777(+)
590409.Dd586_1761(+)
590409.Dd586_0347(+)
590409.Dd586_2410(+)
590409.Dd586_1187(+)
590409.Dd586_1438(+)
590409.Dd586_3027(+)
590409.Dd586_3782(+)
590409.Dd586_0501(+)
590409.Dd586_2523(+)
590409.Dd586_3214(+)
590409.Dd586_3853(+)
590409.Dd586_3924(+)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.2 (12/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================