Effective results for Vibrio tasmaniensis LGP32 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 640
- Predicted by EffectiveT3: 201 (high confidence), 304 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 31 within, 27 before, 63 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 16 eukaryotic-like domains, contained in 27 proteins (0 high, 27 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
575788.VS_II1012+(>)mitochondrial
575788.VS_3159+(ER); ER
575788.VS_II1018(>)(ER)
575788.VS_II0296+ER
575788.VS_2222+ER
575788.VS_2165(>)ER
575788.VS_2783+mitochondrial
575788.VS_1140(>)(mitochondrial)
575788.VS_0141+mitochondrial
575788.VS_1846(PF17186)(mitochondrial); (ER)
575788.VS_II1229(>)ER
575788.VS_II0176+ER
575788.VS_2152+ER
575788.VS_2153(PF00075)mitochondrial
575788.VS_II1039+ER
575788.VS_2939+ER
575788.VS_1947+(mitochondrial)
575788.VS_1360(<)mitochondrial; plastid
575788.VS_II1116(<)ER
575788.VS_II0574(PF06468)ER
575788.VS_II0573(PF06468)ER
575788.VS_0997+(mitochondrial); plastid
575788.VS_1181+ER; (ER)
575788.VS_II0890(>)ER
575788.VS_0198(>)mitochondrial
575788.VS_0207(<)(ER)
575788.VS_3081+(mitochondrial); (ER)
575788.VS_II1161(>)ER
575788.VS_2917(>)ER
575788.VS_II0092(PF14863)ER
575788.VS_II0428+ER
575788.VS_0187(PF05686)(ER); (mitochondrial)
575788.VS_0183+(mitochondrial)
575788.VS_1241(>)ER
575788.VS_II0229(PF14863)(ER)
575788.VS_II0131(PF00834)mitochondrial; (mitochondrial)
575788.VS_II1022(>)mitochondrial
575788.VS_0223(>)ER
575788.VS_2101(PF14863)ER
575788.VS_II0444+(ER)
575788.VS_0439(>)mitochondrial; (mitochondrial)
575788.VS_0589+mitochondrial
575788.VS_2561(>)ER
575788.VS_II0211(>)ER
575788.VS_II0262(PF00031)ER
575788.VS_2641(>)ER
575788.VS_II1444(>)ER; (ER)
575788.VS_II1053(>)ER
575788.VS_1554+ER
575788.VS_II1471(>)ER
575788.VS_2593+(mitochondrial); plastid
575788.VS_II0239(>)ER
575788.VS_2035(>)ER
575788.VS_1310(<)ER
575788.VS_1257+ER
575788.VS_1708+ER
575788.VS_1417(PF08180)ER
575788.VS_II0244(PF17186)ER
575788.VS_II0503(>)ER
575788.VS_1078(>)ER
575788.VS_II0810+ER
575788.VS_0627+(ER); (plastid)
575788.VS_1981(>)ER
575788.VS_1057(>)ER
575788.VS_0456(<)mitochondrial; (mitochondrial)
575788.VS_2419(PF06500)ER
575788.VS_2418(PF06500)mitochondrial; (mitochondrial)
575788.VS_II1481+(mitochondrial); (plastid)
575788.VS_2658+(mitochondrial)
575788.VS_2084(+)(ER)
575788.VS_2427+(plastid)
575788.VS_II1123(+)mitochondrial
575788.VS_II0529(+)ER; plastid
575788.VS_2313(<)(mitochondrial)
575788.VS_2223+plastid
575788.VS_II0605+(mitochondrial)
575788.VS_1528(+)(ER)
575788.VS_1144(+)mitochondrial; (mitochondrial)
575788.VS_II1135+(plastid)
575788.VS_2283+(plastid)
575788.VS_II1221(+)mitochondrial
575788.VS_II0771(+)ER
575788.VS_II0612(>)(mitochondrial)
575788.VS_0179+(plastid)
575788.VS_II0167+(>)
575788.VS_1491+(mitochondrial); not used
575788.VS_2859+(plastid)
575788.VS_II0151(+)(mitochondrial)
575788.VS_2136+(plastid)
575788.VS_2689(+)ER
575788.VS_0373+(ER)
575788.VS_0016+
575788.VS_II0094(+)(mitochondrial)
575788.VS_0812+plastid
575788.VS_1106(+)(mitochondrial)
575788.VS_2477(+)ER
575788.VS_II1319(<)(ER)
575788.VS_II1311+(plastid)
575788.VS_II0943(+)ER
575788.VS_0354(+)mitochondrial
575788.VS_0814+plastid
575788.VS_II1093(+)(mitochondrial)
575788.VS_II0059+(plastid)
575788.VS_1298+(plastid)
575788.VS_II1082+(mitochondrial)
575788.VS_II1339(+)(ER)
575788.VS_2813(+)(mitochondrial)
575788.VS_0861+(mitochondrial)
575788.VS_1623(PF10013)(mitochondrial); not used
575788.VS_1923(+)(mitochondrial)
575788.VS_2391(+)ER
575788.VS_II0075(PF03199) (PF03917)
575788.VS_II0860(+)ER
575788.VS_II0924(+)ER; (ER)
575788.VS_2396(+)(ER)
575788.VS_0671(+)(mitochondrial)
575788.VS_3146+(mitochondrial)
575788.VS_II1198++
575788.VS_II1503(+)(ER)
575788.VS_II0472(+)ER
575788.VS_1399+(>)
575788.VS_II0496(+)ER
575788.VS_3009(+)ER
575788.VS_0009(+)ER
575788.VS_1255(+)ER
575788.VS_1413+plastid
575788.VS_II1284+plastid
575788.VS_II1464(+)(mitochondrial)
575788.VS_2294+plastid
575788.VS_1403(+)ER
575788.VS_1067(+)mitochondrial; (mitochondrial)
575788.VS_0624+(plastid)
575788.VS_II0913+(<)
575788.VS_3027(+)(mitochondrial)
575788.VS_1556(>)(mitochondrial)
575788.VS_2182+(ER)
575788.VS_1472(+)(mitochondrial); plastid
575788.VS_1691+(mitochondrial)
575788.VS_II1488+(ER)
575788.VS_II1486(+)ER
575788.VS_0930(+)ER
575788.VS_II0287(+)(ER)
575788.VS_0804+(plastid)
575788.VS_II1485(+)ER
575788.VS_II0632(+)ER
575788.VS_1461(+)ER; not used
575788.VS_II0832+
575788.VS_1684+
575788.VS_1688+not used
575788.VS_1042+
575788.VS_II0397+
575788.VS_2555+
575788.VS_2551(PF01121)
575788.VS_2552(PF01121)
575788.VS_0332+
575788.VS_2420+
575788.VS_0152+
575788.VS_1852+
575788.VS_II0839+
575788.VS_2889+
575788.VS_II0295(>)
575788.VS_II0297+
575788.VS_II0140(+)(>)
575788.VS_1123+
575788.VS_0815+
575788.VS_2221+
575788.VS_II0744+
575788.VS_2168(>)
575788.VS_1031(<)
575788.VS_1039(>)
575788.VS_1148(+)(plastid)
575788.VS_0143+
575788.VS_0826(>)
575788.VS_II1133+
575788.VS_1842+
575788.VS_II0196+
575788.VS_2948+
575788.VS_2896(+)(>)
575788.VS_2302+
575788.VS_1273+
575788.VS_II0778(+)(plastid)
575788.VS_2230+
575788.VS_2233(+)(<)
575788.VS_II0177+
575788.VS_1445+
575788.VS_1339(<)
575788.VS_1530(+)(mitochondrial)
575788.VS_0318+
575788.VS_II1157(>)
575788.VS_1152(>)
575788.VS_II1151+
575788.VS_2448+
575788.VS_0799(>)
575788.VS_0172(PF00834)
575788.VS_II1102+
575788.VS_1830(>)
575788.VS_II1215+
575788.VS_3154+
575788.VS_1944(+)(>)
575788.VS_2849+
575788.VS_2844+
575788.VS_II1367(<)not used
575788.VS_II1363+
575788.VS_II1361+
575788.VS_1361(+)(mitochondrial)
575788.VS_0369(>)
575788.VS_1069+
575788.VS_1787+
575788.VS_0782+
575788.VS_0787+
575788.VS_3095+
575788.VS_II1111(<)
575788.VS_1827(>)
575788.VS_0560+
575788.VS_II0373+
575788.VS_2854+
575788.VS_2325(PF00075)
575788.VS_2324+
575788.VS_II1372+
575788.VS_II1374(+)+
575788.VS_2217+
575788.VS_2214+
575788.VS_2211(>)
575788.VS_0219+
575788.VS_2218+
575788.VS_II0154+
575788.VS_2132+
575788.VS_2683+
575788.VS_2662(>)
575788.VS_2663+
575788.VS_0688+
575788.VS_II1170+
575788.VS_3087+
575788.VS_II0366+
575788.VS_1963(<)
575788.VS_2868(PF00834)
575788.VS_II1307+
575788.VS_0985(<)
575788.VS_1564+
575788.VS_1565+
575788.VS_2582+
575788.VS_II0425+
575788.VS_II0186+
575788.VS_2671(+)plastid
575788.VS_1582+
575788.VS_1803+
575788.VS_2451+
575788.VS_2454(>)
575788.VS_II0221+
575788.VS_2875+
575788.VS_2272+
575788.VS_1191+
575788.VS_II1402+
575788.VS_2111(+)(ER)
575788.VS_1325+
575788.VS_2062+
575788.VS_II0432+
575788.VS_1775+
575788.VS_2483(<)
575788.VS_2481(>)
575788.VS_1596+
575788.VS_2093(+)(<)
575788.VS_1901+
575788.VS_II1090+
575788.VS_II1322+
575788.VS_II1323+
575788.VS_II1321+
575788.VS_II0902+
575788.VS_3041+
575788.VS_II0138+
575788.VS_II1432+
575788.VS_II0051+
575788.VS_0806+
575788.VS_2622(+)(plastid)
575788.VS_1121+
575788.VS_2564+
575788.VS_II0845(>)
575788.VS_0237+
575788.VS_0232+
575788.VS_0726+
575788.VS_1631+
575788.VS_1637(+)(plastid)
575788.VS_II0087(>)
575788.VS_1918(>)
575788.VS_II1089+
575788.VS_II1336+
575788.VS_II0206(>)
575788.VS_3071+
575788.VS_II1529(<)
575788.VS_II0084+
575788.VS_II0063+
575788.VS_II0454+
575788.VS_1756+
575788.VS_II0458+
575788.VS_II0697+
575788.VS_II0858+
575788.VS_0531(+)(ER)
575788.VS_0242(>)
575788.VS_0669+
575788.VS_0665(<)
575788.VS_0394(>)
575788.VS_II0325(>)
575788.VS_II1188+
575788.VS_II0102+
575788.VS_II0070(<)
575788.VS_0010+
575788.VS_1384+
575788.VS_1653(PF00075)
575788.VS_0512+
575788.VS_0675+
575788.VS_0381(>)
575788.VS_2389+
575788.VS_II0266+
575788.VS_3013+
575788.VS_3124(+)(ER)
575788.VS_II0932+
575788.VS_II1507+
575788.VS_II1227+
575788.VS_II1226+
575788.VS_II0003+
575788.VS_0842(<)
575788.VS_0844(<)
575788.VS_0846+
575788.VS_2731+
575788.VS_II0671+
575788.VS_0899+
575788.VS_II0877+
575788.VS_II1056+
575788.VS_II1292+
575788.VS_0288+
575788.VS_0749+
575788.VS_II0274+
575788.VS_1154(+)(ER)
575788.VS_II1475(>)
575788.VS_0490+
575788.VS_2280+
575788.VS_2359(<)
575788.VS_II0412+
575788.VS_1704(PF08732)
575788.VS_1700+
575788.VS_1679+
575788.VS_0499+
575788.VS_0278+
575788.VS_1412+
575788.VS_1419+
575788.VS_0272+
575788.VS_0471(PF00310)
575788.VS_0472(PF00310)
575788.VS_0474(PF00310)
575788.VS_0617(<)not used
575788.VS_2469+
575788.VS_II1046+
575788.VS_II1289(>)
575788.VS_0299+
575788.VS_II1263(<)
575788.VS_II0390+
575788.VS_II0507(+)(mitochondrial)
575788.VS_0828+
575788.VS_1718+
575788.VS_2758+
575788.VS_2192+(<)
575788.VS_1402+
575788.VS_1401+
575788.VS_2621(>)
575788.VS_1180+
575788.VS_0590+
575788.VS_0449+
575788.VS_0116+
575788.VS_1878+
575788.VS_1512(>)
575788.VS_3117+
575788.VS_3115+
575788.VS_1980+
575788.VS_II0854+
575788.VS_0905+
575788.VS_1277(PF04664)
575788.VS_2187+
575788.VS_2185(>)
575788.VS_0810+
575788.VS_II0531+
575788.VS_II0535+
575788.VS_II0537+
575788.VS_1692+
575788.VS_1504(<)
575788.VS_1189+
575788.VS_0701(>)
575788.VS_0098+
575788.VS_II1392+
575788.VS_2960(>)
575788.VS_II0812+
575788.VS_II0885+
575788.VS_II0396(>)
575788.VS_2032+
575788.VS_2862+
575788.VS_0802(+)plastid
575788.VS_0676+
575788.VS_1467(+)
575788.VS_2083(+)
575788.VS_2087(+)
575788.VS_II0830(+)not used
575788.VS_1680(+)
575788.VS_1514(+)
575788.VS_1513(+)
575788.VS_1049(+)
575788.VS_2793(+)
575788.VS_0150(+)
575788.VS_2958(+)
575788.VS_2880+
575788.VS_0922(+)
575788.VS_2319+
575788.VS_II1348(+)
575788.VS_1043(+)
575788.VS_II0608(+)
575788.VS_II0606(+)
575788.VS_1459(+)
575788.VS_1217(+)
575788.VS_II0510(+)
575788.VS_1526(+)
575788.VS_2545(+)
575788.VS_2784(+)
575788.VS_II1219(+)
575788.VS_0325(+)
575788.VS_0144(+)
575788.VS_II1009(+)
575788.VS_0823(+)
575788.VS_2942(+)
575788.VS_II1228(+)
575788.VS_II1358(+)
575788.VS_II0777(+)
575788.VS_II0775(+)
575788.VS_II0615(+)not used
575788.VS_II0616(+)not used
575788.VS_1335(+)
575788.VS_1334(+)
575788.VS_1449(+)
575788.VS_1338(+)
575788.VS_0943(+)
575788.VS_1332(+)
575788.VS_0319(+)
575788.VS_1344(+)
575788.VS_0174(+)
575788.VS_II1032(+)
575788.VS_1245(+)
575788.VS_II0346(+)
575788.VS_II0344(+)
575788.VS_1943(+)
575788.VS_1940(+)
575788.VS_1941(+)
575788.VS_2339(+)
575788.VS_II0764(+)
575788.VS_1917(+)
575788.VS_1233(+)
575788.VS_1543(+)
575788.VS_1781(+)
575788.VS_1165(+)
575788.VS_1494(+)
575788.VS_0780(+)
575788.VS_0788(+)
575788.VS_0167(+)
575788.VS_3098(+)
575788.VS_3090(+)
575788.VS_1955(+)
575788.VS_1954(+)
575788.VS_1958(+)
575788.VS_2851(+)
575788.VS_II1370(+)
575788.VS_II1373(+)
575788.VS_II0791(+)
575788.VS_II0577(+)
575788.VS_2213(+)
575788.VS_II0155(+)
575788.VS_1733(+)
575788.VS_2046(+)
575788.VS_2041(+)
575788.VS_1798(+)
575788.VS_II0897(+)
575788.VS_1316(+)
575788.VS_2365(+)
575788.VS_2468(+)
575788.VS_1481(+)
575788.VS_0753(+)
575788.VS_0683(+)
575788.VS_II1171(+)
575788.VS_3083(+)
575788.VS_3086(+)
575788.VS_II0299(+)
575788.VS_II0148(+)
575788.VS_0811(+)
575788.VS_1368(+)
575788.VS_0360(+)
575788.VS_1104(+)
575788.VS_II0746(+)
575788.VS_2476(+)
575788.VS_II0524(+)
575788.VS_1615(+)
575788.VS_2450(+)
575788.VS_2455(+)not used
575788.VS_II0226(+)
575788.VS_3032(+)
575788.VS_II1318(+)
575788.VS_II1403(+)
575788.VS_II0133(+)not used
575788.VS_3116(+)
575788.VS_II1028(+)
575788.VS_II1026(+)
575788.VS_II1255(+)
575788.VS_II0436(+)
575788.VS_1773(+)
575788.VS_1772(+)
575788.VS_1375(+)
575788.VS_0356(+)not used
575788.VS_1115(+)
575788.VS_II0691(+)
575788.VS_II1326(+)
575788.VS_II1328(+)
575788.VS_2807(+)
575788.VS_3042(+)
575788.VS_II1389(+)
575788.VS_1260(+)
575788.VS_II1431(+)
575788.VS_1748(+)
575788.VS_1342(+)
575788.VS_II0939(+)
575788.VS_1126(+)
575788.VS_0236(+)
575788.VS_1895(+)
575788.VS_1271(+)
575788.VS_II1088(+)
575788.VS_2817(+)
575788.VS_3074(+)
575788.VS_II0114(+)
575788.VS_0883(+)
575788.VS_1283(+)
575788.VS_1282(+)
575788.VS_II1007(+)
575788.VS_II1005(+)
575788.VS_II1003(+)
575788.VS_0409(+)
575788.VS_II0856+
575788.VS_0243(+)
575788.VS_0395(+)
575788.VS_II0326(+)
575788.VS_II0323(+)
575788.VS_1638(+)
575788.VS_II0213(+)
575788.VS_II1185(+)not used
575788.VS_II0105(+)
575788.VS_II0108(+)
575788.VS_0896(+)
575788.VS_II1455(+)
575788.VS_II1456+
575788.VS_II1453(+)
575788.VS_1711(+)
575788.VS_II0078(+)
575788.VS_2018(+)
575788.VS_2012(+)
575788.VS_0876(+)
575788.VS_II0465(+)
575788.VS_2702(+)not used
575788.VS_2631(+)
575788.VS_2635(+)
575788.VS_0706(+)
575788.VS_1652(+)
575788.VS_II0486(+)
575788.VS_0416(+)
575788.VS_2567(+)
575788.VS_1933(+)
575788.VS_II0267(+)
575788.VS_II1195(+)
575788.VS_II1194(+)
575788.VS_II1509(+)
575788.VS_II1225(+)
575788.VS_2025(+)
575788.VS_II0712(+)
575788.VS_II0713(+)
575788.VS_0840(+)
575788.VS_II1439(+)
575788.VS_II0493(+)
575788.VS_II0936(+)
575788.VS_II1051(+)
575788.VS_0118(+)
575788.VS_0119(+)
575788.VS_II1294(+)
575788.VS_1795(+)
575788.VS_3133(+)
575788.VS_1992(+)
575788.VS_II1510+
575788.VS_II1512(+)
575788.VS_II0704(+)
575788.VS_1703(+)
575788.VS_1414(+)
575788.VS_0249(+)
575788.VS_1079(+)
575788.VS_2445(+)
575788.VS_2502(+)
575788.VS_II0655(+)
575788.VS_II1048(+)
575788.VS_II1282(+)
575788.VS_II0245(+)
575788.VS_2295(+)
575788.VS_II1268(+)
575788.VS_II0027(+)
575788.VS_0913(+)
575788.VS_2341(+)
575788.VS_0614(+)
575788.VS_II0500(+)
575788.VS_II0461(+)
575788.VS_II0659(+)
575788.VS_2194(+)not used
575788.VS_2193(+)
575788.VS_1400(+)
575788.VS_1510(+)
575788.VS_II0816(+)
575788.VS_1088(+)
575788.VS_0445(+)
575788.VS_0440(+)
575788.VS_3088(+)
575788.VS_0620(+)
575788.VS_II1077(+)
575788.VS_II1075(+)
575788.VS_II0912(+)
575788.VS_1815(+)
575788.VS_2375(+)
575788.VS_3119(+)
575788.VS_II0725(+)
575788.VS_II0726(+)
575788.VS_2188(+)
575788.VS_II0849(+)
575788.VS_1053(+)
575788.VS_II0247(+)
575788.VS_0636(+)
575788.VS_0634(+)
575788.VS_II0757(+)
575788.VS_2980(+)
575788.VS_2220(+)
575788.VS_0803(+)
575788.VS_II0758(+)
575788.VS_II0754(+)
575788.VS_II0631(+)
575788.VS_2773(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.75 (14/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================