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Effective results for Holdemania filiformis DSM 12042 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 325
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 36 eukaryotic-like domains, contained in 325 proteins (121 high, 204 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
545696.HOLDEFILI_00133(PF08279) (PF00359)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00458(PF08279) (PF00359)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01601PF13580ER
545696.HOLDEFILI_03977PF08282mitochondrial
545696.HOLDEFILI_00176PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02821PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00549PF00890ER; (ER)
545696.HOLDEFILI_02546(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_00612(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00166PF00890ER
545696.HOLDEFILI_04044(PF00232)(ER)
545696.HOLDEFILI_00379PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00282(PF08279)ER
545696.HOLDEFILI_00754PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03005PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02283(PF01554)(ER); ER
545696.HOLDEFILI_02844PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03720(PF00367)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01186(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00033(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_02351(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_03201(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00820(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00918PF00890ER
545696.HOLDEFILI_01202PF00890ER
545696.HOLDEFILI_04034PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02881PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02507PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02255(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00487PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02222(PF03959)ER
545696.HOLDEFILI_01221PF00890ER
545696.HOLDEFILI_04117(PF13238)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_04111PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00068(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_00675PF00890ER
545696.HOLDEFILI_01320PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00810PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03891(PF01554)ER
545696.HOLDEFILI_03413PF00890(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01337PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00040(PF00232)(ER)
545696.HOLDEFILI_02930(PF13173)ER
545696.HOLDEFILI_00279(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_01906(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_02329(PF01554)mitochondrial
545696.HOLDEFILI_02592(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_01487PF00890ER
545696.HOLDEFILI_00500(PF00359)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_03745(PF08279)ER
545696.HOLDEFILI_02340(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_00729(PF02368)ER
545696.HOLDEFILI_03980(PF11070)ER
545696.HOLDEFILI_00536PF08282mitochondrial
545696.HOLDEFILI_02804PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02802PF00890ER
545696.HOLDEFILI_03381(PF13173)(mitochondrial); mitochondrial
545696.HOLDEFILI_01128PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02388(PF13173)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00894PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02819PF00890ER
545696.HOLDEFILI_02637(PF01979)mitochondrial
545696.HOLDEFILI_02632(PF01979)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_02639(PF00367)(ER); ER
545696.HOLDEFILI_00776(PF01554)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00769PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00768PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00765PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00767PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_02378PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00286(PF01979)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_03009PF00890(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00622(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01153(PF05063)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01710(PF01554)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00023(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_00588(PF01554)(ER)
545696.HOLDEFILI_01204(PF13173)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_02472(PF08279)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_02403(PF05063)(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01353(PF02421)(mitochondrial)
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545696.HOLDEFILI_00789PF07171 PF07364
545696.HOLDEFILI_00865PF00890(mitochondrial)
545696.HOLDEFILI_01054PF07171 PF07364
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545696.HOLDEFILI_00058(PF08279) (PF00359)
545696.HOLDEFILI_03163(PF01979)(ER)
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545696.HOLDEFILI_02161(PF00232)not used
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545696.HOLDEFILI_02039(PF08279)
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545696.HOLDEFILI_00778(PF00232)
545696.HOLDEFILI_00779(PF00232)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================