Effective results for Burkholderia phymatum STM815 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 894
- Predicted by EffectiveT3: 310 (high confidence), 385 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 28 within, 11 before, 44 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 106
- Predicted by EffectiveELD: 18 eukaryotic-like domains, contained in 51 proteins (4 high, 47 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
---|---|---|---|---|---|
391038.Bphy_0589 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_5280 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_2057 | (>) | ER | |||
391038.Bphy_4631 | + | ER | |||
391038.Bphy_2207 | + | ER | |||
391038.Bphy_4496 | + | ER | |||
391038.Bphy_4912 | (+) | (>) | (mitochondrial) | ||
391038.Bphy_4878 | + | + | (ER) | ||
391038.Bphy_1977 | + | ER | |||
391038.Bphy_3133 | (PF03537) | ER | |||
391038.Bphy_2531 | + | ER | |||
391038.Bphy_3823 | + | ER | |||
391038.Bphy_3491 | (<) | ER | |||
391038.Bphy_5138 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_2452 | (>) | ER | |||
391038.Bphy_5460 | + | ER | |||
391038.Bphy_0584 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
391038.Bphy_2296 | (>) | mitochondrial | |||
391038.Bphy_2293 | (PF01050) | ER; (ER) | |||
391038.Bphy_4584 | + | ER | |||
391038.Bphy_3840 | (PF14347) | ER | |||
391038.Bphy_2592 | + | mitochondrial | |||
391038.Bphy_2649 | (>) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3841 | (PF14347) | ER | |||
391038.Bphy_5196 | + | mitochondrial | |||
391038.Bphy_1474 | + | ER | |||
391038.Bphy_1831 | (PF03537) | ER | |||
391038.Bphy_3695 | + | (mitochondrial); plastid | |||
391038.Bphy_5337 | (PF04366) | (ER) | |||
391038.Bphy_1687 | + | mitochondrial | |||
391038.Bphy_1355 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4635 | + | ER | |||
391038.Bphy_5305 | + | ER; (ER) | |||
391038.Bphy_2797 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_2790 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_0810 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
391038.Bphy_1780 | (>) | ER | |||
391038.Bphy_1788 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_3076 | (>) | mitochondrial | |||
391038.Bphy_2411 | (>) | (ER) | |||
391038.Bphy_2740 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_2126 | (PF14347) | (ER) | |||
391038.Bphy_2025 | + | ER | |||
391038.Bphy_4973 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_3557 | (PF01075) | ER | |||
391038.Bphy_4203 | (PF04366) | ER | |||
391038.Bphy_1875 | + | (mitochondrial); plastid | |||
391038.Bphy_4515 | + | ER | |||
391038.Bphy_2218 | + | ER | |||
391038.Bphy_2322 | + | ER | |||
391038.Bphy_4998 | + | (ER); ER | |||
391038.Bphy_1195 | + | ER | |||
391038.Bphy_4230 | + | ER; (ER) | |||
391038.Bphy_5167 | + | ER | |||
391038.Bphy_0212 | + | (ER); (plastid) | |||
391038.Bphy_2587 | + | ER | |||
391038.Bphy_3565 | (PF13436) | ER | |||
391038.Bphy_2767 | + | ER | |||
391038.Bphy_3288 | + | ER | |||
391038.Bphy_2161 | + | ER | |||
391038.Bphy_0517 | (<) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_5348 | + | ER | |||
391038.Bphy_5290 | (PF03537) | (ER); (plastid) | |||
391038.Bphy_1280 | (PF01566) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3248 | + | (ER); ER | |||
391038.Bphy_4418 | (>) | mitochondrial | |||
391038.Bphy_3102 | (PF04366) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_1051 | (PF04366) | (mitochondrial); (ER) | |||
391038.Bphy_3582 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_0415 | (>) | ER | |||
391038.Bphy_2966 | (>) | (ER); mitochondrial | |||
391038.Bphy_2814 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3738 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4475 | + | ER | |||
391038.Bphy_1631 | (>) | mitochondrial | |||
391038.Bphy_1637 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_1430 | (>) | ER | |||
391038.Bphy_0940 | + | ER | |||
391038.Bphy_5248 | (PF01075) | mitochondrial | |||
391038.Bphy_4660 | + | mitochondrial | |||
391038.Bphy_2936 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
391038.Bphy_4280 | (<) | ER | |||
391038.Bphy_5243 | + | ||||
391038.Bphy_1624 | (+) | mitochondrial; plastid | |||
391038.Bphy_1715 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_1396 | + | plastid | |||
391038.Bphy_3951 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_1215 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3131 | (PF17171) (PF17172) | ||||
391038.Bphy_2267 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4603 | (+) | ER; (plastid) | |||
391038.Bphy_0350 | (+) | ER; (ER) | |||
391038.Bphy_0961 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4907 | + | plastid | |||
391038.Bphy_4840 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_1213 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_3925 | + | (PF01075) | |||
391038.Bphy_0639 | + | (PF01075) | |||
391038.Bphy_2674 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_1208 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_1379 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_4852 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_0828 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_4932 | (+) | ER | |||
391038.Bphy_3028 | (<) | + | |||
391038.Bphy_3842 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_2245 | (>) | (plastid) | |||
391038.Bphy_4921 | (+) | mitochondrial; plastid | |||
391038.Bphy_1522 | (+) | (>) | |||
391038.Bphy_0835 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_4314 | + | plastid | |||
391038.Bphy_4318 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
391038.Bphy_3279 | + | plastid | |||
391038.Bphy_2655 | (+) | mitochondrial | |||
391038.Bphy_4678 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4637 | + | (PF01566) | |||
391038.Bphy_2136 | (+) | ER | |||
391038.Bphy_0629 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_1724 | (+) | mitochondrial; (ER) | |||
391038.Bphy_1259 | PF04916 PF15508 | ||||
391038.Bphy_4158 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_0061 | + | plastid | |||
391038.Bphy_3786 | (>) | (ER) | |||
391038.Bphy_1334 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_0557 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_5143 | (+) | ER | |||
391038.Bphy_4058 | + | (>) | |||
391038.Bphy_3060 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_4685 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_0539 | (+) | (ER) | |||
391038.Bphy_4214 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_1487 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_1648 | (>) | (ER) | |||
391038.Bphy_0995 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_1260 | (+) | ER | |||
391038.Bphy_4505 | (+) | ER | |||
391038.Bphy_2354 | + | + | |||
391038.Bphy_0943 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4759 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3162 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_2437 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_2989 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_4258 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3103 | (PF17171) (PF17172) | ||||
391038.Bphy_1056 | + | (PF01050) | |||
391038.Bphy_3196 | (+) | ER; (ER) | |||
391038.Bphy_4732 | + | (ER) | |||
391038.Bphy_1943 | + | plastid | |||
391038.Bphy_0525 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_0095 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_2381 | + | plastid | |||
391038.Bphy_2380 | (+) | ER | |||
391038.Bphy_3621 | (+) | (ER) | |||
391038.Bphy_1048 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4659 | + | (>) | |||
391038.Bphy_3771 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3157 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
391038.Bphy_3800 | (+) | ER; (ER) | |||
391038.Bphy_4861 | (+) | ER | |||
391038.Bphy_2151 | + | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_2937 | + | (plastid) | |||
391038.Bphy_3704 | + | plastid | |||
391038.Bphy_2834 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_3235 | + | ||||
391038.Bphy_2618 | + | ||||
391038.Bphy_2729 | + | ||||
391038.Bphy_5237 | (>) | ||||
391038.Bphy_0411 | + | ||||
391038.Bphy_0141 | (>) | ||||
391038.Bphy_0140 | + | ||||
391038.Bphy_0069 | (+) | + | |||
391038.Bphy_1089 | + | ||||
391038.Bphy_1080 | + | ||||
391038.Bphy_1390 | + | ||||
391038.Bphy_3688 | + | ||||
391038.Bphy_1401 | + | ||||
391038.Bphy_4704 | (PF10009) | ||||
391038.Bphy_4706 | + | ||||
391038.Bphy_0284 | + | ||||
391038.Bphy_5477 | (<) | ||||
391038.Bphy_3950 | + | ||||
391038.Bphy_0590 | + | ||||
391038.Bphy_0026 | PF14311 | ||||
391038.Bphy_3714 | + | ||||
391038.Bphy_2996 | + | ||||
391038.Bphy_2990 | + | ||||
391038.Bphy_2535 | + | ||||
391038.Bphy_2532 | (+) | (plastid) | |||
391038.Bphy_3226 | (PF01566) | ||||
391038.Bphy_2283 | (PF01050) | ||||
391038.Bphy_0392 | + | ||||
391038.Bphy_2266 | (PF01075) | ||||
391038.Bphy_2067 | + | ||||
391038.Bphy_5293 | + | ||||
391038.Bphy_1765 | + | ||||
391038.Bphy_4392 | + | ||||
391038.Bphy_0964 | + | ||||
391038.Bphy_0967 | + | ||||
391038.Bphy_0969 | + | ||||
391038.Bphy_0968 | + | ||||
391038.Bphy_1367 | + | ||||
391038.Bphy_4901 | (>) | ||||
391038.Bphy_1169 | + | ||||
391038.Bphy_4906 | + | ||||
391038.Bphy_1162 | + | ||||
391038.Bphy_1181 | (+) | (ER) | |||
391038.Bphy_1458 | (+) | (>) | |||
391038.Bphy_0363 | + | ||||
391038.Bphy_5087 | + | ||||
391038.Bphy_5089 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4844 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_4597 | + | ||||
391038.Bphy_4590 | + | ||||
391038.Bphy_3924 | (PF01075) | ||||
391038.Bphy_4600 | (+) | (ER) | |||
391038.Bphy_0580 | + | ||||
391038.Bphy_0745 | + | ||||
391038.Bphy_5514 | (+) | (plastid) | |||
391038.Bphy_4026 | (>) | ||||
391038.Bphy_4021 | + | ||||
391038.Bphy_3725 | (PF01050) | ||||
391038.Bphy_0638 | + | ||||
391038.Bphy_3455 | + | ||||
391038.Bphy_2521 | + | ||||
391038.Bphy_2529 | + | ||||
391038.Bphy_4269 | + | ||||
391038.Bphy_0500 | + | ||||
391038.Bphy_2295 | + | ||||
391038.Bphy_2292 | (+) | + | |||
391038.Bphy_2272 | + | ||||
391038.Bphy_2077 | (>) | ||||
391038.Bphy_2180 | + | ||||
391038.Bphy_4429 | + | ||||
391038.Bphy_0914 | (<) | ||||
391038.Bphy_1377 | (+) | (mitochondrial) | |||
391038.Bphy_1375 | (+) | (plastid) | |||
391038.Bphy_4855 | (>) | ||||
391038.Bphy_5181 | (PF00536) | ||||
391038.Bphy_4587 | + | ||||
391038.Bphy_4588 | (PF00536) | ||||
391038.Bphy_1202 | + | ||||
391038.Bphy_5218 | + | ||||
391038.Bphy_0006 | + | ||||
391038.Bphy_4035 | + | ||||
391038.Bphy_5452 | + | ||||
391038.Bphy_3737 | + | ||||
391038.Bphy_3595 | + | ||||
391038.Bphy_2860 | + | ||||
391038.Bphy_4387 | (>) | ||||
391038.Bphy_2088 | + | ||||
391038.Bphy_2640 | (+) | + | |||
391038.Bphy_1403 | + | ||||
391038.Bphy_0977 | + | ||||
391038.Bphy_0015 | + | ||||
391038.Bphy_0973 | + | ||||
391038.Bphy_0003 | + | ||||
391038.Bphy_4244 | + | ||||
391038.Bphy_2029 | + | ||||
391038.Bphy_0082 | + | ||||
391038.Bphy_2513 | + | ||||
391038.Bphy_4826 | (+) | + | |||
391038.Bphy_5193 | + | ||||
391038.Bphy_3689 | + | ||||
391038.Bphy_5064 | + | ||||
391038.Bphy_0348 | + | ||||
391038.Bphy_4627 | + | ||||
391038.Bphy_4624 | (>) | ||||
391038.Bphy_1835 | + | ||||
391038.Bphy_4692 | + | ||||
391038.Bphy_5538 | (PF12200) | ||||
391038.Bphy_0011 | + | ||||
391038.Bphy_3698 | + | ||||
391038.Bphy_2506 | + | ||||
391038.Bphy_2871 | + | ||||
391038.Bphy_2475 | (+) | (PF01050) | |||
391038.Bphy_2253 | + | ||||
391038.Bphy_2657 | (+) | (plastid) | |||
391038.Bphy_2653 | + | ||||
391038.Bphy_0117 | + | ||||
391038.Bphy_0578 | (>) | ||||
391038.Bphy_1753 | (+) | (ER) | |||
391038.Bphy_5055 | + | ||||
391038.Bphy_1535 | + | ||||
391038.Bphy_1221 | + | ||||
391038.Bphy_0339 | + | ||||
391038.Bphy_4494 | (+) | (plastid) | |||
391038.Bphy_1824 | + | ||||
391038.Bphy_3684 | + | ||||
391038.Bphy_5302 | (<) | ||||
391038.Bphy_0486 | + | ||||
391038.Bphy_0663 | + | ||||
391038.Bphy_0661 | (PF01075) | ||||
391038.Bphy_0665 | + | ||||
391038.Bphy_3865 | + | ||||
391038.Bphy_3269 | + | ||||
391038.Bphy_3266 | + | ||||
391038.Bphy_2400 | + | ||||
391038.Bphy_2409 | + | ||||
391038.Bphy_3312 | + | ||||
391038.Bphy_3485 | + | ||||
391038.Bphy_4109 | + | ||||
391038.Bphy_2134 | + | ||||
391038.Bphy_2138 | + | ||||
391038.Bphy_3462 | + | ||||
391038.Bphy_0927 | + | ||||
391038.Bphy_3573 | + | ||||
391038.Bphy_1784 | + | ||||
391038.Bphy_1782 | (>) | ||||
391038.Bphy_1031 | + | ||||
391038.Bphy_0320 | + | ||||
391038.Bphy_1256 | + | ||||
391038.Bphy_4790 | + | ||||
391038.Bphy_0495 | (PF01075) | ||||
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391038.Bphy_1425 | (+) | ||||
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391038.Bphy_3129 | (+) | ||||
391038.Bphy_1883 | (+) | ||||
391038.Bphy_5409 | (+) | ||||
391038.Bphy_1358 | (+) | ||||
391038.Bphy_1096 | (+) | ||||
391038.Bphy_1097 | (+) | ||||
391038.Bphy_3834 | (+) | ||||
391038.Bphy_0164 | (+) | ||||
391038.Bphy_5240 | (+) | ||||
391038.Bphy_0553 | (+) | ||||
391038.Bphy_4044 | (+) | ||||
391038.Bphy_3701 | (+) | ||||
391038.Bphy_0854 | (+) | ||||
391038.Bphy_1691 | (+) | ||||
391038.Bphy_3829 | (+) | ||||
391038.Bphy_1544 | (+) | ||||
391038.Bphy_1868 | (+) | ||||
391038.Bphy_1549 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 0.75 (6/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.75 (6/8 KEGG proteins)