Effective results for Burkholderia phymatum STM815 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 894
- Predicted by EffectiveT3: 310 (high confidence), 385 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 28 within, 11 before, 44 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 106
- Predicted by EffectiveELD: 18 eukaryotic-like domains, contained in 51 proteins (4 high, 47 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
391038.Bphy_0589+(ER)
391038.Bphy_5280+(mitochondrial)
391038.Bphy_2057(>)ER
391038.Bphy_4631+ER
391038.Bphy_2207+ER
391038.Bphy_4496+ER
391038.Bphy_4912(+)(>)(mitochondrial)
391038.Bphy_4878++(ER)
391038.Bphy_1977+ER
391038.Bphy_3133(PF03537)ER
391038.Bphy_2531+ER
391038.Bphy_3823+ER
391038.Bphy_3491(<)ER
391038.Bphy_5138+(ER)
391038.Bphy_2452(>)ER
391038.Bphy_5460+ER
391038.Bphy_0584+(mitochondrial); (plastid)
391038.Bphy_2296(>)mitochondrial
391038.Bphy_2293(PF01050)ER; (ER)
391038.Bphy_4584+ER
391038.Bphy_3840(PF14347)ER
391038.Bphy_2592+mitochondrial
391038.Bphy_2649(>)(mitochondrial)
391038.Bphy_3841(PF14347)ER
391038.Bphy_5196+mitochondrial
391038.Bphy_1474+ER
391038.Bphy_1831(PF03537)ER
391038.Bphy_3695+(mitochondrial); plastid
391038.Bphy_5337(PF04366)(ER)
391038.Bphy_1687+mitochondrial
391038.Bphy_1355+(mitochondrial)
391038.Bphy_4635+ER
391038.Bphy_5305+ER; (ER)
391038.Bphy_2797+(mitochondrial)
391038.Bphy_2790+(ER)
391038.Bphy_0810+(mitochondrial); (plastid)
391038.Bphy_1780(>)ER
391038.Bphy_1788+(ER)
391038.Bphy_3076(>)mitochondrial
391038.Bphy_2411(>)(ER)
391038.Bphy_2740+(mitochondrial)
391038.Bphy_2126(PF14347)(ER)
391038.Bphy_2025+ER
391038.Bphy_4973+(ER)
391038.Bphy_3557(PF01075)ER
391038.Bphy_4203(PF04366)ER
391038.Bphy_1875+(mitochondrial); plastid
391038.Bphy_4515+ER
391038.Bphy_2218+ER
391038.Bphy_2322+ER
391038.Bphy_4998+(ER); ER
391038.Bphy_1195+ER
391038.Bphy_4230+ER; (ER)
391038.Bphy_5167+ER
391038.Bphy_0212+(ER); (plastid)
391038.Bphy_2587+ER
391038.Bphy_3565(PF13436)ER
391038.Bphy_2767+ER
391038.Bphy_3288+ER
391038.Bphy_2161+ER
391038.Bphy_0517(<)(mitochondrial)
391038.Bphy_5348+ER
391038.Bphy_5290(PF03537)(ER); (plastid)
391038.Bphy_1280(PF01566)(mitochondrial)
391038.Bphy_3248+(ER); ER
391038.Bphy_4418(>)mitochondrial
391038.Bphy_3102(PF04366)mitochondrial; (mitochondrial)
391038.Bphy_1051(PF04366)(mitochondrial); (ER)
391038.Bphy_3582+(ER)
391038.Bphy_0415(>)ER
391038.Bphy_2966(>)(ER); mitochondrial
391038.Bphy_2814+(mitochondrial)
391038.Bphy_3738+(mitochondrial)
391038.Bphy_4475+ER
391038.Bphy_1631(>)mitochondrial
391038.Bphy_1637+(ER)
391038.Bphy_1430(>)ER
391038.Bphy_0940+ER
391038.Bphy_5248(PF01075)mitochondrial
391038.Bphy_4660+mitochondrial
391038.Bphy_2936+(mitochondrial); (plastid)
391038.Bphy_4280(<)ER
391038.Bphy_5243+
391038.Bphy_1624(+)mitochondrial; plastid
391038.Bphy_1715+(plastid)
391038.Bphy_1396+plastid
391038.Bphy_3951(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_1215+(mitochondrial)
391038.Bphy_3131(PF17171) (PF17172)
391038.Bphy_2267+(mitochondrial)
391038.Bphy_4603(+)ER; (plastid)
391038.Bphy_0350(+)ER; (ER)
391038.Bphy_0961(+)mitochondrial; (mitochondrial)
391038.Bphy_4907+plastid
391038.Bphy_4840+(ER)
391038.Bphy_1213+(ER)
391038.Bphy_3925+(PF01075)
391038.Bphy_0639+(PF01075)
391038.Bphy_2674+(plastid)
391038.Bphy_1208+(ER)
391038.Bphy_1379+(ER)
391038.Bphy_4852+(plastid)
391038.Bphy_0828+(plastid)
391038.Bphy_4932(+)ER
391038.Bphy_3028(<)+
391038.Bphy_3842+(mitochondrial)
391038.Bphy_2245(>)(plastid)
391038.Bphy_4921(+)mitochondrial; plastid
391038.Bphy_1522(+)(>)
391038.Bphy_0835+(plastid)
391038.Bphy_4314+plastid
391038.Bphy_4318(+)(mitochondrial); plastid
391038.Bphy_3279+plastid
391038.Bphy_2655(+)mitochondrial
391038.Bphy_4678(+)mitochondrial; (mitochondrial)
391038.Bphy_4637+(PF01566)
391038.Bphy_2136(+)ER
391038.Bphy_0629+(plastid)
391038.Bphy_1724(+)mitochondrial; (ER)
391038.Bphy_1259PF04916 PF15508
391038.Bphy_4158+(plastid)
391038.Bphy_0061+plastid
391038.Bphy_3786(>)(ER)
391038.Bphy_1334+(plastid)
391038.Bphy_0557+(plastid)
391038.Bphy_5143(+)ER
391038.Bphy_4058+(>)
391038.Bphy_3060+(plastid)
391038.Bphy_4685+(mitochondrial)
391038.Bphy_0539(+)(ER)
391038.Bphy_4214(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_1487(+)mitochondrial; (mitochondrial)
391038.Bphy_1648(>)(ER)
391038.Bphy_0995+(plastid)
391038.Bphy_1260(+)ER
391038.Bphy_4505(+)ER
391038.Bphy_2354++
391038.Bphy_0943(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_4759+(mitochondrial)
391038.Bphy_3162+(ER)
391038.Bphy_2437+(plastid)
391038.Bphy_2989+(plastid)
391038.Bphy_4258(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_3103(PF17171) (PF17172)
391038.Bphy_1056+(PF01050)
391038.Bphy_3196(+)ER; (ER)
391038.Bphy_4732+(ER)
391038.Bphy_1943+plastid
391038.Bphy_0525+(mitochondrial)
391038.Bphy_0095+(plastid)
391038.Bphy_2381+plastid
391038.Bphy_2380(+)ER
391038.Bphy_3621(+)(ER)
391038.Bphy_1048+(mitochondrial)
391038.Bphy_4659+(>)
391038.Bphy_3771(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_3157(+)(mitochondrial); plastid
391038.Bphy_3800(+)ER; (ER)
391038.Bphy_4861(+)ER
391038.Bphy_2151+(mitochondrial)
391038.Bphy_2937+(plastid)
391038.Bphy_3704+plastid
391038.Bphy_2834(+)mitochondrial; (mitochondrial)
391038.Bphy_3235+
391038.Bphy_2618+
391038.Bphy_2729+
391038.Bphy_5237(>)
391038.Bphy_0411+
391038.Bphy_0141(>)
391038.Bphy_0140+
391038.Bphy_0069(+)+
391038.Bphy_1089+
391038.Bphy_1080+
391038.Bphy_1390+
391038.Bphy_3688+
391038.Bphy_1401+
391038.Bphy_4704(PF10009)
391038.Bphy_4706+
391038.Bphy_0284+
391038.Bphy_5477(<)
391038.Bphy_3950+
391038.Bphy_0590+
391038.Bphy_0026PF14311
391038.Bphy_3714+
391038.Bphy_2996+
391038.Bphy_2990+
391038.Bphy_2535+
391038.Bphy_2532(+)(plastid)
391038.Bphy_3226(PF01566)
391038.Bphy_2283(PF01050)
391038.Bphy_0392+
391038.Bphy_2266(PF01075)
391038.Bphy_2067+
391038.Bphy_5293+
391038.Bphy_1765+
391038.Bphy_4392+
391038.Bphy_0964+
391038.Bphy_0967+
391038.Bphy_0969+
391038.Bphy_0968+
391038.Bphy_1367+
391038.Bphy_4901(>)
391038.Bphy_1169+
391038.Bphy_4906+
391038.Bphy_1162+
391038.Bphy_1181(+)(ER)
391038.Bphy_1458(+)(>)
391038.Bphy_0363+
391038.Bphy_5087+
391038.Bphy_5089(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_4844(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_4597+
391038.Bphy_4590+
391038.Bphy_3924(PF01075)
391038.Bphy_4600(+)(ER)
391038.Bphy_0580+
391038.Bphy_0745+
391038.Bphy_5514(+)(plastid)
391038.Bphy_4026(>)
391038.Bphy_4021+
391038.Bphy_3725(PF01050)
391038.Bphy_0638+
391038.Bphy_3455+
391038.Bphy_2521+
391038.Bphy_2529+
391038.Bphy_4269+
391038.Bphy_0500+
391038.Bphy_2295+
391038.Bphy_2292(+)+
391038.Bphy_2272+
391038.Bphy_2077(>)
391038.Bphy_2180+
391038.Bphy_4429+
391038.Bphy_0914(<)
391038.Bphy_1377(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_1375(+)(plastid)
391038.Bphy_4855(>)
391038.Bphy_5181(PF00536)
391038.Bphy_4587+
391038.Bphy_4588(PF00536)
391038.Bphy_1202+
391038.Bphy_5218+
391038.Bphy_0006+
391038.Bphy_4035+
391038.Bphy_5452+
391038.Bphy_3737+
391038.Bphy_3595+
391038.Bphy_2860+
391038.Bphy_4387(>)
391038.Bphy_2088+
391038.Bphy_2640(+)+
391038.Bphy_1403+
391038.Bphy_0977+
391038.Bphy_0015+
391038.Bphy_0973+
391038.Bphy_0003+
391038.Bphy_4244+
391038.Bphy_2029+
391038.Bphy_0082+
391038.Bphy_2513+
391038.Bphy_4826(+)+
391038.Bphy_5193+
391038.Bphy_3689+
391038.Bphy_5064+
391038.Bphy_0348+
391038.Bphy_4627+
391038.Bphy_4624(>)
391038.Bphy_1835+
391038.Bphy_4692+
391038.Bphy_5538(PF12200)
391038.Bphy_0011+
391038.Bphy_3698+
391038.Bphy_2506+
391038.Bphy_2871+
391038.Bphy_2475(+)(PF01050)
391038.Bphy_2253+
391038.Bphy_2657(+)(plastid)
391038.Bphy_2653+
391038.Bphy_0117+
391038.Bphy_0578(>)
391038.Bphy_1753(+)(ER)
391038.Bphy_5055+
391038.Bphy_1535+
391038.Bphy_1221+
391038.Bphy_0339+
391038.Bphy_4494(+)(plastid)
391038.Bphy_1824+
391038.Bphy_3684+
391038.Bphy_5302(<)
391038.Bphy_0486+
391038.Bphy_0663+
391038.Bphy_0661(PF01075)
391038.Bphy_0665+
391038.Bphy_3865+
391038.Bphy_3269+
391038.Bphy_3266+
391038.Bphy_2400+
391038.Bphy_2409+
391038.Bphy_3312+
391038.Bphy_3485+
391038.Bphy_4109+
391038.Bphy_2134+
391038.Bphy_2138+
391038.Bphy_3462+
391038.Bphy_0927+
391038.Bphy_3573+
391038.Bphy_1784+
391038.Bphy_1782(>)
391038.Bphy_1031+
391038.Bphy_0320+
391038.Bphy_1256+
391038.Bphy_4790+
391038.Bphy_0495(PF01075)
391038.Bphy_5313+
391038.Bphy_0492+
391038.Bphy_3788+
391038.Bphy_3781+
391038.Bphy_3071+
391038.Bphy_2307+
391038.Bphy_2306PF16994
391038.Bphy_2782+
391038.Bphy_2788+
391038.Bphy_5454+
391038.Bphy_2193+
391038.Bphy_2324+
391038.Bphy_0111+
391038.Bphy_5412+
391038.Bphy_0107+
391038.Bphy_1339(>)
391038.Bphy_0860+
391038.Bphy_1027(>)
391038.Bphy_5037+
391038.Bphy_3971+
391038.Bphy_1809+
391038.Bphy_5490+
391038.Bphy_0012+
391038.Bphy_1690(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_3793(>)
391038.Bphy_0689(+)(plastid)
391038.Bphy_2431+
391038.Bphy_3083+
391038.Bphy_3086(+)(plastid)
391038.Bphy_2420(+)(plastid)
391038.Bphy_5253+
391038.Bphy_0671+
391038.Bphy_3330+
391038.Bphy_2750(+)+
391038.Bphy_3243(>)
391038.Bphy_2117+
391038.Bphy_4779+
391038.Bphy_4353(<)
391038.Bphy_4053+
391038.Bphy_4385+
391038.Bphy_4963+
391038.Bphy_1491+
391038.Bphy_1291+
391038.Bphy_5025+
391038.Bphy_1278+
391038.Bphy_1870+
391038.Bphy_1871+
391038.Bphy_3651(PF12200)
391038.Bphy_0277+
391038.Bphy_4774+
391038.Bphy_4776(PF12200)
391038.Bphy_0459(>)
391038.Bphy_0454(PF01075)
391038.Bphy_4191+
391038.Bphy_4195(>)
391038.Bphy_1846+
391038.Bphy_4223+
391038.Bphy_3501+
391038.Bphy_3619+
391038.Bphy_2434+
391038.Bphy_2216+not used
391038.Bphy_2210+
391038.Bphy_2692(>)
391038.Bphy_2694+
391038.Bphy_2103+
391038.Bphy_0521+
391038.Bphy_4621+
391038.Bphy_3907+
391038.Bphy_4221+
391038.Bphy_1489+
391038.Bphy_4219+
391038.Bphy_1262+
391038.Bphy_1318+
391038.Bphy_0156+
391038.Bphy_1467+
391038.Bphy_1263(+)+
391038.Bphy_1867+
391038.Bphy_0515+
391038.Bphy_4763(PF10009)
391038.Bphy_4762(+)(plastid)
391038.Bphy_4765+
391038.Bphy_5321+
391038.Bphy_0839(>)
391038.Bphy_4200+
391038.Bphy_4438+
391038.Bphy_3358(+)+
391038.Bphy_2350+
391038.Bphy_5019+
391038.Bphy_1418+
391038.Bphy_2178+
391038.Bphy_4904+
391038.Bphy_1160+
391038.Bphy_2006(>)
391038.Bphy_2007(>)
391038.Bphy_2805+
391038.Bphy_2806(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_4002(+)plastid
391038.Bphy_4001+
391038.Bphy_1678+
391038.Bphy_1671+
391038.Bphy_0851+
391038.Bphy_0850+
391038.Bphy_1075+
391038.Bphy_5007+
391038.Bphy_5000+
391038.Bphy_1466+
391038.Bphy_0984+
391038.Bphy_0982+
391038.Bphy_1854+
391038.Bphy_0502+
391038.Bphy_0216+
391038.Bphy_4754+
391038.Bphy_4752+
391038.Bphy_4750+
391038.Bphy_0437+
391038.Bphy_1928PF14311
391038.Bphy_1929+
391038.Bphy_3989(<)
391038.Bphy_4537+
391038.Bphy_0724+
391038.Bphy_2585(>)
391038.Bphy_2583+
391038.Bphy_2582+
391038.Bphy_2908+
391038.Bphy_5508(>)
391038.Bphy_2765+
391038.Bphy_2344+
391038.Bphy_2348(+)(plastid)
391038.Bphy_2802+
391038.Bphy_5469(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_0512+
391038.Bphy_2392+
391038.Bphy_0024+
391038.Bphy_1591+
391038.Bphy_0279+
391038.Bphy_2622+
391038.Bphy_5292(+)+
391038.Bphy_2155+
391038.Bphy_2609+
391038.Bphy_4446+
391038.Bphy_5107+
391038.Bphy_2176+
391038.Bphy_0883+
391038.Bphy_0032+
391038.Bphy_4741+
391038.Bphy_1938+
391038.Bphy_1931+
391038.Bphy_5436+
391038.Bphy_0409+
391038.Bphy_3627+
391038.Bphy_3622+
391038.Bphy_0084+
391038.Bphy_0717+
391038.Bphy_0713+
391038.Bphy_0710(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_2572+
391038.Bphy_2574+
391038.Bphy_0520+
391038.Bphy_2480+
391038.Bphy_2393+
391038.Bphy_2396(PF10009)
391038.Bphy_4360+
391038.Bphy_1420+
391038.Bphy_2027+
391038.Bphy_1981+
391038.Bphy_1100+
391038.Bphy_0795+
391038.Bphy_1986+
391038.Bphy_5287+
391038.Bphy_1439+
391038.Bphy_3588+
391038.Bphy_1542(PF16155)
391038.Bphy_0897+
391038.Bphy_4886+
391038.Bphy_0149+
391038.Bphy_3761(+)plastid
391038.Bphy_4648(PF01075)
391038.Bphy_4649+
391038.Bphy_0527+
391038.Bphy_4647+
391038.Bphy_0099+
391038.Bphy_4080(PF10009)
391038.Bphy_4081+
391038.Bphy_0709+
391038.Bphy_0707+
391038.Bphy_4061+
391038.Bphy_2560(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_4397+
391038.Bphy_4467+
391038.Bphy_4462+
391038.Bphy_0301(+)(plastid)
391038.Bphy_3147+
391038.Bphy_3144(>)
391038.Bphy_2495+
391038.Bphy_3149+
391038.Bphy_2704+
391038.Bphy_2703+
391038.Bphy_3813+
391038.Bphy_2637+
391038.Bphy_2638+
391038.Bphy_1224+
391038.Bphy_0508+
391038.Bphy_4445+
391038.Bphy_0933+
391038.Bphy_4758+
391038.Bphy_0547+
391038.Bphy_5242(+)(mitochondrial)
391038.Bphy_0993+
391038.Bphy_0541+
391038.Bphy_5363(+)(<)
391038.Bphy_1421+
391038.Bphy_0954+
391038.Bphy_0393+
391038.Bphy_1552+
391038.Bphy_1550+
391038.Bphy_4724+not used
391038.Bphy_4721(PF01566)
391038.Bphy_5386+
391038.Bphy_5385+
391038.Bphy_1699+
391038.Bphy_0179+
391038.Bphy_3978+
391038.Bphy_5255(PF12588)
391038.Bphy_5256(PF01566)
391038.Bphy_5257(PF01566)
391038.Bphy_3774+
391038.Bphy_2958+
391038.Bphy_2959+
391038.Bphy_2952+
391038.Bphy_2953+
391038.Bphy_2950+
391038.Bphy_0603+
391038.Bphy_5105+
391038.Bphy_3604+
391038.Bphy_1697+
391038.Bphy_2606+
391038.Bphy_2738+
391038.Bphy_2045+
391038.Bphy_1639+
391038.Bphy_4449+
391038.Bphy_3381+
391038.Bphy_3080+
391038.Bphy_1704+
391038.Bphy_0808(>)
391038.Bphy_0555+
391038.Bphy_1092+
391038.Bphy_0556+
391038.Bphy_1144+
391038.Bphy_0949+
391038.Bphy_4218+
391038.Bphy_1561+
391038.Bphy_1568(PF01075)
391038.Bphy_0163+
391038.Bphy_5245(PF01075)
391038.Bphy_3947+
391038.Bphy_1235+
391038.Bphy_3703+
391038.Bphy_3792+
391038.Bphy_2949(+)(plastid)
391038.Bphy_2941+
391038.Bphy_4789+
391038.Bphy_2430+
391038.Bphy_3830+
391038.Bphy_0230(+)
391038.Bphy_2612(+)
391038.Bphy_2725(+)
391038.Bphy_4491(+)
391038.Bphy_1627(+)
391038.Bphy_1712(+)
391038.Bphy_1088(+)
391038.Bphy_0065(+)
391038.Bphy_0792(+)
391038.Bphy_1399(+)
391038.Bphy_1152(+)
391038.Bphy_0974(+)
391038.Bphy_1409(+)
391038.Bphy_1569(+)
391038.Bphy_0378(+)
391038.Bphy_3961(+)
391038.Bphy_0286(+)
391038.Bphy_0281(+)
391038.Bphy_5479(+)
391038.Bphy_5472(+)
391038.Bphy_5276(+)
391038.Bphy_5271(+)
391038.Bphy_1889(+)
391038.Bphy_0756(+)
391038.Bphy_3007(+)
391038.Bphy_4459(+)
391038.Bphy_0622(+)
391038.Bphy_2442(+)
391038.Bphy_2845(+)
391038.Bphy_2066(+)
391038.Bphy_3602(+)
391038.Bphy_5132(+)
391038.Bphy_3048(+)
391038.Bphy_0962(+)
391038.Bphy_1368(+)
391038.Bphy_0364(+)
391038.Bphy_4843(+)
391038.Bphy_0109(+)
391038.Bphy_5466(+)
391038.Bphy_0585(+)
391038.Bphy_4028(+)
391038.Bphy_4029(+)
391038.Bphy_3067(+)
391038.Bphy_0633(+)
391038.Bphy_2857(+)
391038.Bphy_2853(+)
391038.Bphy_0505(+)
391038.Bphy_2183(+)
391038.Bphy_4426(+)
391038.Bphy_0915(+)
391038.Bphy_1371(+)
391038.Bphy_1191(+)
391038.Bphy_5526(+)
391038.Bphy_1518(+)
391038.Bphy_4580(+)
391038.Bphy_5451(+)
391038.Bphy_0001(+)
391038.Bphy_4034(+)
391038.Bphy_5456(+)
391038.Bphy_0644(+)
391038.Bphy_0643(+)
391038.Bphy_3443(+)
391038.Bphy_3021(+)
391038.Bphy_3201(+)
391038.Bphy_2881(+)
391038.Bphy_2885(+)
391038.Bphy_0742(+)
391038.Bphy_4736(+)
391038.Bphy_1349(+)
391038.Bphy_1340(+)
391038.Bphy_1287(+)
391038.Bphy_5067(+)
391038.Bphy_5066(+)
391038.Bphy_1608(+)
391038.Bphy_2508(+)
391038.Bphy_4005(+)
391038.Bphy_2507(+)
391038.Bphy_2895(+)
391038.Bphy_3593(+)
391038.Bphy_3305(+)
391038.Bphy_2256(+)
391038.Bphy_0114(+)
391038.Bphy_1751(+)
391038.Bphy_4771(+)
391038.Bphy_1351(+)
391038.Bphy_1357(+)
391038.Bphy_4839(+)
391038.Bphy_4367(+)
391038.Bphy_1534(+)
391038.Bphy_1533(+)
391038.Bphy_1539(+)
391038.Bphy_1666(+)
391038.Bphy_0333(+)
391038.Bphy_0797(+)
391038.Bphy_0481(+)
391038.Bphy_4124(+)
391038.Bphy_4541(+)
391038.Bphy_3862(+)
391038.Bphy_4742(+)
391038.Bphy_0198(+)
391038.Bphy_2792(+)
391038.Bphy_2799(+)
391038.Bphy_5408(+)
391038.Bphy_2221(+)
391038.Bphy_2223(+)
391038.Bphy_4451(+)
391038.Bphy_2131(+)
391038.Bphy_2132(+)
391038.Bphy_0925(+)
391038.Bphy_0926(+)
391038.Bphy_2449(+)
391038.Bphy_0815(+)
391038.Bphy_3575(+)
391038.Bphy_0323(+)
391038.Bphy_1250(+)
391038.Bphy_1810(+)
391038.Bphy_0078(+)
391038.Bphy_0473(+)
391038.Bphy_3890(+)
391038.Bphy_3891(+)
391038.Bphy_3095(+)
391038.Bphy_3259(+)
391038.Bphy_4712(+)
391038.Bphy_2232(+)
391038.Bphy_1815(+)
391038.Bphy_4233(+)
391038.Bphy_2191(+)
391038.Bphy_0074(+)
391038.Bphy_4814(+)
391038.Bphy_5252(+)
391038.Bphy_0498(+)
391038.Bphy_0013(+)
391038.Bphy_3662(+)
391038.Bphy_4147(+)
391038.Bphy_4261(+)
391038.Bphy_0444(+)
391038.Bphy_4566(+)
391038.Bphy_3889(+)
391038.Bphy_3887(+)
391038.Bphy_0123(+)
391038.Bphy_2339(+)
391038.Bphy_4924(+)
391038.Bphy_3339(+)
391038.Bphy_3334(+)
391038.Bphy_4555(+)
391038.Bphy_5421(+)
391038.Bphy_4389(+)
391038.Bphy_1300(+)
391038.Bphy_0135(+)
391038.Bphy_1011(+)
391038.Bphy_1476(+)
391038.Bphy_5155(+)
391038.Bphy_4689(+)
391038.Bphy_1905(+)
391038.Bphy_0055(+)
391038.Bphy_4519(+)
391038.Bphy_0059(+)
391038.Bphy_3808(+)
391038.Bphy_4226(+)
391038.Bphy_1485(+)
391038.Bphy_3346(+)
391038.Bphy_2321(+)
391038.Bphy_2327(+)
391038.Bphy_3320(+)
391038.Bphy_3905(+)
391038.Bphy_1488(+)
391038.Bphy_4993(+)
391038.Bphy_4996(+)
391038.Bphy_1828(+)
391038.Bphy_1641(+)
391038.Bphy_2733(+)
391038.Bphy_1009(+)
391038.Bphy_1463(+)
391038.Bphy_0994(+)
391038.Bphy_0997(+)
391038.Bphy_0014(+)
391038.Bphy_0122(+)
391038.Bphy_4166(+)
391038.Bphy_1644(+)
391038.Bphy_3960(+)
391038.Bphy_4186(+)
391038.Bphy_4185(+)
391038.Bphy_2924(+)
391038.Bphy_4189(+)
391038.Bphy_3647(+)
391038.Bphy_0730(+)
391038.Bphy_3548(+)
391038.Bphy_3519(+)
391038.Bphy_3356(+)
391038.Bphy_2357(+)
391038.Bphy_1007(+)
391038.Bphy_5012(+)
391038.Bphy_4316(+)
391038.Bphy_1726(+)
391038.Bphy_4980(+)
391038.Bphy_1583(+)
391038.Bphy_1737(+)
391038.Bphy_1450(+)
391038.Bphy_1293(+)
391038.Bphy_0503(+)
391038.Bphy_4913(+)
391038.Bphy_0215(+)
391038.Bphy_1924(+)
391038.Bphy_3740(+)
391038.Bphy_3741(+)
391038.Bphy_5440(+)
391038.Bphy_4536(+)
391038.Bphy_0723(+)
391038.Bphy_0721(+)
391038.Bphy_2588(+)
391038.Bphy_4402(+)
391038.Bphy_3182(+)
391038.Bphy_3180(+)
391038.Bphy_4598(+)
391038.Bphy_0292(+)
391038.Bphy_3361(+)
391038.Bphy_2760(+)
391038.Bphy_0154(+)
391038.Bphy_3241(+)
391038.Bphy_5263(+)
391038.Bphy_1663(+)
391038.Bphy_0190(+)
391038.Bphy_3922(+)
391038.Bphy_0193(+)
391038.Bphy_1449(+)
391038.Bphy_5106(+)
391038.Bphy_5108(+)
391038.Bphy_1285(+)
391038.Bphy_1844(+)
391038.Bphy_0536(+)
391038.Bphy_0884(+)
391038.Bphy_4328(+)
391038.Bphy_0222(+)
391038.Bphy_0226(+)
391038.Bphy_1937(+)
391038.Bphy_3758(+)
391038.Bphy_5434(+)
391038.Bphy_3753(+)
391038.Bphy_3757(+)
391038.Bphy_4526(+)
391038.Bphy_0869(+)
391038.Bphy_2570(+)
391038.Bphy_4112(+)
391038.Bphy_2390(+)
391038.Bphy_0793(+)
391038.Bphy_2152(+)
391038.Bphy_2156(+)
391038.Bphy_2026(+)
391038.Bphy_2022(+)
391038.Bphy_1615(+)
391038.Bphy_1148(+)
391038.Bphy_1149+
391038.Bphy_1725(+)
391038.Bphy_0232(+)
391038.Bphy_1896(+)
391038.Bphy_1543(+)
391038.Bphy_1546(+)
391038.Bphy_0305(+)
391038.Bphy_1945(+)
391038.Bphy_3768(+)
391038.Bphy_0523(+)
391038.Bphy_4644(+)
391038.Bphy_4063(+)
391038.Bphy_5163(+)
391038.Bphy_2567(+)
391038.Bphy_2499(+)
391038.Bphy_3141(+)
391038.Bphy_2493(+)
391038.Bphy_4355(+)
391038.Bphy_2775(+)
391038.Bphy_2386(+)
391038.Bphy_2147(+)
391038.Bphy_2143(+)
391038.Bphy_2639(+)
391038.Bphy_1601(+)
391038.Bphy_0162(+)
391038.Bphy_0544(+)
391038.Bphy_1428(+)
391038.Bphy_1425(+)
391038.Bphy_1139(+)
391038.Bphy_3181(+)
391038.Bphy_0399(+)
391038.Bphy_1559(+)
391038.Bphy_4899(+)
391038.Bphy_0170(+)
391038.Bphy_4652(+)
391038.Bphy_0779(+)
391038.Bphy_4414(+)
391038.Bphy_2957(+)
391038.Bphy_0601+
391038.Bphy_0602(+)
391038.Bphy_4366(+)
391038.Bphy_4658(+)
391038.Bphy_2600(+)
391038.Bphy_2732(+)
391038.Bphy_3858(+)
391038.Bphy_1445(+)
391038.Bphy_2487(+)
391038.Bphy_3034(+)
391038.Bphy_0173+
391038.Bphy_3129(+)
391038.Bphy_1883(+)
391038.Bphy_5409(+)
391038.Bphy_1358(+)
391038.Bphy_1096(+)
391038.Bphy_1097(+)
391038.Bphy_3834(+)
391038.Bphy_0164(+)
391038.Bphy_5240(+)
391038.Bphy_0553(+)
391038.Bphy_4044(+)
391038.Bphy_3701(+)
391038.Bphy_0854(+)
391038.Bphy_1691(+)
391038.Bphy_3829(+)
391038.Bphy_1544(+)
391038.Bphy_1868(+)
391038.Bphy_1549(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.75 (6/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================