Effective results for Pseudomonas putida F1 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 743
- Predicted by EffectiveT3: 217 (high confidence), 346 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 16 within, 16 before, 38 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 108
- Predicted by EffectiveELD: 17 eukaryotic-like domains, contained in 40 proteins (0 high, 40 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
---|---|---|---|---|---|
351746.Pput_1999 | + | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4059 | + | mitochondrial | |||
351746.Pput_3021 | (PF10013) | mitochondrial | |||
351746.Pput_3484 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
351746.Pput_2242 | (PF01852) | ER | |||
351746.Pput_1302 | + | ER | |||
351746.Pput_1707 | (>) | ER | |||
351746.Pput_0342 | + | (ER); (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4597 | + | ER | |||
351746.Pput_3873 | (<) | ER | |||
351746.Pput_5188 | (+) | + | (mitochondrial) | ||
351746.Pput_1531 | (>) | ER | |||
351746.Pput_4851 | + | (ER) | |||
351746.Pput_4616 | + | (mitochondrial); plastid | |||
351746.Pput_3915 | + | ER | |||
351746.Pput_0798 | (PF13488) | (ER) | |||
351746.Pput_3049 | + | mitochondrial; (plastid) | |||
351746.Pput_2404 | (PF12806) (PF12418) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_2405 | (>) | ER | |||
351746.Pput_1782 | + | mitochondrial | |||
351746.Pput_1252 | + | ER | |||
351746.Pput_0254 | (>) | ER | |||
351746.Pput_1332 | + | ER | |||
351746.Pput_0042 | + | ER | |||
351746.Pput_2935 | + | ER | |||
351746.Pput_0446 | + | ER | |||
351746.Pput_3086 | + | ER | |||
351746.Pput_2520 | + | ER | |||
351746.Pput_1659 | (PF01852) | ER | |||
351746.Pput_1657 | + | ER | |||
351746.Pput_0270 | (PF13488) | ER | |||
351746.Pput_1274 | (PF13488) | ER | |||
351746.Pput_1279 | (PF06039) | ER | |||
351746.Pput_1904 | (PF13488) | ER | |||
351746.Pput_4044 | (>) | (ER) | |||
351746.Pput_1164 | (+) | + | ER; (ER) | ||
351746.Pput_1460 | (<) | (ER); ER | |||
351746.Pput_1863 | (PF06884) | ER | |||
351746.Pput_0128 | (<) | ER | |||
351746.Pput_0987 | (>) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_1296 | + | ER | |||
351746.Pput_4352 | + | ER | |||
351746.Pput_0437 | + | ER | |||
351746.Pput_2767 | (PF06039) | ER | |||
351746.Pput_0368 | + | ER | |||
351746.Pput_2164 | + | ER | |||
351746.Pput_2828 | + | ER | |||
351746.Pput_4234 | + | ER | |||
351746.Pput_3281 | + | ER | |||
351746.Pput_3114 | + | (mitochondrial); plastid | |||
351746.Pput_4917 | (+) | (PF10142) | ER | ||
351746.Pput_2968 | + | ER | |||
351746.Pput_3844 | (>) | ER | |||
351746.Pput_0047 | + | ER | |||
351746.Pput_1953 | (>) | mitochondrial; (ER) | |||
351746.Pput_2734 | + | ER | |||
351746.Pput_0609 | (PF07678) | ER | |||
351746.Pput_2102 | + | ER; (ER) | |||
351746.Pput_3974 | + | ER | |||
351746.Pput_3216 | (<) | ER | |||
351746.Pput_1560 | (>) | ER | |||
351746.Pput_0541 | + | mitochondrial | |||
351746.Pput_1968 | (>) | ER | |||
351746.Pput_2833 | + | ER | |||
351746.Pput_2832 | (>) | ER | |||
351746.Pput_2837 | + | ER | |||
351746.Pput_2559 | + | (ER) | |||
351746.Pput_3126 | + | (ER) | |||
351746.Pput_0060 | + | ER | |||
351746.Pput_3232 | + | (ER) | |||
351746.Pput_1226 | + | ER | |||
351746.Pput_2336 | + | ER | |||
351746.Pput_2334 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
351746.Pput_2293 | + | ER | |||
351746.Pput_0372 | (PF06293) | ER; (ER) | |||
351746.Pput_4894 | + | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4891 | + | ER | |||
351746.Pput_3712 | + | ER | |||
351746.Pput_0484 | (>) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3489 | + | ER | |||
351746.Pput_0623 | + | ER | |||
351746.Pput_5215 | + | (ER) | |||
351746.Pput_5245 | (PF13582) | ER | |||
351746.Pput_0662 | + | ER | |||
351746.Pput_0022 | + | ER | |||
351746.Pput_2290 | + | (ER) | |||
351746.Pput_1224 | (>) | ER | |||
351746.Pput_0063 | + | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_0826 | (>) | ER; (ER) | |||
351746.Pput_2511 | + | (PF10685) | |||
351746.Pput_3841 | (<) | (plastid) | |||
351746.Pput_2460 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_3594 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3205 | (PF04303) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_2243 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_1345 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_1343 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
351746.Pput_5265 | + | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_1474 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_3693 | (PF12806) (PF12418) | ||||
351746.Pput_3874 | + | (ER) | |||
351746.Pput_2254 | + | (ER) | |||
351746.Pput_5076 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_1534 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_3460 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_0950 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_2220 | (PF12806) (PF12418) | ||||
351746.Pput_2130 | (+) | ER | |||
351746.Pput_1321 | (+) | ER | |||
351746.Pput_4827 | (+) | mitochondrial | |||
351746.Pput_4821 | (PF12806) (PF12418) | ||||
351746.Pput_4629 | + | (ER) | |||
351746.Pput_2532 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
351746.Pput_1817 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_2785 | (+) | mitochondrial | |||
351746.Pput_1250 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_0571 | + | (ER); not used | |||
351746.Pput_2126 | + | + | |||
351746.Pput_2686 | + | plastid | |||
351746.Pput_3082 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_3333 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_2114 | + | plastid | |||
351746.Pput_1473 | + | + | |||
351746.Pput_0059 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_4155 | + | plastid | |||
351746.Pput_1489 | + | plastid | |||
351746.Pput_1465 | + | plastid | |||
351746.Pput_2700 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
351746.Pput_1862 | + | (PF10685) | |||
351746.Pput_0989 | (>) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3250 | (+) | mitochondrial | |||
351746.Pput_1448 | (+) | + | (plastid) | ||
351746.Pput_5019 | + | (ER) | |||
351746.Pput_4261 | + | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3393 | + | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_1618 | + | (ER) | |||
351746.Pput_4010 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_0039 | (<) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3617 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_0703 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_1043 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_4895 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
351746.Pput_0388 | + | + | |||
351746.Pput_0396 | (PF12806) (PF12418) | ||||
351746.Pput_0394 | (PF12806) (PF12418) | ||||
351746.Pput_0171 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_4413 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
351746.Pput_2956 | (+) | ER | |||
351746.Pput_0779 | (PF06039) | (ER) | |||
351746.Pput_3924 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_2059 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3241 | + | (<) | |||
351746.Pput_4046 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_1151 | + | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_0977 | (<) | + | |||
351746.Pput_2933 | (+) | ER | |||
351746.Pput_1974 | + | plastid | |||
351746.Pput_3343 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4271 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4279 | (+) | ER | |||
351746.Pput_2202 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_2665 | (PF12806) (PF12418) | ||||
351746.Pput_1761 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_0369 | (PF06293) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3721 | (+) | mitochondrial | |||
351746.Pput_3850 | + | (ER) | |||
351746.Pput_4913 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_2980 | (+) | ER; (ER) | |||
351746.Pput_2298 | + | (ER) | |||
351746.Pput_2115 | (+) | + | (mitochondrial) | ||
351746.Pput_0674 | + | (plastid) | |||
351746.Pput_0825 | (+) | ER | |||
351746.Pput_1996 | + | ||||
351746.Pput_4881 | + | ||||
351746.Pput_4054 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_3849 | + | ||||
351746.Pput_2469 | + | ||||
351746.Pput_2467 | (+) | plastid | |||
351746.Pput_0640 | + | ||||
351746.Pput_2644 | + | ||||
351746.Pput_4675 | + | ||||
351746.Pput_2248 | + | ||||
351746.Pput_3189 | + | ||||
351746.Pput_2638 | + | ||||
351746.Pput_1306 | + | ||||
351746.Pput_1341 | + | ||||
351746.Pput_5086 | + | ||||
351746.Pput_0832 | (>) | ||||
351746.Pput_1522 | + | ||||
351746.Pput_1475 | + | ||||
351746.Pput_1478 | + | ||||
351746.Pput_3058 | (+) | + | |||
351746.Pput_2503 | + | ||||
351746.Pput_1837 | + | ||||
351746.Pput_2587 | + | ||||
351746.Pput_3270 | + | ||||
351746.Pput_2090 | + | ||||
351746.Pput_2259 | + | ||||
351746.Pput_2252 | + | ||||
351746.Pput_1891 | + | ||||
351746.Pput_0984 | + | ||||
351746.Pput_0271 | + | ||||
351746.Pput_5092 | (+) | + | |||
351746.Pput_1758 | + | ||||
351746.Pput_1756 | + | ||||
351746.Pput_1528 | + | ||||
351746.Pput_0276 | (>) | ||||
351746.Pput_5074 | + | ||||
351746.Pput_1272 | + | ||||
351746.Pput_5183 | + | ||||
351746.Pput_0337 | + | ||||
351746.Pput_1535 | + | ||||
351746.Pput_0804 | + | ||||
351746.Pput_0802 | (<) | ||||
351746.Pput_0803 | (+) | (<) | |||
351746.Pput_0800 | + | not used | |||
351746.Pput_0243 | + | ||||
351746.Pput_0245 | + | ||||
351746.Pput_4109 | (>) | ||||
351746.Pput_4583 | + | ||||
351746.Pput_3685 | (PF04303) | ||||
351746.Pput_3687 | + | ||||
351746.Pput_0796 | + | ||||
351746.Pput_0062 | (+) | + | |||
351746.Pput_3044 | + | ||||
351746.Pput_2402 | (+) | + | |||
351746.Pput_0118 | + | ||||
351746.Pput_2795 | + | ||||
351746.Pput_3268 | + | ||||
351746.Pput_3267 | (+) | ER | |||
351746.Pput_2225 | + | ||||
351746.Pput_1780 | + | ||||
351746.Pput_5198 | + | ||||
351746.Pput_5192 | + | ||||
351746.Pput_0327 | + | ||||
351746.Pput_5208 | + | ||||
351746.Pput_5207 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_5204 | + | ||||
351746.Pput_0818 | (+) | plastid | |||
351746.Pput_1986 | + | ||||
351746.Pput_4620 | + | ||||
351746.Pput_4480 | + | ||||
351746.Pput_2925 | + | ||||
351746.Pput_3826 | + | ||||
351746.Pput_3410 | + | ||||
351746.Pput_3326 | + | ||||
351746.Pput_2237 | + | ||||
351746.Pput_2122 | + | ||||
351746.Pput_0815 | + | ||||
351746.Pput_0393 | + | ||||
351746.Pput_2510 | + | ||||
351746.Pput_5059 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_0318 | + | ||||
351746.Pput_3295 | + | ||||
351746.Pput_1248 | (+) | (>) | |||
351746.Pput_5236 | + | ||||
351746.Pput_4631 | + | ||||
351746.Pput_3664 | (>) | ||||
351746.Pput_4014 | + | ||||
351746.Pput_0686 | + | ||||
351746.Pput_2420 | + | ||||
351746.Pput_0445 | (>) | ||||
351746.Pput_3245 | + | ||||
351746.Pput_3537 | + | ||||
351746.Pput_2680 | + | ||||
351746.Pput_0888 | + | ||||
351746.Pput_4001 | (+) | plastid | |||
351746.Pput_4558 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_4008 | + | ||||
351746.Pput_1495 | + | ||||
351746.Pput_5043 | (PF00303) | ||||
351746.Pput_5048 | (PF00303) | ||||
351746.Pput_4792 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_0272 | + | ||||
351746.Pput_4798 | + | ||||
351746.Pput_3033 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_3657 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_4151 | (PF06414) | ||||
351746.Pput_1872 | + | ||||
351746.Pput_3433 | (PF04303) | ||||
351746.Pput_3430 | + | ||||
351746.Pput_0453 | (<) | ||||
351746.Pput_2536 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_5261 | + | ||||
351746.Pput_4760 | + | ||||
351746.Pput_5264 | (+) | + | |||
351746.Pput_0790 | + | ||||
351746.Pput_0742 | + | ||||
351746.Pput_0362 | + | ||||
351746.Pput_3253 | + | ||||
351746.Pput_1643 | + | ||||
351746.Pput_3529 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_1484 | + | ||||
351746.Pput_1483 | (>) | ||||
351746.Pput_0663 | (>) | ||||
351746.Pput_1461 | (>) | ||||
351746.Pput_0201 | + | ||||
351746.Pput_1265 | + | ||||
351746.Pput_4696 | + | ||||
351746.Pput_0510 | + | ||||
351746.Pput_3646 | + | ||||
351746.Pput_0197 | + | ||||
351746.Pput_1860 | + | ||||
351746.Pput_0429 | + | ||||
351746.Pput_4210 | + | ||||
351746.Pput_4215 | (>) | ||||
351746.Pput_2355 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_0733 | + | ||||
351746.Pput_0734 | + | ||||
351746.Pput_4287 | + | ||||
351746.Pput_3357 | (>) | ||||
351746.Pput_4876 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4986 | + | ||||
351746.Pput_2173 | (>) | ||||
351746.Pput_1640 | + | ||||
351746.Pput_5028 | + | ||||
351746.Pput_1311 | + | ||||
351746.Pput_1452 | + | ||||
351746.Pput_1074 | (PF01129) | ||||
351746.Pput_0850 | (>) | ||||
351746.Pput_2231 | (+) | + | |||
351746.Pput_3404 | + | ||||
351746.Pput_1855 | + | ||||
351746.Pput_0181 | + | ||||
351746.Pput_5144 | (+) | plastid | |||
351746.Pput_0189 | + | ||||
351746.Pput_4990 | + | ||||
351746.Pput_4227 | + | ||||
351746.Pput_2906 | + | ||||
351746.Pput_0727 | + | ||||
351746.Pput_3113 | + | ||||
351746.Pput_3360 | + | ||||
351746.Pput_3571 | + | ||||
351746.Pput_3162 | + | ||||
351746.Pput_2160 | + | ||||
351746.Pput_2878 | (<) | ||||
351746.Pput_2013 | + | ||||
351746.Pput_1662 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4718 | + | ||||
351746.Pput_5014 | (PF00303) | ||||
351746.Pput_1594 | (>) | ||||
351746.Pput_4863 | + | ||||
351746.Pput_3629 | + | ||||
351746.Pput_3628 | + | ||||
351746.Pput_4166 | (<) | ||||
351746.Pput_4989 | + | ||||
351746.Pput_4347 | + | ||||
351746.Pput_1935 | + | ||||
351746.Pput_2572 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_4236 | + | ||||
351746.Pput_2378 | (>) | ||||
351746.Pput_2379 | + | ||||
351746.Pput_3287 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_0919 | + | ||||
351746.Pput_3378 | + | ||||
351746.Pput_3171 | + | ||||
351746.Pput_2152 | + | ||||
351746.Pput_4141 | + | ||||
351746.Pput_4140 | + | ||||
351746.Pput_2394 | + | ||||
351746.Pput_1027 | + | ||||
351746.Pput_2094 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_5161 | + | ||||
351746.Pput_0744 | + | ||||
351746.Pput_5000 | + | ||||
351746.Pput_5002 | + | ||||
351746.Pput_4750 | + | ||||
351746.Pput_0524 | + | ||||
351746.Pput_3612 | (>) | ||||
351746.Pput_4263 | + | ||||
351746.Pput_2250 | + | ||||
351746.Pput_4249 | + | ||||
351746.Pput_2565 | + | ||||
351746.Pput_2962 | + | ||||
351746.Pput_2960 | + | ||||
351746.Pput_1144 | + | ||||
351746.Pput_2709 | + | ||||
351746.Pput_2703 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_5110 | + | ||||
351746.Pput_3146 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_2493 | + | ||||
351746.Pput_2491 | (+) | (PF10685) | |||
351746.Pput_3100 | (>) | ||||
351746.Pput_3455 | + | ||||
351746.Pput_1609 | + | ||||
351746.Pput_2023 | (<) | ||||
351746.Pput_4243 | + | ||||
351746.Pput_1558 | + | ||||
351746.Pput_1133 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_5108 | + | ||||
351746.Pput_0555 | + | ||||
351746.Pput_4746 | (>) | ||||
351746.Pput_5238 | + | ||||
351746.Pput_0179 | + | ||||
351746.Pput_3772 | + | ||||
351746.Pput_4416 | + | ||||
351746.Pput_4528 | + | ||||
351746.Pput_1952 | + | ||||
351746.Pput_2674 | + | ||||
351746.Pput_4255 | (>) | ||||
351746.Pput_3802 | (+) | (ER) | |||
351746.Pput_3557 | + | ||||
351746.Pput_3808 | + | ||||
351746.Pput_2821 | (+) | + | |||
351746.Pput_3395 | + | ||||
351746.Pput_2853 | + | ||||
351746.Pput_0045 | + | ||||
351746.Pput_2043 | (>) | ||||
351746.Pput_2075 | + | ||||
351746.Pput_1437 | + | ||||
351746.Pput_0943 | (PF06293) | ||||
351746.Pput_1052 | + | ||||
351746.Pput_5285 | (+) | ER; not used | |||
351746.Pput_1895 | + | ||||
351746.Pput_1890 | + | ||||
351746.Pput_4734 | + | ||||
351746.Pput_3707 | (<) | ||||
351746.Pput_4066 | + | ||||
351746.Pput_3834 | (+) | + | |||
351746.Pput_0766 | + | ||||
351746.Pput_2724 | (PF13816) | ||||
351746.Pput_0613 | + | ||||
351746.Pput_0694 | + | ||||
351746.Pput_2050 | + | ||||
351746.Pput_1539 | + | ||||
351746.Pput_4877 | + | ||||
351746.Pput_1626 | + | ||||
351746.Pput_1396 | (>) | ||||
351746.Pput_1713 | + | ||||
351746.Pput_5120 | + | ||||
351746.Pput_0370 | (PF06293) | ||||
351746.Pput_0371 | (PF06293) | ||||
351746.Pput_1881 | + | ||||
351746.Pput_0111 | + | ||||
351746.Pput_1971 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_0114 | + | ||||
351746.Pput_4096 | + | ||||
351746.Pput_0617 | + | ||||
351746.Pput_0281 | + | ||||
351746.Pput_1719 | + | ||||
351746.Pput_0590 | + | ||||
351746.Pput_2755 | + | ||||
351746.Pput_3130 | + | ||||
351746.Pput_4471 | + | ||||
351746.Pput_4042 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_2067 | + | ||||
351746.Pput_2064 | (+) | (plastid) | |||
351746.Pput_0410 | + | ||||
351746.Pput_1360 | (PF04303) | ||||
351746.Pput_1364 | + | ||||
351746.Pput_1365 | + | ||||
351746.Pput_3623 | + | not used | |||
351746.Pput_1500 | + | ||||
351746.Pput_5133 | + | ||||
351746.Pput_1181 | + | ||||
351746.Pput_1210 | + | ||||
351746.Pput_0565 | (PF06414) | ||||
351746.Pput_0985 | + | ||||
351746.Pput_3031 | + | ||||
351746.Pput_4914 | (+) | (mitochondrial) | |||
351746.Pput_3985 | + | ||||
351746.Pput_3107 | + | ||||
351746.Pput_4107 | (<) | ||||
351746.Pput_4882 | + | ||||
351746.Pput_2185 | + | ||||
351746.Pput_1251 | + | ||||
351746.Pput_3989 | (>) | ||||
351746.Pput_0351 | + | ||||
351746.Pput_0210 | + | ||||
351746.Pput_1370 | + | ||||
351746.Pput_4707 | + | ||||
351746.Pput_4706 | (>) | ||||
351746.Pput_5096 | + | ||||
351746.Pput_1197 | + | ||||
351746.Pput_3190 | (+) | ||||
351746.Pput_0132 | (+) | ||||
351746.Pput_3731 | (+) | ||||
351746.Pput_3939 | (+) | ||||
351746.Pput_4186 | (+) | ||||
351746.Pput_4684 | (+) | ||||
351746.Pput_1858 | (+) | ||||
351746.Pput_0136 | (+) | ||||
351746.Pput_3443 | (+) | ||||
351746.Pput_3441 | (+) | ||||
351746.Pput_0646 | (+) | ||||
351746.Pput_2881 | (+) | ||||
351746.Pput_3930 | (+) | ||||
351746.Pput_2144 | (+) | ||||
351746.Pput_2080 | (+) | ||||
351746.Pput_2085 | (+) | ||||
351746.Pput_1347 | (+) | ||||
351746.Pput_4199 | (+) | ||||
351746.Pput_1742 | (+) | ||||
351746.Pput_5089 | (+) | ||||
351746.Pput_2610 | (+) | ||||
351746.Pput_1538 | (+) | ||||
351746.Pput_0906 | (+) | ||||
351746.Pput_4840 | (+) | ||||
351746.Pput_4119 | (+) | ||||
351746.Pput_3054 | (+) | ||||
351746.Pput_3479 | (+) | ||||
351746.Pput_1152 | (+) | ||||
351746.Pput_3870 | (+) | ||||
351746.Pput_2873 | (+) | ||||
351746.Pput_1409 | (+) | ||||
351746.Pput_3276 | (+) | ||||
351746.Pput_3301 | (+) | ||||
351746.Pput_2253 | (+) | ||||
351746.Pput_4040 | (+) | ||||
351746.Pput_3855 | (+) | ||||
351746.Pput_4793 | (+) | ||||
351746.Pput_5253 | (+) | ||||
351746.Pput_1755 | (+) | ||||
351746.Pput_1353 | (+) | ||||
351746.Pput_1155 | (+) | ||||
351746.Pput_1273 | (+) | ||||
351746.Pput_0246 | (+) | ||||
351746.Pput_3917 | (+) | ||||
351746.Pput_4585 | (+) | ||||
351746.Pput_4926 | (+) | ||||
351746.Pput_3461 | (+) | ||||
351746.Pput_2318 | (+) | ||||
351746.Pput_2311 | (+) | ||||
351746.Pput_2796 | (+) | ||||
351746.Pput_2791 | (+) | ||||
351746.Pput_3314 | (+) | ||||
351746.Pput_1459 | (+) | ||||
351746.Pput_1035 | (+) | ||||
351746.Pput_4274 | (+) | ||||
351746.Pput_1811 | (+) | ||||
351746.Pput_1190 | (+) | ||||
351746.Pput_3899 | (+) | ||||
351746.Pput_3783 | (+) | ||||
351746.Pput_2307 | (+) | ||||
351746.Pput_3097 | (+) | ||||
351746.Pput_3098 | (+) | ||||
351746.Pput_3327 | (+) | ||||
351746.Pput_2235 | (+) | ||||
351746.Pput_3502 | (+) | ||||
351746.Pput_0812 | (+) | ||||
351746.Pput_2127 | (+) | ||||
351746.Pput_2623 | (+) | ||||
351746.Pput_1024 | (+) | ||||
351746.Pput_1338 | (+) | ||||
351746.Pput_0268 | (+) | ||||
351746.Pput_5305 | (+) | ||||
351746.Pput_5233 | (+) | ||||
351746.Pput_4633 | (+) | ||||
351746.Pput_3669 | (+) | ||||
351746.Pput_3069 | (+) | ||||
351746.Pput_3064 | (+) | ||||
351746.Pput_4490 | (+) | ||||
351746.Pput_4493 | (+) | ||||
351746.Pput_1801 | (+) | ||||
351746.Pput_1804 | (+) | ||||
351746.Pput_1691 | (+) | ||||
351746.Pput_2756 | (+) | ||||
351746.Pput_2758 | (+) | ||||
351746.Pput_2183 | (+) | ||||
351746.Pput_3331 | (+) | ||||
351746.Pput_0895 | (+) | ||||
351746.Pput_2116 | (+) | ||||
351746.Pput_2118 | (+) | ||||
351746.Pput_1014 | (+) | ||||
351746.Pput_1656 | (+) | ||||
351746.Pput_1492 | (+) | ||||
351746.Pput_2063 | (+) | ||||
351746.Pput_0304 | (+) | ||||
351746.Pput_0302 | (+) | ||||
351746.Pput_0277 | (+) | ||||
351746.Pput_2529 | (+) | ||||
351746.Pput_3419 | (+) | ||||
351746.Pput_4152 | + | ||||
351746.Pput_2434 | (+) | ||||
351746.Pput_3508 | (+) | ||||
351746.Pput_2323 | (+) | ||||
351746.Pput_2265 | (+) | ||||
351746.Pput_2698 | (+) | ||||
351746.Pput_3345 | (+) | ||||
351746.Pput_1231 | (+) | ||||
351746.Pput_0348 | (+) | ||||
351746.Pput_1114 | (+) | ||||
351746.Pput_0837 | (+) | ||||
351746.Pput_3256 | (+) | ||||
351746.Pput_4579 | (+) | ||||
351746.Pput_1481 | (+) | ||||
351746.Pput_1482 | (+) | ||||
351746.Pput_0990 | (+) | ||||
351746.Pput_0206 | (+) | ||||
351746.Pput_4694 | (+) | ||||
351746.Pput_0512 | (+) | ||||
351746.Pput_0514 | (+) | ||||
351746.Pput_4149 | (+) | ||||
351746.Pput_2913 | (+) | ||||
351746.Pput_0664 | (+) | ||||
351746.Pput_0739 | (+) | ||||
351746.Pput_1318 | (+) | ||||
351746.Pput_1113 | (+) | ||||
351746.Pput_2172 | (+) | ||||
351746.Pput_4028 | (+) | ||||
351746.Pput_1582 | (+) | ||||
351746.Pput_3745 | (+) | ||||
351746.Pput_3188 | (+) | ||||
351746.Pput_4358 | (+) | not used | |||
351746.Pput_1923 | (+) | ||||
351746.Pput_2347 | (+) | ||||
351746.Pput_3362 | (+) | ||||
351746.Pput_3363 | (+) | ||||
351746.Pput_2120 | (+) | ||||
351746.Pput_2165 | (+) | ||||
351746.Pput_2017 | (+) | ||||
351746.Pput_4606 | (+) | ||||
351746.Pput_4665 | (+) | ||||
351746.Pput_1669 | (+) | ||||
351746.Pput_5012 | (+) | ||||
351746.Pput_4768 | (+) | ||||
351746.Pput_0225 | (+) | ||||
351746.Pput_3959 | (+) | ||||
351746.Pput_4169 | (+) | ||||
351746.Pput_4982 | (+) | ||||
351746.Pput_4987 | (+) | ||||
351746.Pput_2430 | (+) | ||||
351746.Pput_4436 | (+) | ||||
351746.Pput_3195 | (+) | ||||
351746.Pput_0109 | (+) | ||||
351746.Pput_1981 | (+) | ||||
351746.Pput_1931 | (+) | ||||
351746.Pput_2976 | (+) | ||||
351746.Pput_0717 | (+) | ||||
351746.Pput_4256 | (+) | ||||
351746.Pput_0190 | (+) | ||||
351746.Pput_0050 | (+) | ||||
351746.Pput_0741 | (+) | ||||
351746.Pput_1729 | (+) | ||||
351746.Pput_0743 | (+) | ||||
351746.Pput_4359 | (+) | ||||
351746.Pput_0239 | (+) | ||||
351746.Pput_4754 | (+) | ||||
351746.Pput_2918 | (+) | ||||
351746.Pput_0858 | (+) | ||||
351746.Pput_3767 | (+) | ||||
351746.Pput_3308 | (+) | ||||
351746.Pput_2568 | (+) | ||||
351746.Pput_2563 | (+) | ||||
351746.Pput_3810 | (+) | ||||
351746.Pput_0704 | (+) | ||||
351746.Pput_4557 | (+) | ||||
351746.Pput_2637 | (+) | ||||
351746.Pput_2381 | (+) | ||||
351746.Pput_2037 | (+) | ||||
351746.Pput_4240 | (+) | ||||
351746.Pput_5099 | (+) | ||||
351746.Pput_1607 | (+) | ||||
351746.Pput_4345 | (+) | ||||
351746.Pput_4449 | (+) | ||||
351746.Pput_5297 | (+) | ||||
351746.Pput_3558 | (+) | ||||
351746.Pput_3180 | (+) | ||||
351746.Pput_1589 | (+) | ||||
351746.Pput_0602 | + | ||||
351746.Pput_0844 | (+) | ||||
351746.Pput_2363 | (+) | ||||
351746.Pput_4089 | (+) | ||||
351746.Pput_4797 | (+) | ||||
351746.Pput_1633 | (+) | ||||
351746.Pput_1708 | (+) | ||||
351746.Pput_1099 | (+) | ||||
351746.Pput_1419 | (+) | ||||
351746.Pput_2921 | (+) | ||||
351746.Pput_2808 | (+) | ||||
351746.Pput_1050 | (+) | ||||
351746.Pput_5288 | (+) | ||||
351746.Pput_0380 | (+) | ||||
351746.Pput_1960 | (+) | ||||
351746.Pput_3705 | (+) | ||||
351746.Pput_4269 | (+) | ||||
351746.Pput_2936 | (+) | ||||
351746.Pput_0765 | (+) | ||||
351746.Pput_2838 | (+) | ||||
351746.Pput_2171 | (+) | ||||
351746.Pput_3128 | (+) | ||||
351746.Pput_3880 | (+) | ||||
351746.Pput_2598 | (+) | ||||
351746.Pput_3234 | (+) | ||||
351746.Pput_3794 | (+) | ||||
351746.Pput_5201 | (+) | ||||
351746.Pput_0970 | (+) | ||||
351746.Pput_2726 | (+) | ||||
351746.Pput_0297 | (+) | ||||
351746.Pput_1153 | (+) | ||||
351746.Pput_0377 | (+) | ||||
351746.Pput_1885 | (+) | ||||
351746.Pput_4656 | (+) | ||||
351746.Pput_4655 | (+) | ||||
351746.Pput_4727 | (+) | ||||
351746.Pput_1813 | (+) | ||||
351746.Pput_1973 | (+) | ||||
351746.Pput_0113 | + | ||||
351746.Pput_4475 | (+) | ||||
351746.Pput_3829 | (+) | ||||
351746.Pput_0592 | (+) | ||||
351746.Pput_2425 | (+) | ||||
351746.Pput_2200 | (+) | ||||
351746.Pput_2998 | (+) | ||||
351746.Pput_2288 | (+) | ||||
351746.Pput_2848 | (+) | ||||
351746.Pput_0670 | (+) | ||||
351746.Pput_2061 | (+) | ||||
351746.Pput_2069 | (+) | ||||
351746.Pput_2904 | (+) | ||||
351746.Pput_1369 | (+) | ||||
351746.Pput_1362 | (+) | ||||
351746.Pput_4531 | (+) | ||||
351746.Pput_0912 | (+) | ||||
351746.Pput_2991 | (+) | ||||
351746.Pput_0160 | (+) | ||||
351746.Pput_1163 | (+) | ||||
351746.Pput_0365 | (+) | ||||
351746.Pput_1213 | (+) | ||||
351746.Pput_1219 | (+) | not used | |||
351746.Pput_4660 | (+) | ||||
351746.Pput_0980 | (+) | ||||
351746.Pput_0290 | (+) | ||||
351746.Pput_3037 | (+) | ||||
351746.Pput_0583 | (+) | ||||
351746.Pput_0581 | (+) | ||||
351746.Pput_0585 | (+) | ||||
351746.Pput_2989 | (+) | ||||
351746.Pput_2982 | (+) | ||||
351746.Pput_4129 | (+) | ||||
351746.Pput_2854 | (+) | ||||
351746.Pput_0630 | (+) | ||||
351746.Pput_2816 | (+) | ||||
351746.Pput_1989 | (+) | ||||
351746.Pput_4007 | (+) | ||||
351746.Pput_4573 | (+) | ||||
351746.Pput_1776 | (+) | ||||
351746.Pput_1778 | (+) | ||||
351746.Pput_4079 | (+) | ||||
351746.Pput_0531 | (+) | ||||
351746.Pput_1209 | (+) | ||||
351746.Pput_0828 | (+) | ||||
351746.Pput_4709 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 1.875 (15/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 1.875 (15/8 KEGG proteins)