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Effective results for Rhizobium etli CFN 42 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 433
- Predicted by EffectiveT3: 135 (high confidence), 173 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 10 within, 14 before, 33 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 84
- Predicted by EffectiveELD: 5 eukaryotic-like domains, contained in 13 proteins (0 high, 13 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
347834.RHE_CH02131++(mitochondrial); (plastid)
347834.RHE_CH00827+(mitochondrial)
347834.RHE_CH02572+ER
347834.RHE_CH03026+ER
347834.RHE_CH03112(>)ER
347834.RHE_CH02379+(ER)
347834.RHE_CH03769+ER
347834.RHE_CH01832(>)ER
347834.RHE_CH02416+ER
347834.RHE_CH02367+ER
347834.RHE_CH01552+(mitochondrial); plastid
347834.RHE_CH02972+mitochondrial; (mitochondrial)
347834.RHE_CH03414+(<)(mitochondrial)
347834.RHE_CH01343+mitochondrial; (mitochondrial)
347834.RHE_CH00816+ER
347834.RHE_CH02942+mitochondrial
347834.RHE_CH01797(PF04120)ER
347834.RHE_CH00681+mitochondrial; (mitochondrial)
347834.RHE_CH03730(>)ER
347834.RHE_CH00990+ER
347834.RHE_CH01016+(ER); ER
347834.RHE_CH00981+(ER)
347834.RHE_CH00982+(mitochondrial)
347834.RHE_CH00248+(mitochondrial)
347834.RHE_CH00745(<)ER
347834.RHE_CH01942(PF13238)(ER); (plastid)
347834.RHE_CH00522+(mitochondrial)
347834.RHE_CH03295(>)ER
347834.RHE_CH02274(PF04120)(mitochondrial)
347834.RHE_CH03604+ER
347834.RHE_CH00883(<)ER
347834.RHE_CH01500+mitochondrial; plastid
347834.RHE_CH02819+(mitochondrial)
347834.RHE_CH00472+ER
347834.RHE_CH00664+ER
347834.RHE_CH03381+(ER)
347834.RHE_CH01701(>)(ER)
347834.RHE_CH00867+ER
347834.RHE_CH03935+(ER)
347834.RHE_CH01654+ER
347834.RHE_CH00670+(mitochondrial); plastid
347834.RHE_CH02518+ER
347834.RHE_CH03838+ER
347834.RHE_CH03234+ER
347834.RHE_CH01883+ER
347834.RHE_CH03911(<)ER
347834.RHE_CH00104(<)ER
347834.RHE_CH00851+ER
347834.RHE_CH01321(>)ER
347834.RHE_CH03106+ER
347834.RHE_CH00555++
347834.RHE_CH02891+(plastid)
347834.RHE_CH02675(+)(ER); (mitochondrial)
347834.RHE_CH01798++
347834.RHE_CH00772+(>)
347834.RHE_CH01865+(mitochondrial)
347834.RHE_CH00680+(plastid)
347834.RHE_CH02456+(mitochondrial)
347834.RHE_CH02211+(mitochondrial)
347834.RHE_CH01359(+)(mitochondrial); plastid
347834.RHE_CH00612(>)(ER)
347834.RHE_CH02560+(plastid)
347834.RHE_CH04084+(plastid)
347834.RHE_CH00254++
347834.RHE_CH02876+(ER)
347834.RHE_CH01736(+)(mitochondrial); (plastid)
347834.RHE_CH00395(+)mitochondrial
347834.RHE_CH03601(>)(mitochondrial)
347834.RHE_CH01284(+)(ER)
347834.RHE_CH03920+(>)
347834.RHE_CH01710+(ER)
347834.RHE_CH00660+(<)
347834.RHE_CH00672+(mitochondrial)
347834.RHE_CH03390++
347834.RHE_CH01892+(plastid)
347834.RHE_CH03224+(plastid)
347834.RHE_CH01584+(ER)
347834.RHE_CH03835(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH00669+(plastid)
347834.RHE_CH01180+plastid
347834.RHE_CH00897(+)(mitochondrial); (plastid)
347834.RHE_CH01193(+)(mitochondrial); plastid
347834.RHE_CH03216+(ER)
347834.RHE_CH02344+mitochondrial
347834.RHE_CH04013+(PF08975)
347834.RHE_CH01465+plastid
347834.RHE_CH02766(+)(ER)
347834.RHE_CH03754+
347834.RHE_CH00826+
347834.RHE_CH01998+
347834.RHE_CH03979+
347834.RHE_CH02202+
347834.RHE_CH02203(+)+
347834.RHE_CH00026+
347834.RHE_CH03201+
347834.RHE_CH04067+
347834.RHE_CH04065+
347834.RHE_CH02799(>)
347834.RHE_CH02797+
347834.RHE_CH01837(+)(mitochondrial); not used
347834.RHE_CH00831(<)
347834.RHE_CH02565+
347834.RHE_CH02893(+)(plastid)
347834.RHE_CH03785(<)
347834.RHE_CH00545+
347834.RHE_CH00154(PF13238)
347834.RHE_CH00158+
347834.RHE_CH03161+
347834.RHE_CH02363+
347834.RHE_CH02364+
347834.RHE_CH02091(>)
347834.RHE_CH00375+
347834.RHE_CH00373+
347834.RHE_CH03306(<)
347834.RHE_CH02789+
347834.RHE_CH00208(>)
347834.RHE_CH03796+
347834.RHE_CH03955(>)
347834.RHE_CH02606+
347834.RHE_CH00147+
347834.RHE_CH03179(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH00783+
347834.RHE_CH01764(+)plastid
347834.RHE_CH03318(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH01340+
347834.RHE_CH01341+
347834.RHE_CH01951+
347834.RHE_CH00815+
347834.RHE_CH02043+
347834.RHE_CH01360(>)
347834.RHE_CH01796(PF04120)
347834.RHE_CH01485+
347834.RHE_CH00172(+)(ER)
347834.RHE_CH00684+
347834.RHE_CH03327(>)
347834.RHE_CH03918(+)(ER)
347834.RHE_CH03434+
347834.RHE_CH02447+
347834.RHE_CH01502+
347834.RHE_CH01010+
347834.RHE_CH02590+
347834.RHE_CH01588+
347834.RHE_CH01580(PF13238)
347834.RHE_CH02118(>)
347834.RHE_CH03525+
347834.RHE_CH03523(+)+
347834.RHE_CH00706+
347834.RHE_CH01907+
347834.RHE_CH02457+
347834.RHE_CH02452+
347834.RHE_CH02458+
347834.RHE_CH01748(>)
347834.RHE_CH01176+
347834.RHE_CH01175(+)+
347834.RHE_CH01242+
347834.RHE_CH01753+
347834.RHE_CH02210+
347834.RHE_CH03187+
347834.RHE_CH03333+
347834.RHE_CH03332+
347834.RHE_CH03459+
347834.RHE_CH03761(<)
347834.RHE_CH02075+
347834.RHE_CH01272+
347834.RHE_CH01936(>)
347834.RHE_CH03622(>)
347834.RHE_CH03998+
347834.RHE_CH02917+
347834.RHE_CH00539+
347834.RHE_CH01103+
347834.RHE_CH00404(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH00402+
347834.RHE_CH01611(>)
347834.RHE_CH01724+
347834.RHE_CH02260(>)
347834.RHE_CH03198(+)(ER)
347834.RHE_CH00258+
347834.RHE_CH03446+
347834.RHE_CH01525(>)
347834.RHE_CH01298(>)
347834.RHE_CH02902(>)
347834.RHE_CH02605+
347834.RHE_CH03871+
347834.RHE_CH02877(<)
347834.RHE_CH00411(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH00417+
347834.RHE_CH00738(+)(ER)
347834.RHE_CH01603+
347834.RHE_CH00084+
347834.RHE_CH03291+
347834.RHE_CH03474+
347834.RHE_CH03476(+)(plastid)
347834.RHE_CH03279+
347834.RHE_CH03513+
347834.RHE_CH00546(>)
347834.RHE_CH02705+
347834.RHE_CH00882(PF13238)
347834.RHE_CH02613+
347834.RHE_CH01126+
347834.RHE_CH00464+
347834.RHE_CH00728+not used
347834.RHE_CH01635+
347834.RHE_CH01637+
347834.RHE_CH00096(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH03282+
347834.RHE_CH01704+
347834.RHE_CH01707+
347834.RHE_CH02247+
347834.RHE_CH03469(PF01501)
347834.RHE_CH01351+
347834.RHE_CH02394+
347834.RHE_CH02392(+)(<)
347834.RHE_CH02463+
347834.RHE_CH00457+
347834.RHE_CH00292+
347834.RHE_CH03708+
347834.RHE_CH03707+
347834.RHE_CH03818(PF13238)
347834.RHE_CH03816+
347834.RHE_CH01250(>)
347834.RHE_CH03047+
347834.RHE_CH00711+
347834.RHE_CH03071+
347834.RHE_CH03383+
347834.RHE_CH02252(>)
347834.RHE_CH03136(>)
347834.RHE_CH00047+
347834.RHE_CH00283+
347834.RHE_CH00284(<)
347834.RHE_CH03662(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH02621+
347834.RHE_CH01395+
347834.RHE_CH03807(+)(ER)
347834.RHE_CH01092+
347834.RHE_CH01096+
347834.RHE_CH01097+
347834.RHE_CH01099+
347834.RHE_CH00679+
347834.RHE_CH03062+
347834.RHE_CH03391(PF01501)
347834.RHE_CH04027(+)(mitochondrial)
347834.RHE_CH00297+
347834.RHE_CH03659(>)
347834.RHE_CH00276+
347834.RHE_CH01897+
347834.RHE_CH02754+
347834.RHE_CH02634+
347834.RHE_CH03728(>)
347834.RHE_CH03722+
347834.RHE_CH01645+
347834.RHE_CH01644+
347834.RHE_CH01643+
347834.RHE_CH01082+
347834.RHE_CH03014+
347834.RHE_CH03839+
347834.RHE_CH00118(>)
347834.RHE_CH00020+
347834.RHE_CH02533+
347834.RHE_CH03230+
347834.RHE_CH01725+
347834.RHE_CH01441+
347834.RHE_CH03821+
347834.RHE_CH01265(+)+
347834.RHE_CH02188+
347834.RHE_CH02996(PF01501)
347834.RHE_CH03917(+)(plastid)
347834.RHE_CH01072(+)(ER)
347834.RHE_CH02559+
347834.RHE_CH00093+
347834.RHE_CH01698+
347834.RHE_CH01699+
347834.RHE_CH00038+
347834.RHE_CH03223+
347834.RHE_CH02779+
347834.RHE_CH02179+
347834.RHE_CH03966+
347834.RHE_CH01327+
347834.RHE_CH01661+
347834.RHE_CH01068+
347834.RHE_CH02958+
347834.RHE_CH01198+
347834.RHE_CH01194+
347834.RHE_CH01191+
347834.RHE_CH01190+
347834.RHE_CH01319+
347834.RHE_CH00131+
347834.RHE_CH03218+
347834.RHE_CH02340(PF01442)
347834.RHE_CH03124(<)
347834.RHE_CH00478(+)(>)
347834.RHE_CH01033+
347834.RHE_CH02166+
347834.RHE_CH01130+
347834.RHE_CH03593(+)
347834.RHE_CH02571(+)
347834.RHE_CH00958(+)
347834.RHE_CH02979(+)
347834.RHE_CH03970(+)
347834.RHE_CH03020(+)
347834.RHE_CH00128(+)
347834.RHE_CH02375(+)
347834.RHE_CH00014(+)
347834.RHE_CH03373(+)
347834.RHE_CH02154+
347834.RHE_CH02157(+)
347834.RHE_CH01835(+)
347834.RHE_CH02250(+)
347834.RHE_CH00943(+)
347834.RHE_CH03786(+)
347834.RHE_CH03944(+)
347834.RHE_CH03946(+)
347834.RHE_CH01042(+)
347834.RHE_CH00956(+)
347834.RHE_CH00548(+)
347834.RHE_CH03345(+)
347834.RHE_CH02366(+)
347834.RHE_CH02781(+)
347834.RHE_CH02147(+)
347834.RHE_CH02259(+)
347834.RHE_CH00803(+)
347834.RHE_CH01954(+)
347834.RHE_CH02557(+)
347834.RHE_CH01310(+)
347834.RHE_CH01031(+)
347834.RHE_CH00572(+)
347834.RHE_CH02319(+)
347834.RHE_CH02130(+)
347834.RHE_CH03547(+)
347834.RHE_CH03897(+)
347834.RHE_CH02541(+)
347834.RHE_CH02435(+)
347834.RHE_CH01024(+)
347834.RHE_CH01023(+)
347834.RHE_CH01028(+)
347834.RHE_CH01484(+)
347834.RHE_CH00177(+)
347834.RHE_CH03324(+)
347834.RHE_CH00229(+)
347834.RHE_CH03209(+)
347834.RHE_CH02441(+)
347834.RHE_CH04041(+)
347834.RHE_CH03153(+)
347834.RHE_CH00184(+)
347834.RHE_CH02113(+)
347834.RHE_CH01274(+)
347834.RHE_CH00232(+)
347834.RHE_CH02062(+)
347834.RHE_CH01906(+)
347834.RHE_CH03272(+)
347834.RHE_CH02205(+)
347834.RHE_CH02926(+)
347834.RHE_CH03986(+)
347834.RHE_CH01004(+)
347834.RHE_CH03856(+)
347834.RHE_CH02532(+)
347834.RHE_CH02328(+)
347834.RHE_CH01598(+)
347834.RHE_CH02534(+)
347834.RHE_CH00249(+)
347834.RHE_CH01358(+)
347834.RHE_CH01106(+)
347834.RHE_CH01104(+)
347834.RHE_CH01232(+)
347834.RHE_CH02265(+)
347834.RHE_CH02268(+)
347834.RHE_CH02002(+)
347834.RHE_CH00523(+)
347834.RHE_CH03873(+)
347834.RHE_CH00896(+)
347834.RHE_CH01605(+)
347834.RHE_CH01606(+)
347834.RHE_CH01357(+)
347834.RHE_CH01356(+)
347834.RHE_CH04054(+)
347834.RHE_CH01981(+)
347834.RHE_CH00658(+)
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347834.RHE_CH00075(+)
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347834.RHE_CH00473(+)
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347834.RHE_CH01715(+)
347834.RHE_CH01405(+)
347834.RHE_CH00046(+)
347834.RHE_CH02035(+)
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347834.RHE_CH03712(+)
347834.RHE_CH03825+
347834.RHE_CH01245(+)
347834.RHE_CH01240(+)
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347834.RHE_CH00036(+)
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347834.RHE_CH00324(+)
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347834.RHE_CH03154(+)
347834.RHE_CH03690(+)
347834.RHE_CH00921(+)
347834.RHE_CH01668(+)
347834.RHE_CH01062(+)
347834.RHE_CH03038(+)
347834.RHE_CH02189(+)
347834.RHE_CH02427(+)
347834.RHE_CH00006(+)
347834.RHE_CH04092(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.1 (1/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.25 (2/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================