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Effective results for Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 403
- Predicted by EffectiveT3: 160 (high confidence), 146 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 19 within, 11 before, 30 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 30 eukaryotic-like domains, contained in 120 proteins (78 high, 42 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
264201.pc1616(+)(<)PF00651 PF13516 PF00560(mitochondrial); mitochondrial
264201.pc1462(<)PF13516 PF00560(ER)
264201.pc1454+(<)(mitochondrial)
264201.pc1649+PF00651 PF13516plastid
264201.pc1509PF13516 PF00560ER; (ER)
264201.pc0198+PF00651 PF13516
264201.pc1934PF13516mitochondrial
264201.pc1935+PF00651 PF13516
264201.pc0516+(mitochondrial)
264201.pc0993+PF00651 PF13516
264201.pc0992+PF00651 PF13516
264201.pc0729++PF00646
264201.pc1123PF01697(mitochondrial)
264201.pc1832+PF00651 PF13516
264201.pc0980(PF03647)ER
264201.pc1220PF01222ER
264201.pc1915+PF00651 PF13516
264201.pc0080+mitochondrial
264201.pc1078(>)(mitochondrial)
264201.pc1305(PF03222)(ER)
264201.pc1661(<)(mitochondrial); (ER)
264201.pc0336(+)PF00651 PF13516(mitochondrial)
264201.pc1272PF00651 PF13516(ER)
264201.pc1652PF11789ER
264201.pc0235(>)(mitochondrial)
264201.pc1748+(mitochondrial)
264201.pc0298+ER
264201.pc1333+ER
264201.pc1507+PF00651 PF13516
264201.pc1619(<)(ER)
264201.pc1613+(mitochondrial)
264201.pc1188(>)ER
264201.pc0812+ER; (ER)
264201.pc1510+PF00651 PF13516
264201.pc0776+ER
264201.pc1197+PF00651 PF13516
264201.pc1565+PF00651 PF13516
264201.pc0168(PF03222)ER
264201.pc0169(PF03222)ER; (ER)
264201.pc0016(PF01704)(mitochondrial)
264201.pc1954+PF00651 PF13516
264201.pc1956+PF00651 PF13516
264201.pc0021(<)(mitochondrial)
264201.pc1003(PF03400)(mitochondrial)
264201.pc1828(PF14566)ER
264201.pc1495+PF00651 PF13516
264201.pc1813(+)(>)mitochondrial
264201.pc1722(PF04886)(ER)
264201.pc1926+PF00651 PF13516
264201.pc1032+PF00651 PF13516
264201.pc1558(+)ER
264201.pc0734+PF00646
264201.pc0195+(PF02868)
264201.pc0049+PF11789
264201.pc0048(+)PF00651 PF13516
264201.pc1025+PF13516
264201.pc0868(+)(mitochondrial)
264201.pc0743(+)PF00651 PF13516
264201.pc1614+(plastid)
264201.pc0059+(>)
264201.pc0260+(mitochondrial)
264201.pc1918+PF13516
264201.pc0060(>)(PF02868)
264201.pc1040+(plastid)
264201.pc0888+PF13516
264201.pc0042+(PF14938)
264201.pc0044+(>)
264201.pc1449+PF00646
264201.pc0240+PF03219
264201.pc0797(>)(PF03400)
264201.pc1666+PF13516
264201.pc0335+PF13516
264201.pc0334(+)PF13516 PF00560
264201.pc2019+PF13516
264201.pc1786+(mitochondrial)
264201.pc1278+PF13516
264201.pc0326(+)ER
264201.pc0323+PF00621
264201.pc0536+(mitochondrial)
264201.pc0225(+)ER
264201.pc0916(>)(ER)
264201.pc1639+plastid
264201.pc0272(+)mitochondrial; (mitochondrial)
264201.pc0970+PF13516
264201.pc0307+(plastid)
264201.pc0805+(PF00454)
264201.pc1508+PF13516
264201.pc1341+PF13516
264201.pc1186+(plastid)
264201.pc0107+plastid
264201.pc1985+(>)
264201.pc1519(+)(mitochondrial)
264201.pc1282+PF13516
264201.pc1198+(plastid)
264201.pc1992PF00651 PF13516
264201.pc1778+(PF10354)
264201.pc0553(+)ER
264201.pc0554(<)PF16994
264201.pc0822+(PF03522)
264201.pc1563(+)PF13516 PF00560
264201.pc0769+(plastid)
264201.pc1363+(PF00617)
264201.pc1944+(plastid)
264201.pc0388(>)(plastid)
264201.pc0012+(plastid)
264201.pc1955+PF13516
264201.pc1957(+)(>)(PF14938)
264201.pc1958+(PF02868)
264201.pc1142+PF13516
264201.pc1920+PF13516
264201.pc1922(+)(mitochondrial)
264201.pc1929+(plastid)
264201.pc1928+PF13516
264201.pc0038+PF00560
264201.pc1033+PF13516
264201.pc1031+PF13516
264201.pc1656(+)(ER)
264201.pc1556(>)
264201.pc0733(+)PF00646
264201.pc1481(+)plastid
264201.pc1730+
264201.pc0199PF13516
264201.pc0194+
264201.pc0043+
264201.pc0046+
264201.pc0999PF13516
264201.pc0464+
264201.pc0864(>)
264201.pc1343PF03219
264201.pc1347+
264201.pc0727+
264201.pc0619+
264201.pc1235+
264201.pc1589(<)
264201.pc1230+
264201.pc1909+
264201.pc1904+
264201.pc1901+
264201.pc1900+
264201.pc0058(+)(>)
264201.pc0264(+)PF13516
264201.pc0053(+)(>)
264201.pc0051+
264201.pc0056+
264201.pc0055(>)
264201.pc0293+
264201.pc0872+
264201.pc2025+
264201.pc2027+
264201.pc2020(PF03222)
264201.pc2022(>)
264201.pc1526+
264201.pc1137+
264201.pc1919PF13516
264201.pc1914(+)PF13516
264201.pc1916PF13516
264201.pc0064+
264201.pc0062+
264201.pc1046+
264201.pc1823+
264201.pc1694+
264201.pc1106+
264201.pc1101(+)(mitochondrial)
264201.pc0676PF00443
264201.pc1212+
264201.pc1211(+)(PF02868)
264201.pc0071(PF02201)
264201.pc1075+
264201.pc0040(>)
264201.pc0695+
264201.pc2000(+)(mitochondrial)
264201.pc1689(>)
264201.pc1112+
264201.pc1114+
264201.pc1119PF01697
264201.pc1207(PF12937)
264201.pc1065(+)PF13516
264201.pc0241PF03219
264201.pc0798(+)(PF12937)
264201.pc0331+
264201.pc2013(+)(>)
264201.pc0623(PF04493)
264201.pc0250PF03219
264201.pc1470(>)
264201.pc1475+
264201.pc0787(PF07720)
264201.pc1782(>)
264201.pc1274(PF03400)
264201.pc1276PF13516
264201.pc1309+
264201.pc1655+
264201.pc1890(PF09243)
264201.pc0438+
264201.pc0324(+)(PF01704)
264201.pc0325(PF02201)
264201.pc0322+
264201.pc0328+
264201.pc1455(+)PF13516
264201.pc1467+
264201.pc1796(+)(plastid)
264201.pc1269+
264201.pc1085+
264201.pc0227(>)
264201.pc0135+
264201.pc0353+
264201.pc1353+
264201.pc0358+
264201.pc1354(PF12937)
264201.pc1415+
264201.pc1414+
264201.pc1417+
264201.pc1076+
264201.pc0277+
264201.pc1745+
264201.pc1742+
264201.pc0346(<)
264201.pc0290(+)(mitochondrial)
264201.pc1409(+)+
264201.pc1403+
264201.pc1242+
264201.pc0593+
264201.pc0579+
264201.pc0577+
264201.pc0972+
264201.pc0979+
264201.pc0978+
264201.pc0754PF00651
264201.pc0808(>)
264201.pc0507+
264201.pc0182(>)
264201.pc1506(<)
264201.pc1290(+)+
264201.pc0589(PF03222)
264201.pc1618+
264201.pc1611(+)PF13516
264201.pc1346+
264201.pc1187+
264201.pc1764+
264201.pc1965(PF02868)
264201.pc0299+
264201.pc1514+
264201.pc1513+
264201.pc0774+
264201.pc1194PF00646
264201.pc0175(+)(PF05677)
264201.pc1993PF13516
264201.pc1772+
264201.pc1998(>)
264201.pc1972(PF12937)
264201.pc1970+
264201.pc0399+
264201.pc0954+
264201.pc1810(>)
264201.pc0828(+)(<)
264201.pc0821+
264201.pc0228+
264201.pc1562PF13516
264201.pc1564+
264201.pc1385+
264201.pc1384(PF07720)
264201.pc1387+
264201.pc1380+
264201.pc1382+
264201.pc1705+
264201.pc1947+
264201.pc1946(PF12937)
264201.pc0389+
264201.pc1578(>)
264201.pc0780(>)
264201.pc1375+
264201.pc1399+
264201.pc1394PF13733
264201.pc0159(PF09243)
264201.pc1951(PF02868)
264201.pc1952+
264201.pc1009+
264201.pc1006+
264201.pc0448+
264201.pc0842+
264201.pc0846+
264201.pc0849+
264201.pc0848(PF03400)
264201.pc0705+
264201.pc1141PF13516
264201.pc1145PF13516
264201.pc1499+
264201.pc1148+
264201.pc1814+
264201.pc1816(+)(PF12937)
264201.pc1811+
264201.pc1844+
264201.pc1924+
264201.pc0037(PF02868)
264201.pc1038+
264201.pc0457+
264201.pc1340(+)(plastid)
264201.pc0857(PF04493)
264201.pc1735(+)
264201.pc0699(+)
264201.pc0197(+)
264201.pc1939(+)
264201.pc0994(+)
264201.pc0463(+)
264201.pc0865(+)
264201.pc1592(+)
264201.pc1121(+)
264201.pc1124(+)
264201.pc1830(+)
264201.pc1231(+)
264201.pc0057(+)
264201.pc0875(+)
264201.pc2023(+)
264201.pc1138(+)
264201.pc1135(+)
264201.pc0268(+)
264201.pc0402(+)
264201.pc0409(+)
264201.pc0884(+)
264201.pc1638(+)
264201.pc1697(+)
264201.pc1108(+)
264201.pc0073(+)
264201.pc1858(+)
264201.pc1854(+)
264201.pc0097(+)
264201.pc0041(+)
264201.pc1741(+)
264201.pc1111(+)
264201.pc1441(+)
264201.pc1060(+)
264201.pc0339(+)
264201.pc0330(+)
264201.pc2015(+)
264201.pc1871(+)
264201.pc1097(+)
264201.pc1898(+)
264201.pc0321(+)
264201.pc0921(+)
264201.pc1452(+)
264201.pc1086(+)
264201.pc0220(+)
264201.pc0226(+)
264201.pc0682(+)
264201.pc1418(+)
264201.pc1256(+)
264201.pc0121(+)
264201.pc0902(+)
264201.pc1538(+)
264201.pc0599(+)
264201.pc0576(+)
264201.pc0809(+)
264201.pc0801(+)
264201.pc1237(+)
264201.pc1434(+)
264201.pc0581(+)
264201.pc0582(+)
264201.pc0215(+)
264201.pc1966(+)
264201.pc1960(+)
264201.pc0967(+)
264201.pc0815(+)
264201.pc0813(+)
264201.pc1517(+)
264201.pc1191(+)
264201.pc0483(+)
264201.pc1490(+)
264201.pc0174(+)
264201.pc0392(+)
264201.pc0959(+)
264201.pc0950(+)
264201.pc0145(+)
264201.pc1089(+)
264201.pc1866(+)
264201.pc0493(+)
264201.pc0495(+)
264201.pc0162(+)
264201.pc1940(+)
264201.pc0386(+)
264201.pc0385(+)
264201.pc0380(+)
264201.pc0830(+)
264201.pc1117(+)
264201.pc1571(+)
264201.pc0711(+)
264201.pc0710(+)
264201.pc0713(+)
264201.pc1372(+)
264201.pc1376(+)
264201.pc1179(+)
264201.pc0155(+)
264201.pc1716(+)
264201.pc1714(+)
264201.pc1959(+)
264201.pc0445(+)
264201.pc0444(+)
264201.pc1542(+)
264201.pc1540(+)
264201.pc0709(+)
264201.pc1149(+)
264201.pc1039(+)
264201.pc0459(+)
264201.pc0455(+)
264201.pc0854(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.8 (8/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================