Effective results for Bordetella bronchiseptica RB50 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 875
- Predicted by EffectiveT3: 172 (high confidence), 286 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 28 within, 5 before, 40 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 73
- Predicted by EffectiveELD: 33 eukaryotic-like domains, contained in 327 proteins (19 high, 308 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type IV, Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
| Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
|---|---|---|---|---|---|
| 257310.BB2312 | + | (PF13332) | mitochondrial; (mitochondrial) | ||
| 257310.BB1747 | (PF03447) (PF01958) | (ER) | |||
| 257310.BB1342 | (PF00330) (PF00694) | mitochondrial | |||
| 257310.BB3873 | (PF01614) (PF09339) | (ER) | |||
| 257310.BB4808 | + | (PF13549) (PF13607) (PF13380) | |||
| 257310.BB4810 | (PF01614) (PF09339) | mitochondrial | |||
| 257310.BB2142 | (PF07364) (PF07171) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
| 257310.BB1490 | + | (PF12399) | (mitochondrial) | ||
| 257310.BB1495 | (PF01614) (PF09339) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2824 | (PF13549) (PF13607) (PF13380) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0609 | (PF01614) (PF09339) | (mitochondrial); plastid | |||
| 257310.BB4706 | (PF01614) (PF09339) | (ER) | |||
| 257310.BB2761 | (PF01614) (PF09339) | (ER); plastid | |||
| 257310.BB0616 | (PF01614) (PF09339) | (ER) | |||
| 257310.BB4370 | (PF13549) (PF13607) | ER | |||
| 257310.BB2137 | + | mitochondrial | |||
| 257310.BB2136 | (PF03480) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2482 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB0748 | + | ER | |||
| 257310.BB2005 | + | mitochondrial | |||
| 257310.BB1441 | (PF02515) | ER; (ER) | |||
| 257310.BB1060 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB4747 | (PF01614) (PF09339) | (ER) | |||
| 257310.BB2018 | (PF07678) | ER | |||
| 257310.BB2270 | + | (PF03797) | plastid | ||
| 257310.BB2308 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB1477 | (>) | ER | |||
| 257310.BB2653 | (PF03480) | ER; (ER) | |||
| 257310.BB1894 | (>) | ER | |||
| 257310.BB4797 | (PF13549) (PF13607) (PF13380) | ||||
| 257310.BB3348 | (<) | ER | |||
| 257310.BB1926 | (PF03447) | (ER) | |||
| 257310.BB4396 | + | ER | |||
| 257310.BB4765 | (PF02515) | (ER) | |||
| 257310.BB1460 | + | ER | |||
| 257310.BB2663 | (PF03741) | ER | |||
| 257310.BB1649 | (PF03797) | ER; mitochondrial | |||
| 257310.BB1792 | (PF00378) | (ER); ER | |||
| 257310.BB1269 | (>) | ER; (ER) | |||
| 257310.BB4892 | + | mitochondrial | |||
| 257310.BB4893 | + | ER | |||
| 257310.BB4890 | + | ER | |||
| 257310.BB4891 | + | ER | |||
| 257310.BB3780 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0311 | (+) | (>) | (mitochondrial); (plastid) | ||
| 257310.BB2671 | (PF03741) | (ER) | |||
| 257310.BB1745 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB0699 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB4101 | + | ER | |||
| 257310.BB3645 | (PF09339) | mitochondrial | |||
| 257310.BB3794 | (PF12399) | ER | |||
| 257310.BB3002 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB2442 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB1228 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB2727 | (>) | ER | |||
| 257310.BB1758 | (PF13549) (PF13607) (PF13380) | ||||
| 257310.BB0592 | (PF02515) | (ER) | |||
| 257310.BB0599 | + | ER | |||
| 257310.BB0574 | + | ER | |||
| 257310.BB3538 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 257310.BB0972 | (PF01614) (PF09339) | (ER) | |||
| 257310.BB3071 | (PF01614) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3077 | (PF03480) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2982 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB1768 | + | ER | |||
| 257310.BB1294 | (>) | ER | |||
| 257310.BB0560 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0813 | + | mitochondrial | |||
| 257310.BB1550 | + | ER | |||
| 257310.BB2083 | (PF03741) | ER | |||
| 257310.BB2554 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1774 | (PF12399) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0367 | + | ER; (ER) | |||
| 257310.BB3292 | (PF03797) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0821 | (PF03797) | ER | |||
| 257310.BB4503 | + | ER | |||
| 257310.BB0889 | + | ER | |||
| 257310.BB2723 | (PF03741) | (ER) | |||
| 257310.BB2941 | (PF03797) | mitochondrial | |||
| 257310.BB1366 | (PF03797) | mitochondrial | |||
| 257310.BB0544 | (>) | ER | |||
| 257310.BB4068 | (PF03480) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
| 257310.BB3917 | (>) | ER | |||
| 257310.BB1577 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB2301 | (PF03797) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0719 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB0718 | (PF13714) | mitochondrial | |||
| 257310.BB0717 | (>) | (ER); ER | |||
| 257310.BB0532 | (PF13549) (PF13607) (PF13380) | ||||
| 257310.BB1864 | (PF03797) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0158 | (>) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3853 | + | ER | |||
| 257310.BB4078 | (PF03328) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4259 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4257 | (PF03741) | (ER) | |||
| 257310.BB3640 | + | ER | |||
| 257310.BB2419 | + | ER | |||
| 257310.BB1143 | (PF02515) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1145 | + | ER | |||
| 257310.BB2706 | (PF03480) | ER | |||
| 257310.BB1033 | (PF03328) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0140 | + | ER | |||
| 257310.BB3151 | (>) | ER | |||
| 257310.BB3999 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2916 | + | ER | |||
| 257310.BB0287 | + | mitochondrial | |||
| 257310.BB0280 | (PF03480) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2821 | (PF02515) | (ER) | |||
| 257310.BB1730 | (PF03741) | ER | |||
| 257310.BB4708 | (PF13549) (PF13607) (PF13380) | ||||
| 257310.BB0512 | (PF02515) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3097 | + | (ER) | |||
| 257310.BB3099 | + | (ER) | |||
| 257310.BB1281 | + | (ER) | |||
| 257310.BB4421 | + | ER | |||
| 257310.BB0500 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4358 | (PF03480) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3958 | (PF03328) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3956 | + | ER | |||
| 257310.BB3954 | (PF03480) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3421 | (PF03480) | ER; (ER) | |||
| 257310.BB1492 | + | ER | |||
| 257310.BB1642 | (>) | mitochondrial | |||
| 257310.BB2338 | + | ER | |||
| 257310.BB2028 | (PF12399) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
| 257310.BB2246 | (PF03797) | (ER) | |||
| 257310.BB0400 | (PF12399) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4401 | + | ER | |||
| 257310.BB0080 | (PF03328) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3614 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2741 | (PF03797) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1217 | (PF02515) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2819 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0415 | (PF01614) (PF09339) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3979 | + | (PF01614) (PF09339) | |||
| 257310.BB4248 | (>) | ER | |||
| 257310.BB4576 | (PF01614) (PF09339) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0693 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0982 | (PF02515) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1683 | (+) | + | plastid | ||
| 257310.BB1687 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1111 | (+) | (PF01614) (PF09339) | |||
| 257310.BB2641 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB1844 | (PF00330) (PF00694) | ||||
| 257310.BB4984 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0647 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB4567 | (+) | mitochondrial | |||
| 257310.BB0932 | (PF07364) (PF07171) | ||||
| 257310.BB4166 | + | (PF01989) | |||
| 257310.BB2495 | (PF07364) (PF07171) | ||||
| 257310.BB0685 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0655 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB4881 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB1728 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4085 | (PF00330) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1898 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0432 | (PF03447) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3206 | (>) | (PF07287) | |||
| 257310.BB4793 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3687 | (PF00330) (PF00694) | ||||
| 257310.BB0456 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB2464 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2069 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1083 | (PF02515) | (ER) | |||
| 257310.BB0352 | (PF02515) | (plastid) | |||
| 257310.BB4768 | (PF02515) | (ER) | |||
| 257310.BB4769 | (+) | (PF01614) (PF09339) | |||
| 257310.BB4781 | (PF03447) (PF01958) | ||||
| 257310.BB0317 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1419 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB1633 | (+) | ER | |||
| 257310.BB0692 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB3627 | (+) | (ER) | |||
| 257310.BB3531 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB4339 | (+) | PF03972 | (mitochondrial) | ||
| 257310.BB4337 | PF07476 PF05034 | ||||
| 257310.BB3004 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0387 | + | (ER) | |||
| 257310.BB1532 | (PF03328) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1757 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0209 | PF08017 | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4453 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB3079 | + | plastid | |||
| 257310.BB2452 | + | + | |||
| 257310.BB2985 | (PF03480) | (ER) | |||
| 257310.BB0740 | (PF03328) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0566 | (PF00330) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0360 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB4664 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3061 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB3110 | (PF03797) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4268 | + | (ER) | |||
| 257310.BB4606 | (<) | + | |||
| 257310.BB0770 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0557 | + | (PF02515) | |||
| 257310.BB3872 | PF07476 PF05034 | ||||
| 257310.BB4690 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB4878 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB4477 | + | plastid | |||
| 257310.BB4584 | (PF02515) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0884 | + | plastid | |||
| 257310.BB3121 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
| 257310.BB2949 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB0543 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB4116 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB4480 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0949 | (+) | (PF01614) (PF09339) | |||
| 257310.BB2404 | (+) | ER | |||
| 257310.BB4015 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1178 | + | (PF13468) | |||
| 257310.BB1576 | (PF13607) (PF13380) | ||||
| 257310.BB0713 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0712 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB0628 | + | PF03972 | |||
| 257310.BB4652 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3312 | (+) | ER | |||
| 257310.BB2387 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB2148 | + | (ER) | |||
| 257310.BB1545 | + | (>) | |||
| 257310.BB1548 | (PF12399) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2700 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB2564 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1726 | (+) | (PF01614) (PF09339) | |||
| 257310.BB4397 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB2439 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2887 | (<) | + | |||
| 257310.BB2628 | (>) | (ER) | |||
| 257310.BB2771 | (PF00378) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2773 | (>) | (PF00378) | |||
| 257310.BB0737 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1150 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB2826 | + | (PF03328) | |||
| 257310.BB0608 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0516 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB3946 | (PF02515) | (ER) | |||
| 257310.BB0863 | (PF07364) (PF07171) | ||||
| 257310.BB4253 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3911 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0724 | (PF07287) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0725 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB2583 | + | (ER) | |||
| 257310.BB2830 | (PF03797) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB0478 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB2614 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB1909 | (PF01614) (PF09339) | ||||
| 257310.BB0988 | (PF07364) (PF07171) | ||||
| 257310.BB4287 | + | (ER) | |||
| 257310.BB3393 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB3371 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 257310.BB1439 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2539 | + | plastid | |||
| 257310.BB1621 | + | plastid | |||
| 257310.BB1595 | (+) | (PF12399) | (plastid) | ||
| 257310.BB1046 | (PF13714) | (ER) | |||
| 257310.BB0260 | (PF03447) (PF01958) | ||||
| 257310.BB0661 | + | (PF00378) | |||
| 257310.BB0667 | (PF13607) (PF13380) | ||||
| 257310.BB3905 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2324 | (PF03797) | (ER) | |||
| 257310.BB2329 | + | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1676 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB2817 | + | (PF00330) | |||
| 257310.BB3700 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4926 | (>) | ||||
| 257310.BB2131 | (PF00694) | ||||
| 257310.BB2130 | (PF00330) | ||||
| 257310.BB2000 | (PF03328) | ||||
| 257310.BB2888 | + | ||||
| 257310.BB2261 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB2790 | (>) | ||||
| 257310.BB1116 | + | ||||
| 257310.BB0791 | + | ||||
| 257310.BB0249 | + | ||||
| 257310.BB4988 | + | ||||
| 257310.BB0646 | + | ||||
| 257310.BB0644 | + | ||||
| 257310.BB0649 | (>) | ||||
| 257310.BB4188 | (PF13468) | ||||
| 257310.BB4180 | + | ||||
| 257310.BB4186 | + | ||||
| 257310.BB1318 | + | ||||
| 257310.BB0427 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB4746 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0420 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3501 | (+) | (>) | |||
| 257310.BB3507 | + | ||||
| 257310.BB3320 | (+) | + | |||
| 257310.BB3325 | + | ||||
| 257310.BB4419 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB4415 | (+) | (PF00378) | |||
| 257310.BB0938 | + | ||||
| 257310.BB4994 | + | ||||
| 257310.BB3035 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB3032 | (PF03480) | ||||
| 257310.BB4165 | (PF04412) | ||||
| 257310.BB4161 | PF03972 | ||||
| 257310.BB2016 | + | ||||
| 257310.BB2017 | + | ||||
| 257310.BB2276 | (>) | ||||
| 257310.BB2782 | + | ||||
| 257310.BB2650 | (PF03328) | ||||
| 257310.BB2306 | + | ||||
| 257310.BB1275 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4884 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4886 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB1087 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1097 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB1090 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0252 | + | ||||
| 257310.BB0253 | (+) | + | |||
| 257310.BB4314 | + | ||||
| 257310.BB4080 | + | ||||
| 257310.BB4082 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4087 | (PF13714) | ||||
| 257310.BB4086 | (PF00694) | ||||
| 257310.BB1890 | (>) | ||||
| 257310.BB0431 | + | ||||
| 257310.BB1089 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4228 | + | ||||
| 257310.BB4798 | (+) | (PF00378) | |||
| 257310.BB3377 | + | ||||
| 257310.BB3689 | PF03972 | ||||
| 257310.BB3685 | (PF13714) | ||||
| 257310.BB0452 | (PF03797) | ||||
| 257310.BB1167 | (>) | ||||
| 257310.BB1322 | + | ||||
| 257310.BB2063 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB2205 | (PF13392) | ||||
| 257310.BB1467 | + | ||||
| 257310.BB4006 | + | ||||
| 257310.BB2668 | + | ||||
| 257310.BB1645 | + | ||||
| 257310.BB2687 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB2649 | (>) | ||||
| 257310.BB2648 | + | ||||
| 257310.BB1794 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0353 | (PF03328) | ||||
| 257310.BB3232 | + | (plastid) | |||
| 257310.BB3237 | + | ||||
| 257310.BB4784 | (PF04412) | ||||
| 257310.BB4783 | (PF01989) | ||||
| 257310.BB3523 | + | ||||
| 257310.BB3838 | (>) | ||||
| 257310.BB4437 | + | ||||
| 257310.BB4066 | PF03972 | ||||
| 257310.BB3782 | + | ||||
| 257310.BB3786 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB3012 | + | ||||
| 257310.BB2604 | (>) | ||||
| 257310.BB4674 | + | ||||
| 257310.BB2072 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB2073 | + | ||||
| 257310.BB2219 | (+) | (>) | |||
| 257310.BB0541 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB3554 | + | ||||
| 257310.BB4157 | + | ||||
| 257310.BB1016 | (PF00330) | ||||
| 257310.BB2692 | (>) | ||||
| 257310.BB1525 | + | ||||
| 257310.BB1258 | (PF09339) | ||||
| 257310.BB0916 | (PF03797) | ||||
| 257310.BB0232 | (+) | (PF12399) | |||
| 257310.BB0340 | (PF03797) | ||||
| 257310.BB0344 | (PF10994) | ||||
| 257310.BB0348 | (PF13468) | ||||
| 257310.BB4930 | + | ||||
| 257310.BB4208 | + | ||||
| 257310.BB3533 | + | ||||
| 257310.BB4849 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB4334 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4333 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB3642 | + | ||||
| 257310.BB4446 | + | ||||
| 257310.BB4549 | + | ||||
| 257310.BB1407 | (+) | plastid | |||
| 257310.BB4671 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1623 | + | ||||
| 257310.BB3867 | + | ||||
| 257310.BB2847 | + | ||||
| 257310.BB2226 | (PF13392) | ||||
| 257310.BB2993 | (PF13332) | ||||
| 257310.BB0597 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0593 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0750 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0752 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0759 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB0572 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB4140 | + | ||||
| 257310.BB3494 | (PF13392) | ||||
| 257310.BB4649 | + | ||||
| 257310.BB4455 | + | ||||
| 257310.BB3725 | (+) | + | |||
| 257310.BB3102 | + | ||||
| 257310.BB4599 | + | ||||
| 257310.BB4611 | + | ||||
| 257310.BB1436 | (<) | ||||
| 257310.BB1186 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB1502 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB1501 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1506 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB1981 | + | ||||
| 257310.BB0585 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0589 | (PF03328) | ||||
| 257310.BB1348 | PF03972 | ||||
| 257310.BB1341 | (PF13714) | ||||
| 257310.BB4040 | + | ||||
| 257310.BB4049 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4263 | + | ||||
| 257310.BB2213 | + | ||||
| 257310.BB3804 | + | ||||
| 257310.BB0369 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB4684 | (PF02615) | ||||
| 257310.BB4681 | (+) | (PF07287) | |||
| 257310.BB0364 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4468 | + | ||||
| 257310.BB0969 | + | ||||
| 257310.BB0005 | (<) | ||||
| 257310.BB3117 | + | ||||
| 257310.BB3111 | (PF03797) | ||||
| 257310.BB4267 | + | ||||
| 257310.BB1311 | + | ||||
| 257310.BB2084 | (PF03741) | ||||
| 257310.BB1426 | + | ||||
| 257310.BB2883 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB2552 | + | ||||
| 257310.BB1196 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB3542 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB1516 | (PF03480) | ||||
| 257310.BB1510 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB1997 | (PF02615) | ||||
| 257310.BB1285 | + | ||||
| 257310.BB1350 | PF03972 | ||||
| 257310.BB1354 | + | ||||
| 257310.BB0558 | (+) | (PF02515) | |||
| 257310.BB0553 | (PF13714) | ||||
| 257310.BB0551 | PF03972 | ||||
| 257310.BB0555 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB3475 | + | ||||
| 257310.BB3870 | PF03972 | ||||
| 257310.BB4678 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0955 | + | ||||
| 257310.BB1254 | + | ||||
| 257310.BB4588 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4589 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0827 | + | ||||
| 257310.BB3125 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4158 | + | ||||
| 257310.BB1565 | PF03972 | ||||
| 257310.BB0763 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB2891 | (+) | + | |||
| 257310.BB0540 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB1015 | (PF00694) | ||||
| 257310.BB0498 | + | ||||
| 257310.BB0497 | + | ||||
| 257310.BB0495 | (+) | + | |||
| 257310.BB4113 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB3466 | (>) | ||||
| 257310.BB3460 | + | ||||
| 257310.BB3341 | (>) | ||||
| 257310.BB1947 | + | ||||
| 257310.BB4805 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4485 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4484 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 257310.BB4483 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB3609 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB0945 | + | ||||
| 257310.BB3918 | + | ||||
| 257310.BB3738 | + | ||||
| 257310.BB3748 | (>) | ||||
| 257310.BB3132 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB2405 | + | ||||
| 257310.BB2401 | + | ||||
| 257310.BB1174 | + | ||||
| 257310.BB1172 | (PF10994) | ||||
| 257310.BB2378 | + | ||||
| 257310.BB2374 | (PF02615) | ||||
| 257310.BB1571 | (+) | + | |||
| 257310.BB1575 | (PF13549) | ||||
| 257310.BB1470 | + | ||||
| 257310.BB1711 | + | ||||
| 257310.BB1718 | + | ||||
| 257310.BB0480 | + | ||||
| 257310.BB2979 | + | ||||
| 257310.BB0715 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0022 | + | ||||
| 257310.BB0533 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0029 | + | ||||
| 257310.BB1307 | (>) | ||||
| 257310.BB1001 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0624 | PF03972 | ||||
| 257310.BB4108 | (PF13714) | ||||
| 257310.BB0629 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB3857 | (PF09339) | ||||
| 257310.BB3855 | + | ||||
| 257310.BB4079 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB3928 | + | ||||
| 257310.BB4255 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4256 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0651 | (>) | ||||
| 257310.BB3703 | + | ||||
| 257310.BB3143 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB3146 | (+) | (PF00378) | |||
| 257310.BB3315 | + | ||||
| 257310.BB4522 | + | ||||
| 257310.BB1494 | PF03972 | ||||
| 257310.BB1144 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1148 | + | ||||
| 257310.BB4303 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB1541 | + | ||||
| 257310.BB2960 | PF03972 | ||||
| 257310.BB1877 | + | ||||
| 257310.BB0706 | (PF03480) | ||||
| 257310.BB4306 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB2560 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB2561 | + | ||||
| 257310.BB1038 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4307 | + | ||||
| 257310.BB0637 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0634 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0633 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0631 | + | ||||
| 257310.BB4711 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0457 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0455 | + | ||||
| 257310.BB4718 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0450 | + | ||||
| 257310.BB1873 | + | ||||
| 257310.BB0259 | (PF13468) | ||||
| 257310.BB3874 | + | ||||
| 257310.BB4623 | + | ||||
| 257310.BB4624 | + | ||||
| 257310.BB4627 | + | ||||
| 257310.BB3937 | + | ||||
| 257310.BB3930 | + | ||||
| 257310.BB4971 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB0858 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB3628 | + | ||||
| 257310.BB3152 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB1057 | + | ||||
| 257310.BB2177 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB2590 | + | ||||
| 257310.BB2350 | PF03972 | ||||
| 257310.BB2285 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB2284 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB2770 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB2917 | + | ||||
| 257310.BB4818 | + | ||||
| 257310.BB1157 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB2598 | + | ||||
| 257310.BB1029 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1807 | (>) | ||||
| 257310.BB1801 | + | ||||
| 257310.BB2825 | + | ||||
| 257310.BB1738 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB0601 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB4555 | (PF02615) | ||||
| 257310.BB4707 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4704 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4700 | PF03972 | ||||
| 257310.BB0461 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0464 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0191 | + | ||||
| 257310.BB1936 | (PF13332) | ||||
| 257310.BB4830 | + | ||||
| 257310.BB4835 | + | ||||
| 257310.BB0519 | (PF03480) | ||||
| 257310.BB3895 | + | ||||
| 257310.BB3949 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB3948 | (PF03328) | ||||
| 257310.BB1773 | + | ||||
| 257310.BB3945 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB1779 | + | ||||
| 257310.BB4524 | (PF02615) | ||||
| 257310.BB0860 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1651 | + | ||||
| 257310.BB3360 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1147 | + | ||||
| 257310.BB2346 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0779 | + | ||||
| 257310.BB1357 | + | ||||
| 257310.BB2769 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB2762 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB2906 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB0723 | (PF14330) | ||||
| 257310.BB0729 | + | ||||
| 257310.BB1123 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1124 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1059 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0295 | + | ||||
| 257310.BB0615 | + | ||||
| 257310.BB0617 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB0272 | + | ||||
| 257310.BB0501 | + | ||||
| 257310.BB3429 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0487 | (+) | (plastid) | |||
| 257310.BB3124 | + | ||||
| 257310.BB3171 | + | ||||
| 257310.BB0172 | + | ||||
| 257310.BB2507 | + | ||||
| 257310.BB2119 | + | ||||
| 257310.BB2157 | + | ||||
| 257310.BB0321 | (+) | + | |||
| 257310.BB2758 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB1220 | + | ||||
| 257310.BB0323 | + | ||||
| 257310.BB1977 | + | ||||
| 257310.BB1040 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB1049 | (PF03328) | ||||
| 257310.BB0668 | (PF13549) | ||||
| 257310.BB0664 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB1666 | + | ||||
| 257310.BB0402 | + | ||||
| 257310.BB1913 | + | ||||
| 257310.BB0067 | + | ||||
| 257310.BB3562 | PF03972 | ||||
| 257310.BB4614 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB3964 | + | ||||
| 257310.BB3961 | + | ||||
| 257310.BB2998 | + | ||||
| 257310.BB4294 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB3411 | + | ||||
| 257310.BB1247 | + | ||||
| 257310.BB4505 | (PF12399) | ||||
| 257310.BB2087 | + | ||||
| 257310.BB0115 | + | ||||
| 257310.BB0119 | + | ||||
| 257310.BB1482 | + | ||||
| 257310.BB3822 | + | ||||
| 257310.BB2033 | (PF03797) | ||||
| 257310.BB2258 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB1218 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB0203 | + | ||||
| 257310.BB1458 | + | ||||
| 257310.BB1850 | (PF00330) | ||||
| 257310.BB2818 | (PF00694) | ||||
| 257310.BB3740 | + | ||||
| 257310.BB1337 | + | ||||
| 257310.BB0417 | + | ||||
| 257310.BB0419 | (+) | (PF03797) | |||
| 257310.BB0943 | + | ||||
| 257310.BB4378 | + | ||||
| 257310.BB4376 | + | ||||
| 257310.BB0092 | + | ||||
| 257310.BB3976 | (+) | + | |||
| 257310.BB4753 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4755 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4757 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB4570 | (+) | (PF12399) | |||
| 257310.BB4577 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4578 | (PF00378) | ||||
| 257310.BB2369 | (PF02515) | ||||
| 257310.BB4288 | + | ||||
| 257310.BB4021 | (+) | ||||
| 257310.BB2135 | (+) | ||||
| 257310.BB4359 | (+) | ||||
| 257310.BB2001 | (+) | ||||
| 257310.BB2267 | (+) | ||||
| 257310.BB4989 | (+) | ||||
| 257310.BB1667 | (+) | ||||
| 257310.BB1313 | (+) | ||||
| 257310.BB0641 | (+) | ||||
| 257310.BB2036 | (+) | ||||
| 257310.BB1063 | (+) | ||||
| 257310.BB0338 | (+) | ||||
| 257310.BB4361 | (+) | ||||
| 257310.BB3217 | (+) | ||||
| 257310.BB4562 | (+) | ||||
| 257310.BB3694 | (+) | ||||
| 257310.BB3505 | (+) | ||||
| 257310.BB0936 | (+) | ||||
| 257310.BB0930 | (+) | ||||
| 257310.BB3036 | (+) | ||||
| 257310.BB0782 | (+) | ||||
| 257310.BB1656 | (+) | ||||
| 257310.BB1786 | (+) | ||||
| 257310.BB4179 | (+) | ||||
| 257310.BB4318 | (+) | ||||
| 257310.BB4792 | (+) | ||||
| 257310.BB3682 | (+) | ||||
| 257310.BB3686 | (+) | ||||
| 257310.BB3516 | (+) | ||||
| 257310.BB3332 | (+) | ||||
| 257310.BB3335 | (+) | ||||
| 257310.BB4761 | (+) | ||||
| 257310.BB4236 | (+) | ||||
| 257310.BB1268 | (+) | ||||
| 257310.BB2646 | (+) | ||||
| 257310.BB4850 | (+) | ||||
| 257310.BB1888 | (+) | ||||
| 257310.BB3659 | (+) | ||||
| 257310.BB0915 | (+) | ||||
| 257310.BB3784 | (+) | ||||
| 257310.BB3011 | (+) | ||||
| 257310.BB3016 | (+) | ||||
| 257310.BB3442 | (+) | ||||
| 257310.BB2470 | (+) | ||||
| 257310.BB2478 | (+) | ||||
| 257310.BB2215 | (+) | ||||
| 257310.BB2114 | (+) | ||||
| 257310.BB1638 | (+) | ||||
| 257310.BB2504 | (+) | ||||
| 257310.BB2699 | (+) | ||||
| 257310.BB2333 | (+) | ||||
| 257310.BB3220 | (+) | ||||
| 257310.BB0873 | (+) | ||||
| 257310.BB2199 | (+) | ||||
| 257310.BB1308 | (+) | ||||
| 257310.BB2043 | (+) | ||||
| 257310.BB2523 | (+) | ||||
| 257310.BB1304 | (+) | ||||
| 257310.BB1409 | (+) | ||||
| 257310.BB1405 | (+) | ||||
| 257310.BB1620 | (+) | ||||
| 257310.BB2996 | (+) | ||||
| 257310.BB0891 | (+) | ||||
| 257310.BB4967 | (+) | ||||
| 257310.BB4299 | (+) | ||||
| 257310.BB3601 | (+) | ||||
| 257310.BB2843 | (+) | ||||
| 257310.BB4922 | (+) | ||||
| 257310.BB4210 | (+) | ||||
| 257310.BB3493 | (+) | ||||
| 257310.BB1508 | (+) | ||||
| 257310.BB3818 | (+) | ||||
| 257310.BB3672 | (+) | ||||
| 257310.BB3259 | (+) | ||||
| 257310.BB1760 | (+) | ||||
| 257310.BB0808 | (+) | ||||
| 257310.BB2475 | (+) | ||||
| 257310.BB2183 | (+) | ||||
| 257310.BB2189 | (+) | ||||
| 257310.BB1188 | (+) | ||||
| 257310.BB2231 | (+) | ||||
| 257310.BB4047 | (+) | ||||
| 257310.BB4041 | (+) | ||||
| 257310.BB0561 | (+) | ||||
| 257310.BB4918 | (+) | ||||
| 257310.BB4139 | (+) | ||||
| 257310.BB4013 | (+) | ||||
| 257310.BB4130 | (+) | ||||
| 257310.BB4595 | (+) | ||||
| 257310.BB1966 | (+) | ||||
| 257310.BB4461 | (+) | ||||
| 257310.BB4460 | (+) | ||||
| 257310.BB3249 | (+) | ||||
| 257310.BB3063 | (+) | ||||
| 257310.BB3112 | (+) | ||||
| 257310.BB4590 | (+) | ||||
| 257310.BB3569 | (+) | ||||
| 257310.BB2080 | (+) | ||||
| 257310.BB1427 | (+) | ||||
| 257310.BB2429 | (+) | ||||
| 257310.BB1955 | (+) | ||||
| 257310.BB1771 | (+) | ||||
| 257310.BB2855 | (+) | ||||
| 257310.BB1286 | (+) | ||||
| 257310.BB1609 | (+) | ||||
| 257310.BB0178 | (+) | ||||
| 257310.BB4278 | (+) | ||||
| 257310.BB3548 | (+) | ||||
| 257310.BB3615 | (+) | ||||
| 257310.BB0951 | (+) | ||||
| 257310.BB3279 | (+) | ||||
| 257310.BB0822 | (+) | ||||
| 257310.BB0127 | (+) | ||||
| 257310.BB3120 | (+) | ||||
| 257310.BB0639 | (+) | ||||
| 257310.BB4865 | (+) | ||||
| 257310.BB2432 | (+) | ||||
| 257310.BB3820 | (+) | ||||
| 257310.BB1702 | (+) | ||||
| 257310.BB1708 | (+) | ||||
| 257310.BB2942 | (+) | ||||
| 257310.BB2893 | (+) | ||||
| 257310.BB1388 | (+) | ||||
| 257310.BB1733 | (+) | ||||
| 257310.BB3467 | (+) | ||||
| 257310.BB3489 | (+) | ||||
| 257310.BB0341 | (+) | ||||
| 257310.BB4806 | (+) | ||||
| 257310.BB4809 | (+) | ||||
| 257310.BB0944 | (+) | ||||
| 257310.BB4291 | (+) | ||||
| 257310.BB3133 | (+) | ||||
| 257310.BB0877 | (+) | ||||
| 257310.BB2716 | (+) | ||||
| 257310.BB2399 | (+) | ||||
| 257310.BB2403 | (+) | ||||
| 257310.BB3896 | (+) | ||||
| 257310.BB0622 | (+) | ||||
| 257310.BB0442 | (+) | ||||
| 257310.BB3924 | (+) | ||||
| 257310.BB1984 | (+) | ||||
| 257310.BB4965 | (+) | ||||
| 257310.BB3577 | (+) | ||||
| 257310.BB0020 | (+) | ||||
| 257310.BB2707 | (+) | ||||
| 257310.BB0702 | (+) | ||||
| 257310.BB2568 | (+) | ||||
| 257310.BB2082 | (+) | ||||
| 257310.BB2331 | (+) | ||||
| 257310.BB4820 | (+) | ||||
| 257310.BB0154 | (+) | ||||
| 257310.BB0038 | (+) | ||||
| 257310.BB3164 | (+) | ||||
| 257310.BB4827 | (+) | ||||
| 257310.BB4532 | (+) | ||||
| 257310.BB1956 | (+) | ||||
| 257310.BB1953 | (+) | ||||
| 257310.BB3602 | (+) | ||||
| 257310.BB2593 | (+) | ||||
| 257310.BB1802 | (+) | ||||
| 257310.BB4557 | (+) | ||||
| 257310.BB1933 | (+) | ||||
| 257310.BB0045 | (+) | ||||
| 257310.BB0510 | (+) | ||||
| 257310.BB3890 | (+) | ||||
| 257310.BB4631 | (+) | ||||
| 257310.BB1995 | (+) | ||||
| 257310.BB3766 | (+) | ||||
| 257310.BB3380 | (+) | ||||
| 257310.BB2022 | (+) | ||||
| 257310.BB3419 | (+) | ||||
| 257310.BB4998 | (+) | ||||
| 257310.BB2532 | (+) | ||||
| 257310.BB2617 | (+) | ||||
| 257310.BB0728 | (+) | ||||
| 257310.BB4647 | (+) | ||||
| 257310.BB4738 | (+) | ||||
| 257310.BB2341 | (+) | ||||
| 257310.BB4020 | (+) | ||||
| 257310.BB3558 | (+) | ||||
| 257310.BB4352 | (+) | ||||
| 257310.BB0380 | (+) | ||||
| 257310.BB4283 | (+) | ||||
| 257310.BB3390 | (+) | ||||
| 257310.BB3170 | (+) | ||||
| 257310.BB0277 | (+) | ||||
| 257310.BB2111 | (+) | ||||
| 257310.BB2621 | (+) | ||||
| 257310.BB2751 | (+) | ||||
| 257310.BB2150 | (+) | ||||
| 257310.BB4712 | (+) | ||||
| 257310.BB0391 | (+) | ||||
| 257310.BB0409 | (+) | ||||
| 257310.BB4343 | + | ||||
| 257310.BB4804 | (+) | ||||
| 257310.BB0087 | (+) | ||||
| 257310.BB4729 | (+) | ||||
| 257310.BB4724 | (+) | ||||
| 257310.BB4721 | (+) | ||||
| 257310.BB3989 | (+) | ||||
| 257310.BB3181 | (+) | ||||
| 257310.BB5001 | (+) | ||||
| 257310.BB2227 | (+) | ||||
| 257310.BB0180 | (+) | ||||
| 257310.BB0066 | (+) | ||||
| 257310.BB2466 | (+) | ||||
| 257310.BB4320 | (+) | ||||
| 257310.BB3278 | (+) | ||||
| 257310.BB2929 | (+) | ||||
| 257310.BB1216 | (+) | ||||
| 257310.BB1699 | (+) | ||||
| 257310.BB1677 | (+) | ||||
| 257310.BB0672 | (+) | ||||
| 257310.BB1330 | (+) | ||||
| 257310.BB4409 | (+) | ||||
| 257310.BB0071 | (+) | ||||
| 257310.BB0099 | (+) | ||||
| 257310.BB3972 | (+) | ||||
| 257310.BB3401 | (+) | ||||
| 257310.BB0468 | (+) | ||||
| 257310.BB3191 | (+) | ||||
| 257310.BB3353 | (+) | ||||
| 257310.BB3751 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 1.4 (14/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.7 (7/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 1.0 (8/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 1.4 (14/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.7 (7/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 1.0 (8/8 KEGG proteins)
Release announcements
News
Latest publications
Contact
- +43 1 4277 76681
- +43 1 4277 876681
- contact.cube@univie.ac.at
