Metamenu

Effective results for Ruegeria pomeroyi DSS-3 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 70
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 21 eukaryotic-like domains, contained in 70 proteins (16 high, 54 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
246200.SPO0564(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER); ER
246200.SPO1592(PF08669) (PF01571) (PF16350)ER; (ER)
246200.SPO0544(PF08669) (PF01571) (PF16350)ER; (ER)
246200.SPO0207(PF08669) (PF01571) (PF16350)ER
246200.SPO1628(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER)
246200.SPO1913(PF08669) (PF01571)(mitochondrial)
246200.SPO2436(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER)
246200.SPO1016PF13704(mitochondrial)
246200.SPO0635(PF08669) (PF01571) (PF16350)
246200.SPO3396(PF08669) (PF01571) (PF16350)
246200.SPO3400(PF08669) (PF01571) (PF16350)
246200.SPO1648(PF08669) (PF01571)(mitochondrial)
246200.SPO1746(PF08669) (PF01571) (PF12831)
246200.SPO1586(PF08669) (PF01571) (PF12831)
246200.SPO2598PF13704(mitochondrial); mitochondrial
246200.SPO1029(PF04143)ER
246200.SPO2341(PF05050)mitochondrial
246200.SPO2345(PF08669) (PF01571)(mitochondrial)
246200.SPO0988(PF04143)(ER)
246200.SPO1630(PF03092)ER
246200.SPO0464(PF11977)ER
246200.SPO2237(PF04325)mitochondrial
246200.SPO2757(PF00036)ER
246200.SPO2641(PF04143)ER
246200.SPO3384(PF05050)(mitochondrial)
246200.SPO1825(PF16952)plastid
246200.SPO1562(PF08669) (PF01571)
246200.SPO1560(PF02882)(mitochondrial)
246200.SPO1579(PF08669) (PF01571)
246200.SPO1382PF13704(mitochondrial)
246200.SPO0037PF13704plastid
246200.SPO0036PF13704(mitochondrial)
246200.SPO1246(PF08669) (PF01571)
246200.SPO1725(PF05050)
246200.SPO1643(PF05694)
246200.SPO1649(PF12831)
246200.SPO0348PF13704
246200.SPO2298(PF11927)
246200.SPO1582(PF11927)
246200.SPO0767(PF05050)
246200.SPO2020(PF05050)
246200.SPO3511PF13704
246200.SPO0894(PF04325)
246200.SPO1651(PF12831)
246200.SPO3319(PF02485)
246200.SPO2974(PF12831)
246200.SPO2378(PF05694)
246200.SPO1089(PF04325)
246200.SPO1559(PF02882)
246200.SPO2817(PF04143)
246200.SPO3781PF09585
246200.SPO3782PF09585
246200.SPO0322(PF04325)not used
246200.SPO2990PF11781
246200.SPO1356(PF05050)
246200.SPO1444PF13704
246200.SPO1996(PF13759)
246200.SPO3160(PF09458)
246200.SPO0708(PF12831)
246200.SPO0491(PF13759)
246200.SPO3876PF09585
246200.SPO3875PF09585
246200.SPO3101(PF02882)
246200.SPO0035(PF02485)
246200.SPO2647PF13704
246200.SPO2642(PF04143)
246200.SPO2649PF13704
246200.SPO3123(PF04143)
246200.SPO2651PF13704
246200.SPO2650(PF02475)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================