Effective results for Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 508
- Predicted by EffectiveT3: 144 (high confidence), 215 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 14 within, 7 before, 31 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 68
- Predicted by EffectiveELD: 17 eukaryotic-like domains, contained in 62 proteins (7 high, 55 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
---|---|---|---|---|---|
243365.CV_0025 | + | ER | |||
243365.CV_2340 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_2344 | + | mitochondrial | |||
243365.CV_3164 | (>) | ER | |||
243365.CV_3346 | + | ER | |||
243365.CV_1347 | (>) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
243365.CV_4244 | + | ER | |||
243365.CV_2400 | (PF01627) | ER | |||
243365.CV_1471 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
243365.CV_2975 | + | ER | |||
243365.CV_0304 | + | ER | |||
243365.CV_0031 | + | ER | |||
243365.CV_4344 | (>) | ER; (ER) | |||
243365.CV_1666 | + | (ER) | |||
243365.CV_4162 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_1318 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
243365.CV_2213 | (PF01627) | ER | |||
243365.CV_3109 | (>) | ER | |||
243365.CV_1304 | + | ER | |||
243365.CV_2899 | (>) | mitochondrial | |||
243365.CV_3131 | (>) | ER | |||
243365.CV_3262 | PF12142 | (mitochondrial) | |||
243365.CV_0063 | + | ER | |||
243365.CV_4142 | (PF02911) | (ER) | |||
243365.CV_2305 | + | (PF07195) | (plastid) | ||
243365.CV_3273 | PF12902 | (mitochondrial) | |||
243365.CV_0095 | + | ER | |||
243365.CV_0781 | + | (mitochondrial); mitochondrial | |||
243365.CV_2534 | (>) | (ER); ER | |||
243365.CV_2643 | (PF01627) | (mitochondrial); (plastid) | |||
243365.CV_0885 | + | ER | |||
243365.CV_1055 | + | (mitochondrial); plastid | |||
243365.CV_3470 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
243365.CV_1901 | (>) | ER | |||
243365.CV_0592 | + | ER | |||
243365.CV_3854 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
243365.CV_1978 | + | ER | |||
243365.CV_1599 | (>) | ER | |||
243365.CV_1371 | (PF11958) | ER | |||
243365.CV_0980 | (PF05524) | ER | |||
243365.CV_3456 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_3188 | + | ER | |||
243365.CV_1212 | + | ER | |||
243365.CV_0188 | + | ER | |||
243365.CV_1458 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_1369 | (PF11958) | ER | |||
243365.CV_2863 | + | ER | |||
243365.CV_2600 | (PF01627) | (ER) | |||
243365.CV_0998 | (PF00657) | ER | |||
243365.CV_3090 | + | (mitochondrial); plastid | |||
243365.CV_4213 | + | ER | |||
243365.CV_3424 | + | ER | |||
243365.CV_3083 | (>) | ER | |||
243365.CV_4297 | + | ER | |||
243365.CV_3051 | + | (ER); (plastid) | |||
243365.CV_1013 | + | mitochondrial | |||
243365.CV_1169 | + | (ER) | |||
243365.CV_3156 | + | mitochondrial | |||
243365.CV_3571 | + | ER | |||
243365.CV_1626 | (>) | (ER) | |||
243365.CV_1627 | + | ER | |||
243365.CV_1621 | (PF01627) | (ER) | |||
243365.CV_4386 | (>) | ER | |||
243365.CV_0395 | + | ER | |||
243365.CV_4389 | (<) | ER | |||
243365.CV_2769 | PF13127 | ER | |||
243365.CV_0483 | + | ER | |||
243365.CV_2773 | PF13127 | ER | |||
243365.CV_1049 | + | (plastid) | |||
243365.CV_1468 | (+) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
243365.CV_1980 | + | (plastid) | |||
243365.CV_3165 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_3015 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_3011 | + | (plastid) | |||
243365.CV_4232 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_1062 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_4349 | (+) | ER | |||
243365.CV_0217 | + | (ER) | |||
243365.CV_4355 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_1821 | + | PF12902 | |||
243365.CV_1334 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_2887 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
243365.CV_3128 | + | plastid | |||
243365.CV_3872 | + | (plastid) | |||
243365.CV_3879 | + | (plastid) | |||
243365.CV_3878 | + | (plastid) | |||
243365.CV_1321 | + | plastid | |||
243365.CV_1918 | (PF13332) | (ER) | |||
243365.CV_3206 | (+) | + | plastid | ||
243365.CV_0465 | + | (plastid) | |||
243365.CV_2495 | + | (plastid) | |||
243365.CV_1237 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_3858 | + | (>) | |||
243365.CV_3440 | (+) | mitochondrial | |||
243365.CV_0307 | + | + | |||
243365.CV_4180 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_2994 | + | (PF07195) | |||
243365.CV_2292 | + | plastid | |||
243365.CV_3521 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_3021 | (>) | (ER) | |||
243365.CV_3955 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_4020 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_1010 | + | + | |||
243365.CV_3439 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
243365.CV_3332 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_3729 | (+) | (PF07195) | (plastid) | ||
243365.CV_0360 | (PF00657) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_0362 | + | (PF00657) | |||
243365.CV_1168 | (+) | ER | |||
243365.CV_0012 | (+) | + | (PF09994) | ||
243365.CV_1740 | + | (plastid) | |||
243365.CV_2542 | (<) | + | |||
243365.CV_2090 | (+) | + | (plastid) | ||
243365.CV_3703 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_0523 | + | (plastid) | |||
243365.CV_3382 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
243365.CV_0543 | (+) | mitochondrial; plastid | |||
243365.CV_1702 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
243365.CV_4133 | + | (mitochondrial) | |||
243365.CV_3170 | (+) | (ER) | |||
243365.CV_1730 | + | (ER) | |||
243365.CV_0021 | + | ||||
243365.CV_4036 | + | ||||
243365.CV_1469 | + | ||||
243365.CV_1190 | (PF01627) | ||||
243365.CV_0482 | + | ||||
243365.CV_1983 | + | ||||
243365.CV_1873 | + | ||||
243365.CV_3169 | + | ||||
243365.CV_3168 | + | ||||
243365.CV_3835 | + | ||||
243365.CV_1476 | + | ||||
243365.CV_1470 | + | ||||
243365.CV_2579 | + | ||||
243365.CV_2578 | (PF07720) | ||||
243365.CV_2575 | + | ||||
243365.CV_2973 | (>) | ||||
243365.CV_2750 | + | ||||
243365.CV_2355 | (>) | ||||
243365.CV_1155 | (+) | plastid | |||
243365.CV_3117 | (+) | (PF00887) | |||
243365.CV_3335 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_1531 | + | ||||
243365.CV_1668 | + | ||||
243365.CV_1408 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_1409 | + | ||||
243365.CV_2508 | + | ||||
243365.CV_0378 | + | ||||
243365.CV_2694 | + | ||||
243365.CV_2611 | + | ||||
243365.CV_2038 | + | ||||
243365.CV_3102 | (>) | ||||
243365.CV_0671 | (<) | ||||
243365.CV_0609 | + | ||||
243365.CV_1412 | + | ||||
243365.CV_2510 | (PF01627) | ||||
243365.CV_1099 | + | ||||
243365.CV_1094 | (+) | (>) | |||
243365.CV_0841 | + | ||||
243365.CV_2684 | + | ||||
243365.CV_3137 | + | ||||
243365.CV_3132 | + | ||||
243365.CV_3267 | PF12902 | ||||
243365.CV_3798 | + | ||||
243365.CV_1277 | + | ||||
243365.CV_1798 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_0663 | (<) | ||||
243365.CV_2832 | PF12902 | ||||
243365.CV_2787 | + | ||||
243365.CV_2789 | + | ||||
243365.CV_0898 | (>) | ||||
243365.CV_0899 | + | ||||
243365.CV_0128 | + | not used | |||
243365.CV_3528 | + | ||||
243365.CV_3990 | (PF09994) | ||||
243365.CV_1920 | + | ||||
243365.CV_4206 | + | ||||
243365.CV_3877 | + | ||||
243365.CV_3876 | (PF07195) | ||||
243365.CV_1431 | (+) | + | |||
243365.CV_2536 | (+) | plastid | |||
243365.CV_1805 | + | ||||
243365.CV_2369 | + | ||||
243365.CV_3365 | + | ||||
243365.CV_0865 | (PF06500) | ||||
243365.CV_2311 | (PF05524) | ||||
243365.CV_2642 | (>) | ||||
243365.CV_2005 | + | ||||
243365.CV_2001 | + | ||||
243365.CV_0882 | (PF01627) | ||||
243365.CV_3467 | (<) | ||||
243365.CV_3205 | (PF01627) | ||||
243365.CV_4305 | + | ||||
243365.CV_0649 | + | ||||
243365.CV_1680 | + | ||||
243365.CV_1299 | + | ||||
243365.CV_4092 | + | ||||
243365.CV_2812 | + | ||||
243365.CV_2818 | (PF02911) | ||||
243365.CV_2251 | + | ||||
243365.CV_2498 | (PF01627) | ||||
243365.CV_2493 | + | ||||
243365.CV_2673 | + | ||||
243365.CV_1900 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_0255 | + | ||||
243365.CV_0417 | + | ||||
243365.CV_1234 | + | ||||
243365.CV_1236 | (+) | plastid | |||
243365.CV_3503 | (+) | (PF01627) | |||
243365.CV_0495 | (>) | ||||
243365.CV_0748 | (PF02911) | ||||
243365.CV_2668 | (+) | + | |||
243365.CV_1143 | + | ||||
243365.CV_2063 | (>) | ||||
243365.CV_0647 | + | ||||
243365.CV_3442 | (PF01627) | ||||
243365.CV_3447 | + | ||||
243365.CV_3999 | + | ||||
243365.CV_0402 | (+) | + | |||
243365.CV_4325 | + | ||||
243365.CV_3539 | (>) | ||||
243365.CV_2617 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_2440 | + | ||||
243365.CV_2270 | + | ||||
243365.CV_2271 | + | ||||
243365.CV_2878 | + | ||||
243365.CV_2871 | (PF13332) | ||||
243365.CV_2877 | + | ||||
243365.CV_2875 | + | ||||
243365.CV_2582 | + | ||||
243365.CV_2583 | + | ||||
243365.CV_2580 | + | ||||
243365.CV_2056 | + | ||||
243365.CV_0968 | (>) | ||||
243365.CV_3450 | (PF01627) | ||||
243365.CV_4090 | + | ||||
243365.CV_3052 | (PF05524) | ||||
243365.CV_1963 | (+) | (PF10142) | |||
243365.CV_3984 | + | ||||
243365.CV_3022 | + | ||||
243365.CV_1813 | + | ||||
243365.CV_0342 | + | ||||
243365.CV_0769 | (+) | + | |||
243365.CV_4212 | (>) | ||||
243365.CV_1581 | (PF01627) | ||||
243365.CV_2266 | (PF00657) | ||||
243365.CV_2869 | (PF13332) | ||||
243365.CV_1784 | + | ||||
243365.CV_2590 | + | ||||
243365.CV_2593 | + | ||||
243365.CV_2738 | + | ||||
243365.CV_2283 | + | ||||
243365.CV_2886 | + | ||||
243365.CV_2139 | + | ||||
243365.CV_2884 | + | ||||
243365.CV_0974 | (+) | (PF00102) | |||
243365.CV_3422 | (>) | ||||
243365.CV_1951 | (PF01627) | ||||
243365.CV_0422 | + | ||||
243365.CV_0421 | + | ||||
243365.CV_1244 | + | ||||
243365.CV_0516 | + | ||||
243365.CV_2957 | + | ||||
243365.CV_1003 | + | ||||
243365.CV_1000 | + | ||||
243365.CV_1481 | + | ||||
243365.CV_2852 | + | ||||
243365.CV_1429 | + | ||||
243365.CV_0115 | + | ||||
243365.CV_1012 | + | ||||
243365.CV_2149 | + | ||||
243365.CV_0944 | (>) | ||||
243365.CV_3099 | + | ||||
243365.CV_1837 | + | ||||
243365.CV_1830 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_0363 | (PF06500) | ||||
243365.CV_3895 | + | not used | |||
243365.CV_3549 | + | ||||
243365.CV_2837 | + | ||||
243365.CV_1764 | + | ||||
243365.CV_1763 | (+) | (ER) | |||
243365.CV_1387 | + | ||||
243365.CV_1386 | (PF00887) | ||||
243365.CV_1014 | (PF01627) | ||||
243365.CV_0604 | + | ||||
243365.CV_4039 | + | ||||
243365.CV_0614 | + | ||||
243365.CV_2620 | (PF07720) | ||||
243365.CV_0227 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_4110 | + | ||||
243365.CV_3248 | (PF01627) | ||||
243365.CV_2159 | + | ||||
243365.CV_0957 | + | ||||
243365.CV_0721 | + | ||||
243365.CV_0959 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_3712 | + | ||||
243365.CV_3718 | + | ||||
243365.CV_3550 | + | ||||
243365.CV_1622 | + | ||||
243365.CV_0713 | (>) | ||||
243365.CV_0718 | + | ||||
243365.CV_3971 | (PF09994) | ||||
243365.CV_1710 | + | ||||
243365.CV_2433 | (+) | (ER) | |||
243365.CV_2436 | (PF09994) | ||||
243365.CV_2380 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_2895 | + | ||||
243365.CV_2947 | + | ||||
243365.CV_2099 | + | ||||
243365.CV_0816 | (PF05524) | ||||
243365.CV_0042 | + | ||||
243365.CV_2656 | + | ||||
243365.CV_2164 | (>) | ||||
243365.CV_3142 | + | not used | |||
243365.CV_2831 | (+) | (<) | |||
243365.CV_1852 | (PF01627) | ||||
243365.CV_3386 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_0146 | (>) | ||||
243365.CV_0724 | + | ||||
243365.CV_0722 | + | ||||
243365.CV_4264 | (PF02911) | ||||
243365.CV_0010 | + | ||||
243365.CV_1709 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_1703 | + | ||||
243365.CV_2422 | + | ||||
243365.CV_2917 | + | ||||
243365.CV_4139 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_4134 | (+) | (mitochondrial) | |||
243365.CV_4137 | (+) | (plastid) | |||
243365.CV_2396 | + | ||||
243365.CV_2398 | (PF01627) | ||||
243365.CV_2089 | (PF12513) | ||||
243365.CV_2770 | + | ||||
243365.CV_0009 | + | ||||
243365.CV_0635 | + | ||||
243365.CV_3912 | (>) | ||||
243365.CV_3913 | + | ||||
243365.CV_3772 | (<) | ||||
243365.CV_1864 | (PF01627) | ||||
243365.CV_3282 | + | ||||
243365.CV_0558 | (PF05524) | ||||
243365.CV_0731 | + | ||||
243365.CV_0730 | + | ||||
243365.CV_1732 | (+) | + | |||
243365.CV_2605 | + | ||||
243365.CV_1287 | (+) | ||||
243365.CV_2417 | (+) | ||||
243365.CV_1044 | (+) | ||||
243365.CV_2968 | (+) | ||||
243365.CV_2747 | (+) | ||||
243365.CV_0837 | (+) | ||||
243365.CV_2184 | (+) | ||||
243365.CV_3395 | (+) | ||||
243365.CV_3587 | (+) | ||||
243365.CV_3588 | (+) | ||||
243365.CV_0125 | (+) | ||||
243365.CV_3340 | (+) | ||||
243365.CV_3349 | + | ||||
243365.CV_0051 | (+) | ||||
243365.CV_1187 | (+) | ||||
243365.CV_1182 | (+) | ||||
243365.CV_0772 | (+) | ||||
243365.CV_2576 | (+) | ||||
243365.CV_2570 | (+) | ||||
243365.CV_2974 | (+) | ||||
243365.CV_2196 | (+) | ||||
243365.CV_0915 | (+) | ||||
243365.CV_3750 | (+) | ||||
243365.CV_3620 | (+) | ||||
243365.CV_1665 | (+) | ||||
243365.CV_1311 | (+) | ||||
243365.CV_1085 | (+) | ||||
243365.CV_0603 | (+) | ||||
243365.CV_2710 | (+) | ||||
243365.CV_0192 | (+) | ||||
243365.CV_2689 | (+) | ||||
243365.CV_2686 | (+) | ||||
243365.CV_2025 | (+) | ||||
243365.CV_2544 | (+) | ||||
243365.CV_0443 | (+) | ||||
243365.CV_3642 | (+) | ||||
243365.CV_4210 | (+) | ||||
243365.CV_3263 | (+) | ||||
243365.CV_3862 | (+) | ||||
243365.CV_2521 | (+) | ||||
243365.CV_2654 | (+) | ||||
243365.CV_1413 | (+) | ||||
243365.CV_3228 | (+) | ||||
243365.CV_3270 | (+) | ||||
243365.CV_0092 | (+) | ||||
243365.CV_0862 | (+) | ||||
243365.CV_0886 | (+) | ||||
243365.CV_0884 | (+) | ||||
243365.CV_3461 | (+) | ||||
243365.CV_3066 | (+) | ||||
243365.CV_0468 | (+) | ||||
243365.CV_0646 | (+) | ||||
243365.CV_1689 | (+) | ||||
243365.CV_3618 | (+) | ||||
243365.CV_2815 | (+) | ||||
243365.CV_1353 | (+) | ||||
243365.CV_2254 | (+) | ||||
243365.CV_3380 | (+) | ||||
243365.CV_1903 | (+) | ||||
243365.CV_3217 | (+) | ||||
243365.CV_1250 | (+) | ||||
243365.CV_0329 | (+) | ||||
243365.CV_3694 | (+) | ||||
243365.CV_4089 | (+) | ||||
243365.CV_2246 | (+) | ||||
243365.CV_2069 | (+) | ||||
243365.CV_3035 | (+) | ||||
243365.CV_4353 | (+) | ||||
243365.CV_2118 | (+) | ||||
243365.CV_3994 | (+) | ||||
243365.CV_0733 | (+) | ||||
243365.CV_4320 | (+) | ||||
243365.CV_4323 | (+) | ||||
243365.CV_3531 | (+) | ||||
243365.CV_0756 | (+) | ||||
243365.CV_1598 | (+) | ||||
243365.CV_3840 | (+) | ||||
243365.CV_2272 | (+) | ||||
243365.CV_2909 | (+) | ||||
243365.CV_2473 | (+) | ||||
243365.CV_0473 | (+) | ||||
243365.CV_3647 | (+) | ||||
243365.CV_2299 | (+) | ||||
243365.CV_0963 | (+) | ||||
243365.CV_3453 | (+) | ||||
243365.CV_3451 | (+) | ||||
243365.CV_1742 | (+) | ||||
243365.CV_1366 | (+) | ||||
243365.CV_0994 | (+) | ||||
243365.CV_2739 | (+) | ||||
243365.CV_2284 | (+) | ||||
243365.CV_1791 | (+) | ||||
243365.CV_0425 | (+) | ||||
243365.CV_0429 | (+) | ||||
243365.CV_1774 | (+) | ||||
243365.CV_0666 | (+) | ||||
243365.CV_0512 | (+) | ||||
243365.CV_1175 | (+) | ||||
243365.CV_0287 | (+) | ||||
243365.CV_0286 | (+) | ||||
243365.CV_0282 | (+) | ||||
243365.CV_1483 | (+) | ||||
243365.CV_1485 | (+) | ||||
243365.CV_1147 | (+) | ||||
243365.CV_3053 | (+) | ||||
243365.CV_4144 | (+) | ||||
243365.CV_4282 | (+) | ||||
243365.CV_2708 | (+) | ||||
243365.CV_4280 | (+) | ||||
243365.CV_3432 | (+) | ||||
243365.CV_1747 | (+) | ||||
243365.CV_1942 | (+) | ||||
243365.CV_0450 | (+) | ||||
243365.CV_1838 | (+) | ||||
243365.CV_0168 | (+) | ||||
243365.CV_0566 | (+) | ||||
243365.CV_1210 | (+) | ||||
243365.CV_1217 | (+) | ||||
243365.CV_1214 | (+) | ||||
243365.CV_0340 | (+) | ||||
243365.CV_0341 | (+) | ||||
243365.CV_2716 | (+) | ||||
243365.CV_3403 | (+) | ||||
243365.CV_0726 | (+) | ||||
243365.CV_3710 | (+) | ||||
243365.CV_3715 | (+) | ||||
243365.CV_0170 | (+) | ||||
243365.CV_3374 | (+) | ||||
243365.CV_1624 | (+) | ||||
243365.CV_1628 | (+) | ||||
243365.CV_1267 | (+) | ||||
243365.CV_1262 | (+) | ||||
243365.CV_1711 | (+) | ||||
243365.CV_2439 | (+) | ||||
243365.CV_3551 | (+) | ||||
243365.CV_1045 | (+) | ||||
243365.CV_1822 | (+) | ||||
243365.CV_2366 | (+) | ||||
243365.CV_2365 | (+) | ||||
243365.CV_1868 | (+) | not used | |||
243365.CV_4160 | (+) | ||||
243365.CV_3564 | (+) | ||||
243365.CV_4050 | (+) | ||||
243365.CV_0723 | (+) | ||||
243365.CV_1706 | (+) | ||||
243365.CV_1037 | (+) | ||||
243365.CV_4004 | (+) | ||||
243365.CV_2910 | (+) | ||||
243365.CV_2395 | (+) | ||||
243365.CV_2550 | (+) | ||||
243365.CV_2085 | (+) | ||||
243365.CV_2083 | (+) | ||||
243365.CV_0620 | (+) | ||||
243365.CV_0805 | (+) | ||||
243365.CV_0321 | (+) | ||||
243365.CV_0935 | (+) | ||||
243365.CV_0936 | (+) | ||||
243365.CV_3500 | (+) | ||||
243365.CV_1866 | (+) | ||||
243365.CV_1863 | (+) | ||||
243365.CV_3596 | (+) | ||||
243365.CV_3392 | (+) | ||||
243365.CV_1738 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 2.3 (23/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 1.0 (8/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 2.3 (23/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 1.0 (8/8 KEGG proteins)