Effective results for Pseudomonas protegens Pf-5 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 845
- Predicted by EffectiveT3: 248 (high confidence), 426 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 11 within, 19 before, 36 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 105
- Predicted by EffectiveELD: 15 eukaryotic-like domains, contained in 47 proteins (0 high, 47 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
---|---|---|---|---|---|
220664.PFL_3051 | + | (PF02366) | ER | ||
220664.PFL_2991 | + | (PF08242) | (mitochondrial) | ||
220664.PFL_2668 | + | ER | |||
220664.PFL_0802 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1400 | + | ER | |||
220664.PFL_0230 | + | ER | |||
220664.PFL_4911 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_3482 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
220664.PFL_5177 | + | ER | |||
220664.PFL_5125 | + | ER | |||
220664.PFL_4425 | (>) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_3439 | + | ER | |||
220664.PFL_1129 | + | ER | |||
220664.PFL_0052 | (PF03162) | ER | |||
220664.PFL_1846 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1330 | + | ER | |||
220664.PFL_2744 | + | ER | |||
220664.PFL_4173 | (>) | ER | |||
220664.PFL_0651 | (PF11162) | ER | |||
220664.PFL_5530 | + | mitochondrial | |||
220664.PFL_5859 | + | ER | |||
220664.PFL_1505 | + | ER | |||
220664.PFL_1500 | + | ER | |||
220664.PFL_3617 | (>) | ER | |||
220664.PFL_0313 | + | ER | |||
220664.PFL_0699 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_5935 | (>) | ER | |||
220664.PFL_3204 | (>) | ER | |||
220664.PFL_2029 | (PF13661) | mitochondrial | |||
220664.PFL_3540 | + | ER | |||
220664.PFL_1858 | + | ER | |||
220664.PFL_4327 | + | (mitochondrial); mitochondrial | |||
220664.PFL_3696 | + | ER | |||
220664.PFL_4758 | + | ER | |||
220664.PFL_4759 | + | ER; (ER) | |||
220664.PFL_4757 | + | ER | |||
220664.PFL_3335 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_4341 | (<) | ER | |||
220664.PFL_4345 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_0517 | (PF06293) | ER | |||
220664.PFL_4777 | (<) | ER | |||
220664.PFL_3713 | (>) | ER | |||
220664.PFL_2656 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_4487 | + | ER | |||
220664.PFL_3104 | + | ER | |||
220664.PFL_0103 | + | ER | |||
220664.PFL_0249 | (>) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1970 | (>) | ER | |||
220664.PFL_2329 | + | ER | |||
220664.PFL_2328 | + | ER | |||
220664.PFL_1235 | + | ER | |||
220664.PFL_4266 | + | ER | |||
220664.PFL_1452 | + | ER | |||
220664.PFL_0622 | (PF13332) | ER | |||
220664.PFL_1911 | (<) | ER | |||
220664.PFL_1470 | (<) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_3189 | + | ER | |||
220664.PFL_2581 | + | (ER); (plastid) | |||
220664.PFL_5953 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_5774 | + | mitochondrial | |||
220664.PFL_0932 | + | ER | |||
220664.PFL_5541 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
220664.PFL_5154 | + | (PF03692) | (plastid) | ||
220664.PFL_3300 | (+) | + | (mitochondrial); plastid | ||
220664.PFL_5717 | + | ER | |||
220664.PFL_6164 | + | ER | |||
220664.PFL_0395 | + | ER | |||
220664.PFL_2737 | + | ER | |||
220664.PFL_0649 | (PF11162) | ER; (ER) | |||
220664.PFL_1352 | + | ER | |||
220664.PFL_3241 | + | ER | |||
220664.PFL_3244 | + | ER | |||
220664.PFL_3978 | + | ER | |||
220664.PFL_3047 | (PF02366) | ER | |||
220664.PFL_3834 | + | (mitochondrial); mitochondrial | |||
220664.PFL_5087 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_0688 | + | ER | |||
220664.PFL_0543 | (>) | ER | |||
220664.PFL_4064 | (PF11162) | ER | |||
220664.PFL_2837 | + | (ER) | |||
220664.PFL_0526 | (>) | (PF06293) | (ER) | ||
220664.PFL_4248 | (>) | ER | |||
220664.PFL_2489 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
220664.PFL_4740 | (+) | (PF08787) | (ER); (plastid) | ||
220664.PFL_1672 | (>) | ER | |||
220664.PFL_2605 | (PF11162) | mitochondrial | |||
220664.PFL_5585 | (>) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_4516 | + | (ER) | |||
220664.PFL_1612 | + | (ER) | |||
220664.PFL_2098 | + | (<) | |||
220664.PFL_0003 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_2775 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_2989 | + | (PF08242) | |||
220664.PFL_0820 | (+) | ER; (ER) | |||
220664.PFL_5647 | (<) | (plastid) | |||
220664.PFL_0790 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1440 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_2766 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_3656 | + | plastid | |||
220664.PFL_0194 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_3867 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_1715 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_0389 | + | (PF03692) | |||
220664.PFL_3468 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_4034 | (PF01678) | (plastid) | |||
220664.PFL_2702 | + | + | |||
220664.PFL_2880 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1321 | + | (ER) | |||
220664.PFL_5877 | + | + | |||
220664.PFL_3632 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_1984 | (>) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_3353 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_0911 | (>) | (plastid) | |||
220664.PFL_5152 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_5242 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_4683 | (+) | ER | |||
220664.PFL_6013 | (PF01678) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_2841 | + | (ER) | |||
220664.PFL_0166 | (PF13332) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_2493 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_5348 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
220664.PFL_2572 | (+) | ER; (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1646 | + | plastid | |||
220664.PFL_3228 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1816 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
220664.PFL_4947 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_1629 | + | plastid | |||
220664.PFL_0879 | (+) | ER | |||
220664.PFL_4718 | + | (ER) | |||
220664.PFL_4484 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_2326 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_4659 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_4460 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_4461 | + | (PF02366) | |||
220664.PFL_6105 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_2794 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_2179 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1917 | + | + | |||
220664.PFL_0435 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_2589 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_0981 | + | + | |||
220664.PFL_6120 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_2240 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
220664.PFL_2138 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
220664.PFL_4395 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_3416 | (+) | (ER); (mitochondrial) | |||
220664.PFL_6168 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_0645 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_4026 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_0900 | (<) | + | |||
220664.PFL_4743 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1866 | (+) | ER | |||
220664.PFL_3534 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_4701 | + | (plastid) | |||
220664.PFL_4543 | + | plastid | |||
220664.PFL_5620 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_5628 | (+) | ER; (ER) | |||
220664.PFL_0544 | + | ||||
220664.PFL_0259 | + | ||||
220664.PFL_2030 | (>) | ||||
220664.PFL_4933 | + | ||||
220664.PFL_5040 | (>) | ||||
220664.PFL_5045 | (PF03692) | ||||
220664.PFL_1618 | + | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1619 | + | ||||
220664.PFL_3913 | + | ||||
220664.PFL_5186 | + | ||||
220664.PFL_0752 | + | ||||
220664.PFL_1407 | + | ||||
220664.PFL_2773 | (+) | plastid | |||
220664.PFL_5479 | + | ||||
220664.PFL_3421 | (+) | (PF08787) | |||
220664.PFL_5262 | + | ||||
220664.PFL_2469 | + | ||||
220664.PFL_1794 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_3480 | (<) | ||||
220664.PFL_3483 | + | ||||
220664.PFL_5412 | + | ||||
220664.PFL_1229 | (PF01453) | ||||
220664.PFL_2339 | + | ||||
220664.PFL_3313 | + | ||||
220664.PFL_4478 | + | ||||
220664.PFL_3174 | (+) | + | |||
220664.PFL_5780 | (+) | (PF08787) | |||
220664.PFL_4732 | + | ||||
220664.PFL_0154 | (+) | + | |||
220664.PFL_3551 | + | ||||
220664.PFL_1209 | + | ||||
220664.PFL_1149 | (>) | ||||
220664.PFL_5172 | + | ||||
220664.PFL_1925 | + | ||||
220664.PFL_1927 | + | ||||
220664.PFL_3975 | (+) | + | |||
220664.PFL_4416 | + | ||||
220664.PFL_6118 | + | ||||
220664.PFL_3423 | + | ||||
220664.PFL_2762 | (+) | (PF08242) | |||
220664.PFL_2768 | + | ||||
220664.PFL_0613 | + | ||||
220664.PFL_4626 | + | ||||
220664.PFL_4627 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_4628 | + | ||||
220664.PFL_1906 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_2379 | + | ||||
220664.PFL_2372 | + | ||||
220664.PFL_1482 | + | ||||
220664.PFL_2594 | + | ||||
220664.PFL_6283 | + | ||||
220664.PFL_6130 | + | ||||
220664.PFL_6138 | + | ||||
220664.PFL_2901 | + | ||||
220664.PFL_1246 | + | ||||
220664.PFL_4191 | + | ||||
220664.PFL_4196 | (+) | + | |||
220664.PFL_0675 | + | ||||
220664.PFL_2124 | (PF02586) | ||||
220664.PFL_2127 | (PF01453) | ||||
220664.PFL_4601 | + | ||||
220664.PFL_5550 | + | ||||
220664.PFL_5556 | + | ||||
220664.PFL_1718 | + | ||||
220664.PFL_1405 | + | ||||
220664.PFL_0806 | + | ||||
220664.PFL_4170 | + | ||||
220664.PFL_2291 | (>) | ||||
220664.PFL_2721 | (>) | ||||
220664.PFL_2720 | + | ||||
220664.PFL_0658 | (>) | ||||
220664.PFL_4529 | + | ||||
220664.PFL_4383 | (>) | ||||
220664.PFL_3860 | + | ||||
220664.PFL_1732 | + | ||||
220664.PFL_3462 | + | ||||
220664.PFL_3283 | (<) | ||||
220664.PFL_4038 | + | ||||
220664.PFL_1282 | + | ||||
220664.PFL_5288 | (+) | plastid | |||
220664.PFL_1501 | + | ||||
220664.PFL_5516 | + | ||||
220664.PFL_3822 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_4833 | (PF06293) | ||||
220664.PFL_1855 | + | ||||
220664.PFL_1751 | + | ||||
220664.PFL_1756 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_1326 | + | ||||
220664.PFL_1327 | + | ||||
220664.PFL_1852 | + | ||||
220664.PFL_2065 | + | ||||
220664.PFL_5871 | + | ||||
220664.PFL_5720 | + | ||||
220664.PFL_6194 | (>) | ||||
220664.PFL_6191 | + | ||||
220664.PFL_6193 | + | ||||
220664.PFL_4589 | + | ||||
220664.PFL_4137 | + | ||||
220664.PFL_0696 | + | ||||
220664.PFL_3052 | + | ||||
220664.PFL_6037 | + | ||||
220664.PFL_3802 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_0577 | + | ||||
220664.PFL_0573 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_5306 | (>) | ||||
220664.PFL_1090 | + | ||||
220664.PFL_2213 | + | ||||
220664.PFL_1546 | + | ||||
220664.PFL_4688 | + | ||||
220664.PFL_2847 | + | ||||
220664.PFL_1302 | + | ||||
220664.PFL_1305 | (PF03692) | ||||
220664.PFL_4876 | + | ||||
220664.PFL_4303 | + | ||||
220664.PFL_3202 | (>) | ||||
220664.PFL_2539 | (PF01678) | ||||
220664.PFL_2535 | (>) | ||||
220664.PFL_2533 | + | ||||
220664.PFL_2020 | + | ||||
220664.PFL_2021 | (PF02586) | ||||
220664.PFL_2027 | + | ||||
220664.PFL_6222 | + | ||||
220664.PFL_3778 | + | ||||
220664.PFL_3770 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_0978 | + | ||||
220664.PFL_0308 | + | ||||
220664.PFL_5073 | + | ||||
220664.PFL_2826 | + | ||||
220664.PFL_1853 | + | ||||
220664.PFL_0538 | + | ||||
220664.PFL_2009 | + | ||||
220664.PFL_1669 | + | ||||
220664.PFL_4525 | + | ||||
220664.PFL_0959 | + | ||||
220664.PFL_0322 | + | ||||
220664.PFL_0328 | + | ||||
220664.PFL_1055 | + | ||||
220664.PFL_1057 | + | ||||
220664.PFL_5970 | + | ||||
220664.PFL_3568 | + | ||||
220664.PFL_3563 | + | ||||
220664.PFL_2612 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_3691 | + | ||||
220664.PFL_2804 | + | ||||
220664.PFL_4340 | + | ||||
220664.PFL_4346 | + | ||||
220664.PFL_4965 | (>) | ||||
220664.PFL_0516 | (PF06293) | ||||
220664.PFL_0514 | (PF06293) | ||||
220664.PFL_0515 | (PF06293) | ||||
220664.PFL_2576 | + | ||||
220664.PFL_3734 | + | ||||
220664.PFL_5367 | + | ||||
220664.PFL_1072 | + | ||||
220664.PFL_0708 | + | ||||
220664.PFL_5951 | + | ||||
220664.PFL_2639 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_2631 | + | ||||
220664.PFL_4534 | + | ||||
220664.PFL_3846 | + | ||||
220664.PFL_0280 | + | ||||
220664.PFL_0493 | + | ||||
220664.PFL_2385 | + | ||||
220664.PFL_3521 | + | ||||
220664.PFL_3525 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_6093 | + | ||||
220664.PFL_6092 | + | ||||
220664.PFL_1389 | (PF16715) | ||||
220664.PFL_0264 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_5035 | + | ||||
220664.PFL_1034 | + | ||||
220664.PFL_1035 | + | ||||
220664.PFL_4482 | (>) | ||||
220664.PFL_4486 | + | ||||
220664.PFL_0002 | + | ||||
220664.PFL_3107 | + | ||||
220664.PFL_3101 | + | ||||
220664.PFL_3497 | + | ||||
220664.PFL_3492 | (PF08242) | ||||
220664.PFL_0100 | + | ||||
220664.PFL_5054 | + | ||||
220664.PFL_1195 | (<) | ||||
220664.PFL_2086 | + | ||||
220664.PFL_2088 | + | ||||
220664.PFL_5270 | + | ||||
220664.PFL_1975 | + | ||||
220664.PFL_4223 | + | ||||
220664.PFL_2692 | + | ||||
220664.PFL_2990 | (PF08242) | ||||
220664.PFL_2992 | + | ||||
220664.PFL_2994 | + | ||||
220664.PFL_2995 | + | ||||
220664.PFL_0228 | + | ||||
220664.PFL_2700 | + | ||||
220664.PFL_0591 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_0594 | (>) | ||||
220664.PFL_5678 | + | ||||
220664.PFL_4678 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_4672 | + | ||||
220664.PFL_4671 | + | ||||
220664.PFL_4203 | (>) | ||||
220664.PFL_2457 | + | ||||
220664.PFL_2451 | + | ||||
220664.PFL_4861 | + | ||||
220664.PFL_0785 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_1788 | + | ||||
220664.PFL_0145 | + | ||||
220664.PFL_5734 | + | ||||
220664.PFL_0432 | + | ||||
220664.PFL_2158 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_2155 | + | ||||
220664.PFL_3796 | (PF02586) | ||||
220664.PFL_1932 | + | ||||
220664.PFL_1934 | + | not used | |||
220664.PFL_2303 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_2308 | (PF05189) | ||||
220664.PFL_4793 | + | ||||
220664.PFL_4476 | + | ||||
220664.PFL_4479 | (+) | plastid | |||
220664.PFL_1219 | + | ||||
220664.PFL_0627 | + | ||||
220664.PFL_4631 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_4415 | + | ||||
220664.PFL_2363 | + | ||||
220664.PFL_3369 | + | ||||
220664.PFL_1473 | + | ||||
220664.PFL_1475 | + | ||||
220664.PFL_0180 | + | ||||
220664.PFL_0184 | + | ||||
220664.PFL_4986 | + | ||||
220664.PFL_0604 | (>) | ||||
220664.PFL_0605 | + | ||||
220664.PFL_0601 | (<) | ||||
220664.PFL_3648 | + | ||||
220664.PFL_2343 | + | ||||
220664.PFL_3044 | (<) | ||||
220664.PFL_4426 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_3594 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_5826 | + | ||||
220664.PFL_1499 | (PF03692) | ||||
220664.PFL_6149 | + | ||||
220664.PFL_5483 | + | ||||
220664.PFL_5482 | + | ||||
220664.PFL_5722 | + | ||||
220664.PFL_1251 | + | ||||
220664.PFL_2285 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_0667 | + | ||||
220664.PFL_2135 | (<) | ||||
220664.PFL_1532 | + | ||||
220664.PFL_4737 | + | ||||
220664.PFL_0393 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_3068 | + | ||||
220664.PFL_3607 | + | ||||
220664.PFL_1353 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_4027 | + | ||||
220664.PFL_1294 | + | ||||
220664.PFL_4254 | + | ||||
220664.PFL_2245 | (PF16952) | ||||
220664.PFL_2711 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_5509 | (+) | (mitochondrial) | |||
220664.PFL_2876 | + | ||||
220664.PFL_1379 | + | ||||
220664.PFL_3831 | + | ||||
220664.PFL_1745 | + | ||||
220664.PFL_0568 | + | ||||
220664.PFL_6211 | (+) | (<) | |||
220664.PFL_0907 | + | ||||
220664.PFL_3455 | + | ||||
220664.PFL_5127 | (PF02586) | ||||
220664.PFL_4597 | (<) | ||||
220664.PFL_3349 | + | ||||
220664.PFL_4104 | + | ||||
220664.PFL_5271 | + | ||||
220664.PFL_1556 | (PF13332) | ||||
220664.PFL_1552 | (PF13332) | ||||
220664.PFL_2199 | + | ||||
220664.PFL_2194 | + | ||||
220664.PFL_2858 | (+) | + | |||
220664.PFL_1316 | + | ||||
220664.PFL_4410 | + | ||||
220664.PFL_2529 | + | ||||
220664.PFL_2528 | + | ||||
220664.PFL_0968 | + | ||||
220664.PFL_0967 | (+) | (>) | |||
220664.PFL_3360 | + | ||||
220664.PFL_2202 | + | ||||
220664.PFL_2204 | (>) | ||||
220664.PFL_2832 | + | ||||
220664.PFL_1844 | + | ||||
220664.PFL_0728 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_0524 | (+) | (<) | |||
220664.PFL_2541 | + | ||||
220664.PFL_2540 | + | ||||
220664.PFL_4855 | + | ||||
220664.PFL_3761 | + | ||||
220664.PFL_0941 | (<) | ||||
220664.PFL_0943 | (<) | ||||
220664.PFL_5688 | + | ||||
220664.PFL_3477 | + | ||||
220664.PFL_6061 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_3682 | + | ||||
220664.PFL_3681 | + | ||||
220664.PFL_5098 | + | ||||
220664.PFL_1861 | + | ||||
220664.PFL_1865 | + | ||||
220664.PFL_5097 | + | ||||
220664.PFL_4331 | + | ||||
220664.PFL_2565 | + | ||||
220664.PFL_1676 | + | ||||
220664.PFL_3744 | + | ||||
220664.PFL_3740 | (PF02586) | ||||
220664.PFL_3748 | + | ||||
220664.PFL_0436 | + | ||||
220664.PFL_5377 | + | ||||
220664.PFL_5215 | (+) | (>) | |||
220664.PFL_1062 | + | ||||
220664.PFL_5969 | + | ||||
220664.PFL_0127 | + | ||||
220664.PFL_3511 | + | ||||
220664.PFL_6049 | + | ||||
220664.PFL_6040 | (+) | (PF03692) | |||
220664.PFL_6046 | + | ||||
220664.PFL_4761 | (+) | (>) | |||
220664.PFL_1801 | + | ||||
220664.PFL_4350 | + | ||||
220664.PFL_5009 | + | ||||
220664.PFL_1658 | + | ||||
220664.PFL_5391 | (>) | ||||
220664.PFL_5941 | (+) | + | |||
220664.PFL_2624 | (+) | (ER) | |||
220664.PFL_5759 | (+) | + | |||
220664.PFL_1826 | (+) | (PF03692) | |||
220664.PFL_2425 | + | ||||
220664.PFL_1635 | + | ||||
220664.PFL_5623 | (<) | ||||
220664.PFL_1027 | + | ||||
220664.PFL_2391 | (+) | (plastid) | |||
220664.PFL_2428 | + | ||||
220664.PFL_2643 | + | ||||
220664.PFL_6083 | + | ||||
220664.PFL_4727 | (+) | ||||
220664.PFL_3110 | (+) | ||||
220664.PFL_5458 | (+) | ||||
220664.PFL_3035 | (+) | ||||
220664.PFL_0250 | (+) | ||||
220664.PFL_0255 | (+) | ||||
220664.PFL_0258 | (+) | ||||
220664.PFL_3275 | (+) | ||||
220664.PFL_3917 | (+) | ||||
220664.PFL_2405 | (+) | ||||
220664.PFL_0753 | (+) | ||||
220664.PFL_0801 | (+) | ||||
220664.PFL_0238 | (+) | ||||
220664.PFL_3350 | (+) | ||||
220664.PFL_1967 | (+) | ||||
220664.PFL_3933 | (+) | ||||
220664.PFL_2466 | (+) | ||||
220664.PFL_2685 | (+) | ||||
220664.PFL_2682 | (+) | ||||
220664.PFL_3330 | (+) | ||||
220664.PFL_5745 | (+) | ||||
220664.PFL_3152 | (+) | ||||
220664.PFL_0173 | (+) | ||||
220664.PFL_0174 | (+) | ||||
220664.PFL_1888 | (+) | ||||
220664.PFL_4557 | (+) | ||||
220664.PFL_4554 | (+) | ||||
220664.PFL_4555 | (+) | ||||
220664.PFL_2143 | (+) | ||||
220664.PFL_2140 | (+) | ||||
220664.PFL_4669 | (+) | ||||
220664.PFL_4664 | (+) | ||||
220664.PFL_4665 | (+) | ||||
220664.PFL_4667 | (+) | ||||
220664.PFL_0796 | (+) | ||||
220664.PFL_3316 | (+) | ||||
220664.PFL_4789 | (+) | ||||
220664.PFL_5788 | (+) | ||||
220664.PFL_3555 | (+) | ||||
220664.PFL_2940 | (+) | ||||
220664.PFL_2949 | + | ||||
220664.PFL_5171 | (+) | ||||
220664.PFL_5175 | (+) | ||||
220664.PFL_4642 | (+) | ||||
220664.PFL_4641 | (+) | ||||
220664.PFL_1926 | (+) | ||||
220664.PFL_3977 | (+) | ||||
220664.PFL_5468 | (+) | ||||
220664.PFL_4565 | (+) | ||||
220664.PFL_1469 | (+) | ||||
220664.PFL_1467 | (+) | ||||
220664.PFL_3199 | (+) | ||||
220664.PFL_6116 | (+) | ||||
220664.PFL_6112 | (+) | ||||
220664.PFL_2967 | (+) | ||||
220664.PFL_4232 | (+) | ||||
220664.PFL_1691 | (+) | ||||
220664.PFL_2102 | (+) | ||||
220664.PFL_2108 | (+) | ||||
220664.PFL_0057 | (+) | ||||
220664.PFL_5100 | (+) | ||||
220664.PFL_2378 | (+) | ||||
220664.PFL_2377 | (+) | ||||
220664.PFL_5814 | (+) | ||||
220664.PFL_1480 | (+) | ||||
220664.PFL_6280 | (+) | ||||
220664.PFL_0197 | (+) | ||||
220664.PFL_2900 | (+) | ||||
220664.PFL_5229 | (+) | ||||
220664.PFL_1241 | (+) | ||||
220664.PFL_4992 | (+) | ||||
220664.PFL_4600 | (+) | ||||
220664.PFL_5558 | (+) | ||||
220664.PFL_0074 | (+) | ||||
220664.PFL_0078 | (+) | ||||
220664.PFL_0800 | (+) | ||||
220664.PFL_5765 | (+) | ||||
220664.PFL_5760 | (+) | ||||
220664.PFL_5498 | (+) | ||||
220664.PFL_2015 | (+) | ||||
220664.PFL_2011 | (+) | ||||
220664.PFL_2722 | (+) | ||||
220664.PFL_0655 | (+) | ||||
220664.PFL_1527 | (+) | ||||
220664.PFL_3672 | (+) | ||||
220664.PFL_3679 | (+) | ||||
220664.PFL_5535 | (+) | ||||
220664.PFL_3841 | (+) | ||||
220664.PFL_3503 | (+) | ||||
220664.PFL_3464 | (+) | ||||
220664.PFL_5702 | (+) | ||||
220664.PFL_5705 | (+) | ||||
220664.PFL_3901 | (+) | ||||
220664.PFL_4032 | (+) | ||||
220664.PFL_3071 | (+) | ||||
220664.PFL_1503 | (+) | ||||
220664.PFL_3614 | (+) | ||||
220664.PFL_3615 | (+) | ||||
220664.PFL_2886 | (+) | ||||
220664.PFL_2887 | (+) | ||||
220664.PFL_2894 | (+) | ||||
220664.PFL_5725 | (+) | ||||
220664.PFL_4581 | (+) | ||||
220664.PFL_4131 | (+) | ||||
220664.PFL_0344 | (+) | ||||
220664.PFL_2278 | (+) | ||||
220664.PFL_3056 | (+) | ||||
220664.PFL_3583 | (+) | ||||
220664.PFL_2181 | (+) | ||||
220664.PFL_3634 | (+) | ||||
220664.PFL_2747 | (+) | ||||
220664.PFL_1982 | (+) | ||||
220664.PFL_1980 | (+) | ||||
220664.PFL_5547 | (+) | ||||
220664.PFL_1363 | (+) | ||||
220664.PFL_1361 | (+) | ||||
220664.PFL_3803 | (+) | ||||
220664.PFL_1772 | (+) | ||||
220664.PFL_2048 | (+) | ||||
220664.PFL_2049 | (+) | ||||
220664.PFL_6205 | (+) | ||||
220664.PFL_5895 | (+) | ||||
220664.PFL_3747 | (+) | ||||
220664.PFL_2550 | (+) | ||||
220664.PFL_2553 | (+) | ||||
220664.PFL_6015 | (+) | ||||
220664.PFL_6014 | (+) | ||||
220664.PFL_5408 | (+) | ||||
220664.PFL_0554 | (+) | ||||
220664.PFL_6225 | (+) | ||||
220664.PFL_3776 | (+) | ||||
220664.PFL_0977 | (+) | ||||
220664.PFL_0309 | (+) | ||||
220664.PFL_3010 | (+) | ||||
220664.PFL_0893 | (+) | ||||
220664.PFL_6079 | (+) | ||||
220664.PFL_1322 | (+) | ||||
220664.PFL_1320 | (+) | ||||
220664.PFL_4328 | (+) | ||||
220664.PFL_1660 | (+) | ||||
220664.PFL_0953 | (+) | ||||
220664.PFL_5342 | (+) | ||||
220664.PFL_0323 | (+) | ||||
220664.PFL_3980 | (+) | ||||
220664.PFL_1051 | (+) | ||||
220664.PFL_5974 | (+) | ||||
220664.PFL_2615 | (+) | ||||
220664.PFL_6058 | (+) | ||||
220664.PFL_1870 | (+) | ||||
220664.PFL_4348 | (+) | ||||
220664.PFL_6266 | (+) | ||||
220664.PFL_1640 | (+) | ||||
220664.PFL_5360 | (+) | ||||
220664.PFL_1073 | (+) | ||||
220664.PFL_0852 | (+) | ||||
220664.PFL_2634 | (+) | ||||
220664.PFL_1810 | (+) | ||||
220664.PFL_4366 | (+) | ||||
220664.PFL_5414 | (+) | ||||
220664.PFL_3215 | (+) | ||||
220664.PFL_4536 | (+) | ||||
220664.PFL_4530 | (+) | ||||
220664.PFL_4949 | (+) | ||||
220664.PFL_4941 | (+) | ||||
220664.PFL_5014 | (+) | ||||
220664.PFL_5010 | (+) | ||||
220664.PFL_0720 | (+) | ||||
220664.PFL_0876 | (+) | ||||
220664.PFL_2653 | (+) | ||||
220664.PFL_4751 | (+) | ||||
220664.PFL_4715 | (+) | ||||
220664.PFL_5445 | (+) | ||||
220664.PFL_5442 | (+) | not used | |||
220664.PFL_2454 | (+) | ||||
220664.PFL_2452 | (+) | ||||
220664.PFL_3262 | (+) | ||||
220664.PFL_5199 | (+) | ||||
220664.PFL_5198 | (+) | ||||
220664.PFL_5193 | (+) | ||||
220664.PFL_5192 | (+) | ||||
220664.PFL_2410 | (+) | ||||
220664.PFL_0746 | (+) | ||||
220664.PFL_3108 | (+) | ||||
220664.PFL_4151 | (+) | ||||
220664.PFL_4902 | (+) | ||||
220664.PFL_2083 | (+) | ||||
220664.PFL_4220 | (+) | ||||
220664.PFL_2690 | (+) | ||||
220664.PFL_0837 | (+) | ||||
220664.PFL_1415 | (+) | ||||
220664.PFL_3128 | (+) | ||||
220664.PFL_5425 | (+) | ||||
220664.PFL_4804 | (+) | ||||
220664.PFL_0229 | (+) | ||||
220664.PFL_0225 | (+) | ||||
220664.PFL_1176 | (+) | ||||
220664.PFL_4677 | (+) | ||||
220664.PFL_3927 | (+) | ||||
220664.PFL_3920 | (+) | ||||
220664.PFL_3140 | (+) | ||||
220664.PFL_3141 | (+) | ||||
220664.PFL_5429 | (+) | ||||
220664.PFL_0146 | (+) | ||||
220664.PFL_5861 | (+) | ||||
220664.PFL_5737 | (+) | ||||
220664.PFL_0203 | (+) | ||||
220664.PFL_5732 | (+) | ||||
220664.PFL_1233 | + | ||||
220664.PFL_2154 | (+) | ||||
220664.PFL_2150 | (+) | ||||
220664.PFL_5655 | (+) | ||||
220664.PFL_4268 | (+) | ||||
220664.PFL_4263 | (+) | ||||
220664.PFL_1455 | (+) | ||||
220664.PFL_3167 | (+) | ||||
220664.PFL_2950 | (+) | ||||
220664.PFL_2953 | (+) | ||||
220664.PFL_2790 | (+) | ||||
220664.PFL_2174 | (+) | ||||
220664.PFL_0434 | (+) | ||||
220664.PFL_2368 | (+) | ||||
220664.PFL_2361 | (+) | ||||
220664.PFL_1478 | (+) | ||||
220664.PFL_2585 | (+) | ||||
220664.PFL_5297 | (+) | ||||
220664.PFL_0989 | (+) | ||||
220664.PFL_0988 | (+) | ||||
220664.PFL_0983 | (+) | ||||
220664.PFL_5435 | (+) | ||||
220664.PFL_4512 | (+) | ||||
220664.PFL_2975 | (+) | ||||
220664.PFL_1273 | (+) | ||||
220664.PFL_4186 | (+) | ||||
220664.PFL_2771 | (+) | ||||
220664.PFL_0307 | (+) | ||||
220664.PFL_2348 | (+) | ||||
220664.PFL_4424 | (+) | ||||
220664.PFL_0414 | (+) | ||||
220664.PFL_2287 | (+) | ||||
220664.PFL_0669 | (+) | ||||
220664.PFL_2132 | (+) | ||||
220664.PFL_4364 | (+) | ||||
220664.PFL_1536 | (+) | ||||
220664.PFL_3663 | (+) | ||||
220664.PFL_4391 | (+) | ||||
220664.PFL_5846 | (+) | ||||
220664.PFL_5710 | (+) | ||||
220664.PFL_6167 | (+) | ||||
220664.PFL_5957 | + | ||||
220664.PFL_3552 | (+) | ||||
220664.PFL_4007 | (+) | ||||
220664.PFL_4003 | (+) | ||||
220664.PFL_0399 | (+) | ||||
220664.PFL_2731 | (+) | ||||
220664.PFL_3062 | (+) | ||||
220664.PFL_1519 | (+) | ||||
220664.PFL_3606 | (+) | ||||
220664.PFL_1356 | (+) | ||||
220664.PFL_3856 | (+) | ||||
220664.PFL_1722 | (+) | ||||
220664.PFL_3478 | (+) | ||||
220664.PFL_0920 | (+) | ||||
220664.PFL_5867 | (+) | ||||
220664.PFL_1293 | (+) | ||||
220664.PFL_4129 | (+) | ||||
220664.PFL_4125 | (+) | ||||
220664.PFL_5298 | (+) | ||||
220664.PFL_5299 | (+) | ||||
220664.PFL_5291 | (+) | ||||
220664.PFL_5294 | (+) | ||||
220664.PFL_1572 | (+) | ||||
220664.PFL_2877 | (+) | ||||
220664.PFL_5085 | (+) | ||||
220664.PFL_0561 | (+) | ||||
220664.PFL_2504 | (+) | ||||
220664.PFL_2503 | (+) | ||||
220664.PFL_3456 | (+) | ||||
220664.PFL_0906 | (+) | ||||
220664.PFL_2189 | (+) | ||||
220664.PFL_3454 | (+) | ||||
220664.PFL_1395 | (+) | ||||
220664.PFL_1080 | (+) | ||||
220664.PFL_2264 | (+) | ||||
220664.PFL_2261 | (+) | ||||
220664.PFL_1559 | (+) | ||||
220664.PFL_1554 | (+) | ||||
220664.PFL_1310 | (+) | ||||
220664.PFL_2039 | (+) | ||||
220664.PFL_2038 | (+) | ||||
220664.PFL_6232 | (+) | ||||
220664.PFL_4063 | (+) | ||||
220664.PFL_4060 | (+) | ||||
220664.PFL_5331 | (+) | ||||
220664.PFL_0374 | (+) | ||||
220664.PFL_2207 | (+) | ||||
220664.PFL_5927 | (+) | ||||
220664.PFL_6000 | (+) | ||||
220664.PFL_1848 | (+) | not used | |||
220664.PFL_4311 | (+) | ||||
220664.PFL_4868 | (+) | ||||
220664.PFL_2438 | (+) | ||||
220664.PFL_2547 | (+) | ||||
220664.PFL_0351 | (+) | ||||
220664.PFL_4574 | (+) | not used | |||
220664.PFL_3961 | (+) | ||||
220664.PFL_2227 | (+) | ||||
220664.PFL_3578 | (+) | ||||
220664.PFL_2486 | (+) | ||||
220664.PFL_2481 | (+) | ||||
220664.PFL_6067 | (+) | ||||
220664.PFL_0086 | (+) | ||||
220664.PFL_4749 | (+) | not used | |||
220664.PFL_3227 | (+) | ||||
220664.PFL_2511 | (+) | ||||
220664.PFL_2568 | (+) | ||||
220664.PFL_1678 | (+) | ||||
220664.PFL_0338 | (+) | ||||
220664.PFL_3514 | (+) | ||||
220664.PFL_6041 | (+) | ||||
220664.PFL_1802 | (+) | ||||
220664.PFL_3724 | (+) | ||||
220664.PFL_3725 | (+) | ||||
220664.PFL_0712 | (+) | ||||
220664.PFL_5945 | (+) | ||||
220664.PFL_0984 | (+) | ||||
220664.PFL_4374 | (+) | ||||
220664.PFL_0270 | (+) | ||||
220664.PFL_5020 | (+) | ||||
220664.PFL_5025 | (+) | ||||
220664.PFL_5024 | (+) | ||||
220664.PFL_0360 | (+) | ||||
220664.PFL_4546 | (+) | ||||
220664.PFL_0188 | (+) | ||||
220664.PFL_1632 | (+) | ||||
220664.PFL_3256 | (+) | ||||
220664.PFL_6088 | (+) | ||||
220664.PFL_1025 | (+) | ||||
220664.PFL_4446 | (+) | ||||
220664.PFL_1022 | (+) | ||||
220664.PFL_0050 | (+) | ||||
220664.PFL_0480 | (+) | ||||
220664.PFL_2394 | (+) | not used | |||
220664.PFL_0733 | (+) | ||||
220664.PFL_0730 | (+) | ||||
220664.PFL_2641 | (+) | ||||
220664.PFL_2647 | (+) | ||||
220664.PFL_6082 | (+) | ||||
220664.PFL_4490 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 1.5 (12/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 1.5 (12/8 KEGG proteins)