Metamenu

Effective results for Vibrio vulnificus CMCP6 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 560
- Predicted by EffectiveT3: 182 (high confidence), 263 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 31 within, 27 before, 48 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 17 eukaryotic-like domains, contained in 31 proteins (0 high, 31 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
216895.VV2_1032(PF14864) (PF14863)ER
216895.VV2_0680+ER
216895.VV2_0989(PF14864) (PF14863)ER
216895.VV2_0885(PF14864) (PF14863)ER
216895.VV1_2476(PF13936)(mitochondrial)
216895.VV2_0931+ER
216895.VV1_0539(>)mitochondrial
216895.VV1_2871(>)ER
216895.VV2_1090(PF08124)mitochondrial
216895.VV1_2456(PF13936)(mitochondrial)
216895.VV1_0767(PF13402)ER
216895.VV1_2451(PF13936)(mitochondrial)
216895.VV2_1234+(mitochondrial)
216895.VV1_0166(>)ER
216895.VV1_1014+(mitochondrial)
216895.VV2_0059(>)ER
216895.VV1_0569(<)mitochondrial; (mitochondrial)
216895.VV1_2277(<)(mitochondrial)
216895.VV1_1545(>)ER
216895.VV1_2938(>)ER
216895.VV1_2548(PF13936)mitochondrial; (mitochondrial)
216895.VV1_2587+(mitochondrial)
216895.VV2_1217(PF02010)ER
216895.VV1_1709+(ER)
216895.VV1_2170(<)ER
216895.VV1_0720+mitochondrial
216895.VV2_0008(PF13582)ER
216895.VV1_0864+(mitochondrial)
216895.VV1_1609(>)ER
216895.VV2_0529+ER
216895.VV2_1274(>)ER
216895.VV1_0728(>)ER; (ER)
216895.VV2_0760+ER
216895.VV1_0055+ER
216895.VV1_0138+ER
216895.VV1_0592+ER
216895.VV1_0213+mitochondrial; plastid
216895.VV1_2517(PF13936)(mitochondrial)
216895.VV2_1564+ER; (ER)
216895.VV1_0115+(mitochondrial); mitochondrial
216895.VV1_2529(PF13936)(mitochondrial)
216895.VV1_1938(>)(mitochondrial)
216895.VV1_2301+ER
216895.VV2_1504+ER
216895.VV2_1502(>)ER
216895.VV1_1338(>)(mitochondrial)
216895.VV2_1342++(plastid)
216895.VV2_1509(>)ER
216895.VV1_2539(PF13936)(mitochondrial)
216895.VV1_0653+ER
216895.VV1_2643(PF08180)ER
216895.VV2_1624+ER
216895.VV2_0864(PF10462)ER
216895.VV1_2105(PF13402)ER
216895.VV1_2104(>)ER
216895.VV2_0979(>)ER; (ER)
216895.VV1_1238(>)(mitochondrial); mitochondrial
216895.VV2_0700(<)ER
216895.VV2_0097(PF00031)ER
216895.VV1_3212(PF16889)ER
216895.VV1_3214(PF16889)(mitochondrial); mitochondrial
216895.VV1_1924+(plastid)
216895.VV1_1926+(plastid)
216895.VV1_2272(PF13023)(mitochondrial)
216895.VV1_2472(+)mitochondrial
216895.VV1_1803+(>)
216895.VV1_0346+(<)
216895.VV1_2727(+)ER; (ER)
216895.VV1_2595+(plastid)
216895.VV2_0293++
216895.VV1_0281(+)(ER)
216895.VV2_1668+(plastid)
216895.VV1_0514+plastid
216895.VV2_0134(+)ER
216895.VV2_0622(+)mitochondrial
216895.VV1_2707++
216895.VV2_1476(+)(mitochondrial)
216895.VV2_1699(+)(mitochondrial)
216895.VV2_0907(>)(mitochondrial)
216895.VV1_0172(<)(ER)
216895.VV1_0954(+)(ER)
216895.VV1_0861+plastid
216895.VV1_0392(+)ER
216895.VV1_1142+(PF05706)
216895.VV2_1142(+)(>)(mitochondrial)
216895.VV1_0804(+)+(mitochondrial)
216895.VV1_1163+(ER)
216895.VV1_0139+(plastid)
216895.VV1_0223+(plastid)
216895.VV1_0824(+)(mitochondrial)
216895.VV2_1312(+)ER
216895.VV1_2211(<)(mitochondrial)
216895.VV1_0215+plastid
216895.VV1_0214+(plastid)
216895.VV1_3035(+)(ER)
216895.VV2_1598+(plastid)
216895.VV2_1110+(PF08124)
216895.VV1_0684+(mitochondrial)
216895.VV1_2218(+)(mitochondrial)
216895.VV1_1792(+)mitochondrial; plastid
216895.VV1_0664(+)+
216895.VV1_1548(+)(mitochondrial)
216895.VV2_1345+(mitochondrial)
216895.VV2_1337(+)ER; (ER)
216895.VV2_0650(+)(mitochondrial)
216895.VV1_3240(+)ER
216895.VV2_1354(+)(mitochondrial); (plastid)
216895.VV2_0881(+)mitochondrial; plastid
216895.VV1_2116+
216895.VV1_2628+
216895.VV1_1697(>)
216895.VV1_2808+
216895.VV1_2809(+)(PF10014)
216895.VV1_1205+
216895.VV1_1200+
216895.VV1_2666(+)(>)
216895.VV2_0469+
216895.VV2_1510+
216895.VV2_1428+
216895.VV2_0265(<)
216895.VV2_0267+
216895.VV1_2585+
216895.VV2_0281+
216895.VV1_3226+
216895.VV2_0849(+)(plastid)
216895.VV1_0622+
216895.VV2_0117+
216895.VV1_1370+
216895.VV2_0720(<)
216895.VV1_0296+
216895.VV1_0961+
216895.VV2_1254+
216895.VV1_2261+
216895.VV1_2265+
216895.VV1_1816+
216895.VV1_3189(>)
216895.VV2_1673+
216895.VV2_1078+
216895.VV1_2598+
216895.VV2_1074(<)
216895.VV1_3239+
216895.VV1_0505+
216895.VV1_2280(<)
216895.VV1_2282(+)(>)
216895.VV2_0565+
216895.VV1_2863+
216895.VV1_1361(>)
216895.VV1_2002+
216895.VV1_0422+
216895.VV1_0999+
216895.VV1_0288+
216895.VV1_2730+
216895.VV1_0420+
216895.VV2_1235(<)
216895.VV2_1663+
216895.VV2_1661(+)(ER)
216895.VV1_0515(PF08014)
216895.VV1_0513(+)(ER)
216895.VV1_3088(<)
216895.VV1_0608+
216895.VV2_0829+
216895.VV1_1956(<)
216895.VV2_1060(>)
216895.VV1_1396+
216895.VV1_1556+
216895.VV1_2927+
216895.VV1_0168+
216895.VV1_0943+
216895.VV1_1019+
216895.VV2_0456+
216895.VV2_1692+
216895.VV1_1940+
216895.VV2_0908+
216895.VV1_0148(+)(<)
216895.VV2_0833+
216895.VV1_2155+
216895.VV1_2158+
216895.VV2_0012(+)(>)
216895.VV1_2935(>)
216895.VV1_2930+
216895.VV2_1426(<)
216895.VV2_1266+
216895.VV1_1020+
216895.VV1_1029+
216895.VV1_0401(>)
216895.VV1_1841+
216895.VV1_3152(>)
216895.VV2_1044+
216895.VV2_1043+
216895.VV1_0570+
216895.VV2_0481(+)+
216895.VV2_0484+
216895.VV2_0808+
216895.VV1_2987+
216895.VV2_0150(>)
216895.VV1_1625+
216895.VV1_0719+
216895.VV2_1216(+)(plastid)
216895.VV1_1136(>)
216895.VV1_2946(>)
216895.VV1_1296+
216895.VV2_1328+
216895.VV1_2390+
216895.VV2_0493+
216895.VV2_0815+
216895.VV1_2178+
216895.VV2_0144(+)(plastid)
216895.VV2_0148+
216895.VV1_1525+
216895.VV1_0034(+)(plastid)
216895.VV1_1158+
216895.VV2_1203(PF08014)
216895.VV1_2418(+)(mitochondrial)
216895.VV2_1037+
216895.VV1_3173(<)
216895.VV1_3175(PF13023)
216895.VV2_0550+
216895.VV2_1023+
216895.VV1_1994+
216895.VV2_1026+
216895.VV1_1736+
216895.VV1_2189+
216895.VV1_2343+
216895.VV2_0072+
216895.VV1_1518+
216895.VV2_0715(<)
216895.VV1_0217+
216895.VV1_1465(>)
216895.VV1_0216(+)(mitochondrial)
216895.VV1_0230(+)(plastid)
216895.VV1_2704+
216895.VV1_1058+
216895.VV2_1231(>)
216895.VV2_1239+
216895.VV1_0837(<)
216895.VV1_2401(+)(mitochondrial)
216895.VV1_2404+
216895.VV1_0909+
216895.VV1_0900(+)plastid
216895.VV2_0542+
216895.VV1_1726(<)
216895.VV2_0764+
216895.VV2_0924+
216895.VV2_0921+
216895.VV1_1214(+)(ER)
216895.VV1_0050(+)(mitochondrial)
216895.VV1_0057+
216895.VV1_0345+
216895.VV1_0224(+)(>)
216895.VV1_0225(+)plastid
216895.VV1_0221+
216895.VV1_0228(>)
216895.VV1_2752+
216895.VV1_2755+
216895.VV2_1488(PF04664)
216895.VV1_2509(>)
216895.VV2_0058+
216895.VV2_0050+
216895.VV2_0687+
216895.VV1_1884+
216895.VV2_0199+
216895.VV1_2990(>)
216895.VV2_1539+
216895.VV1_0106+
216895.VV1_1402+
216895.VV1_1319+
216895.VV1_1311(<)
216895.VV1_0856+
216895.VV1_2565(>)
216895.VV1_1093+
216895.VV2_1580+
216895.VV2_0362+
216895.VV2_0367(+)(plastid)
216895.VV2_1107(<)
216895.VV1_0693+
216895.VV2_0186+
216895.VV2_0188+
216895.VV1_1678+
216895.VV2_0984+
216895.VV1_3252(PF13023)
216895.VV1_2028+
216895.VV1_2027+
216895.VV2_0220+
216895.VV1_0078+
216895.VV1_0676+
216895.VV1_0114(+)+
216895.VV2_1557(>)
216895.VV1_2526+
216895.VV2_0513(>)
216895.VV2_0515+
216895.VV1_3001+
216895.VV1_3000(<)
216895.VV2_0422+
216895.VV1_0681+
216895.VV1_0445+
216895.VV1_2306+
216895.VV2_0229(<)
216895.VV1_2019+
216895.VV2_0079+
216895.VV1_2779+
216895.VV1_1420+
216895.VV1_2214+
216895.VV1_2783+
216895.VV2_0560+
216895.VV2_0049+
216895.VV1_0894+
216895.VV2_1343+
216895.VV2_1348+
216895.VV1_2531(+)plastid
216895.VV1_2535(>)
216895.VV2_1297+
216895.VV2_0043+
216895.VV1_0782+not used
216895.VV1_0781+
216895.VV1_1333+
216895.VV2_0074+
216895.VV2_0794+
216895.VV2_1508(<)
216895.VV1_2821(>)
216895.VV1_1322+
216895.VV1_2796+
216895.VV1_2791(PF08732)
216895.VV1_0868+
216895.VV2_1350(<)
216895.VV2_1356+
216895.VV1_2648+
216895.VV1_2647+
216895.VV2_1028+
216895.VV2_1282+
216895.VV1_3062(<)
216895.VV2_0088+
216895.VV1_0795+
216895.VV1_0866(>)
216895.VV2_0882(+)(plastid)
216895.VV2_0663+
216895.VV2_1139(+)(ER)
216895.VV2_0372+
216895.VV2_1267+
216895.VV1_1231+
216895.VV1_0326+
216895.VV2_0071(+)(>)
216895.VV1_1563(>)
216895.VV1_1893+
216895.VV1_0483(+)(plastid)
216895.VV1_2480+
216895.VV2_1380(+)(PF10014)
216895.VV2_1657+
216895.VV1_2068+
216895.VV2_0770+
216895.VV2_0877+
216895.VV2_0870(+)
216895.VV1_2113(+)
216895.VV1_0746(+)
216895.VV1_0743(+)
216895.VV1_3046(+)
216895.VV1_2273(+)
216895.VV2_0467(+)
216895.VV2_1394(+)
216895.VV1_1808(+)
216895.VV1_1800(+)
216895.VV2_0068(+)
216895.VV1_0535(+)
216895.VV1_3225(+)
216895.VV2_0603(+)
216895.VV2_0607(+)
216895.VV1_2295(+)
216895.VV1_0624(+)
216895.VV2_0118(+)
216895.VV1_2120(+)
216895.VV1_2610(+)
216895.VV1_0293(+)
216895.VV1_0969(+)
216895.VV1_3053(+)
216895.VV1_2467(+)not used
216895.VV1_1814(+)
216895.VV1_3180(+)
216895.VV1_2596(+)
216895.VV2_0297(+)
216895.VV1_2040(+)
216895.VV2_0610(+)
216895.VV2_0856(+)
216895.VV1_1747(+)
216895.VV1_1742(+)
216895.VV1_0614(+)
216895.VV1_2138(+)
216895.VV2_0154(+)
216895.VV1_2459(+)
216895.VV2_0652(+)
216895.VV1_2866(+)
216895.VV1_1366(+)
216895.VV1_2910(+)
216895.VV1_2919(+)
216895.VV2_1081(+)
216895.VV2_0442(+)
216895.VV1_2641(+)
216895.VV1_1824(+)
216895.VV2_1669(+)
216895.VV2_1069(+)
216895.VV1_1952(+)
216895.VV1_1052(+)
216895.VV1_1057(+)
216895.VV1_1116(+)
216895.VV1_2144(+)
216895.VV1_2407(+)
216895.VV1_1015(+)
216895.VV1_3096(+)
216895.VV2_0838(+)
216895.VV1_3042(+)
216895.VV1_2156(+)
216895.VV1_0706(+)
216895.VV1_1388(+)
216895.VV1_0377(+)
216895.VV1_1153(+)
216895.VV1_2620(+)
216895.VV1_0862(+)
216895.VV2_0340(+)
216895.VV1_0402(+)
216895.VV1_1846(+)
216895.VV1_2099(+)
216895.VV2_0809(+)
216895.VV2_0261(+)
216895.VV2_0156(+)
216895.VV1_2366(+)
216895.VV1_2581(+)
216895.VV1_1133(+)
216895.VV1_1440(+)
216895.VV1_2891(+)
216895.VV2_0892(+)
216895.VV2_1218(+)
216895.VV1_0814(+)
216895.VV1_2397(+)
216895.VV2_0033(+)
216895.VV2_1030(+)
216895.VV1_0540(+)
216895.VV2_0324(+)
216895.VV2_0491(+)
216895.VV1_0362(+)
216895.VV1_1771(+)
216895.VV1_0495(+)
216895.VV2_0140(+)
216895.VV1_2371(+)
216895.VV1_0723(+)
216895.VV1_1910(+)
216895.VV1_2887(+)
216895.VV1_2775(+)
216895.VV1_0806(+)
216895.VV1_1193(+)
216895.VV1_1167(+)
216895.VV1_3170(+)
216895.VV2_0799(+)
216895.VV1_2564(+)
216895.VV1_1999(+)
216895.VV2_1153(+)
216895.VV1_0484(+)
216895.VV2_0170(+)
216895.VV2_0172(+)
216895.VV1_0736(+)
216895.VV1_2968(+)
216895.VV1_1469(+)
216895.VV1_0235(+)
216895.VV2_0350(+)
216895.VV1_1059(+)
216895.VV2_1237(+)
216895.VV2_1308(+)
216895.VV1_1985(+)
216895.VV2_1010(+)
216895.VV1_2334(+)
216895.VV2_0307(+)
216895.VV1_1720(+)
216895.VV1_1619(+)
216895.VV1_0588(+)
216895.VV1_0132(+)
216895.VV2_1592(+)
216895.VV1_2993(+)
216895.VV1_0916(+)
216895.VV1_0914(+)
216895.VV2_1486(+)
216895.VV2_0577(+)
216895.VV2_1003(+)
216895.VV2_0688(+)
216895.VV1_2213(+)
216895.VV1_2212(+)
216895.VV2_1171(+)
216895.VV1_1663(+)
216895.VV1_2030(+)
216895.VV1_0045(+)
216895.VV1_1404(+)
216895.VV1_2692(+)
216895.VV1_1074(+)
216895.VV1_3211(+)
216895.VV2_1361(+)
216895.VV1_2728(+)
216895.VV1_3108(+)
216895.VV1_0821(+)
216895.VV1_2183(+)
216895.VV1_0450(+)
216895.VV2_0659(+)
216895.VV1_1675(+)
216895.VV1_0079(+)
216895.VV1_0077(+)
216895.VV1_0113(+)
216895.VV1_0119(+)
216895.VV1_1301(+)
216895.VV1_3022(+)
216895.VV2_1117(+)
216895.VV1_0449(+)
216895.VV1_1887(+)
216895.VV1_2014(+)
216895.VV1_0069(+)
216895.VV1_0668(+)
216895.VV1_1796(+)
216895.VV1_1425(+)
216895.VV2_0567(+)
216895.VV2_0734(+)
216895.VV1_0272(+)
216895.VV2_0211(+)
216895.VV1_0892(+)
216895.VV2_1349(+)
216895.VV1_2414(+)
216895.VV1_2654(+)
216895.VV1_3124(+)
216895.VV2_0506(+)
216895.VV2_0507(+)
216895.VV2_1295(+)
216895.VV1_1927(+)
216895.VV2_1121(+)
216895.VV1_1334(+)
216895.VV1_0092(+)
216895.VV1_3064(+)
216895.VV2_0007(+)
216895.VV1_0314(+)
216895.VV1_0316(+)
216895.VV2_1351(+)
216895.VV1_1132(+)
216895.VV2_1287(+)
216895.VV1_3066(+)
216895.VV1_2251(+)
216895.VV2_0394(+)
216895.VV2_0397(+)
216895.VV2_0240(+)
216895.VV2_0077(+)
216895.VV1_3209(+)
216895.VV2_0666(+)
216895.VV2_0860(+)
216895.VV2_1643(+)
216895.VV2_1264(+)
216895.VV1_1689(+)
216895.VV2_0605(+)
216895.VV2_0436(+)
216895.VV1_0329(+)
216895.VV2_1133(+)
216895.VV1_1120(+)
216895.VV1_1122(+)
216895.VV1_2677(+)
216895.VV1_1277(+)
216895.VV1_0489(+)
216895.VV1_0411(+)
216895.VV1_0431(+)
216895.VV2_0258(+)
216895.VV2_0893(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.625 (13/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================