Effective results for Pseudomonas fluorescens Pf0-1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 764
- Predicted by EffectiveT3: 222 (high confidence), 351 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 17 within, 15 before, 45 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 126
- Predicted by EffectiveELD: 15 eukaryotic-like domains, contained in 49 proteins (1 high, 48 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
205922.Pfl01_4431		+	+		ER
205922.Pfl01_1366			+		ER
205922.Pfl01_4715			+		ER
205922.Pfl01_1992			+		ER
205922.Pfl01_0389			+		(mitochondrial)
205922.Pfl01_1602		(>)			ER
205922.Pfl01_1221			+		ER
205922.Pfl01_0285		(>)			ER
205922.Pfl01_4516			+		ER; (ER)
205922.Pfl01_1052			+		ER
205922.Pfl01_0797			+		ER
205922.Pfl01_3020		+			ER
205922.Pfl01_3243		(>)			mitochondrial; ER
205922.Pfl01_2435				(PF17124)	ER
205922.Pfl01_0480				(PF06293)	(ER)
205922.Pfl01_1245		(<)			(ER)
205922.Pfl01_4236			+		ER
205922.Pfl01_0839			+		ER
205922.Pfl01_3305			+		ER
205922.Pfl01_2365				(PF00199)	ER
205922.Pfl01_2100		(<)			ER
205922.Pfl01_1109			+		ER
205922.Pfl01_1731		(<)			ER
205922.Pfl01_0649		(>)			ER
205922.Pfl01_3520	+				(ER)
205922.Pfl01_0874			+		ER
205922.Pfl01_4401			+		ER
205922.Pfl01_4403	+				ER
205922.Pfl01_4405		(>)			ER
205922.Pfl01_5412		(>)			ER
205922.Pfl01_5418			+		(ER); ER
205922.Pfl01_1670		(<)			ER
205922.Pfl01_2687			+		ER
205922.Pfl01_3850		(>)			ER
205922.Pfl01_3859		(>)			mitochondrial
205922.Pfl01_1379	+				mitochondrial; (mitochondrial)
205922.Pfl01_5615			+		ER
205922.Pfl01_3618			+		(ER)
205922.Pfl01_3427	+				mitochondrial
205922.Pfl01_3894			+		ER
205922.Pfl01_0067			+		ER
205922.Pfl01_4287			+		(ER)
205922.Pfl01_3210	+				ER
205922.Pfl01_4199	+		+	PF13405
205922.Pfl01_4190			+		ER
205922.Pfl01_0087				(PF03162)	ER
205922.Pfl01_1271	+				(ER)
205922.Pfl01_1048			+		ER
205922.Pfl01_4568			+		ER
205922.Pfl01_3251		+			ER
205922.Pfl01_2050		(>)			ER
205922.Pfl01_4423		(<)			ER
205922.Pfl01_5339			+		ER
205922.Pfl01_2427		(<)			ER; (ER)
205922.Pfl01_3927		(>)			ER
205922.Pfl01_1568		(>)			ER
205922.Pfl01_4001			+		ER; (ER)
205922.Pfl01_1814		(>)			ER
205922.Pfl01_0635			+		ER
205922.Pfl01_2370	+			(PF04371)	(ER)
205922.Pfl01_3184			+		ER
205922.Pfl01_3984		(>)			ER
205922.Pfl01_3370		+			ER
205922.Pfl01_2350			+		ER
205922.Pfl01_2837			+		ER; (plastid)
205922.Pfl01_2658		+			ER
205922.Pfl01_2656			+		ER
205922.Pfl01_2654			+		ER
205922.Pfl01_5027		+			mitochondrial
205922.Pfl01_0471				(PF06293)	ER; (ER)
205922.Pfl01_3688			+		ER
205922.Pfl01_0223			+		ER
205922.Pfl01_1556	+				(ER)
205922.Pfl01_1669				(PF00199)	ER
205922.Pfl01_0923			+		mitochondrial; (mitochondrial)
205922.Pfl01_1343			+		ER
205922.Pfl01_4842			+		ER
205922.Pfl01_1647		(>)			(mitochondrial); mitochondrial
205922.Pfl01_0593	+				(plastid)
205922.Pfl01_3100	+				plastid
205922.Pfl01_3598	(+)				mitochondrial
205922.Pfl01_1605	(+)				(ER); ER
205922.Pfl01_5667	(+)				(ER)
205922.Pfl01_4757	+				plastid
205922.Pfl01_1228	(+)				ER
205922.Pfl01_1910	+				(mitochondrial)
205922.Pfl01_1076	+				(plastid)
205922.Pfl01_2262	+			(PF00199)
205922.Pfl01_5528	+			(PF03692)
205922.Pfl01_0348			+	(PF03692)
205922.Pfl01_1756	+			(PF02133)
205922.Pfl01_5053	+			(PF00199)
205922.Pfl01_2608	(+)				(ER)
205922.Pfl01_2387	+				plastid
205922.Pfl01_3975	(+)				ER
205922.Pfl01_0196	+				(plastid)
205922.Pfl01_2827	+		+
205922.Pfl01_0254	(+)				(ER); plastid
205922.Pfl01_2320	+				plastid
205922.Pfl01_4930	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
205922.Pfl01_4136	+			(PF02133)
205922.Pfl01_3415	+				(ER)
205922.Pfl01_0003	(+)				(mitochondrial)
205922.Pfl01_2985	+				(plastid)
205922.Pfl01_2183			+		(mitochondrial)
205922.Pfl01_4408			+		(mitochondrial)
205922.Pfl01_1611	+				(mitochondrial)
205922.Pfl01_2553	(+)				(mitochondrial)
205922.Pfl01_1495	(+)				(ER)
205922.Pfl01_1008	(+)				ER
205922.Pfl01_0291	+			(PF04371)
205922.Pfl01_5358		+	+
205922.Pfl01_4500	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
205922.Pfl01_0507	+		+
205922.Pfl01_1272	+				(mitochondrial)
205922.Pfl01_2787	(+)				(mitochondrial); (plastid)
205922.Pfl01_1527	+				plastid
205922.Pfl01_4545	(+)				(mitochondrial)
205922.Pfl01_3013	+				(ER)
205922.Pfl01_3270	+			(PF02133)
205922.Pfl01_2274	(+)				ER
205922.Pfl01_1506	+				(mitochondrial)
205922.Pfl01_2423		+			(mitochondrial)
205922.Pfl01_4272	(+)				ER
205922.Pfl01_1818	+		+
205922.Pfl01_4023	+				(mitochondrial)
205922.Pfl01_0820	(+)				mitochondrial
205922.Pfl01_4255	+				(plastid)
205922.Pfl01_4250	+				plastid
205922.Pfl01_3709	(+)				mitochondrial
205922.Pfl01_0140	+	+
205922.Pfl01_0842		(<)	+
205922.Pfl01_2580	(+)		+		(plastid)
205922.Pfl01_0679		(>)			(ER)
205922.Pfl01_3517	+		+
205922.Pfl01_0247	(+)				ER
205922.Pfl01_0245	(+)	(>)			(mitochondrial)
205922.Pfl01_3745	(+)				ER
205922.Pfl01_0922	+		+
205922.Pfl01_0475	(+)				(mitochondrial)
205922.Pfl01_2339	+				(ER)
205922.Pfl01_3824	(+)				(mitochondrial)
205922.Pfl01_2486	+			(PF06293)
205922.Pfl01_2816	(+)				(ER)
205922.Pfl01_4316	+				plastid
205922.Pfl01_0756	(+)				ER; (ER)
205922.Pfl01_3868	(+)				(mitochondrial); (plastid)
205922.Pfl01_2737	+
205922.Pfl01_1421	+
205922.Pfl01_4824	+
205922.Pfl01_4456	+
205922.Pfl01_4454	+
205922.Pfl01_4453				(PF12255)
205922.Pfl01_4108	+
205922.Pfl01_2851	+
205922.Pfl01_0901	+
205922.Pfl01_0904	+
205922.Pfl01_1369	+
205922.Pfl01_3662	+
205922.Pfl01_3665				(PF00199)
205922.Pfl01_1628	+
205922.Pfl01_2718	+
205922.Pfl01_0717			+
205922.Pfl01_3437	+
205922.Pfl01_3433	+
205922.Pfl01_2520	+				(plastid)
205922.Pfl01_0384			+
205922.Pfl01_0037	+
205922.Pfl01_5603	+
205922.Pfl01_5464			+
205922.Pfl01_5460		+
205922.Pfl01_4805	+
205922.Pfl01_4804	+
205922.Pfl01_0559		(>)
205922.Pfl01_0558		(>)
205922.Pfl01_0736	+
205922.Pfl01_3108	(+)		+
205922.Pfl01_1015	+
205922.Pfl01_5669	+
205922.Pfl01_3089	+
205922.Pfl01_2281		(>)
205922.Pfl01_0532			+
205922.Pfl01_0539	+
205922.Pfl01_2562	+
205922.Pfl01_4519		+
205922.Pfl01_4774			+
205922.Pfl01_2000	+
205922.Pfl01_0996	+
205922.Pfl01_4982		(>)
205922.Pfl01_4988	+
205922.Pfl01_5115		(<)
205922.Pfl01_5133		(<)
205922.Pfl01_1918	(+)				(plastid)
205922.Pfl01_1916	(+)	+
205922.Pfl01_1266	+
205922.Pfl01_3440				(PF02133)
205922.Pfl01_3442	+
205922.Pfl01_0137	(+)				(plastid)
205922.Pfl01_4963	+
205922.Pfl01_1253				(PF03692)
205922.Pfl01_0787	+
205922.Pfl01_2477	+
205922.Pfl01_1071		(>)
205922.Pfl01_5170			+
205922.Pfl01_5171	+
205922.Pfl01_1994	+
205922.Pfl01_3249	+
205922.Pfl01_3242	(+)				(mitochondrial)
205922.Pfl01_1533	+
205922.Pfl01_0119	(+)		+
205922.Pfl01_5549	(+)				(plastid)
205922.Pfl01_5327	+
205922.Pfl01_4943	+
205922.Pfl01_4052	+
205922.Pfl01_2454	+
205922.Pfl01_5151			+
205922.Pfl01_5152			+
205922.Pfl01_0329				(PF06101)
205922.Pfl01_4204	+
205922.Pfl01_3000			+
205922.Pfl01_3003	+
205922.Pfl01_3009	+
205922.Pfl01_3261				(PF02133)
205922.Pfl01_3268	(+)				(plastid)
205922.Pfl01_3912			+
205922.Pfl01_1102			+
205922.Pfl01_1455	(+)			(PF02133)
205922.Pfl01_0171			+
205922.Pfl01_5529	+
205922.Pfl01_4699	+
205922.Pfl01_4134			+
205922.Pfl01_1165			+
205922.Pfl01_4264	+
205922.Pfl01_1758			+
205922.Pfl01_0483				(PF01583)
205922.Pfl01_3541	+
205922.Pfl01_1147	+
205922.Pfl01_1144			+
205922.Pfl01_1142			+
205922.Pfl01_0361				(PF02133)
205922.Pfl01_4249	+
205922.Pfl01_4243	+
205922.Pfl01_4246	+
205922.Pfl01_3736		(>)
205922.Pfl01_3956	+
205922.Pfl01_3954		(>)
205922.Pfl01_5097	(+)		+
205922.Pfl01_2606	+
205922.Pfl01_2609	+
205922.Pfl01_0605		(>)
205922.Pfl01_4652		(>)
205922.Pfl01_4657				(PF03692)
205922.Pfl01_2380	+
205922.Pfl01_2169	+
205922.Pfl01_2163				(PF17124)
205922.Pfl01_5241	+
205922.Pfl01_2590	+
205922.Pfl01_2629	+
205922.Pfl01_1827	+
205922.Pfl01_5013	+
205922.Pfl01_3363	+
205922.Pfl01_3500	+
205922.Pfl01_3502		(>)
205922.Pfl01_0856			+
205922.Pfl01_0853		(>)
205922.Pfl01_0277	+
205922.Pfl01_3778	(+)			(PF02133)
205922.Pfl01_3990	+
205922.Pfl01_3997	+
205922.Pfl01_0469				(PF06293)
205922.Pfl01_0468				(PF06293)
205922.Pfl01_1849			+
205922.Pfl01_1841	+
205922.Pfl01_5037	+
205922.Pfl01_0647	+
205922.Pfl01_5696			+
205922.Pfl01_5215	+
205922.Pfl01_4340		+
205922.Pfl01_4612		(>)
205922.Pfl01_2347	+
205922.Pfl01_1690		(>)
205922.Pfl01_2126	+
205922.Pfl01_2127	+
205922.Pfl01_2123			+
205922.Pfl01_0878				(PF01583)
205922.Pfl01_0253	+
205922.Pfl01_5201	+
205922.Pfl01_4152		+
205922.Pfl01_4402			+
205922.Pfl01_2801	+
205922.Pfl01_2661		(>)
205922.Pfl01_2665				(PF05277)
205922.Pfl01_0403	+
205922.Pfl01_4097			+
205922.Pfl01_5419	(+)		+
205922.Pfl01_3814	+
205922.Pfl01_1678	+
205922.Pfl01_2864	+
205922.Pfl01_2681	+
205922.Pfl01_2686		(>)
205922.Pfl01_4309	+
205922.Pfl01_5437	+
205922.Pfl01_5435	+
205922.Pfl01_3302	+
205922.Pfl01_1657	+
205922.Pfl01_1432	+
205922.Pfl01_4443	+
205922.Pfl01_2843			+
205922.Pfl01_3462		(>)
205922.Pfl01_3460		(>)
205922.Pfl01_3464	+
205922.Pfl01_0911	+
205922.Pfl01_4328	+
205922.Pfl01_4326			+
205922.Pfl01_2988		(>)
205922.Pfl01_3448	+
205922.Pfl01_3449	+
205922.Pfl01_2537	+
205922.Pfl01_2530			+
205922.Pfl01_4183			+
205922.Pfl01_0390			+
205922.Pfl01_5616	+
205922.Pfl01_4876	+
205922.Pfl01_4705	+
205922.Pfl01_1960	(+)				(mitochondrial)
205922.Pfl01_5283			+
205922.Pfl01_1392				(PF03692)
205922.Pfl01_3639	+
205922.Pfl01_5495	+
205922.Pfl01_3896		+
205922.Pfl01_1948				(PF05189)
205922.Pfl01_0548		(>)
205922.Pfl01_0727	+
205922.Pfl01_3403	+
205922.Pfl01_0060	+
205922.Pfl01_0064	(+)			(PF00199)
205922.Pfl01_1250	+
205922.Pfl01_4836		(>)
205922.Pfl01_2961		+
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205922.Pfl01_2639	(+)
205922.Pfl01_0985	(+)
205922.Pfl01_5002	(+)
205922.Pfl01_0678	(+)
205922.Pfl01_0672	(+)
205922.Pfl01_2359	(+)
205922.Pfl01_2358	(+)
205922.Pfl01_0862	(+)
205922.Pfl01_5212	(+)
205922.Pfl01_2839	(+)
205922.Pfl01_2831	(+)
205922.Pfl01_2835	(+)
205922.Pfl01_1872	(+)
205922.Pfl01_5023	(+)
205922.Pfl01_1301	(+)
205922.Pfl01_1304	(+)
205922.Pfl01_5680	(+)
205922.Pfl01_4371	(+)
205922.Pfl01_4888	(+)
205922.Pfl01_4880	(+)
205922.Pfl01_3538	(+)
205922.Pfl01_1460	(+)
205922.Pfl01_2815	(+)
205922.Pfl01_1553	(+)
205922.Pfl01_2676	(+)
205922.Pfl01_2673	(+)
205922.Pfl01_1329	(+)
205922.Pfl01_1328	(+)
205922.Pfl01_3643	(+)
205922.Pfl01_3334	(+)
205922.Pfl01_2314	(+)
205922.Pfl01_3809	(+)
205922.Pfl01_3802	(+)
205922.Pfl01_3806	(+)
205922.Pfl01_0751	(+)
205922.Pfl01_4128	(+)
205922.Pfl01_4129	(+)
205922.Pfl01_4439	(+)
205922.Pfl01_5256	(+)
205922.Pfl01_2698	(+)
205922.Pfl01_2695	(+)
205922.Pfl01_4337	(+)
205922.Pfl01_5420	(+)
205922.Pfl01_2999	(+)
205922.Pfl01_1640	(+)
205922.Pfl01_1642	(+)
205922.Pfl01_1648	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 2.375 (19/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================