Effective results for Salmonella enterica subsp. arizonae serovar 62:z4,z23:- str. RSK2980 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 641
- Predicted by EffectiveT3: 176 (high confidence), 270 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 28 within, 28 before, 44 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 100
- Predicted by EffectiveELD: 24 eukaryotic-like domains, contained in 61 proteins (4 high, 57 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
882884.SARI_03979+(ER)
882884.SARI_01475(>)(PF10142)ER
882884.SARI_00695(>)(PF03313) (PF03315)(mitochondrial)
882884.SARI_04519+(PF01527)(mitochondrial)
882884.SARI_01500+ER
882884.SARI_04653(<)(ER)
882884.SARI_03921+ER
882884.SARI_03212(<)ER
882884.SARI_04379(PF03313) (PF03315)(plastid)
882884.SARI_02188+ER
882884.SARI_03079+(PF01527)(mitochondrial)
882884.SARI_01174+(ER)
882884.SARI_04275(>)ER
882884.SARI_02468(>)ER
882884.SARI_03595(PF13384)(mitochondrial); (plastid)
882884.SARI_01741+ER
882884.SARI_04621(PF01527)(mitochondrial)
882884.SARI_00905+(mitochondrial); mitochondrial
882884.SARI_00831(PF10662)mitochondrial
882884.SARI_02502+(mitochondrial)
882884.SARI_02653+mitochondrial
882884.SARI_04314+ER
882884.SARI_04631(PF03222)(ER)
882884.SARI_03042(>)ER
882884.SARI_03267+ER
882884.SARI_02313(>)mitochondrial; (mitochondrial)
882884.SARI_02626+(mitochondrial); plastid
882884.SARI_00673+(ER); ER
882884.SARI_03095(PF13384)(mitochondrial); (plastid)
882884.SARI_02235(>)ER
882884.SARI_04078(>)ER
882884.SARI_04116(>)ER
882884.SARI_04087+(mitochondrial)
882884.SARI_04479(<)(ER)
882884.SARI_03816+ER
882884.SARI_01412(>)(mitochondrial)
882884.SARI_01799+ER
882884.SARI_01244+(ER)
882884.SARI_00445+ER; mitochondrial
882884.SARI_03060(PF13384)(mitochondrial); (plastid)
882884.SARI_02550(>)ER
882884.SARI_02321+ER
882884.SARI_01120+ER
882884.SARI_01002(PF03222)(mitochondrial)
882884.SARI_01869+ER
882884.SARI_04692(PF03313) (PF03315)(plastid)
882884.SARI_04166+(mitochondrial); mitochondrial
882884.SARI_03683+ER
882884.SARI_04436PF05935(mitochondrial)
882884.SARI_02777(>)ER
882884.SARI_03818(<)ER
882884.SARI_02754+mitochondrial
882884.SARI_04532(PF01276) (PF03711)(mitochondrial)
882884.SARI_03292+mitochondrial; (mitochondrial)
882884.SARI_01665+ER; (ER)
882884.SARI_04010+ER; (ER)
882884.SARI_01066++(plastid)
882884.SARI_00222+ER
882884.SARI_02390(+)+ER
882884.SARI_00415(PF10662)(mitochondrial)
882884.SARI_03144+ER
882884.SARI_02637+(mitochondrial)
882884.SARI_01604+ER
882884.SARI_01429(>)ER
882884.SARI_00173+(mitochondrial)
882884.SARI_02551+ER
882884.SARI_02953PF05935(mitochondrial); mitochondrial
882884.SARI_02912(<)ER
882884.SARI_03973+ER
882884.SARI_01097(>)ER
882884.SARI_01091+mitochondrial
882884.SARI_01410(PF06884)ER
882884.SARI_03420(>)ER
882884.SARI_00386+(mitochondrial)
882884.SARI_03126(<)ER
882884.SARI_03622(>)(mitochondrial)
882884.SARI_04332+ER
882884.SARI_01392+(mitochondrial)
882884.SARI_03950+(ER)
882884.SARI_03221(+)ER
882884.SARI_03225(<)(ER)
882884.SARI_00968+(plastid)
882884.SARI_00364+(mitochondrial)
882884.SARI_00106+(<)
882884.SARI_00630++
882884.SARI_04376+(PF03222)
882884.SARI_01113(PF03313) (PF03315)
882884.SARI_00089++
882884.SARI_04031(+)(mitochondrial)
882884.SARI_02240(PF01276) (PF03711)
882884.SARI_00834+(>)
882884.SARI_04484(PF03738)(ER)
882884.SARI_00659(+)(ER)
882884.SARI_00652+plastid
882884.SARI_03178+(ER)
882884.SARI_03268++
882884.SARI_02227(>)(mitochondrial)
882884.SARI_00253++
882884.SARI_00076+(plastid)
882884.SARI_04151+(>)
882884.SARI_02230+(mitochondrial)
882884.SARI_01021(+)(mitochondrial)
882884.SARI_02982(+)(mitochondrial); mitochondrial
882884.SARI_00317(PF01276) (PF03711)
882884.SARI_04211+(mitochondrial)
882884.SARI_03335++
882884.SARI_02201(PF05034) (PF07476)
882884.SARI_00163+(>)
882884.SARI_03945(+)(>)(plastid)
882884.SARI_04442(+)mitochondrial; (mitochondrial)
882884.SARI_01485+(mitochondrial); not used
882884.SARI_01480+(PF03538)
882884.SARI_01313(+)+(mitochondrial)
882884.SARI_01461+(plastid)
882884.SARI_01469(+)(ER)
882884.SARI_01915(+)(mitochondrial)
882884.SARI_03833+(mitochondrial)
882884.SARI_04508(+)(mitochondrial)
882884.SARI_04509(+)ER; (ER)
882884.SARI_00734(+)ER
882884.SARI_04345+(PF03222)
882884.SARI_01581+(plastid)
882884.SARI_02768(PF01276) (PF03711)
882884.SARI_03361(PF01276) (PF03711)
882884.SARI_02019+(mitochondrial); not used
882884.SARI_02579(PF01527)(mitochondrial)
882884.SARI_01657(+)mitochondrial; (mitochondrial)
882884.SARI_00096(+)ER
882884.SARI_04084+(plastid)
882884.SARI_02566(+)(mitochondrial); (plastid)
882884.SARI_03145(+)ER
882884.SARI_02035(PF01527)(mitochondrial)
882884.SARI_03112+(mitochondrial)
882884.SARI_01737(+)ER; (ER)
882884.SARI_01552+(mitochondrial)
882884.SARI_03177+(mitochondrial); not used
882884.SARI_00556(<)(mitochondrial); not used
882884.SARI_03603(<)(mitochondrial)
882884.SARI_03151(+)+(mitochondrial)
882884.SARI_03627(+)ER
882884.SARI_03946(+)(mitochondrial); (plastid)
882884.SARI_00979+plastid
882884.SARI_03414++
882884.SARI_01084+(mitochondrial)
882884.SARI_00976++
882884.SARI_03956+PF05935
882884.SARI_00627+plastid
882884.SARI_02668(PF13384)
882884.SARI_02065+
882884.SARI_02932+not used
882884.SARI_02981+
882884.SARI_02664+
882884.SARI_02662(+)(mitochondrial)
882884.SARI_00963+
882884.SARI_01163+
882884.SARI_01167+
882884.SARI_00295(>)
882884.SARI_03602+
882884.SARI_01210+
882884.SARI_00589+
882884.SARI_00032+
882884.SARI_03032+
882884.SARI_03728+
882884.SARI_00634+
882884.SARI_04337(<)
882884.SARI_02450+
882884.SARI_02852+
882884.SARI_02853(+)(<)
882884.SARI_02678+
882884.SARI_02679(+)(mitochondrial)
882884.SARI_02675(PF04098)
882884.SARI_02959(+)PF05935
882884.SARI_00914+not used
882884.SARI_00911+
882884.SARI_01191(<)
882884.SARI_00353+
882884.SARI_01511(+)(<)
882884.SARI_01994(+)(ER)
882884.SARI_03257+
882884.SARI_04032+
882884.SARI_00646(PF00959)
882884.SARI_03022+
882884.SARI_03846+
882884.SARI_02517(>)
882884.SARI_03840+
882884.SARI_02860(<)
882884.SARI_02640+
882884.SARI_02647+
882884.SARI_00225+
882884.SARI_03876+
882884.SARI_01521+
882884.SARI_01524+
882884.SARI_00837(+)(plastid)
882884.SARI_01236(PF01527)
882884.SARI_04131+
882884.SARI_04487(+)(mitochondrial)
882884.SARI_00656(+)(PF03538)
882884.SARI_00654(PF12255)
882884.SARI_00655+
882884.SARI_03629(+)(<)
882884.SARI_04007(PF03222)
882884.SARI_02504+
882884.SARI_02475+
882884.SARI_03012+
882884.SARI_02096(+)(mitochondrial)
882884.SARI_02654(PF13455)
882884.SARI_02656(PF00959)
882884.SARI_00651(+)plastid
882884.SARI_01751+
882884.SARI_03554+
882884.SARI_00363(PF16485)
882884.SARI_00805(>)
882884.SARI_00333(>)
882884.SARI_04491+
882884.SARI_00796(+)+
882884.SARI_00667(+)(mitochondrial)
882884.SARI_03461+
882884.SARI_04303+
882884.SARI_03046(+)(mitochondrial); not used
882884.SARI_02718+
882884.SARI_02316+
882884.SARI_03378(+)(plastid)
882884.SARI_02790+
882884.SARI_02792+
882884.SARI_02363+
882884.SARI_01850(>)
882884.SARI_02135+
882884.SARI_00105+
882884.SARI_00925+
882884.SARI_00920+
882884.SARI_00923+
882884.SARI_03008+
882884.SARI_03925(PF06176)
882884.SARI_00810+
882884.SARI_00819+not used
882884.SARI_01782+
882884.SARI_02157+
882884.SARI_00114+
882884.SARI_00251+
882884.SARI_01814+
882884.SARI_01813+
882884.SARI_01819+
882884.SARI_01818+
882884.SARI_04155(<)not used
882884.SARI_03785(<)
882884.SARI_03252(+)+
882884.SARI_03258(PF03738)not used
882884.SARI_02415+
882884.SARI_03647+
882884.SARI_02418(>)
882884.SARI_02786+
882884.SARI_03326(PF01527)
882884.SARI_03321+
882884.SARI_02123+
882884.SARI_02125+
882884.SARI_01416+
882884.SARI_01418+
882884.SARI_01330+
882884.SARI_00869(>)
882884.SARI_00261+
882884.SARI_00319+
882884.SARI_03587+
882884.SARI_01808+
882884.SARI_03853+
882884.SARI_00443(>)
882884.SARI_00442+
882884.SARI_04366+
882884.SARI_03405(>)
882884.SARI_03883+
882884.SARI_03885+
882884.SARI_03089(+)plastid
882884.SARI_02429+
882884.SARI_03116+
882884.SARI_03334+
882884.SARI_02203(+)(PF14330)
882884.SARI_02685+
882884.SARI_02684+
882884.SARI_03435+
882884.SARI_00874+
882884.SARI_00347+
882884.SARI_01018+
882884.SARI_01479(PF00959)not used
882884.SARI_01273(PF01527)
882884.SARI_01274+
882884.SARI_00270(PF14328)
882884.SARI_01900+
882884.SARI_00696+
882884.SARI_00055(PF01527)
882884.SARI_04511(+)(plastid)
882884.SARI_03500+not used
882884.SARI_02212+
882884.SARI_02691(>)
882884.SARI_04441(PF03738)
882884.SARI_04557+
882884.SARI_04559+
882884.SARI_01319(>)
882884.SARI_01646+
882884.SARI_01312(+)+
882884.SARI_00843+
882884.SARI_00845+
882884.SARI_00619+
882884.SARI_00207+
882884.SARI_02333+
882884.SARI_00428(>)
882884.SARI_04189(+)+
882884.SARI_02931+
882884.SARI_03355(<)
882884.SARI_02352+
882884.SARI_02175(+)(ER); not used
882884.SARI_01917+
882884.SARI_02007+
882884.SARI_04637+
882884.SARI_02757+
882884.SARI_01821+
882884.SARI_04609+
882884.SARI_01827(+)(plastid)
882884.SARI_01825+
882884.SARI_01674+
882884.SARI_01583(+)+
882884.SARI_01919+
882884.SARI_00413+
882884.SARI_00064+
882884.SARI_00067+
882884.SARI_01299+
882884.SARI_01857+
882884.SARI_00211(+)(ER)
882884.SARI_01922+
882884.SARI_03748(<)
882884.SARI_03740(>)
882884.SARI_04245+
882884.SARI_02767(>)
882884.SARI_02347+
882884.SARI_02167+
882884.SARI_02164+
882884.SARI_04367(<)not used
882884.SARI_00091+
882884.SARI_02801+
882884.SARI_04465(>)
882884.SARI_01844+
882884.SARI_00534+
882884.SARI_00886+not used
882884.SARI_00220(>)
882884.SARI_00110+
882884.SARI_01939+
882884.SARI_00404(+)(plastid)
882884.SARI_00159+
882884.SARI_03995+
882884.SARI_00087(PF07720)
882884.SARI_00715(PF13384)
882884.SARI_04411+
882884.SARI_04263+
882884.SARI_03373+
882884.SARI_03819(>)
882884.SARI_02395(+)+
882884.SARI_02625(+)(PF00959)
882884.SARI_04286+
882884.SARI_03423+
882884.SARI_03318(+)(plastid)
882884.SARI_00891(PF01527)not used
882884.SARI_01306+
882884.SARI_01947+
882884.SARI_00090+
882884.SARI_04026+
882884.SARI_00707(PF01527)
882884.SARI_04393(PF01527)
882884.SARI_02960+
882884.SARI_02961+
882884.SARI_04693+
882884.SARI_02494+
882884.SARI_02493+
882884.SARI_02383(<)not used
882884.SARI_02632+
882884.SARI_02146(PF01527)
882884.SARI_02635(PF01527)
882884.SARI_03400(+)+
882884.SARI_02038+
882884.SARI_03442+
882884.SARI_03566+
882884.SARI_01133(<)
882884.SARI_01135+
882884.SARI_00555+
882884.SARI_02558+
882884.SARI_02555(<)
882884.SARI_02553+
882884.SARI_03415+
882884.SARI_04381(PF03313)
882884.SARI_04386(PF01527)
882884.SARI_00605(+)+
882884.SARI_03157(>)
882884.SARI_02915+
882884.SARI_02608(+)(>)
882884.SARI_02731+
882884.SARI_02738+
882884.SARI_02048+
882884.SARI_04687+
882884.SARI_01882(+)(<)
882884.SARI_01382+
882884.SARI_04004+
882884.SARI_01894+
882884.SARI_01565(>)
882884.SARI_03422(>)
882884.SARI_03517(<)
882884.SARI_01049+
882884.SARI_00766+
882884.SARI_02946+
882884.SARI_03127+
882884.SARI_02613+not used
882884.SARI_00051+
882884.SARI_00959+
882884.SARI_01692+
882884.SARI_03974+
882884.SARI_03504(+)(<)
882884.SARI_01628+
882884.SARI_02370+
882884.SARI_01710+
882884.SARI_01714+
882884.SARI_01716(+)plastid
882884.SARI_04328+
882884.SARI_01086+
882884.SARI_01390+
882884.SARI_04394+
882884.SARI_01151+
882884.SARI_01573+
882884.SARI_01576(>)
882884.SARI_00287+
882884.SARI_01978(+)+
882884.SARI_04450(+)(mitochondrial)
882884.SARI_03139+
882884.SARI_03132+
882884.SARI_02443+
882884.SARI_04290+
882884.SARI_02741(+)
882884.SARI_02589(+)
882884.SARI_00966(+)
882884.SARI_01364(+)
882884.SARI_00293(+)not used
882884.SARI_01984(+)not used
882884.SARI_03033(+)
882884.SARI_03100(+)
882884.SARI_03854(+)
882884.SARI_03219(+)
882884.SARI_02299(+)
882884.SARI_02279(+)
882884.SARI_02072(+)
882884.SARI_04383(+)
882884.SARI_00918(+)
882884.SARI_04388(+)
882884.SARI_01376(+)
882884.SARI_01197(+)
882884.SARI_00354(+)
882884.SARI_00822(+)
882884.SARI_04585(+)
882884.SARI_04030(+)
882884.SARI_02467(+)
882884.SARI_03596(+)
882884.SARI_03491(+)
882884.SARI_02243(+)
882884.SARI_00888(+)not used
882884.SARI_03877(+)
882884.SARI_03907(+)
882884.SARI_04040(+)
882884.SARI_01349(+)
882884.SARI_01346(+)
882884.SARI_04309(+)
882884.SARI_02735(+)
882884.SARI_00340(+)
882884.SARI_04546(+)
882884.SARI_04622(+)
882884.SARI_03690(+)
882884.SARI_03055(+)
882884.SARI_03875(+)
882884.SARI_03275(+)
882884.SARI_02896(+)
882884.SARI_02658(+)
882884.SARI_03473(+)
882884.SARI_01577(+)
882884.SARI_03573(+)
882884.SARI_01734(+)not used
882884.SARI_03408(+)not used
882884.SARI_01682(+)
882884.SARI_01534(+)
882884.SARI_04490(+)
882884.SARI_00795(+)
882884.SARI_03464(+)
882884.SARI_02314(+)
882884.SARI_04592(+)
882884.SARI_02795(+)
882884.SARI_03289(+)
882884.SARI_03812(+)not used
882884.SARI_03407(+)
882884.SARI_00103(+)
882884.SARI_03969(+)
882884.SARI_04161(+)
882884.SARI_03678(+)
882884.SARI_00071(+)
882884.SARI_00745(+)
882884.SARI_04159(+)
882884.SARI_00471(+)
882884.SARI_03784(+)
882884.SARI_03780(+)
882884.SARI_04023(+)
882884.SARI_03893(+)
882884.SARI_02419(+)
882884.SARI_03327(+)
882884.SARI_03320(+)
882884.SARI_02122(+)
882884.SARI_02128(+)not used
882884.SARI_00731(+)not used
882884.SARI_02548(+)
882884.SARI_01419(+)
882884.SARI_01148(+)
882884.SARI_03851(+)
882884.SARI_01806(+)
882884.SARI_03798(+)
882884.SARI_03796(+)
882884.SARI_04563(+)
882884.SARI_04567(+)
882884.SARI_02205(+)
882884.SARI_02209(+)
882884.SARI_01047(+)
882884.SARI_01497(+)not used
882884.SARI_00898(+)
882884.SARI_01309(+)not used
882884.SARI_00875(+)
882884.SARI_03631(+)
882884.SARI_01473(+)
882884.SARI_04175(+)
882884.SARI_00450(+)
882884.SARI_04195(+)
882884.SARI_00057(+)
882884.SARI_00448(+)
882884.SARI_02435(+)
882884.SARI_04359(+)
882884.SARI_03349(+)
882884.SARI_02108(+)
882884.SARI_03480(+)
882884.SARI_04598(+)
882884.SARI_04156(+)
882884.SARI_01318(+)
882884.SARI_04213(+)
882884.SARI_01468(+)
882884.SARI_02339(+)
882884.SARI_01861(+)
882884.SARI_04167(+)
882884.SARI_00425(+)
882884.SARI_00422(+)
882884.SARI_04183(+)not used
882884.SARI_04340a(+)
882884.SARI_00232(+)
882884.SARI_00855(+)
882884.SARI_00851(+)
882884.SARI_01125(+)
882884.SARI_00988(+)
882884.SARI_01293(+)
882884.SARI_00217(+)
882884.SARI_00528(+)
882884.SARI_00436(+)
882884.SARI_03637(+)
882884.SARI_04536(+)
882884.SARI_02905(+)
882884.SARI_03360(+)
882884.SARI_00662(+)
882884.SARI_02013(+)
882884.SARI_04362(+)
882884.SARI_01663(+)
882884.SARI_04467(+)
882884.SARI_01069(+)
882884.SARI_01447(+)
882884.SARI_03624(+)
882884.SARI_02574(+)
882884.SARI_02487(+)
882884.SARI_03375(+)
882884.SARI_02716(+)
882884.SARI_02711(+)
882884.SARI_02033(+)
882884.SARI_02026(+)
882884.SARI_00088(+)
882884.SARI_01619(+)
882884.SARI_02384(+)
882884.SARI_02598(+)
882884.SARI_04619(+)
882884.SARI_04650(+)
882884.SARI_01650(+)
882884.SARI_00230(+)
882884.SARI_00417(+)
882884.SARI_00524(+)
882884.SARI_00095(+)
882884.SARI_00098(+)
882884.SARI_00703(+)
882884.SARI_04469(+)
882884.SARI_04395(+)not used
882884.SARI_01400(+)
882884.SARI_00099(+)
882884.SARI_01158(+)
882884.SARI_03110(+)
882884.SARI_03842(+)
882884.SARI_01555(+)
882884.SARI_03975(+)not used
882884.SARI_01957(+)
882884.SARI_03608(+)
882884.SARI_03605(+)
882884.SARI_03771(+)
882884.SARI_04380(+)
882884.SARI_02951(+)
882884.SARI_03158(+)
882884.SARI_00606(+)
882884.SARI_03153(+)
882884.SARI_03550(+)
882884.SARI_02736(+)
882884.SARI_03551(+)
882884.SARI_02707(+)not used
882884.SARI_04089(+)
882884.SARI_01706(+)
882884.SARI_01704(+)not used
882884.SARI_01092(+)
882884.SARI_01147(+)
882884.SARI_04676(+)
882884.SARI_03957(+)
882884.SARI_01890(+)
882884.SARI_00167(+)
882884.SARI_03941(+)
882884.SARI_03494(+)
882884.SARI_03497(+)
882884.SARI_02940(+)
882884.SARI_03838(+)
882884.SARI_04278(+)
882884.SARI_03237(+)
882884.SARI_04516(+)
882884.SARI_03150(+)
882884.SARI_01080(+)
882884.SARI_00370(+)
882884.SARI_01570(+)
882884.SARI_00286(+)
882884.SARI_04351(+)
882884.SARI_01970(+)
882884.SARI_00573(+)
882884.SARI_00023(+)
882884.SARI_03003(+)
882884.SARI_02535(+)
882884.SARI_02537(+)
882884.SARI_04291(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 2.0 (20/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.5 (20/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================