Effective results for Streptococcus urinalis 2285-97 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 131
- Predicted by T4SEpre: 142
- Predicted by EffectiveELD: 9 eukaryotic-like domains, contained in 24 proteins (13 high, 11 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type IV)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
764291.STRUR_0888				PF05257	ER
764291.STRUR_0406			+		ER
764291.STRUR_0897			+		ER
764291.STRUR_0204			+		mitochondrial
764291.STRUR_0276			+		ER
764291.STRUR_0076			+		ER
764291.STRUR_0290				(PF00344)	ER
764291.STRUR_1844			+		ER
764291.STRUR_1117			+		ER; (ER)
764291.STRUR_1202			+		(mitochondrial)
764291.STRUR_1063				PF05257	(ER)
764291.STRUR_1273			+		ER
764291.STRUR_1797				PF05257	ER
764291.STRUR_0680				(PF02773) (PF00438) (PF02772)
764291.STRUR_0344			+		ER
764291.STRUR_2057			+		ER
764291.STRUR_2220				(PF00344)	mitochondrial
764291.STRUR_1983			+		ER
764291.STRUR_1596				(PF02773) (PF00438) (PF02772)
764291.STRUR_0264			+		ER
764291.STRUR_1995			+		ER
764291.STRUR_1977			+		mitochondrial
764291.STRUR_1426				PF05257	ER
764291.STRUR_0004			+		ER
764291.STRUR_0483			+		ER
764291.STRUR_0946			+		(ER); ER
764291.STRUR_0499			+		mitochondrial
764291.STRUR_0150				(PF08124)	ER
764291.STRUR_0718				(PF02773) (PF00438) (PF02772)
764291.STRUR_0447			+		ER
764291.STRUR_1726			+		ER
764291.STRUR_0259			+		ER; (ER)
764291.STRUR_0038			+		mitochondrial; (mitochondrial)
764291.STRUR_0659			+		ER
764291.STRUR_2283				PF05257	ER; (ER)
764291.STRUR_0284			+		(mitochondrial); (plastid)
764291.STRUR_0246			+		(mitochondrial)
764291.STRUR_1962				PF05257	plastid
764291.STRUR_1976			+		(mitochondrial)
764291.STRUR_0393			+		(plastid)
764291.STRUR_0488			+		(ER)
764291.STRUR_0838				PF05257	(mitochondrial)
764291.STRUR_0846			+		(ER)
764291.STRUR_1814			+		(ER)
764291.STRUR_1542			+		(mitochondrial)
764291.STRUR_0145				(PF03894)	(mitochondrial)
764291.STRUR_0476			+
764291.STRUR_2221			+
764291.STRUR_1249			+
764291.STRUR_0402			+
764291.STRUR_0313			+
764291.STRUR_0084			+
764291.STRUR_2106			+
764291.STRUR_2103			+
764291.STRUR_1075			+
764291.STRUR_0099			+
764291.STRUR_0298			+
764291.STRUR_2007			+
764291.STRUR_2268			+
764291.STRUR_1205				PF05257
764291.STRUR_1686			+
764291.STRUR_1661			+
764291.STRUR_1664			+
764291.STRUR_0429			+
764291.STRUR_1493			+
764291.STRUR_2126			+
764291.STRUR_1277			+
764291.STRUR_1654			+
764291.STRUR_0786			+
764291.STRUR_0787			+
764291.STRUR_0780			+
764291.STRUR_0701			+
764291.STRUR_0327			+
764291.STRUR_0912			+
764291.STRUR_2068			+
764291.STRUR_1318			+
764291.STRUR_2075			+
764291.STRUR_2219			+
764291.STRUR_2215			+
764291.STRUR_0127			+
764291.STRUR_2194				PF00910
764291.STRUR_2191			+
764291.STRUR_0808			+
764291.STRUR_0579			+
764291.STRUR_1963			+
764291.STRUR_2182			+
764291.STRUR_2239			+
764291.STRUR_1183			+
764291.STRUR_0212			+
764291.STRUR_1762			+
764291.STRUR_0102			+
764291.STRUR_0107			+
764291.STRUR_0581			+
764291.STRUR_1296			+
764291.STRUR_0560			+
764291.STRUR_0565			+
764291.STRUR_1990			+
764291.STRUR_1993			+
764291.STRUR_0954			+
764291.STRUR_2084				PF05257
764291.STRUR_1514				PF05257
764291.STRUR_0482			+
764291.STRUR_1520			+
764291.STRUR_1940			+
764291.STRUR_0940			+
764291.STRUR_1568				PF05257
764291.STRUR_0381			+
764291.STRUR_0690			+
764291.STRUR_1958			+
764291.STRUR_0151				(PF08124)
764291.STRUR_0719				(PF02773)	not used
764291.STRUR_0029			+
764291.STRUR_0857			+
764291.STRUR_0851			+
764291.STRUR_0144				(PF03894)	not used
764291.STRUR_0143				(PF03894)
764291.STRUR_1031			+
764291.STRUR_1006			+
764291.STRUR_0282			+
764291.STRUR_0995			+
764291.STRUR_0860			+
764291.STRUR_0867			+
764291.STRUR_0869			+
764291.STRUR_1482			+
764291.STRUR_1480			+
764291.STRUR_0041			+
764291.STRUR_0196			+
764291.STRUR_1837				PF02916
764291.STRUR_1357			+
764291.STRUR_1902			+
764291.STRUR_1909			+

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: N.D.
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0 (0/0 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================