Effective results for Desulfomicrobium baculatum DSM 4028 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 149
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 23 eukaryotic-like domains, contained in 149 proteins (1 high, 148 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
525897.Dbac_2256(PF02754) (PF12838)mitochondrial
525897.Dbac_2345(PF13187) (PF12838)(ER)
525897.Dbac_0730(PF13683)(mitochondrial)
525897.Dbac_1887(PF02080)ER
525897.Dbac_2039(PF00158)mitochondrial; ER
525897.Dbac_3290(PF13683)mitochondrial
525897.Dbac_0052(PF13188)ER
525897.Dbac_1635(PF02080)(mitochondrial)
525897.Dbac_3416(PF13188)(mitochondrial)
525897.Dbac_2351(PF02080)ER
525897.Dbac_1027(PF13683)mitochondrial
525897.Dbac_1155(PF13683)mitochondrial
525897.Dbac_2912(PF00862)ER
525897.Dbac_1490(PF13683)mitochondrial
525897.Dbac_0848(PF13187)(mitochondrial)
525897.Dbac_3302(PF00158)(mitochondrial)
525897.Dbac_0339(PF02080)(ER); (mitochondrial)
525897.Dbac_0336(PF13188)ER
525897.Dbac_1177(PF02080)ER
525897.Dbac_1945(PF02080)ER
525897.Dbac_1161(PF12838)ER
525897.Dbac_2090(PF02080)ER
525897.Dbac_0221(PF13683)mitochondrial
525897.Dbac_0551(PF12838)(mitochondrial)
525897.Dbac_2623(PF12838)(mitochondrial)
525897.Dbac_2324(PF13188)ER
525897.Dbac_3265(PF02516)ER
525897.Dbac_1988(PF01326)mitochondrial
525897.Dbac_0975(PF13188)ER
525897.Dbac_2079(PF02080)mitochondrial
525897.Dbac_0128(PF14307)mitochondrial; plastid
525897.Dbac_2652(PF13188)ER
525897.Dbac_0383(PF13683)mitochondrial
525897.Dbac_2130(PF13188)(ER)
525897.Dbac_1076(PF00158)(plastid)
525897.Dbac_2348(PF13187) (PF12838)
525897.Dbac_2548(PF04432) (PF12838)
525897.Dbac_3084(PF00731)(plastid)
525897.Dbac_1999(PF13188) (PF00158)
525897.Dbac_3469(PF10609)plastid
525897.Dbac_1561(PF02754) (PF13534)
525897.Dbac_0573(PF02754) (PF13534)
525897.Dbac_1424(PF13188)(mitochondrial)
525897.Dbac_1431(PF13188) (PF00158)
525897.Dbac_1725(PF02754) (PF12838)
525897.Dbac_2712(PF13188)(plastid)
525897.Dbac_2263(PF00158)
525897.Dbac_2266(PF00158)
525897.Dbac_2644(PF00158)
525897.Dbac_2640(PF00158)
525897.Dbac_1267(PF03031)
525897.Dbac_1047(PF02754)
525897.Dbac_1289(PF13683)
525897.Dbac_0077(PF02943)
525897.Dbac_1919(PF03063)
525897.Dbac_3197(PF13187)
525897.Dbac_0087(PF12838)
525897.Dbac_0874(PF01326)
525897.Dbac_2112(PF08392)
525897.Dbac_2589(PF00158)
525897.Dbac_1833(PF00158)
525897.Dbac_1832(PF00158)
525897.Dbac_2340(PF00158)
525897.Dbac_2343(PF02754)
525897.Dbac_2344(PF13534)
525897.Dbac_2346(PF13534)
525897.Dbac_0271(PF13534)
525897.Dbac_1585(PF00158)
525897.Dbac_1128(PF10609)
525897.Dbac_0454(PF13187)
525897.Dbac_0866(PF13188)
525897.Dbac_0212(PF01326)
525897.Dbac_2163(PF00158)
525897.Dbac_2350(PF00158)
525897.Dbac_0265(PF00731)
525897.Dbac_1023(PF02754)
525897.Dbac_2917(PF01326)
525897.Dbac_0852(PF04432)
525897.Dbac_3226(PF00158)
525897.Dbac_3099(PF12838)
525897.Dbac_3091(PF00158)
525897.Dbac_1031(PF13188)
525897.Dbac_3438(PF00158)
525897.Dbac_0849(PF02754)
525897.Dbac_2143(PF00158)
525897.Dbac_3301(PF00731)
525897.Dbac_0335(PF00158)
525897.Dbac_0334(PF12838)
525897.Dbac_2554(PF14307)
525897.Dbac_3444(PF01326)
525897.Dbac_0831(PF13188)
525897.Dbac_2154(PF00158)
525897.Dbac_3338(PF13188)
525897.Dbac_2300(PF10609)
525897.Dbac_2302(PF00158)
525897.Dbac_3200(PF13187)
525897.Dbac_3201(PF13187)
525897.Dbac_1042(PF00158)
525897.Dbac_1017(PF00158)
525897.Dbac_1545(PF00158)
525897.Dbac_0166(PF12838)
525897.Dbac_0167(PF12838)
525897.Dbac_1789(PF02754)
525897.Dbac_2948(PF13534)
525897.Dbac_2942(PF00158)
525897.Dbac_2941(PF03063)
525897.Dbac_3323(PF00158)
525897.Dbac_0318(PF00158)
525897.Dbac_3120(PF13188)
525897.Dbac_0566(PF02754)
525897.Dbac_0107(PF16561)
525897.Dbac_1365(PF00158)
525897.Dbac_1216(PF02754)
525897.Dbac_2984(PF00158)
525897.Dbac_2517PF13513
525897.Dbac_0375(PF13187)
525897.Dbac_0115(PF01697)
525897.Dbac_1353(PF02080)
525897.Dbac_1425(PF13188)
525897.Dbac_1226(PF00158)
525897.Dbac_0596(PF03063)
525897.Dbac_0594(PF00158)
525897.Dbac_2192(PF13683)
525897.Dbac_2195(PF00158)
525897.Dbac_2045(PF01326)
525897.Dbac_2044(PF01326)
525897.Dbac_2455(PF02080)
525897.Dbac_1432(PF13188)
525897.Dbac_1436(PF13534)
525897.Dbac_1435(PF02754)
525897.Dbac_1505(PF00158)
525897.Dbac_1729(PF02754)
525897.Dbac_1236(PF13683)
525897.Dbac_1886(PF01326)
525897.Dbac_2288(PF00158)
525897.Dbac_0280(PF12838)
525897.Dbac_2666(PF00158)
525897.Dbac_2713(PF00158)
525897.Dbac_1533(PF16561)
525897.Dbac_0628(PF00158)
525897.Dbac_3012(PF13188)
525897.Dbac_1877(PF16184)
525897.Dbac_1879(PF16184)
525897.Dbac_2653(PF00158)
525897.Dbac_2720(PF12838)
525897.Dbac_1092(PF00158)
525897.Dbac_1410(PF13188)
525897.Dbac_0934(PF03063)
525897.Dbac_2127(PF12838)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================