Effective results for Providencia stuartii ATCC 25827 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 872
- Predicted by EffectiveT3: 218 (high confidence), 336 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 49 within, 27 before, 57 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 149
- Predicted by EffectiveELD: 20 eukaryotic-like domains, contained in 111 proteins (78 high, 33 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
471874.PROSTU_00961		(<)		PF00577	ER
471874.PROSTU_01810			+	PF00577	(mitochondrial)
471874.PROSTU_00576		(<)	+		ER
471874.PROSTU_04638	+	(>)	+	PF00577
471874.PROSTU_02560		+			ER
471874.PROSTU_03162			+		mitochondrial
471874.PROSTU_01543		(>)			ER
471874.PROSTU_02019	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_00846	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_00844			+		(ER)
471874.PROSTU_00621				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_00887			+		ER
471874.PROSTU_02957				(PF02450)	mitochondrial; (mitochondrial)
471874.PROSTU_04725				PF00577	ER
471874.PROSTU_04724				PF00345	ER
471874.PROSTU_02179			+		ER
471874.PROSTU_02174			+		(ER)
471874.PROSTU_02570	+	+			(plastid)
471874.PROSTU_04508				PF00577	ER
471874.PROSTU_03629				PF00345	ER
471874.PROSTU_03620			+		mitochondrial
471874.PROSTU_00437		(>)			ER
471874.PROSTU_03010	+				(ER)
471874.PROSTU_01624		(>)			ER
471874.PROSTU_01236				PF00345	ER
471874.PROSTU_04734				PF00577	(ER)
471874.PROSTU_04735				PF00345	ER
471874.PROSTU_01363			+		ER
471874.PROSTU_01367				(PF03222)	(ER)
471874.PROSTU_02497				PF00345	ER
471874.PROSTU_01566			+		ER
471874.PROSTU_03636				PF00345	ER; (ER)
471874.PROSTU_03703		+			ER
471874.PROSTU_03525				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_03031		(>)			(ER); ER
471874.PROSTU_04823			+		(ER)
471874.PROSTU_02939		(>)			ER
471874.PROSTU_04705		(>)			ER
471874.PROSTU_03860			+		ER
471874.PROSTU_02482				PF00345	ER
471874.PROSTU_02152			+		mitochondrial
471874.PROSTU_04482				(PF12762)	ER
471874.PROSTU_04077			+		ER
471874.PROSTU_00566				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_00960				PF00345	(ER)
471874.PROSTU_04088				PF00345	ER
471874.PROSTU_04087				PF00577	(ER)
471874.PROSTU_04082			+		ER
471874.PROSTU_04666			+		(mitochondrial)
471874.PROSTU_03720		+			mitochondrial
471874.PROSTU_01902			+		mitochondrial
471874.PROSTU_01893			+		ER
471874.PROSTU_00977	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_03540			+		ER
471874.PROSTU_00190				PF00577	ER
471874.PROSTU_00191				PF00345	ER
471874.PROSTU_04070	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_04509				PF00345	ER
471874.PROSTU_04056		(>)			ER
471874.PROSTU_01119		+			ER
471874.PROSTU_01625				PF00577	(ER); ER
471874.PROSTU_01626				PF00345	(ER)
471874.PROSTU_04038			+		ER
471874.PROSTU_03289	+				ER
471874.PROSTU_03515		(>)			(ER)
471874.PROSTU_00506			+		(mitochondrial)
471874.PROSTU_02850		(<)			ER
471874.PROSTU_04040				PF00345	ER
471874.PROSTU_02178		+			ER
471874.PROSTU_01630		(>)			ER
471874.PROSTU_02454				PF00345	ER
471874.PROSTU_01926				(PF12762)	ER; (ER)
471874.PROSTU_03070				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_03674		+			(ER)
471874.PROSTU_01811				PF00345	(mitochondrial)
471874.PROSTU_03098				(PF03222)	ER
471874.PROSTU_04214	+				ER
471874.PROSTU_04851				PF00577	ER
471874.PROSTU_04036			+		ER
471874.PROSTU_03937		(>)			mitochondrial
471874.PROSTU_04043				PF00345	ER
471874.PROSTU_04041				PF00577	ER
471874.PROSTU_02683			+		ER
471874.PROSTU_03536		+			ER
471874.PROSTU_00520				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_00460	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_00788			+		ER
471874.PROSTU_00013		(>)			(mitochondrial)
471874.PROSTU_01014				PF00345	mitochondrial
471874.PROSTU_02271		(>)			ER
471874.PROSTU_02655				PF00577	ER
471874.PROSTU_02654				PF00345	ER
471874.PROSTU_02650				PF00345	ER
471874.PROSTU_02653				PF00345	ER
471874.PROSTU_03652		(>)			(ER)
471874.PROSTU_02607		(>)			ER
471874.PROSTU_04520		+			ER
471874.PROSTU_00828				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_00533				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_04060			+		ER
471874.PROSTU_01689		+			ER
471874.PROSTU_03681			+		ER
471874.PROSTU_00643			+		ER
471874.PROSTU_03353			+		ER
471874.PROSTU_03352			+		ER
471874.PROSTU_00493		(>)			ER
471874.PROSTU_04421			+		ER
471874.PROSTU_01071				(PF12762)	ER
471874.PROSTU_04089		(<)			ER
471874.PROSTU_02255	+	+		PF00620
471874.PROSTU_01503				(PF02450)	mitochondrial; (mitochondrial)
471874.PROSTU_02746		(>)			ER
471874.PROSTU_00807		+			mitochondrial
471874.PROSTU_02337			+		ER
471874.PROSTU_04766				PF00345	ER
471874.PROSTU_01991				PF00345	ER
471874.PROSTU_01990				PF00577	ER; (ER)
471874.PROSTU_01036		(>)			ER
471874.PROSTU_00474	+	(>)		PF09612
471874.PROSTU_01064		(>)			(ER); ER
471874.PROSTU_04541		(>)			ER
471874.PROSTU_01451			+		ER
471874.PROSTU_03964				PF00345	ER
471874.PROSTU_03963				PF00577	mitochondrial; (mitochondrial)
471874.PROSTU_02496				PF00577	ER
471874.PROSTU_01237				PF00577	(mitochondrial)
471874.PROSTU_01526			+		ER
471874.PROSTU_02467		+			(ER)
471874.PROSTU_03565			+		ER
471874.PROSTU_00916				PF03400	mitochondrial; (mitochondrial)
471874.PROSTU_00594	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_02793		(>)			ER
471874.PROSTU_04637			+		ER
471874.PROSTU_04636	(+)			PF00345	(ER); (plastid)
471874.PROSTU_04120				PF03400	(mitochondrial)
471874.PROSTU_02513	+		+		(plastid)
471874.PROSTU_02510				(PF03222)	(ER)
471874.PROSTU_00301			+		ER
471874.PROSTU_01955		+			(mitochondrial)
471874.PROSTU_03556				PF00345	ER
471874.PROSTU_03553				PF00345	ER
471874.PROSTU_03392			+		ER
471874.PROSTU_03390				PF00345	ER
471874.PROSTU_03396		+			ER
471874.PROSTU_04058			+		(ER)
471874.PROSTU_00359	+				(ER)
471874.PROSTU_02706	(+)				ER
471874.PROSTU_03164	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_02013	(+)				ER; (ER)
471874.PROSTU_00847		+			(ER)
471874.PROSTU_02956	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_04652			+		(mitochondrial)
471874.PROSTU_02716	(+)				(mitochondrial); (plastid)
471874.PROSTU_03626	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_01756		+			(ER)
471874.PROSTU_03026		+
471874.PROSTU_03530		(<)			ER; not used
471874.PROSTU_00944	(+)	+			(plastid)
471874.PROSTU_03511			+		(ER)
471874.PROSTU_00162	+		+
471874.PROSTU_04601	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_04640	(+)				ER
471874.PROSTU_02036			+		(mitochondrial)
471874.PROSTU_02038	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_04220	+				plastid
471874.PROSTU_00375		(<)	+
471874.PROSTU_04037				PF00345	(ER)
471874.PROSTU_04095	+			PF10703
471874.PROSTU_03866		(<)			ER; not used
471874.PROSTU_03045		(>)			(ER)
471874.PROSTU_03877	+		+
471874.PROSTU_01904	+		+
471874.PROSTU_00404	+	(<)
471874.PROSTU_04205	+	+
471874.PROSTU_01117	(+)	(>)		(PF02657)
471874.PROSTU_01116	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_03063		(<)			(plastid)
471874.PROSTU_02334		(>)			(ER)
471874.PROSTU_00501		+
471874.PROSTU_04159	+				plastid
471874.PROSTU_01309	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_02455		+		PF00577
471874.PROSTU_02692	(+)	(<)			(mitochondrial)
471874.PROSTU_02274	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_02075		(<)	+
471874.PROSTU_03419	+	(>)
471874.PROSTU_00516	(+)				(ER)
471874.PROSTU_00332	+	(>)
471874.PROSTU_00039	+				(plastid)
471874.PROSTU_02113		(<)			(mitochondrial)
471874.PROSTU_02206	+				(mitochondrial)
471874.PROSTU_04573	(+)				ER
471874.PROSTU_02680		(>)		(PF02224)
471874.PROSTU_02068	+				plastid
471874.PROSTU_00527		(<)			(ER); not used
471874.PROSTU_01734	+				plastid
471874.PROSTU_01275	(+)				(ER)
471874.PROSTU_02907	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_02159	+				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_04833	(+)				(ER)
471874.PROSTU_03135		+	+
471874.PROSTU_00810	+		+
471874.PROSTU_01000		+			ER; not used
471874.PROSTU_02322	+				(ER)
471874.PROSTU_04831		+			(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_03750	(+)				ER
471874.PROSTU_00473	(+)				(ER); ER
471874.PROSTU_01667	+		+
471874.PROSTU_04408	(+)		+		(mitochondrial)
471874.PROSTU_04347		(<)			(mitochondrial)
471874.PROSTU_04600	+				(plastid)
471874.PROSTU_03562	+				(plastid)
471874.PROSTU_03564	(+)				(ER)
471874.PROSTU_02998				(PF03222)	(ER)
471874.PROSTU_00020	+		+
471874.PROSTU_00132				PF03400	(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_00131				PF03400	(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_03228	+				(plastid)
471874.PROSTU_04325			+		(mitochondrial)
471874.PROSTU_03552		(>)		PF00345
471874.PROSTU_00582	(+)				(ER); (plastid)
471874.PROSTU_03838			+		(ER)
471874.PROSTU_00140		(>)		(PF02657)	not used
471874.PROSTU_03835	+		+
471874.PROSTU_03943		+			(mitochondrial)
471874.PROSTU_02167	(+)				ER; not used
471874.PROSTU_01890		(>)
471874.PROSTU_02363			+
471874.PROSTU_02162	+				not used
471874.PROSTU_01940		+
471874.PROSTU_02015	(+)				plastid
471874.PROSTU_03546	(+)			(PF13683)	not used
471874.PROSTU_03499		(>)
471874.PROSTU_00445				(PF06176)
471874.PROSTU_00842				PF03981
471874.PROSTU_00623	+
471874.PROSTU_00718			+
471874.PROSTU_00710	+				not used
471874.PROSTU_00714	+				not used
471874.PROSTU_02986	+
471874.PROSTU_02952	+
471874.PROSTU_00159	+				not used
471874.PROSTU_01152	+
471874.PROSTU_01088	+				not used
471874.PROSTU_04174	+
471874.PROSTU_03849	+
471874.PROSTU_03847	+
471874.PROSTU_02378	+
471874.PROSTU_02572		(>)
471874.PROSTU_02578	(+)				(ER)
471874.PROSTU_03628				PF00577
471874.PROSTU_03716				PF03400
471874.PROSTU_03714			+
471874.PROSTU_03713			+
471874.PROSTU_01978		+
471874.PROSTU_02005	+
471874.PROSTU_03531		(<)			not used
471874.PROSTU_02393	(+)				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_03445	+
471874.PROSTU_02012	+
471874.PROSTU_01053	+
471874.PROSTU_04184			+
471874.PROSTU_00897	+
471874.PROSTU_00893	+
471874.PROSTU_00546	+
471874.PROSTU_00388	+
471874.PROSTU_00384		+
471874.PROSTU_00386	+
471874.PROSTU_00768			+		not used
471874.PROSTU_00764	+
471874.PROSTU_04593	+
471874.PROSTU_00364			+
471874.PROSTU_03635				PF00577
471874.PROSTU_01962	+
471874.PROSTU_01244	+
471874.PROSTU_00427	+
471874.PROSTU_02347	(+)			(PF10462)
471874.PROSTU_00555	+
471874.PROSTU_00950		+
471874.PROSTU_04122	+
471874.PROSTU_00779	+
471874.PROSTU_00775	+
471874.PROSTU_00773				PF03981
471874.PROSTU_00082	+
471874.PROSTU_00083	+
471874.PROSTU_00080		+
471874.PROSTU_01096	+				not used
471874.PROSTU_00173		+
471874.PROSTU_00370		(>)
471874.PROSTU_04252		(<)
471874.PROSTU_04099		+
471874.PROSTU_03998			+
471874.PROSTU_03148	+
471874.PROSTU_04072				(PF03222)
471874.PROSTU_03861		+
471874.PROSTU_01355	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_01600		(<)
471874.PROSTU_02483				PF00577
471874.PROSTU_01590	+
471874.PROSTU_04674	+
471874.PROSTU_02558		(>)
471874.PROSTU_02730	+
471874.PROSTU_03731	(+)				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_01917				PF06148
471874.PROSTU_01913			+
471874.PROSTU_03287		(>)
471874.PROSTU_03041		(>)
471874.PROSTU_02248				(PF00707)
471874.PROSTU_03462	+
471874.PROSTU_03191	+
471874.PROSTU_03193				PF10703
471874.PROSTU_03803		(<)
471874.PROSTU_01230			+
471874.PROSTU_00983	+
471874.PROSTU_00740	+
471874.PROSTU_02839	+
471874.PROSTU_02992	+
471874.PROSTU_00348	+
471874.PROSTU_02990	+
471874.PROSTU_04243			+
471874.PROSTU_01359	+
471874.PROSTU_04069	(+)				mitochondrial; not used
471874.PROSTU_01604	(+)	(>)
471874.PROSTU_01162				(PF13683)
471874.PROSTU_01618	+
471874.PROSTU_01619			+
471874.PROSTU_01345	+
471874.PROSTU_02124			+
471874.PROSTU_02121	(+)				(ER); not used
471874.PROSTU_03724	(+)		+
471874.PROSTU_01909	+
471874.PROSTU_03294	+
471874.PROSTU_02059			+
471874.PROSTU_02058	+
471874.PROSTU_02055	+
471874.PROSTU_02054	(+)				(ER)
471874.PROSTU_02050	+
471874.PROSTU_03614	+
471874.PROSTU_03619	+
471874.PROSTU_01854	+
471874.PROSTU_02821	+
471874.PROSTU_02755	+
471874.PROSTU_02076	+
471874.PROSTU_03609	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_00199	+
471874.PROSTU_00196	+
471874.PROSTU_00456		(>)
471874.PROSTU_04603	+
471874.PROSTU_04272			+
471874.PROSTU_04029	+
471874.PROSTU_01753				(PF02224)
471874.PROSTU_01752	+
471874.PROSTU_01757		+
471874.PROSTU_04504			+
471874.PROSTU_01115				(PF12762)	not used
471874.PROSTU_04187	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_03882			+
471874.PROSTU_01246	(+)	(>)
471874.PROSTU_04337			+
471874.PROSTU_03068		(>)
471874.PROSTU_03665			+
471874.PROSTU_01993	+
471874.PROSTU_03668	(+)				(plastid)
471874.PROSTU_00599	+
471874.PROSTU_03084				(PF13683)
471874.PROSTU_00216	+
471874.PROSTU_00735	+
471874.PROSTU_00262	+
471874.PROSTU_03922	+
471874.PROSTU_04535	+
471874.PROSTU_00329			+
471874.PROSTU_01395	+
471874.PROSTU_01038		(>)
471874.PROSTU_01748	+
471874.PROSTU_01031				PF03981
471874.PROSTU_01741			+
471874.PROSTU_01106				(PF02873)
471874.PROSTU_04199	(+)				(plastid)
471874.PROSTU_01328			+
471874.PROSTU_04681	+
471874.PROSTU_04683	+				not used
471874.PROSTU_04684			+
471874.PROSTU_02691			+
471874.PROSTU_03275			+
471874.PROSTU_03671		+
471874.PROSTU_03415			+
471874.PROSTU_03305	+				not used
471874.PROSTU_00519		+
471874.PROSTU_03090			+
471874.PROSTU_01578			+
471874.PROSTU_00241			+
471874.PROSTU_00337	+
471874.PROSTU_00804	+
471874.PROSTU_04857	+				not used
471874.PROSTU_04850				PF00345
471874.PROSTU_01001	+
471874.PROSTU_01483	+
471874.PROSTU_04075	+				not used
471874.PROSTU_04518	+
471874.PROSTU_03930		(<)
471874.PROSTU_02688	+
471874.PROSTU_01792	+
471874.PROSTU_02067			+
471874.PROSTU_03537			+
471874.PROSTU_03331	+
471874.PROSTU_00529			+
471874.PROSTU_00526			+
471874.PROSTU_00236		+
471874.PROSTU_00656		(>)
471874.PROSTU_03404	+
471874.PROSTU_00996		(>)
471874.PROSTU_02457		+
471874.PROSTU_04204	+
471874.PROSTU_04022	+
471874.PROSTU_04561	+
471874.PROSTU_01493	+
471874.PROSTU_04150	+
471874.PROSTU_04152			+
471874.PROSTU_01013				PF00577
471874.PROSTU_02277	+
471874.PROSTU_02273	+
471874.PROSTU_01787	+
471874.PROSTU_02659				PF00577
471874.PROSTU_02305		(>)
471874.PROSTU_03259		(>)
471874.PROSTU_02783		(<)
471874.PROSTU_01876		(>)
471874.PROSTU_01877	+
471874.PROSTU_03327	+				not used
471874.PROSTU_03325		+
471874.PROSTU_00539	+
471874.PROSTU_00536	(+)				(ER)
471874.PROSTU_00821			+
471874.PROSTU_00532	(+)				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_02865			+
471874.PROSTU_01923	+
471874.PROSTU_04811	+
471874.PROSTU_00792	(+)	+
471874.PROSTU_00794			+
471874.PROSTU_04815	+
471874.PROSTU_02885	(+)	(<)
471874.PROSTU_02886	+
471874.PROSTU_02887	+
471874.PROSTU_04231				PF00577	not used
471874.PROSTU_04411				(PF12949)
471874.PROSTU_04837	+				not used
471874.PROSTU_04832	+
471874.PROSTU_04364	+
471874.PROSTU_00259		(<)
471874.PROSTU_04495		(<)
471874.PROSTU_01060		+
471874.PROSTU_04548		+
471874.PROSTU_03173	+
471874.PROSTU_04745			+
471874.PROSTU_02644		(<)
471874.PROSTU_02082	+
471874.PROSTU_02790		(<)
471874.PROSTU_04063	+
471874.PROSTU_02226	+
471874.PROSTU_01042	+
471874.PROSTU_04103	+
471874.PROSTU_03350	(+)		+
471874.PROSTU_00819	+
471874.PROSTU_03244	+
471874.PROSTU_04422	+
471874.PROSTU_00078	+
471874.PROSTU_00072	+
471874.PROSTU_04221		+
471874.PROSTU_01614	+
471874.PROSTU_02249				(PF00707)
471874.PROSTU_04173	+
471874.PROSTU_04170				(PF07720)
471874.PROSTU_01670	+
471874.PROSTU_01074	+
471874.PROSTU_04553			+
471874.PROSTU_03902	+
471874.PROSTU_02749	+
471874.PROSTU_01218	+
471874.PROSTU_01210	+
471874.PROSTU_04664	+
471874.PROSTU_02529			+
471874.PROSTU_02416	+
471874.PROSTU_02504			+
471874.PROSTU_03236			+
471874.PROSTU_01006	+				not used
471874.PROSTU_01692	(+)			(PF03222)
471874.PROSTU_03121	+
471874.PROSTU_03340		(>)
471874.PROSTU_02629			+
471874.PROSTU_00246	+
471874.PROSTU_00248	(+)				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_01070	+				not used
471874.PROSTU_04835			+
471874.PROSTU_04765				PF00577
471874.PROSTU_02165	+
471874.PROSTU_00110	(+)				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_04531		(>)
471874.PROSTU_00116	+				not used
471874.PROSTU_01411		+
471874.PROSTU_01198			+
471874.PROSTU_00204	+
471874.PROSTU_01440	+
471874.PROSTU_04106	+
471874.PROSTU_04100				PF10703
471874.PROSTU_01048	(+)				(ER); not used
471874.PROSTU_04580		(>)
471874.PROSTU_02246	(+)				ER; not used
471874.PROSTU_02405	+
471874.PROSTU_03806	+
471874.PROSTU_01530	+
471874.PROSTU_01533				(PF13683)
471874.PROSTU_02620			+
471874.PROSTU_02623		+
471874.PROSTU_02336			+
471874.PROSTU_03298	+
471874.PROSTU_02756			+
471874.PROSTU_02758			+
471874.PROSTU_02779	(+)				(plastid)
471874.PROSTU_03590			+
471874.PROSTU_03592		(<)
471874.PROSTU_03579	+
471874.PROSTU_03373	+
471874.PROSTU_01007	+
471874.PROSTU_04406	+
471874.PROSTU_00471			+
471874.PROSTU_00729			+
471874.PROSTU_04808	+
471874.PROSTU_04806			+
471874.PROSTU_02968	+
471874.PROSTU_04371	+
471874.PROSTU_01453	+
471874.PROSTU_04578	+
471874.PROSTU_01057				(PF13683)
471874.PROSTU_02618	+
471874.PROSTU_02140	+
471874.PROSTU_01980				(PF13683)
471874.PROSTU_03807		(>)
471874.PROSTU_02186	+
471874.PROSTU_01520	(+)				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_02613		(>)
471874.PROSTU_03991	+
471874.PROSTU_02767		(>)
471874.PROSTU_01026	+
471874.PROSTU_03583			+
471874.PROSTU_02290				(PF02657)
471874.PROSTU_02293			+
471874.PROSTU_02299		(>)
471874.PROSTU_00469		+
471874.PROSTU_00466	+
471874.PROSTU_01012	(+)				(plastid)
471874.PROSTU_00917	+
471874.PROSTU_00867			+
471874.PROSTU_00608	+
471874.PROSTU_00607	+
471874.PROSTU_00602			+
471874.PROSTU_00603	+
471874.PROSTU_01849	+
471874.PROSTU_00597				(PF13683)
471874.PROSTU_00592				(PF13683)
471874.PROSTU_00130	(+)				(mitochondrial); not used
471874.PROSTU_02795			+
471874.PROSTU_01424	+
471874.PROSTU_01080				(PF02873)
471874.PROSTU_04121		+
471874.PROSTU_01680			+
471874.PROSTU_04202	+
471874.PROSTU_02519		(<)
471874.PROSTU_02774	+
471874.PROSTU_03138	+
471874.PROSTU_02289	+
471874.PROSTU_01957	+				not used
471874.PROSTU_02285	+
471874.PROSTU_03551	(+)			PF00577
471874.PROSTU_03391				PF00577
471874.PROSTU_03486	+
471874.PROSTU_03485	+
471874.PROSTU_01099		(>)
471874.PROSTU_00858		(>)
471874.PROSTU_02509			+
471874.PROSTU_02602	(+)				(mitochondrial)
471874.PROSTU_01312	+
471874.PROSTU_03440			+
471874.PROSTU_00705	+
471874.PROSTU_04145		(>)
471874.PROSTU_03839			+
471874.PROSTU_04357	+				not used
471874.PROSTU_00144	+
471874.PROSTU_00142		+			not used
471874.PROSTU_01097	+
471874.PROSTU_04135	+
471874.PROSTU_04130				PF03981
471874.PROSTU_00818			+
471874.PROSTU_02368	(+)
471874.PROSTU_02565	(+)
471874.PROSTU_02563	(+)
471874.PROSTU_00296	(+)
471874.PROSTU_02160	(+)				not used
471874.PROSTU_02708	(+)
471874.PROSTU_03381	(+)
471874.PROSTU_03383	(+)
471874.PROSTU_02389	(+)
471874.PROSTU_00448	(+)
471874.PROSTU_00932	(+)
471874.PROSTU_00934	(+)
471874.PROSTU_00882	(+)				not used
471874.PROSTU_00716	(+)
471874.PROSTU_02918	(+)
471874.PROSTU_02953	(+)
471874.PROSTU_04377	(+)
471874.PROSTU_03794	(+)				not used
471874.PROSTU_02377	(+)
471874.PROSTU_02373	(+)
471874.PROSTU_02574	(+)
471874.PROSTU_03622	(+)
471874.PROSTU_03719	(+)
471874.PROSTU_02000	(+)
471874.PROSTU_01054	(+)
471874.PROSTU_00436	(+)
471874.PROSTU_00438	(+)
471874.PROSTU_00381	(+)
471874.PROSTU_00769	(+)				not used
471874.PROSTU_00095	(+)
471874.PROSTU_00097	(+)				not used
471874.PROSTU_01621	(+)
471874.PROSTU_01623	(+)
471874.PROSTU_01418	(+)
471874.PROSTU_04732	(+)
471874.PROSTU_02500	(+)
471874.PROSTU_03810	(+)
471874.PROSTU_01700	(+)				not used
471874.PROSTU_03856	(+)
471874.PROSTU_02540	(+)
471874.PROSTU_02722	(+)
471874.PROSTU_02728	(+)
471874.PROSTU_03709	(+)
471874.PROSTU_01961	(+)
471874.PROSTU_02590	(+)
471874.PROSTU_03451	(+)
471874.PROSTU_03452	(+)
471874.PROSTU_00551	(+)				not used
471874.PROSTU_00392	(+)
471874.PROSTU_00774	(+)
471874.PROSTU_00065	(+)				not used
471874.PROSTU_00175	(+)
471874.PROSTU_04251	(+)
471874.PROSTU_03997	(+)
471874.PROSTU_01771	(+)
471874.PROSTU_03864	(+)
471874.PROSTU_01357	(+)
471874.PROSTU_01356	(+)
471874.PROSTU_02153	(+)
471874.PROSTU_01593	(+)
471874.PROSTU_01591	(+)
471874.PROSTU_01595	(+)
471874.PROSTU_02738	(+)
471874.PROSTU_03732	(+)
471874.PROSTU_01918	(+)
471874.PROSTU_02020	(+)
471874.PROSTU_02021	(+)				not used
471874.PROSTU_02024	(+)
471874.PROSTU_02025	(+)
471874.PROSTU_01820	(+)
471874.PROSTU_03463	(+)
471874.PROSTU_04557	(+)
471874.PROSTU_00965	(+)
471874.PROSTU_00743	(+)
471874.PROSTU_00744	(+)
471874.PROSTU_00183	(+)
471874.PROSTU_00181	(+)
471874.PROSTU_01400	(+)
471874.PROSTU_03981	(+)
471874.PROSTU_04719	(+)
471874.PROSTU_01402	(+)
471874.PROSTU_01765	(+)
471874.PROSTU_01167	(+)
471874.PROSTU_01349	(+)				not used
471874.PROSTU_02231	(+)				not used
471874.PROSTU_02237	(+)
471874.PROSTU_03729	(+)
471874.PROSTU_01903	(+)
471874.PROSTU_03610	(+)
471874.PROSTU_03477	(+)
471874.PROSTU_00401	(+)
471874.PROSTU_04393	(+)
471874.PROSTU_00015	(+)
471874.PROSTU_00976	(+)
471874.PROSTU_00972	(+)				not used
471874.PROSTU_00970	(+)
471874.PROSTU_02327	(+)
471874.PROSTU_02823	(+)
471874.PROSTU_00756	(+)
471874.PROSTU_00758	(+)
471874.PROSTU_04208	(+)
471874.PROSTU_01193	(+)
471874.PROSTU_04017	(+)
471874.PROSTU_00356	(+)
471874.PROSTU_00354	(+)
471874.PROSTU_04275	(+)
471874.PROSTU_01888	(+)
471874.PROSTU_04055	(+)
471874.PROSTU_03889	(+)
471874.PROSTU_04181	(+)
471874.PROSTU_04180	(+)
471874.PROSTU_03881	(+)
471874.PROSTU_01628	(+)
471874.PROSTU_02133	(+)
471874.PROSTU_03690	(+)
471874.PROSTU_02043	(+)
471874.PROSTU_03062	(+)
471874.PROSTU_03669	(+)
471874.PROSTU_04155	(+)
471874.PROSTU_00700	(+)
471874.PROSTU_00695	(+)				not used
471874.PROSTU_00693	(+)
471874.PROSTU_02508	(+)
471874.PROSTU_03921	(+)
471874.PROSTU_04049	(+)
471874.PROSTU_01372	(+)
471874.PROSTU_01320	(+)
471874.PROSTU_01379	(+)
471874.PROSTU_01252	(+)
471874.PROSTU_02218	(+)				not used
471874.PROSTU_01929	(+)
471874.PROSTU_02073	(+)				not used
471874.PROSTU_03071	(+)
471874.PROSTU_03679	(+)				not used
471874.PROSTU_03410	(+)
471874.PROSTU_03300	(+)
471874.PROSTU_00640	(+)
471874.PROSTU_00517	(+)				not used
471874.PROSTU_00886	(+)
471874.PROSTU_00201	(+)
471874.PROSTU_00489	(+)
471874.PROSTU_00687	(+)
471874.PROSTU_04260	(+)
471874.PROSTU_04341	(+)
471874.PROSTU_04215	(+)
471874.PROSTU_04210	(+)
471874.PROSTU_01481	(+)
471874.PROSTU_02686	(+)
471874.PROSTU_01796	(+)
471874.PROSTU_02666	(+)
471874.PROSTU_03243	(+)
471874.PROSTU_02066	(+)
471874.PROSTU_03645	(+)
471874.PROSTU_00105	(+)
471874.PROSTU_01109	(+)				not used
471874.PROSTU_03028	(+)
471874.PROSTU_03330	(+)
471874.PROSTU_03332	(+)
471874.PROSTU_00524	(+)
471874.PROSTU_02875	(+)
471874.PROSTU_00782	(+)
471874.PROSTU_01631	(+)
471874.PROSTU_00012	(+)
471874.PROSTU_03825	(+)
471874.PROSTU_00104	(+)
471874.PROSTU_02473	(+)
471874.PROSTU_01105	(+)
471874.PROSTU_02275	(+)
471874.PROSTU_01784	(+)
471874.PROSTU_02651	(+)
471874.PROSTU_03251	(+)
471874.PROSTU_02191	(+)
471874.PROSTU_02605	(+)
471874.PROSTU_02868	(+)
471874.PROSTU_02229	(+)
471874.PROSTU_00648	(+)
471874.PROSTU_02591	(+)
471874.PROSTU_02881	(+)
471874.PROSTU_04239	(+)
471874.PROSTU_04235	(+)
471874.PROSTU_04782	(+)
471874.PROSTU_04788	(+)
471874.PROSTU_04363	(+)
471874.PROSTU_03272	(+)
471874.PROSTU_04493	(+)
471874.PROSTU_01460	(+)
471874.PROSTU_04019	(+)
471874.PROSTU_02265	(+)
471874.PROSTU_02078	(+)
471874.PROSTU_02461	(+)
471874.PROSTU_02469	(+)
471874.PROSTU_02088	(+)
471874.PROSTU_03221	(+)
471874.PROSTU_02080	(+)
471874.PROSTU_02087	(+)
471874.PROSTU_03133	(+)
471874.PROSTU_03354	(+)
471874.PROSTU_00319	(+)
471874.PROSTU_04743	(+)				not used
471874.PROSTU_03120	(+)
471874.PROSTU_02993	(+)
471874.PROSTU_01615	(+)
471874.PROSTU_04829	(+)				not used
471874.PROSTU_00102	(+)
471874.PROSTU_04172	(+)
471874.PROSTU_01673	(+)
471874.PROSTU_01747	(+)
471874.PROSTU_02635	(+)
471874.PROSTU_01693	(+)
471874.PROSTU_03692	(+)
471874.PROSTU_00232	(+)
471874.PROSTU_00925	(+)
471874.PROSTU_00240	(+)
471874.PROSTU_00249	(+)
471874.PROSTU_01745	(+)
471874.PROSTU_04819	(+)
471874.PROSTU_04816	(+)
471874.PROSTU_00114	(+)				not used
471874.PROSTU_04101	(+)
471874.PROSTU_04534	(+)
471874.PROSTU_02247	(+)
471874.PROSTU_02402	(+)
471874.PROSTU_02624	(+)
471874.PROSTU_03757	(+)
471874.PROSTU_03754	(+)
471874.PROSTU_03056	(+)
471874.PROSTU_04224	(+)
471874.PROSTU_03110	(+)
471874.PROSTU_03570	(+)
471874.PROSTU_02195	(+)
471874.PROSTU_03370	(+)
471874.PROSTU_02192	(+)
471874.PROSTU_00271	(+)
471874.PROSTU_04015	(+)
471874.PROSTU_00587	(+)
471874.PROSTU_01380	(+)
471874.PROSTU_00291	(+)
471874.PROSTU_01184	(+)
471874.PROSTU_01458	(+)				not used
471874.PROSTU_01459	(+)
471874.PROSTU_00040	(+)
471874.PROSTU_02094	(+)
471874.PROSTU_01988	(+)
471874.PROSTU_01989	(+)
471874.PROSTU_02436	(+)
471874.PROSTU_02185	(+)
471874.PROSTU_02531	(+)
471874.PROSTU_01025	(+)
471874.PROSTU_03584	(+)
471874.PROSTU_00827	(+)				not used
471874.PROSTU_03364	(+)
471874.PROSTU_04613	(+)
471874.PROSTU_00601	(+)
471874.PROSTU_04452	(+)
471874.PROSTU_00146	(+)
471874.PROSTU_04510	(+)
471874.PROSTU_00283	(+)
471874.PROSTU_00289	(+)
471874.PROSTU_04298	(+)
471874.PROSTU_04294	(+)
471874.PROSTU_03953	(+)
471874.PROSTU_02528	(+)
471874.PROSTU_01081	(+)
471874.PROSTU_01735	(+)
471874.PROSTU_02193	(+)
471874.PROSTU_02511	(+)
471874.PROSTU_04323	(+)
471874.PROSTU_02092	(+)
471874.PROSTU_02286	(+)
471874.PROSTU_00302	(+)
471874.PROSTU_00927	(+)
471874.PROSTU_02470	(+)				not used
471874.PROSTU_00701	(+)				not used
471874.PROSTU_00721	(+)
471874.PROSTU_04284	(+)
471874.PROSTU_01555	(+)
471874.PROSTU_04751	(+)
471874.PROSTU_03358	(+)
471874.PROSTU_04419	(+)
471874.PROSTU_00120	(+)				not used

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 1.1 (11/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 1.375 (11/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================