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Effective results for Chlorobium phaeobacteroides DSM 266 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 135
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 22 eukaryotic-like domains, contained in 135 proteins (29 high, 106 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
290317.Cpha266_0696(PF04422) (PF04432)mitochondrial; (mitochondrial)
290317.Cpha266_0273(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2384(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2658(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2653(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0460(PF03781)ER
290317.Cpha266_0008(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0642(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_1281(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_1348(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2241(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
290317.Cpha266_1751(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_1088(PF02374)(mitochondrial)
290317.Cpha266_1557(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0779(PF13173)mitochondrial; (mitochondrial)
290317.Cpha266_1429(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
290317.Cpha266_2041(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0213(PF02374)mitochondrial
290317.Cpha266_2321(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2231(PF03781)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2309(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2301(PF02374)(mitochondrial); mitochondrial
290317.Cpha266_1452(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_1925(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
290317.Cpha266_1136(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2174(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2211(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2568(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0328(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0187(PF09366)(ER)
290317.Cpha266_1248(PF02374)(mitochondrial); mitochondrial
290317.Cpha266_1482(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
290317.Cpha266_2110(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0076(PF00665)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2297(PF02374)mitochondrial
290317.Cpha266_1490(PF03781)ER
290317.Cpha266_0654(PF08843)(mitochondrial)
290317.Cpha266_0382PF13383(mitochondrial)
290317.Cpha266_1299(PF13271) (PF03781)
290317.Cpha266_1153(PF13551) (PF13592)
290317.Cpha266_1149(PF08843)(plastid)
290317.Cpha266_0043(PF12159) (PF10693)
290317.Cpha266_1645(PF00665)(plastid)
290317.Cpha266_0188(PF04422) (PF04432)
290317.Cpha266_0063(PF01823)(mitochondrial)
290317.Cpha266_2134(PF13551) (PF13592)
290317.Cpha266_2139(PF13551) (PF13592)
290317.Cpha266_0274PF01695
290317.Cpha266_1383(PF13592)
290317.Cpha266_0011(PF13592)
290317.Cpha266_0652(PF01610)
290317.Cpha266_1706(PF04326)
290317.Cpha266_2383PF01695
290317.Cpha266_0872(PF01610)
290317.Cpha266_2659PF01695
290317.Cpha266_2652PF01695
290317.Cpha266_0009PF01695
290317.Cpha266_0006(PF01610)
290317.Cpha266_0643PF01695
290317.Cpha266_1280PF01695
290317.Cpha266_1352(PF13592)
290317.Cpha266_0254(PF01610)
290317.Cpha266_2259(PF03781)
290317.Cpha266_2255(PF03781)
290317.Cpha266_1347PF01695
290317.Cpha266_2240PF01695
290317.Cpha266_2245(PF03781)
290317.Cpha266_1752PF01695
290317.Cpha266_0936(PF01610)
290317.Cpha266_2479(PF01541)
290317.Cpha266_2270(PF01610)
290317.Cpha266_1740(PF04326)
290317.Cpha266_1365(PF13592)
290317.Cpha266_2057(PF08843)
290317.Cpha266_0900(PF03781)
290317.Cpha266_0902(PF03781)
290317.Cpha266_1556PF01695
290317.Cpha266_0774(PF13173)
290317.Cpha266_2683(PF09366)
290317.Cpha266_1428PF01695
290317.Cpha266_1224(PF08843)
290317.Cpha266_2042PF01695
290317.Cpha266_1954(PF00665)
290317.Cpha266_2320PF01695
290317.Cpha266_0783(PF13173)
290317.Cpha266_0782(PF08843)
290317.Cpha266_1307(PF16114)
290317.Cpha266_1893(PF03781)
290317.Cpha266_1949(PF01610)
290317.Cpha266_2308PF01695
290317.Cpha266_0634(PF13271)
290317.Cpha266_1451PF01695
290317.Cpha266_1213(PF13173)
290317.Cpha266_2482(PF01541)
290317.Cpha266_2483(PF01541)
290317.Cpha266_2480(PF01541)
290317.Cpha266_2481(PF01541)
290317.Cpha266_2486(PF01541)
290317.Cpha266_2484(PF01541)
290317.Cpha266_2485(PF01541)
290317.Cpha266_1926PF01695
290317.Cpha266_0084(PF13173)
290317.Cpha266_1137PF01695
290317.Cpha266_2313(PF11965)
290317.Cpha266_2311(PF11965)
290317.Cpha266_2317(PF01541)
290317.Cpha266_1664(PF01610)
290317.Cpha266_2173PF01695
290317.Cpha266_2210PF01695
290317.Cpha266_2567PF01695
290317.Cpha266_0329PF01695
290317.Cpha266_0320(PF13592)
290317.Cpha266_1129(PF04326)
290317.Cpha266_0716(PF01610)
290317.Cpha266_1057PF01695
290317.Cpha266_0780PF01695
290317.Cpha266_1478(PF13551)
290317.Cpha266_2108(PF13173)
290317.Cpha266_2612(PF13592)
290317.Cpha266_1483PF01695
290317.Cpha266_2115(PF13173)
290317.Cpha266_2111PF01695
290317.Cpha266_2112(PF00665)
290317.Cpha266_2603(PF04326)
290317.Cpha266_0457(PF03781)
290317.Cpha266_0678(PF02374)
290317.Cpha266_0077PF01695
290317.Cpha266_1079(PF01610)
290317.Cpha266_0283(PF08843)
290317.Cpha266_1399(PF04326)
290317.Cpha266_0068(PF03781)
290317.Cpha266_0710(PF01541)
290317.Cpha266_1629(PF11965)
290317.Cpha266_1535PF10046
290317.Cpha266_2620(PF00665)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================