Effective results for Peptoclostridium difficile 630 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 174
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 36 eukaryotic-like domains, contained in 174 proteins (8 high, 166 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
272563.CD0762(PF00359) (PF08279)(ER)
272563.CD2489(PF00359) (PF08279)mitochondrial
272563.CD1645(PF05684)ER
272563.CD3134(PF00359)(mitochondrial)
272563.CD0019(PF06925)(mitochondrial)
272563.CD0616(PF14526)(mitochondrial)
272563.CD0851PF03188ER
272563.CD0106(PF01520)ER
272563.CD3101(PF00367)ER
272563.CD3030(PF00367)ER
272563.CD0159(PF12681)(ER)
272563.CD1035(PF01520)(mitochondrial)
272563.CD1036(PF01520)(mitochondrial)
272563.CD2787(PF00112)ER
272563.CD2784(PF01520)ER
272563.CD1336(PF00367)(ER)
272563.CD1390(PF05684)(ER)
272563.CD2151(PF05684)ER
272563.CD2159(PF06541)ER
272563.CD0784(PF01520)ER
272563.CD2856(PF06541)ER
272563.CD1520(PF09991)ER
272563.CD0205(PF00359)(mitochondrial)
272563.CD3089(PF00367)ER
272563.CD2667(PF00367)ER
272563.CD0693(PF06445)mitochondrial
272563.CD2271(PF00359) (PF08279)(mitochondrial)
272563.CD3615(PF06445)mitochondrial
272563.CD2810(PF06541)ER
272563.CD1751(PF00112)ER
272563.CD3061(PF00367)ER
272563.CD3660(PF09991)ER
272563.CD3016(PF00359) (PF08279)
272563.CD3133(PF08279)(mitochondrial)
272563.CD2027(PF07687)(mitochondrial)
272563.CD1274(PF01131)(plastid)
272563.CD2565(PF00359) (PF08279)
272563.CD2416(PF00359) (PF08279)
272563.CD2412(PF08279)(mitochondrial)
272563.CD2556(PF00359) (PF08279)
272563.CD0134(PF00359) (PF08279)
272563.CD2328(PF00359)(mitochondrial)
272563.CD3083(PF00359) (PF08279)
272563.CD2040(PF06445)(mitochondrial)
272563.CD0531(PF08279)(ER)
272563.CD3447(PF00359) (PF08279)
272563.CD0524(PF07687)
272563.CD0528(PF07687)
272563.CD0388(PF00367)
272563.CD0708(PF07687)
272563.CD0700(PF03483)
272563.CD0893(PF02906)
272563.CD0894(PF02906)
272563.CD0671(PF12681)
272563.CD3015(PF00359)
272563.CD3125(PF00367)
272563.CD3127(PF00367)
272563.CD2836(PF07687)
272563.CD2010(PF00398)
272563.CD0469(PF00367)
272563.CD1422(PF06445)
272563.CD1398(PF07687)
272563.CD0849(PF07687)
272563.CD3137(PF00367)
272563.CD3132(PF00359)
272563.CD2283(PF00359)
272563.CD2282(PF00359)
272563.CD2510(PF00367)
272563.CD1898(PF01520)
272563.CD0276(PF14526)
272563.CD3258(PF02906)
272563.CD0291(PF07687)
272563.CD3109(PF00834)
272563.CD3107(PF08279)
272563.CD2725(PF06925)
272563.CD1086(PF07687)
272563.CD1883(PF06445)
272563.CD1516(PF06445)
272563.CD2993(PF06445)
272563.CD3116(PF00367)
272563.CD3112(PF07687)
272563.CD3113(PF07687)
272563.CD2575(PF00834)
272563.CD2404(PF01131)
272563.CD0450(PF06445)
272563.CD0906PF02037
272563.CD2983(PF08279)
272563.CD2184(PF01520)
272563.CD2840(PF02403)
272563.CD3583(PF06445)
272563.CD3560(PF01171)
272563.CD2964(PF03483)
272563.CD2566(PF00359)
272563.CD2419(PF14526)
272563.CD1046(PF07687)
272563.CD3354(PF03483)
272563.CD3221(PF07687)
272563.CD2173(PF07687)
272563.CD0041(PF00359)
272563.CD0040(PF00359)
272563.CD3594(PF14512)
272563.CD2319(PF00834)
272563.CD2084(PF07687)
272563.CD3572(PF12640)
272563.CD2958(PF01991)
272563.CD2778PF04572
272563.CD0779(PF07687)
272563.CD2421(PF07687)
272563.CD1850(PF06445)
272563.CD1859(PF01131)
272563.CD0816(PF00367)
272563.CD3214(PF14526)
272563.CD0922PF07453
272563.CD2897(PF12810)
272563.CD2894(PF01520)
272563.CD2096(PF08279)
272563.CD2761(PF01520)
272563.CD3144(PF08279)
272563.CD3558(PF08279)
272563.CD2938PF07453
272563.CD2333(PF08279)
272563.CD2332(PF00359)
272563.CD1945(PF12681)
272563.CD0012(PF08279)
272563.CD0014(PF02403)
272563.CD1016(PF06445)
272563.CD0305(PF07687)
272563.CD0303(PF07687)
272563.CD0166(PF07687)
272563.CD3099(PF07687)
272563.CD3097(PF00367)
272563.CD3521(PF07687)
272563.CD3523(PF00398)
272563.CD3631(PF00359)
272563.CD2327(PF00359)
272563.CD0206(PF00359)
272563.CD1488(PF08279)
272563.CD1824(PF13246)
272563.CD0972(PF01520)
272563.CD3407(PF02906)
272563.CD3086(PF00359)
272563.CD3311(PF12646)
272563.CD3314(PF02906)
272563.CD2269(PF00359)
272563.CD1764(PF03483)
272563.CD1106(PF01131)
272563.CD0967(PF12810)
272563.CD3183(PF07687)
272563.CD2275(PF01131)
272563.CD3613(PF12638)
272563.CD2697(PF07687)
272563.CD1779(PF01171)
272563.CD0353PF04414
272563.CD0421(PF01131)
272563.CD1605(PF06445)
272563.CD3334(PF14526)
272563.CD3194(PF06445)
272563.CD3602(PF01171)
272563.CD2488(PF00359)
272563.CD1344(PF06925)
272563.CD1126(PF06445)
272563.CD1125(PF14512)
272563.CD1637(PF13246)
272563.CD3290(PF05225)
272563.CD3075(PF00359)
272563.CD2076PF05701
272563.CD2490(PF07687)
272563.CD0532(PF14526)
272563.CD0240PF04733
272563.CD3668(PF14938)
272563.CD2398(PF01171)
272563.CD2392(PF03483)
272563.CD2822(PF07687)
272563.CD2007(PF00398)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================