Effective results for Ehrlichia ruminantium str. Welgevonden (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 350
- Predicted by T4SEpre: 141
- Predicted by EffectiveELD: 128 eukaryotic-like domains, contained in 246 proteins (42 high, 204 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type IV

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
254945.Erum1720(PF04561) (PF10385) (PF04565) (PF00562) (PF04563) (PF04560)(plastid)
254945.ERWE_CDS_01710(PF04561) (PF10385) (PF04565) (PF00562) (PF04563) (PF04560)(plastid)
254945.Erum1730+(PF04998) (PF04983) (PF04997) (PF00623) (PF05000)
254945.ERWE_CDS_01720+(PF04998) (PF04983) (PF04997) (PF00623) (PF05000)
254945.ERWE_CDS_07200(PF03948) (PF01281)mitochondrial
254945.Erum3540+(PF03726)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_03610+(PF03726)(mitochondrial)
254945.Erum6850(PF03948) (PF01281)mitochondrial
254945.ERWE_CDS_01510+ER
254945.ERWE_CDS_09370(PF01746)ER
254945.Erum1320(PF00886)mitochondrial
254945.Erum2690+mitochondrial
254945.ERWE_CDS_06340(PF00203)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_01340(PF01632)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_06760(PF13507)ER
254945.Erum8910(PF02367)(ER)
254945.ERWE_CDS_05840+(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_01230(PF05071)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_05190+(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_00660+ER
254945.ERWE_CDS_07970(PF04800)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_02310+ER
254945.Erum7310+ER
254945.ERWE_CDS_02630(PF01163)ER
254945.ERWE_CDS_03070(PF08264) (PF00133) (PF13603)
254945.Erum4680(PF02033)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_06360PF00276(mitochondrial); (plastid)
254945.ERWE_CDS_06140(PF01196)(mitochondrial)
254945.Erum7960+ER
254945.Erum1600(PF08511)ER
254945.Erum0480(PF01649)(mitochondrial)
254945.Erum3580+ER; (ER)
254945.ERWE_CDS_06220PF00861mitochondrial; (mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_01330(PF00453)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_02330+ER
254945.ERWE_CDS_05490+ER
254945.ERWE_CDS_04960+ER
254945.Erum1380(PF01632)(mitochondrial)
254945.Erum3860+ER
254945.Erum1940(PF00163)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_03650+ER; (ER)
254945.ERWE_CDS_06540+ER
254945.Erum2400+ER
254945.Erum1170(PF03840)ER
254945.ERWE_CDS_04090+ER
254945.Erum6230+ER
254945.Erum1370(PF00453)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_01910+mitochondrial
254945.ERWE_CDS_06330(PF00237)ER
254945.ERWE_CDS_01260+mitochondrial
254945.Erum7130+ER
254945.Erum2410+(mitochondrial)
254945.Erum5840(PF01196)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_02820+ER
254945.ERWE_CDS_01670(PF00298) (PF03946)(plastid)
254945.ERWE_CDS_09490(PF13177)(ER); plastid
254945.Erum2600(PF01163)ER
254945.Erum5870PF00416(mitochondrial)
254945.Erum1550+ER
254945.Erum3890+mitochondrial
254945.ERWE_CDS_01280(PF00886)mitochondrial
254945.Erum2290+ER
254945.Erum2760+ER
254945.Erum0720+ER
254945.ERWE_CDS_08420+ER
254945.Erum8860(PF01746)ER
254945.Erum5920PF00861mitochondrial; (mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_01420+ER
254945.Erum1900+mitochondrial
254945.Erum6040(PF03947) (PF00181)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_05410(PF14714)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_02730+mitochondrial
254945.ERWE_CDS_00380(PF01649)(mitochondrial)
254945.Erum5020(PF02167)ER
254945.Erum7570(PF04800)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_01960(PF00163)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_07490+ER
254945.ERWE_CDS_01140(PF03840)ER
254945.Erum7270+ER
254945.ERWE_CDS_01560(PF08511)ER
254945.Erum6050PF00276(mitochondrial); (plastid)
254945.Erum1680(PF00298) (PF03946)(plastid)
254945.Erum2310+ER
254945.Erum5230+ER
254945.Erum5160(PF14714)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.Erum4740+ER
254945.Erum4960+(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_07710+ER
254945.ERWE_CDS_02440+ER
254945.ERWE_CDS_03980+ER
254945.ERWE_CDS_04900(PF02033)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.Erum1300+mitochondrial
254945.Erum1270(PF05071)(mitochondrial)
254945.Erum5570+(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_07650+ER
254945.ERWE_CDS_06290PF00366(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_02450+(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_09430(PF02367)(ER)
254945.ERWE_CDS_05260(PF02167)ER
254945.Erum6030(PF00203)mitochondrial; (mitochondrial)
254945.Erum1460+ER
254945.ERWE_CDS_04020+mitochondrial
254945.ERWE_CDS_06350(PF03947) (PF00181)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_06170PF00416(mitochondrial)
254945.Erum3010(PF08264) (PF00133) (PF13603)
254945.Erum6000PF00252(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_05690(PF02881) (PF02978)
254945.Erum1630(PF00164)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_03590(PF01509)(plastid)
254945.Erum0120+(PF05746)
254945.ERWE_CDS_03050(PF01192)(mitochondrial)
254945.Erum3310(PF13662)(mitochondrial)
254945.Erum6010PF00189 (PF07650)
254945.ERWE_CDS_05330+(PF00889)
254945.ERWE_CDS_05680(PF07650)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_03870+(PF13637)
254945.Erum5890(PF00344)(ER)
254945.Erum2990(PF01192)(mitochondrial)
254945.Erum5090+(PF00318)
254945.ERWE_CDS_06150(PF01000) (PF01193)
254945.ERWE_CDS_09570+(PF05746)
254945.Erum5080+(PF00889)
254945.ERWE_CDS_01320(PF01409) (PF02912)
254945.Erum5430(PF02881) (PF02978)
254945.Erum4870(PF08264) (PF00133)
254945.ERWE_CDS_06310PF00252(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_06130(PF03484) (PF03147)
254945.Erum7770(PF02844) (PF02843)
254945.ERWE_CDS_04600+plastid
254945.Erum1360(PF01409) (PF02912)
254945.Erum5420(PF07650)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_02320+(mitochondrial)
254945.Erum5850(PF01000) (PF01193)
254945.ERWE_CDS_08210(PF02844) (PF02843)
254945.ERWE_CDS_05340+(PF00318)
254945.ERWE_CDS_07180+(PF01491)
254945.ERWE_CDS_06320PF00189 (PF07650)
254945.ERWE_CDS_06210PF03719 PF00333
254945.Erum8070(PF14622)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_06260PF00673 PF00281
254945.ERWE_CDS_00710(PF08264) (PF00133)
254945.Erum8850+(PF01782)
254945.ERWE_CDS_03380(PF13662)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_08540(PF14622)(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_02550+(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_01600(PF00164)(mitochondrial)
254945.Erum7710(PF08264) (PF00133)
254945.ERWE_CDS_08150(PF08264) (PF00133)
254945.Erum3750+(PF13637)
254945.Erum6450(PF13507)(ER)
254945.Erum5830(PF03484) (PF03147)
254945.Erum6830+(PF01491)
254945.ERWE_CDS_02530+(mitochondrial)
254945.ERWE_CDS_05090(PF08264) (PF00133)
254945.Erum2490+(mitochondrial)
254945.Erum5910PF03719 PF00333
254945.Erum2300+(mitochondrial)
254945.Erum0780(PF08264) (PF00133)
254945.Erum3510(PF00814)plastid
254945.ERWE_CDS_09360+(PF01782)
254945.ERWE_CDS_04110+(PF13637)
254945.Erum5960PF00673 PF00281
254945.ERWE_CDS_03580(PF00814)plastid
254945.Erum2510+(mitochondrial)
254945.Erum3520(PF01509)(plastid)
254945.ERWE_CDS_06190(PF00344)(ER)
254945.ERWE_CDS_05070(PF01018)
254945.ERWE_CDS_09420(PF00707)
254945.ERWE_CDS_05210+
254945.Erum6550(PF02410)
254945.ERWE_CDS_05180(PF13541)
254945.Erum5970(PF17136)
254945.ERWE_CDS_04920(PF13184)
254945.ERWE_CDS_06980(PF02938)
254945.ERWE_CDS_04030+
254945.Erum6770(PF05491)
254945.Erum8350+
254945.Erum3530PF00312
254945.Erum8170+
254945.ERWE_CDS_06160PF00411
254945.ERWE_CDS_01690(PF00466)
254945.Erum7230(PF01765)
254945.Erum5940PF00410
254945.Erum1400(PF07498)
254945.Erum5300+
254945.ERWE_CDS_06370(PF00573)
254945.Erum4320+
254945.Erum4850(PF01018)
254945.ERWE_CDS_02400+
254945.ERWE_CDS_01680PF00687
254945.ERWE_CDS_06400(PF03143)
254945.ERWE_CDS_01350+
254945.ERWE_CDS_05050(PF00829)
254945.Erum8900(PF00707)
254945.Erum2180(PF13637)
254945.Erum7820PF00380
254945.ERWE_CDS_05560+
254945.Erum0740(PF00958)
254945.Erum4910(PF05746)
254945.ERWE_CDS_08260PF00572
254945.Erum4860(PF01795)
254945.Erum0360(PF00162)
254945.ERWE_CDS_03670+
254945.ERWE_CDS_05040(PF01016)
254945.Erum8800+
254945.Erum7810PF00572
254945.ERWE_CDS_09030(PF02881)
254945.Erum1990(PF05697)
254945.ERWE_CDS_07100(PF05491)
254945.Erum4270(PF09326)
254945.ERWE_CDS_08270PF00380
254945.Erum4690(PF11987)
254945.Erum0390+
254945.Erum8380PF02326
254945.Erum3900+
254945.ERWE_CDS_00680(PF00958)
254945.ERWE_CDS_06420(PF02224)
254945.Erum3290+
254945.Erum0040(PF13177)
254945.ERWE_CDS_02200(PF13637)
254945.ERWE_CDS_09330(PF02130)
254945.Erum1160(PF06418)
254945.ERWE_CDS_04560(PF01715)
254945.Erum1700(PF00466)
254945.ERWE_CDS_02930(PF00308)
254945.Erum2940(PF13177)
254945.Erum5990PF00366
254945.Erum5991(PF00831)
254945.Erum4060(PF00814)
254945.Erum1010(PF06071)
254945.ERWE_CDS_08660+
254945.Erum3590+
254945.ERWE_CDS_06230PF00347
254945.ERWE_CDS_06300(PF00831)
254945.Erum3730+
254945.ERWE_CDS_01010+
254945.Erum8820(PF02130)
254945.ERWE_CDS_04510+
254945.Erum2370+
254945.ERWE_CDS_04190(PF00814)
254945.Erum2570(PF13662)
254945.Erum1390+
254945.ERWE_CDS_03640+
254945.Erum1950(PF04384)
254945.ERWE_CDS_06200PF00828
254945.ERWE_CDS_01640(PF03143)
254945.Erum4950(PF13541)
254945.ERWE_CDS_04760(PF02403)
254945.ERWE_CDS_09310+
254945.ERWE_CDS_08850+
254945.Erum6080PF00338
254945.Erum2960(PF01121)
254945.Erum6660(PF02938)
254945.ERWE_CDS_03630(PF06421)
254945.Erum1920(PF00308)
254945.Erum4820(PF01016)
254945.Erum4530+
254945.ERWE_CDS_03360+
254945.ERWE_CDS_00980(PF06071)
254945.ERWE_CDS_05910(PF03652)
254945.ERWE_CDS_04750+
254945.ERWE_CDS_02010(PF05697)
254945.Erum2170+
254945.ERWE_CDS_06870(PF02410)
254945.Erum6090(PF03143)
254945.ERWE_CDS_02900(PF05292)
254945.Erum8520(PF02881)
254945.Erum0280+
254945.ERWE_CDS_00220+
254945.Erum6870(PF01250)
254945.Erum4700(PF13184)
254945.Erum4830(PF00829)
254945.ERWE_CDS_01930(PF00308)
254945.ERWE_CDS_00400+
254945.ERWE_CDS_05100+
254945.ERWE_CDS_00880(PF01195)
254945.Erum5860PF00411
254945.Erum6060(PF00573)
254945.ERWE_CDS_00150+
254945.ERWE_CDS_00230(PF00162)
254945.Erum6110(PF02224)
254945.Erum5640(PF03652)
254945.Erum0500+
254945.ERWE_CDS_07610(PF01765)
254945.ERWE_CDS_03760(PF03462)
254945.ERWE_CDS_06270(PF17136)
254945.ERWE_CDS_01610PF00177
254945.Erum7670(PF07498)
254945.Erum6070PF00297
254945.Erum1040+
254945.Erum0660+
254945.ERWE_CDS_03600PF00312
254945.ERWE_CDS_08090(PF07498)
254945.Erum3560(PF06421)
254945.Erum3960+
254945.ERWE_CDS_06390PF00338
254945.Erum3980(PF13637)
254945.Erum4500(PF03462)
254945.ERWE_CDS_08890PF02326
254945.ERWE_CDS_06240PF00410
254945.ERWE_CDS_00600+
254945.Erum8870(PF01245)
254945.ERWE_CDS_01130(PF06418)
254945.ERWE_CDS_04720(PF03462)
254945.ERWE_CDS_05250(PF02167)
254945.Erum5930PF00347
254945.Erum1690PF00687
254945.Erum4370(PF01715)
254945.ERWE_CDS_02600(PF13662)
254945.ERWE_CDS_07250(PF13541)
254945.ERWE_CDS_06380PF00297
254945.Erum3570+
254945.Erum8130(PF01687)
254945.Erum4400+
254945.ERWE_CDS_05130(PF05746)
254945.Erum6900(PF13541)
254945.ERWE_CDS_04910(PF11987)
254945.ERWE_CDS_02940(PF05292)
254945.Erum5900PF00828
254945.Erum1110+
254945.Erum0790(PF01668)
254945.Erum1660(PF03143)
254945.Erum4980+
254945.ERWE_CDS_00280+
254945.ERWE_CDS_01970(PF04384)
254945.ERWE_CDS_03000(PF13177)
254945.ERWE_CDS_06280PF00238
254945.ERWE_CDS_00620+
254945.Erum5980PF00238
254945.ERWE_CDS_02190+
254945.ERWE_CDS_01080+
254945.ERWE_CDS_07220(PF01250)
254945.Erum6020(PF00237)
254945.ERWE_CDS_04450(PF09326)
254945.Erum2870(PF00308)
254945.Erum4880+
254945.ERWE_CDS_00740(PF01668)
254945.ERWE_CDS_01360(PF07498)
254945.ERWE_CDS_05080(PF01795)
254945.ERWE_CDS_09380(PF01245)
254945.Erum1640PF00177
254945.ERWE_CDS_03850+
254945.Erum2840(PF05292)
254945.Erum0680+
254945.Erum0350+
254945.ERWE_CDS_08610(PF01687)
254945.ERWE_CDS_03020(PF01121)
254945.Erum4540(PF02403)
254945.Erum3650(PF03462)
254945.Erum0910(PF01195)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 2.6 (26/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================