Effective results for Ralstonia solanacearum Po82 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 500
- Predicted by EffectiveT3: 167 (high confidence), 231 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 14 within, 5 before, 23 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 67
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 26 proteins (2 high, 24 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
1031711.RSPO_c03068+PF12143 PF12142mitochondrial
1031711.RSPO_c01008+(ER)
1031711.RSPO_c01275(PF13332)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01187+ER
1031711.RSPO_c01189+ER
1031711.RSPO_c00050+ER
1031711.RSPO_c00715+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02740(PF02796)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02748+mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02081+mitochondrial; plastid
1031711.RSPO_c01056(>)(mitochondrial); mitochondrial
1031711.RSPO_c00920+mitochondrial
1031711.RSPO_c02780+ER
1031711.RSPO_c00578+ER; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02935+ER
1031711.RSPO_c02338(>)ER
1031711.RSPO_c01494(>)ER; (ER)
1031711.RSPO_c01547(PF02796)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02746+ER
1031711.RSPO_c02218+mitochondrial; plastid
1031711.RSPO_c00575+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00682+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00689(>)mitochondrial
1031711.RSPO_c00565+ER
1031711.RSPO_c00361(PF02796)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c03323+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02279(>)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02471+(mitochondrial); plastid
1031711.RSPO_c01972PF01607(mitochondrial)
1031711.RSPO_c03045+(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02114+mitochondrial
1031711.RSPO_c02995+(mitochondrial); plastid
1031711.RSPO_c01120(PF02796)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01130(>)ER
1031711.RSPO_c01626(PF02796)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c03287+(ER)
1031711.RSPO_c02628+ER
1031711.RSPO_c02532(PF02796)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02538(+)+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00410+ER
1031711.RSPO_c01618+(ER)
1031711.RSPO_c02705+mitochondrial
1031711.RSPO_c02638+ER
1031711.RSPO_c00461(>)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01428+ER
1031711.RSPO_c00285(PF13332)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01702+ER; (ER)
1031711.RSPO_c00077+ER
1031711.RSPO_c02874(>)mitochondrial
1031711.RSPO_c00060(>)ER
1031711.RSPO_c01406+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01405+(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01785(>)ER
1031711.RSPO_c02971+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02575+mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02407(>)ER; (ER)
1031711.RSPO_c01876++
1031711.RSPO_c01148(+)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01981(+)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c00052+(plastid)
1031711.RSPO_c00126(<)+
1031711.RSPO_c02749(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00483(+)mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c01524+(PF13276)
1031711.RSPO_c02897+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c03234(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01823+(plastid)
1031711.RSPO_c02445+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01232+(plastid)
1031711.RSPO_c03209+(plastid)
1031711.RSPO_c01304(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01831+(plastid)
1031711.RSPO_c01542+(PF13276)
1031711.RSPO_c02328+(plastid)
1031711.RSPO_c01319(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01953+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01003(+)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c00373+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00759(>)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01538+(PF13276)
1031711.RSPO_c02469+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c03039+
1031711.RSPO_c01963(+)(ER)
1031711.RSPO_c00365+(mitochondrial); not used
1031711.RSPO_c03326+(plastid)
1031711.RSPO_c00893(+)(mitochondrial); plastid
1031711.RSPO_c02587(+)mitochondrial
1031711.RSPO_c01379(+)ER
1031711.RSPO_c01806++
1031711.RSPO_c00428+(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00420++
1031711.RSPO_c02110(+)ER
1031711.RSPO_c02809+(PF13276)
1031711.RSPO_c02806+(PF13276)
1031711.RSPO_c02647(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01298+(plastid)
1031711.RSPO_c02817+(PF13276)
1031711.RSPO_c01756+(plastid)
1031711.RSPO_c01759+(plastid)
1031711.RSPO_c00394++
1031711.RSPO_c00396(+)mitochondrial
1031711.RSPO_c00390+mitochondrial; not used
1031711.RSPO_c00083(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02002+(plastid)
1031711.RSPO_c02530+(PF13276)
1031711.RSPO_c01421(+)(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01725+(plastid)
1031711.RSPO_c02019+plastid
1031711.RSPO_c02632(>)(ER)
1031711.RSPO_c01423(+)mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02733+(PF13276)
1031711.RSPO_c02120+(plastid)
1031711.RSPO_c01842(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00065(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00474+mitochondrial; not used
1031711.RSPO_c01411(+)ER
1031711.RSPO_c00290+(PF13276)
1031711.RSPO_c01499+plastid
1031711.RSPO_c03241(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02195+(plastid)
1031711.RSPO_c01279(PF13276)
1031711.RSPO_c01277(PF13332)
1031711.RSPO_c00456+
1031711.RSPO_c01878+
1031711.RSPO_c01873+
1031711.RSPO_c00326+
1031711.RSPO_c00903+
1031711.RSPO_c02353+
1031711.RSPO_c00838+
1031711.RSPO_c02851(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02182+
1031711.RSPO_c02361(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02415+
1031711.RSPO_c01772+not used
1031711.RSPO_c01998(+)(plastid)
1031711.RSPO_c01512+
1031711.RSPO_c00022+
1031711.RSPO_c01681+
1031711.RSPO_c00804+
1031711.RSPO_c00806+
1031711.RSPO_c03174(PF05189)
1031711.RSPO_c02087(+)plastid
1031711.RSPO_c02080+
1031711.RSPO_c02953+not used
1031711.RSPO_c02776+
1031711.RSPO_c00703+
1031711.RSPO_c02792(>)
1031711.RSPO_c00051+
1031711.RSPO_c02423+
1031711.RSPO_c01219+
1031711.RSPO_c02354+
1031711.RSPO_c03148+
1031711.RSPO_c00038+
1031711.RSPO_c01608+
1031711.RSPO_c00924+
1031711.RSPO_c02789(+)(plastid)
1031711.RSPO_c02543+
1031711.RSPO_c02306(>)
1031711.RSPO_c02302+
1031711.RSPO_c03140+
1031711.RSPO_c02769(+)(plastid)
1031711.RSPO_c02986+
1031711.RSPO_c02788+
1031711.RSPO_c02548(+)(mitochondrial); not used
1031711.RSPO_c01205+
1031711.RSPO_c02222+
1031711.RSPO_c01440+
1031711.RSPO_c00796(+)(plastid)
1031711.RSPO_c01821+
1031711.RSPO_c01024(+)(ER)
1031711.RSPO_c01536+
1031711.RSPO_c01158(+)plastid
1031711.RSPO_c00313+
1031711.RSPO_c01557+
1031711.RSPO_c00954+
1031711.RSPO_c02939+
1031711.RSPO_c02847+
1031711.RSPO_c00078+
1031711.RSPO_c02448+
1031711.RSPO_c01305+
1031711.RSPO_c01941+not used
1031711.RSPO_c01836(+)(PF00646)
1031711.RSPO_c01835(+)plastid
1031711.RSPO_c01833(>)
1031711.RSPO_c01832+
1031711.RSPO_c02148(+)+
1031711.RSPO_c02210+
1031711.RSPO_c01397+
1031711.RSPO_c01441+
1031711.RSPO_c01489(+)(plastid)
1031711.RSPO_c01550+
1031711.RSPO_c00573+
1031711.RSPO_c00370+
1031711.RSPO_c01058+
1031711.RSPO_c00756+
1031711.RSPO_c00199+
1031711.RSPO_c00999+
1031711.RSPO_c03312+
1031711.RSPO_c03318(+)+
1031711.RSPO_c03085+
1031711.RSPO_c00005+
1031711.RSPO_c02919+
1031711.RSPO_c02681+
1031711.RSPO_c02683+
1031711.RSPO_c02465+
1031711.RSPO_c00340(>)
1031711.RSPO_c03037+
1031711.RSPO_c02914+
1031711.RSPO_c01360(>)
1031711.RSPO_c00563+
1031711.RSPO_c01614+
1031711.RSPO_c01818+
1031711.RSPO_c01767+
1031711.RSPO_c01562+
1031711.RSPO_c00691+
1031711.RSPO_c01587+
1031711.RSPO_c01104+
1031711.RSPO_c01103+
1031711.RSPO_c02267+
1031711.RSPO_c00749(+)(plastid)
1031711.RSPO_c00969+
1031711.RSPO_c00743+
1031711.RSPO_c03329+
1031711.RSPO_c02054+
1031711.RSPO_c02124+
1031711.RSPO_c03185+
1031711.RSPO_c02671(+)plastid
1031711.RSPO_c02677+
1031711.RSPO_c01375(>)
1031711.RSPO_c01376+
1031711.RSPO_c01370+
1031711.RSPO_c01293(+)(plastid)
1031711.RSPO_c00519+not used
1031711.RSPO_c01807+
1031711.RSPO_c00003+
1031711.RSPO_c01593(+)(mitochondrial); not used
1031711.RSPO_c01973(<)
1031711.RSPO_c01975+
1031711.RSPO_c00427+
1031711.RSPO_c00735+
1031711.RSPO_c03337+
1031711.RSPO_c03048+
1031711.RSPO_c02067+
1031711.RSPO_c02062+
1031711.RSPO_c03087+
1031711.RSPO_c02111+
1031711.RSPO_c02117+
1031711.RSPO_c01047+
1031711.RSPO_c02486+
1031711.RSPO_c02243+
1031711.RSPO_c01348+
1031711.RSPO_c01347+
1031711.RSPO_c01299+
1031711.RSPO_c01902+
1031711.RSPO_c03295+
1031711.RSPO_c00652+
1031711.RSPO_c01240+
1031711.RSPO_c02810+
1031711.RSPO_c02813(PF02796)
1031711.RSPO_c02493+
1031711.RSPO_c01355(+)plastid
1031711.RSPO_c01353+
1031711.RSPO_c00152+
1031711.RSPO_c00740+
1031711.RSPO_c00538+
1031711.RSPO_c00535+
1031711.RSPO_c03193+
1031711.RSPO_c01913+
1031711.RSPO_c01625(PF13276)
1031711.RSPO_c00862+
1031711.RSPO_c00867+
1031711.RSPO_c01723+
1031711.RSPO_c01721+
1031711.RSPO_c02959+
1031711.RSPO_c00092+
1031711.RSPO_c00252(+)(<)
1031711.RSPO_c00677+
1031711.RSPO_c00212+not used
1031711.RSPO_c00704+
1031711.RSPO_c00879+
1031711.RSPO_c03016+
1031711.RSPO_c02011(+)(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02836+
1031711.RSPO_c02837+
1031711.RSPO_c02833(+)(plastid)
1031711.RSPO_c01783+
1031711.RSPO_c00069+
1031711.RSPO_c01641+
1031711.RSPO_c00263+
1031711.RSPO_c01424+
1031711.RSPO_c00288(+)(>)
1031711.RSPO_c00119+
1031711.RSPO_c02731+
1031711.RSPO_c02350(+)(>)
1031711.RSPO_c02121(+)(plastid)
1031711.RSPO_c02517+
1031711.RSPO_c02516+
1031711.RSPO_c02513+
1031711.RSPO_c01099+
1031711.RSPO_c01095+
1031711.RSPO_c00268+
1031711.RSPO_c01709+
1031711.RSPO_c01675+
1031711.RSPO_c00283+
1031711.RSPO_c00611(+)mitochondrial
1031711.RSPO_c02607+
1031711.RSPO_c00851+
1031711.RSPO_c00108+
1031711.RSPO_c00765+
1031711.RSPO_c03030+
1031711.RSPO_c03032+
1031711.RSPO_c02341+
1031711.RSPO_c02342+
1031711.RSPO_c02295+
1031711.RSPO_c02501(+)(<)
1031711.RSPO_c01711+
1031711.RSPO_c03005+
1031711.RSPO_c00043(+)(ER)
1031711.RSPO_c00626(>)
1031711.RSPO_c02176+
1031711.RSPO_c01520(+)(plastid)
1031711.RSPO_c02973(+)(plastid)
1031711.RSPO_c02750(PF13276)
1031711.RSPO_c02147(+)(plastid)
1031711.RSPO_c00597(+)
1031711.RSPO_c01984(+)
1031711.RSPO_c01698(+)
1031711.RSPO_c00241(+)
1031711.RSPO_c00906(+)
1031711.RSPO_c00907(+)
1031711.RSPO_c00630(+)
1031711.RSPO_c00837(+)
1031711.RSPO_c02185(+)
1031711.RSPO_c03168(+)
1031711.RSPO_c02363(+)
1031711.RSPO_c02367(+)
1031711.RSPO_c02365(+)
1031711.RSPO_c02962(+)
1031711.RSPO_c02966(+)
1031711.RSPO_c02518(+)
1031711.RSPO_c01866(+)
1031711.RSPO_c01465(+)
1031711.RSPO_c01999(+)
1031711.RSPO_c01684(+)
1031711.RSPO_c00897(+)
1031711.RSPO_c00800(+)
1031711.RSPO_c03221(+)
1031711.RSPO_c00156(+)
1031711.RSPO_c00154(+)
1031711.RSPO_c03176(+)
1031711.RSPO_c02085(+)
1031711.RSPO_c02773(+)
1031711.RSPO_c02791(+)
1031711.RSPO_c02797(+)
1031711.RSPO_c00356(+)
1031711.RSPO_c01210(+)
1031711.RSPO_c01529(+)
1031711.RSPO_c01039(+)
1031711.RSPO_c01030(+)
1031711.RSPO_c00030(+)
1031711.RSPO_c02825(+)
1031711.RSPO_c02895(+)
1031711.RSPO_c02169(+)
1031711.RSPO_c02167(+)
1031711.RSPO_c02232(+)
1031711.RSPO_c00714(+)
1031711.RSPO_c01206(+)
1031711.RSPO_c01207(+)
1031711.RSPO_c01623(+)
1031711.RSPO_c03335(+)
1031711.RSPO_c01482(+)
1031711.RSPO_c01338(+)
1031711.RSPO_c01332(+)
1031711.RSPO_c01334(+)
1031711.RSPO_c00793(+)
1031711.RSPO_c03206(+)
1031711.RSPO_c02938(+)
1031711.RSPO_c02937(+)
1031711.RSPO_c02440(+)
1031711.RSPO_c01233(+)
1031711.RSPO_c00278(+)
1031711.RSPO_c01301(+)
1031711.RSPO_c00011(+)
1031711.RSPO_c00300(+)
1031711.RSPO_c03301(+)
1031711.RSPO_c00738(+)
1031711.RSPO_c02142(+)
1031711.RSPO_c02140(+)
1031711.RSPO_c02920(+)
1031711.RSPO_c02458(+)
1031711.RSPO_c00951(+)
1031711.RSPO_c01447(+)
1031711.RSPO_c01959(+)
1031711.RSPO_c01798(+)
1031711.RSPO_c00374(+)
1031711.RSPO_c00371(+)
1031711.RSPO_c00200(+)
1031711.RSPO_c01978(+)
1031711.RSPO_c03317(+)
1031711.RSPO_c03084(+)
1031711.RSPO_c00001(+)
1031711.RSPO_c02042(+)
1031711.RSPO_c02131(+)
1031711.RSPO_c02684(+)
1031711.RSPO_c02462(+)
1031711.RSPO_c02467(+)
1031711.RSPO_c01365(+)
1031711.RSPO_c00318(+)
1031711.RSPO_c00315(+)not used
1031711.RSPO_c01765(+)
1031711.RSPO_c00694(+)
1031711.RSPO_c01583(+)
1031711.RSPO_c01581(+)
1031711.RSPO_c01589(+)not used
1031711.RSPO_c02612(+)
1031711.RSPO_c00184(+)
1031711.RSPO_c02909(+)
1031711.RSPO_c02274(+)
1031711.RSPO_c00009(+)
1031711.RSPO_c00775(+)
1031711.RSPO_c02698(+)
1031711.RSPO_c00352(+)
1031711.RSPO_c02588(+)
1031711.RSPO_c01292(+)
1031711.RSPO_c00512(+)
1031711.RSPO_c02614(+)
1031711.RSPO_c01596(+)
1031711.RSPO_c01597(+)
1031711.RSPO_c01599(+)not used
1031711.RSPO_c03041(+)
1031711.RSPO_c02066(+)
1031711.RSPO_c02060(+)not used
1031711.RSPO_c01044(+)
1031711.RSPO_c02807(+)
1031711.RSPO_c02642(+)
1031711.RSPO_c00346(+)
1031711.RSPO_c03150(+)
1031711.RSPO_c01085(+)
1031711.RSPO_c00729(+)not used
1031711.RSPO_c00437(+)
1031711.RSPO_c01635(+)
1031711.RSPO_c02046(+)
1031711.RSPO_c02331(+)
1031711.RSPO_c02845(+)
1031711.RSPO_c02075(+)
1031711.RSPO_c02657(+)
1031711.RSPO_c01962(+)
1031711.RSPO_c01286(+)not used
1031711.RSPO_c01916(+)
1031711.RSPO_c00407(+)
1031711.RSPO_c00085(+)
1031711.RSPO_c00242(+)
1031711.RSPO_c03079(+)
1031711.RSPO_c00887(+)
1031711.RSPO_c00225(+)
1031711.RSPO_c00595(+)
1031711.RSPO_c00412(+)
1031711.RSPO_c02077(+)
1031711.RSPO_c00389(+)
1031711.RSPO_c00093(+)
1031711.RSPO_c01657(+)
1031711.RSPO_c01656(+)
1031711.RSPO_c03275(+)
1031711.RSPO_c00678(+)
1031711.RSPO_c02702(+)
1031711.RSPO_c02012(+)
1031711.RSPO_c02227(+)
1031711.RSPO_c02520(+)
1031711.RSPO_c01436(+)
1031711.RSPO_c01398(+)
1031711.RSPO_c01937(+)
1031711.RSPO_c01933(+)
1031711.RSPO_c01837(+)
1031711.RSPO_c03268(+)
1031711.RSPO_c01426(+)
1031711.RSPO_c01545(+)not used
1031711.RSPO_c00844(+)
1031711.RSPO_c00843(+)
1031711.RSPO_c00116(+)
1031711.RSPO_c02511(+)
1031711.RSPO_c01351(+)
1031711.RSPO_c01098(+)
1031711.RSPO_c01899(+)
1031711.RSPO_c00072(+)
1031711.RSPO_c02757(+)
1031711.RSPO_c03253(+)
1031711.RSPO_c03102(+)
1031711.RSPO_c02034(+)
1031711.RSPO_c02031(+)
1031711.RSPO_c02720(+)
1031711.RSPO_c00067(+)
1031711.RSPO_c01755(+)
1031711.RSPO_c01061(+)
1031711.RSPO_c00621(+)
1031711.RSPO_c01628(+)
1031711.RSPO_c03022(+)
1031711.RSPO_c02372(+)
1031711.RSPO_c02400(+)
1031711.RSPO_c02404(+)
1031711.RSPO_c02408(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.1 (1/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.5 (4/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================